文禹粱 ,潘林香 ,王金文 ,馬 琳 ,趙生國 ,儲明星
(1.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所,農(nóng)業(yè)部動物遺傳育種與繁殖重點實驗室,北京 100193;2.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科學(xué)技術(shù)學(xué)院,蘭州 730070;3.萊蕪市嬴泰有機(jī)農(nóng)業(yè)科技發(fā)展有限公司,山東萊蕪 271114;4.山東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院畜牧獸醫(yī)研究所,濟(jì)南 250100)
綿羊產(chǎn)羔數(shù)作為重要的經(jīng)濟(jì)性狀,是影響綿羊產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟(jì)效益的重要因素之一[1]。綿羊產(chǎn)羔數(shù)性狀遺傳力只有0.1左右,若僅依靠傳統(tǒng)的雜交育種和自然選擇,每個世代僅可提高2%的產(chǎn)羔數(shù),效率極低[2]。利用分子標(biāo)記輔助選擇(Marker assisted selection,MAS)則可極大地提高低遺傳力性狀的選擇功效。隨著人們對綿羊產(chǎn)羔性狀的深入研究,陸續(xù)發(fā)現(xiàn)骨形態(tài)發(fā)生蛋白受體1B(Bone morphogenetic protein receptor1B,BMPR1B)、骨形態(tài)發(fā)生蛋白 15(Bone morphogenetic protein 15,BMP15)以及生長分化因子9(Growth differentiation factor 9,GDF9)等是影響綿羊產(chǎn)羔數(shù)的主效基因[3]。其中BMPR1B和BMP15都是轉(zhuǎn)化生長因子-β(Transforming growth factor-β,TGF-β)超家族最大的亞家族BMP家族(Bone morphogenetic protein family)中的重要基因[4]。BMP 家族廣泛作用于綿羊卵巢生殖細(xì)胞(卵泡、黃體、卵母細(xì)胞以及顆粒細(xì)胞),并通過旁/自分泌對早期胚胎和卵泡發(fā)育起重要調(diào)節(jié)作用[5-6]。
BMP4是BMP家族成員,最初被稱為BMP-2b。Wozney等[7]首先克隆得到其在人體的序列。綿羊BMP4基因位于7號染色體,包括6個外顯子,編碼區(qū)全長1 229 bp,編碼 409 個氨基酸[8]。研究表明,BMP4為綿羊生殖所必需,具有調(diào)節(jié)動物卵泡發(fā)育、促進(jìn)顆粒細(xì)胞增殖、卵丘擴(kuò)散以及促進(jìn)卵母細(xì)胞成熟和排卵等功能[9]。張弛等[10]研究發(fā)現(xiàn),BMP4可促進(jìn)排卵卵泡中顆粒細(xì)胞分化,排卵數(shù)增加。本實驗室前期研究發(fā)現(xiàn),小尾寒羊BMP4基因外顯子3第305位堿基發(fā)生C/A突變。該突變的BB型小尾寒羊平均產(chǎn)羔數(shù)比AB型和AA型多0.61只,與小尾寒羊產(chǎn)羔數(shù)呈加性效應(yīng)[11]。另外,本實驗室前期對10個綿羊品種進(jìn)行全基因組重測序發(fā)現(xiàn),基于Oar_3.1版本綿羊BMP4基因編碼區(qū)存在一個錯義突變位點 g.63454744T>G[12]。因此,本研究對BMP4基因g.63454744T>G位點采用Sequenom MassARRAY?SNP技術(shù)在隨機(jī)群體中分型,與魯中肉羊產(chǎn)羔數(shù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,探討B(tài)MP4多態(tài)性對魯中肉羊產(chǎn)羔數(shù)的影響,為進(jìn)一步開展綿羊產(chǎn)羔機(jī)理研究提供參考依據(jù)。
從山東省萊蕪市嬴泰有機(jī)農(nóng)業(yè)科技發(fā)展有限公司隨機(jī)采集384只在2~3歲之間的魯中肉羊頸靜脈血10 mL,檸檬酸葡萄糖抗凝處理后-20℃保存。并收集384只魯中肉羊的產(chǎn)羔數(shù)表型數(shù)據(jù)。
采用DNA提取試劑盒(天根公司,北京)提取試驗綿羊血液DNA。利用Nanodrop2000微量分光光度計(Nano Drop Technologies,美國)檢測提取DNA樣本濃度,用1.5%的瓊脂糖凝膠電泳對DNA質(zhì)量進(jìn)行檢測。
利用Sequenom MassARRAY?SNP結(jié)合多重PCR技術(shù)、MassARRAY Iplex單堿基延伸技術(shù)和基質(zhì)輔助激光解吸附電離飛行時間質(zhì)譜分析質(zhì)譜技術(shù)(Matrix assisted laser desorption/ionization time of flight,MALDITOF)對BMP4基因g.63454744T>G位點進(jìn)行分型。分型的具體步驟參考馬曉萌等[13]的方法。分型樣品為DNA,濃度 40~80 ng/μL,每個樣品量 20 μL。
