郭倩倩 楊倩倩 宋麗敏 梁文星
(青島農(nóng)業(yè)大學(xué)植物醫(yī)學(xué)學(xué)院,青島 266109)
蛋白質(zhì)乙?;堑鞍追g后修飾的一種,包括組蛋白和非組蛋白的乙?;揎?,是一種普遍存在的動(dòng)態(tài)、可逆的蛋白質(zhì)翻譯后修飾方式。它參與了包括轉(zhuǎn)錄調(diào)控、信號(hào)通路調(diào)控、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性調(diào)控、細(xì)胞代謝和病原微生物感染調(diào)控等多個(gè)生理病理過(guò)程[1]。蛋白乙?;譃橐阴;腿ヒ阴;瘍蓚€(gè)過(guò)程,分別由乙?;D(zhuǎn)移酶(Histone/Lysine acetyltransferase,HATs/KATs) 和去乙?;福℉istone/Lysine deacetylase,HDACs/KDACs) 協(xié)同調(diào)控完成。目前,已發(fā)現(xiàn)的植物乙酰基轉(zhuǎn)移酶有20多種,主要分為4個(gè)家族:(1)GNAT(Gcn5-related N-acetyltransferase), 包 括4個(gè) 亞 家 族:GCN5、HAT1、HPA2和ELP3。該家族是目前研究較為清楚的乙?;D(zhuǎn)移酶,在植物中該家族在N端具有超過(guò)100個(gè)氨基酸的保守序列,C端存在一個(gè)bromodomain結(jié)構(gòu)域[2];(2)MYST,該家族成員眾多,結(jié)構(gòu)多變,但是均具有高度同源的MYST結(jié)構(gòu)域,該結(jié)構(gòu)域中存在一個(gè)C2HC的鋅指結(jié)構(gòu),對(duì)HAT的酶活性有重要作用[3];(3)p300/CBP,該家族成員眾多,在結(jié)構(gòu)上具有富集半胱氨酸的HAT結(jié)構(gòu)域、Znf-TAZ結(jié)構(gòu)域和Znf-ZZ結(jié)構(gòu)域,還有部分保守的PHD-ZnF 結(jié)構(gòu)域[4-5];(4)TAFII-250(TATA-binding protein-associated factor)家族,其功能主要是編碼TATA結(jié)合蛋白相關(guān)因子[6-7]。組蛋白去乙?;缚煞譃?類:(1)依賴于Zn2+存在的RPD3/HDA1家族,其家族同源性較高,N端的結(jié)構(gòu)域保守性強(qiáng),目前的研究表明RPD3/HDA1主要分布在細(xì)胞核與細(xì)胞質(zhì),參與生長(zhǎng)發(fā)育和脅迫反應(yīng)的調(diào)控;(2)NAD+依賴型的SIR2家族,具有高度保守性。大部分SIR2家族成員主要存在于核仁中,其功能非常廣泛;(3)植物所特有的HD家族,該家族在酵母和動(dòng)物體內(nèi)未發(fā)現(xiàn),研究表明該家族蛋白主要定位于細(xì)胞核中[8-10],可能參與了核仁染色質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能的調(diào)控。
1964年,Allfrey等[11]提出真核生物組蛋白乙?;鳛橐环N蛋白質(zhì)翻譯后修飾與基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控存在一定聯(lián)系。隨后的研究證實(shí)乙?;暮诵慕M蛋白存在于具有轉(zhuǎn)錄活性的染色質(zhì)當(dāng)中。2000年,Kouzarides[12]預(yù)測(cè)乙?;揎椩谏矬w內(nèi)和磷酸化修飾具有同等重要的地位。2006年,Kim等[13]首次在HeLa細(xì)胞和小鼠肝臟細(xì)胞線粒體發(fā)現(xiàn)乙酰化修飾。隨后的一系列研究結(jié)果表明,在多種真核與原核生物的蛋白質(zhì)上存在乙?;揎?,參與轉(zhuǎn)錄、新陳代謝、細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞凋亡等多個(gè)過(guò)程。
