任詩(shī)思 齊志濤 昌鳴先
(1. 中國(guó)科學(xué)院水生生物研究所, 農(nóng)業(yè)部水產(chǎn)養(yǎng)殖病害防控重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室, 淡水生態(tài)與生物技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室, 武漢 430072;2. 中國(guó)科學(xué)院大學(xué), 北京 100049; 3. 鹽城工學(xué)院海洋與生物工程學(xué)院, 鹽城 224051)
肽聚糖識(shí)別蛋白(Peptidoglycan recognition protein, PGRPs)是一類廣泛存在于無(wú)脊椎動(dòng)物和脊椎動(dòng)物中, 能特異地識(shí)別細(xì)菌細(xì)胞壁肽聚糖(Peptidoglycan, PGN)成分的高度保守的模式識(shí)別受體。PGRP最早是在家蠶的血淋巴和角質(zhì)層中被發(fā)現(xiàn)[1]。之后, 隨著黑腹果蠅(Drosophila elanogaster)、岡比亞按蚊(Anopheles gambiae)及人類基因組測(cè)序的發(fā)展, 相繼在哺乳動(dòng)物和昆蟲中發(fā)現(xiàn)了PGRPs家族的眾多成員[2—4]。此后, 在其他的無(wú)脊椎動(dòng)物(如軟體動(dòng)物、棘皮動(dòng)物)和脊椎動(dòng)物(魚類、兩棲類、鳥類)中也相繼有PGRPs基因被發(fā)現(xiàn)和鑒定[5—9]。
昆蟲PGRPs家族成員根據(jù)其mRNA轉(zhuǎn)錄本的大小分為短型PGRP (PGRP-S)和長(zhǎng)型PGRP (PGRPL)。哺乳動(dòng)物的4個(gè)PGRPs成員, 最初按照mRNA轉(zhuǎn)錄本的大小命名為短型PGRP (PGRP-S)、中型PGRP (PGRP-I, 包括PGRP-Iα/PGRP-Iβ)和長(zhǎng)型PGRP (PGRP-L)[4], 后更名為PGLYRP-1、PGLYRP-2、PGLYRP-3、PGLYRP-4。短型PGRP(PGRP-S), 大約含有200個(gè)氨基酸殘基, 蛋白分子量19—20 kD左右, 其含有的PGRP結(jié)構(gòu)域占據(jù)其絕大部分序列。有的中型PGRP (如哺乳動(dòng)物PGLYRP-3、PGLYRP-4)或長(zhǎng)型的PGRP (如果蠅PGRPLF)則含有2個(gè)PGRP結(jié)構(gòu)域。此外, 長(zhǎng)型PGRP除了C端的PGRP結(jié)構(gòu)域外, 還包含一段長(zhǎng)度可變的N端序列; 且該N端序列在PGRPs家族成員中不保守, 賦予每個(gè)PGRP獨(dú)特性和功能多樣性。PGRPs家族成員大多數(shù)為分泌蛋白(如果蠅PGRP-SA和PGRPSD、哺乳動(dòng)物PGLYRP1等), 少部分是跨膜蛋白(如果蠅PGRP-LF)和胞內(nèi)蛋白(如果蠅PGRP-LE)。
在天然免疫系統(tǒng)中, PGRPs主要作為模式識(shí)別受體、調(diào)節(jié)子和效應(yīng)分子發(fā)揮作用。在不同的物種中PGRPs的功能具有一定的保守性, 但也存在著明顯的差異。昆蟲PGRPs功能主要包括激活酚氧化酶原級(jí)聯(lián)反應(yīng)、激活Toll信號(hào)通路、激活I(lǐng)MD信號(hào)通路以及具有酰胺酶活性[5]。哺乳動(dòng)物PGRPs的功能主要包括具有酰胺酶活性和直接的殺菌活性2個(gè)方面[10]。魚類作為低等脊椎動(dòng)物, 進(jìn)化上處于昆蟲和哺乳動(dòng)物之間, 它們的PGRPs卻同時(shí)兼具酰胺酶活性和直接的殺菌活性[8]。兩棲動(dòng)物在進(jìn)化上介于魚類和哺乳動(dòng)物之間, 目前關(guān)于兩棲類的PGRPs報(bào)道甚少。