樊 東,郭博智,高艷玲,趙奎軍,王曉云
(東北農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)學(xué)院,哈爾濱 150030)
昆蟲幾丁質(zhì)脫乙?;福–hitin deacetylase,CDA,EC 3.5.1.41)是昆蟲體內(nèi)一類重要幾丁質(zhì)結(jié)合蛋白,可分布在蟲體內(nèi)多個(gè)含幾丁質(zhì)成分組織結(jié)構(gòu)中,可將幾丁質(zhì)修飾為殼聚糖,在昆蟲生長、發(fā)育和代謝中具有重要作用[1]。根據(jù)功能域不同,把昆蟲CDA分為5類(Group)。第1類包含CDA結(jié)構(gòu)域、ChBD結(jié)構(gòu)域,還含有LDLa結(jié)構(gòu)域;第2類結(jié)構(gòu)域與第1類的CDA一致,但是序列差異大;第3類和第4類都具有CDA與ChBD結(jié)構(gòu)域,不含有LDLa結(jié)構(gòu)域,但是第3類和第4類CDA的結(jié)構(gòu)域在CDA上的位置存在較大程度差異,第5類CDAs只含有CDA結(jié)構(gòu)域,不具有ChBD與LDLa結(jié)構(gòu)域。棉鈴蟲中克隆得到3個(gè)CDA基因分別屬于2個(gè)不同的CDA類型,Group I和Group V;粉紋夜蛾和蓓帶夜蛾中的CDA屬于Group V;家蠶中的2個(gè)CDA屬于Group I;赤擬谷盜中克隆的9個(gè)CDA屬于5個(gè)不同的類型Group I到Group V;苜蓿夜蛾中CDA屬于Group V,而甘藍(lán)夜蛾的CDA則屬于Group I和Group V[2-4]。目前鱗翅目昆蟲克隆的CDA主要集中在Group I和Group V中。
昆蟲中CDA功能了解不多,有些功能還局限于推測階段,并沒有得到試驗(yàn)驗(yàn)證。目前對(duì)粉紋夜蛾(Trichoplusia ni)、棉鈴蟲(Helicoverpa armigera)、蓓帶夜蛾(Mamestra configurata)和赤擬谷盜(Tribolium castaneum)等幾種昆蟲的CDA活性和功能進(jìn)行研究。粉紋夜蛾CDA研究表明,幼蟲腸中的CDA只在幼蟲取食期表達(dá),當(dāng)幼蟲停止取食時(shí),中腸中的CDA表達(dá)也隨之停止,其功能可能與圍食膜的更新密切相關(guān)[5]。蓓帶夜蛾CDA在大腸桿菌中表達(dá)的蛋白具有酶活性,同時(shí)在蟲體內(nèi)也檢測到CDA活性[6]。蓓帶夜蛾CDA的研究結(jié)果推測CDA的作用可能是參與改變圍食膜中幾丁質(zhì)的物理和化學(xué)性質(zhì),而這一生化活動(dòng)不僅改變幾丁質(zhì)纖維結(jié)構(gòu),且對(duì)圍食膜蛋白的結(jié)合程度、圍食膜的完整性和孔隙率產(chǎn)生影響[1]。在黑腹果蠅(Drosophila melanogaster)中,克隆得到2個(gè)能編碼具有典型CDA功能域的CDA,通過氣管上幾丁質(zhì)的脫乙?;拗茪夤苎娱L[7-8]。對(duì)赤擬谷盜(Tribolium castaneum)中的9個(gè)CDA進(jìn)行研究,TcCDA1和TcCDA2在表皮細(xì)胞內(nèi)表達(dá),TcCDA1還在幼蟲氣管中表達(dá),TcCDA6到TcCDA9在中腸內(nèi)特異性表達(dá),TcCDA3在胸部肌肉內(nèi)表達(dá),TcCDA4則在早期的成蟲附肢內(nèi)表達(dá),甘藍(lán)夜蛾的2個(gè)CDA均可在中腸內(nèi)表達(dá),但其中一種CDA亦可在其他組織中進(jìn)行表達(dá)[9]??梢奀DA功能可能存在多樣性[1]。隨著越來越多CDA從不同昆蟲中克隆出來,有必要對(duì)昆蟲CDA進(jìn)行深入的功能和相關(guān)機(jī)理研究。
