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非洲豬瘟病毒和豬圓環(huán)病毒2型雙重SYBR GreenⅠ熒光PCR檢測方法的建立

2022-07-23 07:50:44于新友李天芝王金良姚春陽沈志強山東綠都生物科技有限公司山東濱州56600山東省濱州畜牧獸醫(yī)研究院山東濱州56600
中國獸醫(yī)學(xué)報 2022年5期
關(guān)鍵詞:雙重病原質(zhì)粒

于新友,李天芝,王金良,姚春陽,沈志強* (.山東綠都生物科技有限公司,山東 濱州 56600;.山東省濱州畜牧獸醫(yī)研究院,山東 濱州 56600)

非洲豬瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)感染豬后可引起非洲豬瘟(African swine fever,ASF),該病是一種烈性、高度接觸性傳染病[1]。臨床表現(xiàn)為豬高熱、嘔吐、皮膚出血、血便[2],死亡豬剖檢可見內(nèi)臟各器官廣泛出血[3]。ASV于2018年8月首次在我國沈陽某豬場被檢出[4],至今在我國豬場流行已近3年時間,臨床有變異毒株出現(xiàn),病毒毒力變?nèi)?,豬場疫情逐漸緩和,一些豬場出現(xiàn)感染豬病死率低的現(xiàn)象[5]。豬圓環(huán)病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)是圓環(huán)病毒科圓環(huán)病毒屬成員[6],感染豬后可引起圓環(huán)病毒病,在世界豬群中廣泛流行,臨床表現(xiàn)為斷奶仔豬多系統(tǒng)衰竭綜合征、皮炎腎病綜合征、母豬繁殖障礙、腸炎等[7]。PCV2是一種免疫抑制性病原,可導(dǎo)致豬免疫抑制[8]。PCV2可與多種病原混感,病原對外界環(huán)境抵抗力強,能耐受多種消毒劑,豬群一旦發(fā)病,很難從豬群中清除,給世界養(yǎng)豬業(yè)造成了嚴重的經(jīng)濟損失[9]。

疫苗中外源病毒污染不僅影響疫苗的有效性,給接種動物造成巨大的安全隱患,還可能會引起嚴重的生物安全問題[10],因此,一定要重視活疫苗中外源病毒的污染情況,保證使用純凈合格的疫苗。防止ASFV污染主要依賴生物安全和檢測,最核心的就是防止病原通過人員、物料、車輛、生物制品等外來物品攜帶進場,因此,ASFV是當(dāng)前進場疫苗的必檢項目之一。疫苗生產(chǎn)中用到的胰酶多為豬源材料制備,發(fā)生PCV2污染的幾率很高。疫苗成品中不應(yīng)帶有ASFV、PCV2等外源病毒污染,這2種外源病毒為成品疫苗出廠前或使用前必須檢驗的項目。亟需開發(fā)一種快速檢測試劑盒,以滿足實際疫苗快速品控需求。

熒光PCR 已作為一種快速、靈敏、便宜的檢測方法被廣泛使用,與傳統(tǒng)PCR檢測比,敏感性高,反應(yīng)后不需要通過電泳檢測PCR產(chǎn)物,減少了實驗室發(fā)生氣溶膠污染的風(fēng)險。因此熒光PCR檢驗可作為生物制品外源病毒的一種檢驗手段。目前同時檢測ASFV和PCV2 2種病原的雙重SYBR GreenⅠ熒光PCR方法未見報道。為提升檢測效率,本試驗建立了一種能快速檢測ASFV和PCV2的雙重SYBR GreenⅠ熒光PCR檢測方法。

1 材料與方法

1.1 質(zhì)粒、毒株和檢測樣品含ASFV和PCV2特異性基因片段的質(zhì)粒pMD-p72和pMD-ORF1由通用生物系統(tǒng)(安徽)有限公司合成;豬瘟病毒、豬繁殖與呼吸綜合征病毒、豬偽狂犬病病毒、豬乙型腦炎病毒、豬流行性腹瀉病毒、口蹄疫病毒(從市售滅活疫苗中采用氯仿抽提獲得)等由本實驗室保存;偽狂犬病活疫苗樣品為從市場購買的不同廠家生產(chǎn)的不同批次產(chǎn)品。

