三峽工程建設(shè)歷經(jīng)17年，終告一段落。但工程建成后，并非一勞永逸，庫(kù)區(qū)仍面臨諸多疑難待解。

一是人多地少的基礎(chǔ)性矛盾在庫(kù)區(qū)顯得非常突出。其次是關(guān)于產(chǎn)業(yè)振興。三是生態(tài)環(huán)境的壓力。

庫(kù)區(qū)水土流失也堪憂。據(jù)記者獲悉的重慶水利局一份資料稱，“庫(kù)區(qū)工農(nóng)業(yè)生產(chǎn)、移民遷建工程和大量的開發(fā)建設(shè)活動(dòng)，劇烈地?cái)_動(dòng)地表”。據(jù)2005年遙感調(diào)查顯示，重慶三峽庫(kù)區(qū)現(xiàn)有水土流失面積23870.16km2，占土地總面積的51.71%，是我國(guó)水土流失最嚴(yán)重的地區(qū)之一。

另一個(gè)就是地質(zhì)安全的防治。重慶大學(xué)教授，三峽問題專家雷亨順稱，“三峽地區(qū)因造山運(yùn)動(dòng)形成，歷來地質(zhì)環(huán)境脆弱，它的巖石并非整體而是破碎的，像一個(gè)有著完好皮膚的人，但內(nèi)部卻是粉碎性骨折。