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DNA條形碼在媒介蚊類鑒定中的應(yīng)用

2013-09-26 02:55方義亮王宇平張建慶王光輝凌飛躍
中國人獸共患病學(xué)報 2013年10期
關(guān)鍵詞:條形碼蚊蟲媒介

方義亮,高 博,王宇平,肖 武,張建慶,王光輝,凌飛躍

蚊類是動物界昆蟲綱雙翅目的重要組成成員,其形態(tài)多樣,種類繁多,目前全世界已知共有40屬3 500多種(亞種)[1],在我國就有21屬387多種(亞種)[2],與人類關(guān)系密切,其中中華按蚊、雷氏按蚊(曾名為嗜人按蚊)[3]、大劣按蚊、微小按蚊、淡色庫蚊、致倦庫蚊、三帶喙庫蚊、白紋伊蚊、埃及伊蚊、騷擾阿蚊等除了可騷擾刺吸外,還可傳播瘧疾、絲蟲病、流行性乙型腦炎、登革熱/登革出血熱、黃熱病、西尼羅熱、基孔肯亞熱等80多種疾病。因為媒介蚊類的醫(yī)學(xué)重要性,對其鑒定與識別成為監(jiān)測與控制疾病發(fā)生與傳播的基礎(chǔ),同時也是疾病預(yù)防與控制、國境衛(wèi)生檢疫的核心環(huán)節(jié)。本文就蚊類形態(tài)鑒定方法、DNA條形碼技術(shù)及其在蚊類鑒定上的應(yīng)用進行綜述,以期對蚊傳疾病的預(yù)防和控制、衛(wèi)生檢疫有所幫助。

1 傳統(tǒng)媒介生物鑒定方法

目前口岸媒介生物的傳統(tǒng)鑒定方法為形態(tài)學(xué)鑒定方法,主要是依靠有形態(tài)學(xué)鑒定經(jīng)驗、具有媒介生物形態(tài)鑒定知識的實驗室專業(yè)人員根據(jù)醫(yī)學(xué)媒介分類檢索表進行種類鑒定。整個鑒定過程大致需要數(shù)周的時間,對于截獲的卵、幼蟲和蛹,由于鑒定特征細微難辨,往往需要培養(yǎng)至成蟲再鑒定,如果是少見的國外種類,還要請國外專家協(xié)助鑒定,鑒定所需的時間就更多了。例如2009年福建出入境檢驗檢疫局在菲律賓入境的船舶“美達108”上先后截獲兩批埃及伊蚊幼蟲,從截獲到飼養(yǎng)至成蚊整個過程需10d。

受限于鑒定人員的經(jīng)驗積累、專業(yè)要求、標(biāo)本完整性與發(fā)育階段,傳統(tǒng)媒介蚊種鑒定方法存在著鑒定專家數(shù)量有限、鑒定周期長、鑒定效率低等問題??诎队泻ι锩浇闄z疫除了進一步提高檢疫人員鑒定能力,研制開發(fā)鑒定輔助系統(tǒng)(如醫(yī)學(xué)媒介生物遠程鑒定系統(tǒng))外,仍需要發(fā)展各種安全、快速、準(zhǔn)確、靈敏、高通量的檢疫鑒定技術(shù)體系,以達到快速鑒定、風(fēng)險分析、及時預(yù)警、有效控制的目標(biāo)。

