李豐鈺 黃 平 鄭勇奇, 李長紅 張雨婷 薛克娜 宗亦臣 趙鴻杰
(1. 青島農(nóng)業(yè)大學園林與林學院 青島 266109;2. 國家林業(yè)和草原局植物新品種分子測定實驗室 國家林業(yè)和草原局林木培育重點實驗室 中國林業(yè)科學研究院林業(yè)研究所 林木遺傳育種國家重點實驗室 北京 100091;3. 佛山市林業(yè)科學研究所 佛山 528234)
山茶屬(Camellia)為常綠灌木或者小喬木,約有280 種,原產(chǎn)于東南亞,從喜馬拉雅山到日本,從中國南部(廣西和云南)到爪哇島和蘇門答臘島均有自然分布(Liet al., 2021)。茶花(山茶花)是具有觀賞價值的山茶屬植物的統(tǒng)稱,茶花主要包括山茶(Camellia japonica)、滇山茶(Camellia reticulata)、茶梅(Camellia sasanqua)、金花茶(Camellia nitidissima)等種及其品種,性狀類型豐富,涵蓋生長類型、花色、花型等觀賞性狀和耐寒、耐熱、耐鹽堿等適應性狀。茶花因其具有較高的園藝觀賞價值而在世界各地被廣泛栽培,目前全球有記錄的山茶屬品種名超過5.1 萬個(https://camellia.iflora.cn),隨著植物育種的發(fā)展導致品種數(shù)量繁多,其中存在大量同物異名和同名異物的現(xiàn)象,部分品種間的性狀差異較小,遺傳背景相似,為品種的鑒別帶來很大困難,不利于品種管理與保護,影響山茶屬植物育種產(chǎn)業(yè)高質量發(fā)展(張亞利等, 2016,張旻桓等, 2018;潘麗芹等, 2019)。
由于山茶屬品種觀賞價值高,無性繁殖容易,可為育種者和生產(chǎn)者帶來可觀的經(jīng)濟利益,因此品種侵權時有發(fā)生,而品種鑒別和維權難度較大(陶乃奇等,2019)。目前山茶屬品種鑒別主要采用基于形態(tài)性狀的特異性、一致性、穩(wěn)定性(DUS)測試方法(張曉慶,2008),利用分子標記技術鑒別山茶屬品種尚處于研究階段(申屠文月等, 2006;張景榮等, 2006)。DUS 測試存在成本高、周期長且易受環(huán)境和人為因素影響等問題,侵權證據(jù)難找、維權難度大,在處理品種侵權糾紛中的應用十分受限(李汝玉等, 2007)。SSR(簡單序列重復)分子標記是國際植物新品種保護聯(lián)盟(UPOV)推薦的可用于輔助植物品種鑒別的分子標記技術之一,SSR 分子標記具有操作簡單、穩(wěn)定性好、測試周期短、對DNA 質量要求不嚴等諸多優(yōu)點,因此在植物品種鑒別上的應用日趨廣泛(王玲玲等, 2017)。
已公布的SSR 分子標記位點在品種類群通用性、擴增結果重復性和位點多態(tài)性信息含量(polymorphism information content, PIC)等方面參差不齊并且差異較大,而多態(tài)性高、重復性好、通用性強等的SSR 位點是應用分子標記輔助植物品種鑒別的基礎,因此SSR 分子標記位點的篩選尤為重要。前人對品種鑒別能力的分析評價往往是基于單個位點,而單個位點對品種的鑒別效率不高,多個位點組合可能會達到更好的品種鑒別效果,因此開展SSR 位點組合品種鑒別能力的分析評價研究十分必要。
基于累積鑒別力(TDP)是較為常用的評價分子標記位點組合的鑒別能力的統(tǒng)計方法(Jones, 1972),品種鑒別力(VDP)是新提出的可用于分析評價分子標記位點組合的品種鑒別能力的統(tǒng)計方法,具有無群體偏好,敏感度高等特點,其包括3 種評價植物品種鑒別力的統(tǒng)計方法:基于概率的品種鑒別力(P-VDP)、基于比較的品種鑒別力(C-VDP)和基于比率的品種鑒別力(R-VDP)。目前,該統(tǒng)計方法已在高粱(Sorghum bicolor)、 玉米(Zea mays)和水稻(Oryza sativa)等農(nóng)作物品種的分子標記位點組合品種鑒別能力分析評價工作中有初步應用(Yanget al., 2021)。
