李艷萍,劉婷麗,李 紅,陳國梁,王立群,郭小臘,駱學(xué)農(nóng),2*
(1.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院蘭州獸醫(yī)研究所,家畜疫病病原生物學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,蘭州 730046;2.揚(yáng)州大學(xué),江蘇省動(dòng)物重要疫病與人獸共患病防控協(xié)同創(chuàng)新中心,揚(yáng)州 225009)
多房棘球蚴病(Echinococcosismultilocularis,Em),又稱泡球蚴病(alveolar echinococcosis,AE),是多房棘球蚴絳蟲的中絳期幼蟲-多房棘球蚴(E.multilocularis,Em)寄生于人和嚙齒類動(dòng)物的肝所引起的一種嚴(yán)重的人畜共患寄生蟲病,廣泛流行于歐洲、北美、亞洲北部及我國西北地區(qū)[1-2]。犬、狐貍、狼等為其終末宿主,而嚙齒類動(dòng)物為其中間宿主[3]。人因誤食蟲卵而感染,幼蟲寄生于肝,如惡性腫瘤一樣形成局部侵襲性和浸潤性生長,并可轉(zhuǎn)移到其他組織器官[4],未經(jīng)治療的患者死亡率高達(dá)90%[5]。目前,使用手術(shù)切除結(jié)合阿苯達(dá)唑(ABZ)藥物是公認(rèn)的治療方法[6]。
巨噬細(xì)胞亞群主要包括促炎的M1型和抗炎的M2型。M1型巨噬細(xì)胞通常產(chǎn)生高水平的促炎細(xì)胞因子,如TNF-α、IL-1β、IL-6、IL-12和誘導(dǎo)型一氧化氮合酶(inducible NO synthase,iNOS)等,從而表現(xiàn)出強(qiáng)大的抗微生物和腫瘤活性;而M2型巨噬細(xì)胞通常產(chǎn)生高水平的甘露糖受體(CD206)、精氨酸酶1(Arg1)及IL-10和TGF-β等,從而抑制炎癥反應(yīng),促進(jìn)組織重塑、血管生成和腫瘤形成[7-11]。肝巨噬細(xì)胞主要由常駐枯否氏細(xì)胞(KCs)和單核巨噬細(xì)胞(MoMφs)組成,在免疫耐受、維持肝穩(wěn)態(tài)和抗炎微環(huán)境中發(fā)揮重要作用[12]。研究證實(shí),多房棘球蚴感染早期刺激宿主產(chǎn)生Th1型免疫應(yīng)答,隨著AE的發(fā)展逐漸轉(zhuǎn)變?yōu)門h2型免疫抑制反應(yīng)。同時(shí),在感染過程中也可能伴隨M1/M2型巨噬細(xì)胞極化[13]。據(jù)報(bào)道,多房棘球蚴感染小鼠在第5天時(shí)肝中就出現(xiàn)大量以M1表型(F4/80+)為主的巨噬細(xì)胞浸潤,通過產(chǎn)生促炎細(xì)胞因子來清除早期幼蟲。而在慢性感染階段極化為M2表型,從而有利于蟲體的持續(xù)性感染[14]。
微小RNA(miRNAs)和環(huán)狀RNAs(circRNAs)參與不同水平的轉(zhuǎn)錄調(diào)控[15]。miRNA通常與靶基因3′UTR互補(bǔ)結(jié)合,抑制mRNA的轉(zhuǎn)錄或降解,從而下調(diào)靶基因的表達(dá)[16]。circRNAs作為一種內(nèi)源性RNAs,通過與miRNAs的競(jìng)爭(zhēng)性靶向結(jié)合,從而調(diào)節(jié)靶基因的表達(dá)[17]。越來越多的證據(jù)表明,miRNAs和circRNAs參與細(xì)胞自噬、凋亡、增殖等生理病理過程[18-22],在調(diào)控疾病進(jìn)程中發(fā)揮重要作用[23-27]。在寄生蟲感染過程中,很多miRNAs參與宿主巨噬細(xì)胞的極化[28-30],在調(diào)節(jié)宿主與病原相互作用中發(fā)揮關(guān)鍵作用。目前,circRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)在疾病的致病機(jī)制、診斷、治療領(lǐng)域具有很大的研究潛力[31]。因此,本研究通過RNA高通量測(cè)序分析,篩選并鑒定與多房棘球蚴感染誘導(dǎo)巨噬細(xì)胞極化相關(guān)的非編碼RNA(ncRNA),并建立與之相關(guān)的circRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò),旨在探索ncRNAs在多房棘球蚴感染誘導(dǎo)的KCs極化中的作用機(jī)制,為進(jìn)一步揭示多房棘球蚴的免疫逃避機(jī)制,探索其診斷標(biāo)志提供重要的理論依據(jù)。
