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IAV絕對定量PCR構(gòu)建及其在體外感染巨噬細(xì)胞中的實驗研究*

2022-05-29 05:06:56張瀟劍袁江浪孔星星樊曉暉張增峰羅小玲
關(guān)鍵詞:拷貝數(shù)效價定量

闕 婷,藍(lán) 利,2,張瀟劍,袁江浪,孔星星,樊曉暉,張增峰,唐 深,2△,羅小玲△

(廣西醫(yī)科大學(xué) 1.基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院;2.廣西高?;A(chǔ)醫(yī)學(xué)研究重點實驗室,南寧 530021)

甲型流感病毒(IAV)屬正黏病毒科,是一種能在呼吸道黏膜上皮細(xì)胞中增殖,并引起呼吸道感染的單股負(fù)鏈RNA病毒[1]。由于病毒基因組具有較高的變異率,導(dǎo)致遺傳抗原漂移和基因重組,使病毒復(fù)制能力和宿主致病性及范圍均發(fā)生改變,從而實現(xiàn)跨種屬感染和傳播[2-3]。有報道稱,在人類和動物模型中,流感病毒感染宿主導(dǎo)致不良臨床結(jié)局通常與促炎細(xì)胞因子和趨化因子升高有關(guān),輕者僅表現(xiàn)亞臨床的上呼吸道感染,重者可為致命的下呼吸道感染,并進(jìn)展為呼吸道窘迫綜合征(ARDS)等多器官衰竭,甚至死亡[4]。

巨噬細(xì)胞是感染免疫機制研究中重要的細(xì)胞類型[5]。體外人源誘導(dǎo)的巨噬細(xì)胞主要包括2 個來源,即外周血單個核細(xì)胞(PBMC)和人髓系急性白血病單核細(xì)胞(THP-1)。選用人PBMC原代巨噬細(xì)胞作為體外模型構(gòu)建,更能接近人生理狀態(tài),但是其數(shù)量難以滿足實驗需求。目前,病原學(xué)檢測是IAV 的篩查、確認(rèn)的重要檢測手段。由于病原分離培養(yǎng)的條件和技術(shù)水平高、周期長,病毒量的收獲易受環(huán)境和樣本質(zhì)量的影響,不利于在常規(guī)實驗室開展[6]。因此,本研究擬建立實時熒光PCR(RT-qPCR)絕對定量法準(zhǔn)確、快速檢測IAV 拷貝數(shù),以THP-1 體外誘導(dǎo)分化為巨噬細(xì)胞(Mφ),初步研究IAV 感染Mφ 后的細(xì)胞活性和病毒復(fù)制水平,為后續(xù)研究IAV與宿主固有免疫的相互作用機制奠定基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 細(xì)胞和病毒株

急性單核細(xì)胞白血病細(xì)胞系THP-1(中國科學(xué)院典型培養(yǎng)物保藏委員會細(xì)胞庫)。禽源H9N2 流感病毒Qa/GX/3139/2012(H9N2)(簡稱GX3139)為低致病禽流感病毒株,由廣西醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院微生物學(xué)教研室張增峰教授課題組饋贈。本研究的病毒感染細(xì)胞實驗均在廣西醫(yī)科大學(xué)微生物二級生物安全實驗室內(nèi)完成。

1.2 主要試劑

病毒基因組RNA 提取試劑盒、RNA 逆轉(zhuǎn)錄試劑(日本TaKaRa)、TRIzol(北京天根);PUC57 質(zhì)粒(武漢金開瑞);SYBR?Green Master(美國Roche 公司);引物由Invitrogen 公司合成;佛波酯(PMA,美國Sigma);RPMI1640 培養(yǎng)液、胎牛血清(美國Gibco);青霉素、鏈霉素(索萊寶生物技術(shù)公司)。

1.3 方法

1.3.1 細(xì)胞處理與分組 將對數(shù)生長期的THP-1細(xì)胞經(jīng)100 nmol/L PMA 刺激48 h 活化為Mφ,設(shè)Mφ組和加入不同感染復(fù)數(shù)(MOI)病毒液的Mφ 感染組。IAV的MOI分別為0.1、0.5、1、1.5、2、5、10、15和20,共9個感染劑量組。

