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“毛細(xì)管區(qū)帶電泳同時分離BSA與單鏈DNA”開放實(shí)驗(yàn)

2013-11-23 07:22:44劉弘洋吳景剛
實(shí)驗(yàn)技術(shù)與管理 2013年12期
關(guān)鍵詞:分析化學(xué)毛細(xì)管電泳

屈 鋒,劉弘洋,吳景剛

(北京理工大學(xué) 生命學(xué)院,北京 100081)

1 實(shí)驗(yàn)選題的意義

現(xiàn)代分析化學(xué)方法及技術(shù)的應(yīng)用是當(dāng)今科學(xué)技術(shù)和經(jīng)濟(jì)發(fā)展的重要基礎(chǔ),也是衡量一個國家科學(xué)技術(shù)發(fā)展水平的重要標(biāo)志之一。當(dāng)今的生物、醫(yī)學(xué)、食品、農(nóng)業(yè)、環(huán)境等眾多學(xué)科領(lǐng)域的前沿研究,無一不是以現(xiàn)代分析化學(xué)的方法和技術(shù)為基礎(chǔ)和手段(如人類基因測序、蛋白質(zhì)組學(xué)研究、食品安全檢測、環(huán)境保護(hù)監(jiān)測等),因此學(xué)習(xí)現(xiàn)代分析化學(xué)基本方法和實(shí)驗(yàn)技能對于多學(xué)科基礎(chǔ)研究和多行業(yè)實(shí)際應(yīng)用具有極其重要的意義[1]。當(dāng)前,我國分析化學(xué)專業(yè)的人才大多是通過綜合大學(xué)的化學(xué)學(xué)科分析化學(xué)專業(yè)培養(yǎng),而大多數(shù)生物、醫(yī)學(xué)、食品、農(nóng)業(yè)、環(huán)境等專業(yè)的學(xué)生在本科階段和研究生階段都很難有機(jī)會深入學(xué)習(xí)和完整掌握現(xiàn)代分析化學(xué)的基本方法和實(shí)驗(yàn)技能。他們在解決科研和實(shí)際生產(chǎn)中的具體問題時常常面臨現(xiàn)代分析化學(xué)知識和實(shí)驗(yàn)技能的不足。因此,有目的地培養(yǎng)非分析化學(xué)專業(yè)的學(xué)生對現(xiàn)代分析化學(xué)新技術(shù)、新方法的認(rèn)知,加強(qiáng)學(xué)生實(shí)踐技能訓(xùn)練、提高學(xué)生實(shí)際動手能力,并借此培養(yǎng)學(xué)生分析問題和解決問題的能力,對于相關(guān)學(xué)科的研究型人才培養(yǎng)十分必要[2]。

毛細(xì)管電泳技術(shù)(capillary electrophoresis,CE)作為分析化學(xué)學(xué)科前沿和熱點(diǎn)之一,不僅是微流控芯片技術(shù)的基礎(chǔ),也是聯(lián)系電泳和液相色譜分析方法之間的新型分析技術(shù),在生命科學(xué)、環(huán)境科學(xué)、食品科學(xué)等領(lǐng)域具有廣泛的應(yīng)用和發(fā)展空間。目前分析化學(xué)實(shí)驗(yàn)中的儀器分析基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)大都是經(jīng)典的光學(xué)、電化學(xué)、色譜等驗(yàn)證性實(shí)驗(yàn)。而生物學(xué)專業(yè)中,電泳實(shí)驗(yàn)是最重要也是最基礎(chǔ)的實(shí)驗(yàn),大都只在生物化學(xué)實(shí)驗(yàn)中有所涉及。毛細(xì)管電泳技術(shù)作為新型分析技術(shù),與傳統(tǒng)電泳和液相色譜技術(shù)相比,具有高效、快速、實(shí)驗(yàn)成本低、試劑和樣品用量少,以及儀器操作簡單等突出特點(diǎn)[3]。本文主要介紹以我校生命學(xué)院二年級生物工程和生物技術(shù)專業(yè)本科生為對象,開設(shè)蛋白質(zhì)和核酸同時分析檢測的基礎(chǔ)型開放實(shí)驗(yàn)的內(nèi)容。