1.2 主要試劑和儀器SYBR Green Pro Taq HS預(yù)混型qPCR試劑盒購自湖南艾科瑞生物工程有限公司;Simply P病毒DNA/RNA提取試劑盒購自杭州博日科技公司;質(zhì)粒小量制備試劑盒購自百泰克生物科技公司;MyGo Pro熒光PCR擴增儀購自青島巴菲特生物公司。

1.3 引物設(shè)計與合成從GenBank中下載ASFV p72和PCV2 ORF1的基因序列,用分子生物學(xué)軟件DNAStar進行分析,根據(jù)保守部分設(shè)計特異性引物,由通用生物系統(tǒng)(安徽)有限公司合成。

1.4 病原核酸的提取按試劑盒說明書提取豬瘟病毒、豬繁殖與呼吸綜合征病毒、豬偽狂犬病病毒、豬乙型腦炎病毒、豬流行性腹瀉病毒、口蹄疫病毒等病原的核酸,-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>

1.5 雙重?zé)晒釶CR檢測方法的建立和優(yōu)化將ASFV的干粉狀引物F1、R1 和PCV2的干粉狀引物F2、R2,分別用無菌超純水稀釋至15 μmol/L。按SYBR Green Pro Taq HS預(yù)混型qPCR試劑盒說明書配制反應(yīng)體系,總體積為20 μL,其中2×SYBR Green Pro Taq HS Premix 10 μL,模板質(zhì)粒pMD-p72 1 μL、質(zhì)粒pMD-ORF1 1 μL,不斷調(diào)整優(yōu)化引物在反應(yīng)體系中的加入量,用超純水補足20 μL。以超純水為模板的陰性對照,混勻后置于MyGo Pro熒光PCR擴增儀中。設(shè)定反應(yīng)程序,分別以50,51,52,53,54,55,56,57,58,59,60℃等不同退火溫度進行擴增反應(yīng)。

1.6 靈敏度檢測將合成的模板質(zhì)粒pMD-p72和pMD-ORF1分別轉(zhuǎn)化大腸桿菌DH5α,挑取陽性克隆,置于LB液體培養(yǎng)液中,37℃溫箱振蕩培養(yǎng)過夜,用質(zhì)粒小量制備試劑盒提取質(zhì)粒。測定濃度和純度后,分別將質(zhì)粒pMD-p72和pMD-ORF1 10倍比系列梯度稀釋,作為模板加入到熒光PCR反應(yīng)體系中,用建立的雙重?zé)晒釶CR方法進行擴增。

1.7 特異性試驗將1.6中稀釋后的同濃度梯度質(zhì)粒pMD-p72和pMD-ORF1等體積混合制備混合質(zhì)粒pMD-p72/ORF1。分別以質(zhì)粒pMD-p72、pMD-ORF1、pMD-p72/ORF1以及提取豬瘟病毒、豬繁殖與呼吸綜合征病毒、豬偽狂犬病病毒、豬乙型腦炎病毒、豬流行性腹瀉病毒、口蹄疫病毒等病原的核酸為模板,用建立的雙重?zé)晒釶CR方法進行擴增,檢驗方法的特異性。

1.8 重復(fù)性試驗分別選取1.6中梯度稀釋質(zhì)粒pMD-p72和pMD-ORF 的3種稀釋度樣品為模板,每個稀釋度設(shè)3個重復(fù),分別進行雙重?zé)晒釶CR檢測,對熔解曲線Tm值進行分析,計算批內(nèi)和批間變異系數(shù)。

1.9 干擾性試驗為驗證同一反應(yīng)體系中模板濃度高的樣本是否干擾濃度低樣本的擴增效果,將質(zhì)粒pMD-p72和pMD-ORF1按不同濃度配比組合(5.6×105和3.2×101copies/μL;5.6×101和3.2×106copies/μL;5.6×107和3.2×102copies/μL),組成質(zhì)?;旌弦?,用建立的ASFV和PCV2雙重SYBR GreenⅠ熒光PCR方法進行擴增。

1.10 臨床樣品采集與檢驗每瓶豬偽狂犬病毒活疫苗用2 mL生理鹽水進行稀釋,取1 mL疫苗以12 000 r/min離心2 min,取上清為模板,用建立的雙重?zé)晒釶CR方法進行檢測,并同時以國家標準GB/T 18648-2020規(guī)定的和中華人民共和國獸藥典三部(2015年版)中提供的ASFV和PCV2的標準檢測方法進行檢測,比較分析其檢測結(jié)果。

