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白令海和楚科奇海表層沉積物中多環(huán)芳烴降解微生物多樣性

2014-10-26 01:17張榮秋董純明盛華芳白秀花矯立萍劉金祿汪衛(wèi)國周宏偉邵宗澤
海洋學(xué)報 2014年4期
關(guān)鍵詞:陸架類群高通量

張榮秋,董純明,盛華芳,白秀花,矯立萍,劉金祿,汪衛(wèi)國,周宏偉,邵宗澤*

(1.國家海洋局 第三海洋研究所 海洋生物遺傳資源重點實驗室,福建 廈門361005;2.國家海洋局 第三海洋研究所海洋-大氣化學(xué)與全球變化重點實驗室,福建 廈門361005;3.國家海洋局 第三海洋研究所 海洋與海岸地質(zhì)環(huán)境實驗室,福建 廈門361005;4.南方醫(yī)科大學(xué) 公共衛(wèi)生與熱帶醫(yī)學(xué)學(xué)院環(huán)境衛(wèi)生系,廣東 廣州510515)

1 引言

多 環(huán) 芳 烴 (polycyclic aromatic hydrocarbon,PAH)是陸地向海洋中輸入的重要持久性污染物之一,由于它對哺乳動物具有致畸、致癌和致突變的特性,美國環(huán)保局將其列為優(yōu)先治理的環(huán)境污染物[1—2]。環(huán)境中PAHs污染的治理,除使用物理化學(xué)的方法外,生物修復(fù)的方法越來越受到重視。目前,海洋環(huán)境中已經(jīng)發(fā)現(xiàn)多種能夠降解PAHs的細(xì)菌,如解環(huán)菌Cycloclasticus、新鞘氨醇桿菌Novosphingobium、海桿菌Marinobacter、假交替單胞菌Pseudoalteromonas、假單胞菌Pseudomonas和海神單胞菌屬Neptunomonas等[3—4]。

由于PAHs化學(xué)性質(zhì)穩(wěn)定,易在環(huán)境中長期殘留,所以在“全球蒸餾效應(yīng)”的作用下,能夠從人類活動地區(qū)向北極遷移[5—9]。有研究表明,北極地區(qū)動物體內(nèi)、陸地土壤、海洋沉積物中均能檢測到PAHs[10—11]。北極地區(qū)常年低溫,影響了PAHs的生物利用性,同時由于氣候環(huán)境條件惡劣導(dǎo)致采樣困難,所以相比于其他海洋環(huán)境,有關(guān)北極地區(qū)PAHs降解微生物的研究報道較少,且多集中在極地的陸地土壤環(huán)境中,優(yōu)勢降解菌以Pseudomonas為主[12—14]。而有關(guān)極地海洋表層沉積物中PAHs降解微生物種群的研究,特別是白令海至楚科奇海大尺度范圍內(nèi),海洋表層沉積物中PAHs降解菌種群結(jié)構(gòu)的研究還未見報道。

本研究以萘、菲、芘為唯一碳源和能源,對采自白令海至楚科奇海8個站位的14個表層沉積物進行了富集,并通過平板分離的可培養(yǎng)手段,及DGGE和Illumina高通量測序的非培養(yǎng)手段分析了降解菌群的結(jié)構(gòu),并對其中可培養(yǎng)菌株的PAHs降解能力進行了初步的研究。

2 材料和方法

2.1 材料

2.1.1 樣品采集

2010年7—9月,“雪龍”號破冰船在執(zhí)行中國第四次北極科學(xué)考察期間,白令海和楚科奇海8個站位的14份表層沉積物樣品被采集。除B07站位樣品由多管采泥器采集外,其他樣品均由箱式采泥器采集。樣品信息見圖1和表1。

圖1 采樣站位

表1 白令海和楚科奇海表層沉積物采樣站位

2.1.2 培養(yǎng)基

降解菌群富集用NH培養(yǎng)基配制方法參考文獻(xiàn)[4],但使用原位海水替代實驗室陳海水。降解菌分離用的M8培養(yǎng)基參考文獻(xiàn)[15]配制。