鑒于蛋白質(zhì)乙?;闹匾?,蛋白質(zhì)乙?;臋z測(cè)技術(shù)也不斷發(fā)展。乙?;揎椀臋z測(cè)技術(shù)與磷酸化相比有很大的不同,磷酸化檢測(cè)方式比較簡(jiǎn)單,可以通過(guò)原位磷酸化標(biāo)記和磷酸化特異性抗體等手段進(jìn)行研究。對(duì)于乙?;难芯糠绞絼t主要有質(zhì)譜鑒定、特異性乙?;贵w鑒定、標(biāo)記底物為基礎(chǔ)的方法等。這些技術(shù)的發(fā)展為蛋白質(zhì)乙?;揎椀陌l(fā)現(xiàn)以及乙酰化修飾在生理與病理?xiàng)l件下所發(fā)揮的功能的研究起到至關(guān)重要的作用。隨著檢測(cè)技術(shù)的發(fā)展,許多非組蛋白的乙?;揎椧呀?jīng)被鑒定,p53是第一個(gè)被發(fā)現(xiàn)的被乙?;揎椀姆墙M蛋白,其乙酰化位點(diǎn)存在于C端的DNA結(jié)合域,因此,乙?;揎椖軌蛴绊憄53與目的DNA的結(jié)合[14]。P53的發(fā)現(xiàn)證明乙酰化修飾不僅存在于組蛋白中,也存在于非組蛋白中,為乙?;揎椀难芯块_(kāi)辟了新思路。
在植物中,相對(duì)于組蛋白乙酰化研究,非組蛋白的乙酰化研究相對(duì)較少。Wu等[15]利用質(zhì)譜分析在擬南芥(Arabidopsis thaliana)中發(fā)現(xiàn)了57個(gè)乙?;鞍状嬖?4個(gè)修飾位點(diǎn),這些非組蛋白的修飾能夠影響蛋白的功能。隨著越來(lái)越多的乙?;鞍椎难芯?,調(diào)控乙?;揎椀囊阴;D(zhuǎn)移酶和去乙酰化酶也引起了人們的廣泛關(guān)注。這兩類酶廣泛參與了植物的生長(zhǎng)發(fā)育的調(diào)控,包括種子發(fā)育[16]、根發(fā)育[17]、花發(fā)育[18]以及器官生長(zhǎng)過(guò)程中細(xì)胞的增殖[19]和死亡[20-21]等。在植物的生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中,除了非生物脅迫(如寒冷、干旱等)外,還會(huì)受到病毒、細(xì)菌、真菌和昆蟲(chóng)等生物的侵害。研究表明,乙?;揎棽粌H參與植物應(yīng)對(duì)非生物脅迫的調(diào)控,也參與了植物應(yīng)對(duì)生物脅迫的調(diào)控反應(yīng)。
擬南芥中AtHDA19是組蛋白去乙?;讣易逯械诙喖易宄蓡T,該基因的缺失突變體對(duì)灰葡萄孢(Botrytis cineara)的基礎(chǔ)防御顯著增強(qiáng),抗病相關(guān)基因表達(dá)上調(diào)[22]。AtHDA19的功能缺失還能提高植株對(duì)丁香假單胞桿菌(Pseudomonas syringae)的抵抗能力,將HDA19敲除后水楊酸含量增加,與此同時(shí)病程相關(guān)蛋白PRs的含量升高,從而提高了擬南芥抵抗病原菌的能力[23]。還有研究表明,AtHDA19的過(guò)量表達(dá)能夠提高乙烯途徑關(guān)鍵因子的表達(dá)量,從而增強(qiáng)植物對(duì)病原菌的抗性[24]。擬南芥NBLRR蛋白R(shí)RS1-R的WRKY結(jié)構(gòu)域能夠被青枯菌(Ralstonia solanacearum)的效應(yīng)因子PopP2乙?;筊RS1-R不能與DNA結(jié)合,從而激活了RPS4介導(dǎo)的免疫反應(yīng)[25]。丁香假單孢桿菌(P. syringae)效應(yīng)因子HopZ3具有乙?;D(zhuǎn)移酶活性,它能夠乙酰化寄主植物RPM1免疫復(fù)合物的RIPK和RIN4,抑制受體介導(dǎo)的免疫反應(yīng)[26]。