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新疆石河子及周邊地區(qū)棉花根際土壤叢枝菌根真菌多樣性

2022-05-17 08:10陳凱麗田秋恒劉志洋王海熊杰雷勇輝孫燕飛
棉花學(xué)報(bào) 2022年1期
關(guān)鍵詞:球囊孢子侵染

陳凱麗,田秋恒,劉志洋,王海,熊杰,雷勇輝,孫燕飛

(石河子大學(xué),新疆 石河子 832003)

新疆維吾爾自治區(qū)北疆地區(qū)屬溫帶大陸性氣候。 其鹽堿地面積廣闊,被稱為世界鹽漬土的博物館。 鹽分引起滲透和離子脅迫,抑制氣體交換和光合作用,最終損害植物的生長和發(fā)育[1]。大部分重度鹽堿化土地長期無法利用,嚴(yán)重制約著新疆農(nóng)業(yè)的發(fā)展。而棉花(Gossypium)具有較強(qiáng)的耐鹽性,是新疆鹽堿地上種植最多的經(jīng)濟(jì)作物。

叢枝菌根是陸地生態(tài)系統(tǒng)中普遍存在的植物根系與叢枝菌根真菌 (Arbuscular mycorrhizal fungi,AMF)的共生體。 AMF 能將它們的網(wǎng)狀菌絲延伸到根系外更廣闊的位置,從而擴(kuò)大宿主植物的根系與土壤的接觸面積,形成一個大型的功能性有機(jī)體。 AMF 的菌絲網(wǎng)絡(luò)不僅能提供比根毛更大的吸收表面積,而且有助于植物吸收土壤中的礦質(zhì)營養(yǎng)元素,尤其是磷[2]。 研究發(fā)現(xiàn),當(dāng)AMF 與棉花共生時, 棉花中磷酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白家族基因的表達(dá)水平和磷含量顯著提高。 AMF 的定植可顯著促進(jìn)棉花生長,提高棉花產(chǎn)量和纖維質(zhì)量[3]。Chen 等[4]研究發(fā)現(xiàn)AMF 能使宿主植物獲得耐鹽性,減輕鹽脅迫下植物的氧化損傷。 Hadian-Deljou 等[5]研究發(fā)現(xiàn)AMF 定植后的酸橙幼苗具有更好的滲透物質(zhì)積累和抗氧化防御系統(tǒng)反應(yīng)。Zhang 等[6]研究發(fā)現(xiàn)AMF 定植棉花根際可明顯抑制黃萎病的發(fā)生。 Jiang 等[7]發(fā)現(xiàn)施用AMF 能顯著促進(jìn)棉花根系生長,增強(qiáng)根系對滴灌殺蟲劑的吸收, 在減少殺蟲劑施用量和殘留量的同時,保持對棉花蚜蟲的防控效果。 值得注意的是,土著AMF 能夠促進(jìn)棉花的生長并提高耐鹽能力[8],探究與挖掘AMF 資源有利于提高棉花抗逆性以應(yīng)對鹽堿環(huán)境。

本研究以新疆棉花根際土壤為研究對象,對新疆棉花根系A(chǔ)MF 侵染情況進(jìn)行調(diào)查研究,并從根際土壤中分離AMF 孢子, 通過形態(tài)學(xué)特征和巢式聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Polymerase chain reaction,PCR)分子鑒定對新疆棉花AMF 進(jìn)行種類鑒定,探明與新疆棉花共生的AMF 種類及多樣性,為AMF 種質(zhì)資源在新疆棉花上的應(yīng)用提供依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 樣本采集

