李清超, 瞿小珊, 劉建新, 楊 珊, 梁振娟, 王 春
(1.畢節(jié)市農業(yè)科學研究所, 貴州 畢節(jié) 551700; 2.納雍縣種子站, 貴州 納雍 553300)
基于玉米F2∶3群體株型性狀的主成分分析
李清超1, 瞿小珊2, 劉建新1, 楊 珊1, 梁振娟1, 王 春1
(1.畢節(jié)市農業(yè)科學研究所, 貴州 畢節(jié) 551700; 2.納雍縣種子站, 貴州 納雍 553300)
為探明玉米株型性狀的相關機制及篩選玉米優(yōu)異家系,采用主成分分析法,對玉米F2∶3群體株型相關的15個主要農藝性狀進行分析。結果表明,光合作用因子、緊湊型因子、通風透光因子和高度因子4個主成分的累積貢獻率達80.826%,可概括玉米株型性狀的全部信息。根據(jù)綜合得分篩選出在光合作用、緊湊型、通風透光和高度等方面綜合表現(xiàn)較好的4個家系分別是21、74、122和9。
玉米; 株型性狀; F2∶3群體; 主成分分析
玉米株型性狀的相關機制研究以及玉米大群體優(yōu)異家系篩選受到育種工作者的高度重視。1968年,Donald C.M首次提出作物理想株型(Ideotype)的概念[1],認為理想株型能最大限度地提高光能利用率、增加生物學產量和提高經濟系數(shù)。近年來,國內學者提出超級玉米的設想,認為以耐密植為目標的理想株型的創(chuàng)制是實現(xiàn)玉米超高產的主要因子[2-3],強調了理想株型育種在提高群體光能利用及協(xié)調群體和個體矛盾方面的重要性。主成分分析是將多指標線性組合為較少的綜合指標,這些綜合指標彼此間不相關,但卻能反映原來多指標的信息[4],在玉米雜交種選育、玉米基因型磷效率研究、玉米青貯飼料材料篩選及玉米自交系抗旱分析[5-8]等方面已有較多應用,但在玉米群體株型性狀研究方面的應用極少。為此,筆者利用主成分分析法,對玉米F2∶3群體的15個株型性狀進行分析,探討由少數(shù)幾個相互獨立的因子反映全部株型性狀信息的科學性與準確性,篩選不同家系綜合表現(xiàn)優(yōu)異的理想基因型,旨在為玉米群體相關分析及材料選擇提供參考。
1.1 供試材料
2013年春季,在貴州省畢節(jié)市農業(yè)科學研究所試驗基地用沈137(母本)×掖107(父本)構建F1;2013年冬季和2014年春季分別在海南及貴州玉米種植基地將F1連續(xù)自交2 代,獲得F2代的種子;2014 年冬季,在海南玉米基地種植F2代種子,根據(jù)單粒傳法構建250個家系的F2∶3群體即為玉米株型相關性狀的研究對象。
1.2 試驗設計
2014 年冬季,將250個家系的F2∶3群體的種子在海南試驗基地播種。采用隨機區(qū)組設計,不設重復,單行區(qū),3 m行長,每行12穴,雙株種植,密度約51 000 株/hm2,田間管理同大田生產。
1.3 性狀調查
調查內容包括株高(PH)、穗位高(EH)、穗上第一葉、第二葉及第三葉葉挺直長(Lf1、Lf2和Lf3)、穗上第一葉、第二葉及第三葉葉長(L1、L2和L3),穗上第一葉、第二葉及第三葉葉寬(LW1、LW2 和LW3),穗上第一葉、第二葉及第三葉葉夾角(LA1、LA2及LA3),葉向值(LOV),共15個性狀。
田間株型性狀調查按照石云素等[9]制定的標準進行。每行從第3株開始,連續(xù)調查5株。記載玉米果穗以上第1、2、3葉各葉片的葉夾角、葉長、葉寬和葉挺直長。
葉向值(leaf orientation value, LOV)為葉夾角的余角和葉片伸展最高點葉環(huán)的長度與葉長比值的乘積,計算公式參照Pepper[10]的方法:LOV=∑(90-θ) ×(Lf/L)/n。式中,n表示測定葉片數(shù)。
性狀調查記載標準:散粉15 d 后調查株高及穗位高, 從每小區(qū)第3株開始, 連續(xù)調查5 株,株高即從地面至植株雄穗頂部的高度;穗位高為從地面到最上部果穗著生節(jié)的高度。葉挺直長為相應葉片基部至自然狀態(tài)下最高點的距離,葉片夾角為相應葉片與莖稈的銳角角度。葉寬為相應葉片靠基部端1/3處的寬度,葉長為葉片基部至葉片頂端的距離。
1.4 數(shù)據(jù)處理
