邵焱焱 ,米熱尼沙·庫爾班 ,閆夢陽 ,閆雪琪 ,范慶祥 ,袁曉峰 ,曾獻存
(1.石河子大學動物科技學院,新疆 石河子 832000;2.新疆和田市策勒縣畜牧獸醫(yī)工作站,和田 848000)
長鏈非編碼RNA(Long non-coding RNA,LncRNA)是一類長度大于200個核苷酸的非編碼RNA。有研究表明,LncRNA在表觀遺傳調(diào)控、轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后調(diào)控等不同層次上均可調(diào)控基因表達水平,而且在細胞分化、細胞周期調(diào)控、生長發(fā)育、基因組印記和配子生成等許多生命過程中發(fā)揮著極其重要的作用[1-3]。
策勒黑羊是我國特色新疆綿羊,主要集中在新疆和田地區(qū),由于特殊的生態(tài)環(huán)境,具有耐粗飼、耐寒、抵抗力強、性成熟早、常年發(fā)情和繁殖率高等特點。策勒黑羊平均產(chǎn)羔率達215.46%,產(chǎn)后20~30 d便可發(fā)情,目前大部分牧區(qū)已實行一年兩產(chǎn)或兩年三產(chǎn)模式。因此,充分開發(fā)利用策勒黑羊優(yōu)良性能和多胎性,對新疆綿羊的長久發(fā)展具有重要意義[4-5]。LNC-010801和LNC-0085622個LncRNA是項目組前期通過策勒黑羊卵巢組織轉(zhuǎn)錄組測序的,本研究以策勒黑羊為實驗材料,檢測LNC-010801和LNC-008562在策勒黑羊發(fā)情周期不同階段卵巢組織中的表達水平,為后續(xù)研究LncRNA參與策勒黑羊繁殖性狀的調(diào)控作用奠定基礎。
參考產(chǎn)羔記錄,在大群體中選擇3~4歲策勒黑羊(多胎個體)15~20只。于早晚放入試情公羊,結(jié)合外陰檢查和陰道檢查,判斷羊只是否發(fā)情。母羊第一次有發(fā)情表現(xiàn)時到下次發(fā)情的間隔時間即為1個發(fā)情周期。在下次發(fā)情周期的發(fā)情前期、發(fā)情期、發(fā)情后期、發(fā)情間期4個不同階段,分別屠宰策勒黑羊3只,采集卵巢組織,立即置于液氮中保存用于后續(xù)分析。
Trizol試劑盒,反轉(zhuǎn)錄試劑盒,Takara-RR820A,熒光定量管,DD水,槍頭,熒光定量PCR儀。
1.3.1 卵巢組織總RNA的提取 按TRIzol提取試劑盒操作說明,提取發(fā)情周期不同階段卵巢組織的總RNA,使用Nanodrop檢測RNA的純度,Agilent 2100及瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA完整性。經(jīng)檢測符合測序質(zhì)量要求的各RNA樣品,用于后續(xù)研究。
1.3.2 實時熒光定量檢測 2個LncRNA引物見表1,引物由上海生工合成。
按照PrimeScriptTMRT reagent Kit with gDNA Eraser(Takara)試劑盒說明書操作進行基因組DNA去除和反轉(zhuǎn)錄。去除基因組DNA反應:20 μL反應體系為5×gDNA Eraser Buffr 4 μL,gDNA Eraser 2 μL,Total RNA 1 μL,補水至 20 μL,在冰上配制反應混合液,在 42 ℃2 min。反轉(zhuǎn)錄反應:反應體系40 μL,上述反應液20 μL,PrimeScrt RT Enzyme Mix Ⅰ 2 μL,RT Primer Mix 2 μL,5×PrimeScript Buffer 2(for Real Time)8 μL,補水至 40 μL,37℃ 5 min,8℃ 5 s。
表1 LNC-010801、LNC-008562及內(nèi)參擴增引物
按照TB GreenTMPremix Ex TaqTMⅡ試劑盒(Takara)說明書操作進行Real Time PCR反應:上、下游引物各1 μL,TB Green Premix Ex TaqⅡ12.5 μL,RT 反應液 2 μL。擴增程序采用兩步法:95℃ 30 s;95℃ 5 s,60℃ 30 s,共45個循環(huán)。每個樣品重復3次。
