蒙慧玲朱小東李齡梁忠國潘信斌曾凡艷曲頌
作者單位:530021南寧1廣西醫(yī)科大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院放療科;2廣西醫(yī)科大學(xué)研究生院;3區(qū)域性高發(fā)腫瘤早期防治研究教育部重點實驗室
基礎(chǔ)研究
TM T定量蛋白質(zhì)組學(xué)方法篩選鼻咽癌復(fù)發(fā)相關(guān)表達(dá)蛋白
蒙慧玲1,2朱小東1,3李齡1梁忠國1潘信斌1曾凡艷1曲頌1,3
作者單位:530021南寧1廣西醫(yī)科大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院放療科;2廣西醫(yī)科大學(xué)研究生院;3區(qū)域性高發(fā)腫瘤早期防治研究教育部重點實驗室
目的篩選鼻咽癌復(fù)發(fā)與正常復(fù)查隨訪患者血清差異表達(dá)蛋白,尋找鼻咽癌復(fù)發(fā)診斷的標(biāo)志物。方法采集復(fù)發(fā)20例和正常復(fù)查隨訪20例鼻咽癌患者血清,采用TMT聯(lián)合二維質(zhì)譜篩選差異蛋白。進(jìn)一步收集新標(biāo)本并采用酶聯(lián)免疫吸附法(enzyme-linked immunosorbentassay,ELISA)驗證差異蛋白,其中復(fù)發(fā)40例和正常復(fù)查隨訪41例。結(jié)果血清中共鑒定出635個蛋白,其中可定量蛋白為413個。兩次生物學(xué)重復(fù)實驗中,復(fù)發(fā)組均表現(xiàn)下調(diào)的蛋白有41個,均表現(xiàn)為上調(diào)的蛋白有18個。血清ELISA驗證結(jié)果發(fā)現(xiàn),復(fù)發(fā)組A2M蛋白濃度較正常復(fù)查隨訪組低(Z=-3.177,P=0.001)。復(fù)發(fā)組40例患者中可測出A2M蛋白濃度23例,正常復(fù)查隨訪組41例患者中可測出A2M蛋白濃度30例,Spearman相關(guān)分析結(jié)果顯示,可測復(fù)發(fā)組和可測正常復(fù)查隨訪組患者A2M蛋白濃度與腫瘤分期(r=-0.024,P=0.866)、年齡(r=-0.087,P=0.534)均無相關(guān)性,兩組患者年齡、性別及腫瘤分期等差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05)。結(jié)論A2M蛋白可能是鼻咽癌復(fù)發(fā)診斷的潛在標(biāo)志物。
鼻咽腫瘤;鼻咽癌復(fù)發(fā);TMT;蛋白質(zhì)組學(xué);A2M;生物標(biāo)志物
放療是鼻咽癌的主要治療手段。然而,原發(fā)性鼻咽癌即使經(jīng)過規(guī)范治療,部分患者仍難以避免地出現(xiàn)鼻咽局部和(或)頸淋巴結(jié)引流區(qū)域腫瘤復(fù)發(fā),一旦出現(xiàn)復(fù)發(fā),其治療效果不理想[1]。目前臨床上仍缺乏有效監(jiān)測鼻咽癌復(fù)發(fā)的生物標(biāo)志物。TMT是定量蛋白質(zhì)組學(xué)中較為常用的方法[2-3]。本研究擬采用TMT法聯(lián)合質(zhì)譜尋找鼻咽癌復(fù)發(fā)相關(guān)的生物學(xué)標(biāo)志物,為鼻咽癌復(fù)發(fā)診療提供新的可能途徑。
1.1 臨床資料
采集2008年至2015年廣西醫(yī)科大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院放療科診治患者的血清標(biāo)本,所有患者均在未予任何治療情況下采血,均為初診經(jīng)病理學(xué)診斷為未分化型非角化性鼻咽癌;接受處方劑量均≥70 Gy;復(fù)發(fā)患者均為治療6個月以后,經(jīng)病理學(xué)診斷為鼻咽癌復(fù)發(fā)。正常復(fù)查隨訪患者均為治療6個月后,復(fù)查未見明顯鼻咽癌復(fù)發(fā)征象。排除嚴(yán)重心肺功能損傷患者。
選取其中復(fù)發(fā)患者20例(復(fù)發(fā)組),正常復(fù)查隨訪患者20例(正常復(fù)查隨訪組),然后分別對兩組患者進(jìn)行編號,再由電腦系統(tǒng)隨機選取10例為復(fù)發(fā)1組,另外10例復(fù)發(fā)患者為復(fù)發(fā)2組;10例正常復(fù)查隨訪患者為正常復(fù)查隨訪1組,另外10例為正常復(fù)查隨訪2組。以復(fù)發(fā)1組對比正常復(fù)查隨訪1組,復(fù)發(fā)2組對比正常復(fù)查隨訪2組,進(jìn)行兩次生物學(xué)重復(fù)試驗,通過TMT聯(lián)合二維質(zhì)譜對比篩選差異蛋白。復(fù)發(fā)組與正常隨訪組患者平均年齡分別為47.15歲和41.50歲,差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P<0.05),兩組性別、腫瘤分期差別無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05)。
