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光滑念珠菌MSH2基因突變與氟康唑耐藥的研究

2019-05-10 02:05:10劉赟蕾宮婷婷王中新
關(guān)鍵詞:氟康唑念珠菌基因突變

劉赟蕾,宮婷婷,王中新

近年來,侵襲性光滑念珠菌感染發(fā)病率不斷上升,光滑念珠菌對常規(guī)抗真菌藥物的耐藥情況愈加嚴(yán)重,且多重耐藥光滑念珠菌檢出率也明顯升高,給臨床抗真菌感染治療帶來巨大挑戰(zhàn)。研究[1]表明,真菌耐藥性的產(chǎn)生歸因于基因突變,從點突變到整個染色體缺失、插入、重排等。DNA錯配修復(fù)(mismatch repair,MMR)系統(tǒng)維持DNA復(fù)制的保真性,其廣泛存在于生物體中,該系統(tǒng)缺陷與基因突變率增加有關(guān)[2]。在人類基因組中,該系統(tǒng)缺陷與某些癌癥(如非息肉型結(jié)直腸癌)相關(guān)[2-3];在細(xì)菌中,MMR系統(tǒng)缺陷是細(xì)菌獲得性耐藥性的重要機制[4];在白色念珠菌中,MMR系統(tǒng)缺陷導(dǎo)致基因不穩(wěn)定性增加,更快獲得對氟康唑耐藥性[5]。MSH2基因為核MMR基因(屬MMR系統(tǒng)基因的一種),相關(guān)研究[1]表明MSH2基因突變?yōu)楣饣钪榫@得多重耐藥性的驅(qū)動因素,且具有特定錯義突變的菌株在體外表現(xiàn)出更高的耐藥性。該實驗通過分析氟康唑敏感型、劑量依賴性敏感型(susceptible-dose dependent,S-DD)及耐藥型光滑念株菌中MSH2基因突變情況,旨在探討光滑念珠菌MSH2基因突變與氟康唑耐藥的關(guān)系。

1 材料與方法

1.1 菌株來源收集安徽醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院檢驗科2017年7月~2018年7月的門診及住院患者的痰、尿、血液或分泌物等標(biāo)本中分離獲得的光滑念珠菌,標(biāo)本源自同一患者同一住院時間段同一部位的重復(fù)菌株只納入一株分析,菌株保存在-80 ℃菌株庫。選取光滑念珠菌ATCC MYA-2950作為真菌鑒定的質(zhì)控菌株,白色念珠菌ATCC 10231作為真菌藥敏的質(zhì)控菌株,使用大腸桿菌ATCC 8739作為質(zhì)譜儀器的校準(zhǔn)菌株。

1.2 儀器和試劑酵母基因組DNA提取試劑盒(上海生工生物工程有限公司);DL 5 000 DNA Marker 和Premix Ex Taq 酶體系(日本TaKaRa公司);RPMI1640液體培養(yǎng)基(美國GIBCO公司);MOPS(北京索萊寶技術(shù)有限公司);ATBFUNGUS3試劑盒、VITEK MS IVD (V2.0) 質(zhì)譜儀 (法國Biomérieux公司);PCR儀(德國 Biometra公司);電泳儀(北京六一儀器廠);全自動凝膠成像儀(美國Bio-Rad公司)等。

1.3 方法

1.3.1菌株鑒定 將菌株從-80 ℃菌株庫中取出,接種于科瑪嘉念珠菌顯色培養(yǎng)基,35 ℃培養(yǎng)48 h初步鑒定,再用VITEK MS IVD (V2.0) 質(zhì)譜儀進一步鑒定,以光滑念珠菌ATCC MYA-2950作為鑒定質(zhì)控菌株,質(zhì)譜儀器的校準(zhǔn)菌株大腸桿菌ATCC8739。

1.3.2藥敏試驗 采用ATBFUNGUS3試劑盒進行體外藥敏試驗,藥敏結(jié)果根據(jù)美國臨床和實驗室標(biāo)準(zhǔn)協(xié)會(Clinical and Laboratory Standards Institute,CLSI)推薦折點判讀,以白色念珠菌ATCC 10231作為真菌藥敏的質(zhì)控菌株,隨機選取19株氟康唑耐藥菌株、15株氟康唑中介菌株和23株敏感菌株,-80 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>

1.3.3制備DNA模板 將上述菌株從-80 ℃菌株庫中取出,接種于沙保弱培養(yǎng)基35 ℃培養(yǎng)48 h傳代2次進行復(fù)蘇,挑取單個菌落于5 ml RPMI1640液體培養(yǎng)基,37 ℃、250 r/min震蕩培養(yǎng)16 h。取1 ml菌液離心收集菌體,按照酵母基因組DNA提取試劑盒說明書操作提取DNA,產(chǎn)物放于-20 ℃冰箱備用。

