余平,狄冉,江炎庭,楊紅遠(yuǎn),洪瓊花※,儲(chǔ)明星※
(1.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所,農(nóng)業(yè)農(nóng)村部動(dòng)物遺傳育種與繁殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,北京 100193;2.云南省畜牧獸醫(yī)科學(xué)院,云南 昆明 650224)
山羊(Capra hircus)作為最古老的家養(yǎng)動(dòng)物之一,也是世界上最重要的畜牧業(yè)品種之一,能為人類(lèi)提供穩(wěn)定的肉、奶和毛皮等生活物資,在畜牧養(yǎng)殖業(yè)中占據(jù)重要地位[1]。我國(guó)山羊品種多、存欄量大,但繁殖力低、生長(zhǎng)速度慢等因素依然長(zhǎng)期制約著山羊產(chǎn)業(yè)發(fā)展[2]。山羊產(chǎn)羔性狀即產(chǎn)羔數(shù)和窩重情況(初生窩重和斷奶窩重)作為衡量母羊生產(chǎn)性能的重要指標(biāo),與群體的繁衍速度和規(guī)模密切相關(guān),是山羊生產(chǎn)中的重要經(jīng)濟(jì)性狀,直接影響著養(yǎng)羊業(yè)的經(jīng)濟(jì)效益。但羊產(chǎn)羔數(shù)性狀受外界因素影響較大,遺傳力很低,山羊僅為0.14 左右[3,4],因此通過(guò)相關(guān)候選位點(diǎn)的發(fā)掘等方法和尋找更有效、更關(guān)鍵的分子標(biāo)記,對(duì)山羊進(jìn)行分子標(biāo)記輔助選擇育種,進(jìn)而提高山羊產(chǎn)羔數(shù)等性狀具有重要現(xiàn)實(shí)意義[5]。
乙酰膽堿(ACh)是主要神經(jīng)遞質(zhì)之一,其受體分為兩種,即煙堿型受體(nAChRs)和毒蕈堿型受體(mAChRs)。nAChRs是介導(dǎo)突觸間快速信號(hào)傳遞的五聚體配體門(mén)控離子通道,由 和 跨膜亞基構(gòu)成的不同組合組成[6],不同的亞單位構(gòu)成不同的亞型,同時(shí)也表現(xiàn)出不同的生理學(xué)和藥理學(xué)性質(zhì)。目前已經(jīng)確認(rèn)有5 種具有不同功能的nAChR 亞型存在,7 亞型作為中樞神經(jīng)系統(tǒng)中分布最為廣泛的亞型之一,也是最為特殊的一個(gè),它由定位于15 號(hào)染色體長(zhǎng)臂14 區(qū)(15q14)、全長(zhǎng)185 kb[7]的CHRNA7 基因編碼,由5 個(gè)相同的亞基構(gòu)成,也稱(chēng)為CHRNA7,具有高鈣離子通透性[8]。盡管CHRNA7 的分布與其他nAChRs 亞型有很大的重疊,但其分布是最廣泛的,在下丘腦、海馬和丘腦等區(qū)域有比較密集的分布,在紋狀體、前腦、髓質(zhì)和各種腦核中的分布則比較稀疏[9],同時(shí),其在神經(jīng)、免疫、循環(huán)、呼吸及生殖系統(tǒng)中也可以檢測(cè)到[10]-晶體蛋白(CRYM,也稱(chēng)為“M-Crystallin”M-晶體素)是一種種屬特異性的35-KDA蛋白,在袋鼠晶狀體中大量表達(dá)[11],亦在人視網(wǎng)膜、腦、心臟和腎臟中高度表達(dá)。Southern印跡分析表明編碼CRYM mRNA 和-結(jié)晶蛋白的基因位于人類(lèi)基因組的16p12.2,在小鼠中位于7QF2[12]。CRYM 是胞質(zhì)中依賴(lài)于NADPH 的甲狀腺激素結(jié)合蛋白,其酮亞胺還原酶可以改變甲狀腺素(TSH)在細(xì)胞中的濃度,甲狀腺激素是基因表達(dá)和代謝的必要調(diào)節(jié)因素,在體內(nèi)生理調(diào)節(jié)中具有重要作用,酮亞胺還原酶作為參與氨基酸代謝的酶類(lèi),也具有調(diào)節(jié)其他激素和小分子活性的功能,進(jìn)而能影響多種生理進(jìn)程,其精確調(diào)控對(duì)于維持穩(wěn)態(tài)和適應(yīng)不同的環(huán)境條件至關(guān)重要[13]。Tao L 等[14]的研究結(jié)合基因組方法,鑒定了一些包括CRYM 在內(nèi)的參與山羊卵巢功能調(diào)節(jié)和季節(jié)性繁殖相關(guān)的候選基因,有助于對(duì)山羊繁殖性狀遺傳構(gòu)成進(jìn)行綜合評(píng)估。所以我們猜測(cè)CHRNA7 和CRYM 基因與羊的繁殖性能有關(guān)系。