為驗證差異蛋白在血清中的含量是否與上述質(zhì)譜結(jié)果一致,進(jìn)一步收集新標(biāo)本進(jìn)行酶聯(lián)免疫吸附法(enzyme-linked immunosorbentassay,ELISA)驗證。再次由電腦隨機系統(tǒng)隨機產(chǎn)生編號,其中復(fù)發(fā)組40例,正常復(fù)查隨訪組41例。復(fù)發(fā)組與正常復(fù)查隨訪組患者年齡、性別、腫瘤分期差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05)。本研究征得廣西醫(yī)科大學(xué)倫理委員會批準(zhǔn),所有受試者均知情并簽署知情同意書。
1.2 材料與設(shè)備
TMT試劑盒購自Thermo公司,胰酶購自Promega公司,三氟乙酸、乙腈、超純水購自Fisher Chemical公司,甲酸購自Fluka公司,碘代乙酰胺、二流蘇糖醇、尿素、四乙基溴化銨購自Sigma公司,蛋白酶抑制劑購自Calbiochem公司,BCA試劑盒購自碧云天公司,高豐度蛋白去除試劑盒購自Bio-Rad公司,ELISA試劑盒購自TSZ公司。
1.3 實驗步驟
1.3.1 TMT標(biāo)記及高效液相色譜法(High-performance liquid chromatography,HPLC)分級將復(fù)發(fā)組和正常復(fù)查隨訪組各10例血清等量混合,離心后取上清液,去除高豐度蛋白,用BCA試劑盒進(jìn)行蛋白濃度測定,洗脫液分別取20μg進(jìn)行SDS-PAGE電泳檢測高豐度蛋白去除情況。胰酶酶解肽段用Strata X C18(Phenomenex)除鹽后真空冷凍干燥。以0.5 M TEAB溶解肽段,根據(jù)TMT試劑盒操作說明標(biāo)記肽段[復(fù)發(fā)1組(Y1):130;復(fù)發(fā)2組(Y2):131;正常復(fù)查隨訪1組(N1)128;正常復(fù)查隨訪2組(N2)129)]。肽段采用高pH反向HPLC分級,色譜柱為Thermo Betasil C18 Column。
1.3.2 質(zhì)譜分析肽段采用EASY-nLC 1000超高效液相系統(tǒng)分離,并同步使用Thermo ScientificTM Q ExactiveTM Plus進(jìn)行檢測和分析。肽段分離后進(jìn)行電離,然后進(jìn)入Q ExactiveTM Plus質(zhì)譜進(jìn)行分析。肽段母離子及其二級碎片均采用Orbitrap檢測和分析。二級質(zhì)譜數(shù)據(jù)采用Mascot search engine(v.2.3.0)檢索,同時進(jìn)行質(zhì)譜質(zhì)控。
1.3.3 ELISA驗證質(zhì)譜結(jié)果由于質(zhì)譜結(jié)果存在假陽性可能,需進(jìn)行后期驗證。鑒于A2MA蛋白差異倍數(shù)較大,且相關(guān)報道其在腫瘤致瘤性、抑制腫瘤增殖、轉(zhuǎn)移等均有作用[4-6],因此本研究選擇A2M蛋白進(jìn)行驗證。實驗嚴(yán)格按A2M蛋白的ELISA試劑盒說明書進(jìn)行操作。具體步驟:⑴加入50μL標(biāo)準(zhǔn)品或樣品,室溫孵育45 min;⑵棄上清液,加入洗滌液清洗4次;⑶加入生物素化抗體50μL,室溫下孵育30 min;⑷清洗,重復(fù)步驟⑵;⑸加入酶聯(lián)親和素50μL,室溫下孵育15 min;⑹清洗,重復(fù)步驟⑵;⑺加入色素原A和色素原B 50μL,室溫下孵育15 min;⑻加入停止反應(yīng)液50μL終止反應(yīng);⑼酶標(biāo)儀測吸光度(ELISA可測范圍為0.5~90 ng/mL)。
1.4 統(tǒng)計學(xué)處理
采用SPSS 18.0統(tǒng)計軟件對數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計分析。兩組蛋白的表達(dá)分布、蛋白表達(dá)和腫瘤分期的相關(guān)性檢測采用秩和檢驗;蛋白表達(dá)與年齡、腫瘤分期的相關(guān)性采用Spearman相關(guān)分析法,基線特征比較采用χ2檢驗或Fisher確切概率法。以P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。
2.1 質(zhì)譜篩選差異蛋白的結(jié)果