小地老虎(Agrotis ipsilonHufnagel)屬鱗翅目夜蛾科,為世界性害蟲,在我國各地都有分布,食性雜,能危害36科100多種植物。輕發(fā)生時(shí)造成缺苗斷壟,重發(fā)生時(shí)田塊可造成幾乎無苗或毀種[10]。本研究對(duì)小地老虎幾丁質(zhì)脫乙?;富騝DNA進(jìn)行克隆,獲取基因cDNA全長序列,并對(duì)該基因在大腸桿菌中的表達(dá)進(jìn)行研究,為該基因進(jìn)一步研究和應(yīng)用奠定基礎(chǔ)。
1.1.1 供試?yán)ハx
供試?yán)ハx為小地老虎,利用黑光燈在田間誘集成蟲,室內(nèi)飼以5%蜂蜜水使其產(chǎn)卵并用大豆葉作飼料喂養(yǎng)到不同發(fā)育階段備用。
1.1.2 主要試劑及菌株
RNA提取試劑盒TRIzol?Reagent購自Invitrogen公司;反轉(zhuǎn)錄酶M-MLV Reverse Transcriptase、蛋白 Marker、低熔點(diǎn)瓊脂糖購自 Fermentas(FBI)公司;T4DNA連接酶、克隆載體pMD18-T、DNA膠回收試劑盒、DL2000 DNA Marker、TaKaRa 5'-Full RACE Kit購自TaKaRa公司,其余試劑為進(jìn)口或國產(chǎn)分析純;受體菌DH5α、BL21、載體PET21b由本研究室保存。
1.2.1 總RNA的提取
將小地老虎五齡幼蟲轉(zhuǎn)移到研磨器中,按每100 mg蟲體加入TRIzol?Reagent 1 mL進(jìn)行研磨,提取RNA,具體步驟參見TRIzol試劑盒使用說明,提取得到的RNA放入-80℃冰箱中備用。
1.2.2 第一鏈cDNA的合成
以 dt-Adapter: 5'GACTCGAGTCGACATCGA(T)173'為cDNA合成引物,利用反轉(zhuǎn)錄酶M-MLV Reverse Transcriptase合成第一鏈cDNA,具體參照M-MLV反轉(zhuǎn)錄酶使用說明。
1.2.3 利用RT-PCR技術(shù)克隆基因cDNA序列片段
比較棉鈴蟲(Helicoverpa armigera,EU325568)、苜蓿夜蛾(Heliothis viriplaca,GU188855)兩種昆蟲幾丁質(zhì)脫乙?;富虻腸DNA序列,設(shè)計(jì)1對(duì)適用于克隆小地老虎CDA的引物。CDA:5'GTG CTGCCTGACTGCTTC 3'和 antiCDA:5'AAGTGT TCCGTTGAAGGA 3'。以合成的cDNA為模板,以CDA和AntiCDA為引物擴(kuò)增小地老虎幾丁質(zhì)脫乙?;竎DNA序列的特異片段。
PCR反應(yīng)條件均為:94℃預(yù)變性5 min;94℃,30 s;52℃,30 s;72℃,1 min,30個(gè)循環(huán);72℃延伸10 min,PCR產(chǎn)物經(jīng)1.0%瓊脂糖凝膠電泳檢測后,將PCR產(chǎn)物回收,與pMD18-T vector連接、轉(zhuǎn)化、篩選、鑒定。連接正確的重組子由南京金斯瑞生物工程公司進(jìn)行序列測定。用克隆到的CDA的部分序列,設(shè)計(jì)5'和3'RACE引物。
1.2.3.1 克隆cDNA全長序列
根據(jù)所得基因片段設(shè)計(jì)3'端上游引物CDA1:5'CTCGATTGATGAAATCCTGTCGAGTC 3',與引物Adapter進(jìn)行PCR克隆基因的3'端序列,電泳、回收、測序等反應(yīng)同上。
使用TaKaRa 5'-Full RACE Kit進(jìn)行5'RACE試驗(yàn),根據(jù)試劑盒中的Outer Primer和Inner Primer設(shè)計(jì)克隆CDA基因5'端序列的引物。引物序列分別為CDA outer primer:5'AGCGTTACTCCAGAAGCG TTCGT 3';CDA inner primer:5'AAAGTATGTAGC CTTAATGTCGCAACCGTTAGGG 3',試驗(yàn)按照試劑盒說明進(jìn)行,電泳、回收、測序等反應(yīng)同上。
