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基于基因芯片對癲癇小鼠海馬組織miRNA-204表達(dá)的研究及生物信息學(xué)分析

2022-08-09 01:38呂婷婷刁麗梅
關(guān)鍵詞:海馬癲癇發(fā)作

吳 瓊, 呂婷婷, 刁麗梅

癲癇(Epilepsy)是由于大腦神經(jīng)元異常放電引起短暫大腦功能失調(diào)的神經(jīng)系統(tǒng)疾病,對患者學(xué)習(xí)和生活產(chǎn)生嚴(yán)重影響。全球每年有240萬人被診斷為癲癇,近30%的患者抗癲癇藥物無法控制癲癇發(fā)作,急需新的治療方法[1]。MicroRNA(miRNA)是一種長度為20~24個核苷酸的內(nèi)源性非編碼蛋白的RNA,其通過與靶基因特定序列相互作用,調(diào)節(jié)靶基因表達(dá)的活性。miRNA異常的調(diào)節(jié)對癲癇的發(fā)生發(fā)展產(chǎn)生重要的影響,可能成為癲癇的潛在生物標(biāo)記物和治療靶點。本研究利用基因芯片技術(shù)挖掘差異基因,并對差異基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析,探索miRNA對癲癇治療靶點作用機(jī)制,開拓癲癇診斷與治療新的思路。

1 材料與方法

1.1 材 料

1.1.1 實驗動物 雄性昆明小鼠20只,清潔級,約25~30 g。昆明小鼠由廣西醫(yī)科大學(xué)動物實驗中心購買。

1.1.2 實驗試劑和儀器 鹽酸匹羅卡品(美國Sigma公司)、氯化鋰(中國醫(yī)藥集團(tuán)上海試劑公司)、硫酸阿托品注射液(鄭州鈴銳制藥有限公司)、Aglient 2100 Bioanalyzer(美國Agilent公司)、Thremo Nanodrop 2000(美國 Thremo公司)、GeneChip Scanner 3000(美國Affymetrix公司)、GeneChip Fluidics Station 450(美國Affymetrix公司)、GeneChip Hybridization Oven 645(美國Affymetrix公司)。

1.2 方 法

1.2.1 模型制備 將制昆明小鼠按隨機(jī)數(shù)字表法隨機(jī)分為造模組和對照組。造模組:昆明小鼠腹腔注射氯化鋰(127 mg/kg),18~24 h后注射阿托品 (1 mg/kg),30 min后腹腔注射匹羅卡品(10 mg/kg),每2 d進(jìn)行造模實驗1次,共5次,Ⅳ級以上發(fā)作為造模成功。對照組:同樣方法注射生理鹽水。

1.2.2 實驗過程 分別取造模組和對照組小鼠腦部海馬組織,進(jìn)行基因芯片檢測,選出模型組和對照組表達(dá)差異的基因。采用miRNA靶基因預(yù)測工具TargetScan、rna22、miRBase進(jìn)行預(yù)測并取交集。利用DAVID數(shù)據(jù)庫,將取交集后靶基因基因按功能分為3大類:生物學(xué)過程、細(xì)胞組分和分子功能3類,后進(jìn)行KEGG通路分析。

1.2.3 統(tǒng)計學(xué)分析數(shù)據(jù) 使用SPSS 21.0進(jìn)行處理,組間比較使用t檢驗,P<0.05 為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

2 結(jié) 果

2.1 差異基因 根據(jù)實驗結(jié)果,篩選|FC|≥ 1.5的miRNA進(jìn)行預(yù)測分析:相對表達(dá)增多的差異miRNA 10個,相對表達(dá)減少差異miRNA 18個,結(jié)合實驗結(jié)果及相關(guān)文獻(xiàn),選取 miRNA-204進(jìn)行預(yù)測分析。

2.2 靶基因預(yù)測 采用TargetScan共預(yù)測到miRNA-204靶基因6762個,rna22共預(yù)測到miRNA-204靶基因14335個,miRBase共預(yù)測到miRNA-204靶基因587個,取三者交集得到457個共同的靶基因。

2.3 靶基因GO分析 通過DAVID分析工具對miRNA-204靶基因進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn),miRNA-204靶基因靶基因富集于21個基因功能(P<0.01)。miRNA-204靶基因富集在生物學(xué)過程:大腦發(fā)育、磷脂酰肌醇代謝過程、離子運(yùn)輸、蛋白質(zhì)運(yùn)輸、蛋白質(zhì)硫酸化、類固醇激素介導(dǎo)的信號傳導(dǎo)、線粒體去極化、細(xì)胞對缺氧的反應(yīng)、GTP酶介導(dǎo)的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、肌動蛋白細(xì)胞骨架組織等相關(guān)生物學(xué)過程。miRNA-204靶基因主要作用在:突觸后膜、高爾基體膜、細(xì)胞核、細(xì)胞質(zhì)內(nèi)等細(xì)胞組分。miRNA-204靶基因富集的分子功能包括:與蛋白質(zhì)結(jié)合和金屬離子結(jié)合、調(diào)控類固醇激素受體活性及GTPase活化劑活性(見圖1)。

圖1 miRNA-204靶基因富集分析

2.4 miRNA-204靶基因KEGG分析 miRNA-204靶基因主要富集在16條通路中(P<0.05):Wnt信號傳導(dǎo)通路、磷脂酰肌醇信號系統(tǒng)、神經(jīng)活性配體-受體相互作用通路、鞘脂信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路、鈣信號通路、Hippo信號通路、cGMP-PKG信號傳導(dǎo)通路、癌細(xì)胞膽堿代謝、血管平滑肌收縮、晝夜節(jié)律、胰腺分泌、唾液分泌等相關(guān)通路(見圖2)。

