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PiggyBac轉(zhuǎn)座子:人類基因編碼研究的新工具

2014-03-08 15:47于正洪姜恩澤張杰明綜述陳龍邦審校
關(guān)鍵詞:基因功能轉(zhuǎn)座子哺乳動物

于正洪,姜恩澤,張杰明綜述,陳龍邦審校

0 引 言

人類基因組有2層意義,即遺傳信息和遺傳物質(zhì)。基因組(Genome)就是一個物種中所有基因的整體組成[1]。美國科學(xué)家于1985年率先提出了人類基因組計劃,并于1990年正式啟動該計劃。這一預(yù)算達(dá)30億美元的人類基因組計劃由多國共同參與。這個計劃原本設(shè)想在2005年全部解開人體內(nèi)約10萬余個基因密碼,并獲得組成人體4萬個基因的30億個堿基對的全部信息,同時繪制出人類基因的圖譜。在完成了人類和鼠的基因組測序工作后,許多科學(xué)家開始把研究重心轉(zhuǎn)向基因的功能研究,研究策略是誘使每個基因發(fā)生突變,并觀測結(jié)果及分子機(jī)制。但能夠用于哺乳動物的遺傳分析方法有限,傳統(tǒng)分析方法包括基因剔除、乙烷亞硝基脲化學(xué)誘變等花費(fèi)大且效率低下,很難應(yīng)用于基因功能的大規(guī)模分析?,F(xiàn)有研究已經(jīng)證明,轉(zhuǎn)座子是多種生物中極為有價值的遺傳工具,這種自然的基因轉(zhuǎn)移因子不但可以抑制基因的活性,而且可以在果蠅或簡單生物中插入或突變基因以了解單個基因的功能[1]。在低等生物實(shí)驗(yàn)中,轉(zhuǎn)座子十分有效,且已被大規(guī)模地用于轉(zhuǎn)基因和基因誘變分析,在酵母、線蟲和果蠅等低等生物類模式生物的基因功能研究中起到了重要作用。然而,在過去由于缺少可在哺乳動物中高效作用的轉(zhuǎn)座系統(tǒng),在哺乳動物中的轉(zhuǎn)座子運(yùn)用仍極其有限。

1 轉(zhuǎn)座子的作用機(jī)制

轉(zhuǎn)座指一段DNA序列從原位上單獨(dú)斷裂或復(fù)制下來后環(huán)化插入另一位點(diǎn),并對其后的基因起調(diào)控作用的過程。這段復(fù)制或斷裂下來的DNA序列被稱為跳躍基因或轉(zhuǎn)座因子,包括轉(zhuǎn)座子(Tn)、轉(zhuǎn)座phage、插入序列(Is因子)等類型。基因組中一類可移動的DNA序列被稱為轉(zhuǎn)座子,轉(zhuǎn)座子能夠從原位切割斷裂,再到新的目標(biāo)位置重新整合,從而能夠從基因組的一個位置“跳躍”到另一個位置。這樣的位置變換會改變原有基因的位置和結(jié)構(gòu),從而導(dǎo)致基因的改變,且轉(zhuǎn)座子還有被置換及插入外來基因的能力。轉(zhuǎn)座子轉(zhuǎn)座插入宿主DNA時會在插入處留下正向重復(fù)序列,先是在目標(biāo)DNA位置的插入處酶切出交錯的切口,使目標(biāo)DNA產(chǎn)生2個突出的單鏈末端,然后轉(zhuǎn)座子同單鏈連接,使留下的缺口補(bǔ)平。這一系列過程在轉(zhuǎn)座子插入處生成了宿主DNA 的正向重復(fù)[2]。