而大鯢(Andrias davidianus, 俗稱“娃娃魚”), 作為現(xiàn)存?zhèn)€體最大的兩棲動(dòng)物, 存在已有三億五千多萬(wàn)年的歷史, 有“活化石”之稱, 具有極高的學(xué)術(shù)科研價(jià)值、醫(yī)用和食用等經(jīng)濟(jì)價(jià)值。近年來(lái), 由于自然環(huán)境的破壞, 非法捕殺、走私販賣等原因, 野生大鯢資源量急劇下降; 而人工養(yǎng)殖大鯢隨著養(yǎng)殖規(guī)模的擴(kuò)大, 大鯢的各種病害也接踵而來(lái), 其細(xì)菌性以及病毒性疾病成為大鯢產(chǎn)業(yè)發(fā)展的限制瓶頸。
我們以往的研究揭示了硬骨魚類短型的PGRPSC或者PGRP5、長(zhǎng)型的PGRP6的選擇性剪接及其免疫功能[11—14]。本研究構(gòu)建了兩棲動(dòng)物大鯢短型肽聚糖識(shí)別蛋白PGRP-S的真核表達(dá)質(zhì)粒, 并研究了其抗菌活性、PGN結(jié)合活性、酰胺酶活性以及對(duì)NF-κB啟動(dòng)子活性的影響。該研究為揭示脊椎動(dòng)物PGRPs在進(jìn)化中的功能異同以及大鯢的免疫防治奠定了重要的理論基礎(chǔ)。
HEK293T (Human embryonic kidney cell)和遲緩愛德華氏菌(Edwardsiella tardaPPD130/91)由本實(shí)驗(yàn)室保存并培養(yǎng)。Lys-type PGN (No.77140)或Dap-type PGN (No. 69554)購(gòu)買于Sigma公司。
大鯢PGRP-S的真核表達(dá)質(zhì)粒由鹽城工學(xué)院海洋與生物工程學(xué)院的齊志濤博士克隆并提供。真核表達(dá)的上游引物為CCCAAGCTTATGGGTGA GTGCTTGTTAC; 下游引物為CGGGATCCGGGCA GCAGAGTCGGCGTTTTTTCTGTG, 下劃線部分為限制性內(nèi)切酶位點(diǎn)。
大鯢PGRP-S的結(jié)構(gòu)域通過(guò)NCBI網(wǎng)站CD-search (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi)預(yù)測(cè); 使用SignalP 3.0 (http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)預(yù)測(cè)蛋白的信號(hào)肽; 多序列比對(duì)使用ClustalW1.83分析; 不同物種同源基因的相似性用MatGat2.02分析[15]; 大鯢PGRP-S和其他脊椎動(dòng)物PGRPs的進(jìn)化關(guān)系采用MEGA4.0軟件的鄰接法(Neighbor-Joining, NJ)構(gòu)建的系統(tǒng)進(jìn)化樹來(lái)分析,設(shè)置1000次bootstraps進(jìn)行評(píng)估。
將HEK293T細(xì)胞接種24孔板(3×105/孔), 37℃5% CO2細(xì)胞培養(yǎng)箱中培養(yǎng)過(guò)夜。將200ng的pNF-κB-Luc報(bào)告質(zhì)粒和1 ng Rellina內(nèi)參質(zhì)粒分別與不同量的p3xFLAG或PGRP-S-FLAG質(zhì)粒共轉(zhuǎn)染HEK293T細(xì)胞。48h后收集并裂解細(xì)胞, 用Promega公司的Dual-Luciferase Reporter Assay System檢測(cè)樣品的熒光素酶活性。