蛋白質(zhì)和核酸是生命科學(xué)研究的基礎(chǔ)物質(zhì),蛋白質(zhì)和核酸的分析檢測是生物學(xué)研究中必不可少的內(nèi)容[4]。凝膠電泳是蛋白質(zhì)和核酸分析的經(jīng)典方法,目前仍廣泛應(yīng)用[5]。凝膠電泳實(shí)驗(yàn)是生物學(xué)專業(yè)本科生的基礎(chǔ)教學(xué)實(shí)驗(yàn),通常分別使用PAGE或SDSPAGE和瓊脂糖凝膠電泳定性檢測蛋白質(zhì)和核酸。本開放實(shí)驗(yàn)利用毛細(xì)管電泳同時分析蛋白質(zhì)和核酸,目的是向?qū)W生介紹毛細(xì)管電泳高效、快速、成本低、試劑和樣品用量少、分析模式多樣等突出的特點(diǎn),開闊學(xué)生的知識面,了解利用現(xiàn)代毛細(xì)管電泳分析技術(shù)快速進(jìn)行蛋白質(zhì)與核酸的同時定性、定量分析,并且比較毛細(xì)管電泳與經(jīng)典凝膠電泳方法在原理及儀器和實(shí)驗(yàn)操作上的差異。

2 實(shí)驗(yàn)?zāi)康暮蛢?nèi)容

2.1 實(shí)驗(yàn)?zāi)康?/h3>

(1)掌握毛細(xì)管電泳的原理,能熟練使用毛細(xì)管電泳儀。

(2)了解毛細(xì)管區(qū)帶電泳同時分析蛋白質(zhì)和核酸的基本原理,了解影響分析效果的因素,學(xué)習(xí)優(yōu)化實(shí)驗(yàn)條件的方法,確定優(yōu)化的實(shí)驗(yàn)條件。

(3)了解蛋白質(zhì)和核酸樣品的荷電特性,學(xué)習(xí)利用毛細(xì)管區(qū)帶電泳對蛋白質(zhì)和核酸標(biāo)準(zhǔn)樣品進(jìn)行定性、定量分析的方法。

(4)學(xué)習(xí)對實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行正確的總結(jié)和討論,以及對實(shí)驗(yàn)過程中出現(xiàn)的問題進(jìn)行正確分析的方法。

2.2 實(shí)驗(yàn)內(nèi)容

本實(shí)驗(yàn)通過毛細(xì)管區(qū)帶電泳法分析牛血清白蛋白(BSA)及單鏈核酸序列(ssDNA:5’-GGT TGG TGT GGT TGG-3’)標(biāo)準(zhǔn)樣品,確定蛋白質(zhì)和單鏈核酸的出峰順序??疾祀娪倦妷骸⒎蛛x溫度、電解質(zhì)溶液的pH值及有機(jī)溶劑和線性高分子聚合物添加劑對分析結(jié)果的影響。

3 實(shí)驗(yàn)部分

3.1 實(shí)驗(yàn)儀器

Agilent CE毛細(xì)管電泳儀配有DAD檢測器及恒溫控制系統(tǒng)(Agilent公司);漩渦混合器XW-80A(江蘇海門市其林貝爾儀器制造有限公司 );Adventurer電子天平(奧豪斯儀器有限公司);pH 211酸度計(jì)(意大利 HANNA 儀器公司);移液器(0.5~10μL,20~200μL,100~1 000μL,dragon公司);超聲波清洗器(寧波新芝生物科技股份有限公司);熔融石英毛細(xì)管柱(邯鄲市鑫諾光纖色譜有限公司)。

