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蘄蛇實(shí)時熒光定量PCR快速鑒別方法的建立

2022-08-02 00:48裴社強(qiáng)楊寶
關(guān)鍵詞:探針靈敏度特異性

裴社強(qiáng) 楊寶

(山西省檢驗(yàn)檢測中心藥品檢驗(yàn)技術(shù)研究所 山西 太原 030000)

1 前言

蘄蛇(Agkistrodon)為蝰科動物五步蛇的干燥體,多將其于夏、秋季捕捉,剖開蛇腹,除去內(nèi)臟,洗凈,用竹片撐開腹部,盤成圓盤狀,干燥后拆除竹片,有祛風(fēng)、通絡(luò)、止痙的功效[1],臨床常用于風(fēng)濕、腫瘤和心腦血管類疾病的治療[2-5]。蘄蛇作為貴重的動物藥材,臨床功效確切,商品來源復(fù)雜,藥材形態(tài)鑒別較為困難。近年來,由于野生資源逐漸匱乏,且價格昂貴,市場上出現(xiàn)蛇類偽品和混淆品甚多,且僅憑外部形態(tài)特征難以準(zhǔn)確辨認(rèn)[6]。從已報道的研究文獻(xiàn)來看,蘄蛇的有效成分尚不明確,暫未發(fā)現(xiàn)蘄蛇的專屬性檢測化學(xué)成分,而傳統(tǒng)的性狀鑒別方法需要豐富的鑒別經(jīng)驗(yàn),由于蘄蛇本身價格昂貴,成方用量少,市售多為飲片產(chǎn)品,更增加了其鑒別難度。隨著分子鑒定技術(shù)的引入,中國藥典2010年版一部鑒別項(xiàng)下增加了蘄蛇的PCR鑒定,該方法用時較長,需要電泳檢測,無法適應(yīng)現(xiàn)場鑒定的需要[7]。

分子生物學(xué)能夠從基因水平對蘄蛇成分進(jìn)行鑒定,與傳統(tǒng)檢測方法相比,其具有特異性強(qiáng)、靈敏度高、可操作性強(qiáng)等特點(diǎn),目前在中藥材真?zhèn)舞b別領(lǐng)域已得到廣泛應(yīng)用。近年來,實(shí)時熒光定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(qPCR)技術(shù)的飛速發(fā)展,大大提高了檢測的靈敏度、特異性和準(zhǔn)確性,使得成分含量的定量溯源成為可能[8]。本文基于蘄蛇CO1序列的特異性位點(diǎn)設(shè)計引物,同時結(jié)合藥材快速提取技術(shù)[9],引入TaqMan熒光探針,以期建立快速準(zhǔn)確鑒別蘄蛇真?zhèn)蔚姆椒ǎ瑸樗幉氖袌?、生產(chǎn)企業(yè)、監(jiān)管部門提供技術(shù)支持。

2 材料與方法

2.1 材料

高速冷凍離心機(jī)(Neofuge 13R,香港力康);微量核酸分析儀(eppendorf);熒光定量PCR儀(ABI 7500fast,美國熱電);梯度PCR儀(BIO-RAD C1000 TOUCH);電泳儀(Power Pac Basic);凝膠成像系統(tǒng)(美國伯樂);TaKaRa MiniBEST Universal Genomic DNA Extraction Kit Ver.5.0(Tkara,Cat#9765);Taq-ManTMFast Universal PCR Master Mix(2X)(ABI,NO.4366072)。引物、探針由上海生工生物公司合成。

本文共收集蘄蛇藥材及其易混偽品14個物種25份樣品,樣品來源于廣州清遠(yuǎn)、廣西玉林、吉林通化、大連市藥檢所、桂林市藥檢所及太原市藥店醫(yī)院和生產(chǎn)企業(yè)等地,經(jīng)山西省食品藥品檢驗(yàn)所主任藥師羅晉萍鑒定,保存于太原市食品藥品檢驗(yàn)所,樣品信息詳見表1和表2。

表1 蘄蛇樣品信息

表2 蘄蛇混偽品信息

(續(xù)表2)

2.2 儀器

萬分之一分析天平(204,梅特勒公司);純水儀(Milli-Q,Millipore公司);球磨儀(MM400,Retsch公司);高速冷凍離心機(jī)(Neofuge 13R,香港力康公司);微量核酸分析儀(eppendorf公司);實(shí)時熒光定量PCR儀(MyGo Pro,IT-IS公司)。

2.3 試劑

聚乙烯吡咯烷酮40(PVP 40,上海遠(yuǎn)慕生物科技有限公司);Triton X-100(上海生工生物技術(shù)有限公司);定性濾紙(杭州雙圈濾紙有限公司);石蠟(萊卡公司);擴(kuò)增試劑TaqManTMFast Universal PCR預(yù)混液(2X,ABI,NO.4352042,賽默飛世爾科技中國有限公司)。引物由大連寶生生物有限公司合成,其他試劑為國產(chǎn)分析純。