李濤等[27]利用VIGS(Virus induced gene silencing)技術(shù),以高抗青枯病‘LS189’和感青枯病‘Heinz1706’為研究對(duì)象分別沉默了番茄組蛋白去乙?;讣易逯械腟lHDA1、SlHDA3、SlHDA4、SlHDA6、SlHDA7、SlHDA8、SlHDA9、SlHDT1、SlHDT2、SlHDT3、SlSRT1 和SlSRT2,并接種青枯病病菌。結(jié)果發(fā)現(xiàn)SlSRT2和SlHDA6突變體在感病品種背景下發(fā)病率顯著降低,而SlHDT、SlHDA1和SlHDA9突變體提高了抗病品種的發(fā)病率,說(shuō)明去乙?;揎梾⑴c了對(duì)青枯病的抗性反應(yīng)[28]。Melo-Braga等[29]發(fā)現(xiàn)在小卷葉蛾侵染葡萄后,植物中20多個(gè)乙酰化位點(diǎn)發(fā)生變化,其中鈣結(jié)合蛋白的第95位賴氨酸乙?;斤@著升高。疫霉菌(Phytophthora)的效應(yīng)因子PsAvh23能夠抑制大豆中ADA2-GCN5的結(jié)合,降低GCN5的酶活性,減弱對(duì)寄主植物H3K9的乙酰化,使防衛(wèi)基因表達(dá)量下降,從而降低植物抵御病害的能力[30]。水稻特有的HD2家族成員HDT701能夠參與水稻的天然免疫反應(yīng),過(guò)量表達(dá)OsHDT701的水稻轉(zhuǎn)基因株系中組蛋白H4的乙?;较陆担瑢?duì)稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)抗性降低,相反,該基因沉默后,組蛋白H4的乙酰化水平升高,對(duì)稻瘟菌的抗性增強(qiáng),說(shuō)明HDT701能夠負(fù)調(diào)控水稻的免疫反應(yīng)[31]。水稻的SIR2家族成員OsSRT702基因在水稻抗病過(guò)程中起到負(fù)調(diào)控作用,該基因沉默后植株體內(nèi)的水楊酸含量升高,增強(qiáng)了水楊酸介導(dǎo)的抗病過(guò)程[32]。擬南芥SIR2家族成員中的AtSRT2基因受細(xì)菌性斑點(diǎn)病菌誘導(dǎo)下調(diào),能夠抑制病原菌誘導(dǎo)基因EDS5的表達(dá)[33]。同時(shí),研究表明該基因也參與了水楊酸介導(dǎo)的抗病過(guò)程[34]。這些結(jié)果表明蛋白乙酰化修飾參與了植物生物脅迫的調(diào)控反應(yīng)。
Ouidir等[35]總結(jié)了近年來(lái)細(xì)菌中乙?;鞍椎难芯窟M(jìn)展,認(rèn)為乙酰化蛋白參與多個(gè)新陳代謝、適應(yīng)及致病過(guò)程。目前,多種生物體內(nèi)的乙?;鞍滓呀?jīng)被鑒定,包括大腸桿菌(Escherichia coli)、銅綠假單胞菌(Pseudomonas aeruginosa)等。Yu等[36]利用納米技術(shù)-高效液相色譜與多級(jí)串聯(lián)離子阱聯(lián)用分析(nano-HPLC/MS/MS)技術(shù)在大腸桿菌(E.coli)中檢測(cè)到85個(gè)乙?;揎椀牡鞍?,共125個(gè)乙?;稽c(diǎn),大部分的乙?;鞍着c代謝有關(guān)。青枯菌(R. solanacearum)的效應(yīng)因子PopP2屬于半胱氨酸蛋白酶家族,與植物細(xì)胞核中RRS1-R相互作用,利用液相色譜/串聯(lián)質(zhì)譜分析表明,PopP2具有乙?;D(zhuǎn)移酶活性,其酶活性的喪失會(huì)使病原菌侵染植物的能力發(fā)生改變[37]。丁香假單胞桿菌(P.syringae)HopZ3是YopJ家族的一個(gè)乙酰基轉(zhuǎn)移酶,其能夠乙酰化寄主植物RPM1免疫復(fù)合物的RIPK和RIN4,抑制受體介導(dǎo)的免疫反應(yīng),通過(guò)HopZ3介導(dǎo)的乙?;饔?,有利于病菌的侵染[38]。
