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浙江省首次檢出1株攜帶NDM-1基因的肺炎克雷伯菌

2015-01-25 11:14朱水榮商小春帥慧群潘軍航梅玲玲
關(guān)鍵詞:克雷伯測(cè)序引物

朱水榮,商小春,帥慧群,潘軍航,梅玲玲,張 政

浙江省首次檢出1株攜帶NDM-1基因的肺炎克雷伯菌

朱水榮1,商小春2,帥慧群2,潘軍航1,梅玲玲1,張 政1

目的 對(duì)浙江省不同地區(qū)上送的臨床分離株進(jìn)行NDM-1基因篩檢,初探浙江省NDM-1基因攜帶菌陽性菌存在現(xiàn)狀。方法 應(yīng)用TaqMan-MGB熒光定量PCR方法對(duì)2013年度收集的所有臨床株進(jìn)行NDM-1基因篩檢;利用普通PCR方法對(duì)陽性株進(jìn)行NDM-1基因測(cè)序、MLST分型及其它30種耐藥基因檢測(cè);使用VITEK 2 Compact高級(jí)專家系統(tǒng)對(duì)陽性株進(jìn)行微生物鑒定與耐藥表型MIC測(cè)試;采用改良Hodge實(shí)驗(yàn)及亞胺培南-EDTA雙紙片法協(xié)同試驗(yàn),分別對(duì)陽性株進(jìn)行碳青霉烯酶及金屬β-內(nèi)酰胺酶檢測(cè)。結(jié)果 經(jīng)對(duì)1 450株菌株進(jìn)行篩檢,僅從1株來自疑似病毒腹瀉11月大幼兒患者糞便中分離的肺炎克雷伯菌中檢出該基因,基因序列同源性為100%,該菌MLST序列型為ST1416,產(chǎn)碳青霉烯酶及金屬β-內(nèi)酰胺酶,對(duì)Levofloxacin、Trimethoprim/Sulfa敏感,對(duì)Ciprofloxacin中敏,但對(duì)其他18種所檢藥物均顯示耐藥,另攜帶SHV、CTX、DHA、TEM、CMY2、IMP、GES、GIM、OXA-48、SPM、AmpC、aadA1、aacA4、aphA1共14種耐藥基因,結(jié)果表明該菌株的耐藥表型與基因型較為符合。結(jié)論 本次從腸桿菌科肺炎克雷伯菌中檢出NDM-1基因,應(yīng)為浙江省首次報(bào)道,鑒于腸桿菌科細(xì)菌耐藥速率傳播更快,警示相關(guān)部門應(yīng)重視并加強(qiáng)對(duì)NDM-1基因攜帶菌的監(jiān)測(cè)與篩查。

肺炎克雷伯菌;腸桿菌科;NDM-1基因;耐藥基因

2010年8月?lián)墨I(xiàn)報(bào)道[1]攜帶NDM-1基因耐藥菌主要在腸桿菌科細(xì)菌間傳播,引起全球關(guān)注,迄今為止,已有50多個(gè)國(guó)家相繼出現(xiàn)產(chǎn)NDM-1菌株的報(bào)道,中國(guó)自2010年報(bào)道分離出3株NDM-1菌株后,我國(guó)香港、臺(tái)灣、廣州、上海、廈門、湖南、河北、海南等地陸續(xù)報(bào)道檢出攜帶NDM-1基因的菌株。目前發(fā)現(xiàn)攜帶該基因的腸桿菌科細(xì)菌主要有大腸埃希菌、肺炎克雷伯菌、產(chǎn)酸克雷伯菌、變形桿菌、枸櫞酸桿菌等[1-4]。攜帶NDM-1基因的細(xì)菌不僅對(duì)碳青霉烯類抗生素耐藥,而且由于多重耐藥機(jī)制的聯(lián)合作用使得其對(duì)其他種類的抗生素也具有高度耐藥性。多個(gè)報(bào)道[1-4 ]表明這種多重耐藥菌的廣泛傳播已成為嚴(yán)重的公共衛(wèi)生問題,特別是攜帶NDM-1基因的肺炎克雷伯菌在歐洲還一度引起暴發(fā)流行[5]。為了解我省攜帶NDM-1基因耐藥菌流行狀況,為制訂防控策略提供本底數(shù)據(jù),本課題組按照《衛(wèi)生部辦公廳關(guān)于開展產(chǎn)NDM-1泛耐藥細(xì)菌流行狀況調(diào)查的通知》要求,近幾年持續(xù)開展對(duì)攜帶NDM-1基因耐藥菌進(jìn)行篩檢,現(xiàn)將2013年度檢測(cè)結(jié)果報(bào)告如下。