為了獲得可用于山茶屬品種鑒別和位點組合品種鑒別能力分析評價的SSR 分子標記位點,本研究搜集、整理了已公布的76 個山茶屬SSR 分子標記位點,以山茶屬品種為實驗材料,包括紅山茶組(Sect.Camellia)品種(84 個)、金花茶組(Sect.Chrysantha)無性系(27 個),其中紅山茶組品種主要包含山茶和滇山茶,金花茶組無性系包含金花茶。結合位點多態(tài)性分析和位點組合VDP 分析的方法,篩選SSR 位點并對SSR 位點組合的品種鑒別能力進行分析與評價,旨在建立一套適用于山茶屬品種分子鑒別的SSR 位點以及位點組合品種鑒別能力評價的體系,為品種鑒別及相關標準的制定等奠定基礎。
試驗所用山茶屬品種樣品均取樣于佛山植物園,選擇生長狀態(tài)良好、健康無病蟲害的植株,共采取111 份山茶屬品種新鮮嫩芽,置于裝有硅膠的密封袋中,帶回實驗室徹底干燥后置于-80 ℃超低溫冰箱中保存。
1.2.1 DNA 提取及檢測 采用高效植物基因組DNA提取試劑盒(型號:CW0531M,北京康為世紀)提取基因組DNA, 使用多功能酶標儀(SpectraMax i3,Molecular Device, Austria)檢測DNA 的濃度和質量,1%瓊脂糖凝膠電泳檢測提取DNA 的完整性,檢測合格的DNA 稀釋至濃度為50 ng·μL-1,置于-20 ℃冰箱中保存?zhèn)溆谩?/p>
1.2.2 SSR 位點篩選 通過查閱文獻,收集到山茶屬已公布的76 個SSR 位點,選擇55 個位點(PIC>0.5)進行初篩和復篩實驗。初篩實驗:以隨機選取的8 個山茶屬品種的DNA 作為模板,對55 個位點進行PCR 擴增,采用瓊脂糖凝膠電泳對PCR 產(chǎn)物進行檢測,選取條帶清晰的位點進行熒光毛細管電泳,保留峰型正常、重復性好且多態(tài)性高的位點;復篩實驗:利用初篩得到的SSR 位點側翼引物對111 份茶花品種的DNA 進行PCR 擴增后,對其PCR 產(chǎn)物進行熒光毛細管電泳,篩選通用性高的位點(黃平等, 2012;任小平等, 2016;張曉寧等, 2016;趙瑞娟等, 2017;胡文斌等, 2020;劉超凡等, 2021);最后,對111 份茶花品種的基因分型數(shù)據(jù)進行分析,選擇觀測等位基因數(shù)≥3 或PIC≥0.65 的位點(趙久然等, 2009)。
1.2.3 PCR 擴增和熒光毛細管電泳檢測 在SSR 位點側翼正向引物5′端加M13(TGTAAAACGACGGCC AGT)接頭,構建TPM13-SSR 引物,M13 引物采用3種熒光(FAM、HEX 和ROX)標記。SSR 引物及M13熒光標記由北京美級思諾生物科技有限公司和北京睿博興科生物技術有限公司合成。PCR 采用20 μL 體系:2×Taq MasterMix(10μL);正向引物(0.5 μL);反向引物(0.5 μL); M13 引物(0.5 μL); DNA(1 μL);ddH2O(7.5 μL)。
PCR 擴增程序:94 ℃預變性5 min;94 ℃變性30 s,退火30 s(溫度見表1),72 ℃延伸30 s,20 個循環(huán);94 ℃變性30 s,48 ℃退火30 s,72 ℃延伸30 s,15個循環(huán);72 ℃延伸7 min;4 ℃保溫。PCR 擴增產(chǎn)物大小采用ABI 3730XL 測序儀檢測。
表1 山茶屬17 個SSR 位點多態(tài)性信息Tab. 1 Polymorphic information of 17 SSR loci in Camellia
1.2.4 SSR 位點組合品種鑒別能力分析評價 比較品種鑒別能力分析工具VDPTools(https://github.com/caurwx1/VDPtools.git)中4 種統(tǒng)計方法(TDP, P-VDP, CVDP, R-VDP)的敏感度,基于敏感度最高的統(tǒng)計方法分析評價篩選所得SSR 位點組合的品種鑒別能力(Yanget al., 2021),考慮到品種鑒別能力受組合的位點數(shù)和差異位點數(shù)等因素影響,進一步基于敏感度最高的統(tǒng)計方法,設置不同差異位點數(shù),分析評價SSR位點組合分別對全部品種(系)、紅山茶組品種、金花茶組無性系的品種鑒別能力,確定品種鑒別所需的最少SSR 位點數(shù)量的組合。
