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人miR-205真核表達(dá)載體的構(gòu)建及鑒定

2012-04-13 13:02吳義高徐文清胡衛(wèi)列
山東醫(yī)藥 2012年44期
關(guān)鍵詞:真核克隆基因組

吳義高,肖 戈,徐文清,黃 福,胡衛(wèi)列,王 尉

(1南方醫(yī)科大學(xué)研究生學(xué)院,廣州510515;2廣州軍區(qū)廣州總醫(yī)院泌尿外科研究所)

國(guó)內(nèi)外研究發(fā)現(xiàn),miR-205參與了細(xì)胞的增殖、分化、凋亡及侵襲等,與惡性腫瘤發(fā)生、發(fā)展密切相關(guān)[1]。我們前期研究發(fā)現(xiàn)在腎上腺皮質(zhì)癌(ACC)中miR-205低表達(dá)。但miR-205在ACC中的作用機(jī)制尚不清楚,且目前國(guó)內(nèi)外鮮見(jiàn)miR-205與ACC關(guān)系的報(bào)道。ACC惡性程度高,侵襲性強(qiáng),約40%在診斷時(shí)已出現(xiàn)遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移,其早期診斷與腎上腺良性腫瘤鑒別困難,其治療仍以根治手術(shù)為主,缺乏有效的藥物治療,術(shù)后復(fù)發(fā)率高,預(yù)后差[2]。2011年9月~2012年5月我們通過(guò)構(gòu)建miR-205真核表達(dá)載體,轉(zhuǎn)染SW-13細(xì)胞后使其獲得miR-205的穩(wěn)定高表達(dá),從而為miR-205靶點(diǎn)驗(yàn)證和功能研究提供強(qiáng)有力的實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ),為ACC臨床診療提供一種可能的新的方法。

1 材料與方法

1.1 材料 ACC細(xì)胞SW-13購(gòu)自上海細(xì)胞所; pcDNA3.1(+)為南方醫(yī)科大學(xué)腫瘤研究所保存; E.coli DH5α感受態(tài)細(xì)胞、Lipofectamine 2000 Reagent購(gòu)自Invitrogen公司;G418、LATaq聚合酶、T4 DNA Ligase、dNTPMixture、HindⅢ、XhoⅠ限制性?xún)?nèi)切酶、DNA marker、膠回收試劑盒、SYBR Green PCR Master Mix均為T(mén)aKaRa公司產(chǎn)品;基因組DNA提取試劑盒、質(zhì)粒抽提試劑盒、無(wú)內(nèi)毒素質(zhì)粒提取試劑盒為Promega公司產(chǎn)品;IL-15培養(yǎng)基及胎牛血清均由廣州威佳公司提供。

1.2 方法

1.2.1 PCR引物設(shè)計(jì)與合成 miRbase數(shù)據(jù)庫(kù)中獲得miR-205前體pre-miR-205的序列(AAAGATCCTCAGACAATCCATGTGCTTCTCTTGTCCTTCATTCC ACCGGAGTCTGTCTCATACCCAACCAGATTTCAGTG GAGTGAAGTTCAGGAGGCATGGAGCTGACA),在premiR-205的頸環(huán)序列上下游各延伸200 bp左右設(shè)計(jì)引物調(diào)取pre-miR-205基因組序列,并在引物上引入末端的保護(hù)堿基、HindⅢ、XhoⅠ的酶切位點(diǎn),引物由上海生工生物公司合成。引物序列為:miR-205 HindⅢ F:5'-CCC AAGCTTCTGGGTGGCTGTTTTGAAAAC-3';miR-205 XhoⅠR:5'-CCGCTCGAGGA AGCACGCACACTCCAGATG-3'。

1.2.2 miR-205真核表達(dá)載體pcDNA3.1(+)-miR-205的構(gòu)建與鑒定 按DNA抽提試劑盒說(shuō)明書(shū)提取腎上腺皮質(zhì)細(xì)胞SW-13基因組DNA,用預(yù)先設(shè)計(jì)引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,反應(yīng)條件為94℃5 min預(yù)變性,94℃ 20 s,55℃20 s,72℃ 35 s經(jīng)過(guò)30個(gè)循環(huán),再72℃擴(kuò)增5 min后于16℃保存;PCR擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳后,使用DNA凝膠回收試劑盒回收獲得目的產(chǎn)物。將回收的目的產(chǎn)物用HindⅢ、XhoⅠ限制性?xún)?nèi)切酶酶切,獲得目的基因片段。pcDNA3.1(+)質(zhì)粒經(jīng)HindⅢ、XhoⅠ雙酶切后回收線(xiàn)性化空載體。取2 μL回收的線(xiàn)性化空載體與3 μL的目的基因片段,在T4 DNA Ligase作用下,16℃連接2 h;連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化E.coli DH5α感受態(tài)細(xì)胞后,均勻涂于含氨芐青霉素(Amp)的LB平板上,37℃過(guò)夜培養(yǎng)。使用質(zhì)粒提取純化試劑盒進(jìn)行質(zhì)粒提取,取3 mL提取質(zhì)粒在37℃下HindⅢ、XhoⅠ酶切2 h,酶切產(chǎn)物在含1%瓊脂糖凝膠電泳分離,UVP凝膠成像系統(tǒng)成像;最后將酶切鑒定正確的克隆送華大基因公司測(cè)序,無(wú)內(nèi)毒素質(zhì)粒提取試劑盒抽提測(cè)序正確克隆的質(zhì)粒,-20℃冰箱中保存?zhèn)溆谩?/p>