胞內(nèi)抗菌活性分析 將HEK293T細(xì)胞接種24孔板并培養(yǎng)過(guò)夜, 分別將p3xFLAG或PGRP-SFLAG轉(zhuǎn)染到細(xì)胞中(0.5 μg/孔)。隨后用遲緩愛德華氏菌(MOI=10)感染過(guò)表達(dá)的細(xì)胞(170×g, 離心5min; 25℃, 感染1h), 用1×PBS輕輕洗滌細(xì)胞3次,加入100 μg/mL慶大霉素的DMEM高糖培養(yǎng)基殺胞外菌1h, 隨后再更換為16 μg/mL慶大霉素的DMEM高糖培養(yǎng)基。分別在感染3h和6h后用1×PBS緩沖液洗滌細(xì)胞3—5次, 再用含1%Triton-X100的PBS緩沖液裂解細(xì)胞并將細(xì)胞裂解產(chǎn)物梯度稀釋后涂布平板, 計(jì)數(shù)。
胞外抗菌活性分析 細(xì)胞種板及感染步驟同上, 不加入含有慶大霉素的DMEM培養(yǎng)基。感染3h和6h后, 分別取細(xì)胞培養(yǎng)上清梯度稀釋后涂布平板, 計(jì)數(shù)。
將HEK293T細(xì)胞接種6孔板(1×106/孔)并培養(yǎng)過(guò)夜, 分別將pTurbo-GFP、p3xFLAG或PGRP-SFLAG轉(zhuǎn)染到細(xì)胞中(2.5 μg/孔), 36—48h后提取細(xì)胞總蛋白。分別將40 μg不溶的Lys-type PGN或Dap-type PGN與100 μL總蛋白低溫孵育3—4h后,離心除去未結(jié)合的蛋白, 重懸洗滌4次后通過(guò)Western-blotting檢測(cè)蛋白結(jié)合情況。
HEK293T細(xì)胞接種到25cm2的細(xì)胞培養(yǎng)瓶(5×106—1×107/瓶)并在培養(yǎng)過(guò)夜后, 將10 μg p3×FLAG或PGRP-S-FLAG轉(zhuǎn)染到細(xì)胞之中,36—48h后提取細(xì)胞總蛋白。分別將40 μg不溶的Lys-type PGN或Dap-type PGN與50 μg p3xFLAG或PGRP-S-FLAG總蛋白加入到Tris-ZnCl2緩沖液中(20 mmol/L Tris-HCl, 150 mmol/L NaCl, 10 μmol/L ZnCl2, pH7.2), 室溫孵育120min, 每10min用全波長(zhǎng)分光光度計(jì)讀取λ540的吸光度值。
大鯢PGRP-S的ORF長(zhǎng)495bp, 編碼165個(gè)氨基酸, 在其53—161氨基酸處含有一個(gè)保守的PGRP結(jié)構(gòu)域。SignalP軟件分析, 大鯢PGRP-S的N端不含有信號(hào)肽。通過(guò)ClustalX1.8對(duì)大鯢PGRP-S和其他物種的PGRPs氨基酸序列進(jìn)行同源性比較分析, 發(fā)現(xiàn)大鯢PGRP-S具有2個(gè)相距較近的半胱氨酸殘基, 而這2個(gè)半胱氨酸對(duì)于PGRP的功能和結(jié)構(gòu)完整性都是十分重要的[5,10,16]。此外, 大鯢PGRP-S具有保守的2個(gè)Zn2+結(jié)合位點(diǎn)(H83和Y117)。
MatGat2.0相似性比對(duì)顯示大鯢PGRP-S與其他物種的PGRPs相似性在19.1%—50.5%, 其中與非洲爪蟾PGLYRP1相似性最高, 為50.5%; 其次是熱帶爪蟾和牛的PGLYRP1, 分別為45.1%和42.1%; 與鯉科魚類短型PGRP5的相似性為29.8%—36.1%; 與其他脊椎動(dòng)物長(zhǎng)型PGRP2和PGRP6的相似性為19.1%—22.4% (表 1)。
使用MEGA4.0軟件鄰接法構(gòu)建大鯢PGRP-S和其他脊椎動(dòng)物PGRPs的系統(tǒng)進(jìn)化樹, 結(jié)果表明大鯢PGRP-S與兩棲動(dòng)物爪蟾的短型肽聚糖識(shí)別蛋白PGLYRP1的親緣關(guān)系最近; 同時(shí)哺乳動(dòng)物短型PGLYRP1與中間型PGLYRP-3和PGLYRP-4聚為一個(gè)大的分支(圖 1)。