2 新型媒介蚊類鑒定方法的形成

新型媒介生物鑒定方法是有別于形態(tài)學(xué)鑒定方法,不受限于形態(tài)表型特征,而是以媒介生物核酸堿基排列順序為基礎(chǔ)的數(shù)字化鑒定方法。新型媒介蚊類鑒定方法是伴隨著蚊蟲分類學(xué)發(fā)展而發(fā)展的。1758年,瑞典自然學(xué)者林奈用雙名法命名尖音庫蚊,標(biāo)識著以外部形態(tài)為依據(jù)的蚊類傳統(tǒng)分類體系的建立。由于蚊蟲分類系統(tǒng)中存在大量的復(fù)合組(體)、種團和近緣種,蚊蟲分類學(xué)發(fā)展陷入困境。20世紀(jì)50年代細胞遺傳方法的引入,澄清了五斑按蚊復(fù)合組(Anopeles muculipennis Complex)、岡比亞按蚊復(fù)合組(An.gombiae Complex)和赫坎按蚊種團(An.hyrcanus Group)等近緣種分類問題,使蚊蟲分類進入了細胞水平。由于取材技術(shù)方面的困難,細胞遺傳技術(shù)使用范圍受限,到20世紀(jì)60-70年代,蚊蟲分類引入酶譜學(xué)技術(shù),并且應(yīng)用遺傳距離概念描述同工酶等位基因頻率的變化,蚊蟲分類學(xué)進入蛋白質(zhì)分子水平,蚊蟲分子分類學(xué)初步形成。之后氣相色譜分析技術(shù)、重組DNA技術(shù)也應(yīng)用到蚊蟲分子分類中來。近20年來,隨著分子生物學(xué)新技術(shù)如RAPD、PCR-SSCP和AFLP等的發(fā)展,多種分子標(biāo)識如微衛(wèi)星、線粒體基因(COⅠ、COⅡ等)和核糖體基因(ITS)的引入,蚊蟲分子鑒定技術(shù)獲得突飛猛進的發(fā)展[4-6],至此,為新型的蚊類鑒定技術(shù)出現(xiàn)奠定了堅實的基礎(chǔ),一種別于傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)鑒定技術(shù),基于機體的核酸堿基排列順序的鑒定技術(shù)應(yīng)運而生。

3 DNA條形碼

條形碼(barcoding)多見于日常生活中的商品上,由規(guī)則排列的條、空符號和數(shù)字表示每一件商品的信息,節(jié)省識別商品信息的時間,提高銷售效率。同樣的道理,DNA條形碼技術(shù)指的是通過特定DNA片段的核酸序列代表特定生物信息,達到識別生物的目的。該概念是在分子生物學(xué)和信息技術(shù)發(fā)展的基礎(chǔ)上,由加拿大生物學(xué)家 Hebert[7]首先提出,因其有不受發(fā)育階段影響、不受個體形態(tài)特征影響、不受物種的限制、可以鑒定出群體中的隱存分類單元、獲取信息量大、精確性高、操作簡便且高效等優(yōu)點使得DNA條形碼技術(shù)受到分類鑒定工作者的普遍歡迎,并迅速發(fā)展成為學(xué)科前沿之一[8]。

DNA條形碼是標(biāo)準(zhǔn)的、有足夠變異的、易擴增且相對較短的特定DNA片段,其選擇標(biāo)準(zhǔn)一般為[9]:1、片段盡量短,一般不超過700bp,兩端包含保守區(qū)域,能為通用引物所擴增。2、具有足夠的變異信息區(qū)分不同的物種。不同的物種和不同的研究需要所選擇的DNA條形碼不同,不同物種的識別有時需要不同DNA條形碼。鑒于此目前運用于媒介蚊類的DNA條形碼主要有核糖體基因rDNA片段(ITS、IGS、5.8s,28s、18s)、線粒體基因 mtDNA片段(COI、COII、ND4、ND5、Ctyb、控制區(qū)D)。

