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20株鮑曼不動桿菌碳青霉烯酶耐藥基因分析及同源性研究

2014-09-26 03:34:00楊銀忠丁少川程文霞孫熙奉
重慶醫(yī)學(xué) 2014年5期
關(guān)鍵詞:烯酶烯類鮑曼

楊銀忠,趙 鵑,丁少川,程文霞,孫熙奉

(1.四川省人民醫(yī)院城東病區(qū)檢驗科,成都610101;2.成都中醫(yī)藥大學(xué)醫(yī)療技術(shù)學(xué)院,成都610075)

鮑曼不動桿菌(acinetobacter baumanmii,AB)廣泛存在健康人體的皮膚、口腔、呼吸道、胃腸道和泌尿道,也廣泛分布在自然界和醫(yī)院環(huán)境,該菌毒力低,為條件致病菌。但近年來,隨著抗菌藥物的廣泛使用,多重耐藥(multidrug-resistant,MDR)AB的出現(xiàn),特別是AB的碳青霉烯酶出現(xiàn),使得預(yù)防和臨床治療帶來極大挑戰(zhàn),檢測其耐藥基因型別及同源性顯得尤其重要。本文分析了四川省人民醫(yī)院臨床分離的耐碳青霉烯類抗菌藥物AB的分子耐藥機(jī)制,及來自ICU的AB菌株的同源性情況,現(xiàn)報道如下。

1 材料與方法

1.1 材料 收集四川省人民醫(yī)院2011年2~6月從患者呼吸道分離的AB 20株,其中9株來自呼吸科、血液科、心內(nèi)科、神內(nèi)科及消化科,4株來自肝膽外科、創(chuàng)傷外科及普外科,7株來自ICU。標(biāo)本類型包括痰液及咽拭子等;培養(yǎng)及分離嚴(yán)格按《全國臨床檢驗操作規(guī)程》(第3版)進(jìn)行。

1.2 儀器與試劑 API及配套試劑、ATB藥敏試劑、REPPCR DNA指紋圖譜試劑、PCR指紋試劑(DiversiLab不動桿菌試劑盒)及 Microfluidics芯片和反應(yīng)試劑均購自法國Biomerieux公司;PTC-200PCR擴(kuò)增儀、Gel Doc XR+凝膠成像分析系統(tǒng)購自美國Bio-Rad公司;Agilent2100分析儀購自美國Agilent Technologies公司;PCR反應(yīng)體系和DNA marker DM2000(北京康為試劑生物科技公司)。

1.3 AB鑒定及藥物敏感實驗

1.3.1 AB生物學(xué)鑒定 用API20E和API20NE兩種試劑嚴(yán)格按照試劑說明書操作,以及補(bǔ)充試驗42℃生長試驗進(jìn)行細(xì)菌鑒定,質(zhì)控菌株為大腸埃希菌ATCC(25922)和銅綠假單胞菌 ATCC(27853)。

1.3.2 AB基因?qū)W鑒定 由于OXA-51天然存在于AB中,利用OXA-51成功鑒定出AB,并指出這是鑒定AB最簡單、可靠的方法[1];設(shè)計 OXA-51基因引物,上游 5′-TAA TGC TTT GAT CGG CCT TG-3′,下游:5′-TGG ATT GCA CTT CAT CTT GG-3′,經(jīng)過提取、擴(kuò)增、變性、退火及延伸后,將擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳,并由凝膠成像分析系統(tǒng)進(jìn)行成像。

1.3.3 AB藥物敏感實驗 采用MIC法,嚴(yán)格按照試劑盒說明書進(jìn)行操作,藥敏結(jié)果判斷和解釋參照美國臨床實驗室標(biāo)準(zhǔn)化協(xié)會(CLSI)2009年抗菌藥物敏感試驗標(biāo)準(zhǔn)執(zhí)行,質(zhì)控菌株同生物學(xué)鑒定,最后用WHONET5.6軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。

