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國內(nèi)豬群中博卡病毒的感染現(xiàn)狀

2018-08-09 09:35徐國棟峰吳敏秋
中國豬業(yè) 2018年7期
關(guān)鍵詞:豬群基因型陽性率

徐國棟 李 峰吳敏秋

(1天津市動物疫病預(yù)防控制中心,天津 300402;2碩騰 (上海)企業(yè)管理有限公司,上海 200050;3江蘇農(nóng)牧科技職業(yè)學(xué)院,江蘇泰州 225300)

豬博卡病毒(Porcine Bocavirus,PBoV)是細小病毒科、細小病毒亞科、博卡病毒屬成員,最早于2009年在瑞典斷奶后多系統(tǒng)消耗仔豬綜合征患豬體內(nèi)發(fā)現(xiàn)。截止到2017年,至少有11個國家的豬群感染了PBoV[1]。但到目前為止,受制于難以篩選到適合該病毒生長的細胞系等原因,對該病毒的研究進展仍較緩慢,且在病毒基因分型方面,尚無一種公認或標準的分型方法。國際病毒分類委員會(ICTV)根據(jù)PBoV NS1基因核苷酸同源性將已獲得的PBoV分為5個基因型(PBoV1~PBoV5)[1-3],郝飛等[3]則將 PBoV分為 7個基因表型(PBoV1-5、PBoLV、PPV4)。在 PBoV的 5個基因型中,PBoV1(最初因缺乏全基因序列而暫稱博卡樣病毒,PBoLV)發(fā)現(xiàn)于瑞典PMWS仔豬組織中;PBoV2(也稱豬細小病毒4型,PPV4)分離于美國患PCV2病豬肺泡灌洗液中;PBoV3、PBoV4(也稱6V和7V)分離于中國健康仔豬糞便中;PBoV5分離于中國香港患腹瀉仔豬糞便中[2,4-8]。在國內(nèi),系統(tǒng)調(diào)查豬群中PBoV感染率的文獻較少,本文旨在通過相關(guān)文獻的綜合分析,明確國內(nèi)豬群中的PBoV感染概況,以對廣大研究者有所幫助。

1 方法

1.1 數(shù)據(jù)錄入方法

下載中國知網(wǎng)中關(guān)于核酸檢測國內(nèi)豬群PBoV感染的調(diào)查文獻,剔除內(nèi)容重復(fù)的文獻,按被檢樣品抽取年份依次在表格中錄入相關(guān)信息,包括:采樣時間(年份)、采樣地點、被檢豬群種類、被檢樣品種類、被檢樣品數(shù)量、樣品陽性率、調(diào)查者和引用文獻。其中凡能區(qū)分PBoV基因型的錄入基因型相關(guān)數(shù)據(jù)。

1.2 統(tǒng)計方法

用Microsoft Office Excel工作表對原始匯總表中數(shù)據(jù)進行以下統(tǒng)計:(1)引用數(shù)據(jù)的文獻篇數(shù)和摘錄的信息條目數(shù)量。(2)被檢樣品的4類屬性。分別對取樣時間、取樣地點、被檢豬群種類、被檢樣品種類進行頻次統(tǒng)計。(3)樣品陽性結(jié)果。分別對樣品相關(guān)屬性頻次、陽性率結(jié)果進行統(tǒng)計。