根據(jù)主成分分析原理,對玉米F2∶3群體的15個株型性狀進行KMO和Bartlett檢驗。利用SPSS18.0計算性狀間相關系數(shù)的相關矩陣,根據(jù)特征值大于1的原則提取4個主成分(累計百分比達到80%以上),獲得各性狀解釋的總方差,計算玉米F2∶3群體株型性狀的主成分載荷表和成份得分系數(shù)矩陣,利用標準化的原始數(shù)據(jù),計算玉米F2∶3群體株型性狀的特征向量矩陣。
利用主成分載荷矩陣與特征值,根據(jù)公式Fi=Vi/SQRT(λi)計算特征向量。式中,F(xiàn)i表示相應主成分的特征向量,Vi表示株型性狀的主成分載荷表的相應權重系數(shù),λi表示相應主成分的特征值,i=1、2、3、4,λ取值分別為7.386、2.163、1.418和1.156。
計算玉米F2∶3群體每個家系(250個)主成分因子的得分向量,由于數(shù)據(jù)過多,本研究僅列舉排序前20位的家系。
2.1 玉米F2∶3群體株型性狀間的相關性
對250個玉米家系F2∶3群體株型性狀進行KMO和Bartlett檢驗得出,KMO=0.825(接近1),說明,玉米F2∶3群體株型性狀間的相關性較強,適合進行因子分析。同時,在Bartlett球形度檢驗中,Sig=0(小于0.05),表明,F(xiàn)2∶3群體株型性狀間存在相關性,完全滿足進行主成分分析的條件。由表1中各原始性狀的相關系數(shù)可以看出性狀間的相關性大小。
2.2 玉米 F2∶3群體株型性狀的主成分分析
由表2可知,前5個主成分的累計貢獻率達86.132%,特征值分別為7.386、2.163、1.418、1.156和0.796,各主成分的貢獻率分別為49.243%、14.422%、9.451%、7.71%和5.306%。根據(jù)主成分分析的一般原則,特征值小于1的主成分,其蘊含的信息量將不如原始變量反映的信息。因此,綜合考慮,本研究選取前4個主成分作進一步分析。
2.3 4個主成分代表的性狀因子
由表3看出,主成分1主要反映玉米F2∶3群體穗上部3片葉的葉寬、葉挺直長及葉長的信息,同時還反映株高的信息,這些性狀主要與玉米的光合作用密切相關,即主成分1為玉米光合作用因子;主成分2反映玉米穗上部3個葉片與玉米莖稈的夾角(葉夾角)的信息,而玉米葉夾角主要與玉米的緊湊與松散程度相關,夾角越小越緊湊,夾角越大越松散,即主成分2為玉米緊湊型因子;主成分3主要反映玉米葉向值的信息,同時對葉夾角的權重系數(shù)也不低,葉向值及夾角與玉米的通風透光作用相關,即主成分3為玉米通風透光因子;主成分4主要反映玉米穗位高與株高的信息,同時與玉米葉向值的權重系數(shù)(0.319)也不低,株高、穗位高主要與玉米的高度有關,即主成分4為玉米的高度因子。
表1 玉米F2∶3群體15個株型性狀的相關矩陣
表2 玉米 F2∶3群體15個株型性狀解釋的總方差
Table 2 Total variance interpreted by 15 plant-type traits of F2∶3populations in maize
主成份Principalcomponents特征值Eigenvalue貢獻率/%Contributionrate累積貢獻率/%Accumulativecontributionrate17.38649.24349.24322.16314.42263.66431.4189.45173.11641.1567.71080.82650.7965.30686.13260.4993.32689.45870.3682.45691.91480.2921.95093.86490.2551.69895.562100.2251.50197.063110.1751.16798.230120.1260.84199.071130.0590.39499.465140.0570.38199.845150.0230.155100.000
通過相關矩陣的特征向量(表3)得出4個主成分的表達式:Z1=0.22x1+0.12x2+0.23x3+0.29x4+0.31x5-0.15x6+0.31x7+0.31x8+0.3x9-0.2x10+0.32x11+0.32x12+0.29x13-0.24x14+0.13x15;Z2=0.16x1+0.07x2+0.23x3+0.19x4-0.05x5+0.48x6+0.14x7+0.18x8-0.06x9+0.45x10+0.14x11+0.17x12+0.01x13-0. 4x14-0.41x15;z3=-0.11x1-0.3x2-0.44x3+0.2x4-0.21x5+0.35x6-0.2x7+0.14x8+0.2x9+0.22x10-0.13x11+0.14x12+0.21x13-0. 14x14-0.49x15;Z4=0.51x1+0.7x2-0.31x3-0.11x4-0.04x5+0.06x6+0.01x7-0.15x8-0.03x9+0.11x10+0.05x11-0.12x12+0.03x13-0. 08x14+0.3x15。
