張潔 柳長(zhǎng)柏
(三峽大學(xué)分子生物學(xué)研究所,宜昌 443002)
蛋白質(zhì)是生命體的重要組成成分,是細(xì)胞活性及功能的最終執(zhí)行者。蛋白質(zhì)之間復(fù)雜的相互作用決定著生物體的復(fù)雜程度。不同細(xì)胞在不同生理或病理狀態(tài)下所表達(dá)的蛋白質(zhì)及其功能也不盡相同,因此對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)定位及蛋白質(zhì)之間相互作用的研究將為闡明生命現(xiàn)象的本質(zhì)提供直接的依據(jù),也可為疾病治療提供潛在靶點(diǎn)。
迄今,研究蛋白質(zhì)相互作用的方法主要有酵母雙雜交技術(shù)、熒光共振能量轉(zhuǎn)移技術(shù)及雙分子熒光互補(bǔ)技術(shù)等。新近發(fā)展起來的蛋白質(zhì)片段互補(bǔ)分析(protein fragment complementation assay,PCA)技術(shù)因?yàn)榭梢栽隗w內(nèi)外動(dòng)態(tài)地研究蛋白質(zhì)相互作用而日趨引人注目。PCA是一種高靈敏度,可定量化的,高通量篩選方法,可動(dòng)態(tài)地觀察活細(xì)胞、器官、甚至個(gè)體水平蛋白相互作用,被廣泛地應(yīng)用到藥物遞送,化學(xué)遺傳學(xué),蛋白質(zhì)組學(xué)等研究領(lǐng)域[1,2]。
所謂PCA是指將某個(gè)功能蛋白切成兩段(如N端和C端),分別與另外兩種目標(biāo)蛋白相連形成兩個(gè)融合蛋白。在一個(gè)反應(yīng)體系中,兩個(gè)目標(biāo)蛋白的相互作用使得兩個(gè)功能蛋白質(zhì)片段相互靠近,互補(bǔ)并重建功能蛋白質(zhì)的活性,通過檢測(cè)功能蛋白質(zhì)的活性來判斷目標(biāo)蛋白質(zhì)間的相互作用。在PCA體系中,功能蛋白的兩個(gè)片段可以互補(bǔ)融合成報(bào)告蛋白(如酶、熒光蛋白等)。只有兩個(gè)目標(biāo)蛋白發(fā)生了相互作用,才能使報(bào)告蛋白的兩個(gè)片段相互靠近,重新折疊恢復(fù)其天然結(jié)構(gòu),重構(gòu)生物活性。圖1以熒光蛋白為例說明PCA原理。X、Y和Z為研究目標(biāo)蛋白,N、C為由報(bào)告蛋白的熒光蛋白切割形成的N端和C端片段。(1)目標(biāo)蛋白X通過連接子與N片段相連,目標(biāo)蛋白Y通過連接子與C片段相連。如果X和Y不發(fā)生相互作用,則熒光蛋白不能重新折疊、重構(gòu)熒光生物活性;(2)目標(biāo)蛋白X和Z可發(fā)生相互作用,使N片段和C片段重新折疊重構(gòu)熒光蛋白生物活性。
圖1 PCA原理示意圖
PCA方法的特征是報(bào)告蛋白的互補(bǔ)片段不能自發(fā)折疊,只有在目標(biāo)蛋白發(fā)生相互作用后,才促使報(bào)告蛋白再折疊恢復(fù)生物活性。自發(fā)折疊將會(huì)導(dǎo)致假陽(yáng)性信號(hào)。報(bào)告蛋白互補(bǔ)片段的融合會(huì)影響互相作用的蛋白以及檢測(cè)其相互作用的能力。因此,第一,對(duì)于任何一個(gè)報(bào)告蛋白來說,要確保最佳位點(diǎn)切割不會(huì)損害其功能,可通過再折疊形成有功能的融合蛋白;第二,需考慮報(bào)告蛋白的定位或者互補(bǔ)片段的鑒定是否影響PCA試驗(yàn)結(jié)果[3]。
