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ADAM12 在骨軟組織肉瘤中的表達及其臨床意義

2022-08-30 03:14陳雨婷馮蒞雯葉挺范麗袁思越陳靜
中國骨與關節(jié)雜志 2022年8期
關鍵詞:肉瘤通路蛋白

骨軟組織肉瘤是一組起源于間葉組織的高度惡性腫瘤,骨腫瘤和軟組織肉瘤各占 15% 和 85%

。原發(fā)性骨腫瘤以骨肉瘤最常見,自 20 世紀 70 年代化療聯(lián)合手術成為骨肉瘤的標準治療后,其 5 年生存率從低于 20% 上升至 60% 左右;但仍有 20%~30% 的患者于 3 年內(nèi)復發(fā)或轉移,轉移患者 5 年的生存率僅為 20%

。軟組織肉瘤的治療主要以手術切除為主,部分需要輔助放化療,約 16% 患者會發(fā)生轉移,轉移患者中位生存期約 1 年,3 年生存率僅為 20%~25%

。但目前除化療、抗血管生成藥物和少數(shù)特異性靶向藥物外,晚期骨軟組織肉瘤的患者仍缺乏有效治療措施,因此早期診斷、探索預后指標并予精準治療對改善患者生存具有重要意義。

是一種 Ⅰ 型跨膜糖蛋白,屬于去整合素金屬蛋白酶 (A Disintegrin And Metalloproteinase,ADAM) 家族,通常包括胞外段、跨膜段和胞內(nèi)段,其胞外段由前肽、金屬蛋白酶、去整合素、富含半胱氨酸和表皮樣生長因子 (epidermal growth factor,EGF) 樣結構域組成

。研究表明

在骨、軟骨、肌肉、脂肪等多種正常組織中表達,參與受精、細胞黏附、融合、轉移、細胞外基質水解和細胞信號傳導等多個生理過程。

在乳腺癌、膀胱癌、肺腺癌和結直腸癌等多種腫瘤組織中表達會明顯升高,其表達與腫瘤預后負相關

。

Georges 等

發(fā)現(xiàn)敲低

可以抑制注射了骨肉瘤細胞 K7M2 的小鼠腫瘤生長,并進一步明確其機制與

促進腫瘤誘導的骨溶解有關,該研究提示

與肉瘤的發(fā)生發(fā)展可能密切相關。但迄今為止,

與骨軟組織肉瘤的臨床預后關系及分子機制尚無深入研究。本研究基于癌癥基因組圖譜 (the cancer genome altas,TCGA),基因表達數(shù)據(jù)庫 (gene expression omnibus,GEO) 等腫瘤公共數(shù)據(jù),運用 UALCAN、GEPIA2.0 和 Kaplan-Meier Plotter 數(shù)據(jù)庫分析

在骨軟組織肉瘤中的表達及其與預后的關系;使用 LinkedOmics、Metascape和 STRING 數(shù)據(jù)庫篩選獲得

共表達基因及相互作用蛋白,并富集分析相關生物學功能。本研究旨在通過生物信息學分析

作為骨軟組織肉瘤預后生物標志物的潛力并探究其可能機制。

依據(jù)文章上述的內(nèi)容可以得知,行為心理在建筑空間設計中所占據(jù)的地位極高。行為心理十分的復雜,建筑空間的設計內(nèi)容以及涉及到的層面也比較廣泛,設計的操作環(huán)節(jié)難度會比較高。無論是行為心理還是建筑空間的設計,其二者都存在著極強的客觀性,在客觀性的影響下,其之間的關系變得越發(fā)的復雜起來,其所產(chǎn)生的影響效應也十分的顯著。想要真正的創(chuàng)設出優(yōu)秀的設計作品,建筑設計人員需要以分析人們心理行為為基準,在其基礎上創(chuàng)新建筑空間設計。

資料與方法

一、使用 2 個數(shù)據(jù)庫分析 ADAM12 在骨軟組織肉瘤的表達

UALCAN 數(shù)據(jù)庫 (http://ualcan.path.uab.edu/index.html) 可在線對 TCGA 數(shù)據(jù)庫中一系列蛋白、miRNA和 lincRNA 編碼基因的表達和患者生存信息進行分析和挖掘

,本研究設置篩選條件為:(1) Gene symbol:

;(2) TCGA dataset:Sarcoma。

GEPIA2.0 數(shù)據(jù)庫 (http://gepia2.cancer-pku.cn/#index) 基于 TCGA 和 GTEx 數(shù)據(jù)庫構建,囊括9736 個腫瘤樣本和 8587 個健康樣本 RNA 序列,可對樣本進行基因表達分析,本研究設置篩選條件為:(1) Gene:

;(2) p-value Cutoff:0.05;(3) Datasets:SARC。

通過上述兩個數(shù)據(jù)庫篩選,以了解

在正常組織及腫瘤組織中的表達水平,基因表達分析采用 TPM (transcript per million) 進行標準化校正。

二、使用 3 個數(shù)據(jù)庫中分析 ADAM12 表達與骨軟組織肉瘤的預后關系

《辦法》將逃避追繳欠稅納入重大稅收違法失信案件的標準由“欠繳稅款金額100萬元以上”下調(diào)為“欠繳稅款金額10萬元以上”。換句話說,就是逃避追繳欠稅10萬元以上,稅務部門便可列為重大稅收違法失信案件,即“黑名單”,向社會公布相關信息,并將信息通報相關部門,共同實施嚴格監(jiān)管和聯(lián)合懲戒。

打退了鬼子的第二輪進攻,渾身是血的夏國忠命令各排檢查統(tǒng)計傷亡情況。統(tǒng)計上來的結果讓夏國忠非常痛心。這一仗,他們犧牲了一個排長,被飛機和大炮炸死炸傷了二十多名戰(zhàn)士,和鬼子拼殺戰(zhàn)死了二十多名戰(zhàn)士。還有十幾個戰(zhàn)士活不見人,死不見尸,估計是在轟炸時被活埋在了泥土里?,F(xiàn)在,他的連隊還剩下七十多人,差不多損失了三分之一。

GEPIA2.0 數(shù)據(jù)庫生存分析模塊的設置篩選條件為:(1) Gene:

;(2) Methods:Overall survival;(3) Group Cutoff:Quartile;(4) Datasets:SARC。通過以上三個數(shù)據(jù)庫分析以獲得骨軟組織肉瘤患者

表達水平與總生存 (overall survival,OS) 的關系。

三、ADAM12 在骨軟組織肉瘤中的共表達基因分析及通路富集

為充分驗證

表達水平與骨軟組織肉瘤的預后關系,本研究在 3 個數(shù)據(jù)庫中對

表達水平和患者 OS 的相關性進行了分析。UALCAN 數(shù)據(jù)庫結果提示

高表達與骨軟組織肉瘤的不良預后存在正相關 (

= 0.021) (圖3a)。Kaplan

Meier Plotter 數(shù)據(jù)庫結果提示骨軟組織肉瘤組織中

低表達患者的 OS 優(yōu)于

高表達患者 (

=1.75,95%

為 1.1~2.78,

= 0.016) (圖3b),計算顯示

高表達患者的中位生存時間為 60.8個月,而

低表達患者的中位生存時間為89.8 個月。以上結論在 GEPIA2.0 數(shù)據(jù)庫中得到了同樣驗證 (

= 1.9,

= 0.039) (圖3c)。

閱讀方法有二:一是博覽(面),快餐式閱讀,迅速獲得大量信息;二是精研(點),挖井式閱讀,深入理解書中的概念和體系。二者有機結合。

現(xiàn)代書法理論史上,較早、較深入系統(tǒng)地探討書藝本質的王一川先生曾非常精辟地預見道:“對書法的審美根源,特別是審美心理根源的探討,還有許多工作要做。不僅應當從書法創(chuàng)作和鑒賞的實際審美經(jīng)驗中引出結論,而且應當從美學、一般藝術學和書法學三者結合的高度上尋求解決途徑?!保?]

Kaplan-Meier Plotter 數(shù)據(jù)庫 (http://kmplot.com/analysis/) 整合了來源 GEO、EGA 和 TCGA 等多個數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù),可有效評估超過 54 000 個基因對21 種腫瘤的生存影響

。本研究選取泛癌研究模塊,設置篩選條件為:(1) Gene symbol:

;(2) Split patients by:auto select best cutoff;(3)Survival:OS;(4) Datasets:Sarcoma;(5) Follow up threshold:All。

四、ADAM12 蛋白相互作用網(wǎng)絡分析及通路富集

利用 STRING 數(shù)據(jù)庫檢索

相互作用的蛋白分析得到

的蛋白交互作用網(wǎng)絡 (圖5),該網(wǎng)絡總共包括 10 個存在相互作用的蛋白,即SRC、SDC4、EGF、SH3PXD2A、ITGB1、DLL1、ITGA9、PRKCA、PRKCB、GRB2,蛋白交互作用網(wǎng)絡的富集

= 0.000 282。這些蛋白共同參與表皮生長因子受體 2 即 ERRB2 信號通路及組織形態(tài)改變、血管生成等生物學行為,影響腫瘤的發(fā)生發(fā)展 (表1)。