與簡單的“插入序列”不同,轉(zhuǎn)座子可以在宿主基因組中發(fā)生基因座位置改變,且不依賴于同源性重組的DNA片段,除能夠攜帶行使本身轉(zhuǎn)座功能的基因外,還能攜帶編碼其他功能的基因,故可將其作為一種基因載體。依據(jù)序列特征及轉(zhuǎn)座機(jī)制,轉(zhuǎn)座子可分為逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子和DNA轉(zhuǎn)座子2大類;逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子編碼逆轉(zhuǎn)錄酶,將染色體DNA轉(zhuǎn)錄形成RNA并以此為模板,通過“拷貝-黏貼”機(jī)制進(jìn)行轉(zhuǎn)座,經(jīng)逆轉(zhuǎn)錄酶作用重新合成DNA并插入到基因組中,引起穩(wěn)定突變;DNA轉(zhuǎn)座子編碼轉(zhuǎn)座酶一般直接通過“剪切-黏貼”機(jī)制轉(zhuǎn)座,不形成RNA,也與逆轉(zhuǎn)錄酶的作用無關(guān),引起不穩(wěn)定突變[3]。目前應(yīng)用于昆蟲實(shí)驗(yàn)中的轉(zhuǎn)座子幾乎全部為DNA轉(zhuǎn)座子,這類轉(zhuǎn)座子末端為反向重復(fù)序列,中間區(qū)域?yàn)檗D(zhuǎn)座酶基因,此基因編碼轉(zhuǎn)座酶,使末端重復(fù)序列與其內(nèi)側(cè)的目標(biāo)序列移動,即將目標(biāo)序列部分切出,并將其整合到染色體的其他部位[4],從而利用這類轉(zhuǎn)座子進(jìn)行轉(zhuǎn)基因操作。在基因功能研究領(lǐng)域,目前以DNA轉(zhuǎn)座子為基因載體,在基因組中引入突變和基因標(biāo)簽的技術(shù)已經(jīng)逐漸得到廣泛應(yīng)用,并且有成為研究重點(diǎn)的趨勢。近年來,在國內(nèi)外研究學(xué)者的努力下,隨著技術(shù)改良與新轉(zhuǎn)座系統(tǒng)的建立,DNA轉(zhuǎn)座子基因載體的適用范圍已被拓展到寄生蟲、魚類和哺乳動物等模式動物的轉(zhuǎn)基因研究中。

在運(yùn)用上,轉(zhuǎn)座子可以用于將基因整合到宿主細(xì)胞基因組中[4]。當(dāng)轉(zhuǎn)座子在轉(zhuǎn)座過程中插入基因內(nèi)部或是臨近位置時,會對被插入基因造成基因功能的突變或失活,因而可以用以研究基因功能[5]。此外,轉(zhuǎn)座子一個值得注意的特性是可以人為利用基因工程手段改造轉(zhuǎn)座子,將轉(zhuǎn)座識別序列和編碼轉(zhuǎn)座酶的序列分離,并在轉(zhuǎn)座序列中插入外源目的基因。當(dāng)轉(zhuǎn)座酶與轉(zhuǎn)座序列同時存在時方可發(fā)生轉(zhuǎn)座。依此特性可建立二元轉(zhuǎn)座系統(tǒng),以提高轉(zhuǎn)座的安全性[6]。

2 PB轉(zhuǎn)座子系統(tǒng)的優(yōu)勢

長期以來,具有活性的轉(zhuǎn)座子應(yīng)用于哺乳動物的研究十分稀少。目前能在哺乳動物中使用的轉(zhuǎn)座子包括hAT樣轉(zhuǎn)座子、Tcl樣轉(zhuǎn)座子、PB轉(zhuǎn)座子家族,其中SB和PB活性最高[6-7]。然而,SB轉(zhuǎn)座子在轉(zhuǎn)座后會在供體處留下3個bp的足跡,并具有供體臨近位置轉(zhuǎn)座的偏好性。這些缺點(diǎn)使SB的使用受到限制。而PB不但轉(zhuǎn)座活性相對更強(qiáng),還不會在供體處留下基因足跡,不改變供體位置的遺傳物質(zhì),因而備受關(guān)注[8]。在發(fā)現(xiàn)初期,PB轉(zhuǎn)座子能成功地在地中海果蠅、黑腹果蠅和家蠶等昆蟲中完成轉(zhuǎn)座[9]。隨著研究的深入,研究人員發(fā)現(xiàn)PB轉(zhuǎn)座子同樣可以在哺乳動物細(xì)胞中完成轉(zhuǎn)座[10]。PB轉(zhuǎn)座系統(tǒng)憑借其高活性、轉(zhuǎn)座無痕性的特點(diǎn),以及在哺乳動物中的轉(zhuǎn)座活性,在分子醫(yī)學(xué)領(lǐng)域表現(xiàn)出廣闊的前景。