對質(zhì)譜結(jié)果進(jìn)行質(zhì)控,結(jié)果發(fā)現(xiàn)兩次生物學(xué)重復(fù)實驗結(jié)果一致性良好,見圖1。兩組患者血清中共鑒定出蛋白635個,其中可定量蛋白413個。設(shè)≥1.2倍,≤0.83倍為差異倍數(shù),兩次生物學(xué)重復(fù)實驗中,復(fù)發(fā)組均表現(xiàn)下調(diào)的蛋白41個,均表現(xiàn)為上調(diào)的蛋白18個。見表1。
圖1 兩次生物學(xué)重復(fù)實驗的重復(fù)性分析熱力圖
表1 兩次生物學(xué)重復(fù)實驗的共同差異蛋白
2.2 ELISA驗證A2M蛋白在血清中的表達(dá)
A2M蛋白的二級質(zhì)譜圖如圖2所示。血清A2M濃度數(shù)據(jù)不符合正態(tài)分布,方差不齊,經(jīng)兩獨立樣本秩和檢驗,選取中位數(shù)及四分位法對蛋白濃度進(jìn)行描述,復(fù)發(fā)組和正常復(fù)查隨訪組A2M蛋白濃度中位數(shù)分別為34.79 ng/mL和75.67 ng/mL,第25%位數(shù)的濃度分別為13.27 ng/mL和40.03 ng/mL;第75%位數(shù)的濃度分別為61.86 ng/mL和151.92 ng/mL,正常復(fù)查隨訪組表達(dá)量高于復(fù)發(fā)組,兩組A2M蛋白表達(dá)差異有統(tǒng)計學(xué)意義(Z=-3.177,P=0.001)。
進(jìn)一步構(gòu)建ROC曲線驗證A2M蛋白檢測鼻咽癌復(fù)發(fā)的效能,結(jié)果ROC曲線下面積為0.757,A2M最佳界值點為35.21 ng/mL,靈敏度為56.5%,特異度為86.7%。見圖3。
圖2 A2M蛋白的二級質(zhì)譜圖
圖3 A2M蛋白的ROC曲線
2.3 A2M蛋白濃度與患者腫瘤分期、年齡的相關(guān)性
ELISA驗證實驗中,復(fù)發(fā)組40例患者可測出A2M蛋白濃度23例(可測復(fù)發(fā)組),17例因A2M蛋白濃度過低不可測。正常復(fù)查隨訪組41例患者,可測出A2M蛋白濃度30例(可測正常復(fù)查隨訪組),不可測11例。Spearman相關(guān)分析結(jié)果顯示,可測復(fù)發(fā)組和可測正常復(fù)查隨訪組患者A2M蛋白濃度與腫瘤分期(r=-0.024,P=0.866)、年齡(r=-0.087,P=0.534)均無相關(guān)性。進(jìn)一步對比分析可測組組內(nèi)(復(fù)發(fā)組可測23例和正常復(fù)查隨訪組可測30例)、不可測組(復(fù)發(fā)組不可測17例及正常復(fù)查隨訪組不可測11例)組內(nèi)、復(fù)發(fā)組組內(nèi)(可測23例和不可測17例)和正常復(fù)查隨訪組內(nèi)(可測30例和不可測11例)患者的臨床資料,結(jié)果顯示各組年齡、性別及腫瘤分期差異均無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05)。
鼻咽癌即使經(jīng)過規(guī)范化治療,仍有約20%的患者復(fù)發(fā)[1],而復(fù)發(fā)患者的預(yù)后往往較差。目前臨床上仍缺乏有效檢測鼻咽癌預(yù)后的生物學(xué)指標(biāo),檢測復(fù)發(fā)的主要手段為影像學(xué)檢查,然而發(fā)現(xiàn)復(fù)發(fā)時,往往腫瘤已發(fā)展至較晚程度,再次治療難以達(dá)到理想的效果[7]。研究發(fā)現(xiàn)腫瘤在發(fā)展階段會分泌一些因子,某些因子表達(dá)亦可能上調(diào)或下調(diào),這成為尋找腫瘤標(biāo)志物的重要特征[8]。
TMT[2-3,9]是一種基于肽段層面的體外標(biāo)記技術(shù),其原理是標(biāo)志物特異性標(biāo)記多肽的氨基端,隨后進(jìn)行質(zhì)譜分析。TMT試劑由報告基團、平衡基團和反應(yīng)基團三部分組成。其中,反應(yīng)基團與氨基酸N端及側(cè)鏈的伯胺基團發(fā)生反應(yīng),在一級質(zhì)譜中,不同來源的相同肽段被標(biāo)記后出現(xiàn)相同的質(zhì)荷比。在二級質(zhì)譜中,平衡基團斷離,被不同標(biāo)簽標(biāo)記的相同肽段出現(xiàn)不同的報告離子,根據(jù)不同報告離子的相對豐度可獲得樣本間相同肽段的相對定量信息,經(jīng)相應(yīng)軟件處理后,可明確蛋白質(zhì)的定量信息。本研究采用此方法篩選出鼻咽癌復(fù)發(fā)相關(guān)差異蛋白635個,同時進(jìn)行了兩次獨立的生物學(xué)重復(fù)實驗,兩次實驗共同的差異蛋白為59個,其中篩選差異顯著的A2M蛋白作為研究蛋白之一。TMT標(biāo)記法常見的干擾因素為干擾離子與母離子碎片混合干擾標(biāo)記,從而導(dǎo)致標(biāo)簽標(biāo)記的正確率降低[3],因此有出現(xiàn)假陽性的可能,因此,針對質(zhì)譜的結(jié)果,本研究進(jìn)一步收集新標(biāo)本進(jìn)行后期驗證,經(jīng)ELISA驗證,結(jié)果發(fā)現(xiàn)差異蛋白在血清中的含量與質(zhì)譜結(jié)果一致。