1.3.2 引物的設(shè)計與合成 以IAV-M基因序列(GenBank No:MW103403.1)為模板,選取26~1 007 bp 保守區(qū)作為擴增目標(biāo),根據(jù)定量PCR(SYBR Green 法)引物設(shè)計原則,采用Primer 5.0 軟件設(shè)計引物,并在NCBI作BLAST序列比對驗證引物特異性,引物序列:IAV-M基因上游:5’-CTTCTAACCGAGGTCGAAACGTA-3’,下游:5’-GGTGACAGGATTGGTCTTGTCTTTA-3’,擴增產(chǎn)物為155 bp。

1.3.3 標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒構(gòu)建和稀釋 參考MW103403.1序列由武漢金開瑞生物技術(shù)服務(wù)有限公司完成基因合成和標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒構(gòu)建,并在本實驗室完成質(zhì)粒的轉(zhuǎn)化、擴增和抽提等。將標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒菌液送深圳華大基因公司做序列鑒定,鑒定結(jié)果完全符合設(shè)計的重組質(zhì)粒序列。抽提質(zhì)粒經(jīng)ND-2000 核酸檢測儀測定DNA的濃度,以拷貝數(shù)(拷貝數(shù)/μL)=阿氏常數(shù)×質(zhì)粒濃度(ng/μL)×10-9/片段大?。╞p)×660 公式計算DNA拷貝數(shù)。確定DNA的拷貝數(shù)作為標(biāo)準(zhǔn)品母液。將標(biāo)準(zhǔn)品母液按10倍倍比連續(xù)稀釋梯度,依次稀釋成108~102copies/μL 范圍,以此配制絕對定量PCR標(biāo)準(zhǔn)曲線的擴增標(biāo)準(zhǔn)品。

1.3.4 實時熒光定量PCR(RT-qPCR) 分別使用北京天根Trizol 法提取細(xì)胞內(nèi)病毒RNA 和離心柱方法抽提病毒上清液,分別以500 ng/反應(yīng)和200 ng/反應(yīng)模板量,逆轉(zhuǎn)錄為cDNA,用Step One 熒光定量PCR(美國Thermo Fisher Scientific公司)進(jìn)行qPCR擴增檢測流感病毒基因拷貝數(shù)。qPCR 反應(yīng)體系:SYBR Green PCR Master Mix(2×)10 μL、上游引物和下游引物各1 μL(10 nmol/L)、標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒1 μL(1 ng),ROX 0.4 μL,加雙蒸水至20 μL。PCR 反應(yīng)條件:95 ℃1 min;95 ℃20 s,56 ℃1 min,共40 個循環(huán)。

1.3.5 CCK-8 法檢測巨噬細(xì)胞活性 將對數(shù)生長期的THP-1細(xì)胞以2×104個/孔密度接種于96孔板,經(jīng)100 nmol/L PMA刺激48h活化為Mφ,加入100 μL不同MOI的IAV病毒液,置于37 ℃、5%CO2細(xì)胞培養(yǎng)箱中培養(yǎng)24 h 后,每孔加入10 μL CCK-8溶液,避光孵育3.5 h。用全自動酶標(biāo)儀在450 nm波長檢測各孔吸光度(OD)值,計算細(xì)胞存活率,即[(OD實驗孔-OD空白孔)/(OD對照孔-OD空白孔)]×100%,并確定以105~106TCID50 的病毒濃度作為MOI 感染劑量感染Mφ模型。

1.3.6 建立IAV感染巨噬細(xì)胞模型 THP-1細(xì)胞以1×106個/孔接種于6 孔板,PMA 誘導(dǎo)分化為Mφ,根據(jù)CCK-8 活性結(jié)果,選取105~106TCID50 范圍的5個MOI的病毒劑量,作為IAV感染Mφ的體外研究模型,倒置顯微鏡(萊卡公司)觀察細(xì)胞形態(tài)并拍照,感染24 h后收集培養(yǎng)上清和細(xì)胞裂解液。