應(yīng)用 Microsoft Excel 2016(Microsoft Excel,美國)軟件統(tǒng)計綿羊BMP4基因g.63454744T>G位點的基因型頻率、等位基因頻率、多態(tài)信息含量(PIC)、雜合度(He)和有效等位基因數(shù)(Ne),計算公式參考 Guo 等[14]的方法,隨后進(jìn)行Hardy-Weinberg平衡檢驗。使用最小二乘法進(jìn)行魯中肉羊BMP4不同基因型之間的產(chǎn)羔數(shù)分析,所建立的線性模型為:
式中,yijkl為產(chǎn)羔數(shù)的記錄值;μ為群體平均值;LSi為第i個產(chǎn)羔季節(jié)的固定效應(yīng);Pj為第j個胎次的固定效應(yīng);Gk為BMP4基因第k種基因型的固定效應(yīng);eijkl為隨機(jī)殘差效應(yīng)。使用SPSS 19.0軟件進(jìn)行魯中肉羊基因型與產(chǎn)羔表型數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析,所有數(shù)據(jù)以平均值±標(biāo)準(zhǔn)誤表示。
分型發(fā)現(xiàn),BMP4基因g.63454744 T>G位點在魯中肉羊中存在3種基因型,分別為野生純合型TT、雜合型GT和突變純合型GG,見圖1。
BMP4基因g.63454744 T>G位點3種基因型TT、GT、GG頻率分別為0.38、0.53和0.09。卡方適合性檢驗結(jié)果表明,該位點在魯中肉羊中處于哈代溫伯格不平衡狀態(tài)(P<0.01),說明魯中肉羊群體中受到人工選擇。該位點在魯中肉羊中的多態(tài)信息含量為0.35,表現(xiàn)為中度多態(tài)(0.25 由表1可知,魯中肉羊前三胎產(chǎn)羔數(shù)都是TT>GT>GG,但差異均未達(dá)到顯著水平(P>0.05)。 圖1 BMP4基因分型結(jié)果 表1 BMP4基因g.63454744 T>G位點各基因型小尾寒羊產(chǎn)羔數(shù)最小二乘均值及標(biāo)準(zhǔn)誤 只 BMP4可以促進(jìn)哺乳動物卵泡發(fā)育和成熟。Shimasaki等[15]認(rèn)為,BMP4是格拉夫卵泡發(fā)育中的黃體化抑制因子。有研究發(fā)現(xiàn),BMP4在小鼠體內(nèi)或者體外添加都可以促進(jìn)初級卵泡轉(zhuǎn)化為次級卵泡[16]。BMP4可促進(jìn)牛卵巢原始卵泡以及次級卵泡直徑的增加,并調(diào)控牛卵母細(xì)胞成熟[5]。又有研究表明,BMP4可誘導(dǎo)增加顆粒細(xì)胞對FSH的敏感性,調(diào)控FSH依賴的雌激素和孕酮合成[15-17]。徐業(yè)芬等[18]研究發(fā)現(xiàn),BMP4抗體處理后的湖羊卵母細(xì)胞出現(xiàn)凋亡并消失,表明BMP4是原始卵泡和卵母細(xì)胞生存的必需因子,可促進(jìn)卵泡顆粒細(xì)胞進(jìn)一步分化,排卵卵泡進(jìn)一步成熟,最終表現(xiàn)為排卵數(shù)增加。前期本實驗室研究發(fā)現(xiàn)[19],BMP4基因在濟(jì)寧青山羊、波爾山羊、安哥拉山羊以及內(nèi)蒙古絨山羊中檢測出3種基因型(CC、CD和DD型),濟(jì)寧青山羊CC基因型產(chǎn)羔數(shù)比CD以及DD型多0.55只(P<0.05)或0.72只(P<0.05),揭示了BMP4等位基因C可能是提高山羊產(chǎn)羔數(shù)的潛在DNA標(biāo)記。孫振梅等[20]研究發(fā)現(xiàn),BMP4基因在多羔黔北麻羊表達(dá)量顯著高于單羔黔北麻羊(P<0.05)。Faure等[21]研究發(fā)現(xiàn),BMP4基因在多羔組羅姆尼綿羊子宮、下丘腦、垂體、卵巢中的表達(dá)量均極顯著高于單羔組(P<0.01)。這與BMP4參與哺乳動物卵泡發(fā)育和排卵相關(guān),提示BMP4基因表達(dá)可能與綿羊高繁殖力有關(guān)。 研究表明,基因位點的突變可顯著改變動物表型性狀。1982年,Davis等在高繁殖力布魯拉美利奴羊中發(fā)現(xiàn),常染色體的某個基因增加一個拷貝突變將導(dǎo)致母羊排卵數(shù)增加1.65個[22]。而該突變就是在BMPR1B基因編碼區(qū)A746G的突變,該突變導(dǎo)致蛋白質(zhì)序列中的第249位的谷氨酰胺被置換為精氨酸(Q249R)[23-24]。其突變后增加了信號轉(zhuǎn)導(dǎo)過程對下游受體的信號強(qiáng)度,導(dǎo)致卵泡早熟,排卵數(shù)增加[25]。BMP4基因g.63454744 T>G位點發(fā)生在基因編碼區(qū)T429G的突變,該突變導(dǎo)致蛋白序列中第100位的天冬酰胺被置換為組氨酸。BMP4基因g.63454744 T>G位點的突變降低了魯中肉羊的產(chǎn)羔數(shù),可能是因為該突變降低了BMP4信號轉(zhuǎn)導(dǎo)過程對下游受體的信號強(qiáng)度,從而延緩卵泡發(fā)育,減少排卵數(shù)。關(guān)于具體的調(diào)控機(jī)理還有待進(jìn)一步研究。 本研究表明,BMP4基因g.63454744 T>G位點在魯中肉羊中存在3種基因型,但其與魯中肉羊各胎次產(chǎn)羔數(shù)之間沒有顯著關(guān)聯(lián),該位點不適合用于魯中肉羊產(chǎn)羔性狀選育。2.2 BMP4基因g.63454744 T>G位點與魯中肉羊產(chǎn)羔數(shù)的關(guān)系
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