1926年，由于德高望重的蔡元培先生鼎力推薦，加上前期回國的同窗好友王代之的大力助選，遠在歐洲的林風眠竟然以得票第一被任命為國立北京藝專校長——據(jù)說，這是當時全世界最年輕的藝術院校校長。

1926年早春，26歲的林風眠乘船回國，隨后進京赴任。為了“調和中西藝術”，林風眠使出了兩個奇招：一是把木匠出身的“鄉(xiāng)巴佬”齊白石請進藝術殿堂任教，二是從法國請來名畫家克羅多（Claudot）來校講學。

然而，他的努力并不順利。齊白石的到來引發(fā)了一些國畫教授的抵制，有人揚言：“齊白石從前門進來，我們從后門離開”；而克羅多提出展覽會要取消中西繪畫界限的建議被林風眠采納之后，同樣遭到眾多畫家的反對。不過，年輕氣盛的林風眠不為所動，堅持強力推行自己的藝術主張。1927年5月11日，林風眠發(fā)起并組織的“北京藝術大會”在北京國立藝專開幕了。此次展覽的2000多件展品第一次以中西混合的陳列方式展出。這是中國有史以來規(guī)模最大、品種最全的一次藝術大展。按照林風眠的設想，這次大展要仿照法國沙龍，成立審查委員會評選作品。但終因畫界門戶之見太深而被迫取消，這使他的“藝術運動”從一開始就打了折扣。

是年7月，林風眠憤然辭職。1927年9月，應蔡元培的邀請，林風眠南下南京就任中華民國大學院藝術教育委員會主任委員；同年年底，受委托籌辦“國立藝術大學”；隨后，蔡元培在杭州西湖之畔選定了民國最高等級的美術學院——國立藝術院的校址，接著，林風眠被任命為校長兼教授。這是林風眠得到的又一次實現(xiàn)“藝術救國”的良機。

1928年4月8日，國立藝術院（1929年改名為國立杭州藝術?？茖W校）舉行了開學典禮。杭州藝專的教育方針，體現(xiàn)了林風眠的一貫主張：介紹西洋藝術；整理中國藝術；調和中西藝術；創(chuàng)造時代藝術。

然而，理想與現(xiàn)實的矛盾總會在不經(jīng)意間悄然襲來，令林風眠進退維谷。在杭州藝專的發(fā)展歷程中，有兩件事是不能回避的：一件是林風眠與潘天壽的中西畫系分合之爭，另一件則是“西湖一八藝社”的分裂。

林潘的這次藝術爭論，緣自林風眠依照“調和中西”的設想，提出要把國畫系與西畫系合并的動議。潘天壽則持相左意見，他認為東西繪畫體系如同兩座獨立的大山，可以互取所長互相溝通，但如果隨便吸收的話，則只能是各取所短。

相形之下，“西湖一八藝社”的分裂則更具有歷史的典型意義。建校之后，林風眠在創(chuàng)建“藝術運動社”的同時，也支持學生自發(fā)結社，討論學術問題。于是，各種學生社團紛紛建立，“西湖一八藝社”就是其中最著名的一個。1930年春天，“西湖一八藝社”在上海舉行首次公開展覽，在展后舉行的座談會上，許幸之大力倡導“普羅”美術，并推重“為人生的藝術”這一富于時代特色的口號。而另一部分社員立即表示反對，他們認為“普羅”美術的提法，違背了林校長倡導的“為藝術而藝術”的宗旨。這場爭論的激烈程度遠遠超過了林潘二人的學術之爭，最終導致“西湖一八藝社”的分裂——一部分擁護“普羅”美術的社員，刪掉了“西湖”二字，以“一八藝社”的旗號加入了魯迅在上海剛剛掀起的左翼美術運動。這對林風眠在學校所倡導的“藝術至上”觀念，客觀上不能不說是一次不小的沖擊。

漸漸地，人們發(fā)現(xiàn)一度激情四溢的林風眠校長開始變得沉默了，對于分裂出去的“一八學社”，他既不支持、亦不反對，放任自流。他的注意力藝術改造社會的運動，逐漸轉移到繪畫藝術的探索和變革上來了。

門戶之見，藝術與政治的糾纏對林風眠而言是極大的消耗。推廣自己的藝術理念困難重重，他只好退而求其次，不求馬上改造社會，只求完成自己的藝術探索，證明自己的道路是可行的。