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粒子群優(yōu)化在甲狀腺結(jié)節(jié)特征選擇中的應(yīng)用

2015-01-08 07:28陸永萍黃紅兵
西南國防醫(yī)藥 2015年5期
關(guān)鍵詞:特征選擇子集紋理

李 毅,李 晶,陸永萍,黃紅兵

甲狀腺結(jié)節(jié)是一種高發(fā)病,早期發(fā)現(xiàn)并鑒別其良惡性對臨床治療及手術(shù)選擇有重要意義。甲狀腺結(jié)節(jié)診斷首選的方法是超聲影像檢查[1],影像醫(yī)生依據(jù)自身經(jīng)驗,通過考察結(jié)節(jié)大小、質(zhì)地、形狀、邊界和彈性等特征來鑒別其良惡性[2]。 這種特征選擇有強烈的主觀因素,缺乏量化標(biāo)準(zhǔn),也不能更深入地分析細(xì)微的紋理特征。 因此,本研究使用數(shù)字圖像技術(shù)提取了77 個甲狀腺結(jié)節(jié)超聲圖像特征。 然而,由于甲狀腺結(jié)節(jié)超聲圖像的特征繁多,各特征間存在冗余性,因此,需要使用特征選擇方法,提取最優(yōu)特征子集,以降低特征維度,節(jié)省分類器的訓(xùn)練時間,提高分類識別性能,更好地理解關(guān)鍵特征[3]。本研究引入粒子群優(yōu)化[4]進行特征選擇,獲得了理想的實驗結(jié)果,并據(jù)此構(gòu)建了甲狀腺結(jié)節(jié)良惡性風(fēng)險評估計算機輔助診斷系統(tǒng)。

1 甲狀腺結(jié)節(jié)超聲圖像特征提取

1.1 影像資料 2009 年6 月~2014 年12 月因甲狀腺結(jié)節(jié)性疾病來云南省第二人民醫(yī)院就診的患者共計31 654 例,均行超聲成像檢查。 檢查設(shè)備為法 國 聲 科 影 像 公 司 (SuperSonic Imagine) 的AixplorerR新聲威特種鑒別診斷超聲系統(tǒng), 探頭為SL15-4,增益及二維條件固定。 在這些病例中,提交病理檢查且有電子存檔的患者共93 例, 其中惡性18 例,男14 例,年齡25~85 歲,平均54 歲,共1334張超聲結(jié)節(jié)影像。 根據(jù)結(jié)節(jié)視野的清晰程度,從中篩選得到245 張圖像,如圖1 示例。

1.2 形態(tài)特征 計算結(jié)節(jié)的周長C ,面積A ,質(zhì)心O 到邊緣的距離Ri,i ∈[1,C],Ri的均值R 、熵H(Ri) (F1)和標(biāo)準(zhǔn)差δ (F2)。 對結(jié)節(jié)進行凸包運算,得到凸包的周長CH和面積AH。進而計算結(jié)節(jié)的緊致度com(F3)、圓形度cir (F4)、平滑度smo (F5)、凹凸性cc(F6)、不規(guī)則度irr(F7)和輪廓溫度HT (F8):

圖1 超聲結(jié)節(jié)影像示例

計算結(jié)節(jié)邊緣每個像素的曲率Ki,i ∈[1,C] ,得到曲率熵H(Ki) (F9),由公式(7)計算將直線彎曲成特定曲線形狀所需要的能量,即彎曲能KE (F10)。