結 果

一、ADAM12 在骨軟組織肉瘤中的表達

首先,分別在 UALCAN 數(shù)據(jù)庫和 GEPIA2.0 數(shù)據(jù)庫中對多種腫瘤組織中

的表達情況進行了分析。結果顯示,

在乳腺癌、骨軟組織肉瘤、肺鱗狀細胞癌等 26 種腫瘤組織中高表達,在卵巢漿液性囊腺癌、宮頸鱗狀細胞癌、腎嗜鉻細胞癌等 5 種腫瘤組織中低表達,骨軟組織肉瘤中的

表達量在所有瘤種中排第二,僅次于乳腺癌 (圖1)。

對于影響工程質量問題的行為,堅持自己的原則,要求施工單位必須進行改正。比如說建筑材料不合格、肢解工程、不按規(guī)范施工、偷工減料等問題。這種原則性問題,應該無視施工單位的客觀因素,監(jiān)理工程師絕對不能妥協(xié)。在進行協(xié)調(diào)的過程中,監(jiān)理工程師應該規(guī)范自己的行為,不能“吃拿卡要”,在監(jiān)理過程中不能刻意刁難,對問題應該客觀公正的進行處理,如此協(xié)調(diào)工作才會更有說服力。

其次,分析了

在骨軟組織肉瘤組織與正常組織的表達,結果顯示:骨軟組織肉瘤中的

表達較正常組織顯著增高 (

< 0.05);UALCAN 數(shù)據(jù)庫中正常組織和腫瘤組織

的表達 -TPM 中位值分別為 2.708 和 28.239 (圖2)。

UALCAN 數(shù)據(jù)庫設置篩選條件為:(1) Gene symbol:

;(2) TCGA dataset:Sarcoma。

二、ADAM12 表達與骨軟組織肉瘤的預后關系

LinkedOmics 數(shù)據(jù)庫 (http://www.linkedomics.org/)是一種基于 TCGA 的在線分析平臺,可分析和比較同一類型或多種類型腫瘤的癌癥多組學數(shù)據(jù)

。本研究設置檢索條件為:(1) Cancer Cohort:= TCGA_SARC;(2) Search Dataset:TCGA_SARC Rnaseq;(3) Search Dataset Attribution:

;(4) Target dataset:TCGA_SARC Rnaseq;(5) Statistical Method:Pearson Correlation test。

Metascape 數(shù)據(jù)庫 (http://metascape.org) 提供了全面的基因列表功能注釋和通路分析功能,可實現(xiàn)對基因或蛋白功能的認知

。本研究將 LinkedOmics數(shù)據(jù)庫中分析所得的所有表達基因進行篩選,篩選出“Pearson 相關系數(shù)絕對值 > 0.5”且“

< 0.05”的基因并輸入 Metascape 數(shù)據(jù)庫中,通過 Metascape數(shù)據(jù)庫自帶算法在種屬“人類”(“H.sapiens”)中,對共表達基因進行 GO 功能注釋和 KEGG 通路功能富集的自動分析。

三、ADAM12 共表達基因的富集分析

本研究使用 LinkedOmics 數(shù)據(jù)庫篩選出

的共表達基因。前 50 個正相關基因包括

、

等 (圖4a);前 50 個負相關基因包括

、

等 (圖4b)。

通過限定“Pearson 相關系數(shù)絕對值 > 0.5”且“

< 0.05”這兩個條件,進一步從 LinkedOmics 數(shù)據(jù)庫分析得到的共表達基因中篩選出 164 個具有強相關性的共表達基因,借助 Metascape 數(shù)據(jù)庫對這164 個基因進行 GO 注釋和 KEGG 通路分析,結果顯示

共表達基因主要參與細胞外基質重塑、血管發(fā)育、骨化等多個功能密切相關 (圖4c)。

四、ADAM12 的蛋白相互作用網(wǎng)絡分析

STRING 數(shù)據(jù)庫 (https://string-b.org/) 可分析蛋白質間相互作用

,本研究設置檢索條件為:(1) Protein name:

;(2) Organism:Homosapiens,對和

存在相互作用的上下游蛋白進行分析。

討 論

骨軟組織肉瘤是一類發(fā)病率低、治療手段相對有限且預后極差的腫瘤,缺乏有效的預后生物標志物。既往研究提示

不僅密切參與多種腫瘤發(fā)生發(fā)展的過程,且與腫瘤的不良預后存在關聯(lián)

。

本研究基于 UALCAN 和 GEPIA2.0 數(shù)據(jù)庫,首先對

在多種腫瘤中的表達進行分析,結果提示

在多種腫瘤中存在高表達,表達水平前兩位分別是乳腺癌和骨軟組織肉瘤。進一步使用UALCAN 數(shù)據(jù)庫及 GEPIA2.0 數(shù)據(jù)庫對骨軟組織肉瘤組織及正常組織中