1.3.7 病毒血凝效價檢測 THP-1細(xì)胞以1×106個/孔接種6孔板,PMA誘導(dǎo)分化為Mφ,參考上述MOI的病毒感染量,感染細(xì)胞24 h后收集培養(yǎng)上清和細(xì)胞裂解液。在96孔U型板內(nèi)做病毒血凝效價檢測,每孔加50 μL 上清或50 μL 細(xì)胞裂解液,各孔加入50 μL 0.6%雞紅細(xì)胞懸液,室溫孵育30 min后,觀察紅細(xì)胞凝集現(xiàn)象,以+~++++判斷25~100%血凝強度,并讀取結(jié)果。結(jié)果判定:以出現(xiàn)完全凝集的最高稀釋度為終點,其稀釋度的倒數(shù)即為病毒的紅細(xì)胞凝集滴度。

1.4 統(tǒng)計學(xué)方法

采用SPSS 20.0 統(tǒng)計軟件分析實驗數(shù)據(jù),計量資料以均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差(±s)表示,多組間比較采用方差分析,組間兩兩比較采用LSD-t檢驗,相關(guān)性分析采用雙變量Pearson 檢驗,以P<0.05 為差異具有統(tǒng)計學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 qPCR方法的建立及驗證

2.1.1 標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立 以8 個10 倍稀釋度的標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒:1.33×108copies/μL、1.33×107copies/μL、1.33×106copies/μL、1.33×105copies/μL、1.33×104copies/μL、1.33×103copies/μL、1.33×102copies/μL、1.33×10 copies/μL(擴增曲線1~8)作為模板進(jìn)行熒光定量PCR 反應(yīng):質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品的稀釋度為1.33×10 copies/μL,其CT 值與模板質(zhì)粒DNA 拷貝數(shù)的線性關(guān)系不明顯,而檢測下限定義為超過95%概率能夠擴增PCR產(chǎn)物的最低拷貝數(shù)。因此,該方法的靈敏度可達(dá)到1.33×102copies/μL。

熒光定量PCR 方法的標(biāo)準(zhǔn)曲線,以1.33×108copies/μL、1.33×107copies/μL、1.33×106copies/μL、1.33×105copies/μL、1.33×104copies/μL、1.33×103copies/μL 6 個不同稀釋度的標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒作為模板進(jìn)行擴增,結(jié)果顯示,擴增曲線各稀釋度線性關(guān)系R2=0.999,斜率為-3.345(-3~-3.5),擴增效率(Eff)為99%(90%~110%),說明擴增曲線各個稀釋度相關(guān)性好,擴增效率達(dá)到要求,該方法能夠準(zhǔn)確反映病毒載量。該引物溶解曲線的Tm值集中形成一個單尖峰,未發(fā)現(xiàn)雜峰或雙峰,說明無引物二聚體和非特異擴增,設(shè)計引物符合qPCR要求,見圖1。

圖1 熒光定量PCR標(biāo)準(zhǔn)曲線

2.1.2 重復(fù)性 將6個10 倍稀釋度的標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒,分別用上述研究建立的熒光定量PCR 方法重復(fù)檢測3 次。結(jié)果顯示,標(biāo)準(zhǔn)差(SD)在0.06%~0.16%,變異系數(shù)(CV)在0.20%~0.82%,均小于1%,表明該質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品具有較好的重復(fù)性和穩(wěn)定性,見表1。

表1 熒光定量PCR重復(fù)性評價n=3

2.2 IAV感染巨噬細(xì)胞體外模型構(gòu)建

2.2.1 CCK-8法檢測24 h IAV感染對巨噬細(xì)胞細(xì)胞活性的影響 與Mφ 組比較,不同MOI 的IAV 病毒液感染Mφ后,細(xì)胞活性下降,且與MOI呈負(fù)相關(guān)關(guān)系(r=-0.992,P<0.05),見圖2。據(jù)此,以MOI=2 和MOI=5組為節(jié)點,細(xì)胞活性在50%~60%,后續(xù)實驗選用5個MOI(0.5、1、2、5、10)感染Mφ模型。

圖2 IAV感染巨噬細(xì)胞24 h后的細(xì)胞活性

2.2.2 倒置顯微鏡觀察IAV感染巨噬細(xì)胞后細(xì)胞形態(tài)學(xué)變化 THP-1 經(jīng)PMA 刺激活化為Mφ,細(xì)胞由漂浮透亮的圓形逐漸貼壁,變?yōu)榛疑煌噶令悎A形細(xì)胞,形態(tài)不規(guī)則呈煎蛋樣。當(dāng)加入不同MOI(0.5、1、2、5、10)的IAV 病毒液感染Mφ 24 h 后,Mφ 出現(xiàn)輪廓不清晰,邊緣逐漸模糊,胞質(zhì)內(nèi)出現(xiàn)大量顆粒,并且隨MOI 增大,折光性強的懸浮細(xì)胞增多,細(xì)胞病變(CPE)逐漸加重,見圖3。

