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廣西人群白細(xì)胞介素31基因rs10847385A/C遺傳多態(tài)性研究

2015-04-02 19:45吳成將等
右江醫(yī)學(xué) 2014年6期
關(guān)鍵詞:種族

吳成將等

【摘要】 目的 了解白細(xì)胞介素31(IL31)基因單核苷酸多態(tài)性(SNP)各等位基因和基因型在廣西地區(qū)人群中的分布頻率,同時(shí)比較其在不同種族人群之間分布的差異。

方法 采用單堿基延伸的PCR技術(shù)(PCRSBE),對(duì)來自廣西各地區(qū)的197例健康人群的IL31基因rs10847385A/C多態(tài)性進(jìn)行了檢測(cè),并將結(jié)果同人類基因組計(jì)劃公布的歐洲人、非洲人、日本人和中國(guó)北京人等四個(gè)種族人群的SNP分型數(shù)據(jù)進(jìn)行比較,分析不同種族人群的等位基因和基因型分布頻率的差異。

結(jié)果 在中國(guó)廣西地區(qū)人群中存在著IL31基因rs10847385A/C多態(tài)性。其等位基因和基因型分布頻率在男女組間比較差異均無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>005),但該多態(tài)性位點(diǎn)等位基因和基因型的分布頻率與非洲和日本人群比較,差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<005),而與歐洲和中國(guó)北京人群相比,差異均無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>005)。

結(jié)論 在中國(guó)廣西人群中存在IL31基因多態(tài)性,且與性別不存在相關(guān)性,但與其他種族人群比較存在顯著差異,這種差異可能導(dǎo)致一些疾病在不同種族間的發(fā)病率和臨床表現(xiàn)存在顯著不同。

【關(guān)鍵詞】 IL31基因;單核苷酸多態(tài)性;種族

中圖分類號(hào):R446.11 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼:A DOI:10.3969/j.issn.10031383.2014.06.001

白細(xì)胞介素31(IL31)屬于IL6細(xì)胞因子家族成員,主要由活化的Th2細(xì)胞產(chǎn)生,在活化的CD4+T細(xì)胞中有較高的表達(dá),激活的CD8+T細(xì)胞僅有低水平表達(dá),其通過介導(dǎo)其他細(xì)胞因子和炎癥介質(zhì)的表達(dá),刺激成纖維細(xì)胞增殖,發(fā)揮促臟器炎癥的作用,此外還具有調(diào)節(jié)細(xì)胞增殖分化、促進(jìn)造血等多種生物學(xué)功能[1~3]。分子遺傳學(xué)研究表明,IL31基因定位于12q24.31全長(zhǎng)904 bp,開放閱讀框495 bp,編碼一條由164個(gè)氨基酸殘基組成的多肽鏈。IL31存在著單核苷酸多態(tài)性且有關(guān)IL31基因多態(tài)性與非過敏性濕疹等多種疾病的研究國(guó)外已有文獻(xiàn)報(bào)道[4],但尚未見其在廣西人群中的研究,而廣西是壯族、漢族、瑤族、苗族、侗族等多個(gè)民族的聚居之地,研究IL31基因多態(tài)性在廣西人群中的分布規(guī)律具有非常重要的意義。筆者采用單堿基延伸的PCR技術(shù)(PCRSBE)對(duì)來自廣西地區(qū)的197例健康人群中IL31基因單核苷酸多態(tài)性(SNP)進(jìn)行了研究,并將結(jié)果同人類基因組計(jì)劃(Hapmap)公布的4個(gè)種族人群(歐洲人、非洲人、日本人和中國(guó)北京人)的SNP分型數(shù)據(jù)進(jìn)行比較,以探討在不同種族健康人群中基因多態(tài)性的分布差異,從而為人類學(xué)和群體遺傳學(xué)等的研究奠定基礎(chǔ)。

1 對(duì)象與方法

1.1 研究對(duì)象

隨機(jī)選取在我院體檢健康并且來自廣西地區(qū),相互間無血緣關(guān)系的個(gè)體197例,其中男116例,女81例;年齡25~84歲。所有對(duì)象的各項(xiàng)臨床和實(shí)驗(yàn)室檢查數(shù)據(jù)均在正常范圍內(nèi)。