2 結(jié)果

2.1 匯總結(jié)果

匯總結(jié)果見表1,表中特殊符號的說明如下:(1)時間欄中:以采樣年份為時間節(jié)點,其中“*”指以投稿時間或論文發(fā)表時間為假定采樣時間。(2)地點欄中:以省份為采樣地點,其中Ad1包括京、冀、豫、魯、蘇、浙、滬、湘、鄂、贛、粵、桂、黔、新;Ad2包括皖、閩、桂、豫、鄂、蘇、贛、魯、滬、浙;Ad3包括鄂、湘、皖;Ad4包括豫、魯、遼;Ad5包括鄂、湘、豫;Ad6包括甘、青;Ad7包括京、津、冀;“?”表示所載地點不詳。(3)豬群欄中:“A”指文獻中未記載是否外觀正常的健康豬或病豬群。如被記載為豬或仔豬的豬群;“B”指混合了外觀健康或發(fā)病豬的豬群。如被記載為健康豬和發(fā)病豬的豬群;“C”指外觀健康的豬群。如被記載為屠宰豬、健康豬等的豬群;“D”指發(fā)生疾病的豬群。如被記載為腹瀉仔豬、發(fā)病豬、PMWS豬的豬群。(4)樣品欄中:“a”指組織或體液。包括脾、腎、心、肝、肺、淋巴結(jié)(除腸道淋巴結(jié)外)、血清、鼻分泌物、精液等;“b”指不能區(qū)分被檢樣品是否混合了組織或體液、腸道相關(guān)組織和糞便的病料;“c”指腸道相關(guān)組織及糞便;“d”指組織或體液、腸道相關(guān)組織和糞便的混合物病料;PBoV′/基因型中的PBoV′指不區(qū)分PBoV基因型的調(diào)查,以區(qū)別于本文中PBoV(豬博卡病毒)的本意。

2.2 信息條統(tǒng)計結(jié)果

表1中共引用了23篇文獻的相關(guān)數(shù)據(jù),共錄入信息91條。調(diào)查者對樣品采用的檢測方法包括PCR、多重PCR、熒光(定量)PCR等,所擴增目的基因包括PBoV 的 VP1、NS1、ORF1和 VP1、VP1/2、VP3/4/5、部分或全部基因序列。

2.3 被檢樣品屬性統(tǒng)計結(jié)果

對于采樣年份(信息條頻次),統(tǒng)計頻次按時間順序排列如下:2001—2012年(1)、2006年(3)、2007年(2)、2008年 (2)、2009年 (12)、2010年 (14)、2010—2011年 (2)、2011年 (4)、2012年 (9)、2013年 (4)、2013—2014年 (14)、2014年 (4)、2014—2015年 (1)、2015年 (15)、2016年 (3)、2017年(1);對于采樣地點(采樣頻次),除4條信息所載地點不詳外,共有25個?。ㄊ校┛傤l次為252,按頻次降序排列如下:豫(26)、滬(25)、鄂(21)、蘇(18)、魯 (17)、浙 (16)、贛 (16)、桂 (14)、冀(13)、皖 (13)、湘 (13)、京 (11)、閩 (9)、粵 (8)、新 (7)、黔 (6)、津 (5)、? (4)、遼 (3)、川 (3)、吉(2)、滇 (2)、黑 (1)、渝 (1)、甘 (1)、青 (1)。樣品中PBoV或其基因型的屬性分布及陽性率統(tǒng)計結(jié)果見表2。被檢樣品采樣時間在2001—2017年間16個時間段中,頻次較高的為2009年、2010年、2012年、2013—2014年、2015年;25個省份中,頻次較高的有豫、滬、鄂、蘇、魯、浙、贛、桂等;91頻次的豬群種類中,外觀健康豬群和發(fā)病豬群頻次較高,其信息條數(shù)分別為48、25,其樣品陽性率分別為39.62%(800/2 019)和22.81%(976/4 279),即發(fā)病豬群樣品陽性率高于外觀正常豬群;91頻次樣品種類中,組織或體液和腸道相關(guān)組織及糞便兩類樣品頻次較高,其信息條數(shù)分別為35、26,其樣品陽性率分別為14.96%(639/4 270)和42.24%(1 108/2 623),即組織或體液樣品陽性率低于腸道相關(guān)組織及糞便陽性率。

其中PBoV′樣品數(shù)為全部樣品總量的56.45%(4 988/8 837),其屬性中D和C豬群種類頻次較高,頻次比率分別為該類樣品頻次的61.29%(38/62)和35.48%(22/62);PBoV′樣品中a和c類頻次較高,頻次比率分別為該類樣品頻次的41.94%(26/62)和22.58%(14/62),可以認為PBoV′樣品這兩個屬性的頻次分布規(guī)律與總體樣品頻次分布規(guī)律一致。