拼接全長序列,根據(jù)拼接所得基因序列設(shè)計(jì)3'端以及5'端引物擴(kuò)增得到小地老虎CDA全長序列。
1.2.3.2 序列分析
得到的核苷酸序列使用NCBI中的Blast搜索,得到與克隆目的基因同源性較高的鱗翅目昆蟲CDA核苷酸序列;使用InforMax軟件中的AlignX對(duì)所得序列和已知昆蟲的CDA基因進(jìn)行同源性分析;使用Clone軟件找到序列的ORF、酶切位點(diǎn)以及翻譯得到氨基酸序列;利用ExPASy網(wǎng)站(http://us.expasy.org/tools/dna.html)的蛋白分析軟件推導(dǎo)得到氨基酸序列的分子質(zhì)量、等電點(diǎn);利用Expasy molecular biology server的Scanprosite facility對(duì)推導(dǎo)得到的氨基酸結(jié)構(gòu)域進(jìn)行預(yù)測。
1.2.4CDA基因在大腸桿菌中的表達(dá)
利用Clone軟件找到CDA序列的ORF,并根據(jù)載體PET21b的載體圖設(shè)計(jì)表達(dá)引物,上游含有SalⅠ酶切位點(diǎn),CDASalⅠ:5'ACGCGTCGACAT GGCGCGCTACGCCCGTGTCGCTACTC 3';下游含有XhoⅠ酶切位點(diǎn),CDAXhoⅠ:5'CCGCTCGAGGT AACGGCCGTCACCCGTGGGGTCGTTCAG 3',PCR。回收產(chǎn)物、提取得到PET21b質(zhì)粒分別進(jìn)行雙酶切,T4連接酶16℃過夜連接。將構(gòu)建好的載體轉(zhuǎn)化到BL21中,使用表達(dá)引物對(duì)菌液進(jìn)行PCR,電泳。含有目的條帶的菌液培養(yǎng)后提取少量質(zhì)粒,XhoⅠ單酶切,XhoⅠ與SalⅠ雙酶切鑒定重組陽性克隆,挑選含有目的片段的陽性克隆測序。測序正確的重組克隆使用IPTG誘導(dǎo)表達(dá),SDS-PAGE凝膠電泳檢測。
小地老虎CDA的cDNA序列大小為2 048 bp(見圖1)。該基因已經(jīng)在GenBank登記,登錄號(hào)為JQ012932。該基因包括一個(gè)1 626個(gè)堿基的開放讀碼框,編碼541個(gè)氨基酸,分子質(zhì)量約為61.7 ku。
利用Expasy molecular biology server的 Scanprosite facility對(duì)推導(dǎo)的小地老虎幾丁質(zhì)脫乙?;赴被岬慕Y(jié)構(gòu)域進(jìn)行分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)其最顯著的特點(diǎn)是含有三個(gè)明顯的結(jié)構(gòu)域,幾丁質(zhì)結(jié)合區(qū)[Chitin binding Peritrophin-A domain(50-103)],低密度脂蛋白受體區(qū)[Low-density lipoprotein receptor class A domain(LDLa)(124-158)],幾丁質(zhì)催化區(qū)[Polysaccharide deacetylase domain(199-355)]。
用NetOGlyc軟件對(duì)小地老虎幾丁質(zhì)酶氨基酸序列在N-位上的糖基化位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測分析時(shí)發(fā)現(xiàn),CDA的氨基酸序列中存在3個(gè)N位糖基化位點(diǎn),分別為246NYSA、276 NATV、298NITD,證明該蛋白序列均屬于糖蛋白,在昆蟲體內(nèi)需要經(jīng)過糖基化作用才能有效發(fā)揮酶活性。
圖1 小地老虎幾丁質(zhì)脫乙?;富駽DA cDNA序列和推測的氨基酸序列Fig.1 Nucleotide and deduced amino acid sequence of Agrotis ipsilon CDA cDNA