1 材料與方法

1.1 菌株來源 篩檢菌株均來自浙江省內(nèi)的杭州、臺(tái)州、舟山、湖州、金華、溫州等地,均由各地區(qū)或縣級(jí)醫(yī)院/疾病預(yù)防控制中心(CDC)檢驗(yàn)科收集鑒定并上送,全部為臨床病人分離株,主要為埃希氏菌屬、克雷伯氏菌屬、綠膿桿菌、鮑曼不動(dòng)桿菌等類菌株共1 450株。質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)菌株:大腸埃希菌ATCC 25922 、肺炎克雷伯菌ATCC BAA-1705及肺炎克雷伯菌ATCC BAA-1706。

1.2 DNA模板制備 所有待篩檢菌株均劃種于普通營(yíng)養(yǎng)瓊脂平板上培養(yǎng),挑取2~3個(gè)單個(gè)純菌落于裝有100 μL DEPC處理水的eppendorf管中,放于金屬裂解儀中100 ℃15 min后,立即置于-40 ℃冰箱中。PCR前,12 000 r/min離心4 min,取上清,4 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>

1.3 引物與探針 根據(jù)GenBank公布的3個(gè)NDM-1基因序列CAZ39946、HM85367864和AB571289分別設(shè)計(jì)普通PCR引物(由TaKaRa大連寶生物有限公司合成)及TaqMan-MGB熒光定量PCR引物與探針(由上海超世公司合成)。兩種方法引物/探針序列見表1。

1.3.1 普通PCR 反應(yīng)體系包括PremixTaq12.5 μL,引物各0.5 μL,模板4 μL,補(bǔ)DEPC水至25 μL;反應(yīng)條件為94 ℃ 5 min,94 ℃ 30 s、56 ℃ 30 s、72 ℃ 1 min、35個(gè)循環(huán)后,延伸72 ℃ 5 min。測(cè)序:PCR擴(kuò)增陽性片段產(chǎn)物送杭州華大基因研發(fā)中心測(cè)序,讀序工具軟件為Chromas,所得序列經(jīng)DNAStar軟件和DNAMAN軟件分析、整理,并作BLASTn(www.ncbi.nlm.nih.gov/BLASTn)比對(duì)分析相似性。

1.3.2 TaqMan-MGB熒光定量PCR 反應(yīng)體系包括Premix EX Taq (2×)12.5 μL,引物各0.25 μL,MGB 0.5 μL,RoxII(50×)0.5 μL,模板2 μL,補(bǔ)DEPC水至25 μL;反應(yīng)條件為95 ℃ 10 s 1個(gè)循環(huán),再95 ℃ 5 s,60 ℃ 10 s 40個(gè)循環(huán)。

1.3.3 NDM-1基因測(cè)序與遞交 PCR擴(kuò)增陽性片段產(chǎn)物送杭州華大基因研發(fā)中心測(cè)序,讀序工具軟件為Chromas,所得序列經(jīng)DNAStar軟件和DNAMAN軟件分析、整理,并作BLASTn(www.ncbi.nlm.nih.gov/BLASTn)比對(duì)分析相似性,所得基因序列遞交GenBank。

1.4 篩檢陽性株鑒定與藥敏 NDM-1篩檢陽性菌株采用法國(guó)生物梅里埃公司VITEK 2 Compact高級(jí)專家系統(tǒng)(Systems版本05.01)進(jìn)行菌種鑒定與藥敏檢測(cè)。

1.5 MLST分型 參照MLST web site 網(wǎng)站(http://www.pasteur.fr/recherche/genopole/PF8/mlst/Kpneumoniae.html)提供的PCR擴(kuò)增序列,引物由TaKaRa公司合成。對(duì)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行純化,交由杭州華大基因科技有限公司測(cè)序,對(duì)測(cè)序結(jié)果整理修飾后,與MLST web site網(wǎng)站數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對(duì),得到等位基因編號(hào)及菌株的ST序列型別。

1.6 其它耐藥基因檢測(cè) 針對(duì)NDM-1基因陽性菌株另進(jìn)行SHV、TEM、CTX、OXA-1、CMY2、KPC、VIM、IMP、OXA-23、OXA-24、OXA-51、OXA-58、OXA-181、PER、VEB、GES、CARB、SPM、GIM、DHA、Caro、OXA-2、OXA-10、OXA-48、AmpC、aacA4、aacC1、aadA1、aphA1、gyrA共30種耐藥基因多個(gè)耐藥基因篩檢。引物序列參考國(guó)內(nèi)外文獻(xiàn)[6-10],個(gè)別引物序列根據(jù)耐藥基因自行設(shè)計(jì)。