1.3 紋理特征 (1)基礎(chǔ)統(tǒng)計:灰度均值(F11)、標(biāo)準(zhǔn)差(F12)、平均能量(F13)和熵(F14)。 (2)灰度直方圖:二階矩(F15)、三階矩(F15)和四階矩(F16)。 (3)灰度梯度直方圖:對比度(F17)、熵(F18)和均值(F19)。(4)灰度共生矩陣[5]:均值(F20)、方差(F21)、逆差矩(F22)、對比度(F23)、熵(F24)、角二階矩(能量)(F25)和相關(guān)性(F26)。 (5)Laws 紋理能量測度[6]:通過特定的2D 算子核與原始圖像卷積來表達(dá)紋理標(biāo)記,即灰度級L 、邊緣E 、點S、波W 和紋R 五個算子分別完成一維信號的灰度平滑、邊緣檢測、點檢測、波狀檢測和紋狀檢測,從中選取LE 均值(F27)、 EL 均值(F28)、 SL 均值(F29)、 EE 均值(F30)、 LS 均值(F31)、 LE 方差(F32)、 EL 方差(F33)、 SL 方差(F34)、EE 方差(F35)、 LS 方差(F36)。 (6)灰度游程矩陣[7]用于描述紋理基元,定義為具有相同灰度值的最大共線連接的像素集合: 短游程逆矩(F37)、 長游程矩(F38)、灰度不均勻性(F39)和長度不均勻性(F40)。(7)分形維度方法基于分形幾何中的自相似性對紋理的尺度特征經(jīng)行度量,分形維越大,紋理越粗糙。使用盒子維法[8]計算分形維度量(F41)。(8)局部二值模式是描述圖像局部空間結(jié)構(gòu)的非參數(shù)算子,本研究使用多尺度一致編碼LBP 算子(F42)[9]。 (9)Gabor變換[10]作為一種短時傅里葉變換,是圖像時域-頻域分析的基礎(chǔ),其中心頻率(F43)的差別可反映出紋理所具有的準(zhǔn)周期性特性。 (10) 局部傅里葉變換[11], 選取極坐標(biāo)下8 個方向數(shù)量積的均值(F44-F52)和方差(F53-F60),8 個方向相角的均值(F61-F68)和方差(F69-F77)。

2 基于粒子群優(yōu)化的特征選擇方法

2.1 特征選擇 特征選擇[3]本質(zhì)上是一個組合優(yōu)化問題[12],即尋求最優(yōu)化子集以提高分類器的識別能力和效率。 在搜索特征子集時,可以使用粒子群優(yōu)化提升搜索效率。

2.2 粒子群優(yōu)化 在鳥群聚和覓食行為的啟發(fā)下,Eberhart 和Kennedy 提出了最早的粒子群算法(particle swarm optimization, PSO )[4]。 假設(shè)在一個D維的目標(biāo)搜索空間中,有m 個粒子組成的群落,其中第i 個粒子表示為一個D 維的向量xi=(xi1,xi2,...,xiD)T,i =1,2,...,m, 即第i 個粒子在D 的搜索空間中的位置是xi。 將xi代入目標(biāo)函數(shù)計算其適應(yīng)度值,其歷史最優(yōu)值記為pi=(pi1,pi2,...,piD)T,群落的歷史最優(yōu)位置為pg=(pg1,pg2,...,pgD)T。 同時,賦予第i 個粒子一個速度,記為vi=(vi1,vi2,...,viD)T。

為了解決組合優(yōu)化問題, 離散二進制粒子群(binary barticle swarm optimization, BPSO)[13]采用下列公式,在每一代k 中對粒子的位置和速度進行更新:

其中w 為慣性因子,表示粒子當(dāng)前速度對下一代速度的影響權(quán)重。 c1和c2為加速因子,表示粒子自身和群體運動的加速度,分別構(gòu)成"認(rèn)知"和"社會"部分, 是位于[0,1]之間的隨機數(shù)。

2.3 算法參數(shù) 特征總數(shù)即維度D,粒子可以表示為一個長度為D 的二進制串, 每一位即代表一個特征,為1 則該特征被選中,為0 則沒有被選中。

特征選擇需要考慮特征數(shù)目和分類精度兩個重要指標(biāo),采用下列方法作為適應(yīng)度函數(shù)[4]:

其中, A(xi)表示以xi所表征的特征子集進行分類的精度,本研究采用留一交叉檢驗法[14]評價分類精度。 N(xi) 即xi所表征的特征子集的特征數(shù)目。