2.4 玉米F2∶3群體的優(yōu)良家系
由于玉米F2∶3群體家系總數(shù)較多,無法全部列出,本研究僅分別列舉各個主成分及綜合主成分因子得分較高的前20個家系。由表4可知,主成分因子得分向量Z1表現(xiàn)較好的3個家系分別是21、74和179,表明其在玉米光合作用方面表現(xiàn)優(yōu)異;主成分因子得分向量Z2表現(xiàn)較好的3個家系分別是102、122和35,表明其在玉米緊湊型方面表現(xiàn)優(yōu)異;主成分因子得分向量Z3表現(xiàn)較好的3個家系分別是231、230和229,表明其在玉米通風透光方面表現(xiàn)優(yōu)異;主成分因子得分向量Z4表現(xiàn)較好的3個家系分別是125、127和126,表明其在玉米高度方面表現(xiàn)優(yōu)異;而在玉米的光合作用、緊湊型、通風透光和高度等4方面均表現(xiàn)較好的前4個家系分別是21、74、122和9,說明這幾個家系整體表現(xiàn)優(yōu)異,綜合表現(xiàn)最好。
表3 玉米F2∶3 群體株型性狀的主成分的載荷矩陣及矩陣的特征向量
表4 各主成分因子及綜合主成分因子得分前20位的玉米家系
Table 4 Top 20 maize family lines of scores of various principal components factors and comprehensive principal component factors
第一主成分principalcomponent家系Z1第二主成分principalcomponent家系Z2第三主成分principalcomponent家系Z3第四主成分principalcomponent家系Z4綜合主成分Comprehensiveprincipalcomponent家系Z217.471025.812316.111255.52213.66746.121224.082304.391275.14743.441796.11353.612294.381264.561222.9795.84203.132324.062323.8792.971015.691393.032333.672333.711792.95415.532222.9392.432313.691012.901985.392472.57702.371243.451982.821855.2782.51642.182293.09412.781235.112482.481912.102302.761852.57374.731122.47561.841222.441232.361224.692442.382151.801232.15752.36754.592042.342071.761022.052202.36254.361272.33301.71101.99372.22224.332202.32671.641041.66251.98384.201702.271951.52881.64301.94304.182342.171361.51871.551181.922203.96662.16891.47351.48941.921213.781112.131391.431381.441211.891843.771162.112001.42971.351841.882423.77102.062111.41861.32081.88
通過玉米F2∶3群體株型相關的15個性狀進行主成分分析,根據(jù)特征值大于1的原則提取4個主成分,4個主成分的累積貢獻率達80.826%,達到80%~85%的原則;根據(jù)4個主成分的主成分載荷得出:主成分1為玉米光合作用因子,主成分2為玉米緊湊型因子,主成分3為玉米通風透光因子,主成分4為玉米的高度因子。本研究所使用的玉米F2∶3群體樣本量比較大,結合主成分分析法選擇玉米綜合表現(xiàn)優(yōu)異株型性狀的家系,比傳統(tǒng)的聚類分析法準確,同時也比利用一個或幾個原始株型性狀的加權更科學,能夠克服傳統(tǒng)分析中的一些弊端[6],傳統(tǒng)分析方法僅對玉米產量或少數(shù)幾個性狀進行分析,同時,樣本量較小等也給試驗結果造成一定的誤差,主成分分析法在玉米F2:3群體中的應用,將為玉米材料選擇等提供科學的參考。