1.7 碳青霉烯酶表型檢測(cè) 碳青霉烯酶檢測(cè)采用改良Hodge試驗(yàn):用滅菌生理鹽水1∶10稀釋E.coliATCC 25922,用滅菌棉簽將此菌液均勻涂布MH平板,干后貼亞胺培南紙片,用滅菌環(huán)挑取待測(cè)菌落從藥敏紙片邊緣劃線至平板邊緣,37 ℃ 20 h,如果在待測(cè)菌與E.coliATCC 25922抑菌圈交匯處大腸埃希菌生長(zhǎng)加強(qiáng),即產(chǎn)碳青霉烯酶。金屬β-內(nèi)酰胺酶檢測(cè)采用亞胺培南-EDTA雙紙片法協(xié)同試驗(yàn)表型確認(rèn)試驗(yàn):0.5麥?zhǔn)蠁挝坏拇龣z菌涂布MH平板,貼兩張亞胺培南紙片,相距1.0~1.5 cm,其中一張紙片上面滴加0.5 mol/L EDTA 10 μL,37℃ 過夜培養(yǎng),亞胺培南加EDTA 與亞胺培南紙片抑菌圈之差大于或等于5 mm者為金屬酶陽性。

2 結(jié) 果

2.1 NDM-1基因篩檢結(jié)果 應(yīng)用TaqMan-MGB熒光定量PCR方法,對(duì)2013年度浙江省多個(gè)地區(qū)上送的1450株臨床分離株進(jìn)行NDM-1基因篩檢,僅1株檢出NDM-1基因,該基因陽性株分離自一位疑似病毒腹瀉11月大幼童患者糞便,經(jīng)調(diào)查該幼兒及其父母均無出國(guó)史。

2.2 篩檢陽性株鑒定與藥敏 對(duì)NDM-1基因篩檢陽性株進(jìn)行微生物鑒定確認(rèn),菌株經(jīng)VITEK 2微生物鑒定系統(tǒng)鑒定為肺炎克雷伯菌(99.9%符合率),本實(shí)驗(yàn)室命名該菌株為KP2013ZJ01。另經(jīng)VITEK 2 儀器藥敏卡(含21種抗生素)檢測(cè),該陽性株僅對(duì)Levofloxacin、Trimethoprim/Sulfa敏感,對(duì)Ciprofloxacin中敏,而對(duì)其他18種所檢藥物均顯示耐藥。具體藥敏檢測(cè)結(jié)果見表2。

2.3 PCR擴(kuò)增、測(cè)序與序列遞交 應(yīng)用上述普通PCR引物對(duì)NDM-1基因篩檢陽性株進(jìn)行PCR擴(kuò)增,產(chǎn)物經(jīng)純化、測(cè)序,所得序列經(jīng)軟件比對(duì)拼接再遞交NCBI進(jìn)行BLAST比對(duì),KP2013ZJ01號(hào)菌株測(cè)得序列與GenBank核酸數(shù)據(jù)庫上公布的(FN396876和HQ2590570)序列同源性為100%,目前KP2013ZJ01號(hào)菌株的NDM-l基因序列已提交GenBank,序列號(hào)為KJ150296。

2.4 MLST結(jié)果 7個(gè)管家基因的PCR產(chǎn)物提交MLST web site肺炎克雷伯菌網(wǎng)站,顯示該NDM-1肺炎克雷伯菌ST序列型為ST1416。

2.5 碳青霉烯酶表型檢測(cè) 改良Hodge實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)亞胺培南抑菌圈內(nèi)KP2013ZJ01菌株與E.coliATCC 25922抑菌圈交匯處大腸埃希菌生長(zhǎng)加強(qiáng),呈矢狀生長(zhǎng),應(yīng)為陽性結(jié)果即產(chǎn)碳青霉烯酶;EDTA-增強(qiáng)協(xié)同試驗(yàn)測(cè)得亞胺培南加EDTA 與亞胺培南紙片抑菌圈之差明顯大于5 mm,亦即金屬β-內(nèi)酰胺酶陽性,見圖1、圖2。

2.6 其它耐藥基因檢測(cè)結(jié)果 經(jīng)對(duì)NDM-1基因陽性肺炎克雷伯菌進(jìn)行其它30種不同耐藥基因PCR檢測(cè)、測(cè)序、NCBI網(wǎng)上blast比對(duì)發(fā)現(xiàn),該菌株還攜帶SHV、CTX、DHA、TEM、CMY2、IMP、GES、GIM、OXA-48、SPM、AmpC、aadA1、aacA4、aphA1耐藥基因,KPC及其它15種基因均未檢出,部分基因PCR檢測(cè)結(jié)果見圖3。

1:aadA1; 2: SHV; 3: CTX; 4: DHA; 5: TEM; 6:AmpC;7: CMY2; 8: IMP; 9:aacA4;10: KPC; 11: VIM; 12: aphA1;13: GES; 14: GIM; 15: OXA-48; 16: SPM.