1.2.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計與分析 使用GeneMarker V2.2.0 進行基因分型(王蕊等, 2012),通過GenALEx 6.503 和Datatrans 2003 進行數(shù)據(jù)格式轉換(蓋紅梅, 2011;Peakallet al., 2012);使用Cervus 3.0.7 計算PIC 值(Zhouet al., 2022);使用Popgen V1.31 計算觀測等位基因數(shù)目(Na)(黃少勇等, 2013);使用Excel 計算單位點基因型數(shù)和數(shù)據(jù)缺失率;使用Ntsyspc 2.10e 估算成對品種間的遺傳相似系數(shù)(genetic similarity, GS),采用非加權類平均法(unweighted pair group method arithmetic averages, UPGMA)進行遺傳聚類分析(Rohlf,1993);使用VDPtools V1.0 評價SSR 位點組合的品種鑒別能力(Yanget al., 2021)。
通過瓊脂糖凝膠電泳和熒光毛細管電泳篩選,初篩得到20 個帶型正常、重復性好且多態(tài)性高的SSR位點,占篩選位點總數(shù)的36.4%;復篩得到17 個通用性強的SSR 位點,占篩選位點總數(shù)的30.9%,復篩得到的17 個SSR 位點對111 份茶花品種的基因分型結果顯示峰型正常(部分基因分型結果見圖1)。
圖1 部分山茶屬品種在p1 位點的基因分型Fig. 1 Genotyping of some Camellia varieties at p1 locus
以復篩得到的17 個SSR 位點對111 個山茶屬品種的基因分型數(shù)據(jù)為基礎進行多態(tài)性分析,分析結果顯示,在17 個SSR 位點上共檢測到166 個等位基因,觀測等位基因數(shù)(Na)范圍為3~15,均值為9.765,其中位點P06 的觀測等位基因數(shù)最多(15 個),位點p41的觀測等位基因數(shù)最少(3 個);單位點基因型數(shù)量范圍為6~35,均值為23.353 個,其中位點TUGM78 的基因型數(shù)最多(35 個),位點p41 的基因型數(shù)最少(6 個);位點缺失率的范圍為0~4.50%,均值為0.90%,其中位點p85 數(shù)據(jù)缺失率最高(4.50%);多態(tài)性信息含量(PIC)的范圍為0.447~0.835,均值為0.696,其中位點CSSR35 的多態(tài)性最低(0.447),位點p1 的多態(tài)性最高(0.835)(表1)。17 個SSR 位點均符合觀測等位基因數(shù)≥3 或PIC≥0.65 的篩選要求,SSR 位點側翼引物信息見表2。
以最終確定的17 個SSR 位點對111 個山茶屬品種的基因分型數(shù)據(jù)為基礎,進行UPGMA 聚類分析,得到111 份茶花品種的聚類圖(圖2)。聚類結果顯示,各品種間遺傳相似系數(shù)在0.24~0.98 之間,111 個山茶屬測試品種(系)在遺傳相似系數(shù)為0.24 時,分為兩類,一類是金花茶組無性系(27 個),另一類為紅山茶組品種(84 個),結果表明SSR 位點可有效鑒別紅山茶組品種和金花茶組無性系。
圖2 基于遺傳相似系數(shù)的111 個山茶屬品種的UPMGA 聚類Fig. 2 UPMGA cluster of 111 Camellia varieties based on genetic similarity coefficient