2.1.3 引物

細(xì)菌16S r RNA基因擴增引物,16SF(5’-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3’),16SR (5’-ACGGCTACCTTGTTACGACT -3’);Box-PCR 引物,BOXA1R (5’- CTACGGCAAGGCGACGCTGACG-3’);PCR-DGGE引物,V3F (5’-CGCCCGCCGCGCGCGGCGGGCGGGGCGGGGGCACGG GGGGCCTACGGGAGGCAGCAG-3’);V3R (5’-ATTACCGCGGCTGCTGG-3’);細(xì)菌16Sr RNA V6區(qū)Illumina高通量測序Barcode引物967F(5’-NNNNNNNNGTCNACGCGAAGAACCTTANC-3’),1046R(5’-GCATTCGACAGCCATGCANCACCT-3’)。

2.1.4 主要試劑及儀器

萘(純度大于99.8%)購自國藥集團化學(xué)試劑有限公司;菲和芘(純度大于97%)購自Sigma-Aldrich公司;PCR相關(guān)試劑購自Fer mentas公司;恒溫?fù)u床和超凈工作臺(上海智誠分析儀器制造有限公司);生化培養(yǎng)箱(上海精宏實驗設(shè)備有限公司);AlphaInnotech凝膠成像儀(SanLeandro,California);PCR擴增儀(Bio-Rad);Decode System 電泳儀(Bio-Rad公司);p GEM? -T Easy Vector Systems(Promega)。

2.2 沉積物中PAHs含量分析

沉積物中PAHs的抽提、純化、GC-MS定量分析方法參考文獻(xiàn)[15],其中美國環(huán)保局推薦優(yōu)先治理的16種PAHs被定量分析,定量方法采用內(nèi)標(biāo)法。

2.3 PAH降解菌的富集和分離鑒定

14份沉積物樣品在船上采集后,分別取5 g接種于250 mL NH富集培養(yǎng)基中,并補加1 mL內(nèi)含PAHs的原油(萘、菲、芘在培養(yǎng)基中終濃度分別為:200、100和50 mg/L),于4℃靜置避光培養(yǎng)(約2~3個月)?;貙嶒炇液?,取10 mL富集物轉(zhuǎn)接到100 mL新鮮的NH培養(yǎng)基中,并補加PAHs混合物(終濃度同上),25℃,150 r/min避光培養(yǎng)4周。隨后,富集物梯度稀釋涂布M2培養(yǎng)基平板,25℃避光培養(yǎng)2周后,挑取不同形態(tài)的單菌落,在M2平板上劃線純化兩次后保藏菌種,同時收集部分菌體用于基因組DNA的抽提。

2.4 細(xì)菌DNA提取和系統(tǒng)進化分析

菌株及菌群基因組DNA的提取按照細(xì)菌基因組DNA提取試劑盒說明書進行。同一站位分離的菌株利用BOX-PCR(94℃,4 min;94℃,15 s,53℃,30 s,65℃,8 min,共35個循環(huán);65℃,25 min)剔除重復(fù)菌株。剩余菌株的16Sr RNA基因被擴增、測序并提交NCBI Blast N 和 EzBio Cloud網(wǎng)站(http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/)進行系統(tǒng)發(fā)育分析;最后用 MEGA(version 4.0)軟件構(gòu)建系統(tǒng)進化樹(Neighbor-Joining算法)。

2.5 富集菌群結(jié)構(gòu)的PCR-DGGE和Illumina高通量測序分析

富集菌群16S r RNA基因V3區(qū)擴增、純化和DGGE電泳分析,亮帶切膠回收,測序過程參考文獻(xiàn)[15]。同時,我們利用細(xì)菌16S r RNA基因V6區(qū)barcode引物擴增各個富集菌群的16Sr RNA基因V6區(qū),PCR產(chǎn)物純化后等摩爾比混合后,提交Illumina HiSeq2000測序平臺進行Pair-end(100 bp)測序分析。測序后高通量數(shù)據(jù)分析采用BIPES流程,read的聚類采用TSC算法[16-17],并以97%的序列相似性作為OTU劃分的標(biāo)準(zhǔn),read系統(tǒng)發(fā)育地位的確定采用GAST(Global Alignment for Sequence Taxonomy)方法[18-19]。菌群聚類分析采用 PRI MER (v6.1.5)軟件;CA分析使用Canoco(V4.5)軟件。