A2M是一種廣譜的蛋白酶抑制劑,可減少自由基的產(chǎn)生,亦參與炎癥反應(yīng)過程[6,10-11]。有報道A2M與卵巢癌[12]、轉(zhuǎn)移性骨肉瘤[13]、肺癌[14]、星型細(xì)胞瘤[15]等發(fā)生發(fā)展相關(guān)。但尚未見A2M與鼻咽癌的相關(guān)報道。在星型膠質(zhì)瘤中,A2M與其受體LRP1相結(jié)合,可抑制其轉(zhuǎn)移、浸潤。相對非結(jié)合的A2M,A2M與LRP1形成的復(fù)合物更能激活蛋白酶抑制劑,可執(zhí)行更強大的腫瘤抑制功能,且該復(fù)合物可通過減弱Wnt/βcatenin信號通路調(diào)節(jié)腫瘤抑制功能[15],A2M還可與Grp78、MMP-2、IGFBP-1和IGFBP-2等配體結(jié)合,產(chǎn)生不同功能[16-19]。本研究結(jié)果發(fā)現(xiàn),A2M蛋白在復(fù)發(fā)組患者血清中表達(dá)下調(diào),提示A2M可能在鼻咽癌致病過程中起抑制作用。進(jìn)一步查閱文獻(xiàn)發(fā)現(xiàn),皇甫超濟等[6]對多位學(xué)者關(guān)于A2M對腫瘤的影響觀點進(jìn)行了匯總分析,其中有研究將相當(dāng)生理量的A2M放入白血病細(xì)胞培養(yǎng)基中,發(fā)現(xiàn)細(xì)胞分裂、增殖受抑制,且在體內(nèi)實驗也得到了同樣的結(jié)果,表明A2M有抑制腫瘤增殖作用,并認(rèn)為這一功能與其抗蛋白酶及抗自由基作用相關(guān)。腫瘤的浸潤和轉(zhuǎn)移能力與細(xì)胞的蛋白水解酶活性相關(guān),A2M蛋白水解酶活性高,可提高腫瘤轉(zhuǎn)移浸潤能力。另一觀點為所有惡性腫瘤均有機會脫落進(jìn)入血液循環(huán),穿透血管壁的能力主要取決于血管的通透性。而在正常情況下,血管內(nèi)皮細(xì)胞表面有一層A2M,A2M的數(shù)量是決定這一通透性的主要原因,因此,所有能消耗A2M的物質(zhì)均能促進(jìn)腫瘤轉(zhuǎn)移,相關(guān)實驗已證明A2M抗血清能促進(jìn)腫瘤細(xì)胞轉(zhuǎn)移。結(jié)合上述觀點,推斷A2M在鼻咽癌復(fù)發(fā)的致病過程中可能起抑制腫瘤增殖、復(fù)發(fā)的作用,然而A2M是否結(jié)合其相應(yīng)配體產(chǎn)生抗腫瘤機制,還是獨立進(jìn)行蛋白酶抑制劑作用,目前尚不明確。此外,A2M與Wnt/ β-catenin[15]、PI3K/Akt[20]信號通路的相關(guān)性均有報道,A2M與這兩通路是否是鼻咽癌復(fù)發(fā)的相關(guān)因素,將是我們下一步研究的方向。
此外,本研究在篩選階段中因兩組患者年齡差異有統(tǒng)計學(xué)意義,因此在后期差異蛋白的驗證階段進(jìn)行了差異蛋白與年齡間的相關(guān)性分析,結(jié)果顯示A2M差異蛋白濃度與年齡無相關(guān)性。同時發(fā)現(xiàn)不論是復(fù)發(fā)組還是正常復(fù)查隨訪組,均存在部分標(biāo)本A2M蛋白濃度過低,無法測出。因此,我們對可測組和不可測組患者進(jìn)行了常規(guī)的基線資料分析,發(fā)現(xiàn)兩組間差異無統(tǒng)計學(xué)意義。說明影響蛋白表達(dá)的因素不止年齡、性別及腫瘤分期等,患者飲食、生活習(xí)慣、環(huán)境等均有可能是影響蛋白表達(dá)的因素,需進(jìn)一步分析及驗證。
本研究采用TMT聯(lián)合二維質(zhì)譜篩選出鼻咽癌復(fù)發(fā)相關(guān)蛋白A2M,ELISA驗證結(jié)果與質(zhì)譜分析結(jié)果一致。同時構(gòu)建ROC曲線,發(fā)現(xiàn)A2M蛋白具有較高的靈敏度,提示其有望成為鼻咽癌復(fù)發(fā)診斷的潛在標(biāo)志物之一。但因本研究樣本量較小,此外,A2M蛋白濃度變異大,未進(jìn)行同一患者復(fù)發(fā)前后對比研究,且標(biāo)本收集和ELISA驗證階段的人員、環(huán)境、溫度等均有可能造成血清蛋白不同程度降解而影響實驗結(jié)果,因此有關(guān)結(jié)論需進(jìn)一步驗證。
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[2017-02-10收稿][2017-03-25修回][編輯羅惠予]