1.1.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物及蟲體 BALB/c小鼠,雄性,6~8周齡,購自中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院蘭州獸醫(yī)研究所實(shí)驗(yàn)動(dòng)物中心。長爪沙鼠(Merionesunguiculatus)購自北京首都醫(yī)科大學(xué),多房棘球蚴于長爪沙鼠體內(nèi)保種。
1.1.2 主要試劑 膠原酶Ⅳ(Gibco, USA)、胎牛血清(Fetal bovine serum,F(xiàn)BS)、RPMI-1640培養(yǎng)基、Opti-MEM無血清培養(yǎng)基、0.25%的胰蛋白酶(trypsin)均購自Gibco公司;lipofectamine 3000、TRIzol試劑購自Invitrogen公司;HiScript?III 1 st Strand cDNA Synthesis試劑盒購自南京諾維贊生物公司;All-in-One qPCR Mix、qPCR內(nèi)參GAPDH、U6引物均購自Gene Copoeia;mmu-miR-466c-5p模擬物購自上海生工生物公司。
1.1.3 主要儀器 恒溫循環(huán)水浴、ABI 7500實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀(Termo Fisher)、CO2恒溫培養(yǎng)箱(Termo Fisher)、水浴鍋、低速冷凍離心機(jī)和倒置熒光顯微鏡(Leica)等。
1.2.1 多房棘球蚴原頭蚴感染小鼠模型的建立 采用頸椎脫臼處死長爪沙鼠,取出腹腔內(nèi)寄生的多房棘球蚴包囊,研磨過濾后收集原頭蚴,并進(jìn)行計(jì)數(shù)。將60只BALB/c小鼠隨機(jī)分為感染組和對(duì)照組,每組30只。感染組每只小鼠腹腔接種600只原頭蚴,對(duì)照組腹腔注射等體積PBS,分別在感染后1、2和3月處死小鼠,分離肝KCs。
1.2.2 小鼠肝KCs的分離鑒定 分別取感染組和對(duì)照組小鼠各3只,麻醉后暴露腹腔,將乙二醇雙四乙酸(EGTA)經(jīng)肝門靜脈注入肝。2 min后,灌注含0.04%的膠原酶Ⅳ的EB(Earle’s balanced salt solution)溶液,消化6 min。摘取肝,剔除膽囊及結(jié)蹄組織,放入含0.1 mg·mL-1DNase Ⅰ及0.08%的膠原酶Ⅳ的EB中,充分研磨,于37 ℃水浴內(nèi)消化30 min,用70目細(xì)胞篩過濾后,收集濾液于50 mL離心管,45×g離心5 min,收集上清液,加入等體積的GBSS(Gey’s balanced salt solution)緩沖液,600×g離心10 min。棄上清,用少量GBSS重懸沉淀,并加入GBSS溶液至50 mL,500×g離心10 min,棄上清,用2~3 mL GBSS重懸細(xì)胞沉淀。用GBSS分別配制20%和11.5% 的optiprep溶液,并用長針頭將20%、11.5% optiprep溶液及細(xì)胞懸液依次沿管壁緩慢加入15 mL離心管中,1 400×g離心17 min,收集最上面的KCs層于15 mL離心管,加入GBSS緩沖液,600×g離心10 min,收集細(xì)胞沉淀,用含10% FBS的RPMI-1640進(jìn)行培養(yǎng)。
KCs培養(yǎng)4 h后,用TRizol提取總RNA, HiScript?III合成cDNA第一鏈,用All in one qPCR Mix進(jìn)行qRT-PCR反應(yīng),檢測(cè)KCs表面標(biāo)志分子F4/80及肝星狀細(xì)胞(hepatic stellate cell,HSC)標(biāo)志分子Col1a1、Col3a1、a-SMA及GFAP的水平。反應(yīng)體系:2×All in one qPCR Mix 10 μL,Rox Reference Dye 0.4 μL,上、下游引物(2 μmol·L-1)各1 μL,cDNA模板2 μL,DEPC水 6.5 μL。反應(yīng)程序參數(shù):95 ℃預(yù)變性10 min,94 ℃變性10 s,60 ℃退火延伸1 min,40個(gè)循環(huán)。每個(gè)試驗(yàn)設(shè)3個(gè)生物學(xué)重復(fù),以GAPDH為內(nèi)參基因,采用2-ΔΔCt方法計(jì)算基因的相對(duì)表達(dá)水平。