差異位點數(shù)的設置和組合的位點數(shù)會影響品種鑒別能力,因此將4 種統(tǒng)計方法的差異位點數(shù)分別設置為1、2、3,比較不同統(tǒng)計方法計算的值對于組合中位點數(shù)量變化的品種鑒別敏感性。結果如圖3 所示,總體上,不同差異位點數(shù)設置下,不同統(tǒng)計方法下的品種鑒別能力隨著組合中SSR 位點數(shù)量的減少呈下降的趨勢。其中,當差異位點數(shù)設置為1 時,R-VDP值顯著降低(圖3a);當差異位點數(shù)設置為2 和3 時,RVDP 值和C-VDP 值顯著降低,R-VDP 值降低更明顯(圖3b、3c),這表明隨著差異位點數(shù)量的增加,RVDP 和C-VDP 均表現(xiàn)出了對組合位點數(shù)量變化的敏感性。而在4 種統(tǒng)計方法中,R-VDP 對于組合的位點數(shù)和差異位點數(shù)的變化最為敏感,與前人的研究結果一致(Yanget al., 2021),因此選擇R-VDP 對SSR 位點組合的品種鑒別能力進行分析評價。
圖3 差異位點數(shù)=1, 2, 3 時SSR 位點組合對全部品種(系)的鑒別力Fig. 3 When the number of differential loci=1, 2, 3,The discrimination of combination of SSR Loci to all varieties (lines)
如圖4 所示,基于概率的品種鑒別力的值(RVDP 值)隨著位點組合中SSR 位點數(shù)量的增加呈現(xiàn)上升的趨勢,當位點增加到一定程度時,R-VDP 值也會達到最大值。如表3 所示,差異位點數(shù)=1 時,鑒別全部品種(系),最少需要11 個SSR 位點,占篩選所得SSR 位點總數(shù)的64.7%;鑒別紅山茶組品種,至少需要10 個SSR 位點,占篩選所得SSR 位點總數(shù)的58.8%;鑒別金花茶組無性系,至少需要5 個SSR 位點,占篩選所得SSR 位點總數(shù)的29.4%(圖4a)。差異位點數(shù)=2 時,17 個SSR 位點組合能夠鑒別96.4%的全部品種(系),達到R-VDP 最大值最少需要12 個位點,占篩選所得位點總數(shù)的70.6%; 17 個SSR 位點組合能夠鑒別95.2%的紅山茶組品種,達到R-VDP 最大值最少需要12 個位點,占篩選所得位點總數(shù)的70.6%; 鑒別金花茶組無性系最少需要7 個位點,占篩選所得位點總數(shù)的41.2%(圖4b)。差異位點數(shù)=3 時,17 個SSR 位點組合能夠鑒別94.6%的全部品種(系),達到R-VDP 最大值最少需要8 個位點,占篩選所得位點總數(shù)的47.1%;17 個SSR 位點能夠鑒別92.9%的紅山茶組品種,達到R-VDP 最大值最少需要7 個位點,占篩選所得位點總數(shù)的41.2%,鑒別金花茶組無性系最少需要8 個位點,占篩選所得位點總數(shù)的47.1%(圖4c)。如圖5 所示,總體上R-VDP 值隨著差異位點數(shù)的增加呈下降的趨勢,當差異位點數(shù)≤6 時,17 個SSR 位點的組合對山茶屬測試品種(系)群的R-VDP 最大值可保持相對穩(wěn)定的狀態(tài)。
圖4 差異位點數(shù)=1, 2, 3 時SSR 位點組合在山茶屬品種(系)群種的品種鑒別力Fig. 4 When the number of differential loci=1, 2, 3, variety discrimination power of combination of SSR Loci in Camellia variety (clones) groups
圖5 17 個SSR 位點組合在不同差異位點數(shù)下對山茶屬品種(系)群的品種鑒別力比較Fig. 5 Comparison of variety discrimination power of combination of SSR Loci under different number of differential loci in Camellia variety (clones) groups