PB轉(zhuǎn)座子為自主因子,能夠?qū)⒒驅(qū)氩溉閯游锛?xì)胞,屬于真核生物的第2類轉(zhuǎn)座子。該轉(zhuǎn)座元件最早被發(fā)現(xiàn)于變異的棒狀病毒中,故得名PB。原始的PB元件有大約2400 bp,兩端擁有13個堿基對的末端重復(fù)序列和19 bp的內(nèi)部重復(fù)序列,可以將外源性的目的基因插入在PB元件的內(nèi)部重復(fù)序列之間,使之成為載體。其他單獨(dú)載體所表達(dá)的PB轉(zhuǎn)座酶也可用來激活PB元件的轉(zhuǎn)座活性,即轉(zhuǎn)座酶和序列本身可以分開。這些特性使之能夠?qū)⑼庠椿虿迦牖蚪M的TTAA核苷酸序列中,如其他第2類轉(zhuǎn)座子介導(dǎo)“剪切-黏貼”式的基因插入。由于PB轉(zhuǎn)座子的轉(zhuǎn)座頻率較高,且能準(zhǔn)確地在TTAA核苷酸序列目標(biāo)位點(diǎn)處插入,故該轉(zhuǎn)座子被歸入特殊的TTAA轉(zhuǎn)移因子家族。且PB介導(dǎo)的轉(zhuǎn)座能夠應(yīng)用于人類細(xì)胞,這可能為癌基因測定與基因療法提供條件。這種轉(zhuǎn)座子適用范圍較廣,且能夠在生物體染色體中準(zhǔn)確地切出和轉(zhuǎn)座,從而早期在鱗翅目等昆蟲中可作為基因轉(zhuǎn)移載體發(fā)揮作用[11]。

與果蠅轉(zhuǎn)座子(P-轉(zhuǎn)座子)類似,PB轉(zhuǎn)座子也遵循“剪切-黏貼”式的轉(zhuǎn)座機(jī)制。不僅如此,PB轉(zhuǎn)座子還能在鱗翅目等多種昆蟲基因組中的特征性核苷酸序列目標(biāo)位點(diǎn)(TTAA序列)進(jìn)行準(zhǔn)確的切出和轉(zhuǎn)座,與果蠅轉(zhuǎn)座子(P-轉(zhuǎn)座子)類似且切出和插入時均需要轉(zhuǎn)座子本身編碼的轉(zhuǎn)座酶的作用。這些特點(diǎn)P-轉(zhuǎn)座子不具備[12]。PB轉(zhuǎn)座子在轉(zhuǎn)座酶的作用下從供體染色體上切割斷裂并游離出來,而被剪切的供體染色體則分裂為2段,DNA連接酶將分為2段的供體染色體的斷端重新連接。目標(biāo)染色體的特定位置(TTAA位點(diǎn))被切開,末端為黏性末端。游離出來的PB轉(zhuǎn)座子在自身編碼轉(zhuǎn)座酶的作用下與切開的目標(biāo)染色體末端連接,并將末端補(bǔ)齊。這樣在轉(zhuǎn)移到目標(biāo)染色體上的PB轉(zhuǎn)座子兩側(cè)即出現(xiàn)了TTAA重復(fù)序列[13]。

作為一種新的基因誘變工具,PB擁有許多目前基因轉(zhuǎn)移載體所不具備的優(yōu)勢。其構(gòu)建過程更方便,也具有更高的安全性,且較其他轉(zhuǎn)座子擁有更高的轉(zhuǎn)座活性和更大的載體容量(可以容納9100~14300 bp的序列),并且能夠?qū)崿F(xiàn)無痕轉(zhuǎn)座。與傳統(tǒng)技術(shù)相比,PB轉(zhuǎn)座系統(tǒng)是一種新的基因轉(zhuǎn)移手段,具有以下的幾項優(yōu)勢:①容易確定整合位點(diǎn);②轉(zhuǎn)基因得到長期穩(wěn)定的表達(dá);③轉(zhuǎn)基因更易模擬內(nèi)源基因的表達(dá)狀況,以單拷貝形式整合;④在活體中跟蹤轉(zhuǎn)基因時,非損傷性的可見標(biāo)記替代了傳統(tǒng)的PCR等方法;⑤能同時攜帶多個基因的大片段DNA,有著較大的負(fù)載容量;⑥較高的整合效率[14]。