Identification of novel serum biomarkers for recurrent nasopharyngeal carcinoma using TMT-based quantitative proteom ic analysis
Meng Huiling1,2,Zhu Xiaodong1,3,Li Ling1,Liang Zhongguo1,Pan Xinbin1,Zeng Fanyan1,Qu Song1,(31Department of Radiation Oncology,Affiliated Tumor HospitalofGuangxiMedical University;2Graduate SchoolofGuangxiMedical University;3Key Laboratory of Education Ministry for Early Prevention and Treatment of Cancer in Guangxi Zhuang Autonomous Region,Nanning 530021,P.R.China)
Qu Song.E-mail:daisyqs2002@163.com
Objective To identify proteins differentially expressed between recurrent nasopharyngeal carcinoma(NPC)and nonrecurrentNPC.M ethod Serumwascollected from 20 patientswith recurrentNPCand 20 patientswith non-recurrentNPC.Weused tandem mass tag labeling and high performance liquid chromatography fractionation,followed by liquid chromatography-tandem mass spectrometry to identify differentially expressed proteins.Candidateproteinswere confirmed by ELISA in a separate setofserum samples comprising 40 patientswith recurrentNPC and 41with non-recurrentNPC.Results A totalof635 protein groupswere identified in human serum,and expression levels of 413 proteinswere quantified.In two independent tests with different subgroups of patients,41 proteins were found to be down-regulated and 18 to be up-regulated in recurrent disease.ELISA confirmed that A2M was down-regulated in 23 patients with recurrent disease compared to 30 with non-recurrent disease.(Other patients had A2M levels below the detection threshold of the ELISA).Spearman analysis showed that A2M concentration did not correlatewith clinical stage(r=-0.024,P=0.866)or age(r=-0.087,P=0.534).Conclusion A2M expressionmay protect against risk of NPC recurrence and somay be a useful prognosticmarker.
Nasopharyngeal neoplasms;Recurrent nasopharyngeal carcinoma;TMT;Proteomics;A2M;Biomarker
R739.63
A
1674-5671(2017)03-05
10.3969/j.issn.1674-5671.2017.03.01
廣西醫(yī)療衛(wèi)生重點科研課題資助項目(重2012091);區(qū)域性高發(fā)腫瘤早期防治研究教育部重點實驗室資助項目(GK2014-ZZ12,GK2015-ZZ05)
曲頌。E-mail:daisyqs2002@163.com