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基于薄層CT 的影像組學(xué)模型對非小細(xì)胞肺癌EGFR DEL19 和L858R 敏感性突變的預(yù)測價值

2023-05-31 03:49:42惠俊國翁巧優(yōu)高瑞杰楊偉斌王祖飛紀(jì)建松
關(guān)鍵詞:組學(xué)敏感性預(yù)測

惠俊國,翁巧優(yōu),劉 妍,高瑞杰,楊偉斌,王祖飛,紀(jì)建松

1.溫州醫(yī)科大學(xué)附屬第五醫(yī)院/浙江省麗水市中心醫(yī)院/浙江大學(xué)麗水醫(yī)院放射科,浙江 麗水 323000;2.浙江省影像診斷與介入微創(chuàng)研究重點實驗室,浙江 麗水 323000;3.浙江省麗水市中醫(yī)院放射科,浙江 麗水323000

肺癌為全球發(fā)病率最高的惡性腫瘤,且絕大多數(shù)為非小細(xì)胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)[1]。NSCLC 患者除手術(shù)治療外,放、化療等手段也可顯著提高患者預(yù)后,但不良反應(yīng)損傷較大,限制了其在臨床中的應(yīng)用。隨著基因?qū)W的發(fā)展,靶向治療逐漸顯現(xiàn)出對腫瘤治療的優(yōu)勢,相對于傳統(tǒng)放化療,其可針對性殺滅腫瘤細(xì)胞,減少對機體正常細(xì)胞的損害,從而減少不良反應(yīng)。肺癌靶向藥物發(fā)展迅速,最具代表性的有表皮生長因子受體酪氨酸激酶抑制劑(EGFR-TKIs),其可有效延長EGFR 敏感性突變NSCLC 患者的無進(jìn)展生存期及總生存期,還可提高患者的生活質(zhì)量[2]。而EGFR 敏感性突變中,以19 號外顯子缺失(DEL19)及21 號外顯子替代(L858R)最常見,且DEL19 突變稍多于L858R 突變[3];兩者對TKIs 治療的反應(yīng)性不同,TKIs 治療后DEL19 突變患者的無進(jìn)展生存期及總生存期明顯優(yōu)于L858R 突變患者[3-4]。研究表明,L858R 突變患者的化療效果更好[5]。因此,準(zhǔn)確識別DEL19 突變及L858R 突變對臨床決策尤為重要。但目前基因測序成本較高,且為侵入性檢查,檢測結(jié)果也會受取樣影響造成偏差。

近年來,各種組學(xué)研究發(fā)展迅速,利用組學(xué)的方法可從影像中挖掘出更多肉眼難以識別的特征,為疾病的診療提供依據(jù)[6]。影像組學(xué)已應(yīng)用于各個系統(tǒng),幫助臨床進(jìn)行精準(zhǔn)診斷及預(yù)后評估[7-12]。Kim 等[11-12]運用影像組學(xué)成功預(yù)測腦膠質(zhì)瘤患者的異檸檬酸脫氫酶(IDH)及O6-甲基鳥嘌呤DNA 甲基轉(zhuǎn)移酶(MGMT)突變類型。Weng 等[13-14]將影像組學(xué)應(yīng)用于肺癌患者的診斷及EGFR 突變類型預(yù)測。這些研究均表明影像組學(xué)不僅能夠?qū)膊〉暮暧^表現(xiàn)進(jìn)行分析,還可對微觀的基因分型進(jìn)行甄別。本研究基于NSCLC患者的CT 平掃圖像構(gòu)建可預(yù)測EGFR DEL19 及L858R 突變的影像組學(xué)模型,并評估其預(yù)測效能。

1 資料與方法

1.1 一般資料

收集麗水市中心醫(yī)院2015 年7 月至2019 年1 月經(jīng)病理證實的NSCLC 患者共590 例,經(jīng)納入及排除標(biāo)準(zhǔn)篩選,最終納入149 例,其中DEL19 突變63 例,L858R 突變86 例。149 例患者按照6∶4 的比例隨機分為訓(xùn)練集(104 例)和驗證集(45 例)。訓(xùn)練集DEL19 突變44 例,L858R 突變60 例;驗證集DEL19 突變19 例,L858R 突變26 例。