目前PCA所使用的報(bào)告蛋白包括二氫葉酸還原酶[4](DHFR),β-內(nèi)酰胺酶[5](β-lactamase),綠色熒光蛋白(GFP),熒光素酶Gaussia luciferases[6]、Renilla luciferases[7]及Cre重組酶[8]等。其結(jié)構(gòu)分為兩部分,單獨(dú)表達(dá)時(shí)均無活性,可通過試驗(yàn)檢測(cè)到最佳切割位點(diǎn),通過連接子(soft linker)與目標(biāo)蛋白連接。Remy等[3]在目標(biāo)蛋白和報(bào)告蛋白片段之間使用連接子(Gly.Gly.Gly.Gly.Ser)n發(fā)現(xiàn),該連接子具有很好的靈活性,能有效地使互補(bǔ)片段折疊復(fù)性而不影響各個(gè)蛋白(片段)的相互作用。
DHFR在真核細(xì)胞核苷酸生物合成中起重要作用,催化二氫葉酸還原成四氫葉酸,細(xì)胞缺失DHFR是致死性的,而成為極佳報(bào)告蛋白應(yīng)用于PCA研究。Remy等[9]研究發(fā)現(xiàn),DHFR-PCA有兩個(gè)層面的檢測(cè)方法:(1)利用DHFR對(duì)細(xì)胞生存是必須的特征,通過觀察細(xì)胞的生長(zhǎng)狀態(tài)來間接反映出兩種目標(biāo)蛋白有無相互作用。其缺點(diǎn)是不能反映出目標(biāo)蛋白是何時(shí)發(fā)生作用,作用部位等動(dòng)態(tài)過程;(2)熒光標(biāo)記的底物甲氨蝶呤只能與完整的DHFR作用才能產(chǎn)生熒光,因而可以動(dòng)態(tài)地反應(yīng)目標(biāo)蛋白相互作用發(fā)生的時(shí)間、位置等。
β-內(nèi)酰胺酶是細(xì)菌產(chǎn)生的以β-內(nèi)酰胺類藥物為底物的水解酶。Galarneau等[5]使用TEM-1型 β-lactamase建立了PCA,該亞型缺乏由23個(gè)氨基酸組成的胞質(zhì)分泌信號(hào)序列,不能分泌到胞質(zhì)中。TEM-1型 β-lactamase在真核生物中沒有同源體,對(duì)細(xì)胞沒有毒性,故而β-lactamase-PCA被普遍用于在真核細(xì)胞和沒有本底表達(dá)的大部分真核生物個(gè)體中的蛋白相互作用研究。
β-lactamase-PCA檢測(cè)方法包括:第一,以頭孢菌素類的衍生物頭孢硝噻吩(nitrocefin)為底物,用細(xì)胞裂解液進(jìn)行比色測(cè)定,當(dāng)?shù)孜锇l(fā)生水解時(shí),顏色會(huì)由黃色變成紅色。由于nitrocefin不能透過細(xì)胞膜,故只能檢測(cè)細(xì)胞裂解液中的蛋白相互作用;第二,用完整的細(xì)胞進(jìn)行熒光分析,以CCF2/AM為熒光底物,當(dāng)CCF2/AM進(jìn)入細(xì)胞膜,在胞內(nèi)酯酶的作用下釋放內(nèi)酰胺酶的底物CCF2。CCF2能夠被雙重激發(fā),在409 nm波長(zhǎng)激發(fā)光下將能量傳遞給受體發(fā)色基團(tuán),在520 nm波長(zhǎng)處發(fā)綠色熒光。而當(dāng)CCF2在β-內(nèi)酰胺酶作用下水解則使2個(gè)發(fā)色基團(tuán)分開。在相同激發(fā)光下,因發(fā)色基團(tuán)離受體較遠(yuǎn)(>10 nm),供受體之間不能發(fā)生熒光能量共振,只能于477 nm波長(zhǎng)處發(fā)出供體自身的藍(lán)色熒光。檢測(cè)細(xì)胞內(nèi)熒光定量,或運(yùn)用熒光顯微鏡通過觀察細(xì)胞內(nèi)因底物降解而發(fā)生藍(lán)色熒光及其定位來判斷β-內(nèi)酰胺酶的兩個(gè)片段是否因目標(biāo)蛋白相互作用而互補(bǔ),恢復(fù)了完整的β-內(nèi)酰胺酶活性。
綠色熒光蛋白及其變種由于不需要任何底物或者輔助因子就可以產(chǎn)生熒光,被廣泛用作PCA的報(bào)告蛋白,通過熒光顯微鏡、流式細(xì)胞術(shù)、光譜法等可用GFP-PCA,YFP-PCA觀察蛋白之間的相互作用,活細(xì)胞內(nèi)蛋白復(fù)合體的形成,還可應(yīng)用到細(xì)胞cDNA文庫(kù)的篩選等[10]。但是與具有酶活性的報(bào)告蛋白相比,基于熒光蛋白的PCA不適合進(jìn)行定量化和動(dòng)態(tài)研究,僅能作為定性研究。