1.2.3 SW-13細(xì)胞轉(zhuǎn)染pcDNA3.1(+)-miR-205和穩(wěn)定克隆的篩選 轉(zhuǎn)染前1 d對(duì)SW-13細(xì)胞株進(jìn)行傳代,使其匯合度為60%~70%,轉(zhuǎn)染采用Lipofectamine 2000試劑,轉(zhuǎn)染時(shí)使用Opti-MEM培養(yǎng)基。實(shí)驗(yàn)共分3組:①pcDNA3.1(+)空載體組;②pcDNA3.1(+)-miR-205重組質(zhì)粒組;③未轉(zhuǎn)染組。每組設(shè)3個(gè)復(fù)孔。轉(zhuǎn)染使用24孔板,每孔加入1 μg質(zhì)粒,稀釋到400 μL Opti-MEM培養(yǎng)基為A液,取2 μL Lipofectamine 2000溶解于100 μL Opti-MEM培養(yǎng)基為B液,B液混合5 min后,A液和B液混合,靜止20 min后加到細(xì)胞培養(yǎng)板中,以上操作是每孔用量。孵育4 h后換為10%FBS的IL-15完全培養(yǎng)基。轉(zhuǎn)染24 h后,換為含G418(200 mg/L)的10% FBS的IL-15完全培養(yǎng)基,每3 d換1次液,2周后未轉(zhuǎn)染組SW-13細(xì)胞全部死亡,轉(zhuǎn)染組仍有細(xì)胞存活,繼續(xù)按上述方法壓力篩3周后,獲得穩(wěn)定細(xì)胞系,擴(kuò)大培養(yǎng)。

1.2.4 RT-qPCR驗(yàn)證SW-13細(xì)胞轉(zhuǎn)染pcDNA3.1 (+)-miR-205的表達(dá)情況 轉(zhuǎn)染pcDNA3.1(+)-miR-205細(xì)胞組、轉(zhuǎn)染pcDNA3.1(+)細(xì)胞組及未轉(zhuǎn)染組分別進(jìn)行培養(yǎng),提取總RNA,純度檢測(cè):OD260/ OD280的比值大于1.8,在反轉(zhuǎn)錄酶作用下反轉(zhuǎn)錄形成得第一鏈cDNA為模板,由實(shí)時(shí)定量熒光miRNA特異引物進(jìn)行 PCR反應(yīng),使用 SYBR Green PCR Master Mix,反應(yīng)條件:95℃變性15 s,65℃退火15 s,72℃熒光檢測(cè)32 s,重復(fù)40個(gè)循環(huán)。60~95℃繪制溶解曲線(xiàn),每個(gè)樣品重復(fù)3次。PCR反應(yīng)以U6為內(nèi)參照,其引物為:U6-F:5'-CTCGCTTCGGCAGCACA-3',U6-R:5'-AACGCTTCACGAATTTGCGT-3'; miR-205引物序列為:pre-miR-205 F:5'-ACACTCCAGCTGGGTCCTTCATTCCACCGGAG-3',pre-miR-205 R:5'-CTCAACTGGTGTCGTGGA-3'。

2 結(jié)果

2.1 PCR擴(kuò)增基因組DNA中miR-205片段 PCR產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳后在553 bp處可見(jiàn)一特異擴(kuò)增條帶,擴(kuò)增條帶在Marker 500 bp和750 bp之間,產(chǎn)物的大小與NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)檢索的miR-205大小一致,證明miR-205目的基因已擴(kuò)增出來(lái)(封二圖3)。

2.2 重組質(zhì)粒pcDNA3.1(+)-miR-205的雙酶切鑒定 重組質(zhì)粒pcDNA3.1(+)-miR-205經(jīng)HindⅢ、XhoⅠ雙酶切后,可見(jiàn)一大一小兩條擴(kuò)增帶,其中在553 bp的位置出現(xiàn)目的條帶(封二圖4),說(shuō)明篩到的克隆為陽(yáng)性克隆,送質(zhì)粒去測(cè)序。