通過主成分分析法對玉米F2:3群體研究發(fā)現(xiàn),在光合作用方面表現(xiàn)較好的3個家系分別是是21、74和179,在緊湊型方面表現(xiàn)較好的3個家系分別是102、122和35,在通風透光方面表現(xiàn)較好的3個家系分別是231、230和229,在高度方面表現(xiàn)較好的3個家系分別是125、127和126;而在玉米的光合作用、緊湊型、通風透光和高度等4個方面均表現(xiàn)較好的4個家系分別是21、74、122和9。因此,在玉米群體改良及株系定向選擇中,可以根據(jù)不同的選擇目標對玉米材料進行選擇。若將主成分分析法與分子標記輔助選擇育種技術相結合,將會獲得更加理想的選擇結果。
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(責任編輯: 姜 萍)
Principal Components Analysis on Plant-type Traits by Using F2∶3Population in Maize
LI Qingchao1, QU Xiaoshan2, LIU Jianxin1, YANG Shan1, LIANG Zhenjuan1, WANG Chun1
(1.BijieInstituteofAgriculturalSciences,Bijie,Guizhou551700; 2.NayongSeedStation,Nayong,Guizhou553300,China)
In order to explore the mechanism of maize plant-type traits and screen excellent family, principal components analysis was employed to research fifteen plant-type agronomic traits of F2∶3populations in maize. Results: Accumulative contribution rate of four principal components, including factors of photosynthesis, compact type, aeration and photopenetration and altitude, reached 80.826%, which could generalize the whole information of maize plant-type traits. Four lines 9, 21, 74 and 122 were selected according to the comprehensive score in aspects of the performances of photosynthesis, compact type, aeration and photopenetration and altitude.
maize; plant-type traits; F2∶3population; principal components analysis
2015-12-20; 2016-05-04修回
貴州省科學技術基金項目“黔西北玉米不同種質單倍體誘導及二倍化方法研究”[黔科合J 字(2013)2002];貴州省科學技術基金重點項目“基于兩個相關RIL群體的玉米抗穗粒腐病QTL定位”[黔科合JZ 字(2014)2001];畢節(jié)市農業(yè)攻關項目“玉米抗穗粒腐病MAS聚合育種研究”[畢科合字(2013) 19]
李清超(1984-),男,助理研究員,碩士,從事玉米傳統(tǒng)育種及分子育種研究。E-mail:liqingchao-2@163.com
1001-3601(2016)06-0233-0001-04
S513
A
遺傳育種·種質資源·生物技術
Genetics and Breeding·Germplasm Resources·Biotechnology