4 DNA條形碼在蚊媒鑒定以及系統(tǒng)發(fā)育的應(yīng)用

核糖體基因(rDNA)由rRNA的重復(fù)串聯(lián)單位組成,每一單位5′-3′包含如下幾個區(qū)段:1)非轉(zhuǎn)錄區(qū)NTS;2)外轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)ETS;3)18SrDNA;4)內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)1ITS1;5)5.8SrDNA;6)內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)2ITS2;7)28SrDNA。ITS序列分別位于18SrDNA和28SrDNA之間,被5.8SrDNA分成兩個部分(ITS1、ITS2),而這幾部分組成了一個重復(fù)單位。兩個重復(fù)單位間隔區(qū)為IGS。在基因組中屬于高度重復(fù)序列,而且通過不等交換和基因轉(zhuǎn)換,這些重復(fù)單位間可發(fā)生位點內(nèi)或位點間的同步進化(concerted evolution),這就為PCR擴增產(chǎn)物直接測序奠定了理論基礎(chǔ)[10]。而由于rDNA的保守區(qū)域較多,便于引物設(shè)計,同時不同區(qū)域進化水平不同,可用于不同分類等級的研究,所以基于rDNA的條形碼技術(shù)廣泛應(yīng)用于昆蟲系統(tǒng)發(fā)育與區(qū)系研究[11]。

ITS1、ITS2 分別位于18S-5.8SrDNA、5.8S-28SrDNA之間,而18S、5.8S、28SrDNA 序列非常保守,有利于引物的設(shè)計,可用與它們序列互補的通用引物對ITS區(qū)進行PCR擴增、測序,另外ITS變異速度較快,能夠提供較豐富的變異位點和信息位點,所以ITS適合作為DNA條形碼的目的DNA片段?;趓DNA-ITS2條形碼技術(shù)進行種團、復(fù)合體之間進行鑒定,在發(fā)現(xiàn)隱種和種團內(nèi)鑒定起到了重要的作用。史慧勤等[12],對云南、海南、廣西以及泰國4個不同地區(qū)7個不同地理株微小按蚊rDNA-ITS2條形碼進行比較,發(fā)現(xiàn)微小按蚊存在A、C兩型(373~375bp,GC%=55.76~56.03%),替換11處、顛換13處,缺失/插入2處,地理株內(nèi)個體間rDNA-ITS2序列的差異很小或無。與近緣種相比,微小按蚊ITS2片段的GC含量與Van Bortel等[13]和 Manonmai等[14]研究發(fā)現(xiàn)的按蚊(55.56%)、瓦容按蚊(54.56%)、溪流按蚊(54.96%~55.50%)相接近。馬雅軍等[15]利用rDNA-ITS2對我國多斑按蚊復(fù)合體5成員種經(jīng)PCR后進行鑒別,偽威氏按蚊(328bp、GC 58.54%、多 斑 按 蚊 (330bp、GC 57.85%),威氏按蚊(337bp、GC 59.05%),達羅毗按蚊(334bp、GC 58.68%),塞沃按蚊(338bp、GC 57.69%),各種內(nèi)的ITS2序列保守,而種間的差異率范圍為9.7%~18.9% 。同期馬雅軍等[16]又對赫坎按蚊種團成員進行鑒定,ITS2片段468~436 bp,GC% =44.9% ~46.8%,種 內(nèi) 差 異 0% ~3.8%,種間差異9.0%~32.3%,種內(nèi)差異小于種間差異。rDNA-ITS2條形碼在蚊媒種內(nèi)變異很小,而種間差異較大,適合作為近緣種的識別與鑒定。

表1 核酸序列各區(qū)域應(yīng)用范圍[11]Tab.1 Application regional scope of nucleic acid sequence