2.6 可培養(yǎng)菌株P(guān)AH降解能力驗證

從平板上刮取新鮮的菌株培養(yǎng)物,接種于50 mL內(nèi)含PAHs混合物的NH培養(yǎng)基中,25℃,150 r/min培養(yǎng)3周,通過測定細(xì)胞濃度(OD600),及觀察比較培養(yǎng)物顏色變化情況來判斷菌株是否利用PAHs。

3 結(jié)果

3.1 沉積物中PAHs定量分析

GC-MS定量結(jié)果表明,14個表層沉積物中PAHs總干質(zhì)量介于32.99~276.97 ng/g(見表1),海盆區(qū)(白令海)表層沉積物中PAHs含量高于陸架區(qū)(白令海和楚科奇海),所有樣品中3環(huán)及3環(huán)以下PAHs的量占PAHs總量的90%以上。菲和芴分別是每個樣品中含量最高的兩種PAHs。

3.2 可培養(yǎng)菌株的分離鑒定與系統(tǒng)進化分析

4℃富集菌群轉(zhuǎn)接到25℃培養(yǎng)4周后,14個富集菌群中分離獲得51株細(xì)菌。系統(tǒng)進化分析表明它們分屬于γ-proteobacteria,α-proteobacteria,Actinobacteria,F(xiàn)ir micutes和Bacteroidetes門中的17個屬(見圖2)。其中γ-proteobacteria門是優(yōu)勢類群,占可培養(yǎng)菌株總數(shù)的58.82%,它們多歸屬于Marinobacter、Halomonas、Pseudoalteromonas和Pseudomonas屬;Actinobacteria門占19.61%,主要種屬是Dietzia、Salinibacterium和Isoptericol a;歸屬于α-proteobacteria、Bacteroidetes和Fir micutes門菌株的比例較小,分別是7.84%、7.84%和5.88%??傮w上而言,Marinobacter是25℃富集菌群中優(yōu)勢屬,占可培養(yǎng)菌株總數(shù)的29.41%。

圖2 富集菌群中可培養(yǎng)菌株的16Sr RNA基因系統(tǒng)發(fā)育樹

3.3 菌株P(guān)AH降解能力驗證

將富集菌群中可培養(yǎng)菌株接種于補加PAHs的NH培養(yǎng)基中,3周后觀察其生長情況(見表2)。菌株以3種PAHs為碳源和能源生長的情況表明,共有7株菌可單獨利用PAHs生長,其中2株迪茨氏菌(Dietzia)都具有很好的降解效果。

表2 可培養(yǎng)菌株對PAHs降解能力的驗證

3.4 菌群組成的PCR-DGGE分析

為了分析PAHs降解菌群的種群組成,我們以25℃富集菌群的總DNA為模板,利用細(xì)菌16Sr RNA基因V3區(qū)引物進行擴增,獲得長約200 bp的擴增產(chǎn)物,隨后進行變性梯度凝膠電泳(DGGE)分析(圖3)。通過對菌群中亮帶的切膠回收、克隆測序和比對分析,鑒定亮帶所對應(yīng)的菌株,從而解析菌群中的優(yōu)勢菌株。

圖3 PAHs降解菌群組成的DGGE分析

DGGE結(jié)果表明,14個菌群中除R06d和B07u等2個菌群結(jié)構(gòu)較為簡單外,其余12個菌群中亮帶均較多,這說明PAHs降解菌群中細(xì)菌種群多樣性較高(圖3)。14個菌群中所有切膠測序的79個亮帶對應(yīng)的最近緣菌株共來自26個細(xì)菌屬,包括γ變形菌門的Marinobacter,Pseudoalteromonas,Pseudomonas,Halomonas,Thal assolituus,Oceanisphaer a,Coclei monas,Rhodanobacter,Methylophaga,Alcanivor ax和Marinomonas;α變形菌門的Sinor hizobium,Roseovarius,Sul f itobacter,Sphingosinicella,Methylobacterium;β變形菌門的Achromobacter;CFB類群的Maribacter,Bacillus,Salegentibacter,Muricauda和Sedi minicol a;以 及 Actinobacteria門 的Dietzia,Nocar dioides,Salinibacterium和Saccharothrix。上述種屬中有12個獲得了純培養(yǎng)菌株,這包括γ變形菌門的Marinobacter,Halomonas,Pseudoalteromonas,Pseudomonas,Alcanivorax和Oceanisphaer a;α變形菌門的Sul f itobacter;CFB 類 群 的Bacill us,Maribacter和Muricauda,以及Actinobacteria門的Salinibacterium和Dietzia。