2.4 樣品陽性率統(tǒng)計

從表1匯總統(tǒng)計得出:不同文獻調(diào)查結(jié)果的樣品陽性率結(jié)果范圍在0~88.98%;從表2統(tǒng)計的PBoV′或PBoV基因型的平均陽性率結(jié)果得出:PBoV3/4/5的平均陽性率(42.58%)最高,PBoV2的平均陽性率(12.16%)最低。

被檢樣品數(shù)量統(tǒng)計中,PBoV′、PBoV2相關(guān)樣品被檢測數(shù)量較多,分別占全部檢測樣品數(shù)量的56.45%(4 988/8 837)、14.43%(1 275/8 837)。

將PBoV′樣品陽性率的12個時間節(jié)點(因劉萌萌[7]調(diào)查結(jié)果時間跨度較大,故略去)中的陽性率匯總成表3,并繪制圖1,可以看出,2009年后豬群中PBoV′的陽性率呈逐漸升高趨勢,并在2016年達到高峰。

表2 樣品中PBoV或其基因型的屬性分布及陽性率統(tǒng)計

3 結(jié)論

當(dāng)前,PBoV的分型尚無統(tǒng)一標準,這影響了該病毒病原學(xué)及其相關(guān)疾病的防治研究,鄭曉文[8]曾用系統(tǒng)進化關(guān)系將PBoV分為G1、G2和G3基因群組,利用單重實時熒光PCR對2013—2014年間的227份臨床樣品檢測發(fā)現(xiàn):三個基因群組的陽性率分別為17.2%(39/227)、29.1% (66/227) 和 44.5% (101/227)。但更多調(diào)查者還是對豬群PBoV′或PBoV不同基因型感染狀態(tài)進行了調(diào)查,筆者在23篇以核酸檢測樣品的調(diào)查文獻中共收集到91條相關(guān)信息,自2001—2017年(16個時間),采樣地點至少源于25個省份(除晉、蒙、瓊、藏、陜、寧、港、澳外)中,樣品總體陽性率區(qū)間在0~88.98%,總體平均陽性率為24.39%(2 155/8 837),但因同一樣品可能被調(diào)查者檢測了不同基因型,因此豬群實際感染率應(yīng)低于24.39%。

圖1 PBoV'樣品陽性率隨年份變化圖

在調(diào)查中,調(diào)查者更多采樣于豫、滬、鄂等省份;更關(guān)注于外觀健康豬群和發(fā)病豬群的感染狀態(tài)以及組織或體液、腸道相關(guān)組織及糞便中是否存在PBoV;更多地進行了PBoV′、PBoV2的檢測,而對其他基因型的檢測偏少,但存在多基因型共感染現(xiàn)象。

表3 PBoV′時間-樣品陽性率統(tǒng)計表

在調(diào)查中,樣品的不同屬性存在陽性率高低的差異,如取自發(fā)病豬群的樣品陽性率(39.62%)高于外觀健康豬群的樣品陽性率(22.81%),腸道相關(guān)組織及糞便樣品陽性率(42.24%)高于組織或體液樣品陽性率(14.96%)。2009年以后,國內(nèi)豬群PBoV′感染已明顯呈逐年上升趨勢。

因豬PBoV感染可能與新生仔豬腹瀉、斷奶后多系統(tǒng)消耗綜合征等疾病相關(guān),近年來業(yè)界尤為關(guān)注。在國內(nèi),不同調(diào)查者進行了連續(xù)16年的調(diào)查,但總體樣本量偏少,有的基因型檢測數(shù)量過少(如PBoV3、PBoV4、PBoV5),不能反映出國內(nèi)豬群總體感染情況,期望有定期的、大范圍的橫斷面調(diào)查結(jié)果,以便于豬病防治。

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