線粒體DNA(mtDNA)廣泛存在于昆蟲體內(nèi),其大小一般約為15.4~16.3kb,封閉環(huán)狀雙鏈,其中含有編碼2個核糖體RNA(12SrRNA,16SrRNA)、22個tRNA、線粒體內(nèi)膜蛋白質(zhì)多聚體的12個亞基(3個細胞素氧化酶COI、COII、COIII,1個細胞色素b,6個NADH講解酶ND1~6和2個ATP酶6和8),核酸序列和組成較保守,以其作為模板制作的PCR反應(yīng)引物的通用性比較強。同時,mtDNA基因組不含間隔區(qū)和內(nèi)含子,無重復(fù)序列不等交換,在遺傳過程中不發(fā)生基因重組、倒位、易位等突變,嚴(yán)格遵守母系遺傳的方式。由于有這些結(jié)構(gòu)和進化上的特點,基于mtDNA條形碼技術(shù)在國外逐漸被運用于蚊蟲物種鑒定、系統(tǒng)進化關(guān)系的研究[17-20],國內(nèi)也有不少的學(xué)者關(guān)注。王冬等[21]應(yīng)用mtDNA-COI條形碼特征闡明我國大劣按蚊A、D群體的遺傳差異和分化水平。李石柱等[22]等測定并比較分析多斑按蚊復(fù)合體5成員種mtDNACOⅡ條形碼(684bp,GC 24.85%~26.02%),顯示種內(nèi)差異0.15%~0.58%,種間差異較大(3.66%~9.63%)。宋社吾等[23]通過測定我國尖音庫蚊復(fù)合組4亞種、三帶喙庫蚊、白紋伊蚊和中華按蚊mtDNA-16srRNA條碼,發(fā)現(xiàn)尖音庫蚊復(fù)合組4亞種 mtDNA-16srRNA條碼基本一致(554bp,GC 25.41%),不同種間存在差異,與三帶喙庫蚊0.54%、與白紋伊蚊5.77%,與中華按蚊9.62%,表明 mtDNA-16srRNA條碼種內(nèi)十分保守,難以反映亞種階元,但可以用于種間鑒別。

5 DNA條形碼技術(shù)的發(fā)展趨勢

目前,DNA條形碼已成為生物分類和鑒定的新方向,是生物學(xué)領(lǐng)域發(fā)展最迅速的學(xué)科前沿之一,在物種鑒定方面具有廣闊的應(yīng)用前景。我們的世界擁有數(shù)量龐大、種類繁多的動植物,而每一個物種都是極其珍貴的資源。大量的事實證明,DNA條形碼技術(shù)是一個方便高效的物種鑒定方法,不但是傳統(tǒng)生物鑒定強有力的補充,而且由于其融入了數(shù)字化手段,使樣品在鑒定過程中實現(xiàn)了自動化和標(biāo)準(zhǔn)化,突破了傳統(tǒng)經(jīng)驗的束縛。DNA條形碼技術(shù)的發(fā)展方向主要有微型DNA條形碼鑒定技術(shù)和DNA條形碼芯片技術(shù)。

5.1 微型DNA條形碼鑒定技術(shù) 微型DNA條形碼技術(shù)是基于DNA條形碼技術(shù)發(fā)展起來的新方法,其要求的基因序列堿基長度比DNA條形碼要求更短,一般為100~150bp[24-25],有效地解決了陳舊標(biāo)本因核酸片段不容易提取而造成鑒定困難的難題。目前已經(jīng)應(yīng)用到魚類[26]、蛤蚧[27]、實蠅[28]等物種鑒定上。

5.2 DNA條形碼芯片技術(shù) DNA芯片技術(shù)的原理是雜交測序方法,即通過與一組已知序列的核酸探針雜交進行核酸序列測定的方法,以此來準(zhǔn)確鑒定物種。由于該技術(shù)能夠同時將大量探針固定于支持物上,可以實現(xiàn)一次性對樣品大量序列進行檢測和分析,具有操作簡便、自動化程度高、操作序列數(shù)量多、檢測效率高等優(yōu)勢,目前在檢驗檢疫領(lǐng)域已開始有所探索[29-31]。

6 結(jié) 語

DNA條形碼技術(shù)作為新興的技術(shù),是傳統(tǒng)形態(tài)學(xué)鑒定的重要補充,其發(fā)展和成熟有賴于條形碼技術(shù)的規(guī)范和統(tǒng)一,另外更重要的是需要條形碼庫的進一步完善和補充,而這中間將有一段很長的路需要繼續(xù)探索。

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