云上黑山羊是以云嶺黑山羊?yàn)槟副?、努比山羊(黑色個(gè)體)為父本進(jìn)行雜交選育,并采用胚胎移植等繁育新技術(shù),經(jīng)過(guò)20 多年培育而成的我國(guó)第1 個(gè)肉用黑山羊品種[15],具有肉質(zhì)鮮美、生長(zhǎng)快及母羊四季均可發(fā)情且產(chǎn)羔率較高等優(yōu)點(diǎn);濟(jì)寧青山羊和遼寧絨山羊也是繁殖能力較強(qiáng)、包含豐富遺傳資源的山羊品種,具有繁殖選育的潛力。本研究選用這3 個(gè)山羊群體作為研究對(duì)象,旨在分析CHRNA7 基因和CRYM 基因在3 個(gè)山羊群體中的遺傳多態(tài)性及其與產(chǎn)羔性能的關(guān)聯(lián),以期為山羊分子育種提供參考。
本研究對(duì)768 只2~5 歲的母羊(云上黑山羊544只、濟(jì)寧青山羊133 只和遼寧絨山羊91 只)頸靜脈血液(10 mL/只)進(jìn)行了采集,并通過(guò)酚氯仿法提取其基因組DNA。本試驗(yàn)的云上黑山羊來(lái)自云南紅河哈尼族彝族自治州,擁有至少1 胎產(chǎn)羔數(shù)的記錄,其中大部分擁有初生窩重和斷奶窩重(3 月齡)記錄;濟(jì)寧青山羊來(lái)自農(nóng)業(yè)農(nóng)村部濟(jì)寧青山羊保種基地(山東省嘉祥縣);遼寧絨山羊則選自遼寧絨山羊育種中心(遼寧省遼陽(yáng)市)。濟(jì)寧青山羊和遼寧絨山羊沒(méi)有具體產(chǎn)羔數(shù)記錄。本試驗(yàn)中視濟(jì)寧青山羊?yàn)楦叻敝沉θ后w,視遼寧絨山羊?yàn)榈头敝沉θ后w[16]。
利用Sequenom MassARRAY SNP 分型技術(shù)[17]對(duì)CHRNA7 和CRYM 基因候選位點(diǎn)(CHRNA7 g.29127669 G >A、CHRNA7 g.29206216 C >T、CRYM g.18929936 G >A 和CRYM g.18929951 A >G)進(jìn)行分型檢測(cè)和分析。每個(gè)分型樣品DNA需要量為 20L,DNA 濃度40~80 ng/L。相關(guān)引物信息見(jiàn)表1。
表1 用于分型的引物Table 1 primers used for typing
應(yīng)用Microsoft Excel 軟件,對(duì)CHRNA7 和CRYM基因4 個(gè)多態(tài)位點(diǎn)的基因頻率、基因型頻率、有效等位基因數(shù)(NE)、雜合度(HE)、多態(tài)信息含量(PIC)和等位基因頻率(Ne)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)。本研究利用卡方檢驗(yàn)進(jìn)行Hardy-Weinberg 平衡檢驗(yàn)并探索候選位點(diǎn)基因型與品種(高繁品種:濟(jì)寧青山羊;低繁品種:遼寧絨山羊)之間的關(guān)系。計(jì)算出產(chǎn)羔數(shù)和窩重的平均數(shù)后,采用單因素方差分析的方法分析基因型的效應(yīng),采用Tukey 法進(jìn)行多重比較,應(yīng)用IBM SPSS Statistics 統(tǒng)計(jì)軟件中的一般線性模型對(duì)云上黑山羊基因型與產(chǎn)羔數(shù)表型數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,所有數(shù)據(jù)均以平均值±標(biāo)準(zhǔn)誤形式表示,P <0.05 表示差異顯著,P <0.01 表示差異極顯著。
由基因分型結(jié)果(圖1)可知,兩個(gè)基因的4 個(gè)候選位點(diǎn)均存在多態(tài)性。在云上黑山羊、濟(jì)寧青山羊和遼寧絨山羊中,CHRNA7 基因的g.29127669 G >A 位點(diǎn)存在AG 和GG 兩種基因型,g.29206216 C >T 位點(diǎn)存在3 種基因型,分別是CC、CT 和TT;CRYM 基因的g.18929936 G >A 位點(diǎn)存在AG 和GG 兩種基因型,g.18929951 A >G 位點(diǎn)存在的兩種基因型為AA 和AG。