表3 SSR 位點組合在不同山茶屬測試品種(系)群中的品種鑒別力分析評價Tab. 3 Analysis and evaluation of variety discrimination power of combination of SSR loci in different variety (clone) groups of Camellia
本研究篩選驗證獲得了17 個SSR 位點,約占篩選位點總數(shù)的30.9%。通過比較分析發(fā)現(xiàn),SSR 標記單位點PIC 范圍介于0.447~0.835 之間,與玉米較為接近(0.463~0.852), 高于水稻(0.370~0.810)、 小麥(Triticum aestivum)(0.240~0.829),單位點的等位基因數(shù)量也與玉米較為接近,略高于水稻,低于小麥(田大剛等, 2013;鄭永勝等, 2014;趙文明等, 2018),多態(tài)性信息含量、等位基因數(shù)量等指標都是反映群體遺傳變異大小的指標,與位點遺傳特征,測試群體大小、群體遺傳背景等因素有關,比較分析結果也表明本研究篩選獲得的山茶屬SSR 標記在單位點水平具有良好的多態(tài)性,可作為品種鑒別的遺傳分析工具。基于SSR分子標記的聚類分析結果表明利用這些標記可較好的區(qū)分山茶屬不同類群的品種(系),可作為植物品種分組管理的有效工具。
統(tǒng)計方法的敏感性分析是分子標記位點組合品種鑒別力分析評價的重要指標,在山茶屬SSR 分子標記組合分析評價中,我們發(fā)現(xiàn)在不同差異位點數(shù)設置下,R-VDP 值對組合位點數(shù)的變化均表現(xiàn)出較好的敏感性,其次是C-VDP,當差異位點數(shù)≥2 時,C-VDP 對組合位點數(shù)的變化也有表現(xiàn)出一定的敏感性,但RVDP 對組合位點數(shù)變化和差異位點數(shù)變化的敏感性均優(yōu)于C-VDP,更有利于組合位點品種鑒別力的分析評價,盡管如此,R-VDP 對于缺失數(shù)據(jù)的穩(wěn)定性比CVDP 差(Yanget al., 2021),因此R-VDP 應用的前提條件是篩選所得位點具有較低的數(shù)據(jù)缺失率,本研究中篩選獲得的SSR 位點在測試品種中的數(shù)據(jù)缺失率均小于0.05,因此選擇了R-VDP 對位點組合進行了分析評價。在品種鑒別實際應用中,當篩選所得位點的數(shù)據(jù)缺失率較高、品種鑒別靈敏度不重要且鑒別標準為差異位點數(shù)≥2 時,也可選擇C-VDP 對位點組合品種鑒別能力進行分析評價。
在品種鑒別實踐工作中,通常會使用SSR 位點組合對測試品種進行鑒別,因此,篩選鑒別能力較好的位點組合是建立植物品種鑒別標準方法的重要工作之一。之前的很多研究都是基于單位點水平的品種鑒別能力篩選標記位點,VDP 方法不僅可分析評價位點組合的品種鑒別能力,還可用于確定達到最高品種鑒別力所需的最少位點的組合,可達到縮減位點檢測數(shù)量與保持鑒別能力的平衡。在本研究中,使用了RVDP 的統(tǒng)計方法對山茶屬SSR 位點組合進行了綜合評價,在不同差異位點數(shù)的設置下,山茶屬SSR 位點組合在不同山茶屬測試品種(系)群中均表現(xiàn)出較好的品種鑒別能力。以差異位點數(shù)=2 為例,山茶屬品種的R-VDP 最大值要高于高粱、玉米,且使用了更少的SSR 位點數(shù)量,這也表明篩選獲得的SSR 標記組合具有較強的品種鑒別能力(Yanget al., 2021)。SSR 位點組合的鑒別能力也與物種育種進程、技術方法,品種遺傳近似程度等因素有著密切的聯(lián)系,盡管山茶屬的品種育種歷史悠久,品種數(shù)量巨大,但木本植物雜合度高,遺傳背景復雜的特點,也一定程度的提升了品種鑒別的效率。在品種鑒別工作中,鑒別能力往往與位點組合的數(shù)量成正相關,一般認為,檢測位點越多,鑒別能力越強,鑒別結果越可靠,但在品種鑒別實踐中還需要考慮與測試成本間的平衡。本研究基于已有的測試品種群,通過計算不同數(shù)量位點組合的品種鑒別力,確定了品種鑒別所需的最少位點數(shù)量,獲得了具有高效鑒別能力的位點組合。例如,差異位點數(shù)=2 時,對于所有測試品種,17 個SSR 位點組合RVDP 最大值為0.964,達到R-VDP 最大值最少需要12個位點的組合,占篩選所得位點總數(shù)的70.6%。