1.2.3 不同感染時(shí)期KCs表型分子的相對(duì)表達(dá)水平 分別分離多房棘球蚴感染1、2和3月的小鼠肝KCs,用qPCR檢測(cè)M1型巨噬細(xì)胞標(biāo)志分子IFN-γ、IL1β、IL12α、IL18、TNF-α、iNOS、IL6及M2型標(biāo)志分子IL4、IL10、IL13、TGF-β、Arg1的mRNA水平。同時(shí),用Western blot檢測(cè)M2型標(biāo)志分子IL13 和Arg1的表達(dá)水平。
1.2.4 circRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析 將感染2月的小鼠肝KCs進(jìn)行RNA高通量測(cè)序分析,篩選出與M2型巨噬細(xì)胞極化相關(guān)的部分差異表達(dá)的circRNA、miRNA和mRNA,結(jié)合Target Scan在線軟件預(yù)測(cè)基因靶向結(jié)合位點(diǎn),利用Cytoscape2.0軟件構(gòu)建相關(guān)ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò),并利用qPCR驗(yàn)證部分基因的轉(zhuǎn)錄水平。
1.2.5 miR-466c-5p抑制circ_0000372和IL13的表達(dá) 分離正常小鼠的KCs,用人工合成的miR-466c-5p模擬物(mimics)轉(zhuǎn)染KCs,利用qPCR分析miR-466c-5p過表達(dá)對(duì)circ_0000372和IL13的轉(zhuǎn)錄水平的影響,進(jìn)一步驗(yàn)證上述構(gòu)建的ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)關(guān)系。
qPCR結(jié)果顯示(圖1),KCs表面標(biāo)志分子F4/80的表達(dá)水平顯著高于HSCs的標(biāo)志分子Col1a1、Col3a1、a-SMA及GFAP的mRNA表達(dá)水平(P<0.000 1),說明分離的KCs純度較好。
****. P<0.000 1圖1 KCs純度檢測(cè)Fig.1 Detection of KCs purity
qPCR檢測(cè)發(fā)現(xiàn)(圖2),感染1月時(shí),M1型標(biāo)志分子IL1β和TNF-α極顯著上調(diào)(P<0.001),M2型標(biāo)志分子IL10和IL13極顯著上調(diào)(P<0.000 1)(圖2A);感染2和3月時(shí)M1型標(biāo)志分子均顯著(P<0.05)或極顯著(P<0.001)下調(diào),而M2型標(biāo)志分子的轉(zhuǎn)錄和蛋白表達(dá)水平均顯著上調(diào)(P<0.01)(圖2B、C,圖3)。說明多房棘球蚴感染先誘導(dǎo)KCs產(chǎn)生M1型和M2型混合型極化,而后逐漸轉(zhuǎn)變?yōu)橐訫2型巨噬細(xì)胞為主的極化,產(chǎn)生抗炎因子Arg1和IL13等。
*. P<0.05,**. P<0.01,***. P<0.001, ****. P<0.000 1, ns. P>0.05圖2 多房棘球蚴不同感染時(shí)期KCs表型標(biāo)志分子的相對(duì)表達(dá)水平Fig.2 Relative expression levels of phenotypic markers in KCs at different stages of E. multilocularis
根據(jù)RNA高通量測(cè)序分析,篩選出與多房棘球蚴感染相關(guān)的M2型標(biāo)志分子IL10、IL13及Arg1呈顯著正相關(guān)的circRNAs,然后預(yù)測(cè)與IL10、IL13及Arg1具有負(fù)調(diào)控關(guān)系的miRNA,構(gòu)建出由5個(gè)circRNA、9個(gè)miRNA及3個(gè)mRNA(IL10、IL13和Arg1)組成的12對(duì)circRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)關(guān)系(圖4)。
為了驗(yàn)證構(gòu)建的ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)關(guān)系,對(duì)網(wǎng)絡(luò)圖中的部分非編碼RNA和mRNA的轉(zhuǎn)錄水平進(jìn)行了qPCR檢測(cè)(圖5)。結(jié)果顯示,circ_0000372、circ-0001571及circ-0001684在多房棘球蚴感染2月的小鼠KCs中均顯著上調(diào)表達(dá)(P<0.05),而miR-449a-5p、miR-142a-5p、miR-182-5p、miR-466c-5p均呈顯著下調(diào)表達(dá)(P<0.05),其靶基因IL10、IL13及Arg1均顯著上調(diào)表達(dá)(P<0.01)。circRNA、miRNA及mRNA的表達(dá)趨勢(shì)與測(cè)序結(jié)果及它們間的調(diào)節(jié)關(guān)系基本一致。