圖3 KP2013ZJ01部分耐藥基因PCR檢測(cè)結(jié)果

Fig.3 Results of part resistance gene for KP2013ZJ01 detection by PCR

3 討 論

監(jiān)測(cè)NDM-1超級(jí)耐藥菌的實(shí)驗(yàn)室診斷包括篩查、表型確認(rèn)和基因確證3個(gè)步驟。本課題組運(yùn)用TaqMan-MGB熒光定量PCR方法,對(duì)2013年度收集的不同類別菌株共1 450株進(jìn)行了及時(shí)篩檢,僅發(fā)現(xiàn)1株攜帶NDM-1基因菌株,命名為KP2013ZJ01。通過PCR及基因測(cè)序,已將該菌株NDM-1基因序列遞交GenBank網(wǎng)站,遞交序列號(hào)為KJ150296。菌株經(jīng)VITEK 2微生物鑒定系統(tǒng)鑒定為肺炎克雷伯菌,經(jīng)對(duì)該菌株進(jìn)行MLST基因分型,檢定其序列型為ST1416,該菌的檢出應(yīng)為浙江省首次報(bào)道。

NDM-1全稱為“新德里金屬-β-內(nèi)酰胺酶”,是一種高效酶,由同名基因NDM-1編碼。改良Hodge 實(shí)驗(yàn)檢測(cè)碳?xì)涿瓜┟负虴DTA 增強(qiáng)、協(xié)同實(shí)驗(yàn)檢測(cè)金屬酶都有可能出現(xiàn)假陽性結(jié)果,但是利用這兩種方法篩選碳?xì)涿瓜┟?、金屬酶還是具有一定的臨床意義。本次篩檢出的NDM-1基因陽性株,經(jīng)上述兩種方法檢測(cè)結(jié)果表明,該菌株產(chǎn)碳青霉烯酶且金屬β-內(nèi)酰胺酶陽性。報(bào)道表明[1-4]金屬β-內(nèi)酰胺酶首先在銅綠假單胞菌及不動(dòng)桿菌中發(fā)現(xiàn),近年來才在腸桿科細(xì)菌如大腸埃希菌、肺炎克雷伯菌等細(xì)菌中發(fā)現(xiàn)。目前國(guó)外報(bào)道[1-4]攜帶NDM-1基因細(xì)菌主要為大腸桿菌與肺炎克雷伯菌類,國(guó)內(nèi)報(bào)道則主要為院感中的主要菌株鮑曼不動(dòng)桿菌等[11-14],本課題組也于2010年檢出1株攜帶NDM-1基因的鮑曼不動(dòng)桿菌,這次檢出的肺炎克雷伯菌則為腸桿菌科細(xì)菌。

由于含有NDM-1基因的質(zhì)粒既能在菌株之間穿梭傳遞,又可在轉(zhuǎn)移中發(fā)生重組,且通過攜帶NDM-1基因的質(zhì)粒的傳遞,還可使對(duì)抗生素敏感的細(xì)菌獲得多重耐藥性,大大增加臨床抗生素使用難度。鑒于攜帶NDM-1基因的細(xì)菌可能還存在抵抗其它抗生素的耐藥基因,本次特針對(duì)該基因陽性株還開展了其它30種不同耐藥基因PCR檢測(cè),結(jié)果表明該菌株有SHV、CTX、DHA、TEM、CMY2、IMP、GES、GIM、OXA-48、SPM、AmpC、aadA1、aacA4、aphA1共14種耐藥基因,可見該菌株攜帶多種耐藥基因。另將該陽性株經(jīng)VITEK 2儀器藥敏卡檢測(cè)系統(tǒng)進(jìn)行21種抗生素的MIC檢測(cè),發(fā)現(xiàn)該菌株對(duì)絕大多數(shù)所檢藥物顯示為耐藥,僅對(duì)Levofloxacin、Trimethoprim/Sulfa兩種抗生素顯示為敏感,可見耐藥基因檢測(cè)結(jié)果與抗生素表型檢測(cè)結(jié)果較為符合。