圖3 IAV感染后巨噬細(xì)胞形態(tài)學(xué)變化(×200)

2.2.3 IAV感染巨噬細(xì)胞后病毒復(fù)制情況

RT-qPCR 檢測細(xì)胞RNA 抽提樣本,結(jié)果顯示:與Mφ 組比較,隨著MOI 增大,細(xì)胞內(nèi)病毒M 基因拷貝數(shù)增加,核酸拷貝數(shù)在1.7×105~4.2×106copies/μL范圍,與Mφ感染組呈正相關(guān)關(guān)系(r=0.869,P<0.05),Mφ感染組間進(jìn)行比較,差異具有統(tǒng)計學(xué)意義(P<0.05),見圖4。

圖4 IAV感染巨噬細(xì)胞24 h后胞內(nèi)M基因拷貝數(shù)

RT-qPCR檢測培養(yǎng)上清液RNA抽提樣本,結(jié)果顯示:與Mφ組比較,隨著MOI增大,培養(yǎng)上清M基因拷貝數(shù)增加,核酸拷貝數(shù)在7×102~5.5×103copies/μL范圍,與Mφ感染組呈正相關(guān)關(guān)系(r=0.990,P<0.05),見圖5。提示在Mφ內(nèi)復(fù)制的IAV釋放到細(xì)胞外,且隨感染病毒量增加,釋放量也增加。

圖5 IAV感染巨噬細(xì)胞24 h后上清M基因拷貝數(shù)

2.3 血凝實驗檢測IAV 感染巨噬細(xì)胞后細(xì)胞內(nèi)和培養(yǎng)上清液的HA效價

IAV 表面的HA 可以凝集雞紅細(xì)胞,通??捎貌《狙龑嶒灆z測雞胚或病毒濃度較高標(biāo)本的HA效價,以評估病毒的生物復(fù)制水平。IAV 感染Mφ 24 h 后,檢測細(xì)胞裂解液和上清液的病毒HA 效價。隨著MOI升高,上清液HA效價呈上升趨勢,效價在1∶32~1∶64 范圍,而細(xì)胞裂解液的HA 效價在1∶64,并未隨MOI增加而增加。HA效價結(jié)果提示,病毒血凝實驗雖然是檢測病毒生物復(fù)制水平的金標(biāo)準(zhǔn),但該方法檢測敏感度較低,無法區(qū)分0.5~10 MOI 范圍的IAV 感染Mφ 后病毒復(fù)制的變化趨勢,見表2。

表2 不同MOI 感染巨噬細(xì)胞24 h 后細(xì)胞內(nèi)和培養(yǎng)上清的HA效價

3 討論

近年來,RT-qPCR 技術(shù)應(yīng)用于傳染病的疾病監(jiān)測中發(fā)揮重要作用[7]。但目前,商品化試劑盒檢測結(jié)果只有定性參考,未進(jìn)行定量檢測[8]。本課題組實驗室自建的熒光定量PCR 反應(yīng)方法是以絕對定量的病毒拷貝數(shù)為判定標(biāo)準(zhǔn),使用流感病毒M基因的保守序列設(shè)計特異性引物,構(gòu)建含M基因重組質(zhì)粒的標(biāo)準(zhǔn)品繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線。結(jié)果顯示RT-qPCR 的標(biāo)準(zhǔn)曲線為Y=-3.345X+38.454,具有良好的線性關(guān)系,檢測下限為102copies/μL,10 倍稀釋梯度在103~108區(qū)分度良好,CV 低于1%,重復(fù)性好,同時檢測結(jié)果為定量結(jié)果,提示該方法敏感性高、重復(fù)性好,可作為一種快速敏感的定量檢測方法。Ni等[9]研究報道,利用絕對定量PCR方法檢測IAV,標(biāo)準(zhǔn)曲線的相關(guān)系數(shù)達(dá)到r2=0.991,CT 值與病毒濃度具有良好的相關(guān)性,并且檢測下限102copies/μL,這與本研究結(jié)果相似。