納入標(biāo)準(zhǔn):①CT 平掃前未接受任何針對腫瘤的治療;②經(jīng)組織病理學(xué)診斷為NSCLC;③基因檢測證實存在EGFR DEL19 或L858R 突變。排除標(biāo)準(zhǔn):①非原發(fā)腫瘤;②獲取CT 圖像前已行放化療等姑息性治療;③圖像存在偽影,影響病灶觀察;④存在其他類型突變者。

本研究經(jīng)醫(yī)院倫理委員會批準(zhǔn)[科研倫審(2022)第(122)號]。

1.2 儀器與方法

使用Philips Brilliance 64 排CT 掃描儀行CT平掃。掃描參數(shù):200 mA,120 kV,層厚0.9 mm;運用iDose3 混合迭代重建算法進(jìn)行重建,層距0.45 mm,層厚2 mm;視野(15 cm×15 cm)~(20 cm×20 cm),螺距1.2,旋轉(zhuǎn)時間350 ms,矩陣1 024×1 024。圖像在Philips Extended Brilliance 工作站(EBW)進(jìn)行處理。

1.3 紋理特征提取

將所有患者的胸部薄層CT 肺窗DICOM 格式圖像導(dǎo)入ITK-SNAP 軟件(http://www.itksnap.org/)。由2 名具有10 年以上胸部影像診斷經(jīng)驗的醫(yī)師,分別獨立勾畫病灶ROI,勾畫時沿高密度病灶輪廓邊緣手動逐層分割,最后融合生成容積感興趣區(qū)(volume of interest,VOI),如有不同意見,則與第3 位具有20 年胸部影像診斷經(jīng)驗的醫(yī)師共同討論決定。將分割好的VOI 文件及原始圖DICOM 文件導(dǎo)入GE A.K.軟件(版本3.0.1.A)進(jìn)行影像組學(xué)分析,共得到396 個不同的紋理特征。

1.4 降維及特征篩選

基于薄層CT 平掃圖像,利用放射組學(xué)A.K.軟件共提取到396 個紋理特征進(jìn)行預(yù)處理,用中位數(shù)替代參數(shù)中的異常值。首先行Z-score 標(biāo)準(zhǔn)化處理,以去除不同數(shù)據(jù)的單位限制。符合正態(tài)分布的數(shù)據(jù)采用方差分析進(jìn)行篩選,不符合正態(tài)分布數(shù)據(jù)則采用Kruskal-Wallis 檢驗降維。采用Spearman 秩相關(guān)檢驗去冗余(去除相關(guān)性>0.9 的參數(shù))。最后采用最小絕對收縮與選擇算子算法(LASSO)回歸分析及10 倍交叉驗證法對數(shù)據(jù)降維,篩選出高度相關(guān)的紋理特征。對得到的紋理參數(shù)行多因素logistic 回歸分析。

1.5 統(tǒng)計學(xué)分析與模型構(gòu)建

采用組內(nèi)相關(guān)系數(shù)(intraclass correlation coefficient,ICC)對2 名醫(yī)師提取的特征行一致性評估,ICC≥0.75 表示一致好。使用R 語言行統(tǒng)計分析(版本3.4.4,https://www.r-project.org/)。利用多因素logistic回歸分析構(gòu)建訓(xùn)練集和驗證集的預(yù)測模型,即基于CT 圖像的影像組學(xué)模型、基于臨床特點的臨床模型,以及兩者的聯(lián)合模型,并用ROC 曲線及列線圖評價各模型的預(yù)測效能。以P<0.05 為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 臨床資料的單因素、多因素分析(表1)

表1 149 例非小細(xì)胞肺癌患者臨床資料的單因素、多因素分析

單因素分析顯示,性別、吸煙狀態(tài)、病灶位置、分葉、空氣支氣管征、壞死與2 個突變亞型均有相關(guān)性(均P<0.05)。多因素分析顯示,性別、病灶位置、壞死與2 個突變亞型均有相關(guān)性(均P<0.05)。

2.2 影像組學(xué)特征

2 名醫(yī)師分割的病灶VOI 所提取的影像組學(xué)特征一致性好(ICC=0.834~0.892)。在病灶VOI 中提取396 個影像組學(xué)特征。經(jīng)過降維篩選出4 個顯著性最強的紋理特征,分別為標(biāo)準(zhǔn)差(stdDeviation)、集群突出物_ 角度0_ 偏移4(ClusterProminence_angle0_offset4)、相關(guān)性_角度0_偏移7(Correlation_angle0_offset7)和相關(guān)性_角度90_偏移4(Correlation_angle 90_offset4)。基于以上4 個紋理參數(shù)(表2),計算出相應(yīng)的影像組學(xué)評分納入模型構(gòu)建。2 種突變亞型患者的小提琴圖顯示,兩者影像組學(xué)評分差異有統(tǒng)計學(xué)意義(圖1)。

