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Ogataea minuta來(lái)源的內(nèi)切-β-N-乙酰氨基葡糖苷酶的異源表達(dá)和純化

2019-01-03 09:04賈元苓喜多島敏彥李子杰高曉冬中西秀樹(shù)
關(guān)鍵詞:糖鏈糖肽糖蛋白

賈元苓, 喜多島敏彥, 李子杰, 高曉冬, 中西秀樹(shù)

(江南大學(xué) 生物工程學(xué)院,江蘇 無(wú)錫 214122)

糖基化是一種普遍存在于真核生物中的蛋白質(zhì)翻譯后修飾[1],糖鏈對(duì)糖蛋白的生化性質(zhì)具有重要的作用。隨著糖組學(xué)的發(fā)展,對(duì)糖鏈結(jié)構(gòu)和功能的研究越來(lái)越多。然而,天然糖肽和糖蛋白上的糖鏈結(jié)構(gòu)復(fù)雜,并呈現(xiàn)多樣性,因而很難從中純化出帶有均一糖鏈的糖肽或糖蛋白[2]。目前,化學(xué)酶合成法尤其是利用內(nèi)切-β-N-乙酰氨基葡糖苷酶(ENGase)來(lái)合成此類糖肽或糖蛋白是發(fā)展較快且具有實(shí)踐意義的方法[3]。

ENGase(EC 3.2.1.96)是一類糖苷酶,其可以水解N糖鏈上兩個(gè)N-乙酰葡糖胺 (GlcNAc)之間的β-1-4糖苷鍵[4]。在CAZY數(shù)據(jù)庫(kù)中,ENGases被分成了糖苷水解酶(GH)兩大家族,即GH18和GH85[4]。褶皺鏈霉菌(Streptomyces plicatus)來(lái)源的Endo-H(Tarentinoand Maley 1974), 釀 膿 鏈 球 菌(Streptococcus pyogenes)來(lái)源的 Endo-S(Collin and Olsén 2001),里氏木霉(Trichoderma reesei)來(lái)源的Endo-T(Stals et al 2010)等都從屬于GH18家族,GH85家族的酶包括原玻璃蠅節(jié)桿菌(Arthrobacter protophormiae) 來(lái)源的 Endo-A (Takegawa et al 1997),肺炎雙球菌(Streptococcus pneumoniae)來(lái)源的 Endo-D (Muramatsu et al 2001)及凍土毛霉(Mucor hiemalis) 來(lái)源的 Endo-M(Fujita,Kobayashi et al 2004)等。與GH18家族不同的是,GH85家族的酶不僅具有糖苷水解酶的活性,同時(shí)還具有將糖鏈轉(zhuǎn)移到GlcNAc受體上的轉(zhuǎn)糖基酶活性[5]。近幾年來(lái),ENGases的轉(zhuǎn)糖基活性成為研究的熱點(diǎn)。利用該酶的活性合成帶有均一糖鏈的糖蛋白或糖肽,可以用于糖鏈結(jié)構(gòu)和功能的研究[6-7]。Endo-M和Endo-A都已多次被應(yīng)用,例如合成了糖基化的將血鈣素[8]、帶有完整N-糖鏈的CD52抗原[9]等。但它們也存在著局限性,如Endo-A傾向于識(shí)別高甘露型的糖鏈[10],已經(jīng)商業(yè)化的Endo-M雖作用的底物范圍較廣,但難獲得大量的純酶[11],價(jià)格偏貴。

最近,Murakami等發(fā)現(xiàn)Ogataea minuta中存在內(nèi)切-β-N-乙酰氨基葡糖苷酶(Endo-Om),其從屬于GH85家族,不僅可以識(shí)別高甘露糖型的糖鏈同時(shí)還可作用于復(fù)合型的糖鏈[12]。Endo-Om是一種胞質(zhì)蛋白,并且沒(méi)有被糖基化修飾。因此,我們選用大腸桿菌表達(dá)Endo-Om,以期解決ENGase產(chǎn)量低、成本高等問(wèn)題。

1 材料與方法

1.1 質(zhì)粒、菌株和培養(yǎng)基

E.coliDH5α:由作者所在實(shí)驗(yàn)室保存;BL21(DE3)、BL21 (DE3)pLysS: 均購(gòu)于博邁德 公 司;pOMEA1-6H3F-Endo-Om、pET 30a: 日本 AIST 提供。