1.2 方法

1.2.1 基因組DNA提取

用EDTAK2抗凝管采集以上對(duì)象的靜脈血2 ml,白細(xì)胞基因組DNA的提取方法,參照已建立的改良碘化鈉法[5]。

1.2.2 引物設(shè)計(jì)與合成

根據(jù)IL31基因rs

10847385A/C位點(diǎn)多態(tài)性和已知的DNA序列用在線Primer3 軟件(http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3www.cgi)設(shè)計(jì)PCR引物,引物合成由上海天昊生物科技有限公司來完成。用于rs10847385A/C位點(diǎn)的上游引物序列為:5′ATCGTGCCTCTGCAATCTCAGG3′;下游引物序列為:5′AATTGCTTGA GCCCAGGAGACA3′;延伸引物序列為:5′TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACAAGGATTTCAAGCAAT AACTCTGGA3′。

1.2.3 PCR擴(kuò)增

IL31的PCR擴(kuò)增反應(yīng)體系共為20 μL,其中包含了10×PCR緩沖液2.0 μL,0.3 mmol/L dNTPs 2.0 μL,上游引物和下游引物各1.0 μL,模板DNA1.0 μL,TaqDNA聚合酶1.0 U,不足體積均用滅菌雙蒸水補(bǔ)足至20 μL。PCR產(chǎn)物采用Qiagen公司的HotStarTaq進(jìn)行多重PCR來獲得,PCR產(chǎn)物通過蝦堿酶(SAP,from Promega)和外切酶I(EXO I,from Epicentre)純化后用ABI公司的SNaPshot Multiplex kit來進(jìn)行延伸反應(yīng)。延伸的產(chǎn)物用蝦堿酶(SAP,from Promega)純化后在ABI3730XL上樣。用GeneMapper4.1(Appliedbiosystems)來分析SNP分型。

1.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法

采用SPSS 11.5軟件包進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。各等位基因和基因型分布頻率均采用直接計(jì)數(shù)法計(jì)算,各組間等位基因和基因型分布的頻率比較采用χ2檢驗(yàn),P<005為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 IL31基因型檢測(cè)結(jié)果

IL31基因rs108

47385A/C多態(tài)性,經(jīng)PCR擴(kuò)增后的產(chǎn)物片段大小分別為180bp。SNP分型結(jié)果顯示rs10847385A/C位點(diǎn)存在著AA、AC和CC三種基因型。基因測(cè)序再一次驗(yàn)證了我們的檢測(cè)結(jié)果,見圖1A、B、C。

圖1 IL31基因rs10847385A/C測(cè)序圖注:A、B、C分別為AA、AC、CC基因型;箭頭所指為基因突變位點(diǎn)。

2.2 IL31基因多態(tài)性在廣西健康人群中的分布

經(jīng)χ2檢驗(yàn)分析,結(jié)果顯示IL31基因rs10847385A/C位點(diǎn)的等位基因和基因型分布頻率均符合HardyWein berg遺傳平衡,說明我們所選取的研究對(duì)象具有一定的群體代表性。其中rs10847385A/C位點(diǎn)以AA基因型出現(xiàn)頻率最高占75.1%,其等位基因頻率以A型最高占85.5%。其等位基因和基因型分布頻率在男女之間比較差異均無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>005)。見表1。

2.3 IL31基因多態(tài)性在不同種族人群間的比較

將廣西人IL31基因rs10847385A/C多態(tài)性分布頻率同人類基因組計(jì)劃(Hapmap)公布的四個(gè)種族人群的SNP分型數(shù)據(jù)進(jìn)行比較,發(fā)現(xiàn)rs10847385A/C 多態(tài)性位點(diǎn)等位基因和基因型分布的頻率與非洲人、日本人比較差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<005),而與歐洲人、北京人比較差異均無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>005)。見表2。