巨噬細(xì)胞是機體天然免疫細(xì)胞,在啟動和控制抗病毒免疫防御中起到核心作用。特別是在流感病毒入侵攻擊宿主細(xì)胞后,宿主細(xì)胞的模式識別受體(PRRs)識別病原相關(guān)分子模式(PAMP),激活NF-?B 信號通路和干擾素系統(tǒng)信號,誘導(dǎo)Ⅰ型干擾素、促炎細(xì)胞因子(IL-6、MCP-1)產(chǎn)生,從而發(fā)揮抗病毒作用[10-11]。另外,有研究報道巨噬細(xì)胞不僅作為流感病毒靶標(biāo)和儲庫[12],而且在炎癥微環(huán)境條件下具有高可塑性,并極化為不同表型M1/M2[5,13]。為此,本研究通過CCK-8法和RT-qPCR法來初步構(gòu)建流感病毒感染巨噬細(xì)胞體外感染模型。以THP-1細(xì)胞為體外研究模型,通過PMA 刺激活化為Mφ,并加入不同MOI的IAV,結(jié)果發(fā)現(xiàn)與Mφ組相比,隨著MOI 升高,Mφ 活性下降;細(xì)胞形態(tài)邊緣逐漸模糊,細(xì)胞質(zhì)內(nèi)出現(xiàn)大量顆粒,導(dǎo)致CPE的改變,并且病變程度與MOI 呈正相關(guān)關(guān)系;以不同MOI 作為Mφ 體外感染模型的劑量,發(fā)現(xiàn)感染細(xì)胞內(nèi)和培養(yǎng)上清液中病毒核酸濃度隨MOI 增大而升高,提示IAV 感染Mφ 后可復(fù)制并釋放出子代病毒,并產(chǎn)生細(xì)胞病變;IAV 感染Mφ 的復(fù)制能力與MOI 呈正相關(guān)關(guān)系,并與細(xì)胞病變程度一致,說明IAV對宿主巨噬細(xì)胞具有易感性,能夠入侵巨噬細(xì)胞內(nèi)進(jìn)行復(fù)制增殖并釋放病毒顆粒對細(xì)胞造成損傷,并與感染MOI 劑量呈相關(guān)性增長。有研究報道,高致病H5N1 和低致病H7N9 在人類單核細(xì)胞來源巨噬細(xì)胞中比較,發(fā)現(xiàn)高致病H5N1 具有極強復(fù)制和傳播能力,表明高致病H5N1 病毒具有高毒力的病毒載量,表現(xiàn)多循環(huán)感染,能夠在宿主細(xì)胞內(nèi)進(jìn)行有效復(fù)制[14]。此外,Li 等[15]從數(shù)學(xué)模型評估流感病毒在巨噬細(xì)胞的病毒復(fù)制的動力學(xué)和宿主反應(yīng)的致病性。這與本研究體外感染模型相似。本研究進(jìn)一步采用病毒血凝實驗測定HA 效價,評估IAV 感染Mφ 后細(xì)胞內(nèi)和培養(yǎng)上清的病毒生物合成水平,結(jié)果顯示,隨著MOI 升高,上清液HA 效價呈上升趨勢,效價在1∶32~1∶64,而細(xì)胞裂解液的HA效價在1∶64。HA 效價的結(jié)果不能區(qū)分病毒復(fù)制趨勢,可能是該方法檢測敏感度偏低所致,無法顯示IAV 在Mφ內(nèi)復(fù)制增殖和感染能力。本研究構(gòu)建的IAV 實時熒光絕對定量PCR 檢測法的特異性和靈敏度較好,并和國外研究者報道一致,結(jié)合CPE觀察,能有效檢測和反映IAV在體外感染Mφ后病毒復(fù)制和釋放的動態(tài)變化。

綜上所述,本研究構(gòu)建的IAV 實時熒光絕對定量PCR 法特異性高,靈敏度較好,能有效檢測和評估IAV體外感染巨噬細(xì)胞后病毒復(fù)制的動態(tài)變化情況,為后續(xù)深入研究流感病毒感染巨噬細(xì)胞的分子機制奠定基礎(chǔ)。

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