以circ_0000372-miR466c-5p-IL13調(diào)控軸為例進(jìn)一步驗(yàn)證ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)關(guān)系。qPCR檢測(cè)發(fā)現(xiàn)(圖6),在KCs中過表達(dá)miR466c-5p后,circ_0000372及IL13的表達(dá)水平均顯著下調(diào)(P<0.01)。結(jié)果說明circ_0000372、miR-466c-5p及IL13之間可能存在靶向調(diào)控關(guān)系。
**. P<0.01圖3 多房棘球蚴感染2月的KCs M2型標(biāo)志分子的表達(dá)水平Fig.3 Expression level of KCs M2 marker molecule in 2 months infected with E. multilocularis
圖4 與KCs M2型極化相關(guān)的ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)Fig.4 Construction of ceRNA network related with M2 polarization of KCs
AE于1965年在我國新疆首次被報(bào)道[32],隨后,在甘肅、寧夏、西藏、青海、四川等地陸續(xù)出現(xiàn)病例[33-37],嚴(yán)重威脅牧民的生命健康以及畜牧業(yè)的發(fā)展。AE在臨床上有“蟲癌”之稱,蟲體浸潤性生長壓迫肝及周圍器官,阻塞肝門靜脈引起肝功能障礙、肝硬化、繼發(fā)膽管炎,并可通過血液循環(huán)轉(zhuǎn)移至其他器官組織[38]。多數(shù)寄生蟲為了達(dá)到長期生存的目的,進(jìn)化出了多種逃避宿主免疫應(yīng)答的策略,一方面是改變其表面抗原從而逃避宿主免疫系統(tǒng)的識(shí)別,另一方面,分泌一些活性物質(zhì),調(diào)節(jié)宿主的免疫應(yīng)答。有研究報(bào)道,多房棘球蚴感染能誘導(dǎo)宿主淋巴細(xì)胞和樹突狀細(xì)胞(DC)凋亡[39-40],并可上調(diào)BALB/c小鼠肝中抗凋亡相關(guān)因子的表達(dá)水平,有利于蟲體在宿主體內(nèi)的發(fā)育和存活[41]。此外,多房棘球蚴感染誘導(dǎo)宿主Th1/Th2失衡也是其逃避宿主免疫應(yīng)答的主要手段。目前大多數(shù)研究認(rèn)為,棘球蚴感染早期宿主為了清除蟲體感染主要產(chǎn)生Th1型免疫應(yīng)答,但隨著棘球蚴的生長和轉(zhuǎn)移,機(jī)體的免疫應(yīng)答逐漸向Th2型轉(zhuǎn)化[42]。KCs是肝常駐巨噬細(xì)胞,肝炎癥受促炎的M1型KCs和抗炎的M2型KCs的平衡調(diào)節(jié)。有研究發(fā)現(xiàn),AE晚期的KCs中抗炎細(xì)胞因子的轉(zhuǎn)錄水平和蛋白質(zhì)水平均高于促炎細(xì)胞因子,而且KCs能分泌大量TGF-β1,激活HSCs,進(jìn)一步促進(jìn)肝纖維化[43]。本研究通過qPCR檢測(cè)發(fā)現(xiàn),多房棘球蚴感染小鼠1月時(shí)KCs中M1表型標(biāo)志分子IL1β、TNF-α顯著上調(diào),在感染后2和3月時(shí)M1型標(biāo)志分子均顯著下調(diào),而M2型標(biāo)志分子卻顯著上調(diào),說明多房棘球蚴感染后期誘導(dǎo)KCs向M2型極化,這一結(jié)果進(jìn)一步驗(yàn)證了先前的報(bào)道。
*. P<0.05,**. P<0.01, ***. P<0.000 1, ns. P>0.05圖5 qPCR驗(yàn)證ceRNA網(wǎng)絡(luò)Fig.5 CeRNA network verified by qPCR