SignalP3.0進(jìn)行信號(hào)肽分析發(fā)現(xiàn)cDNA推導(dǎo)的氨基酸的21和22位之間存在一個(gè)信號(hào)肽切割位點(diǎn)。
小地老虎幾丁質(zhì)脫乙?;赴被嵝蛄信c已經(jīng)克隆得到的其他鱗翅目幾丁質(zhì)脫乙?;感蛄羞M(jìn)行序列比對(duì),結(jié)果見表1。小地老虎CDA氨基酸序列與棉鈴蟲(GQ411189),苜蓿夜蛾(GU188855)以及甘藍(lán)夜蛾(HQ680620)CDA氨基酸序列關(guān)系比較密切,一致性分別為97%、98%和99%,而與鱗翅目昆蟲家蠶(AK385842/AK378243)、棉鈴蟲(GQ-411190/GQ411191/EF600051)、粉紋夜蛾(AY966-402)、蓓帶夜蛾(EU660852/HM357864)和甘藍(lán)夜蛾(HQ680621)的CDA氨基酸序列同源性均低于40%。
系統(tǒng)進(jìn)化分析表明,已登錄GenBank的CDA基因?qū)儆诓煌念惾?,本研究獲得的CDA與已有甘藍(lán)夜蛾(HQ680620)、棉鈴蟲(GQ411189)、苜蓿夜蛾(GU188855CDA)屬于同一類群,結(jié)合功能域分析它們屬于CDA家族中的第I組(Group I),而與其他CDA則分屬不同類群(見圖2)。
表1 不同鱗翅目昆蟲CDA基本特征及與小地老虎CDA序列的一致性Table 1 Characteristics of some chitin deacetylase from different lepidopteran insects and their amino acid identities with Agrotis ipsilon
圖2 登錄GenBank的鱗翅目昆蟲CDA聚類分析Fig.2 Phylogenetic tree of lepidopteran insects chitin deacetylase amino acid sequences
將PCR擴(kuò)增的CDA基因序列插入PET21b中,構(gòu)建重組表達(dá)質(zhì)粒,轉(zhuǎn)化大腸桿菌BL21菌株,經(jīng)過37℃、4 h誘導(dǎo)表達(dá),獲得一條高表達(dá)的蛋白帶,經(jīng)過SDS-PAGE分析該蛋白質(zhì)的分子質(zhì)量約為60 ku,與預(yù)期的融和蛋白質(zhì)分子質(zhì)量相同(見圖3)。
圖3 CDA誘導(dǎo)表達(dá)的SDS-PAGE結(jié)果Fig.3 SDS-PAGE showing the induced expression of CDA
在害蟲的生物防治中,幾丁質(zhì)脫乙?;副蛔C明是潛在的殺蟲劑靶標(biāo)。該酶通過改變圍食膜幾丁質(zhì)的物理結(jié)構(gòu)和化學(xué)組成保護(hù)腸道免受病原物和毒素侵入。利用昆蟲CDA構(gòu)建重組病毒,可提高病毒的殺蟲活性[11-12];利用RNA干擾技術(shù)對(duì)昆蟲CDA表達(dá)進(jìn)行調(diào)控[13],改變圍食膜的通透性,干擾昆蟲正常生長發(fā)育和新陳代謝過程以及抵抗病原物的特性。通過雙向調(diào)節(jié),增加或降低CDA表達(dá),干擾圍食膜中幾丁質(zhì)和殼聚糖組成,從而影響圍食膜正常結(jié)構(gòu)和功能,影響昆蟲生長、發(fā)育和代謝。作為害蟲防治的潛在方法,CDA在害蟲生物防治中具有應(yīng)用前景。
本試驗(yàn)克隆得到的小地老虎幾丁質(zhì)脫乙?;竎DNA序列,通過與其他昆蟲CDA基因進(jìn)行同源性比對(duì)、系統(tǒng)進(jìn)化分析,功能域預(yù)測,明顯可見小地老虎CDA基因?qū)儆诘谝环N類型。在以后的研究中將繼續(xù)克隆小地老虎其他類型CDA基因,進(jìn)一步完善昆蟲幾丁質(zhì)脫乙酰基酶基因拷貝數(shù)研究。
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