2.4 方法

2.4.1 樣品DNA提取

為提高提取效率,本文采用楊璐等[9]開發(fā)的實(shí)驗(yàn)方法,具體如下:用剪刀將濾紙裁剪成44 mm×2 mm的長方形濾紙條,將其一端浸入加熱融化的石蠟中;待晾干后形成40 mm×2 mm的疏水手柄區(qū)域,以便轉(zhuǎn)移濾紙條,前端未浸漬石蠟的部分則為核酸結(jié)合區(qū),用于后續(xù)的核酸吸附;為避免污染,用75%酒精棉球?qū)悠繁砻娌潦酶蓛簦栏?,將干品用球磨儀粉碎成細(xì)粉狀;稱取經(jīng)液氮研磨后新鮮或干燥藥材粉末0.05~0.20 g,置于2 mL離心管中,研磨;加入500 μL裂解液,將樣品裂解7 s;將濾紙圓盤浸入裂解液中3 s,以吸附核酸;將圓盤轉(zhuǎn)移至1 750 μL清洗液中3 s,以清洗表面吸附的雜質(zhì);將圓盤轉(zhuǎn)移至配制好的反應(yīng)體系中。該方法與濾紙條法的不同之處,在于圓盤是保留在擴(kuò)增體系中。

2.4.2 引物的設(shè)計與擴(kuò)增

引物的設(shè)計:通過查閱文獻(xiàn)和檢索NCBI數(shù)據(jù)庫,獲得蘄蛇及其他常見近源物種序列,根據(jù)引物和Taq Man探針的設(shè)計原則,經(jīng)過Oligov7.0.1設(shè)計出能夠用于蘄蛇真?zhèn)舞b別的實(shí)時熒光PCR檢測引物和探針,將設(shè)計的引物和探針序列在NCBI的Blast中進(jìn)行搜索和比對,確定其特異性。

探針:5'FAM-TCCGGAGAGAGGTGGATAGAC GGT-TAMARA3'

上游引物:5'-ACTACTGCCCCCAGCATTACT-3'

下游引物:5'-CACTGATGGGCCGGAGTGTA-3'

擴(kuò)增反應(yīng)體系配制見表3。反應(yīng)條件為:95℃預(yù)變性20 s,95℃變性3 s,60℃退火30 s,40個循環(huán)。

表3 反應(yīng)體系配制表

2.4.3 特異性實(shí)驗(yàn)

特異性實(shí)驗(yàn)見表2,提取表2中樣品的DNA作為模板。按照“2.4.2”中的反應(yīng)體系和條件進(jìn)行擴(kuò)增,同時以滅菌雙蒸水作為空白對照,驗(yàn)證引物和探針對蘄蛇樣品擴(kuò)增的特異性。

2.4.4 樣品覆蓋度實(shí)驗(yàn)

筆者攜帶快速檢測儀器MyGo Pro實(shí)時熒光定量PCR儀及試劑,赴山西省國藥集團(tuán)進(jìn)行快速檢測,以表1中5批蘄蛇的DNA為模板,按照“2.4.2”中的反應(yīng)體系和條件進(jìn)行擴(kuò)增,以滅菌雙蒸水作為空白對照,進(jìn)行覆蓋度試驗(yàn)。

2.4.5 靈敏度實(shí)驗(yàn)

將50 ng的蘄蛇DNA模板用滅菌雙蒸水10倍遞減稀釋,稀釋濃度從高到低分別為:50、5、0.5、0.05、0.005 ng/μL,每個梯度進(jìn)行5次平行實(shí)驗(yàn),按照“2.4.2”中的反應(yīng)體系和條件進(jìn)行擴(kuò)增,驗(yàn)證該方法的靈敏度。

3 結(jié)果與分析

3.1 特異性實(shí)驗(yàn)

如圖1所示,空白對照無FAM熒光對數(shù)擴(kuò)增曲線;非蘄蛇類樣品無明顯的FAM熒光對數(shù)擴(kuò)增曲線,Ct值均>40;陽性對照蘄蛇對照藥材有FAM熒光信號檢出,且出現(xiàn)典型的擴(kuò)增曲線,Ct值<35,證明實(shí)驗(yàn)有效。

圖1蘄蛇特異性實(shí)驗(yàn)

3.2 樣品覆蓋度實(shí)驗(yàn)

圖2 為筆者赴山西省國藥集團(tuán)進(jìn)行5批蘄蛇樣品快速檢測的結(jié)果,經(jīng)1 min快速提取,5批樣品在40個循環(huán)中,均產(chǎn)生明顯的熒光對數(shù)擴(kuò)增曲線,Ct值均<35,實(shí)驗(yàn)全過程不超過30 min,能夠有效、準(zhǔn)確地鑒別蘄蛇,經(jīng)過專家鑒定和DNA條形碼測序結(jié)果的比對,結(jié)果完全一致,證明該方法適用于市售蘄蛇的真?zhèn)舞b別。