1.1.1土樣的采集。2019 年9 月至10 月,在棉花結(jié)鈴?fù)滦跗冢?從新疆維吾爾自治區(qū)3 個市/ 縣5個鎮(zhèn)(表1)采集棉花根際土壤。 按照鎮(zhèn)的分布區(qū)域進(jìn)行采樣,每個鎮(zhèn)確定10 個采樣點(diǎn),采樣點(diǎn)間隔約為2 km,每個采樣點(diǎn)均采用五點(diǎn)隨機(jī)取樣法采集土壤并混勻,共采集50 份土樣。 其中,由于棉田分布所限,鐘家莊鎮(zhèn)為8 個采樣點(diǎn)和十一連2 個采樣點(diǎn)(同屬于144 團(tuán))。取樣時,去除雜草和表層土壤, 采集10~20 cm 土層距棉花主根數(shù)毫米范圍內(nèi)的土壤(稱為根際土),每份土樣采集2 kg,陰涼風(fēng)干后過篩,保存?zhèn)溆谩?/p>

表1 采樣地信息Table 1 Information on sampling sites

1.1.2根樣采集及處理。 采樣時,隨機(jī)采集一定數(shù)量帶有根尖的棉花側(cè)根及須根, 剪成2~3 cm小段, 清洗后放入甲醛- 乙酸- 乙醇(Formaldehydeacetic acid-ethanol fixative, FAA) 固定液中置于室溫保存1 d 以上。 每個土樣采集點(diǎn)取3 個根段,共計(jì)150 個根段。

1.2 分離鑒定

1.2.1根樣染色。 為觀察新疆棉花根系叢枝菌根侵染狀況, 采用堿解離-曲利苯藍(lán)染色法對棉花根系染色。 方法: 取出FAA 固定液中固定的根段,用蒸餾水沖洗3~5 次;剪成1.0~1.5 cm 小段,在10%(質(zhì)量分?jǐn)?shù),下同)KOH 中90 ℃水浴20 min 進(jìn)行根段透明處理, 用蒸餾水沖洗3~5次;在10%H2O2中脫色3 h 20 min,用蒸餾水沖洗3~5 次;用2%鹽酸于室溫酸化20 min,再用0.05%曲利苯藍(lán)染劑于90 ℃水浴染色20 min,蒸餾水沖洗3~5 次;置于乳酸甘油溶液中脫色1 h。 取 出 根 段, 用 聚 乙 烯 醇- 乳 酸- 甘 油(Polyvinyl alcohol-lactate glycerol,PVLG)制片。置于Olympus(CX21)光學(xué)顯微鏡下觀察每條根段的侵染情況,分級記錄為0、10%、20%…,滿級為100%,即該條根段全部被侵染[9]。 觀察并記錄根段各種菌根結(jié)構(gòu)的侵染情況并計(jì)算侵染率(rI)。

式中,i為根段侵染等級(0,10%,…,100%),N為總根段數(shù),Ni為i級根段數(shù)。

1.2.2叢枝菌根真菌的分離鑒定。稱取50 g 風(fēng)干土樣, 采用濕篩傾析- 蔗糖離心的方法篩選出AMF 孢子。 在Nikon(SMZ800N)體式顯微鏡下挑取形態(tài)相對完整的成熟孢子, 在Olympus(CX21)光學(xué)顯微鏡下(400 倍)觀察其顏色、形狀、大小、連孢菌絲,孢子壁的層數(shù)、類型和厚度,以及在Melzer’s 試劑下的顏色變化等特征。根據(jù)國際AMF 保藏中心(http://invam.wvu.edu)和波蘭農(nóng)業(yè)大學(xué)(http://www.zor.zut.edu.pl/Glomeromycota)等網(wǎng)站的描述,并參考近年來發(fā)表的中國新記錄種進(jìn)行形態(tài)學(xué)鑒定。

1.2.3物種多樣性分析。 按上述孢子篩選分離方法,根據(jù)劉潤進(jìn)[9]的方法進(jìn)行AMF 多樣性各指標(biāo)(表2)的測定和計(jì)算,每份土樣重復(fù)3 次。

表2 評價叢枝菌根真菌群落結(jié)構(gòu)多樣性的生態(tài)學(xué)參數(shù)Table 2 Ecological parameters of diversity for evaluating AMF community structure

