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siRNA 干擾對人軟骨細胞Skp2 表達的影響

2023-07-19 12:28:04袁長深李彥宏劉晉邑廖書寧梅其杰徐文飛
海南醫(yī)學院學報 2023年13期
關(guān)鍵詞:瓊脂糖抑制率靶點

袁長深,李彥宏,劉晉邑,廖書寧,梅其杰,徐文飛,段 戡

(1.廣西中醫(yī)藥大學第一附屬醫(yī)院四肢骨傷科,廣西 南寧 530023;2.廣西中醫(yī)藥大學研究生院,廣西 南寧 530000)

S 期激酶相關(guān)蛋白2(S-phase kinase associated protein,Skp2)是一種癌癥相關(guān)蛋白,主要位于細胞核和細胞質(zhì)中,可在骨髓等組織中廣泛表達(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/6502#geneexpression)。Skp2 作為細胞周期的關(guān)鍵調(diào)節(jié)劑,可促進細胞從G1期向S 期的轉(zhuǎn)換,對腫瘤的發(fā)生、發(fā)展密切相關(guān)[1,2];甚至認為靶向Skp2 通路是癌癥治療的關(guān)鍵靶點[1]。然而,Skp2 在非腫瘤中,特別在骨關(guān)節(jié)炎(osteoarthritis,OA)中的作用機制仍不明確。

RNA 干擾(RNA interference,RNAi)可導致靶基因序列中同源雙鏈RNA 引起一種特異性轉(zhuǎn)錄后的基因沉默現(xiàn)象[3];RNAi 具有序列特異性、高效性、藥物毒性小等特點,可參與調(diào)控細胞增殖、分化、凋亡,影響非腫瘤與腫瘤的發(fā)?。?]。RNAi 已成為基因功能研究,甚至癌癥基因治療的重要手段。目前小干擾RNA(small interfering RNA,siRNA)技術(shù)已被用于食管癌[5]、胰腺癌[6]、喉癌[7]、肺癌[8]等研究,但在OA 中的報道鮮為少見。

因此,本研究通過設(shè)計合成針對siRNA 轉(zhuǎn)染人軟骨細胞,觀察Skp2 在人軟骨細胞中蛋白表達情況及基因沉默后對人軟骨細胞作用,為OA 進一步基因靶向治療提供依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 材料

人軟骨細胞完全培養(yǎng)基(CM-H107,普諾賽);IL-1β(CG93,novoprotein);FBS(10099-141,Gibco);Lipofectamine 3000 Transfection Reagent(L3000015,Invitrogen);OPTI-MEM 培養(yǎng)基(31985-062,Gibco);胰蛋白酶-EDTA 消化液(T1300,Solarbio);1×PBS(0.01 mol/L,pH7.4)(KGB5001,凱基生物);CCK-8 法細胞增殖檢測試劑盒(KGA317,凱基生物);內(nèi)參:β-actin;Skp2 siRNA-318,Skp2 siRNA-504,Skp2 siRNA-59(洪博元分子實驗室提供);Trizon Reagent(CW0580S,CWBIO);超純RNA 提取試劑盒(CW0581M,CWBIO);HiScriptⅡ QRT SuperMix for qPCR(+gDNAwiper)(R223-01,Vazyme);ChamQ Universal SYBR qPCR Master Mix(Q711 - 02,Vazyme);50×TAE 緩沖液(T1060,Solarbio);6×DNA Loading Buffer(GH101-01,TRANS);50 bp DNA Ladder(MD108,TIANGEN);Gsafe Red plus 核酸染料(GK20002,GLPBIO);瓊脂糖粉(75510-019,Invitrogen)。