表達進行了分析,兩個數(shù)據(jù)庫的分析結果一致,均表明

在骨軟組織肉瘤組織中的表達水平顯著高于正常組織,腫瘤組織中的表達水平約為正常組織的 10 倍。

為了解

的表達與預后之間的聯(lián)系,通過 UALCAN 數(shù)據(jù)庫、GEPIA2.0 數(shù)據(jù)庫和 Kaplan-Meier Plotter 數(shù)據(jù)庫對骨軟組織肉瘤患者

表達水平及 OS 進行分析,發(fā)現(xiàn)高表達

的患者較低表達

的患者 OS 更短,

低表達的患者中位生存時間 89.8 個月顯著高于

高表達患者中位生存時間 60.8 個月。以上結果提示,

的表達水平可能可以預測骨軟組織肉瘤的預后。

總之,音樂作為是一種特殊的藝術語言,能對交感神經(jīng)產(chǎn)生作用,可以引起患者的共鳴,分散患者注意力,從而達到干預個人情緒的作用[29-31]。目前,音樂療法在臨床應用還有限,但隨著音樂療法基礎研究的開展,對其原理的進一步闡明,將更加有助于這種非藥物療法在臨床抗焦慮方面的廣泛應用[32-33]。

為進一步明確

導致骨軟組織肉瘤不良預后的可能機制,本研究借助 LinkedOmics、Metascape 和 STRING 數(shù)據(jù)庫對與

可能存在相互作用的基因和蛋白進行了分析。LinckedOmics的預測結果顯示,前 50 名正相關基因位列前 3 位的是

、

、

。既往研究顯示

上調(diào)可促進腫瘤細胞轉移和上皮間質轉化,且

高表達與骨肉瘤的不良預后相關

;

在肺癌組織中高表達,下調(diào)

可通過抑制 Ras / Raf / MEK / ERK 通路抑制肺癌細胞增殖并促進細胞凋亡

;

則可通過調(diào)節(jié)膠原重塑促進骨肉瘤轉移

。結合上述研究和本研究結果提示

及其共表達基因可能參與骨軟組織肉瘤的增殖、轉移等病理過程。

除了基因層面以外,本研究還進一步從蛋白相互作用的角度對

導致骨軟組織肉瘤不良預后的可能機制進行探索。STRING 數(shù)據(jù)庫顯示

與 SRC、SDC4、EGF 等蛋白間存在較強的相互作用。SRC 在最新的研究發(fā)現(xiàn)被

激活,并共同參與 MMP 介導的細胞外基質降解及重塑,顯著增強腫瘤侵襲轉移能力

。蛋白相互作用網(wǎng)絡顯示與

存在密切相互作用的蛋白SDC4 被證實可以通過調(diào)節(jié)細胞及基質之間的黏附作用,促進腫瘤細胞侵襲性生長及遷移,但尚無直接針對

與 SDC4 相互作用的研究報道

。

EGF 與 EGFR 特異性結合后進一步誘導酪氨酸磷酸化和受體二聚化,最終通過一系列信號通路的激活使得腫瘤細胞無序增殖,EGFR 現(xiàn)已成為公認的抗腫瘤靶點

。Díaz 等

研究發(fā)現(xiàn),在缺氧的情況下,

的活性以 Notch 信號通路依賴的方式增強,并通過促進 EGFR 配體例如 HB-EGF 的胞外域脫落來激活 EGFR 通路最終調(diào)節(jié)細胞增殖和分化。此外,

還可通過 EGFR 通路促進三陰性乳腺癌細胞表達癌癥干細胞標記物

。

不僅直接作用于腫瘤細胞,還對腫瘤微環(huán)境中產(chǎn)生影響。腫瘤細胞中的

通過激活EGFR / STAT3 / Akt 信號通路,導致腫瘤微環(huán)境中促血管生成因子和抗血管生成因子的表達失調(diào),最終促進腫瘤新生血管形成

。本研究采用 STRING 數(shù)據(jù)庫進行蛋白相互作用網(wǎng)絡分析,結果顯示 EGF 與

之間的相互作用也極為強烈,提示 EGF 在骨軟組織肉瘤的進展中可能發(fā)揮重要作用。

更重要的是,本研究借助 LinkedOmics 和Metascape 數(shù)據(jù)庫所獲得的

共表達基因和借助 STRING 數(shù)據(jù)庫所獲得的相互作用蛋白網(wǎng)絡在通路富集上的結果高度吻合,均提示

基因參與細胞外基質重塑、血管發(fā)育等生物學功能,從而可能促進腫瘤轉移。

綜上所述,本研究利用生物信息學數(shù)據(jù)庫和工具分析

在骨軟組織肉瘤中的表達和預后的關系并進一步探索了其可能機制,可有效避免樣本不足及抽樣誤差帶來的偏倚;結果提示

可能成為骨軟組織肉瘤預后生物標記物,但尚需體內(nèi)外實驗的驗證。

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