1.2.4叢枝菌根真菌單孢DNA 分子鑒定。 利用濕篩傾析-蔗糖離心法從棉花根際土壤中篩選出27 個形態(tài)各不相同的AMF 孢子,進(jìn)行PCR 分子鑒定。 將PCR 產(chǎn)物純化回收后進(jìn)行測序。 單孢DNA 的提取參考龍良鯤等[10]的方法,在體視鏡下把濕篩傾析- 蔗糖離心后的單個AMF 孢子吸取出來, 用無菌水漂洗5 次, 放入盛有10 μL TE(Tris+EDTA)緩沖液的1.5 mL 離心管中,其中TE 含有20%Chelex 100 sodium(Solarbio),然后用無菌槍頭把孢子充分搗碎, 沸水浴10 min,再置于冰上3~5 min,10 000 r·min-1下離心2 min,吸取上清液到新的離心管中即可。 提取的DNA于-20 ℃條件下保存?zhèn)溆谩?/p>

目標(biāo)DNA 片段的巢式PCR 擴(kuò)增,引物序列詳見表3。 用上述提取的AMF 單孢DNA 進(jìn)行第1 次PCR 擴(kuò)增, 反應(yīng)體系如下:10×PCR 緩沖液2 μL,0.1 mmol·L-1(終濃度)dNTPs,5 U·μL-1TaqDNA 聚合酶0.1 μL,10 μmol·L-1的NS1 和NS4 引物各1 μL,DNA 模板1 μL(質(zhì)量濃度10 mg·L-1),補(bǔ)雙蒸水ddH2O 至20 μL。 反應(yīng)程序?yàn)?4 ℃預(yù)變性3 min,94 ℃變性30 s,40 ℃退火1 min,72 ℃延伸1 min,共30 個循環(huán),72 ℃延伸10 min。

表3 巢式PCR 所用AMF 引物Table 3 Arbuscular mycorrhizal fungi primers used for nested PCR

第2 次PCR 擴(kuò)增時, 將第1 次PCR 產(chǎn)物稀釋100 倍后作為模板(稀釋倍數(shù)可根據(jù)條帶亮度大小做出調(diào)整, 下同), 引物替換為AML1 和AML2,反應(yīng)體系同第1 次。 反應(yīng)程序?yàn)?4 ℃預(yù)變性3 min,94 ℃變性1 min,50 ℃退火1 min,72 ℃延伸1 min,共30 個循環(huán),72 ℃延伸10 min。

第3 次PCR 擴(kuò)增時, 將第2 次PCR 產(chǎn)物稀釋100 倍后作為模板,引物替換為AMV4.5NF 和AMDGR。 反 應(yīng) 體 系 同 第1 次,AMV4.5NF 和AMDGR 引物各為0.8 μL,DNA 模板1 μL,補(bǔ)ddH2O 至20 μL。 反應(yīng)程序?yàn)?5 ℃預(yù)變性3 min,95 ℃變性30 s,55 ℃退火30 s,72 ℃延伸45 s,一共30 個循環(huán),72 ℃延伸10 min。 將PCR 產(chǎn)物進(jìn)行測序 (生工生物工程公司), 所得序列與Maarj AM 數(shù)據(jù)庫(https://maarjambo-tany.ut.ee/)數(shù)據(jù)進(jìn)行比對。

2 結(jié)果與分析

2.1 棉花根系叢枝菌根真菌侵染結(jié)構(gòu)

鏡檢棉花根段,可見清晰的菌絲、泡囊和孢子結(jié)構(gòu),大多數(shù)根段都有AMF 侵染情況,侵染率為11.2%,表明棉花根系確實(shí)存在叢枝菌根真菌的定植(圖1)。

圖1 棉花根系叢枝菌根真菌的菌絲(A)、重樓型叢枝結(jié)構(gòu)(A)、泡囊(A)和孢子(B)Fig.1 Hyphae (A), paris-type arbuscule structure (A), vesicle (A) and spore (B) of cotton root AMF