3.2 實(shí)驗(yàn)試劑

H3BO3(北京化學(xué)試劑公司);Na2B4O7·10H2O(北京益利精細(xì)化學(xué)品有限公司);二甲基亞砜(DMSO)(北京北化精細(xì)化學(xué)品有限責(zé)任公司 )。以上試劑均為分析純。實(shí)驗(yàn)中使用高純水配制溶液。

BSA購自北京紐樸生物技術(shù)有限公司;ssDNA購自生工生物工程(上海)股份有限公司。

3.3 實(shí)驗(yàn)條件

75μm內(nèi)徑熔融石英毛細(xì)管,長度33.5cm(有效長度 22.5cm),分離電壓 10kV,氣壓進(jìn)樣 50 mbar10s,214nm 紫外檢測。50mMol/L H3BO3/Na2B4O7(pH 8.7)作為緩沖溶液,DMSO作中性標(biāo)記物。新毛細(xì)管在使用前用1mol/L NaOH、0.1mol/L NaOH和去離子水依次沖洗30min進(jìn)行活化;每2次進(jìn)樣之間依次用0.1mol/L NaOH、去離子水、緩沖溶液分別沖洗5min。

4 結(jié)果與討論

4.1 實(shí)驗(yàn)原理

毛細(xì)管電泳中,由熔融石英毛細(xì)管產(chǎn)生的電滲流大小決定溶液中組分的遷移速率,此外,蛋白質(zhì)和核酸分子還受自身表面電荷和質(zhì)量(荷質(zhì)比)的影響。蛋白質(zhì)與核酸分子因自身性質(zhì)差異導(dǎo)致其在電泳過程中的遷移速率不同而分離[6]。因此,影響蛋白質(zhì)和核酸分子分離的主要因素有電場強(qiáng)度、電解質(zhì)溶液的組成和濃度以及電泳過程中的分離溫度。

4.2 蛋白質(zhì)和核酸峰的確定

以50mmol/L H3BO3/Na2B4O7(pH 8.7)為緩沖溶液,在214nm紫外波長下檢測DMSO、BSA和ssDNA;通過單組分進(jìn)樣可以確定,出峰順序依次為DMSO、BSA、ssDNA(圖1),即3種組分的遷移速率為DMSO>BSA>ssDNA。產(chǎn)生這種結(jié)果的原因是DMSO為中性分子,不帶電荷,電泳過程中作為電滲流的標(biāo)記分子最先出峰,BSA的等電點(diǎn)為4.9,在pH 8.7電解液中帶負(fù)電荷,因此遷移較中性分子DMSO慢,ssDNA因大量磷酸基團(tuán)存在而帶更多的負(fù)電荷[7],電泳過程中遷移速率最小,遷移時間最短。

圖1顯示,3種樣品混合進(jìn)樣時,當(dāng)樣品中BSA的濃度增加,其峰面積相應(yīng)有所增加。此外,3種組分3次重復(fù)測定結(jié)果顯示,其遷移時間的RSD值在0.43%~1.06% 之間(見表1)。以上結(jié)果表明,該實(shí)驗(yàn)條件下,蛋白質(zhì)和核酸分子可以實(shí)現(xiàn)同時分離,且遷移時間的重復(fù)性很好。

圖1 BSA與ssDNA標(biāo)準(zhǔn)樣品混合物的電泳圖

表1 BSA與ssDNA分離的遷移時間重復(fù)性(n=3)

4.3 電壓對分離的影響

電泳電壓影響電滲流和組分的遷移速度,影響組分的遷移時間。遷移速率(v)與工作電壓間有一線性關(guān)系:v=qE/6(q:樣品的有效電荷;E:電場強(qiáng)度;γ:樣品的表觀液態(tài)動力學(xué)半徑;η:介質(zhì)的黏度),即當(dāng)毛細(xì)管長度一定時,電滲流速度與工作電壓呈正比[8]。

