張婷婷 ,王陸軍 ,郝建平 ,,王艷梅 ,王創(chuàng)云 ,李培良 ,鄧艷芳 ,周 瓊 ,李志敏 ,龐 冰 ,董永軍,裴成成,牛學(xué)謙
(1.山西大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,山西 太原 030006;2.山西省農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所,山西 太原 030031;3.山西省玉米工程技術(shù)研究中心,山西 太原 030031)
隨著人們對高品質(zhì)小麥需求的增長,品質(zhì)育種受到了更多科學(xué)家的關(guān)注。有研究表明,高分子量谷蛋白亞基(HMW-GS)組成是影響小麥品質(zhì)的重要因素[1-2]。當(dāng)前檢測HMW-GS的方法主要包括SDS-PAGE凝膠電泳和等位基因特異性擴(kuò)增(AS-PCR)[3-4],其中,AS-PCR 方法操作簡便,結(jié)果準(zhǔn)確,可以實(shí)時(shí)檢測,是實(shí)現(xiàn)小麥HMW-GS分子育種的有效檢測方法。而高質(zhì)量、高通量的DNA提取是實(shí)現(xiàn)HMW-GS實(shí)時(shí)檢測的前提。前人提取基因組DNA的方法主要包括傳統(tǒng)CTAB法[5-8]、SDS法[9-10]、堿裂解法[11-12]、酶解法、磁珠法[13]、硅膠柱法[14]等,這些方法多以幼葉為提取材料,存在成本高、周期長、操作復(fù)雜或質(zhì)量不穩(wěn)定等問題。
本研究在傳統(tǒng)CTAB法的基礎(chǔ)上,針對小麥種子蛋白、淀粉含量高的特點(diǎn),結(jié)合磁珠法,旨在尋求一種操作簡便、成本低廉、產(chǎn)率和質(zhì)量穩(wěn)定的DNA提取方法,以滿足日益增加的HMW-GS高通量分子檢測的需求。
供試10份小麥材料(Triticum aestivum L.)均由山西省農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所提供,其品種名稱與亞基組成如表1所示。
2%CTAB裂解液,氯仿∶異戊醇(24∶1),70%乙醇,異丙醇,TE(含RNaseA),磁珠懸浮液。
表1 10份小麥材料及其亞基組成
HH數(shù)顯恒溫水浴鍋(常州市第一紡織設(shè)備有限公司);Tissuelyser-96全自動(dòng)樣品快速研磨儀(上海拓赫機(jī)電科技有限公司);5810R低溫高速離心機(jī)(德國Eppendorf艾本德股份公司);PCR儀(德國Eppendorf艾本德股份公司);K5600超微量紫外可見分光光度計(jì)(北京凱奧科技發(fā)展有限公司);JY-SPCT君意東方水平型瓊脂糖凝膠電泳儀(北京君意東方電泳設(shè)備有限公司);Tanon 2500凝膠成像儀(上海天能科技有限公司)。
1.4.1 傳統(tǒng)CTAB法 參照魏琦超等[15]的方法。
1.4.2 小麥DNA提取新方法 取1粒小麥種子,加入700 μL CTAB提取液(65℃);粉碎成勻漿狀;將樣品放入65℃水浴鍋中,水浴30 min;加入等體積氯仿/異戊醇混合液(體積比24∶1),充分混勻3 min;4 ℃,14 000 r/min 離心 10 min,取上清;重復(fù)抽提一次;加入5 μL的磁珠懸浮提取液,混勻,靜置5 min,棄上清;用70%乙醇洗滌磁珠1~2次,風(fēng)干磁珠;加 50 μLTE(含 RNaseA),65 ℃水浴 5 min,-20℃保存。
1.4.3 DNA質(zhì)量檢測
1.4.3.1 紫外分光光度法檢測 采用紫外分光光度計(jì)測定DNA原液的濃度及其A260/230,A260/280的值。
1.4.3.2 瓊脂糖凝膠電泳 取4 μL的DNA原液與2 μL的6×Loadingbuffer混合均勻,用0.8%的瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳,電壓100 V,電泳60 min。
1.4.4 HMW-GS分子檢測 引物1AX2*[16]序列F:5′-ATGACTAAGCGGTTGGTTCTT-3′;R:5′-ACCTT GCTCCCCTTGTCTTT-3′。以新方法提取的DNA為模板,對亞基2*進(jìn)行AS-PCR,擴(kuò)增程序參照孫巖等[17]的方法,并進(jìn)行了改進(jìn),采用0.8%的瓊脂糖凝膠電泳檢測結(jié)果。
紫外分光光度計(jì)檢測結(jié)果顯示,新方法提取的DNA比對照(傳統(tǒng)CTAB法)平均產(chǎn)率降低,標(biāo)準(zhǔn)差減?。ū?)。瓊脂糖凝膠電泳檢測結(jié)果顯示,對照的電泳條帶亮度比較高,差異較大(圖1),新方法提取的DNA電泳條帶相對亮度較低,但差異較?。▓D2)。2種檢測結(jié)果均證實(shí)了新方法提取的DNA產(chǎn)率降低,但穩(wěn)定性更好。
表2 分光光度計(jì)檢測結(jié)果
從表2可以看出,對照和新方法提取的DNA的A260/280平均值均在1.8~2.0,但新方法標(biāo)準(zhǔn)差較小。從圖1,2可以看出,對照的DNA膠孔較亮,有拖尾現(xiàn)象,且條帶不整齊,而新方法提取的DNA電泳條帶清晰一致,背景噪點(diǎn)較少。因此,采用新方法提取的DNA質(zhì)量更高更穩(wěn)定。
選擇10份小麥種質(zhì)資源,采用新方法提取的基因組DNA為模板,對亞基2*進(jìn)行等位基因特異性擴(kuò)增(AS-PCR)。電泳檢測結(jié)果(圖3)顯示,條帶清晰,片段大小為1 319 bp,這與SDS-PAGE檢測結(jié)果一致。因此,新方法提取的DNA可以用于小麥高分子量谷蛋白亞基(HMW-GS)的分子檢測。
本研究對DNA提取過程進(jìn)行了改進(jìn):樣品在CTAB裂解液的保護(hù)下直接機(jī)械粉碎破壞細(xì)胞壁,省去了液氮研磨;在沉淀DNA時(shí),放棄加入異丙醇沉淀20 min,而采用磁珠定向吸附DNA,直接以70%的酒精洗滌。通過上述改進(jìn),提高了DNA的質(zhì)量和穩(wěn)定性,簡化了操作,縮短了提取周期,使高通量提取成為可能。
本研究在測量DNA的A260/280值時(shí)發(fā)現(xiàn)2種方法的平均值均在理想范圍內(nèi),雖然存在差異但不顯著,在瓊脂糖凝膠電泳檢測中二者結(jié)果差異顯著,尤其傳統(tǒng)CTAB法提取的DNA一致性差,而新方法提取的DNA純度高、穩(wěn)定性好。說明紫外分光光度計(jì)所測得數(shù)值相對誤差較大,這一結(jié)果與前人研究結(jié)果一致[18]。因此,在檢測DNA質(zhì)量時(shí),建議先采用紫外分光光度計(jì)進(jìn)行檢測,然后以瓊脂糖凝膠電泳驗(yàn)證結(jié)果。
HMW-GS分子檢測相對SSR[19]等分子標(biāo)記,對DNA質(zhì)量要求更高,本研究檢測了HMW-GS中的2*亞基,結(jié)果清晰準(zhǔn)確,證明新方法可以用于小麥HMW-GS 分子檢測[20]。
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