1.2 方法

1.2.1 siRNA 設(shè)計及載體構(gòu)建 根據(jù)基因庫Genebank 中提供人類Skp2(NM_001243120,Gene ID:6502)序列,通過https://www.ncbi.nlm.nih.gov/網(wǎng)站在線siRNA 設(shè)計工具設(shè)計三條siRNA。設(shè)計基因靶點是在NS 基因的第59、318、504 位點,靶點序列 分 別 是 :Skp2 (human )siRNA - 59 :CAAAAAACUCAAAUUUAGUTTACUAAAU -UUGAGUUUUUUGTT ;Skp2 (human )siRNA-318:CCAUCUAGACUUAAGUGAUTTAUCACUUAAGUCUAGAUGGTT;Skp2 (human)siRNA - 504:CCUUCAACUGUUAAAGGAATTUUCCUUUAACAGUUGAAGGTT;并設(shè)置陰性對照siRNA:UUCUCCGAACGUGUCACGUTTACGUGACACGUUCGGAGAATT 和空載組。與任何基因序列均無同源性,以上序列均由江西中洪博元生物技術(shù)有限公司合成。模板鏈兩端分別設(shè)計SacⅠ和XhoⅠ酶切位點,載體構(gòu)建名稱:YCSWT-Skp2-Pmi-rGLO,將結(jié)合位點進行突變,將突變目的基因片段進行生物合成,與pmirGLO 載體相連,載體構(gòu)建名稱為YCS-UMT-Skp2-pmirGLO。使用SacⅠ和XhoⅠ雙酶切突變YCS-UMT-Skp2-pmirGLO 質(zhì)粒,在pmirGLO 載體上連接目的片段。將2 個多聚核苷酸片段置于37 °C 條件下酶切30 min 后,進行1%瓊脂糖凝膠電泳分離得到條帶。紫外燈下切下線性化的條帶,應用瓊脂糖DNA 回收試劑盒,回收線性化的載體并發(fā)生連接反應的體系如下:目的質(zhì)粒(50 ng)1 μL,pmirGLO-F 0.5 μL,pmirGLO-R 0.5 μL,2× ES Taq Master Mix(Dye)12.5 μL,去離子水10.5 μL。連接產(chǎn)物分別命名為:siRNA-59、siRNA-318、siRNA-504 和NC(陰性對照質(zhì)粒)。

1.2.2 細胞轉(zhuǎn)染 本實驗分為5 組:空載組、NC 組、Skp2 siRNA-59 組、Skp2 siRNA-318 組、Skp2 siRNA-504 組。首先,在6 孔板上植入細胞,每個孔約2×105~10×105個細胞,6 cm 皿每孔約5×105~2×106個細胞。當細胞密度達到70%時,準備轉(zhuǎn)染;用容量為1 mL 的無血清培養(yǎng)基取代細胞培養(yǎng)基;其次,取2 支滅菌EP 管,每支加入125 μL Opti-MEM,其中1 支加入5 μL lipofectamine 3000,另1 支加入12.5 μL siRNA 或者miRNA(siRNA 或者miRNA 干粉使用DEPC 水溶解;125 μL/1OD),混勻后室溫孵育5 min;最后,將以上2 支EP 試管混勻,在室溫孵育15 min 后,把混合溶液滴入6 孔板相應小孔中,將細胞移回室溫孵育。當轉(zhuǎn)染4~6 h 后,將1 mL 含20%血清完全培養(yǎng)基加到6 孔板中,在48 h 后進行后續(xù)實驗。

1.2.3 RT-PCR 檢測Skp2mRNA 表達水平 對人軟骨細胞總RNA 進行RT-PCR 檢測,根據(jù)TRIzol操作說明書進行總RNA 提取,用紫外分光光度儀從38 μL 體系的總RNA 溶液中抽取1.3 μL,在OD260和OD280下測定數(shù)據(jù)并記錄。RNA 濃度和純度分別由OD260×40=RNAng/μL 公式、1.8≤OD260/OD280≤2.2 公式計算。提取總RNA 進行瓊脂糖凝膠電泳,進行RNA 跑膠,電壓200 V,電流180 mA 左右,時間13 min 左右,取出凝膠,化學發(fā)光成像系統(tǒng)儀在顯影后進行圖像采集。根據(jù)HiScript Ⅱ QRT SuperMix for qPCR 逆轉(zhuǎn)錄試劑盒操作方法獲得到單鏈cDNA。PCR 反應體系:2×miRNA Universal SYBR qPCR Master Mix 10 μL,cDNA 模板1 μL,引物各0.4 μL,去DEPC 水8.2 μL 總體積20 μL。PCR 條件為:95 ℃預變性10 min;95 ℃變性10 s;58 ℃(β-actinF、β-actinR 為58 ℃,Skp2F、Skp2R 為60.5 ℃)退火30 s,72 ℃延伸30 s,40 個循環(huán)。PCR產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳,超高靈敏度的化學發(fā)光成像系統(tǒng)儀所獲取的影像,以β-actin為內(nèi)參,引物名稱及序列見表1。

表1 引物名稱及序列Tab 1 Names and sequences of primers

1.2.4 細胞增殖抑制率檢測 先將細胞貼壁后加藥24 h,將待測96 孔板細胞用相同的培養(yǎng)基,每孔100 μL;并在每個孔中添加10 μLCCK8 試劑,然后放入培養(yǎng)箱孵化2 h,酶標儀檢測450 nm 波長下各孔吸光值(IOD 值)。當細胞貼壁后加藥24 h,再把待測96 孔板細胞用相同培養(yǎng)基,100 μL/孔培養(yǎng)基替換;Skp2mRNA 表達抑制率(%)計算方法為:1-siRNA 組Skp2mRNA/NC 組Skp2mRNA×100%。