圖1 基因分型結(jié)果Fig.1 Genotyping results of genes
群體遺傳學(xué)分析(表2)表明,CHRNA7 基因g.29127669 G >A 位點(diǎn)在云上黑山羊、遼寧絨山羊和濟(jì)寧青山羊群體中均為低度多態(tài)(PIC <0.25),CHRNA7g.29206216C >T 位點(diǎn)在3個(gè)群體中均為中度多態(tài)性(0.25<PIC<0.5);CRYM 基因g.18929936G >A位點(diǎn)在云上黑山羊、遼寧絨山羊和濟(jì)寧青山羊3 個(gè)群體中均為低度多態(tài),CRYM 基因g.18929951 A >G位點(diǎn)在濟(jì)寧青山羊群體中為中度多態(tài),而在云上黑山羊和遼寧絨山羊群體中為低度多態(tài)??ǚ綑z驗(yàn)表明,CHRNA7 和CRYM 兩個(gè)基因的4 個(gè)候選位點(diǎn)在3個(gè)山羊群體中均處于Hardy-Weinberg 平衡狀態(tài)(P >0.05)。
表2 候選位點(diǎn)在3 個(gè)山羊品種中的群體遺傳學(xué)分析Table 2 The population genetic analysis of the candidate loci in three goat breeds
如表3 所示,CHRNA7 基因的g.29127669 G >A 和g.29206216 C >T 兩個(gè)位點(diǎn)在不同繁殖力品種(JN和LN)中的基因型分布均無(wú)顯著差異(P>0.05),但CRYM 基因g.18929936 G >A 位點(diǎn)在不同繁殖力品種中的基因型分布存在極顯著差異(P <0.01),CRYM 基因g.18929951 A >G 位點(diǎn)在不同繁殖力品種中的基因型分布也存在著顯著差異(P <0.05)。
表3 候選位點(diǎn)基因型與不同繁殖力品種的卡方檢驗(yàn)Table 3 Chi-square test for genotypes of candidate loci and Varieties with different fecundity
對(duì)云上黑山羊基因型與產(chǎn)羔數(shù)等表型數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析的結(jié)果(表4)表明,CHRNA7 基因的g.29127669 G >A 和g.29206216 C >T 位點(diǎn)及CRYM 基因的g.18929951A >G 位點(diǎn)的各基因型對(duì)產(chǎn)羔數(shù)均無(wú)顯著影響(P >0.05);但CRYM 基因g.18929936 G >A 位點(diǎn)AG 型的產(chǎn)羔數(shù)顯著高于GG 型(P <0.05);所有候選位點(diǎn)的各基因型對(duì)初生窩重均無(wú)顯著影響(P >0.05);但CHRNA7 基因g.29206216 C>T 位點(diǎn)的CC 型的斷奶窩重顯著高于CT 和TT 型(P<0.05),CT 型與TT 型的斷奶窩重則無(wú)顯著差異;同時(shí)CRYM 基因g.18929936 G >A 位點(diǎn)的AG 型的斷奶窩重也顯著高于GG 型(P <0.05)。
表4 CHRNA7 和CRYM 對(duì)云上黑山羊產(chǎn)羔性能的影響(平均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)誤)Table 4 Effects of CHRNA7 and CRYM on the lambing performance of Yunshang black goat (mean±standard error)