2.2 棉花根際土壤叢枝菌根真菌多樣性

所有AMF 物種收錄于球囊菌門(Glomeromycota)下,本研究從50 份棉花根際土樣中共分離出4 屬6 種AMF 孢子(表4)。 包括:球囊霉 目(Glomerales)球 囊 霉 科(Glomaerceae)球 囊霉屬(Glomus)3 種,分別為單孢球囊霉(G.monosporum)、明球囊霉(G.clarum)、卷曲球囊霉(G.convolutum);多樣孢囊霉目(Diversisporales)無梗囊霉科 (Acaulosporaceae) 無 梗囊霉屬(Acaulospora)1 種,為凹坑無梗囊霉(A.excavata);類球囊霉目(Paraglomerales)類球囊霉科(Paraglomeraceae)類球囊霉屬(Paraglomus)1 種,為巴西類球囊霉(P.brasilianum);原囊霉目(Archaeosporales)雙型囊霉科(Ambisporaceae)雙型囊 霉 屬(Ambispora)1 種, 為 薄 壁 雙 型 囊 霉(A.leptoticha)(圖2)。 其中,凹坑無梗囊霉為最常見種,單孢球囊霉、明球囊霉、薄壁雙型囊霉為常見種,巴西類球囊霉為少見種,卷曲球囊霉為偶見種(表4)。

表4 新疆石河子及周邊地區(qū)棉花根際土壤叢枝菌根真菌種類Table 4 AMF species in the cotton rhizosphere soil in Shihezi and surrounding areas in Xinjiang

單孢球囊霉孢子壁有2 層,L1 為透明的薄壁, 厚度為0.5~1.2 μm;L2 為黃棕色, 厚度為4~10 μm(圖2A)。有些孢子L2 上還存在稀疏的小刺突,基部大小為0.5~2.0 μm,高1.2~3.6 μm。連孢菌絲沿孢子壁彎曲,基部為漏斗形,不縊縮。

明球囊霉也有2 層孢子壁,L1 厚度為5~20μm,透明至淡黃色;L2 為透明的膜狀壁,厚度為1.0~1.5 μm(圖2B~C)。 連孢菌絲單根呈漏斗形或圓柱形,有的表面形成一些多皺或多疣狀突起。

圖2 新疆石河子及周邊地區(qū)棉花根際叢枝菌根真菌種類Fig. 2 AMF in the cotton rhizosphere soil in Shihezi and surrounding areas in Xinjiang

卷曲球囊霉孢子呈不規(guī)則形, 大小為2.5~7.0 μm,質(zhì)地較硬且易碎(圖2D)。 濕潤時為淺橘色或橘黃色,孢子被緊緊裹在大小為15~35 μm的菌絲套中。 內(nèi)含物為小油滴。

凹坑無梗囊霉孢子呈圓形或近圓形且為淺黃棕色,大小為120~165 μm。 孢子壁1 層,萌發(fā)壁2 層,均為無色透明。 在Melzer’s 試劑中反應(yīng)并呈現(xiàn)紅色(圖2E~F),表面有圓形或近圓形大凹坑狀紋。

巴西類球囊霉孢子為透明至淺灰色,球形或近球形,大小為70~130 μm(圖2G~H)。 它有3層孢子壁:L1 為無色透明的易逝壁,厚度為0.5~1.5 μm, 常在孢子成熟時消解或者脫落;L2 為無色透明至淺灰色,厚度為1.0~1.5 μm,在Melzer’s試劑中反應(yīng)并呈深黃色(圖2H);L3 為層狀壁,透明且厚度為1.0~2.5 μm。 表面常附有土壤碎片或微粒。

薄壁雙型囊霉孢子的形態(tài)學(xué)分類鑒定待進(jìn)一步完善(http://fungi.invam.wvu.edu),孢子為圓形或近圓形,黃棕色,孢子壁1 層,連孢菌絲呈圓柱狀,表面有凸起紋(圖2I)。