1.2.5 統(tǒng)計學處理 運用SPSS 18.0 軟件進行統(tǒng)計分析,組間用t檢驗和普通單因素方差分析比較均數(shù),實驗數(shù)據(jù)采用均數(shù)±標準差(±s)表示,P<0.05 為差異有統(tǒng)計學意義。

2 結(jié)果

2.1 重建質(zhì)粒的酶切鑒定及測序鑒定

YCS-WT-Skp2-pmirGLO、YCS-MUT-Skp2-pmirGLO 載體通過PCR 擴增后的條帶為578 bp,見圖1,電泳檢測結(jié)果和理論值吻合相似,測序結(jié)果和設(shè)計的DNA 片段序列完全一致,證實均為正確質(zhì)粒,得到的重組干擾質(zhì)粒的目的片段完全相符預期。

圖1 瓊脂糖凝膠電泳檢測PCR 產(chǎn)物條帶大小Fig 1 Agarose gel electrophoresis detection of PCR products stripe size

2.2 重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)染對Skp2 mRNA 表達的影響

重組質(zhì)粒經(jīng)轉(zhuǎn)染后,siRNA-59、siRNA-318 和siRNA-504 轉(zhuǎn)染組Skp2mRNA 表達明顯低于NC組,具有顯著性差異(P<0.05),且以siRNA-504Skp2mRNA 表達最低;而空載組和NC 組比較,差異具有統(tǒng)計學意義(P<0.05),siRNA 干擾后實驗各組Skp2 mRNA 表達量,見表2;重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)染對Skp2mRNA 表達的影響見圖2。同時,進一步采用DNA 電泳對其結(jié)果進行驗證,其結(jié)果與各組重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)染后Skp2mRNA 結(jié)果一致??蛰d組、NC 組、siRNA-59 組、siRNA-318 組和siRNA-504 組表達量從左至右,分組順序與濃度測定一致,β-actin、Skp2條帶亮度正常且位置正確,為目的產(chǎn)物,見圖3。

圖2 重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)染對Skp2 mRNA 表達的影響Fig 2 Effect of recombinant plasmid transfection on Skp2 mRNA expression

圖3 DNA 電泳結(jié)果Fig 3 DNA electrophoresis results

表2 siRNA 干擾后實驗各組Skp2 mRNA 表達量(n=3)Tab 2 Skp2 mRNA expression quantity after siRNA interference in all experimental groups(n=3)

2.3 細胞增殖抑制率檢測

細胞增殖抑制率檢測:采用1-siRNA 組Skp2mRNA/NC 組Skp2mRNA×100%,計算出siRNA-59 組、siRNA-318 組、siRNA-504 組的細胞增殖抑制率,結(jié)果分別為:60%、41%、64%,其中以siRNA-504 組的細胞增殖抑制率最為顯著。

3 討論

1998 年,F(xiàn)ire 等[9]首次發(fā)現(xiàn)雙鏈RNA(doublestranded RNA,dsRNA)是秀麗隱桿線蟲轉(zhuǎn)錄后基因沉默的致病因子,并將這種現(xiàn)象稱為RNAi。RNAi 作為進化過程中高度保守的雙鏈RNA 分子之一,可調(diào)節(jié)幾乎人類所有細胞中mRNA 的穩(wěn)定性和翻譯[3]。在RNAi 中,有個重要的核酸內(nèi)切酶Dicer,它可與雙鏈RNA 分子結(jié)合,并從dsRNA 鈍頭或3 端有小懸突的dsRNA 上進行切割,將其剪切成2l-23nt 長及3'端突出的片段,即siRNA[10]。siRNA 對核苷酸序列具有高度特異性,可有效地對特定基因進行RNAi 沉默[3],這是因為siRNA 在細胞內(nèi)被依附于RNA 的RNA 聚合酶1、2、6 進一步擴增,并以單鏈的形式與AGO1 蛋白結(jié)合,從而形成由RNA誘導的沉默復合體(RNA-induced silencing complex,RISC),引導部分或完全互補的mRNA 與其相互作用,導致特異的mRNA 被降解,產(chǎn)生轉(zhuǎn)錄后水平基因沉默(post-transcriptional gene silencing,PTGS)[11]。PTGS 存在于自然生物細胞中,是細胞抵抗外來核酸入侵,并維持自身基因組完整性的一種防御手段[12];PTGS 能將特異性同源雙鏈RNA 導入細胞內(nèi),使靶點基因不表達或者表達水平下降。因此,RNAi 也作為一種簡單有效的代替基因敲除的方法[11]。隨著RNAi 技術(shù)的不斷發(fā)展,由于其具有高穩(wěn)定性、高特異性及高效性等特點,已在基因功能及腫瘤治療方面被廣泛運用[13],但在OA 領(lǐng)域則較為少見。所以,RNAi 的發(fā)現(xiàn)和應用為生物醫(yī)學研究提供一個獨特且適應性強的工具,成為發(fā)展生命科學和藥物研發(fā)的重要方向[14]。RNAi 也有望成為治療OA 的一種有效方法,為防治OA 開辟新的途徑。