LB培養(yǎng)基:酵母粉5 g,胰蛋白胨10 g,氯化鈉10 g,瓊脂粉 20 g(固體),加水定容至 1 L,121 ℃高壓滅菌 15 min;Overnight ExpressTMinstant LB(O/N instant LB)培養(yǎng)基(novegen):稱取50 g粉末溶于 1 L ddH2O中,加入10 mL甘油,121℃滅菌15 min。

1.2 主要試劑與儀器

主要試劑:T4DNA連接酶、KOD聚合酶,rTaq酶、各種限制性內(nèi)切酶:均購(gòu)于TaKaRa公司;EasySee Western Marker:購(gòu)于北京全市金生物技術(shù)公司;Precision Plus ProteinTMStandards:BIO-RAD。

主要儀器:高效液相色譜儀:Waters;蛋白質(zhì)純化系統(tǒng) AVANT:AKTA;iMarK 酶標(biāo)儀:BIO-RAD。

1.3 表達(dá)載體pET30-10H3F-EOm的構(gòu)建

質(zhì)粒 pOMEA1-6H3F-Endo-Om (Murakami et al,2013)作為模板,使用正向引物AAGGAGATATA CATATGCATCACCATCACCATCACCATCACCATCA CGACTACAAAGACCATGACGG和反向引物TGCT CGAGTGCGGCCGCTCACACCCAAACCTCACTC(下滑線分別為NdeⅠ和NotⅠ的酶切位點(diǎn))對(duì)其進(jìn)行PCR擴(kuò)增,獲得編碼N端帶有10His和3Flag的Endo-Om基因片段。用NdeⅠ和NotⅠ限制性內(nèi)切酶分別對(duì)基因片段和質(zhì)粒pET30a雙酶切,經(jīng)T4 DNA連接酶連接后轉(zhuǎn)化大腸桿菌DH5α,并涂布LB卡那(50 μg/mL)抗性平板。挑選單克隆進(jìn)行PCR和限制性酶切的初步鑒定,將獲得的陽(yáng)性克隆送至上海六合華大基因測(cè)序。獲得的序列結(jié)果與NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中Endo-Om基因序列比對(duì),從而得到正確編碼的表達(dá)載體pET30-10H3F-EOm。

1.4 Endo-Om在不同宿主菌的誘導(dǎo)表達(dá)

將重組表達(dá)載體pET30-10H3F-Endo-Om分別轉(zhuǎn)化到 BL21(DE3)和 BL21(DE3)pLysS 兩種不同菌種的感受態(tài)細(xì)胞中,隨機(jī)挑選4個(gè)轉(zhuǎn)化子于37℃過(guò)夜培養(yǎng)。次日,將菌液轉(zhuǎn)接新的LB培養(yǎng)基,起始 OD600從 0.02到 0.06,37℃繼續(xù)培養(yǎng) OD600至0.6~1,加入終濃度為1 mmol/L的IPTG,30℃培養(yǎng)4 h。收集細(xì)胞稀釋至0.1 OD,加入上樣緩沖液制備SDS-PAGE樣品,電泳后分別進(jìn)行考馬斯亮藍(lán)(R250)染色和蛋白質(zhì)免疫印跡(Western blotting)分析。

1.5 蛋白質(zhì)免疫印跡分析Endo-Om在BL21(DE3)pLysS 的表達(dá)

收集22.5 mL IPTG誘導(dǎo)后的重組大腸桿菌BL21 (DE3)pLysS, 加入 2 mL 破碎緩沖液 A(1 mmol/L的PMSF溶于PBS中)。放置冰上1 h,然后超聲破碎細(xì)胞(1 s破碎,4 s間歇 ×6)。15 000g離心30 min,收集上清液與沉淀,做Western blotting。Western blotting具體操作步驟如下:首先將濾紙、PVDF膜、凝膠、濾紙由上到下的順序放置到電轉(zhuǎn)儀(BIO-RAD),25 V、1.0 A、30 min 轉(zhuǎn) 膜 , 然 后 用TBST 緩沖液(150 mmol/L NaCl,10 mmol/L Tris-HCl(pH 8.0),0.05%的吐溫)清洗3次后,5%的脫脂牛奶(上海生工)封閉1 h,再用牛奶稀釋4 000倍的一抗 (anti-His Mouse mAb,TRANS) 室溫孵育 3 h。TBST清洗后加入稀釋4 000倍的二抗 (Goat Anti-MouslgG,HRP,TRANS) 孵育 1 h, 最后 TBST 清洗后,ECL顯色試劑 (BIO-RAD)對(duì)其顯色,放入ImageQuant LAS 4000凝膠成像系統(tǒng)中觀察結(jié)果。