與病毒載體相比,PB還擁有以下優(yōu)勢:①PB轉(zhuǎn)座系統(tǒng)可以用于基因捕獲技術(shù)結(jié)合,配合表型分析獲取內(nèi)源基因的表達(dá)譜;②基因型鑒定的效率大大提高,成本得以降低,因其可以在交配過程中將遺傳標(biāo)記如熒光蛋白等引入,追蹤轉(zhuǎn)座子和轉(zhuǎn)座酶的分布,利用報告基因(如紅色熒光蛋白基因)可直接用肉眼區(qū)分純合子和雜合子的PB插入情況;③PB插入能打斷原有基因序列,從而破壞內(nèi)源基因功能產(chǎn)生,且與傳統(tǒng)基因剔除誘變類似的表型;④由于其剪切十分精確,PB可廣泛插入基因組中,但有插入基因區(qū)的偏好;⑤PB可對突變表型的實(shí)現(xiàn)回復(fù),能夠進(jìn)一步確定表型和基因型的對應(yīng)關(guān)系;⑥能夠在基因組中利用反向PCR確定PB的插入位置;⑦PB轉(zhuǎn)座系統(tǒng)可在生殖細(xì)胞中高效運(yùn)作,不需要胚胎干細(xì)胞培養(yǎng)、動物手術(shù)等基因剔除的傳統(tǒng)誘變方法,僅需要簡單的交配就可以快速而高效地生產(chǎn)大量攜帶有單個PB、且可穩(wěn)定傳代動物品系。由此可見,PB轉(zhuǎn)座系統(tǒng)不僅是一種新的廣泛應(yīng)用于科學(xué)實(shí)驗(yàn)中的非病毒基因治療載體,也是一種新的可用于哺乳動物和培養(yǎng)細(xì)胞的轉(zhuǎn)基因工具[15]。

3 PB轉(zhuǎn)座子的應(yīng)用

3.1 作為基因轉(zhuǎn)移載體 目前常用的基因轉(zhuǎn)移載體有病毒、轉(zhuǎn)座子等。PB是轉(zhuǎn)座子系統(tǒng)中最適合嵌合轉(zhuǎn)座的轉(zhuǎn)座子。Kettlun等[16]將一個高度位點(diǎn)特異性的合成鋅指結(jié)構(gòu)DNA結(jié)構(gòu)域整合在PB的轉(zhuǎn)座酶N-末端,以完成PB轉(zhuǎn)座子在人類細(xì)胞中的位點(diǎn)特異性基因組整合。將PB轉(zhuǎn)座子與DNA序列識別結(jié)構(gòu)組合可使PB轉(zhuǎn)座子被用于特異性位點(diǎn)的轉(zhuǎn)座。PB轉(zhuǎn)座子的這一特性使之成為未來轉(zhuǎn)基因?qū)嶒?yàn)的潛在工具。

此外,作為一種基因載體,PB的限制性相對較少,因而能夠廣泛應(yīng)用于各種昆蟲。目前已成功獲得將PB作為轉(zhuǎn)基因昆蟲載體制取的轉(zhuǎn)基因昆蟲。鱗翅目昆蟲家蠶是一種常用的實(shí)驗(yàn)動物,其生命周期短、飼養(yǎng)簡單,不僅是生產(chǎn)中的一種重要的經(jīng)濟(jì)昆蟲,在真核基因表達(dá)調(diào)控的實(shí)驗(yàn)中也是一種理想模式動物。通過使用PB這一理想轉(zhuǎn)座系統(tǒng),可將外源基因?qū)爰倚Q基因組,并保證外來性狀的穩(wěn)定獲得、表達(dá)和遺傳,從而使家蠶在作為生物反應(yīng)器領(lǐng)域的作用得到更好的發(fā)揮[17]。PB轉(zhuǎn)座子的發(fā)現(xiàn)和其在家蠶中的成功應(yīng)用,為構(gòu)建轉(zhuǎn)基因家蠶、培育抗病毒的家蠶品種和分析家蠶基因功能等工作提供條件。