由于HEK293T細(xì)胞高的轉(zhuǎn)染效率, 我們以HEK293T細(xì)胞作為模型研究大鯢PGRP-S的功能。用重組質(zhì)粒PGRP-S-FLAG以及相應(yīng)的空質(zhì)粒p3xFLAG轉(zhuǎn)染HEK293T細(xì)胞36h后提取蛋白, 經(jīng)SDS-PAGE電泳后, 轉(zhuǎn)PVDF膜, Western-blotting分析結(jié)果顯示HEK293T細(xì)胞的胞外培養(yǎng)基以及細(xì)胞溶胞產(chǎn)物中在15—25 kD有特異性條帶, 與目的蛋白理論分子量大小一致(18 kD左右), 而空質(zhì)粒p3xFLAG轉(zhuǎn)染組無(wú)特異性條帶, 表明目的蛋白在HEK293T細(xì)胞胞外和胞內(nèi)都有表達(dá)。
表 1 大鯢PGRP-S與其他物種的PGRPs氨基酸序列相同性/相似性比較Tab. 1 Amino acid identities/similarities of Andrias davidianus PGRP-S and those of other species
NF-κB信號(hào)通路是肽聚糖識(shí)別蛋白識(shí)別病原微生物繼而產(chǎn)生抗菌效應(yīng)的重要通路, 果蠅PGRPs家族許多成員均可通過(guò)此信號(hào)通路誘導(dǎo)抗菌肽的產(chǎn)生[17,18]。為了研究大鯢PGRP-S是否能激活NF-κB信號(hào)通路, 我們將大鯢PGRP-S及空質(zhì)粒分別與NF-κB啟動(dòng)子報(bào)告質(zhì)粒共轉(zhuǎn)染到HEK293T細(xì)胞中,48h后裂解細(xì)胞。該熒光素酶檢測(cè)的結(jié)果表明, 大鯢PGRP-S能顯著激活NF-κB啟動(dòng)子活性(圖 2)。
為了研究大鯢PGRP-S對(duì)胞外以及胞內(nèi)遲緩愛德華氏菌增殖的影響, 我們將PGRP-S-FLAG質(zhì)粒及空質(zhì)粒p3xFLAG轉(zhuǎn)染到HEK293T細(xì)胞, 然后用遲緩愛德華氏菌感染過(guò)表達(dá)的細(xì)胞, 分別在感染后3h和6h收集細(xì)胞培養(yǎng)基或者裂解物, 通過(guò)平板計(jì)數(shù)法來(lái)計(jì)算各組細(xì)胞內(nèi)或者細(xì)胞外遲緩愛德華氏菌的數(shù)量。結(jié)果顯示, 在遲緩愛德華氏菌感染3h和6h后, 實(shí)驗(yàn)組的細(xì)菌數(shù)量顯著低于對(duì)照組(圖 3)。
肽聚糖識(shí)別蛋白, 作為天然免疫系統(tǒng)中的一類模式識(shí)別受體, 因其能特異性地識(shí)別細(xì)菌細(xì)胞壁組分PGN而得名。為了研究大鯢的PGRP-S與PGN的結(jié)合情況, 我們?cè)贖EK293T細(xì)胞中分別過(guò)表達(dá)大鯢PGRP-S的FLAG標(biāo)簽融合蛋白以及GFP蛋白, 并將胞漿蛋白提取物分別與Lys-type和Dap-type PGN共孵育, 再通過(guò)Western-blotting技術(shù)檢測(cè)大鯢PGRP-S與這2種PGN的結(jié)合情況。結(jié)果表明, 大鯢PGRP-S能結(jié)合Lys-type和Dap-type PGN (圖 4)。
肽聚糖識(shí)別蛋白家族的部分成員與T7溶菌酶相似, 具有酰胺酶活性, 通過(guò)切割MurNAc與LAla之間的酰胺鍵水解細(xì)菌細(xì)胞壁的PGN。為了研究大鯢PGRP-S是否具有酰胺酶活性, 我們?cè)贖EK293T細(xì)胞中過(guò)表達(dá)大鯢PGRP-S的重組質(zhì)粒, 并將蛋白提取物分別與Lys-type和Dap-type PGN在Tris-Zn-Cl2緩沖液中共孵育, 用全波長(zhǎng)分光光度計(jì)檢測(cè)OD540的變化。結(jié)果表明, 大鯢PGRP-S沒(méi)有酰胺酶活性, 不能水解Lys-type和Dap-type PGN (圖 5)。
圖 1 鄰接法構(gòu)建大鯢PGRP-S與其他物種PGRPs的系統(tǒng)進(jìn)化樹Fig. 1 Phylogenetic tree of Andrias davidianus PGRP-S with those of other species