目前,植物病原真菌中的乙?;鞍籽芯枯^少,但是已經(jīng)有不少報(bào)道證實(shí)蛋白乙?;c病原菌的致病力有密切關(guān)系。Sun[39]等利用質(zhì)譜分析在稻瘟菌(M. oryzae)中鑒定到1 269個(gè)蛋白中存在著2720個(gè)乙?;稽c(diǎn),對(duì)其進(jìn)行功能預(yù)測(cè)分析發(fā)現(xiàn),許多蛋白在菌絲的生長(zhǎng)以及致病過(guò)程中起著重要作用。灰葡萄孢(B. cineara)是葡萄孢一個(gè)最大類群,寄主廣泛,對(duì)作物造成重大經(jīng)濟(jì)損失,Lv等[40]對(duì)其賴氨酸乙?;鞍走M(jìn)行質(zhì)譜分析發(fā)現(xiàn)954個(gè)蛋白中存在1 582個(gè)乙?;稽c(diǎn),生物信息學(xué)分析表明乙?;鞍讖V泛分布于病原菌細(xì)胞內(nèi),參與了翻譯、轉(zhuǎn)錄和次生代謝等幾乎所有的生物學(xué)過(guò)程。其中有6個(gè)已報(bào)道的與致病性相關(guān)的蛋白也存在著乙酰化修飾,這些結(jié)果表明,乙?;揎椏赡茉诨移咸焰叩闹虏∵^(guò)程中起著關(guān)鍵性作用。Zhou等[41]在禾谷鐮刀菌(Fusarium graminearum)中鑒定到364個(gè)蛋白的577個(gè)乙?;稽c(diǎn),發(fā)現(xiàn)10種與致病力或DON毒素生物合成相關(guān)的蛋白存在乙?;揎?,包括4個(gè)轉(zhuǎn)錄因子,4個(gè)蛋白激酶和2個(gè)磷酸酶。Ding等[42]將稻瘟病菌(M. oryze)中有去乙?;富钚缘腡IG1敲除后發(fā)現(xiàn),該突變體致病力完全喪失。將黃曲霉菌(Aspergillus flavus)中乙酰基轉(zhuǎn)移酶Rtt109敲除后發(fā)現(xiàn),H3K56乙酰化水平顯著降低,敲除突變體致病力下降[43]。圓斑根腐病菌(Cochliobolus carbonum)HDC1與釀酒酵母(S. cerevisiae)中的組蛋白去乙?;窰OS2有同源性,將該基因敲除后,病菌的致病力顯著下降[44]。稻瘟菌(M. oryzae)中MoHAT1是釀酒酵母Hat1同源基因,該基因敲除突變體生長(zhǎng)速率與產(chǎn)孢量明顯降低,侵染植物能力下降[45],說(shuō)明MoHat1參與調(diào)控了稻瘟菌的生長(zhǎng)發(fā)育及其致病能力。有研究表明乙酰基轉(zhuǎn)移酶HAT參與了dicer-like2(dcl2)介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄反應(yīng)調(diào)控,從而調(diào)節(jié)栗疫病菌(Cryphonectria parasitic)的 RNAi路徑[46]。另外,將稻瘟菌(M. oryzae)的Gcn5、Ada2、Ada3基因分別敲除后發(fā)現(xiàn)菌絲生長(zhǎng)受到抑制,形成分生孢子的能力喪失,次生代謝產(chǎn)物含量下降,說(shuō)明乙?;D(zhuǎn)移酶 Gcn5與Ada2和Ada3共同參與了稻瘟菌的菌絲生長(zhǎng)、次生代謝以及分生孢子產(chǎn)生等過(guò)程[47]。此外,將大豆疫霉(Phytophthora sojae)的PsGCN5基因敲除后發(fā)現(xiàn)該突變體的侵染能力明顯降低[48]。以上研究均表明蛋白乙?;揎椩谥参锊≡秩具^(guò)程中起重要作用,其具體機(jī)制的探究對(duì)于病害防治具有重要意義。