Skp2作為Skp1-Cullin-F-box(SCF 復合體)E3連接酶中的一種F-box 蛋白,可通過泛素介導G1 檢查點CDK 抑制劑-p21 和p27、p57 和叉頭轉(zhuǎn)錄因子1降解來靶向細胞周期進程。由于Skp2具有調(diào)控細胞周期的作用[4],所以其表達水平影響腫瘤發(fā)生、發(fā)展、預后等[2,15-17]。目前Skp2在腫瘤領(lǐng)域研究較多,但在OA 的研究甚少。Wang 等[18]通過對GSE48556、GSE46750、GSE32317 數(shù)據(jù)集綜合薈萃分析發(fā)現(xiàn),Skp2存在于OA 中;且認為高糖狀態(tài)下Skp2過表達可促進軟骨細胞增殖[19]。同時,研究發(fā)現(xiàn)在營養(yǎng)豐富的條件下,Skp2的SCFE3 泛素連接酶可維持細胞核中精氨酸甲基轉(zhuǎn)移酶共激活因子1(CARM1)穩(wěn)定性[20];而在饑餓狀態(tài)下,Skp2則會激活細胞核中的AMP 依賴蛋白激酶(AMPK),激活的AMPK使叉頭轉(zhuǎn)錄因子O3 磷酸化,導致Skp2下調(diào)并增加細胞核中CARM1 蛋白水平;穩(wěn)定的CARM1 作為轉(zhuǎn)錄因子EB 必要激活因子,進而調(diào)控細胞自噬和溶酶體基因的表達。由于Skp2在AMPK-Skp2 -CARM1 信號軸中發(fā)揮關(guān)鍵介質(zhì)作用[21],所以Skp2被認為是自噬相關(guān)疾病潛在治療靶點[19]。生信預測發(fā)現(xiàn)Skp2是OA 的關(guān)鍵基因[18],而自噬能夠清除受損和功能失調(diào)的細胞器和大分子,保持OA 軟骨內(nèi)環(huán)境的穩(wěn)態(tài)[22],因而推斷Skp2可能在OA 自噬中發(fā)揮重要作用。因此,觀察Skp2在人軟骨細胞中的表達情況,為研究Skp2在OA 中的靶向治療提供依據(jù)。

本實驗通過使用在線siRNA 設(shè)計工具,利用Skp2 序列作為靶位點,設(shè)計三條序列,采用基因重組技術(shù),成功體外構(gòu)建Skp2siRNA 表達載體,然后轉(zhuǎn)染到人軟骨細胞。結(jié)果發(fā)現(xiàn),siRNA-59、siRNA-318、siRNA-504 轉(zhuǎn)染組Skp2mRNA 表達明顯低于NC 組,具有顯著性差異(P<0.05);進一步采用DNA 電泳對其結(jié)果進行驗證,其結(jié)果與各組重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)染后Skp2mRNA 結(jié)果一致。進而觀察對Skp2mRNA 表達抑制率,實驗顯示Skp2mRNA 在siRNA-59、siRNA-318、siRNA-504 中的抑制率分別為60%、41%、64%,其中以siRNA-504 轉(zhuǎn)染組抑制率最高。針對Skp2的siRNA,能有效降低Skp2mRNA 表達,產(chǎn)生基因沉默效應,提示Skp2可能成為OA 治療的一個靶基因,而Skp2第504 位點可能是研究其重要靶點。

本研究通過構(gòu)建載體,成功介導siRNA 對人軟骨細胞Skp2表達的抑制作用,表明在OA 基因治療領(lǐng)域中具有可行性。隨著siRNA 技術(shù)的日臻完善,該技術(shù)可能成為OA 基因治療的重要組成部分。

作者貢獻度說明:

袁長深:文章撰寫,文章后期審校;李彥宏、劉晉邑、廖書寧、徐文飛:文章內(nèi)容修改;段戡:文章設(shè)計。梅其杰:文章評估。

所有作者聲明不存在利益沖突關(guān)系。

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