1.6 重組Endo-Om在O/N instant LB培養(yǎng)基中的可溶性表達(dá)

將含有重組轉(zhuǎn)化子的BL21(DE3)pLysS劃線到卡那(50 μg/mL)及氯霉素(34 μg/mL)抗性的 LB 平板,待長(zhǎng)出菌落后接種至5 mL LB抗性的液體培養(yǎng)基,37℃振蕩培養(yǎng)過(guò)夜。次日,將菌液轉(zhuǎn)接到2 mL含有卡那及氯霉素抗性的Overnight Express Instant LB培養(yǎng)基,起始OD600約0.1,16℃、200 r/min培養(yǎng)2 d。 80 000g、2 min 離心收集菌體,加入 300 μL 破碎緩沖液A,冰上超聲破碎細(xì)胞 (1 s破碎,4 s間歇,2 min)。14 000g離心10 min收集上清液,同時(shí)用等量的300 μL破碎緩沖液A重懸沉淀,分別取40 μL的上清液和重懸沉淀與10 μL的5×上樣緩沖液混合均勻,水中煮沸5 min,制備SDS-PAGE電泳樣品,電泳后進(jìn)行Westernblotting分析。

1.7 重組Endo-Om的純化

收集100 mL培養(yǎng)于O/N instant LB中的重組大腸桿菌 BL21 (DE3)pLysS, 用 PBS (137 mmol/L NaCl,2.7 mmol/L KCl,10 mmol/L Na2HPO4,2 mmol/L KH2PO4)洗后重懸于10 mL的破碎緩沖液B(18 mmol/L NaH2PO4, 2 mmol/L Na2HPO4,0.5 mol/L NaCl,50 mmol/L 咪唑,1 mol/L pMSF), 置于冰上超聲破碎 (40%Amp,1 s 破碎,4 s 間歇,10 min),15 000g、4℃離心20 min,收集上清液,并用0.45 μm的針頭濾頭器過(guò)濾。使用蛋白質(zhì)純化儀純化上清液中蛋白質(zhì)。首先,用結(jié)合緩沖液 (18 mmol/L NaH2PO4,2 mmol/L Na2HPO4,0.5 mol/L NaCl,50 mmol/L咪唑,pH 7.4)平衡鎳親和層析柱1 mL HisTrpTMHP(GE),然后上清液以 1 mL/min的流速流過(guò)鎳柱。上樣完畢后,用洗滌緩沖液(18 mmol/L NaH2PO4,2 mmol/L Na2HPO4,0.5 mol/L NaCl,200 mmol/L咪唑,pH 7.4)洗去非特異性結(jié)合的雜蛋白質(zhì),最后使用洗脫緩沖液(18 mmol/L NaH2PO4,2 mmol/L Na2HPO4,0.5 mol/L NaCl,500 mmol/L 咪唑,pH 7.4)洗脫目的蛋白質(zhì),收集洗脫峰并取樣進(jìn)行SDS-PAGE檢測(cè)。檢測(cè)后剩余樣品用透析袋(國(guó)藥集團(tuán)化學(xué)試劑有限公司)透析,除去高濃度的咪唑,并用BCA試劑盒(Beyotime)檢測(cè)蛋白質(zhì)質(zhì)量濃度。

1.8 蛋白質(zhì)的活性檢測(cè)

蛋白質(zhì)的酶活測(cè)定是在10 μL體系中進(jìn)行。首先以100 pmol的NGA2-Asn-Fmoc(由日本AIST提供)作為底物,加入2 μL純化的蛋白酶液(質(zhì)量濃度為35 μg/mL)或5 μL的細(xì)胞破碎液上清液(總蛋白質(zhì)的質(zhì)量濃度為7 mg/mL)到含有100 mmol/L的醋酸鈉(pH 5.3)、0.5 mol/L的氯化鈉緩沖體系中,50℃反應(yīng)1 h(純酶)或 3 h(粗酶液),95℃加熱5 min終止反應(yīng)。然后進(jìn)行高效液相色譜(HPLC)分析其酶活,檢測(cè)條件為ShodexAsahipak NH2P-50 4E色譜柱 (4.6 mm ×250 mm;Showa Denko K.K.,Tokyo,Japan),流動(dòng)相為0.3%的醋酸銨溶于57%乙腈,洗脫 25 min,流速 1 mL/min,激發(fā)波長(zhǎng) 265 nm,發(fā)射波長(zhǎng)315 nm,柱溫40℃。