1.3.4擴增MSH2基因及測序MSH2基因引物設(shè)計參照已有文獻[6]委托上海生工生物工程有限公司合成,使用3對引物33F/1188R、1013F/2170R、1914F/2985R 對MSH2基因分段擴增,所得產(chǎn)物分別標(biāo)記為MSH2基因片段1、MSH2基因片段2、MSH2基因片段3,引物序列見表1。50 μl PCR反應(yīng)體系為5×PrimeSTAR GXL Buffer 10 μl,PrimeSTAR GXLDNAPolymerase 1 μl,dNTPMixture(各2.5 mmol/L ) 4 μl,上下游引物(10 μmol/L)各1 μl,DNA模板(25 ng/μl)2 μl,滅菌雙蒸水31 μl。PCR反應(yīng)條件為95 ℃預(yù)變性10 min,95 ℃變性30 s,55 ℃退火30 s,72 ℃延伸90 s,循環(huán)35次,最后72 ℃延伸7 min。PCR產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳后,采用全自動凝膠成像儀中觀察拍照。將PCR產(chǎn)物送至上海生工公司測序,測序結(jié)果應(yīng)用BLST軟件,與標(biāo)準(zhǔn)序列(KY110695.1-KY110696.1)進行比對分析。

表1 MSH2基因PCR引物序列

1.4 統(tǒng)計學(xué)處理應(yīng)用SPSS 17.0軟件進行分析,3組實驗菌株出現(xiàn)MSH2基因突變頻率比較采用χ2檢驗,以P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義;3組之間的兩兩比較以P<0.016 7為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 光滑念珠菌藥敏試驗結(jié)果經(jīng)鑒定,共157株光滑念珠菌,對氟康唑等5種抗真菌藥物的藥敏分析結(jié)果見表2,同時存在唑類交叉耐藥及多藥耐藥現(xiàn)象。

表2 157株光滑念珠菌體外藥敏結(jié)果情況(%)

2.2MSH2基因PCR產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果以隨機選取的57株研究菌株的DNA為模板,對MSH2基因分段行PCR擴增,每株均獲得預(yù)期大小的片段。部分菌株P(guān)CR產(chǎn)物電泳結(jié)果見圖1。

圖1 MSH2基因分段PCR產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果

A:MSH2基因片段1;B:MSH2基因片段2;C:MSH2基因片段3;M:DNA Marker;P:陽性對照(已經(jīng)實驗室檢測確認(rèn)為光滑念珠菌MSH2基因的DNA);N:陰性對照;1~4:部分氟康唑耐藥菌株;9~12:部分S-DD菌株;17~20:部分敏感菌株

2.3MSH2基因測序結(jié)果目的基因測序結(jié)果與Genbank中MSH2基因標(biāo)準(zhǔn)序列進行Blast分析比對,57株光滑念珠菌共檢測出3個非同義突變位點C622T/A2669T、G715T,分別對應(yīng)氨基酸置換位點為P208S/N890I、V239L。19株氟康唑耐藥菌株有17株發(fā)生MSH2基因突變,其中涉及C622T/ A2669T突變2株,涉及G715T突變15株,未發(fā)現(xiàn)3個非同義突變位點同時出現(xiàn)在同一菌株;15株氟康唑S-DD菌株有13株發(fā)生MSH2基因突變,均只涉及G715T一個非同義突變位點;23株敏感菌株有10株發(fā)生MSH2基因突變,也均只涉及G715T一個非同義突變位點。見表3。

設(shè)α=0.05為檢驗水準(zhǔn),氟康唑耐藥組出現(xiàn)MSH2基因突變頻率(89.5%)與S-DD組(86.7%)、敏感組(43.5%)比較,差異具有統(tǒng)計學(xué)意義(χ2=13.162,P=0.002)。兩兩比較,以α′=0.016 7 為檢驗水準(zhǔn),結(jié)果提示:耐藥組MSH2基因突變頻率顯著高于敏感組(χ2=9.587,P=0.003);耐藥組與S-DD組比較,差異無統(tǒng)計學(xué)意義(χ2=0.064,P=1.000);中介組與敏感組比較,差異有統(tǒng)計學(xué)意義(χ2=7.088,P=0.016)。