圖 2 大鯢PGRP-S對(duì)NF-κB啟動(dòng)子活性的影響Fig. 2 The effect of Andrias davidianus PGRP-S on the NF-κB activity
肽聚糖識(shí)別蛋白家族成員既可編碼分泌蛋白,又可編碼膜蛋白或者胞內(nèi)蛋白。在果蠅中, 幾乎所有短型PGRPs均為分泌蛋白; 其中PGRP-SA和PGRP-SD起著模式識(shí)別受體的作用, PGRP-SB和PGRP-SC則具有水解PGN的酰胺酶活性[19]。哺乳動(dòng)物的4個(gè)PGRPs均為分泌蛋白, 它們分別表達(dá)于不同的組織, 參與該組織的免疫應(yīng)答[4]。在魚類中,斑馬魚的PGLYRP2、PGLYRP5和PGLYRP6及草魚的PGLYRP6也均能分泌到胞外[8,13]。本研究中的大鯢PGRP-S盡管沒(méi)有信號(hào)肽, 但也能分泌到胞外, 這與斑馬魚PGLYRP5的情況類似[8]。這表明PGRPs家族成員具有不依賴于信號(hào)肽的分泌機(jī)制。
圖 3 大鯢PGRP-S對(duì)胞內(nèi)(A)以及胞外(B)遲緩愛德華氏菌增殖的影響Fig. 3 The effect of Andrias davidianus PGRP-S on the intracellular (A) and extracellular (B) E.tarda’s growth in HEK293T cells
圖 4 大鯢PGRP-S與PGN的結(jié)合作用Fig. 4 The binding activity of Andrias davidianus PGRP-S with PGN
肽聚糖識(shí)別蛋白最初因能識(shí)別細(xì)菌細(xì)胞壁的PGN而得名, 目前發(fā)現(xiàn)的大多數(shù)PGRPs均具有PGN結(jié)合能力, 并且這種結(jié)合活性可能并不依賴于PGRP結(jié)構(gòu)域的完整性[14]。已有的研究顯示, PGRPs對(duì)于Lys-type和Dap-type PGN的結(jié)合能力存在差異;它們區(qū)別Lys和Dap型PGN主要是通過(guò)2個(gè)途徑:(1)通過(guò)區(qū)別不同類型肽聚糖的四肽尾之間的肽橋;(2)通過(guò)肽聚糖結(jié)合大溝內(nèi)的3個(gè)重要的氨基酸的組成區(qū)別不同類型的肽聚糖[20], 如人類的PGLYRP1(Gly89、Trp90和Arg109GWR)識(shí)別Dap型PGN; PGLYRP3(Asn236、Phe237和Val256NFV)識(shí)別Lys型PGN[5], 草魚PGLYRP5(Gly73、Phe74和Arg93GFR)識(shí)別2種類型的PGN[12]。在本研究中, 大鯢PGRP-S (Lys111、Arg112和Arg131KRR)也識(shí)別2種類型的PGN。此外, 在其他的物種中這3個(gè)位點(diǎn)還存在其他不同的氨基酸組成, 這些不同的氨基酸組成與PGN結(jié)合特異性之間的關(guān)系還有待進(jìn)一步的研究。
目前發(fā)現(xiàn)的PGRPs成員幾乎都參與天然免疫應(yīng)答, 它們的功能概括起來(lái)主要包括三個(gè)方面:(1)作為模式識(shí)別受體(如果蠅的PGRP-SA), 激活下游的免疫應(yīng)答信號(hào)通路, 介導(dǎo)抗菌肽等效應(yīng)分子的釋放; (2)作為效應(yīng)分子, 具有直接的殺菌作用, 如哺乳動(dòng)物的PGLYRP1、PGLYRP3、PGLYRP4; (3)作為調(diào)節(jié)分子, 調(diào)節(jié)免疫信號(hào)通路的應(yīng)答水平: 包括具有酰胺酶活性的PGRPs (如PGRP-LB)和一些PGRPs分子的異構(gòu)體(如rPGRP-LC)[16,19,21]。