1.3.3 試驗數(shù)據(jù)的統(tǒng)計分析 采用2-△△ct法進行相對定量分析,用統(tǒng)計軟件SPSS 17.0進行顯著性檢驗。
對策勒黑羊卵巢組織提取的總RNA進行純度、總量和完整性檢測,結(jié)果表明,RNA質(zhì)量和完整性較好,未發(fā)生明顯降解,可以用于本實驗。電泳檢測結(jié)果見圖1。
圖1 瓊脂糖凝膠電泳檢測結(jié)果
標準曲線結(jié)果顯示(如圖2、3),在同一時期相同基因的樣品中,擴增曲線平整,指數(shù)區(qū)較光滑,且重復性較好,熔解曲線平滑,峰值單一,說明LncRNA擴增有效準確。
圖2 LNC-010801擴增曲線和熔解曲線
圖3 LNC-008562擴增曲線和熔解曲線
實時定量PCR檢測差異表達LncRNA結(jié)果表明(如表2),策勒黑羊不同發(fā)情周期階段LNC-010801、LNC-008562 LncRNA在卵巢組織中均有表達,呈現(xiàn)動態(tài)變化趨勢。LNC-010801的表達量在發(fā)情前期卵巢組織中顯著高于發(fā)情期(P<0.05)和發(fā)情后期(P<0.05);LNC-008562的表達量在發(fā)情期卵巢組織中極顯著高于發(fā)情間期(P<0.01)、顯著高于發(fā)情前期(P<0.05)和發(fā)情后期(P<0.05)。
表2 發(fā)情周期不同階段卵巢組織中LNC-010801、LNC-008562 LncRNA的表達量
目前,LncRNA的研究在畜禽方面已有不少報道,但在動物繁殖領(lǐng)域卻很少被報道。研究表明,LncRNA的表達水平比mRNA低,且具有時空特異性和組織特異性。在不同組織或者不同發(fā)育階段差異表達LncRNA的篩選已經(jīng)在很多研究中被用于尋找功能性LncRNA[6-8],LncRNA分子對哺乳動物生殖以及配子生成等方面具有重要調(diào)節(jié)作用。Caballero等[9]對牛卵母細胞以及胚胎發(fā)育早期階段發(fā)現(xiàn)的3個LncRNA的表達和亞細胞定位進行了研究。LncRNA可以促進動物妊娠的建立,在小鼠體內(nèi),若去除在黃體組織中高表達的Neat1基因,可導致小鼠不能妊娠[10]。LncRNA還可以促進動物早期胚胎發(fā)育。研究者們通過研究發(fā)現(xiàn),在不同胚胎發(fā)育階段發(fā)現(xiàn)大量LncRNAs[11]。綿羊的繁殖性能主要受下丘腦-垂體-性腺軸的調(diào)控,其中綿羊LncRNA在性腺軸(下丘腦-垂體-卵巢-子宮)中均有表達,在基因表達調(diào)控中發(fā)揮著重要作用[1-2]。但綿羊LncRNA的研究尚處于起步階段,其功能及調(diào)控機制還需要深入研究。研究檢測發(fā)現(xiàn),LNC-010801、LNC-008562在策勒黑羊發(fā)情周期各個階段卵巢組織中的表達量不同,呈現(xiàn)一定的變化規(guī)律。LNC-010801在發(fā)情前期表達量達到最大值,發(fā)情期達最低;而LNC-008562在發(fā)情期表達量達到最大值,在發(fā)情間期達最低。這2個LncRNA在不同階段的表達量不同,可能是因為這2個LncRNA在綿羊發(fā)情周期卵巢組織中起的作用不同。因此LNC-010801、LNC-008562 LncRNA是研究綿羊繁殖性狀的重要候選LncRNA,為后續(xù)研究LncRNA參與策勒黑羊繁殖性狀的調(diào)控作用奠定基礎。
基于實驗研究,策勒黑羊卵巢組織中LNC-010801和LNC-008562在發(fā)情周期不同階段卵巢組織中表達量有所不同,推測這2個LncRNA在綿羊發(fā)情周期卵巢組織中起不同的作用。本研究不僅豐富了綿羊非編碼RNA數(shù)據(jù),也為闡明綿羊多胎性能的分子調(diào)控機理提供分子生物學方面的理論依據(jù)。