3.5 菌群結(jié)構(gòu)的Illumina高通量測序分析

為了進一步分析14個降解菌群的種群結(jié)構(gòu),我們利用Illu mina HiSeq2000測序平臺,采用Pair-end 100 bp測序策略,對菌群中細(xì)菌16S V6高變區(qū)進行了高通量測序。14個菌群共獲得172 410條reads,去除低質(zhì)量reads及嵌合體(Chi mera)后,共獲得149 838條Clean reads(約61 bp),平均每個菌群獲得10 700條Clean reads,隨后這些Clean reads被用于種群結(jié)構(gòu)分析。聚類分析結(jié)果表明,這些Clean reads歸屬于15 455個Unique,5 585個OTU(見表3)。多樣性指數(shù)結(jié)果表明,來自白令海盆及陸架富集菌群的多樣性指數(shù)較高,如B04站位;而來自楚科奇海的較低,如R06站位。

表3 富集菌群Illumina高通量測序結(jié)果及多樣性評估

3.5.1 稀釋度曲線

稀釋度曲線顯示,所有菌群中檢測到的OTU(97%序列相似度)數(shù)目介于200~600個(圖4);同時,所有菌群的覆蓋率介于72%~87.1%,這些結(jié)果說明14個PAHs富集菌群中細(xì)菌多樣性豐富。相比較而言,B04u和B04d兩個菌群中微生物多樣性最豐富,其稀釋度曲線還未趨于飽和。

圖4 PAHs降解菌群的稀釋度曲線

3.5.2 種群結(jié)構(gòu)聚類分析

14個菌群的聚類和CA分析均表明,所有14個富集菌群可以分為2個類群:陸架類群(Bering and Chukchi Shelves)和海盆類群(Bering Basin)。陸架類群中包括9個來自水深較淺的白令海和楚科奇海陸架;而海盆類群的5個菌群均來自水深較深的白令海海盆(圖5A)。CA分析結(jié)果表明,除B07u菌群外,陸架和海盆兩個類群能夠很好地被PC2軸區(qū)分(variable value=23.8%),特別是9個來自陸架區(qū)的菌群在CA結(jié)果中高度集中(圖5B),這表明這9個菌群的結(jié)構(gòu)存在較高的相似性。相反,4個來自海盆區(qū)的菌群在CA結(jié)果中分布的較分散。

圖5 PAHs降解菌群結(jié)構(gòu)的聚類分析

3.5.3 種群結(jié)構(gòu)分析

在所有14個測序菌群的149 838條Reads中,屬于Proteobacteria門的reads占絕對優(yōu)勢(75.5%),而分列第二位和第三位Actinobacteria和Fir micutes門的比例僅為12.5%和9.5%。除B02u、B04u、B07d和NB02d站位外,γ變形菌群的細(xì)菌是各個富集菌群中的優(yōu)勢類群,特別是在陸架區(qū)的降解菌群中,比例更是高達(dá)66.4%。

14個菌群共檢測到232個屬,豐度最高的10個屬依次是:Pseudomonas,Marinobacter,Halomonas,Bacillus,Pseudoalteromonas,Sul f itobacter,Shewanell a,Leif sonia,Dietzia和Roseovarius(見圖6)。但具體到每個菌群,種屬組成變化較大,例如已報道的PAHs降解菌Pseudomonas主要集中在陸架區(qū)的NB02u、CC1u、CC1d和 R09u站位;Marinobacter主要在集中在陸架區(qū)的BB05u、R06u、R06d和R09d站位;Pseudoalteromonas則主要集中在陸架區(qū)的BB05u、CC1u、CC1d和R09u站位;Dietzia則主要集中在陸架區(qū)的B07d站位;Halomonas多分布在B07u、NB02u和R09d站位。此外,我們也發(fā)現(xiàn)了海洋專屬的PAHs降解菌Cycloclasticus,它多分布在陸架區(qū)的富集菌群中(0.01%~7.74%),特別是在BB05u站位中比例高達(dá)7.7%。