1.4 PCR檢測碳青霉烯酶耐藥基因 碳青霉烯酶耐藥基因引物序列設(shè)計參照文獻(xiàn)[1]。用煮沸法提取模板DNA;靶基因PCR擴(kuò)增體通過提取、擴(kuò)增、變性、退火及延伸等共30個循環(huán),再將擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行10g/L瓊脂糖凝膠電泳,最后凝膠成像分析系統(tǒng)成像;選取陽性基因擴(kuò)增產(chǎn)物純化并測序(由Invitrogen公司完成)。

1.5 同源性分析

1.5.1 REP-PCR技術(shù) 采用DNA芯片加入配制的凝膠混合物和重復(fù)序列聚合酶鏈反應(yīng)(REP-PCR)產(chǎn)物后,加載于Agilent2100生物分析儀上進(jìn)行自動化的凝膠分析和數(shù)據(jù)處理分析。

1.5.2 Agilent2100的DiversiLab分析 具體操作參見“Agilent DNA Guide”;最后Agilent 2100生物分析儀自帶軟件可自動生成樹狀圖和虛擬凝膠圖等。

1.5.3 檢測原理 REP-PCR引物與許多分布在整個基因組上的、特異性的重復(fù)序列配對,從而產(chǎn)生各種片段大小的擴(kuò)增產(chǎn)物,擴(kuò)增片段通過微流芯片試劑盒對片斷進(jìn)行電泳分離及檢測,DiversiLab系統(tǒng)收集并分析數(shù)據(jù),同時產(chǎn)生相應(yīng)的峰值圖,不同峰值代表不同大小DNA片段,從而對細(xì)菌的DNA進(jìn)行同源性分析。

1.5.4 結(jié)果分析 應(yīng)根據(jù)細(xì)菌DNA指紋圖譜條帶、峰的位置、數(shù)目和豐度等因素判斷菌株的同源性;菌株間的相似性大于95%,劃分為同一克隆組;菌株間的相似性大于97%,劃分為同一亞克隆組;菌株間的相似性小于95%,則劃分為不同克隆。

2 結(jié) 果

2.1 AB鑒定結(jié)果

2.1.1 AB生物學(xué)鑒定 采用API20E及20NE兩種不同的試劑條進(jìn)行鑒定,其鑒定代碼分別為020404203和0041073,42℃生長試驗:生長,結(jié)果為:鮑曼不動桿菌。

2.1.2 AB基因?qū)W鑒定 20株AB均檢出攜帶OXA-51基因(圖1),其產(chǎn)物長度約為353bp;經(jīng)PCR產(chǎn)物測序比對分析顯示與目標(biāo)基因AB(HQ222987.1)完全相符,其結(jié)果為:鮑曼不動桿菌。

圖1 OXA-51耐藥基因PCR電泳圖

2.2 AB藥物敏感實驗結(jié)果 20株AB均表現(xiàn)為對亞胺培南及美洛培南耐藥且為MDR;其中對阿米卡星、奈替米星、妥布霉素、復(fù)方新諾明耐藥率為88.9%~94.4%,其余耐藥率為100.0%,用WHONET5.6軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析,見表1。

表1 AB藥物敏感實驗統(tǒng)計結(jié)果

2.3 PCR檢測結(jié)果

2.3.1 PCR檢測碳青霉烯酶耐藥基因結(jié)果 見表2。

表2 菌株耐藥基因檢測結(jié)果

續(xù)表2 菌株耐藥基因檢測結(jié)果

2.3.2 20株AB的OXA-23耐藥基因PCR電泳圖 見圖2。

圖2 OXA-23耐藥基因PCR電泳圖

2.4 同源性分析 采用DiversiLab系統(tǒng)將7株AB分為2個親緣性不同的克隆組:克隆組1包括6株AB,同時分為親緣性相近的2個亞克隆組,每個亞克隆組內(nèi)菌株為同源株;克隆組2有1株AB;不同克隆組的AB耐藥表型不同,同一克隆組的不同亞克隆AB其耐藥性也存在差異,見圖3~5。

