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高產粳稻沈農265產量相關性狀的QTL分析

2013-02-20 09:21張喜娟姜樹坤徐正進董文軍王彤彤
東北農業(yè)大學學報 2013年1期
關鍵詞:麗江貢獻率染色體

張喜娟,姜樹坤,徐正進,孟 英,唐 傲,孫 兵,董文軍,王彤彤

(1.黑龍江省農業(yè)科學院耕作栽培研究所,哈爾濱 150086;2.黑龍江省農業(yè)科學院博士后科研工作站,哈爾濱 150086;3.沈陽農業(yè)大學水稻研究所,沈陽 110161)

水稻的產量、品質和抗逆性等許多重要農藝性狀受多基因控制[1]。利用分子標記定位控制水稻重要農藝性狀的QTL,明確其效應大小和作用方式,不僅能加深對水稻農藝性狀遺傳機理的了解,還為基因克隆和分子標記輔助選擇育種提供理論基礎。關于水稻產量相關性狀QTL的分子標記定位的研究較多[2-3],但是由于研究所用的遺傳群體和試驗環(huán)境等的不同,結果不盡相同,因此采用與以往不同的群體對已定位的產量相關性狀QTL進行驗證或檢測新的QTL位點是必要的。目前對超高產水稻沈農265的研究已有報道,但多集中在高產栽培、生長發(fā)育和高產生理等方面[4-5],尚未見其高產遺傳基礎的研究。

本文利用沈農265/麗江新團黑谷的F2∶3群體和分子標記技術剖析超高產粳稻品種沈農265產量相關性狀的遺傳基礎,以期為沈農265高產遺傳研究提供技術支撐。

1 材料與方法

1.1 試驗材料與性狀調查

以粳型超高產水稻品種沈農265和地方粳稻品種麗江新團黑谷及其176株F2∶3家系群體為試材。試驗于2010年在黑龍江省農業(yè)科學院耕作栽培研究所實驗場(東經126°62;北緯45°68')進行。4月22日育苗,5月28日移栽,采用3次重復隨機區(qū)組設計,每家系4行,每行10株,栽植行株距為30 cm×13.3 cm。磷酸二銨、氯化鉀、尿素作為基肥,施用量分別為300、225和187.5 kg·hm-2,尿素作為返青肥和分蘗肥,施用量分別為112.5和112.5 kg·hm-2。其他管理與一般大田相同。成熟時每個家系選擇中間長勢均勻的3穴,調查穗長、每穗穎花數、每穗實粒數、著粒密度、結實率、有效穗數和千粒重等7個性狀。3次重復的平均值作為后續(xù)分析的數據來源。

1.2 連鎖圖譜構建與數據分析

每個家系隨機選取15株葉片作為DNA提取來源,以代表其上一代的基因型。DNA提取采用CTAB法[6],PCR反應體系為25 μL,含10×緩沖液2.5 μL、1.5 mmol·L-1MgCl2、1 mmol·L-1引物I和引物II、10 mmol·L-1dNTP、1 U Taq酶、15 ng DNA、ddH2O 16.25 μL。應用美國 MJ Research 公司的PTC-200進行擴增,反應程序為94℃預變性5 min;每個循環(huán)94℃預變性1 min,50、55或60℃退火1 min,72℃延伸1 min,35個循環(huán);最后72℃延伸8 min。擴增產物經6%變性PAGE電泳分離,電泳緩沖液為0.5×TBE。電泳后采用銀染法染色[7]。

將聚丙烯酰胺電泳譜帶結果轉換為數據,與母本沈農265相同的帶型記為A,與父本麗江新團黑谷相同的帶型記為B,雜合(F1)帶型記為H,缺失或模糊記為-。應用Mapmaker/exp 3.0軟件構建連鎖圖譜,先用Group命令進行標記間連鎖分組(LOD=3,最大圖距50 cM),然后用Order和Ripple命令進行排序,用Try和Build命令插入標記[8]。采用Kosambi函數將重組率轉換成圖距單位(cM)。

用Excel軟件分析性狀間的相關關系。利用QGENE 4.09程序對F2∶3群體的上述性狀進行QTL定位,使用區(qū)間作圖分析:以LOD>3.0作為閾值[9]。當QTL在兩種方法被同時檢測到時就認為此位置確實存在QTL。QTL命名參見文獻[10]方式。

2 結果與分析

2.1 沈農265/麗江新團黑谷的SSR標記連鎖圖

用500對SSR引物在兩個親本間進行PCR擴增,其中90對引物能在兩親本間檢測到多態(tài)性,約占所用引物的18%。應用90個SSR位點進行連鎖分析,得到1張包含12條染色體的遺傳圖譜(見圖1),該圖譜覆蓋長度1 310.4 cM,平均圖距14.56 cM。各染色體上最多的有14個標記,最少的有3個標記,平均每條染色體7.5個標記。

