陳祥平 范小敏 柯皓天 陳仁芳 朱一平 李螢 劉玲 張佳鈺 沈曦彤
摘要[目的]采用RAPD和ITS方法分析湖北省桑屬植物親緣關(guān)系。[方法]利用RAPD分析湖北省桑屬植物的親緣關(guān)系,并與ITS分支圖進行比較,研究湖北省桑屬植物親緣關(guān)系。[結(jié)果]兩者在分析桑屬的親緣關(guān)系時,均把桑屬分為2大支。其中,RAPD多態(tài)性高,適合居群遺傳多樣性分析;但RAPD資料屬等位基因頻率資料,不同種的RAPD擴增產(chǎn)物往往并不同源,不宜假定外類群,無法確定樹根。ITS為核糖體基因內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)的差異,位點的變異往往能反映出桑屬種間的差異,宜假定外類群,進行分支分析。但ITS資料并不能把桑屬所有桑種分開。[結(jié)論]在研究桑屬的親緣關(guān)系時,先用ITS進行粗略的分類后,再用RAPD進行細分的結(jié)果較準確。
關(guān)鍵詞湖北??;桑屬;RAPD;ITS;親緣關(guān)系;再分析
中圖分類號S888.3;Q948文獻標識碼A文章編號0517-6611(2014)07-01917-04
作者簡介陳祥平(1955-),男,四川成都人,副教授,碩士,從事蠶??茖W研究。*通訊作者,副教授,碩士生導師,博士,從事蠶桑新品種選育研究。
收稿日期20140210隨機擴增片段長度多態(tài)性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)標記,發(fā)明于20世紀90年代[1-2],是在PCR基礎(chǔ)上發(fā)展起來的一種對未知序列基因組DNA進行隨機擴增,根據(jù)擴增的DNA條帶長度的多態(tài)性,判斷供試材料間的遺傳多樣性及親緣關(guān)系。桑樹隨機擴增多態(tài)性DNA,已有較多人研究[3-17],但關(guān)于RAPD與核糖體內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū) (Internal Transcribed Spacer,ITS)對比分析的研究鮮有報道。筆者在前報《基于ITS標記分析湖北省收集桑種質(zhì)資源的親緣關(guān)系》的基礎(chǔ)上[18],選取相同材料,利用RAPD標記,對湖北省桑樹種質(zhì)資源的親緣關(guān)系進行再分析,試圖比較2種方法各自的優(yōu)缺點,以期為RAPD技術(shù)的進一步應(yīng)用提供理論依據(jù)。
1 材料與方法
1.1材料 材料同前報,并增加浙江瑞穗桑、四川川桑、新疆黑桑、廣東荊桑、欽州長果桑、云南滇桑和外類群湖北構(gòu)樹,增加的材料分別取自浙江農(nóng)業(yè)大學桑品種園、新疆維吾爾自治區(qū)和田桑品種園、四川絲綢公司桑品種園、廣東省蠶桑研究所桑品種園、廣西欽州百果園和昆明植物園,所有材料經(jīng)鑒定后采集(表1)。
1.2DNA提取及質(zhì)量檢測 總DNA提取采用稍加改進的CTAB法[19],從0.150 g的硅膠干燥桑葉中提取。質(zhì)量和濃度用Nanodrop 2000微量紫外分光光度計檢測確認。