圖2 miRNA-204靶基因KEGG分析

3 討 論

本實驗研究利用基因芯片發(fā)現(xiàn)miRNA-204在氯化鋰-匹羅卡品癲癇小鼠海馬組織表達(dá)減少。已有研究報道與本實驗基因芯片檢測結(jié)果相一致:Raoof R等[2]研究發(fā)現(xiàn),miRNA-204在顳葉癲癇及癲癇持續(xù)狀態(tài)患者的腦脊液中表達(dá)顯著減少,Xiang等[3]研究也顯示在體外培養(yǎng)的癲癇持續(xù)狀態(tài)海馬神經(jīng)細(xì)胞中miRNA-204顯著下調(diào),miRNA-204 通過調(diào)節(jié) TrkB 和下游ERK1/2-CREB信號通路在海馬神經(jīng)元模型中發(fā)揮抗癲癇作用。在Xia等[4]在膠質(zhì)細(xì)胞瘤繼發(fā)的癲癇腦組織中發(fā)現(xiàn),miRNA-204表達(dá)水平明顯低于正常腦組織的表達(dá)量,并且發(fā)現(xiàn)miRNA-204可以顯著抑制了膠質(zhì)瘤細(xì)胞的生長、遷移和侵襲。

本實驗研究中預(yù)測的miRNA-204靶基因的功能GO富集顯示:miRNA-204與大腦發(fā)育關(guān)系密切,相關(guān)研究也證實miRNA-204在神經(jīng)發(fā)育過程中起關(guān)鍵作用,包括在軸突誘導(dǎo)控制中的作用和在神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育中的重要作用[5]。miRNA-204在驚厥性腦損傷后表達(dá)顯著增加,可減少驚厥誘導(dǎo)的神經(jīng)細(xì)胞凋亡,加速神經(jīng)細(xì)胞軸突的生長與延伸[6]。然而,一些研究也提示miRNA-204可導(dǎo)致大腦海馬神經(jīng)元突觸可塑性下降,影響海馬組織調(diào)控的認(rèn)知功能改變。隨著年齡增長,海馬中miRNA-204表達(dá)上調(diào),而EphB2和NR1表達(dá)降低,miRNA-204可通過調(diào)控EphB2和NR1影響海馬突觸可塑性下降,可能導(dǎo)致年齡相關(guān)認(rèn)知功能的改變[7]。在KEGG通路分析顯示miRNA-204靶基因富集于Wnt信號通路的有:AF366264、VANGL1、BTRC、PRKCG、FZD3、DAAM1、DAAM2、WNT2、MAP3K7、RAC2、SFRP1、PRICKLE2、PLCB1、FBXW11。

經(jīng)典Wnt/β-catenin通路調(diào)節(jié)海馬神經(jīng)發(fā)生、突觸分裂和線粒體調(diào)節(jié),對中樞神經(jīng)系統(tǒng)的發(fā)育和功能至關(guān)重要[8]。相關(guān)的研究發(fā)現(xiàn),β-catenin在對低氧發(fā)作反應(yīng)中出現(xiàn)巨大的轉(zhuǎn)錄變化,β-catenin在神經(jīng)元結(jié)構(gòu)的形成和維持以及促進(jìn)突觸可塑性方面具有重要作用[9]。另一項研究通過使用Wnt通路抑制劑,減少了紅藻氨酸誘導(dǎo)小鼠癲癇發(fā)作次數(shù),顯示了Wnt通路治療癲癇潛在有效性[10]。Wnt信號通路參與癲癇急性期和慢性期,誘發(fā)的神經(jīng)發(fā)生和神經(jīng)元死亡[11],急性期癲癇發(fā)作時Wnt信號通路激活,導(dǎo)致了短暫的神經(jīng)代謝的改變,隨著癲癇發(fā)作的持續(xù),Wnt信號通路將激活mTOR通路,導(dǎo)致癲癇慢性發(fā)作。癲癇發(fā)生的早期有一個治療窗口,Wnt信號通路啟動了短暫的代謝,這一系列的代謝重組變化可能影響神經(jīng)異常發(fā)生和分化,從而影響癲癇敏感性[12]。同時值得注意的是,長鏈非編碼RNA Uca1可以通過降低miRNA-375的水平來促進(jìn)Sfrp1的表達(dá),進(jìn)而通過抑制Wnt/β-catenin通路的激活,抑制癲癇小鼠神經(jīng)元細(xì)胞的異常增殖,預(yù)防癲癇發(fā)作[13]。長鏈非編碼RNA Peg13可通過miRNA-490-3p/Psmd11軸抑制Wnt/β-catenin通路,減緩小鼠癲癇進(jìn)展[14]。

癲癇是最常見的神經(jīng)系統(tǒng)疾病之一,在臨床中有許多患者對目前所有可用的治療藥物都有一定的耐藥性?,F(xiàn)有的抗癲癇藥物治療主要是減少興奮和預(yù)防癲癇發(fā)作,但不能影響疾病的潛在病理生理。最近,有許多研究工作集中在確定抗癲癇治療的機(jī)制靶點,以防止慢性癲癇的進(jìn)展。在本實驗中預(yù)測miRNA-204的靶基因富集功能和KEGG通路部分已經(jīng)被證實,其中Wnt/β-catenin信號通路可能是未來抗癲癇治療的十分有前景的癲癇治療靶點。本課題組將在以后的研究中對miRNA-204靶基因和Wnt/β-catenin信號通路完善相關(guān)實驗研究,進(jìn)一步驗證其對癲癇發(fā)生發(fā)展的影響。

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