已發(fā)現(xiàn)的限制酶種類眾多，Smith Ho和Nathans D于1973年提出了一個命名系統(tǒng)，已被學術(shù)界接受，其他名原則是根據(jù)分離出這種酶的細菌的分類學上的屬名，種名和菌株名來命名。限制性內(nèi)切酶的命名分別為宿主屬名第一個字母、種名頭兩個字母、菌株號、最后是菌株中分離出酶的序列號。前3個字母應該斜體，首字母大寫，序列號為羅馬數(shù)字。

舉例說明：Alu I的得名為從中分離出的細菌屬名和種名為Arthrobacter luteus，分離得到的第一種酶。從細菌Bacillus amyloliquefuciens H菌株分離出來的第一種酶命名為BamHⅠ，從Haemophilus influenzae Rd菌株中分離出來的第三種酶的命名為HindⅢ。再如EcoRⅠ,其中E是屬名Escherichia的第一個字母，co是種名coli的頭2個字母，R為菌株號，序列號為Ⅰ型。