**. P<0.01,***. P<0.001圖6 circ_0000372-miR466c-5p-IL13調(diào)控軸驗(yàn)證Fig.6 Verification of circ_0000372-miR466c-5p-IL13 axis
miRNA參與巨噬細(xì)胞的極化,而且與巨噬細(xì)胞的極化相關(guān)的miRNAs具有治療炎癥相關(guān)疾病的潛力[44]。既然miRNAs 與多房棘球蚴感染引起的巨噬細(xì)胞極化有關(guān),而circRNA又能競(jìng)爭(zhēng)性與miRNAs的靶基因結(jié)合,那么circRNA也可能參與多房棘球蚴誘導(dǎo)的巨噬細(xì)胞極化。Li等[45]發(fā)現(xiàn)食管鱗狀細(xì)胞癌中circRNA ciRS-7顯著上調(diào),而miR-7卻顯著下調(diào),說明ciRS-7可能通過競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合miR-7,消除miR-7的腫瘤抑制作用。推測(cè)ciRS-7可作為預(yù)測(cè)疾病預(yù)后的生物標(biāo)志物和食管鱗狀細(xì)胞癌患者的潛在治療靶點(diǎn)。Liu等[46]用小鼠異種移植模型探索了circ_0000372對(duì)直腸癌體內(nèi)生長的影響,發(fā)現(xiàn)circ_0000372通過結(jié)合miR-495而上調(diào)了IL6的表達(dá),可能參與JAK2/STAT3信號(hào)通路的激活,而當(dāng)干擾circ_0000372時(shí),則顯著抑制了體外直腸癌細(xì)胞增殖、遷移和侵襲及體內(nèi)腫瘤的生長。說明circ_0000372-miR-495-IL6調(diào)控軸在直腸癌進(jìn)程中發(fā)揮關(guān)鍵作用。本研究發(fā)現(xiàn),多房棘球蚴感染小鼠后2月時(shí)circ_0000372的轉(zhuǎn)錄水平顯著上調(diào),而miR-466c-5p的水平顯著下調(diào),同時(shí)miR-466c-5p的靶基因IL13的表達(dá)顯著上調(diào)。推測(cè)circ_0000372-miR-466c-5p-IL13軸可能參與了M2型巨噬細(xì)胞極化過程。為了驗(yàn)證這種調(diào)控關(guān)系,將miR-466c-5p在KCs中過表達(dá),發(fā)現(xiàn)circ_0000372和IL13均被顯著下調(diào),說明多房棘球蚴感染可誘導(dǎo)circ_0000372的顯著上調(diào),從而競(jìng)爭(zhēng)性與miR-466c-5p結(jié)合,引起miR-466c-5p的水平下調(diào),最終導(dǎo)致其靶基因IL13的表達(dá)水平上調(diào)。此外,從構(gòu)建的ceRNA網(wǎng)絡(luò)圖中,驗(yàn)證了circ_0001684-miR-182-5p-IL13軸、circ_0001571-miR-449a-5p-IL13軸、circ_000896-miR-142-5p-IL10/Arg1軸上基因的表達(dá)趨勢(shì)均與預(yù)期的一致。推測(cè)這些ceRNAs對(duì)mRNA的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)關(guān)系可能在多房棘球蚴感染誘導(dǎo)宿主M2型巨噬細(xì)胞極化過程中均發(fā)揮一定的作用。上述研究結(jié)果充分表明,多個(gè)circRNAs和miRNAs參與了多房棘球蚴感染誘導(dǎo)的巨噬細(xì)胞極化,而且同一個(gè)mRNA的表達(dá)水平,可能受多個(gè)ncRNAs的調(diào)節(jié),形成了復(fù)雜的circRNA-miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)調(diào)控關(guān)系。因此,下一步將對(duì)該網(wǎng)絡(luò)關(guān)系進(jìn)行深入研究,為揭示ncRNAs在多房棘球蚴持續(xù)感染中所發(fā)揮的調(diào)節(jié)作用提供更多的理論依據(jù)。
多房棘球蚴感染BALB/c小鼠后,其肝KCs由抗炎的M1型逐漸向抑炎的M2型極化,這一過程受一些circRNA和miRNA調(diào)控,并與之靶基因形成了復(fù)雜的ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò),其中,circ_0000372-miR-466c-5p-IL13調(diào)控軸可能發(fā)揮了重要作用。提示ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)在多房棘球蚴感染誘導(dǎo)的巨噬細(xì)胞極化中發(fā)揮重要作用。