nAChR 是一種內(nèi)膜蛋白,可結(jié)合神經(jīng)遞質(zhì)煙堿型乙酰膽堿。選擇性的 7nAChR(CHRNA7)配體能識(shí)別煙草的主要成分乙酰膽堿和病理效應(yīng)的關(guān)鍵因子煙堿尼古?。∟T)[18],由于CHRNA7 分布廣泛,其涉及到眾多功能,包括生長(zhǎng)、突觸可塑性、神經(jīng)遞質(zhì)釋放和免疫應(yīng)答性,進(jìn)而對(duì)機(jī)體的許多行為起著調(diào)節(jié)作用,也與包括阿爾茨海默癥和帕金森等在內(nèi)的多種疾病有關(guān)系[19],有研究發(fā)現(xiàn),抑郁癥相關(guān)的行為會(huì)因提高海馬中 7nA ChR 的含量而得到調(diào)節(jié),從而認(rèn)為CHRNA7 可能與抑郁癥的發(fā)生存在密切的聯(lián)系[20]。 這些結(jié)果表明,7nAChR有發(fā)展成為治療炎癥、敗血癥、精神分裂癥和認(rèn)知障礙等疾病藥物的潛力[21]。有研究相繼發(fā)現(xiàn)在巨噬細(xì)胞、單核細(xì)胞和淋巴細(xì)胞中存在 7nAChR[22],也有越來(lái)越多的研究表明,7nAChR是包括宮頸癌在內(nèi)的多種癌癥的潛在治療靶點(diǎn)[23]。CHRNA7 是編碼7nAChR 的關(guān)鍵基因,調(diào)節(jié)細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo),在不同的非神經(jīng)元細(xì)胞中均有不同程度的表達(dá)[24]。但關(guān)于該基因在山羊繁殖性能方面是否產(chǎn)生影響未見(jiàn)報(bào)道。本研究中,CHRNA7 基因g.29127669 G >A 位點(diǎn)在云上黑山羊、遼寧絨山羊和濟(jì)寧青山羊群體中均為低度多態(tài)(PIC <0.25),CHRNA7g.29206216 C >T位點(diǎn)在3個(gè)群體中均為中度多態(tài)性(0.25 <PIC<0.5);卡方檢驗(yàn)表明,CHRNA7 基因的2 個(gè)候選位點(diǎn)在3 個(gè)山羊群體中均處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)(P>0.05)。云上黑山羊中基因型與產(chǎn)羔數(shù)等表型關(guān)聯(lián)分析的結(jié)果表明,CHRNA7 基因的g.29127669 G >A 和g.29206216 C >T 位點(diǎn)各基因型對(duì)產(chǎn)羔數(shù)均無(wú)顯著影響(P >0.05),但g.29206216 C >T 位點(diǎn)的CC 型個(gè)體斷奶窩重顯著高于CT 和TT 型(P <0.05),CT 型與TT 型的斷奶窩重則無(wú)顯著差異。
本研究中,CRYM 基因的g.18929936 G >A 位點(diǎn)在云上黑山羊、遼寧絨山羊和濟(jì)寧青山羊3 個(gè)群體中均為低度多態(tài)(PIC <0.25),g.18929951 A >G 位點(diǎn)在濟(jì)寧青山羊群體中為中度多態(tài)(0.25 <PIC<0.5),而在云上黑山羊和遼寧絨山羊群體中為低度多態(tài)??ǚ綑z驗(yàn)表明,CRYM 基因的2 個(gè)候選位點(diǎn)在3 個(gè)山羊群體中均處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)(P>0.05)。云上黑山羊中的關(guān)聯(lián)分析結(jié)果表明,CRYM 基因的g.18929951 A >G 位點(diǎn)的各基因型對(duì)產(chǎn)羔數(shù)均無(wú)顯著影響(P >0.05),但g.18929936 G >A 位點(diǎn)AG 型的產(chǎn)羔數(shù)顯著高于GG 型(P <0.05);2 個(gè)候選位點(diǎn)的各基因型對(duì)初生窩重均無(wú)顯著影響(P >0.05),但g.18929936 G >A 位點(diǎn)的AG 型的斷奶窩重也顯著高于GG 型(P <0.05)。
CHRNA7 基因的2 個(gè)位點(diǎn)g.29127669 G >A 和g.29206216 C >T 均不適合作為云上黑山羊產(chǎn)羔性能的分子標(biāo)記,但CHRNA7 基因g.29206216 C >T 位點(diǎn)可以用于斷奶窩重的選擇;CRYM 基因g.18929951 A>G 位點(diǎn)不適合用于產(chǎn)羔性能的選擇,而CRYM基因g.18929936 G >A 位點(diǎn)可作為云上黑山羊產(chǎn)羔數(shù)選擇的潛在分子標(biāo)記,同時(shí)也適合斷奶窩重的選擇。