研究發(fā)現(xiàn)攜帶NDM-1基因的超級(jí)耐藥菌主要在住院病人中引起感染,特別是免疫力低下、正常菌群失調(diào)的病人容易引起感染,感染部位通常為血液、尿道、肺部和傷口等[15-17]。本次攜帶NDM-1基因陽性菌株則為一疑似病毒腹瀉11月大幼兒患者糞便中分離,經(jīng)調(diào)查該幼兒及其父母均無出國(guó)史。

就目前而言,攜帶NDM-1基因的超級(jí)耐藥菌對(duì)人類致病危害還不可估計(jì),據(jù)報(bào)道攜帶該基因的超級(jí)耐藥菌可以耐受除多粘菌素和氟喹諾酮以外的所有抗生素[18]??紤]目前治療該類細(xì)菌感染的臨床經(jīng)驗(yàn)十分有限,新藥研發(fā)和使用需要一定時(shí)間,且浙江省人口流動(dòng)量大,有利于NDM-1超級(jí)菌的輸入或暴發(fā)性傳播,因而快速且準(zhǔn)確地篩檢出該菌株,對(duì)于指導(dǎo)臨床合理用藥以及控制其傳播與暴發(fā)流行具有重要意義。綜上,鑒于腸桿菌科細(xì)菌耐藥速率傳播更快的特點(diǎn)[19-20],警示我省相關(guān)部門應(yīng)重視并加強(qiáng)對(duì)NDM-1基因攜帶菌的監(jiān)測(cè)和篩查。

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ZHU Shui-rong1,SHANG Xiao-chun2,SHUAI Hui-qun2,PAN Jun-hang1,MEI Ling-ling1,ZHANG Zheng1

(1.ZhejiangProvincialCenterforDiseaseControlandPrevention,Hangzhou310051,China;2.XiachengDistrictCenterforDiseaseControlandPrevention,Hangzhou310003,China)

We investigated the prevalence of New Delhi metallo-β-lactamase-1 (NDM-1) producing strains by screening theblaNDM-1-positive gene using TaqMan-MGB real-time PCR in clinical isolates collected from different areas of Zhejiang Province in 2013. Sequencing of theblaNDM-1gene, multilocus sequence typing (MLST) and 30 drug resistant gene tests were performed for theblaNDM-1-positive strains. Antimicrobial susceptibility of theblaNDM-1-positive strains was analyzed by the VITEK 2 Compact System. The modified Hodge test and imipenem (IPM)-EDTA double-disk synergy test were performed to detect the carbapenemase and metallo-β-lactamase. One NDM-1-producingKlebsiellapneumoniastrain was identified in 1 450 isolates, and thisKlebsiellapneumoniastrain was isolated from stool sample of an eleven-month-old baby who was suspected of viral diarrhea. The homology with NDM-1 gene from GenBank was up to 100%. TheblaNDM-1-positiveK.pneumoniastrain was typed as ST1416, and produced the carbapenemase and metallo-β-lactamase. It was susceptible to levofloxacin and trimethoprim/sulfamethoxazole, intermediate susceptibility to ciprofloxacin, but resistant to 18 other antibiotics. Additional drug resistant genes includingblaSHV,blaCTX,blaDHA,blaSPM,blaCMY-2,blaIMP,blaGES,blaGIM,blaTEM,blaAmpC,blaOXA-48,aadA1,aacA4 andaphA1 were detected in this positive isolate, and the phenotype was coincide with its genotype. It is the first time to identify the New Delhi metallo-β-lactamase-1 (NDM-1) producingK.pneumoniafrom Enterobacteriaceae in Zhejiang Province. The faster transfer of NDM-1 gene between the Enterobacteriaceae implies that the continuous surveillance for monitoring NDM-1-producing bacteria is necessary.

Klebsiellapneumonia; enterobacteriaceae; NDM-1; drug resistant gene

Zhang Zheng, Email: zhzhang@cdc.zj.cn

衛(wèi)生廳課題資助項(xiàng)目(2011RCB013)

張政,Email:zhzhang@cdc.zj.cn

1.浙江省疾病預(yù)防控制中心,杭州 310051; 2.杭州市下城區(qū)疾病預(yù)防控制中心,杭州 310003

10.3969/cjz.j.issn.1002-2694.2015.01.007

R378

A

1002-2694(2015)01-0030-05

2014-04-25;

2014-10-29

Supported by the Department of Health of Zhejiang Province (No. 2011RCB013)

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