分泌型熒光素酶(Gaussia luciferase,Gluc)和花蟲型熒光素酶(Renilla luciferases,Rluc)均是從海洋發(fā)光生物體中分離出來的熒光素酶。Gluc是由185個(gè)、Rluc是由312個(gè)氨基酸殘基組成的蛋白質(zhì)分子,在有氧環(huán)境中,作用于底物腔腸素,在480 nm波長(zhǎng)激發(fā)光下發(fā)藍(lán)色熒光。Gluc是一種分泌性蛋白酶,可以檢測(cè)培養(yǎng)細(xì)胞上清,或?qū)嶒?yàn)動(dòng)物體液,對(duì)酶活性進(jìn)行定量分析。
Michnick[11]于人源化Gluc第93位氨基酸進(jìn)行剪切形成2個(gè)片段,通過連接子連接目標(biāo)蛋白,分析了TGF-β信號(hào)通路中一些分子之間的相互作用,以及藥物處理對(duì)相關(guān)信號(hào)分子間相互作用的影響。Stefan等[7]成功地運(yùn)用Rluc-PCA技術(shù)研究了蛋白激酶A在G蛋白偶聯(lián)受體介導(dǎo)的信號(hào)通路中的作用及藥物處理對(duì)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)影響的定量分析。Gehl等[12]利用浮葉熒光素酶為報(bào)告蛋白的PCA方法實(shí)時(shí)定量分析了鉬元素輔因子生物合成蛋白CNX6和CNX7,實(shí)現(xiàn)了實(shí)時(shí)定量監(jiān)測(cè)蛋白復(fù)合體的組裝。
Cre重組酶存在于大腸桿菌噬菌體P1中,由343個(gè)氨基酸組成DNA重組酶,可識(shí)別Loxp位點(diǎn)等特異性序列而引起DNA重組。研究表明,切割后的Cre重組酶片段允許其兩個(gè)啟動(dòng)子調(diào)控DNA重組。
Hirrlinger等[8]設(shè) 計(jì) 了Cre-ERT2-PCA方 法,ERT2是人雌二醇受體,Cre-ERT2是將Cre融合到ERT2配體結(jié)構(gòu)域。Cre-ERT2對(duì)他莫昔芬及其代謝產(chǎn)物4-羥泰米芬(4-OHT)有高度敏感性,在缺乏誘導(dǎo)劑他莫昔芬時(shí),融合蛋白將被熱激蛋白綁定,在細(xì)胞漿中無法進(jìn)入胞核。而加入他莫昔芬時(shí),Cre-ERT2將從復(fù)合體中釋放出來,進(jìn)入細(xì)胞核切除LoxP位點(diǎn)之間的序列。研究結(jié)果表明,該方法適用于包含Loxp等位基因的模型小鼠誘導(dǎo)DNA重組。
Galarneau等[10]證實(shí)β-lactamase-PCA提供了一種篩選蛋白相互作用的模型,該模型對(duì)于信號(hào)和本底表達(dá)的比例可達(dá)到10∶1到250∶1,較其他的PCA效果靈敏。該方法具有一定的廣泛性,作者檢測(cè)了一些已知的蛋白相互作用,包括同型二聚體的亮氨酸拉鏈模型,Bad和Bcl2,PKB以及底物Bad。研究表明,β-lactamase PCA允許檢測(cè)蛋白之間相互作用,因?yàn)闆]有近似的本底表達(dá)導(dǎo)致酶的自發(fā)折疊。
具有簡(jiǎn)單性、靈敏性和穩(wěn)固性的體外β-lactamase PCA提供了一種大規(guī)模分析蛋白相互作用的有用的方法。而熒光共振能量轉(zhuǎn)移策略可以提供相同的信息,但是在大規(guī)模應(yīng)用中需要小心地檢測(cè)熒光染料標(biāo)記的蛋白表達(dá)水平;β-半乳糖苷酶亞基互補(bǔ)策略分析有自發(fā)亞基組合導(dǎo)致有本底表達(dá)的干擾。