3 討論

IL31屬于短鏈細(xì)胞因子家族,為一具有4個(gè)螺旋結(jié)構(gòu)的細(xì)胞因子,主要表達(dá)在活化的淋巴細(xì)胞,在腎、骨髓、胸腺、小腸等組織中也有少量表達(dá)[6]。生理狀態(tài)下,IL31基因表達(dá)水平較低,但在炎癥反應(yīng)時(shí)表達(dá)水平較高,主要由激活的T細(xì)胞產(chǎn)生。IL31與其功能受體復(fù)合物結(jié)合后,可以不同程度地激活JAKSTAT、MAPK 和 Pi3K/Akt 三條通路進(jìn)行信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo),發(fā)揮諸如調(diào)節(jié)細(xì)胞增殖分化、促進(jìn)造血、誘導(dǎo)炎性細(xì)胞因子和趨化因子分泌、參與和調(diào)節(jié)炎癥反應(yīng)等生物學(xué)功能[7~9]。IL31基因定位于12q24.31,全長(zhǎng)904bp,含3個(gè)外顯子,開放閱讀框495bp,編碼一條由164個(gè)氨基酸殘基組成的多肽鏈,成熟的IL31蛋白分子含有141個(gè)氨基酸,在皮膚炎癥發(fā)生中發(fā)揮著重要的作用。同時(shí),IL31基因存在單核苷酸多態(tài)性,這種基因多態(tài)性可能影響到IL31基因的功能,進(jìn)一步可能會(huì)對(duì)IL31基因多態(tài)性同某些相關(guān)疾病的發(fā)生和發(fā)展產(chǎn)生一定的影響,已有研究表明IL31基因多態(tài)性可能是哮喘[10]、瘙癢癥和過敏性皮炎[11]、 過敏性濕疹[12]等疾病的危險(xiǎn)因素。因此,分析 IL31基因多態(tài)性在不同種族健康人群中的分布規(guī)律,是更進(jìn)一步研究IL31基因多態(tài)性與一些相關(guān)疾病的發(fā)生和發(fā)展的基礎(chǔ)。

利用單堿基延伸PCR(PCRSBE)技術(shù),我們對(duì)來自廣西各地區(qū)人群的IL31基因rs10847385A/C多態(tài)性位點(diǎn)進(jìn)行檢測(cè)。結(jié)果顯示,在所觀察的人群中,廣西人群rs10847385A/C多態(tài)性位點(diǎn)存在AA、AC和CC三種基因型,其頻率分別為75.1%、20.8%和4.1%;等位基因A和C頻率分別為85.5% 和145%。更進(jìn)一步研究分析發(fā)現(xiàn)IL31基因rs10847385A/C多態(tài)性位點(diǎn)等位基因和基因型分布頻率在男女之間比較,差異均無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>005),提示該位點(diǎn)多態(tài)性分布頻率同性別沒有相關(guān)性。將中國(guó)廣西地區(qū)人群與歐洲、非洲、日本和中國(guó)北京等人群基因多態(tài)性研究結(jié)果比較分析發(fā)現(xiàn),我國(guó)廣西健康人群中IL31基因rs10847385A/C多態(tài)性位點(diǎn)等位基因和基因型分布的頻率與非洲人、日本人比較差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<005),而與歐洲人、中國(guó)北京人比較差異均無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>005),提示IL31基因的等位基因和基因型分布頻率在不同種族間存在明顯差異,這可能與其所處地理環(huán)境、飲食習(xí)慣及生活方式等產(chǎn)生的影響有關(guān)。

總之,對(duì)中國(guó)廣西人群IL31基因rs10847385

A/C位點(diǎn)多態(tài)性的研究分析,不僅為研究IL31多態(tài)性與相關(guān)疾病的發(fā)生和發(fā)展提供了重要的分子遺傳學(xué)數(shù)據(jù),而且為進(jìn)一步從基因水平解釋某些疾病的發(fā)病機(jī)制提供了基礎(chǔ)性的資料。

參 考 文 獻(xiàn)

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(編輯:梁明佩)

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