2.4 算法步驟 (1) 初始化: 設(shè)定最大迭代數(shù)Gmax、適應(yīng)度閾值F(xi)max等參數(shù)值,隨機生成粒子群, 并隨機設(shè)置每個粒子的位置xi0和速度vi0,并初始化各粒子的p0id和p0gd種群的;(2) 根據(jù)適應(yīng)度函數(shù)(公式10)計算粒子的適應(yīng)度值F(xik) ;(3)根據(jù)(公式8 和9)更新粒子的位置xik和速度vik;(4)更新各粒子的pKid和種群的pkgd;(5)判斷退出條件:達(dá)到最大迭代數(shù)Gmax,或找到超過適應(yīng)度閾值F(xi)max的特征子集。滿足則輸出最優(yōu)結(jié)果,不滿足則重復(fù)(3)(4)。

3 實驗結(jié)果與分析

3.1 特征選擇方法的比較 本研究對上述提取的77 個特征(F1~77)分別施用BPSO 和Relief[15]特征選擇方法,使用支持向量機[16]分類(表1)。 從表1可以看出,BPSO 獲得了數(shù)目最少的最優(yōu)特征子集和最高的分類準(zhǔn)確率。 在選出的特征集中,緊致度(F3)、平滑度(F5)、不規(guī)則度(F7)和灰度游程矩陣的長度不均勻性(F40)均被三種算法選中。 也就說,在甲狀腺結(jié)節(jié)超聲圖像中,結(jié)節(jié)形態(tài)的緊致度、邊緣的平滑度、形狀的不規(guī)則度于診斷具有重要價值。

表1 特征選擇方法的比較

3.2 分類器的比較 將BPSO 選出的最優(yōu)特征子集(F3、F5、F7、F14、F23、F24、F40)依次用于訓(xùn)練支持向量機(SVM)、貝葉斯分類器(Bayes)[17]和決策樹(DT)[18]分類器,均獲得了較好的分類效果。 其中,支持向量機仍獲得最高的分類準(zhǔn)確率,決策樹因其推理的簡潔性在速度上具有優(yōu)勢。 見表2。

表2 分類器的比較

3.3 甲狀腺結(jié)節(jié)良惡性風(fēng)險評估計算機輔助診斷系統(tǒng) 將特征提取、選擇,分類器鑒別集成為計算機輔助診斷系統(tǒng)(圖2)。 影像醫(yī)生采集甲狀腺結(jié)節(jié)影像傳入系統(tǒng),在線標(biāo)記結(jié)節(jié)區(qū)域,系統(tǒng)提取上述77 個特征,使用分類器進行良惡性鑒別,最終輸出結(jié)果。在數(shù)據(jù)積累到迭代條件(每增加100 例患者)時,將重新施用BPSO 進行特征選擇,并生成新一代的最優(yōu)特征集,迭代分類器,以不斷循環(huán),提升分類性能。

圖2 甲狀腺結(jié)節(jié)良惡性風(fēng)險評估計算機輔助診斷系統(tǒng)流程圖

4 總結(jié)

臨床中,甲狀腺結(jié)節(jié)一般使用超聲檢查,結(jié)節(jié)圖像存在著豐富的形態(tài)和紋理等圖像特征。為了降低訓(xùn)練成本,提高分類性能,幫助理解關(guān)鍵特征,可以使用特征選擇方法對原始特征集進行處理。本研究引入粒子群優(yōu)化進行特征選擇,并施用于提取得到的77 個結(jié)節(jié)圖像特征, 用支持向量機訓(xùn)練得到的分類器精度可達(dá)到98.20%, 性能超過了常規(guī)特征選擇方法得到的同類分類器。 研究結(jié)果表明,結(jié)節(jié)形態(tài)的緊致度、平滑度和不規(guī)則度在甲狀腺結(jié)節(jié)良惡性鑒別中起到關(guān)鍵作用。

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