PCA方法是一種高通量的蛋白質(zhì)文庫(kù)篩選方法,該方法依賴于細(xì)胞依賴性蛋白的特殊功能的篩選。首先是獵物蛋白和誘餌蛋白自然發(fā)生的相互作用,通過在活細(xì)胞內(nèi)監(jiān)測(cè)PCA報(bào)告蛋白的再折疊。篩選的重要的特點(diǎn)是相互作用可以直接被檢測(cè)到,同時(shí)PCA片段不會(huì)干擾蛋白的靶向作用和修飾作用。繼而通過PCA檢測(cè)到的蛋白相互作用能被代理劑擾亂,如激素類或特殊的抑制劑[10]。
GFP-PCA可以檢測(cè)蛋白相互作用的亞細(xì)胞定位,信號(hào)通路中的代理劑的影響。因此,依賴于PCA的篩選策略都會(huì)和一些直接的功能分析相結(jié)合。研究者應(yīng)用這一策略來鑒定絲/蘇氨酸蛋白激酶PKB/Akt的新型的底物和調(diào)節(jié)物。該方法提供了鑒定和確證任何細(xì)胞過程中蛋白的作用,識(shí)別酶的底物和調(diào)節(jié)蛋白[11]。
生物化學(xué)的網(wǎng)絡(luò)圖可以通過研究活細(xì)胞內(nèi)的蛋白和蛋白之間動(dòng)態(tài)的研究來繪制。通過PCA這種方法可以繪制動(dòng)態(tài)圖以及鑒定在這個(gè)網(wǎng)絡(luò)中可能出現(xiàn)的新的起某種作用的元件。該方法比傳統(tǒng)的靶向藥物治療提高了準(zhǔn)確度。
Michnick等[13]利用DHFR-PCA繪制了酪氨酸激酶受體介導(dǎo)的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑發(fā)現(xiàn),RTK信號(hào)通路網(wǎng)絡(luò)與現(xiàn)有模型一致,同時(shí)還發(fā)現(xiàn)一些新型的相互作用(35個(gè)全長(zhǎng)蛋白中有14個(gè)有效,其中有5個(gè)是新發(fā)現(xiàn)的)。結(jié)果表明PCA策略可以完成一般基因功能的確認(rèn)及通路圖的繪制,同時(shí)可以監(jiān)測(cè)信號(hào)通路中蛋白質(zhì)的一些潛在的反應(yīng)。該方法的一個(gè)大規(guī)模的應(yīng)用是連接一個(gè)特殊的藥物在特異性的信號(hào)通路途徑中,監(jiān)測(cè)藥物的作用。Remy等[14]設(shè)計(jì)的GFP-PCA的方法可以探測(cè)完整的活細(xì)胞內(nèi)蛋白的相互作用,不僅可以動(dòng)態(tài)研究蛋白的相互作用,而且可以研究在物理或者化學(xué)因子作用下的微干擾,并設(shè)計(jì)了Gluc-PCA監(jiān)測(cè)TGF-β信號(hào)通路中Smad和PKB的表達(dá)情況。Michnick[15]使用YFP-PCA方法研究MAP激酶介導(dǎo)的信號(hào)通路,繪制該通路中影響因子,繼而篩選一些藥物和治療靶點(diǎn)。Manderson等[16]用依賴于熒光素酶的PCA發(fā)現(xiàn)一種新的絲/蘇氨酸激酶ElmI在酵母轉(zhuǎn)錄因子SBF的失活中起很重要的作用。Stefan[7]使用Rluc-PCA定量研究了G蛋白偶聯(lián)受體通路中的一些藥物處理后的影響,繪制相關(guān)作用網(wǎng)絡(luò),應(yīng)用于藥物篩選。
配受體相互作用促進(jìn)胞內(nèi)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo),治療因素靶向細(xì)胞表面受體繼而與配體結(jié)合。著重強(qiáng)調(diào)研究配受體復(fù)合體在完整的細(xì)胞內(nèi)和活體動(dòng)物中完成對(duì)正常的信號(hào)通路中疾病,藥物作用等方面的研究。目前主要用的是熒光或放射性配體。發(fā)展成像分析在生理?xiàng)l件下定量檢測(cè)配受體復(fù)合體促進(jìn)了對(duì)疾病和加快藥物遞送的研究進(jìn)展。