2 結(jié)果

2.1 引物的篩選通過大量試驗,初步篩選出可同時檢測ASFV和PCV2的引物組合,引物信息見表1。

表1 引物和探針序列及相關(guān)信息

2.2 雙重?zé)晒釶CR檢測方法的建立和優(yōu)化PCR加樣反應(yīng)體系優(yōu)化后,確立了體系中引物的最適加入量:20 μL反應(yīng)體系中F1 0.7 μL、R1 1.0 μL、F2 0.8 μL和R2 1.5 μL;優(yōu)化退火溫度后確立的最佳退火溫度為54℃;確立的熒光PCR反應(yīng)程序:95℃預(yù)變性3 min;94℃變性5 s,54℃退火20 s (此處收集熒光),40個循環(huán)。擴增結(jié)束后,進行熔解曲線分析,步驟為以0.1℃/s的速率升溫至97℃,連續(xù)收集熒光,繪制產(chǎn)物的熔解曲線(圖1)。

1.質(zhì)粒標準品模板;2.陰性對照圖1 雙重?zé)晒釶CR反應(yīng)熔解曲線分析

2.3 靈敏度檢測測定質(zhì)粒pMD-p72的濃度為5.6×109copies/μL,10倍比梯度稀釋后,進行熒光PCR擴增反應(yīng),結(jié)果顯示,對質(zhì)粒pMD-p72的最低檢測限度為5.6 copies/μL。測定質(zhì)粒pMD-p72的濃度為3.2×109copies/μL,10倍比梯度稀釋后,進行熒光PCR擴增反應(yīng),結(jié)果顯示對質(zhì)粒pMD-p72的最低檢測限度為3.2 copies/μL。

2.4 特異性試驗用建立的雙重SYBR GreenⅠ熒光PCR方法進行檢測,結(jié)果顯示,質(zhì)粒pMD-p72有特異性峰,Tm值為(83.16±0.5)℃,質(zhì)粒pMD-ORF1有特異性峰,Tm值為 (80.12±0.5)℃,質(zhì)粒pMD-p72/ORF1有雙峰,Tm值分別為(83.16±0.5)和(80.12±0.5)℃。豬瘟病毒、豬繁殖與呼吸綜合征病毒、豬偽狂犬病病毒、豬乙型腦炎病毒、豬流行性腹瀉病毒、口蹄疫病毒等核酸均無(83.16±0.5)或(80.12±0.5)℃特異性Tm值(圖2),表明所建方法特異性良好,與其他病原基因無交叉擴增反應(yīng)。

1.質(zhì)粒pMD-p72/ORF1;2.質(zhì)粒pMD-p72;3.質(zhì)粒pMD-ORF1;4~9.分別為豬瘟病毒、豬繁殖與呼吸綜合征病毒、豬偽狂犬病病毒、豬乙型腦炎病毒、豬流行性腹瀉病毒和口蹄疫病毒圖2 雙重?zé)晒釶CR擴增特異性

2.5 重復(fù)性試驗質(zhì)粒pMD-p72稀釋后選取5.6×105,5.6×103,5.6×101copies/μL 3種不同濃度,每種濃度重復(fù)3次,進行雙重?zé)晒釶CR檢測。質(zhì)粒pMD-ORF1稀釋后選取3.2×105,3.2×103,3.2×101copies/μL等3種不同的濃度,每種濃度重復(fù)3次,進行雙重?zé)晒釶CR檢測。記錄所檢測樣品Tm值,分別計算組內(nèi)變異系數(shù)(CV)及組間變異系數(shù)。結(jié)果顯示,2組質(zhì)粒組內(nèi)和組間變異系數(shù)均不超過于1%,表明方法具有良好的重復(fù)性(表2)。

表2 熒光PCR組內(nèi)和組間重復(fù)性試驗結(jié)果

2.6 干擾性試驗2種高低不同濃度的質(zhì)粒組合在同一PCR擴增體系中進行雙重?zé)晒釶CR檢測時,依然能檢測出低濃度質(zhì)粒樣本,結(jié)果不受高濃度質(zhì)粒干擾,表明所建方法適合臨床混合樣本中低濃度樣本檢測。