分析評價SSR 位點組合品種鑒別力,不僅能有效評估SSR 位點的組合的品種鑒別能力,還可提高品種鑒別效率,為品種鑒別及相關標準的制定等奠定基礎。提高品種鑒別效率意味著利用較少的SSR 位點、較短的測試時間和較低的經(jīng)濟成本達到較高的品種鑒別能力。為了提高品種鑒別效率,達到縮減位點數(shù)量和保持鑒別能力的平衡。在品種鑒別實踐中,理論上應優(yōu)先選用具有較強鑒別能力的位點組合。在已發(fā)布的基于SSR 分子標記的品種鑒別的系列標準中,通常認為差異位點數(shù)≥2 可判定為不同品種,在紅山茶組品種中,12 個SSR 位點的組合和17 個SSR 位點的組合具有相同的品種鑒別效果,因此當被侵權品種為紅山茶組品種時,建議優(yōu)先選擇12 個位點的組合進行鑒別侵權與被侵權品種,其余位點可作為備選檢測位點。在金花茶組無性系中,7 個SSR 位點的組合和17 個SSR 位點的組合具有相同的品種鑒別效果,因此當被侵權品種為金花茶組無性系時,建議優(yōu)先選擇7 個位點的組合進行鑒別工作,其余位點可作為備選檢測位點。
品種鑒別標準是判定兩個品種相同或者不同的標準,例如差異位點數(shù)量、差異位點比率或者遺傳距離等,設定品種鑒別標準要綜合考慮物種或者品種的遺傳背景、育種現(xiàn)狀等因素(Heckenbergeret al., 2002;Achardet al., 2020)。本研究以差異位點數(shù)為例,分析不同鑒別標準下山茶屬SSR 位點組合對于3 個山茶屬品種群的品種鑒別力的影響。理論上差異位點數(shù)越多,則兩個品種間遺傳差異越大,判定為不同品種的可能性也就越大。在現(xiàn)行品種SSR 分子鑒別的國家/行業(yè)標準中,一般將差異位點數(shù)設置為1、2 或者3,例如白蠟屬(Fraxinus)、油茶(Camellia oleifera)等標準中認為當兩個品種的差異位點數(shù)為1 時,即可判定為不同品種(國家林業(yè)局, 2014;國家林業(yè)和草原局,2019);而在高粱、玉米、水稻、棗(Ziziphus jujuba)、花生(Arachis hypogaea)等標準中認為當兩個品種間的差異位點數(shù)≥2 時,才能判定為不同品種,兩個測試品種之間如果差異位點數(shù)=1 時,則認為是相近品種,當差異位點數(shù)=0 時,認為是極為近似品種或者相同品種(中華人民共和國農(nóng)業(yè)部, 2013a;中華人民共和國農(nóng)業(yè)部, 2014a; 2014b;國家林業(yè)局, 2015;山東省市場監(jiān)督管理局, 2019);在小麥、紫蘇等標準中認為兩個品種間差異位點數(shù)≥3 時,判定為不同品種,品種間差異位點數(shù)=1 或2 時,判定為相近品種,品種間差異位點數(shù)=0 時,判定為極近似品種(中華人民共和國農(nóng)業(yè)部,2013b;貴州省市場監(jiān)督管理局, 2020)。因此本研究將差異位點數(shù)分別設置為1、2、3,分析不同差異位點數(shù)設置下山茶屬SSR 位點組合對于全部品種(系)、紅山茶組品種、金花茶組無性系鑒別力的影響。結果表明:將差異位點數(shù)分別設置為1、2、3 時,17 個位點的組合對山茶屬品種(系)群均具有良好的品種鑒別能力(見圖4a–c),當差異位點數(shù)≤6 時,17 個SSR 位點的組合對山茶屬品種(系)群的品種鑒別力最大值可保持相對穩(wěn)定的水平,表明篩選所得SSR 位點用于山茶屬品種鑒別的差異位點數(shù)最大可設置為6(見圖5),這也可為研制基于SSR 分子標記法的山茶屬品種鑒別標準的設置提供重要的參考依據(jù)。