2.2 產量性狀的表現及相關分析

各產量性狀在沈農265/麗江新團黑谷的F2∶3群體中表現為接近正態(tài)的連續(xù)分布,變異幅度大,呈現雙向超親分離(見表1),表明這些性狀均為多基因控制的數量性狀,符合QTL作圖的要求。大穗是目前水稻育種的重要目標性狀,而大穗的主要遺傳基礎之一是穗長。從表2可以看出,穗長與每穗穎花數、每穗實粒數和千粒重呈極顯著正相關,與著粒密度呈極顯著負相關。而大穗的另一重要遺傳基礎是每穗穎花數,不僅與穗長呈極顯著正相關,還與著粒密度呈極顯著正相關。結實率作為產量構成因素中的重要因子,對最終的實際產量影響很大,其與千粒重、每穗實粒數和有效穗數呈極顯著正相關,與每穗穎花數和著粒密度呈極顯著負相關。

圖1 沈農265/麗江新團黑谷的SSR標記連鎖圖Fig.1 SSR linkage map of Shennong265/Lijiangxintuanheigu

表1 產量相關性狀在F2∶3 群體中的分布Table 1 Distributions of yield related traits in the F2∶3 populations

表2 產量相關性狀的相關系數Table 2 Correlation coefficients between yield related traits

2.3 產量相關性狀的QTL分析

通過復合區(qū)間作圖分析共檢測到控制產量相關性狀的17個QTL(見表3),圖2顯示了它們在圖譜上的位置。

表3 產量相關性狀的QTL定位結果Table 3 QTL result of yield related traits

圖2 產量相關性狀的QTL在圖譜上的位置Fig.2 Location QTLs detected for the yield related traits on the genetic map

穗長:共檢測到3個QTL,可解釋性狀變異的95%。其中,第9染色體上的qPL9對性狀的貢獻率為65%,為主效QTL,遺傳正效應來源于麗江新團黑谷,該等位基因能增加穗長2.8 cm;其余2個QTL分別解釋性狀變異的13%和17%,遺傳正效應均來自沈農265。每穗穎花數:共檢測到3個QTL,可解釋性狀變異的65%。其中,第4染色體上的qSPP4-1對性狀的貢獻率為30%,是主效QTL,遺傳正效應來源于沈農265,該等位基因能增加每穗穎花數29個;第4染色體上的qSPP4-2對性狀的貢獻率為17%,遺傳正效應亦來源于沈農265;而第12染色體上的qSPP12對性狀的貢獻率為18%,遺傳正效應來源于麗江新團黑谷。每穗實粒數:只在第3染色體上檢測到1個QTL,qSPP3位于RM426-RM203之間,可解釋15%的性狀變異,遺傳正效應來自沈農265。著粒密度:共檢測到2個QTL,可解釋性狀變異的52%。其中,第4染色體上的qSD4對性狀的貢獻率為20%;第9染色體上的qSD9對性狀的貢獻率為32%,為主效QTL,遺傳正效應均來源于沈農265。結實率:共檢測到2個QTL,可解釋性狀變異的46%。其中,第3染色體上的qRG3對性狀的貢獻率為20%;第12染色體上的qRG12對性狀的貢獻率為26%,為主效QTL,遺傳正效應分別來源于沈農265和麗江新團黑谷。千粒重:共檢測到3個QTL,可解釋性狀變異的42%。其中,第3染色體上的qGW3對性狀的貢獻率為12%,遺傳正效應來源于麗江新團黑谷;第8和9染色體上的qGW8和qqGW9對性狀的貢獻率分別為17%和13%。遺傳正效應均來源于沈農265。有效穗數:只在第9染色體上檢測到1個QTL,qPN9位于RM160-RM215之間,可解釋16%的性狀變異,遺傳正效應來自麗江新團黑谷。

3 討論與結論

本研究定位的產量相關性狀QTL主要集中分布在第3、4、6、8、9和12染色體,且具有集中分布的特點。與其他研究結果比較表明,主效QTL在不同群體中的重演性較好[2-4]。此外,本文研究結果進一步表明,第9染色體長臂上RM566-RM215之間的區(qū)域很可能是北方直立大穗型粳稻超高產的重要遺傳基礎。該區(qū)域同時控制著穗長、著粒密度、千粒重和有效分蘗數等4個重要的產量相關性狀,北方直穗型高產粳稻的直立穗基因定位在該區(qū)域。這不僅說明該主效QTL的客觀存在,也說明該QTL在野生稻演化成栽培稻和育種選擇過程中被保留。麗江新團黑谷雖然被作為稻瘟病鑒定中的感病材料,目前未發(fā)現其攜帶任何抗稻瘟病基因,但其仍不失為一個優(yōu)良的育種親本。本文研究結果表明其攜帶增加穗長、每穗穎花數、千粒重和有效分蘗數的等位基因,為進一步改良沈農265提供基礎性數據。

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