目前,植物病原菌的防治方法主要為化學(xué)藥劑,化學(xué)藥劑的長(zhǎng)期使用導(dǎo)致許多病原菌產(chǎn)生抗藥性,并帶來(lái)一系列的環(huán)境及食品安全問(wèn)題。生防菌的使用對(duì)于解決這一難題提供了方案。生防菌指的是能夠防治植物病害的一些有益微生物,對(duì)人畜無(wú)害并能夠改善環(huán)境,因此,對(duì)于生防菌的研究報(bào)道也是國(guó)際上的研究熱點(diǎn)。生防菌的種類很多,在生產(chǎn)上應(yīng)用的主要是真菌和細(xì)菌。已有報(bào)道指出蛋白乙酰化修飾參與了生防菌防治真菌和細(xì)菌病害的過(guò)程。Kim等[49]在枯草芽孢桿菌(Bacillus subtilis)中檢測(cè)到185個(gè)蛋白質(zhì)的332個(gè)乙酰化位點(diǎn)。Lee等[50]在熾熱芽孢桿菌(Geobacillus kaustophilus)中檢測(cè)到114個(gè)蛋白的253個(gè)乙酰化位點(diǎn)。Liu等[51]
運(yùn)用免疫親和純化和高效液相色譜質(zhì)譜聯(lián)用方法在解淀粉芽孢桿菌(Bacillus amyloliquefaciens)中鑒定到了1254個(gè)蛋白質(zhì)的3 286個(gè)乙酰化位點(diǎn),占細(xì)菌蛋白數(shù)量的32.9%,對(duì)這些乙酰化蛋白進(jìn)行分析后發(fā)現(xiàn),大部分乙酰化蛋白參與了生防相關(guān)次生代謝物的調(diào)控。Liao等[52]在玫瑰孢鏈霉菌(Streptomyces roseosporus)中發(fā)現(xiàn)667個(gè)蛋白質(zhì)中存在1 143個(gè)乙?;稽c(diǎn),這些蛋白參與了鏈霉菌的許多的生物學(xué)過(guò)程和新陳代謝調(diào)控,說(shuō)明乙?;阪溍咕纳磉^(guò)程中起到了至關(guān)重要的作用。
桿菌中能夠催化去琥珀?;?,這一發(fā)現(xiàn)為尋找大腸桿菌中新的去乙酰化酶提供新思路。因此,新的乙?;D(zhuǎn)移酶和去乙酰化酶、乙?;孜锏蔫b定,乙?;鞍自谥参锟共》磻?yīng)中所起的作用,以及乙?;绾握{(diào)控植物病原菌的致病能力和生防菌的活性,都是值得人們進(jìn)一步探究的問(wèn)題。此外,在大腸桿菌中已發(fā)現(xiàn)非酶催化的乙?;揎棧?4-55]。該過(guò)程的研究仍處于起步階段,具體機(jī)制仍需要進(jìn)一步的探索。蛋白質(zhì)乙?;且环N普遍存在且可逆的翻譯后修飾方式,它參與了幾乎所有的生物學(xué)過(guò)程。在植物病理學(xué)領(lǐng)域,目前的研究成果表明乙?;粌H參與了植物的生長(zhǎng)發(fā)育、逆境脅迫以及激素信號(hào)的應(yīng)答反應(yīng),還參與調(diào)控病原菌的生長(zhǎng)發(fā)育、致病過(guò)程以及次生代謝等多個(gè)生物學(xué)進(jìn)程。但是該方面的研究仍存在一定的局限:一是目前乙酰化的研究主要集中于組蛋白乙?;瑢?duì)于非組蛋白研究較少,非組蛋白乙酰化修飾如何調(diào)控生物體的多個(gè)生物學(xué)過(guò)程的分子機(jī)制尚不明確;二是植物病理學(xué)領(lǐng)域乙?;揎椀难芯咳蕴幱谄鸩诫A段,在研究方法和成果上遠(yuǎn)不及在高等動(dòng)物和醫(yī)學(xué)中的研究。因此,綜合運(yùn)用傳統(tǒng)的生物學(xué)、遺傳學(xué)和細(xì)胞生理學(xué)的研究方法,進(jìn)一步揭示乙酰化蛋白的功能,尤其是病原菌與寄主植物互作過(guò)程中涉及的乙酰化修飾,將為今后開(kāi)發(fā)病原菌靶向藥物提供新的方向。
隨著檢測(cè)技術(shù)的不斷發(fā)展與完善,?;揎椀姆N類不斷增多。例如,butyllysine、proplonyllysine、crotonyllysine等均是近幾年來(lái)新發(fā)現(xiàn)的酰化修飾,這些修飾之間存在cross-talk。Peng等[53]發(fā)現(xiàn)Sirt5在體內(nèi)和體外都能夠催化賴氨酸去琥珀?;腿ケ;磻?yīng),這一發(fā)現(xiàn)首次證明了賴氨酸去乙?;傅姆侨ヒ阴;钚?。研究人員發(fā)現(xiàn)CobB在大腸
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