圖2 蘄蛇樣品覆蓋度實(shí)驗(yàn)

3.3 靈敏度實(shí)驗(yàn)

按“2.4.2”中方法進(jìn)行PCR擴(kuò)增,將所得Ct值進(jìn)行線性擬合,得到標(biāo)準(zhǔn)曲線,如圖3所示,曲線有明顯的對數(shù)增長,相對標(biāo)準(zhǔn)偏差RSD均<3.5%,擴(kuò)增結(jié)果具有良好的重復(fù)性:y=-3.391x+18.862,R2=0.999,線性相關(guān)度良好。根據(jù)本標(biāo)準(zhǔn)曲線,計算得出,Ct值為35時,蘄蛇DNA的質(zhì)量濃度為0.5 pg/μL,該實(shí)時熒光PCR體系的靈敏度為0.5 pg/反應(yīng)。

圖3 蘄蛇樣品靈敏度擴(kuò)增圖譜

圖4 蘄蛇樣品靈敏度擴(kuò)增標(biāo)準(zhǔn)曲線

4 討論

目前,蘄蛇鑒別的經(jīng)典方法為形態(tài)學(xué)[10],當(dāng)蘄蛇藥材保存完整時,可通過其外觀形態(tài)的典型特征進(jìn)行鑒定,但是,若藥材已被切成段狀,通過性狀就難以準(zhǔn)確鑒別[11]。長期以來,研究人員普遍認(rèn)為動物類中藥的有效成分為其中的蛋白類成分,可通過胃腸道的消化吸收進(jìn)入人體以發(fā)揮作用,但未見蘄蛇具有專屬性特殊藥理活性氨基酸類成分的報道[12],故采用分子生物學(xué)檢測具有極大優(yōu)勢。現(xiàn)行國家藥品標(biāo)準(zhǔn)中國藥典2010年增補(bǔ)版開始采用PCR檢測方法鑒別蘄蛇真?zhèn)?,但該方法為普通PCR法,需要電泳檢測,檢測耗時長,無法滿足現(xiàn)場檢測需求。

CO1是細(xì)胞色素氧化酶1基因的序列,其對動物鑒定的有效性已在多個類群中得到驗(yàn)證,成為動物條形碼的核心序列[13],故CO1分子標(biāo)記被廣泛應(yīng)用于中藥材的鑒定。本文依據(jù)中國藥典2020年版四部[14]和陳士林[13]對中藥材DNA條形碼分子鑒定指導(dǎo)原則,基于CO1分子標(biāo)記,設(shè)計了特異性鑒別蘄蛇的引物和TaqMan探針,在40個循環(huán)內(nèi),蘄蛇對照藥材(山西省國藥集團(tuán)樣品)有熒光對數(shù)擴(kuò)增曲線,其他非蘄蛇樣品無熒光對數(shù)擴(kuò)增曲線,與現(xiàn)行標(biāo)準(zhǔn)方法相比,本實(shí)驗(yàn)方法全程僅需20~40 min,而標(biāo)準(zhǔn)方法需要2 h以上;本實(shí)驗(yàn)方法使用儀器采集熒光判讀結(jié)果,靈敏度更高,達(dá)到0.5 pg/反應(yīng),標(biāo)準(zhǔn)方法為普通PCR法,需要進(jìn)行電泳實(shí)驗(yàn);本實(shí)驗(yàn)方法全過程閉環(huán)操作,降低假陽性率,避免電泳時核酸染色劑對人員及環(huán)境造成危害;本實(shí)驗(yàn)方法操作較為簡單,業(yè)務(wù)不熟練的人員也能夠快速掌握,檢測結(jié)果與形態(tài)學(xué)生藥鑒定結(jié)果及DNA條形碼測序結(jié)果完全吻合,具有極強(qiáng)的可靠性和穩(wěn)定性。

5 結(jié)論

本文對市售蘄蛇樣本進(jìn)行熒光PCR檢測分析,并進(jìn)行特異性實(shí)驗(yàn)、靈敏度實(shí)驗(yàn)、樣本覆蓋度實(shí)驗(yàn),結(jié)果表明,本文建立的引物和TaqMan探針使非蘄蛇類樣品及陰性對照未產(chǎn)生費(fèi)特異性擴(kuò)增,有利于結(jié)果判讀,可有效鑒別蘄蛇中藥材真?zhèn)?,全過程閉環(huán)操作,無需PCR后處理,實(shí)驗(yàn)結(jié)果由儀器顯示,避免主觀誤差,本實(shí)驗(yàn)方法具有檢測專屬性強(qiáng)、準(zhǔn)確率高、簡單快速、無污染等優(yōu)點(diǎn),能夠?yàn)樘I蛇真?zhèn)舞b別提供依據(jù)。

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