3.2 篩選新的癌基因 高等動物的基因功能分析由于缺乏必要的插入誘變工具而一直十分困難。逆轉(zhuǎn)錄病毒曾被用來發(fā)現(xiàn)癌基因,但僅能用于造血組織和乳腺等噬病毒性組織。之后發(fā)現(xiàn)的SB轉(zhuǎn)座子可用于包括胚胎干細(xì)胞在內(nèi)的多種細(xì)胞。而PB轉(zhuǎn)座子擁有比SB轉(zhuǎn)座子更高的容量,且沒有鄰近轉(zhuǎn)座偏好,因而可成為更好的癌基因篩選工具。

將PB轉(zhuǎn)座子插入可能的癌基因可有效誘發(fā)動物細(xì)胞癌變,以確定癌基因。Rad等[6]建立了表達(dá)PB轉(zhuǎn)座酶小鼠和載有不同基因的多種PB轉(zhuǎn)座序列。實(shí)驗(yàn)利用基因工程將PB嵌入小鼠基因組中,并使其在染色體基因上產(chǎn)生作用,從而引起一些致癌基因被破壞。研究人員分析實(shí)驗(yàn)小鼠中腫瘤的發(fā)展,找到基因組中轉(zhuǎn)座子的分子印跡,分析并發(fā)現(xiàn)新的致癌基因。當(dāng)研究人員利用PB系統(tǒng)在63個小鼠白血病樣品中篩查癌基因時,分析72個基因組中轉(zhuǎn)座子直接位點(diǎn)的工作中發(fā)現(xiàn)其中約2/5是從未發(fā)現(xiàn)過的新的基因位點(diǎn)。此外,該方法能夠在特定的器官中開啟或關(guān)閉特定的基因表達(dá),從而便于基因組中癌基因的研究[6]。

在二元轉(zhuǎn)座系統(tǒng)中,轉(zhuǎn)座酶與轉(zhuǎn)座序列位相互分離,但在雙陽性小鼠體內(nèi),表達(dá)的轉(zhuǎn)座酶依然可以催化轉(zhuǎn)座序列的轉(zhuǎn)座。該系統(tǒng)可在轉(zhuǎn)座酶與轉(zhuǎn)座序列共存的小鼠中誘發(fā)導(dǎo)入轉(zhuǎn)座序列的癌基因所對應(yīng)的癌癥。同樣,使用PB轉(zhuǎn)座子破壞抑癌基因也可用于確定被轉(zhuǎn)座破壞的序列在疾病發(fā)生機(jī)制中的作用。

3.3 用于哺乳動物基因功能的研究 人類的基因組中約有28000個基因編碼蛋白質(zhì)[16]。除此之外,還有很多同樣行使重要功能的非編碼RNA基因和DNA調(diào)控元件。針對所有這些基因組分的功能解讀對于人類生物學(xué)及疾病的研究具有重大的理論指導(dǎo)意義和實(shí)際應(yīng)用價值。小鼠和人有超過99%的基因同源。因此,在小鼠基因中進(jìn)行遺傳分析研究對于人類基因功能的測定和疾病相關(guān)基因的發(fā)現(xiàn)具有十分重大的意義。Sheng等[18]改造了PB系統(tǒng),在體外培養(yǎng)的哺乳動物細(xì)胞和小鼠體內(nèi)建立了PB轉(zhuǎn)座介導(dǎo)的轉(zhuǎn)基因方法,發(fā)現(xiàn)其能在小鼠體內(nèi)高效轉(zhuǎn)座,除能在體外培養(yǎng)的哺乳動物細(xì)胞中轉(zhuǎn)座,研究利用PB轉(zhuǎn)座介導(dǎo)的插入誘變結(jié)果在小鼠體內(nèi)有效地破壞基因功能。研究者發(fā)現(xiàn)PB轉(zhuǎn)座子在人和小鼠的細(xì)胞中都表現(xiàn)出高效的轉(zhuǎn)座活性[18]。經(jīng)過3個月的時間研究,初步確定了70多個陌生的小鼠基因的功能[17]。首個高效實(shí)用的哺乳動物轉(zhuǎn)座子追蹤系統(tǒng)的建立使得PB系統(tǒng)的轉(zhuǎn)基因技術(shù)直接對小鼠的受精卵進(jìn)行修改,而不需要進(jìn)行干細(xì)胞培養(yǎng)。該系統(tǒng)的建立為大規(guī)模哺乳動物基因功能的測定指明方向,也為哺乳動物基因組水平的高效基因誘變提供重要工具。