2.7 臨床樣品檢測對收集的14份疫苗樣本,采用建立的雙重?zé)晒釶CR進行檢測,結(jié)果顯示ASFV陽性樣本0份,PCV2陽性樣本0份。同時參照相關(guān)國家標準GB/T 18648-2020規(guī)定和中華人民共和國獸藥典規(guī)定的檢測方法進行檢測,結(jié)果顯示,本研究建立的雙重?zé)晒釶CR方法與這些檢測的結(jié)果完全一致。

3 討論

疫苗生產(chǎn)中需要用到細胞、血清、胰蛋白酶等動物源性材料,存在外源病毒污染的風(fēng)險。傳統(tǒng)外源病毒檢測方法操作繁瑣,費時、費力,亟需開發(fā)疫苗中外源病毒快速、簡單的檢測方法[11]。熒光PCR方法具有檢測速度快、敏感性高、操作簡便等特點,已經(jīng)被廣泛應(yīng)用于各病原檢測。熒光PCR方法可分為染料法和探針法2種,與探針法熒光PCR方法相比,染料法不需要合成昂貴的探針,研發(fā)成本低。染料法與探針法相比對,引物要求更高,雙重PCR方法對引物的挑選更為嚴格,也是建立方法的關(guān)鍵。與探針法熒光PCR不同,染料法擴增結(jié)束后增加了一步熔解曲線分析,隨溫度升高,一半擴增產(chǎn)物發(fā)生解鏈時的熔解溫度為Tm峰值,每個峰值代表不同產(chǎn)物。通過對Tm峰值的差別進行分析,可實現(xiàn)病原的多重檢測,且對熒光PCR儀器要求低,通用性好。目前尚無檢測ASFV和PCV2的雙重SYBR GreenⅠ熒光PCR檢測方法。

ASFV基因組是雙鏈DNA,大小為170~190 kb,p72基因保守性好,在是ASFV分子檢測常選用的靶基因[12]。ORF1基因編碼PCV2復(fù)制相關(guān)蛋白,保守性好,是PCV2分子檢測常選用靶基因。本試驗建立的同時檢測ASFV和PCV2的雙重SYBR GreenⅠ熒光PCR方法,僅需40 min即可完成2種病原的快速篩查。雙重?zé)晒釶CR檢測方法能否成功建立,引物的設(shè)計非常關(guān)鍵,本試驗通過大量引物篩選初步找到4條能用的引物,引物退火溫度相近,引物之間不相互干擾,優(yōu)化了各引物加入量,檢測結(jié)果與單重?zé)晒釶CR一致,但可降低成本,減少繁瑣的加樣步驟。ASFV和PCV2的特異性Tm峰值分別為 (83.16±0.5)和(80.12±0.5)℃,方法特異性好,不與豬常見病原發(fā)生交叉反應(yīng)。對ASFV和PCV2的最低檢測限度為5.6和3.2 copies/μL。選取不同濃度ASFV和PCV2質(zhì)粒樣本測試,結(jié)果顯示所建方法具有良好重復(fù)性,2組質(zhì)粒模板的Tm值組內(nèi)和組間變異系數(shù)均不超過于1%。應(yīng)用雙重?zé)晒鈾z測14份偽狂犬活疫苗樣品,同時參照相關(guān)國家標準GB/T 18648-2020和中華人民共和國獸藥典規(guī)定的檢測方法進行檢測,檢測結(jié)果完全一致,但可節(jié)約時間,減少費用,提高檢測效率。不同試劑和不同儀器擴增同一目標產(chǎn)物的Tm值可能會不同,有的偏差較大。本試驗中2種病原的Tm值是使用現(xiàn)有的試劑盒和儀器得到的,但2種產(chǎn)物的Tm值差數(shù)不變。2種不同目標產(chǎn)物的Tm值雖有波動,但不超過1℃,而且2種產(chǎn)物的Tm值差在2℃以上,因此,可以在同一管中檢測并區(qū)分ASFV和PCV2。本研究所建ASFV和PCV2雙重SYBR GreenⅠ熒光PCR方法可用于這2種病原的快速檢測,為疫苗中外源病毒的快速檢測提供了一種簡便的方法。

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