依據(jù)6 個地區(qū)AMF 群落結(jié)構(gòu)多樣性的生態(tài)學(xué)參數(shù)統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果(表5),總體而言,多個樣本間生態(tài)學(xué)差異較小。 同一地區(qū)不同樣本間孢子密度有一定波動性,而柳毛灣鎮(zhèn)和鐘家莊鎮(zhèn)的種類組成和結(jié)構(gòu)相似。

表5 新疆石河子及周邊地區(qū)棉花根際土壤叢枝菌根真菌多樣性Table 5 Diversity of AMF in the cotton rhizosphere soil in Shihezi and surrounding areas in Xinjiang

依據(jù)巢式PCR 結(jié)果,挑取的27 個AMF孢子歸為4 個屬,分別是類球囊霉屬(Paraglomus)、球囊霉屬(Glomus)、雙型囊霉屬(Ambispora)和盾巨孢囊霉屬(Scutellospora)。 其中:類球囊霉屬的22 個孢子歸類為3 個虛擬種 (Virtual taxa,VT)ParaglomusVTX00444、ParaglomusVTX00348、Paraglomussp. VTX00308, 孢子數(shù)占比分別是44.4%、14.8%和22.2%; 球囊霉屬的1 個孢子歸類為虛擬種Glomussp.VTX00154; 雙型囊霉屬的2 個孢子歸類2 個虛擬種,分別是Ambisporasp. VTX00283 和Ambisporasp.VTX00242;盾巨孢囊霉屬的2 個孢子未歸類到種。 由此可知,這些地區(qū)棉花根際土壤中優(yōu)勢種為ParaglomusVTX00444,優(yōu)勢屬為類球囊霉屬。

3 討論與結(jié)論

本研究在新疆棉花根系中觀察到泡囊、菌絲和重樓型叢枝等結(jié)構(gòu), 說明AMF 能夠侵染新疆棉花根系并能與棉花建立較好的共生關(guān)系。 但是與其他植物如甘蔗[13]、玉米[14]、柑橘[15]、胡楊[16]和駱駝刺[17]相比,侵染率并不高。這可能是由于棉花須根較少,且秋季采集的發(fā)育后期的棉花樣本須根木質(zhì)化較為嚴(yán)重不易觀察。 此外,不同地理環(huán)境的海拔、土壤理化性質(zhì)、溫度、季節(jié)及土地管理方式等均會導(dǎo)致AMF 多樣性的差異[18-19],不同種屬的AMF 對不同宿主植物的侵染也存在一定差異性[20]。 現(xiàn)在已有利用AMF 菌劑提高植物生長和抗逆性的報(bào)道,如毛樹春等[21]研究發(fā)現(xiàn),對棉花接種地表球囊霉菌劑侵染率最高可達(dá)79.1%。因此,通過接種AMF 提高新疆棉花產(chǎn)量、品質(zhì)、移栽苗成活率等具有廣闊的前景。

本研究中形態(tài)學(xué)鑒定和分子鑒定均分出4屬6 種AMF 孢子,二者結(jié)果相似,但種屬分類存在一定差異。 巴西類球囊霉在形態(tài)學(xué)鑒定中的相對多度明顯低于凹坑無梗囊霉,初步判定為少見種,而在分子鑒定中占比升高。 這可能是因?yàn)榉肿予b定時挑取AMF 孢子時受主觀因素影響,選取巴西類球囊霉孢子略多。