2 結(jié)果與分析

2.1 重組表達(dá)載體pET30-10H3F-EOm在不同宿主菌的誘導(dǎo)表達(dá)

將表達(dá)載體pET30-10H3F-Eom分別轉(zhuǎn)入E.coliBL21(DE3)和 BL21(DE3)pLysS 兩種宿主菌,隨機(jī)選取4個(gè)陽(yáng)性克隆,采用1 mmol/L的IPTG誘導(dǎo)Endo-Om表達(dá)。從圖1可知,在兩種不同的菌種中,IPTG都促進(jìn)了Endo-Om的表達(dá)(對(duì)應(yīng)的目的蛋白質(zhì)條帶約91 000),但是大量目的條帶被降解。相比較而言,雖帶有質(zhì)粒pLysS的BL21(DE3)菌株也存在著蛋白質(zhì)被降解的現(xiàn)象,但降解比例相對(duì)較低。同時(shí)其表達(dá)的Endo-Om的量明顯多于BL21(DE3)菌株,只通過(guò)考馬斯亮藍(lán)染色就可以確認(rèn)目標(biāo)蛋白質(zhì)的表達(dá)。值得一提的是,在沒(méi)有IPTG誘導(dǎo)下,BL21(DE3)仍然表達(dá)了許多目的蛋白質(zhì),這可能是因?yàn)橛猩倭康膌acUV5啟動(dòng)了T7RNA聚合酶,存在著目的蛋白質(zhì)的本底表達(dá)。而加入質(zhì)粒pLysS之后,由于其含有T7溶菌酶的基因,T7溶菌酶可以與T7RNA聚合酶結(jié)合,從而可以降低目的基因的背景表達(dá)水平。

圖1 SDS-PAGE和Western-blotting分析IPTG誘導(dǎo)重組Endo-Om的蛋白質(zhì)表達(dá)Fig.1 Expression of recombinant Endo-Om by IPTG induction in various hosts

超聲破碎宿主菌 BL21(DE3)pLysS,取其離心后的上清液及沉淀進(jìn)行Western blotting。從圖2可以看出,經(jīng)IPTG誘導(dǎo)后,雖然大量表達(dá)了Endo-Om,但其幾乎全部出現(xiàn)在沉淀中。說(shuō)明Endo-Om在大腸桿菌中表達(dá)時(shí)易被蛋白酶降解并且極易形成包涵體。

圖 2 Western-blotting分析 Endo-Om 在 BL21(DE3)pLysS中的表達(dá)Fig.2 Western blotting analysis of the expression of recombinant Endo-Om in BL21(DE3)pLysS

2.2 重組蛋白在大腸桿菌BL21(DE3)pLysS的可溶性表達(dá)及活性檢測(cè)

為了促進(jìn)Endo-Om在大腸桿菌中可溶性表達(dá),我們對(duì)其培養(yǎng)條件進(jìn)行了優(yōu)化。當(dāng)其在O/N instant LB中16℃培養(yǎng)48 h后,取細(xì)胞液做western blotting分析。圖3(a)顯示了在這種培養(yǎng)條件下,Endo-Om蛋白質(zhì)的降解明顯地降低。同時(shí)破碎細(xì)胞后,分別取等量的上清液與沉淀進(jìn)行Western blotting。圖3(b)可以明顯地看出,與之前IPTG誘導(dǎo)表達(dá)使得幾乎全部重組蛋白質(zhì)形成包涵體不同,約占1/4的蛋白質(zhì)表達(dá)到上清液里,而且大部分的降解出現(xiàn)在沉淀中。Endo-Om在O/N instant LB中低溫培養(yǎng)不僅可以減少蛋白質(zhì)的降解還可促進(jìn)其可溶性表達(dá)。在低溫的培養(yǎng)條件下,菌體生長(zhǎng)速度、代謝速度減緩,使其有更充足的時(shí)間進(jìn)行蛋白質(zhì)的組裝,幫助外源蛋白質(zhì)折疊[13]。