圖1 表皮生長因子受體基因(EGFR)L858R 突變和DEL19 突變影像組學(xué)評分的小提琴圖 圖2 基于訓(xùn)練集與驗證集構(gòu)建3 種模型的ROC 曲線 注:圖2a 為訓(xùn)練集(AUC=0.744,95%CI 0.649~0.824);圖2b 為驗證集(AUC=0.874,95%CI 0.742~0.954)

表2 篩選出4 個組學(xué)特征的模型系數(shù)

2.3 模型預(yù)測效能

臨床特征模型顯示,訓(xùn)練集AUC 為0.643(95%CI 0.543~0.735),敏感度和特異度分別為62.2%和64.4%;驗證集AUC 為0.778(95%CI 0.630~0.888),敏感度為84.2%,特異度為73.1%。影像組學(xué)模型顯示,訓(xùn)練集AUC 為0.713(95%CI 0.616~0.798),敏感度和特異度分別為64.4%和76.3%;驗證集AUC 為0.698(95%CI 0.543~0.826),敏感度為73.7%,特異度為61.5%。聯(lián)合模型顯示,訓(xùn)練集AUC 為0.744(95%CI 0.649~0.824),敏感度和特異度分別為75.6%和71.2%;驗證集AUC為0.874(95%CI 0.742~0.954),敏感度為84.2%,特異度為88.5%(圖2)。驗證集中聯(lián)合模型的預(yù)測效能優(yōu)于影像組學(xué)模型(P=0.004)。列線圖與校正曲線顯示,聯(lián)合模型在訓(xùn)練集和驗證集中的預(yù)測概率與實際概率相近,與對角線擬合效果優(yōu)于影像組學(xué)模型(圖3,4),對EGFR 有較好的診斷能力。

圖3 聯(lián)合模型列線圖 圖4 影像組學(xué)模型及聯(lián)合模型校正曲線 注:圖4a,4b 分別為影像組學(xué)模型訓(xùn)練集與驗證集校正曲線;圖4c,4d 分別為納入臨床因素的聯(lián)合模型訓(xùn)練集與驗證集校正曲線

3 討論

隨著分子生物學(xué)的發(fā)展,分子靶向藥物更多的應(yīng)用于腫瘤的治療之中。NSCLC 患者治療不僅基于臨床特點及腫瘤形態(tài)學(xué),更多地依賴于個體的基因突變特征[15],尤其是EGFR 突變特點。DEL19 和L858R 突變約占NSCLC 患者EGFR 敏感性突變的90%[16]。也有研究表明,與傳統(tǒng)化療相比,二代TKIs 類藥物阿法替尼治療可有效提高NSCLC EGFR 敏感性突變患者的無進(jìn)展生存期[17-18]。而隨著EGFR 靶向藥物研究的深入,部分研究表明,NSCLC EGFR DEL19 突變患者對TKIs 治療反應(yīng)性優(yōu)于L858R 突變患者,且L858R 突變的NSCLC 患者化療效果更好[3-5]。Yang等[5]的研究表明,對于L858R 突變患者,相比于TKIs,含鉑類化療藥物治療的中位總生存期更長。而Kato等[19]的研究也表明,TKIs 相較于化療能明顯改善DEL19 患者的總生存期,而L858R 患者效果較差。因此,對于NSCLC 患者的TKIs 靶向治療,臨床不僅需明確是否存在EGFR 敏感性突變,也應(yīng)區(qū)分敏感性突變亞型,這更有利于患者的精準(zhǔn)及個體化治療。目前,臨床最常用的基因檢測方法為活檢,但其為侵入性檢查,存在由于取樣誤差造成樣本無法代表病灶的整體生物學(xué)特征的可能。臨床研究表明,由于缺乏足夠的腫瘤細(xì)胞或可擴增的DNA,導(dǎo)致10%~20%的NSCLC 活檢組織不足以進(jìn)行分子分析[6],對臨床工作造成困擾。

CT 掃描2 mm 的薄層圖像已普及,且平掃較增強掃描適用范圍更廣,具有便捷、廉價、無創(chuàng)、可重復(fù)等優(yōu)點。本研究采用影像組學(xué)對CT 圖像進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘,提取人眼難以識別的圖像紋理特征,構(gòu)建影像組學(xué)模型,探討基于影像組學(xué)的預(yù)測模型對NSCLC患者EGFR 敏感性突變亞型的預(yù)測能力。