本研究發(fā)現(xiàn)在HEK293T細(xì)胞中過(guò)表達(dá)大鯢PGRP-S能抑制E. tarda在胞內(nèi)的增殖, 這與之前Li等[13]和Yu等[14]在草魚CIK細(xì)胞中對(duì)草魚PGRP6及其異構(gòu)體的研究結(jié)果類似, 與之不同的是我們還發(fā)現(xiàn)大鯢PGRP-S對(duì)E.tarda的胞外增殖也具有抑制作用, 這表明大鯢的PGRP-S在抵抗胞內(nèi)和胞外細(xì)菌感染的免疫應(yīng)答中都具有重要作用。
NF-κB作為無(wú)脊椎動(dòng)物和脊椎動(dòng)物的天然免疫系統(tǒng)乃至適應(yīng)性免疫系統(tǒng)中重要的轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子, 參與多個(gè)免疫信號(hào)通路的激活。昆蟲中2個(gè)重要的抗菌天然免疫信號(hào)通路(Toll和IMD)以及脊椎動(dòng)物中其他的PRRs (如TLRs和NODs)介導(dǎo)的免疫應(yīng)答信號(hào)通路都涉及NF-κB的活化。Li等[13]和Yu等[14]研究發(fā)現(xiàn), 在草魚頭腎細(xì)胞中過(guò)表達(dá)草魚PGRP6及其異構(gòu)體能激活NF-κB信號(hào)通路。而本研究發(fā)現(xiàn), 在HEK293T細(xì)胞中過(guò)表達(dá)大鯢的PGRPS也能誘導(dǎo)NF-κB啟動(dòng)子的活性, 我們推測(cè)大鯢PGRP-S可能和魚類一樣, 通過(guò)激活NF-κB相關(guān)的免疫信號(hào)通路發(fā)揮抗菌功能。
圖 5 大鯢PGRP-S的酰胺酶活性分析Fig. 5 Amidase activity of Andrias davidianus PGRP-S
在肽聚糖識(shí)別蛋白家族中, 有的PGRPs具有酰胺酶活性, 如果蠅PGRP-SB1、PGRP-LB, 哺乳動(dòng)物PGLYRP2等[22—24]。目前發(fā)現(xiàn)的所有具有酰胺酶活性的PGRPs均含有4個(gè)保守的Zn2+結(jié)合位點(diǎn), 如斑馬魚PGLYRP5(His98、Tyr132、His206和Cys214,HYHC)[8]。Zn2+在PGRPs水解PGN的過(guò)程中作為親電催化劑, 促進(jìn)N-乙酰胞壁酸和L-丙氨酸之間的酰胺鍵的水解[25]。因此, 這4個(gè)Zn2+結(jié)合位點(diǎn)對(duì)具有催化活性的PGRPs至關(guān)重要, 人類PGLYRP2C530S突變及果蠅PGRP-SC1b C168A和C168S突變均失去酰胺酶活性[26,27]。本研究發(fā)現(xiàn), 只有2個(gè)Zn2+結(jié)合位點(diǎn)的大鯢PGRP-S不具有酰胺酶活性, 這表明所克隆的大鯢PGRP-S類似于哺乳動(dòng)物的PGLYRP1、PGLYRP3和PGLYRP4, 能結(jié)合但不能直接降解細(xì)菌的肽聚糖; 其殺菌機(jī)制有可能是因?yàn)榕c細(xì)菌細(xì)胞壁的相互作用抑制了肽聚糖的合成, 進(jìn)而殺死細(xì)菌或者抑制細(xì)菌的增殖[28,29]。
總之, 本研究克隆了大鯢的一個(gè)短型肽聚糖識(shí)別蛋白PGRP-S, 在其氨基酸序列中只含有2個(gè)保守的Zn2+結(jié)合位點(diǎn)。功能研究發(fā)現(xiàn), 大鯢PGRP-S無(wú)酰胺酶活性, 但能識(shí)別并結(jié)合Lys型及Dap型PGN, 對(duì)胞內(nèi)及胞外的細(xì)菌具有顯著的抑菌作用, 這說(shuō)明本研究中所克隆的大鯢PGRP-S在功能上更類似于哺乳動(dòng)物的短型PGRP。
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