圖3 菌株REP-PCR電泳檢測結(jié)果

圖4 菌株克隆組及亞克隆組結(jié)果

圖5 菌株DiversiLab同源性分析結(jié)果

3 討 論

碳青霉烯類抗菌藥物對AB有較好的抗菌活性,是治療MDR AB感染的重要抗菌藥物之一,因為在所有β-內(nèi)酰胺類藥物中,碳青霉烯類藥物抗菌譜最廣,抗菌活性最強(qiáng),其對革蘭陰性菌產(chǎn)生的超廣譜β-內(nèi)酰胺酶、AmpC酶具有較高穩(wěn)定性。但近年來,然而隨著碳青霉烯類藥物的廣泛使用,AB對碳青霉烯類的敏感性也在逐年下降,其耐藥菌引起的醫(yī)院感染暴發(fā)流行已成為日益嚴(yán)重的醫(yī)療事件和公共衛(wèi)生問題。本研究表明,20株AB均耐碳青霉烯類抗菌藥物且均為多重耐藥株,表明該地區(qū)多重耐藥現(xiàn)象嚴(yán)重,與國內(nèi)文獻(xiàn)報道基本一致[1-3]。因此,應(yīng)首先加強(qiáng)抗菌藥物的管理及使用,其次要做好耐藥菌的主動篩查以及定值、感染患者的及時隔離,以防止醫(yī)院感染的發(fā)生。

AB對碳青霉烯類抗菌藥物耐藥機(jī)制非常復(fù)雜,可能與外膜孔蛋白的丟失,外排泵的激活,青霉素結(jié)合蛋白的改變等有關(guān),而最重要的是碳青霉烯酶的產(chǎn)生[4-7]。該酶是指能水解碳青霉烯類抗菌藥物的β-內(nèi)酰胺酶,依據(jù)Ambler分子可將其分為3類:A、B、D類酶,在多重耐藥的AB中主要發(fā)現(xiàn)的是B、D類酶。B類是金屬酶,包括IMP、VIM和SIM等,水解底物范圍廣,包括除氨曲南以外的所有β-內(nèi)酰胺類抗菌藥物,但本研究未檢測到該酶。D類酶是苯唑西林酶,對碳青霉烯類抗菌藥物的水解活性較低,對其耐藥性的介導(dǎo)常合并外膜通透性的降低和(或)外排泵的過度表達(dá),但最近發(fā)現(xiàn)OXA-23基因上游存在ISAbal,由于插入序列ISAbal與OXA類碳青霉烯酶編碼基因的同源重組以及表達(dá)調(diào)控有關(guān),ISAbal可以明顯增強(qiáng)OXA-23的表達(dá),從而導(dǎo)致對碳青霉烯類抗菌藥物高度耐藥[5-12]。D類酶又可分4組,第1組即 OXA-23類,包括 OXA-23、27、49,同源性為99%;第2組為 OXA-24,包括 OXA-25、26、40,同源性為98%;第3組為 OXA-51類,包括 OXA-51、66、69是天然產(chǎn)生的,第4組為OXA-58,與其他3組的同源性為50%;OXA-51型碳青霉烯酶于2004年Brown等[13]首次在AB中發(fā)現(xiàn),隨后研究表明blaOXA-51-likee基因為AB固有的基因型,在敏感與耐藥株中均存在。最早報道OXA-23基因的是ARI-1,1985年在英國發(fā)現(xiàn),后來在其他國家均有報道[13],其PI 6.7由質(zhì)粒介導(dǎo),1999年經(jīng)測序后命名為OXA-23。本研究顯示,20株檢均測到OXA-51碳青霉烯酶基因,16株檢測到OXA-23碳青霉烯酶基因,表明OXA-23基因是本院AB的主要耐藥基因。

國內(nèi)外報道了產(chǎn)OXA-23型碳青霉烯酶AB導(dǎo)致院內(nèi)感染暴發(fā)的事件[8-11,14],說明目前世界上的 AB引起的醫(yī)院感染均以O(shè)XA-23型碳青霉烯酶為主,與本院的研究結(jié)果一致。

ICU是AB分離率最高的科室之一,一是由于激素、免疫抑制劑以及預(yù)防性大量抗菌藥物使用;二是各種侵襲性操作,在一定程度上造成了AB定植、擴(kuò)散,也誘導(dǎo)了耐藥菌的產(chǎn)生,給臨床的治療帶來了困難[15]。目前臨床缺乏有效治療AB的藥物,醫(yī)務(wù)工作者及感控人員應(yīng)采取積極有效措施,預(yù)防和控制AB感染。

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