既往文獻(xiàn)報道多是基于臨床或宏觀影像因素區(qū)分EGFR 突變狀態(tài)。Rizzo 等[20-21]認(rèn)為,空氣支氣管征、胸膜凹陷征、肺氣腫和吸煙與NSCLC 患者EGFR敏感性突變相關(guān)。肖磊等[22]的研究顯示,EGFR 敏感突變與非敏感突變組(包括野生和非敏感突變)的空氣支氣管征、胸膜凹陷征、空泡征、磨玻璃密度影、毛刺征、分葉征及胸腔積液差異均無統(tǒng)計學(xué)意義。以上研究表明,空氣支氣管征、胸膜凹陷征等影像學(xué)征象有助于區(qū)分EGFR 突變與否,但未發(fā)現(xiàn)其對識別敏感性突變有幫助。本研究納入149 例發(fā)生EGFR 敏感性突變(包括DEL19 及L858R)的NSCLC 患者,篩選出3 個臨床(包括性別、病灶部位、壞死)及影像特征與上述突變亞型相關(guān),但基于臨床特點及影像學(xué)所能選取的特征有限。影像組學(xué)則可充分挖掘醫(yī)學(xué)影像深部數(shù)據(jù),探索其與EGFR 突變的關(guān)系,用于疾病診斷、預(yù)后評估和指導(dǎo)臨床決策[23]。多項研究報道影像組學(xué)在預(yù)測EGFR 突變中的應(yīng)用,但鮮有報道運用影像組學(xué)預(yù)測DEL19 或L858R 突變[24-25]。Liu 等[26]利用影像組學(xué)所構(gòu)建模型預(yù)測DEL19、L858R 突變的特異度分別為86.7%(69.3%~96.2%)和70.4%(49.8%~86.3%)。該研究采用CT 增強掃描圖像,優(yōu)點是可提供更多可供挖掘的數(shù)據(jù),缺點是檢查成本升高,同時部分患者存在對比劑使用禁忌證,使該模型適用范圍受限。Li 等[27]利用影像組學(xué)識別DEL19 和L858R 突變與野生型及其他突變,預(yù)測效能較好,其在驗證集中的AUC 達(dá)0.775,該研究識別了DEL19 和L858R 突變與其他突變或野生型的基因型,但并未進(jìn)一步區(qū)分DEL19 突變和L858R 突變。本研究選擇NSCLC 患者薄層CT 平掃圖像,層厚2 mm,檢查成本相對較低,可重復(fù)性好,無明確禁忌證,優(yōu)勢明確,所構(gòu)建的模型適用范圍更廣泛,能達(dá)到理想效果;影像組學(xué)模型在驗證集中預(yù)測DEL19和L858R 突變的AUC 達(dá)0.698;聯(lián)合臨床因素所構(gòu)建的聯(lián)合模型在驗證集中AUC 顯著提高,達(dá)0.874;驗證集中聯(lián)合模型的預(yù)測效能優(yōu)于影像組學(xué)模型(P=0.004);列線圖也表明聯(lián)合模型對DEL19 突變和L858R 突變的預(yù)測效能更佳。

本研究的局限性:①入組患者有限,因部分患者僅行EGFR 突變的檢測,未行DEL19 和L858R 位點的檢測,后期將擴大樣本量進(jìn)一步分析。②采用2 mm層厚平掃圖像,優(yōu)點是構(gòu)建模型適用范圍更廣,缺點是厚層圖像可供挖掘的數(shù)據(jù)不如增強掃描圖像。③納入的臨床因素相對較少,可能是由于樣本量小、未篩選出其他相關(guān)的臨床因素。后續(xù)研究應(yīng)增大樣本量,將病灶按大小分層,并納入縱隔窗可顯示的薄層增強掃描圖像進(jìn)行研究,這樣可獲取多一個維度的紋理特征。

綜上所述,以2 mm 薄層平掃圖像為基礎(chǔ)構(gòu)建的影組學(xué)模型應(yīng)用范圍廣,且能夠較準(zhǔn)確預(yù)測NSCLC患者敏感性突變亞型,聯(lián)合相關(guān)臨床因素所構(gòu)建的聯(lián)合模型對DEL19 和L858R 突變的預(yù)測效能最優(yōu)。

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