圖6 富集菌群在屬水平上相對豐富分析

4 討論

北極地區(qū)相對于其他環(huán)境,受人類活動影響較小,雖然環(huán)境受污染程度較輕,但是持久性有機污染物能夠通過“全球蒸餾效應(yīng)”在極地冷卻沉降,本研究也從白令海至楚科奇海表層沉積物中檢測到多種PAHs,這為PAHs降解菌的存在提供了物質(zhì)基礎(chǔ)。但是,相比于近海環(huán)境,本研究中14個表層沉積物中16種PAHs總量遠(yuǎn)低于近岸環(huán)境[20—22]。

平板純培養(yǎng)、PCR-DGGE和Illumina高通量測序結(jié)果都表明,14個菌群中優(yōu)勢的降解菌主要是γ變形菌門的Marinobacter,Pseudoalteromonas,Pseudomonas和Actinobacteria門的Dietzia菌;然而,多數(shù)近海和大洋環(huán)境中優(yōu)勢的PAHs降解菌多是Cyclocl asticus,Novosphingobium和Pseudomonas[4,15,23—25]。前期對北極地區(qū)土壤中PAHs降解菌群的研究發(fā)現(xiàn),Pseudomonas往往是菌群中的優(yōu)勢菌[12—14],所以推測本研究中PAHs降解菌群中的Pseudomonas可能是隨陸源河水輸入到白令海和楚科奇海中。Pseudoalteromonas菌代謝功能多樣,是極地等低溫環(huán)境中常見的可培養(yǎng)類群,也經(jīng)常被發(fā)現(xiàn)于極地來源的石油及PAHs降解菌群中[26—29],所以其在本研究的降解菌群中是優(yōu)勢種屬符合前期研究結(jié)果。Marinobacter菌是海洋環(huán)境中專屬的烴類降解菌[30],前期已有報道證實在北極石油污染的海冰中Marinobacter是其中重要的類群[31],同時近期也有研究表明它可以降解PAHs[32],所以我們的結(jié)果暗示了它和Pseudomonas菌可能是北極低溫環(huán)境中重要的PAHs降解菌。此外,放線菌門的Dietzia菌雖然不是降解菌群中優(yōu)勢的種屬,但單菌降解實驗結(jié)果表明,它們對PAHs具有一定的降解效果(表2)。

在進行降解菌群結(jié)構(gòu)分析時,雖然PCR-DGGE是經(jīng)典的方法,但是它只能檢測到菌群中豐度大于1%的類群[33]。而Illumina測序技術(shù)能夠提供更高的測序通量和深度,能夠發(fā)現(xiàn)菌群中豐度更低(<0.01%)的種屬。如本研究中用純培養(yǎng)和PCRDGGE技術(shù)分別獲得了17和26個細(xì)菌屬,而通過Illumina高通量測序技術(shù),共檢測到232個細(xì)菌屬,這其中包括多種純培養(yǎng)及PCR-DGGE技術(shù)未檢測到的PAHs降解菌,如:Cycloclasticus,Sphingopyxis,Alteromonas,Neptunomonas和Sphingomonas等。以上結(jié)果暗示了,多種類型的PAHs降解菌存在于北極表層沉積物中,但僅有少量能夠長期適應(yīng)北極特殊環(huán)境的PAHs降解菌成為降解菌群中的優(yōu)勢類群。

5 結(jié)論

白令海及楚科奇海表層沉積物中PAHs總干質(zhì)量介于32.99~276.97 ng/g,且呈現(xiàn)由深海海盆向陸架降低的趨勢。純培養(yǎng)、PCR-DGGE及Illu mina高通量測序結(jié)果均表明,該區(qū)域中優(yōu)勢的PAHs降解菌是Marinobacter,Pseudoalteromonas,Pseudomonas和Dietzia。此外,Illumina高通量測序結(jié)果還表明14個降解菌群在結(jié)構(gòu)組成上,可分為海盆區(qū)和陸架區(qū)兩種類群;同時降解菌群中也存在一些低豐度的海洋專屬PAHs降解菌,如Cycloclasticus,Alteromonas和Neptunomonas等。

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