經(jīng)形態(tài)學(xué)鑒定可以快速、高效地觀察出不同樣品中AMF 的種類與數(shù)量差異。但是,同一物種孢子在不同生長發(fā)育時期個體存在結(jié)構(gòu)差異,比如厚皮雙型囊霉(A.callosa)最外層孢子壁會隨著時間推移而脫落,有的種屬間孢子壁層數(shù)差異不明顯,增加了形態(tài)學(xué)鑒定的難度。國際AMF 保藏中心記錄16 屬82 種AMF, 而截至2011 年,我國已發(fā)現(xiàn)10 個屬131 種AMF[22]。由此可見,有一些AMF 物種未被鑒定歸類。對比之下,分子水平鑒定準(zhǔn)確度和可靠性較高。 Maarj AM 數(shù)據(jù)庫以孢子種的核糖體小亞基rDNA 序列為參考,將分子水平的鑒定結(jié)果歸類至屬甚至種的水平,稱之為虛擬種[23]。 本研究通過測序及序列比對將AMF 分為4 個屬,6 個虛擬種。序列比對時,部分樣本序列與已知序列的相似性未達(dá)到97%及以上。可見,還有一些AMF 物種序列沒有被納入該數(shù)據(jù)庫,也可能存在未知物種未被鑒定。 設(shè)計(jì)出能覆蓋大多數(shù)AMF 的特異性引物是分子鑒定亟待解決的技術(shù)瓶頸[24],因?yàn)槌彩絇CR 擴(kuò)增技術(shù)的關(guān)鍵在于特異性引物[25],常用的有AML1/AML2、AMV4.5NF/AMDGR、NS31/AM1,但每種引物對于不同屬AMF 的覆蓋率均有差異。 而且目前AMF 類群的鑒定也沒有確定一致的DNA 條形碼區(qū)域[26]。 此外,目前有關(guān)我國AMF 分子多樣性數(shù)據(jù)的樣本量不足,且存在不同生態(tài)系統(tǒng)、不同氣候區(qū)域等的不平衡。 因此,要反映我國AMF分子多樣性的整體狀況,還需要進(jìn)行大量研究[27]。從長遠(yuǎn)來看,采取形態(tài)學(xué)與分子技術(shù)相結(jié)合的辦法進(jìn)行AMF 群落研究有助于完善AMF 分類系統(tǒng)和增強(qiáng)AMF 研究的可持續(xù)性[28]。

綜合兩者鑒定結(jié)果,以分子鑒定為主,本研究區(qū)域的AMF 主要優(yōu)勢屬為類球囊霉屬,優(yōu)勢種為巴西類球囊霉。 在自然環(huán)境中,新疆棉花根系A(chǔ)MF 種質(zhì)資源豐富。其中球囊霉屬、無梗囊霉屬、雙型囊霉屬和類球囊霉屬的孢子種類和數(shù)量較多,與西伯利亞云杉[29]、沙蒿[30]的AMF 組成具有一定的相似性,說明這4 個屬能適應(yīng)不同的環(huán)境,具有適應(yīng)性強(qiáng)、分布較廣泛的特點(diǎn)。 AMF 的多樣性受到環(huán)境因素影響,適應(yīng)生境的菌種大量繁殖并隨之成為優(yōu)勢種,相反則會被慢慢淘汰至消失[31]。 出現(xiàn)頻度較高、重要值較高的AMF 物種可能是由于自身的生物學(xué)特性比較適應(yīng)該生境,這是其與地理環(huán)境條件和宿主植物共同進(jìn)化的結(jié)果。

完善植物叢枝菌根真菌的種質(zhì)資源調(diào)查,對篩選高效菌種、開發(fā)菌根真菌資源并在農(nóng)林業(yè)上的應(yīng)用具有重要意義。 在生物利用技術(shù)上,可通過接種AMF, 提高植物的抗旱性和耐受鹽堿脅迫能力,增強(qiáng)植物對氮、磷等元素的吸收能力[30]。本研究對新疆石河子及周邊地區(qū)棉花根際AMF的侵染狀況進(jìn)行了調(diào)查, 并對根際AMF 種類進(jìn)行了鑒定,確定了部分棉花根際AMF 種質(zhì)資源,補(bǔ)充了新疆AMF 菌種資源, 可為叢枝菌根的研究與應(yīng)用提供參考;在生產(chǎn)上,可為AMF 菌劑篩選提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù),為新疆棉花菌根化育苗、栽培和豐產(chǎn)提供理論依據(jù)[22]。

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