表3 3組實驗菌株出現(xiàn)MSH2基因突變情況

3 討論

近年來,光滑念珠菌已成為全球第二大引起侵襲性真菌感染的病原體[7],目前可用于一線治療的抗真菌劑有限,且考慮藥物對人體副作用(如兩性霉素B的腎毒性)及藥品價格方面,臨床較常使用唑類藥物。研究[8-9]表明,光滑念珠菌對氟康唑的耐藥率逐年升高,Xiao et al[8]通過對中國醫(yī)院侵襲性真菌檢測網(wǎng)研究顯示2009~2014年間光滑念珠菌對氟康唑的耐藥率從12.9%上升至24.0%,國外也有類似報道[9]。本研究顯示,2017年7月~2018年7月從我院收集的光滑念珠菌對氟康唑耐藥率達22.9%,對伊曲康唑等其它4種抗真菌藥有不同程度耐藥,同時存在交叉耐藥和多藥耐藥現(xiàn)象,這與文獻[8]報道基本一致。 相關(guān)研究表明,光滑念珠菌易對唑類產(chǎn)生耐藥[10],通常與ATP結(jié)合轉(zhuǎn)運蛋白和易化擴散載體超家族蛋白(如CDR1、SNQ2等)表達上調(diào)有關(guān)[9],從而有效的將藥物泵出細(xì)胞外,同時藥物外排泵上調(diào)通常伴隨轉(zhuǎn)錄因子PDR1獲得性突變[11],但目前尚不清楚光滑念珠菌為何能快速獲得對多種藥物的耐藥性。

MMR系缺陷的菌株可增強基因水平轉(zhuǎn)移的頻率[4],相關(guān)研究[12]顯示,缺乏DNA MMR系統(tǒng)的細(xì)胞,可大大提高自發(fā)突變的速率。Legrand et al[5]通過構(gòu)建白色念珠菌MSH2Δ菌株,研究發(fā)現(xiàn)MSH2基因突變可致氟康唑耐藥菌落的出現(xiàn)頻率增加。同時,Healey et al[1]通過研究357株光滑念珠菌MSH2基因突變情況及建立MSH2Δ光滑念珠菌胃腸定植小鼠模型,發(fā)現(xiàn)DNA修復(fù)系統(tǒng)缺陷可能是導(dǎo)致負(fù)責(zé)調(diào)控耐藥性的各種基因變化加速的原因。本實驗通過研究57株光滑念珠菌MSH2突變情況,結(jié)果顯示氟康唑耐藥組、S-DD組MSH2基因突變頻率明顯高于敏感組,因此MSH2基因突變可能與氟康唑耐藥有關(guān)。本次研究顯示的P208S/N890I、V239L氨基酸置換位點與國外報道[1,6]一致,但未發(fā)現(xiàn)E231G、L269F等國外報道的其他氨基酸置換位點,這可能與實驗菌株數(shù)相對較少或地理差異有關(guān)。此外,本實驗顯示P208S/N890I氨基酸置換位點只出現(xiàn)在耐藥組中,可能其與出現(xiàn)氟康唑耐藥相關(guān)性較高,這有待進一步生物學(xué)驗證。同時,本研究顯示敏感組也出現(xiàn)相對較高的MSH2基因突變頻率,且有文獻[13]報道MSH2基因突變出現(xiàn)在耐藥性出現(xiàn)之前,這可能初步解釋了光滑念珠菌為何能快速獲得對氟康唑的耐藥性,但仍需進一步深入研究;也可能與患者基礎(chǔ)疾病較多、接觸較多藥物(如抗生素、抗腫瘤藥物等)有關(guān)。此外,已有研究[1]通過對連續(xù)臨床光滑念珠菌分離株的分析,結(jié)果表明MSH2基因突變發(fā)生在耐藥性出現(xiàn)之前。

雖然有研究表明DNA MMR基因MSH2基因突變與氟康唑耐藥有關(guān),但Dellière et al[6]研究提出光滑念珠菌對氟康唑的耐藥性與抗真菌藥物暴露相關(guān),且相關(guān)性優(yōu)于MSH2基因突變。由于病歷資料不完善,本實驗未考慮患者抗真菌藥物的暴露情況。另外,Healey et al[1]發(fā)現(xiàn)從部分醫(yī)院獲得的光滑念珠的MSH2基因突變頻率在氟康唑敏感組與耐藥組有相似水平,表明MSH2基因突變存在地理差異。

本研究為闡明光滑念珠菌MSH2基因突變與氟康唑耐藥有一定關(guān)系,但MSH2突變是否導(dǎo)致DNA MMR蛋白表達下降,或功能活性降低,或參與調(diào)控其它耐藥基因如藥物外排泵等,有待進一步探討。耐藥機制的形成,復(fù)雜且多樣性[14],對其深入研究有助于臨床治療和指導(dǎo)用藥。

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