3.4 在基因治療中的作用 基因療法的應(yīng)用離不開能夠高效而穩(wěn)定地將遺傳信息載入基因組的載體。目前大多數(shù)的基因插入使用病毒載體。然而,病毒載體具有許多缺陷,如病毒載體的容量極其有限,病毒感染會引起宿主免疫反應(yīng)而需要空載病毒的對照,且病毒具有突變的風(fēng)險。不僅如此,許多傳統(tǒng)載體,如腺病毒,不能使目的基因長期表達(dá)。人們開始尋求新的替代基因載體以避免傳統(tǒng)病毒載體的缺陷[19]。

PB染色體的卓越性能為研究提供了一個新的選擇。其在人類細(xì)胞中的轉(zhuǎn)座效率比同為轉(zhuǎn)座子的SB更高,且不存在過量抑制現(xiàn)象[3]。潘雪珂等[20]利用PB轉(zhuǎn)座子介導(dǎo)了外源性Rb基因轉(zhuǎn)染視網(wǎng)膜母細(xì)胞瘤細(xì)胞,并觀察到轉(zhuǎn)染細(xì)胞與對照組的細(xì)胞活性與計數(shù)有統(tǒng)計學(xué)上的差異。Hideyuki等[21]在人類肝細(xì)胞系中使用PB進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄,并得到了長期基因表達(dá)。

相關(guān)的研究證明PB不僅可以用于癌癥研究,也可以用于制備更安全的干細(xì)胞。加拿大與英國的一個聯(lián)合研究組選擇了一種PB轉(zhuǎn)座子,其可攜帶基因在遺傳密碼中游走。PB轉(zhuǎn)座系統(tǒng)可以作為載體搭載4種轉(zhuǎn)錄因子,而這4種轉(zhuǎn)錄因子(c-Myc、Klf4、Oct4、Sox2)可誘導(dǎo)普通皮膚細(xì)胞的去分化及重編程,使其轉(zhuǎn)變?yōu)閕PS細(xì)胞,而且在成功構(gòu)建誘導(dǎo)干細(xì)胞后還可再次使用PB轉(zhuǎn)座系統(tǒng)消除誘導(dǎo)細(xì)胞重編程的4種植外源基因。這是首次在整個過程中將皮膚細(xì)胞轉(zhuǎn)化為在形態(tài)和功能上與胚胎干細(xì)胞相似的iPS細(xì)胞而不使用病毒[21]。雖然在用于臨床之前,該技術(shù)仍需進(jìn)一步的研究,但該技術(shù)的實(shí)現(xiàn)仍然是醫(yī)學(xué)研究的一個重大的進(jìn)步,并可以作為進(jìn)一步的干細(xì)胞分化研究的基礎(chǔ)。

4 結(jié) 語

目前的實(shí)驗(yàn)結(jié)果已成為脊椎動物乃至哺乳動物中構(gòu)建一個可以用于多功能遺傳分析的高效轉(zhuǎn)座系統(tǒng)關(guān)鍵的進(jìn)展。PB系統(tǒng)的進(jìn)一步研究和應(yīng)用將對人類生物學(xué)的發(fā)展和疾病的研究有所裨益。隨著PB轉(zhuǎn)座系統(tǒng)廣泛的得到應(yīng)用,該技術(shù)將進(jìn)一步推動哺乳動物基因功能檢測的進(jìn)程。由于PB轉(zhuǎn)座子作為載體的限制性較少,該技術(shù)作為人類基因編碼研究的新工具有著廣闊的應(yīng)用前景。

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