2.3 重組質(zhì)粒pcDNA3.1(+)-miR-205的測(cè)序鑒定重組質(zhì)粒pcDNA3.1(+)-miR-205經(jīng)酶切分析為正確的克隆,基因測(cè)序生物公司的測(cè)序結(jié)果與miRbase中的序列一致。Sequence 0、Sequence 1分別為pre-miR-205、pcDNA3.1(+)-miR-205序列,經(jīng)Megalign比對(duì)軟件證實(shí)了構(gòu)建的重組質(zhì)粒正確(封二圖5)。

2.4 RT-qPCR檢測(cè)miR-205的表達(dá)差異 pcDNA3.1(+)轉(zhuǎn)染組與未轉(zhuǎn)染組相比,兩者miR-205的表達(dá)無(wú)明顯差異,而pcDNA3.1(+)-miR-205轉(zhuǎn)染組與 pcDNA3.1(+)轉(zhuǎn)染組相比,pcDNA3.1 (+)-miR-205轉(zhuǎn)染組miR-205的表達(dá)升高約32倍(P<0.01),表明重組表達(dá)載體 pcDNA3.1(+)-miR-205能夠在SW-13細(xì)胞中高水平表達(dá)miR-205。

3 討論

在不同種屬中,miR-205都是一種高度保守的miRNA。在保護(hù)小鼠及紅鰭東水鲀基因序列的基礎(chǔ)上,miR-205通過(guò)計(jì)算機(jī)方法首次被預(yù)測(cè)出來(lái)[3],隨后miR-205的表達(dá)在斑馬魚(yú)及人類(lèi)體內(nèi)得到確認(rèn)[4,5]。miR-205基因定位于 1號(hào)染色體 LOC 642587位點(diǎn)第二內(nèi)含子上。miR-205在斑馬魚(yú)上皮表達(dá)[6],在人類(lèi)乳腺癌、腎癌、膀胱癌等多種腫瘤細(xì)胞中明顯低表達(dá)[7]。

研究miRNA功能較為直接的是利用遺傳學(xué)方法。早先的miRNA及功能都是通過(guò)正向遺傳學(xué)方法鑒定的,即利用突變表形尋找遺傳位點(diǎn),再克隆基因[8]。反向遺傳學(xué)則是通過(guò)從已知miRNA出發(fā),通過(guò)異常表達(dá)產(chǎn)生的表型,從而獲知miRNA功能。利用反向遺傳學(xué)方法,人們發(fā)現(xiàn)miR-181促進(jìn)骨髓造血肝細(xì)胞B細(xì)胞分化[9],miR-375調(diào)控胰島素分泌[10]。反向遺傳學(xué)的核心是過(guò)表達(dá)技術(shù),構(gòu)建miRNA真核表達(dá)載體是一種較常用過(guò)表達(dá)技術(shù),其miRNA能發(fā)揮更持久的作用。構(gòu)建miRNA真核表達(dá)載體的方法有:①利用統(tǒng)一表達(dá)框的miRNA過(guò)表達(dá)技術(shù)[11];②利用人類(lèi)基因組DNA為模板,擴(kuò)增出miRNA的前體序列后克隆到真核表達(dá)載體[12],構(gòu)建成能夠過(guò)表達(dá)miRNA的真核重組載體。構(gòu)建miRNA的真核表達(dá)載體能較好地模擬體內(nèi)miRNA的自然表達(dá)過(guò)程,能夠更真實(shí)地體現(xiàn)miRNA的生物學(xué)功能。

本研究我們采用的真核表達(dá)載體pcDNA3.1 (+),該載體含CMV啟動(dòng)子,Amp、Neo抗性基因及polyA加尾信號(hào)等,并且能夠在大多數(shù)哺乳動(dòng)物細(xì)胞中穩(wěn)定表達(dá)[13]。我們將重組質(zhì)粒 pcDNA3.1 (+)-miR-205轉(zhuǎn)染到SW-13細(xì)胞,細(xì)胞培養(yǎng)過(guò)程中始終維持G418篩選壓力,獲得質(zhì)粒整合進(jìn)基因組DNA的單克隆細(xì)胞。為了檢測(cè)重組質(zhì)粒pcDNA3.1 (+)-miR-205在篩選獲得的SW-13細(xì)胞中是否能夠穩(wěn)定表達(dá)miR-205,我們通過(guò)RT-qPCR技術(shù)進(jìn)行檢測(cè),結(jié)果顯示miR-205在SW-13細(xì)胞內(nèi)較高水平表達(dá),說(shuō)明重組質(zhì)粒載體pcDNA3.1(+)-miR-205在SW-13細(xì)胞系中篩選成功。這為進(jìn)一步研究miR-205在腫瘤細(xì)胞的生長(zhǎng)、凋亡、侵襲浸潤(rùn)所起的作用提供研究基礎(chǔ),為ACC的診療提供一種可能的新的方法。

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