當(dāng)分離電壓為10~20kV時,3組分的表觀遷移時間隨電泳電壓增大而明顯加快,遷移時間縮短(見圖2)。扣除電壓增加導(dǎo)致的電滲流增大等因素,3組分的相對電泳遷移時間基本穩(wěn)定,其RSD值<3% (見表2),說明相對電泳遷移時間可作為毛細(xì)管區(qū)帶電泳中組分定性的可靠參數(shù)[9]。此外,應(yīng)用高電壓可加快電泳分析速度,但也可能使組分的分辨率降低,且產(chǎn)生較大的焦耳熱,影響基線穩(wěn)定和靈敏度[10]。

圖2 不同電壓對分離的影響

表2 電壓對相對遷移時間的影響(IB-BSA,Is-ssDNA,ID-DMSO)

4.4 分離溫度的影響

分離過程的溫度影響電解質(zhì)溶液的黏度(溫度每變化1,將引起背景電解質(zhì)溶液黏度變化2%~3%),從而影響電滲流,最終影響組分在電介質(zhì)中的擴(kuò)散。另外,由于緩沖液的pH值和蛋白質(zhì)等電點(diǎn)都可能隨溫度而變,所以溫度還可能影響蛋白質(zhì)所帶的電荷[11]。實(shí)驗(yàn)考察15℃、20℃、25℃ 溫度下對分離效果的影響,結(jié)果見圖3。低溫時,有利于提高分辨率,如15℃時,核酸出現(xiàn)峰型分裂,可能因樣品存在雜質(zhì)。高溫時,溶液黏度降低,電滲流增大,組分遷移時間縮短。故隨溫度升高,各組分遷移時間相應(yīng)縮短。

圖3 分離溫度對遷移時間的影響

4.5 緩沖液pH對分離的影響

電泳溶液的pH不僅影響毛細(xì)管內(nèi)壁表面硅羥基的電離程度[12],而且影響組分的表面電荷,特別是對兩性分子蛋白質(zhì),其表面電荷受其等電點(diǎn)以及溶液pH影響,從而影響遷移時間。實(shí)驗(yàn)比較了緩沖液pH 7.4~8.7對分離的影響,結(jié)果見圖4。

圖4 緩沖液pH對分離的影響

適當(dāng)提高電泳溶液pH,可以增加電滲流,表觀淌度增加,相對分離時間縮短,分離效率提高;另一方面,改變電泳溶液pH,可改變?nèi)苜|(zhì)所帶電荷的性質(zhì)或數(shù)量,使溶質(zhì)淌度改變,從而改變分離選擇性,增加分離度[13]。由圖4結(jié)果可知,隨緩沖液pH增大,BSA和ssDNA峰型尖銳,峰高增大明顯,峰的分辨率提高,與理論推斷相符。

4.6 其他因素對分離結(jié)果的影響(選做)

完成上述實(shí)驗(yàn)內(nèi)容后,還可進(jìn)一步選作其他條件優(yōu)化實(shí)驗(yàn),如:電解質(zhì)濃度的影響;加入有機(jī)溶劑的影響;加入高分子聚合物篩分介質(zhì)的影響等。

5 結(jié)束語

本開放實(shí)驗(yàn)的目的在于拓寬生物學(xué)專業(yè)學(xué)生對經(jīng)典教材和實(shí)驗(yàn)課教學(xué)內(nèi)容的認(rèn)知,了解蛋白質(zhì)和核酸分析的新方法,了解現(xiàn)代分析新技術(shù)在生物學(xué)研究中的應(yīng)用潛力。作為開放實(shí)驗(yàn),實(shí)驗(yàn)中的很多環(huán)節(jié)都可由學(xué)生自行設(shè)計(jì),例如學(xué)生可進(jìn)一步選擇感興趣的蛋白質(zhì)組分和核酸組分設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)方案,考察影響蛋白質(zhì)和核酸混合物分離的主要因素,為CE毛細(xì)管電泳法在研究型課題中的應(yīng)用奠定基礎(chǔ)。

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