Luker等[17]使用熒光素酶蛋白片段互補(bǔ)分析定量的檢測(cè)趨化因子配體12(CXCL12)和趨化因子受體4,7(CXCR4,7)綁定情況。研究表明:小分子抑制劑CXCR4和CXCR7可以特異性的阻滯CXCL12在細(xì)胞內(nèi)的結(jié)合,同時(shí)顯示不同的趨化因子抑制劑在與受體結(jié)合時(shí)動(dòng)力學(xué)的不同。在小鼠乳腺癌模型生物發(fā)光成像技術(shù)展示了CXCL12-CXCR7結(jié)合發(fā)生在轉(zhuǎn)移性腫瘤中。Gluc-PCA可以定量的分析藥物的靶向作用,允許實(shí)時(shí)定量的分析受體的靶向性,其生成物在腫瘤生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移時(shí)效應(yīng)。且該成像系統(tǒng)可以應(yīng)用于任何配受體結(jié)合的分析。
G蛋白偶聯(lián)受體超家族是很重要的一類制藥靶點(diǎn),用以研發(fā)新型藥物,而激動(dòng)劑誘導(dǎo)的第二信使以及下游的蛋白激酶A(PKA)是信號(hào)通路中的關(guān)鍵影響因子。
Stefan等[6]設(shè)計(jì)了Rluc-PCA研究發(fā)現(xiàn)相關(guān)信號(hào)通路中的特異性藥物。該方法可以實(shí)時(shí)定量的研究某一特異的激動(dòng)劑及拮抗劑對(duì)于細(xì)胞或小鼠的影響。L?fdahl等[18]用β-lactamase篩 選 與TNF-α結(jié)合的親合體分子,用于高通量篩選藥物治療腫瘤。Hashimoto等[19]以單體的香菇珊瑚來源的綠色熒光蛋白(mKG)為報(bào)告基因,在試管內(nèi)使用PCA方法高通量篩選蛋白相互作用抑制劑,完成了高通量篩選藥物。研究表明,在TCF7/β-catenin,PAC1/PAC2,PAC3同源二聚體之間的相互作用的抑制劑中,氨硫脲(TB1)只是PAC3同源二聚體的抑制劑。
PCA技術(shù)是近幾年研究蛋白相互作用的重要策略之一,具有高靈敏性,可逆性,高通量篩選等一系列的優(yōu)勢(shì),同時(shí)報(bào)告蛋白提供了明確可行的檢測(cè)手段,包括熒光顯微鏡,酶和底物顯色反應(yīng)。PCA可實(shí)時(shí)定量動(dòng)態(tài)的反映出蛋白復(fù)合體的組裝與解離過程,應(yīng)用于體內(nèi)外的試驗(yàn),且克服了雙分子熒光互補(bǔ)技術(shù)中熒光片段的自發(fā)互補(bǔ)及其不可逆性。而熒光共振能量轉(zhuǎn)移技術(shù)及生物發(fā)光能量共振轉(zhuǎn)移對(duì)供體的發(fā)射光譜和受體激發(fā)光譜有一定的要求,因此需要更精密的儀器,且操作復(fù)雜[20,21]。
PCA技術(shù)在高通量藥物篩選方面的應(yīng)用是目前關(guān)注的焦點(diǎn),提高了藥物治療的靶向性,為研發(fā)新藥奠定了基礎(chǔ)。但是PCA互補(bǔ)片段如何重新組合并部分恢復(fù)其功能的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)還不是很清楚,這其中涉及到蛋白的折疊和兩個(gè)肽段之間精細(xì)的相互作用。如果在以后的研究中克服因信號(hào)放大產(chǎn)生的假陽(yáng)性結(jié)果,以及外源蛋白過量表達(dá)對(duì)細(xì)胞產(chǎn)生毒害,PCA將會(huì)在生命科學(xué)及醫(yī)藥研究領(lǐng)域中得到更廣泛的應(yīng)用。
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