已知Endo-Om具有糖苷水解酶的活性,因此我們以NGA2-Asn-Fmoc為底物,以水為空白對(duì)照,測(cè)重組大腸桿菌粗酶液的活性,見(jiàn)圖4(a)。從圖4(b)看出,隨著 NGA2-Asn-Fmoc 的峰(約 16 min)的降低,酶切產(chǎn)物的峰(約在 11 min)出現(xiàn),即產(chǎn)物GlcNAc-Asn-Fmoc。因而,可溶性表達(dá)到大腸桿菌上清液里的Endo-Om是有活性的。

圖3 Western blotting分析重組的Endo-Om 16℃在O/N instant LB培養(yǎng)基中的表達(dá)Fig.3 Expression of recombinant Endo-Om in O/N instant LB medium at 16℃

2.3 重組蛋白的純化及活性鑒定

重組大腸桿菌超聲破碎后,離心收集上清液,利用鎳親和層析柱HisTrpTM HP純化。首先用200 mmol/L的咪唑洗去非特異性結(jié)合的雜蛋白質(zhì),然后,以500 mmol/L的咪唑洗脫目的蛋白質(zhì),SDSPAGE分析

純化得到的蛋白質(zhì)。從圖5可以清楚的看到,在約90 000處有一條清晰的主條帶,與預(yù)期的大小一致,成功實(shí)現(xiàn)了Endo-Om在大腸桿菌中的純化。

圖5SDS-PAGE分析純化的重組Endo-OmFig.5 SDS-PAGE of purified Endo-Om

以NGA2-Asn-Fmoc為底物,我們檢測(cè)純化后蛋白質(zhì)的活性,圖6顯示純化后的Endo-Om具有糖苷水解酶活性,可以水解N-糖鏈中兩個(gè)GlcNAc之間的β-1-4糖苷鍵,釋放N-糖鏈和帶有GlcNAc的多肽。計(jì)算大腸桿菌中純化的Endo-Om的比活力為7.68 U/g,與Murakami等從Ogataeaminuta酵母中純化出的酶的比活力9.92 U/g[12]相比,并無(wú)較大的差別。酶活單位定義為在此反應(yīng)條件下,每分鐘生成1 μmol的GlcNAc-Asn-Fmoc所需的酶量。

圖6HPLC檢測(cè)純化后Endo-Om水解活性Fig.6 HPLC analysis of hydrolysis activity of purified Endo-Om

3 結(jié)語(yǔ)

糖鏈結(jié)構(gòu)和功能的研究及糖蛋白藥物、疫苗等都迫切需要帶有均一糖鏈的糖蛋白和糖肽,化學(xué)酶合成法,尤其是利用ENGase的轉(zhuǎn)糖基活性合成此類糖蛋白和糖肽成為了目前研究的熱點(diǎn)[3]。Endo-M和Endo-A都已多次被應(yīng)用,但存在著局限性[14]。最近,有研究報(bào)道來(lái)源于Ogataea minuta的內(nèi)切-β-N-乙酰氨基葡糖苷酶(Endo-Om)從屬于GH85家族,可識(shí)別高甘露糖型和復(fù)合型糖鏈。因此,Endo-Om具有較為廣泛的應(yīng)用。Murakami等將其在Ogataea minuta中過(guò)表達(dá)并進(jìn)行了純化,但較難得到大量的純酶。我們研究了Endo-Om在大腸桿菌中可溶性表達(dá),并成功檢測(cè)到純化后的酶液對(duì)缺少半乳糖的雙天線復(fù)合型糖鏈的水解活性。與從其本身酵母中純化的酶的比活力相比較,并無(wú)較大的區(qū)別,但眾所周知,大腸桿菌的異源表達(dá)易產(chǎn)生包涵體,本研究雖通過(guò)條件的優(yōu)化,得到了可溶性的Endo-Om,但其在 BL21(DE3)pLysS 中依舊形成了部分的包涵體,仍需繼續(xù)研究。值得一提的是,在大腸桿菌中表達(dá)該酶,操作簡(jiǎn)單,我們可利用此法純化該酶,用于其結(jié)構(gòu)及功能的研究。同時(shí)接下來(lái)我們還需進(jìn)一步研究Endo-Om的底物識(shí)別機(jī)制,水解和轉(zhuǎn)糖基兩種作用的催化機(jī)理,以期獲得更高效的轉(zhuǎn)糖基突變體,用于合成同源糖蛋白或糖肽。

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