付海榮 龐毅 譚家華 李晶 鄧雪松
摘 要 目的:探討山豆根治療白血病的潛在作用機制。方法:運用中藥系統(tǒng)藥理學(xué)分析平臺數(shù)據(jù)庫檢索山豆根活性成分及其對應(yīng)靶點蛋白,借助UniProt、PubMed數(shù)據(jù)庫查詢活性成分靶點蛋白對應(yīng)的基因名稱,運用Cytoscape 3.6.0軟件構(gòu)建化合物-靶點網(wǎng)絡(luò)。通過DisGeNET數(shù)據(jù)庫查詢與白血病相關(guān)的基因(即疾病靶點),借助OmicShare平臺篩選山豆根活性成分靶點與白血病疾病靶點的交集基因,利用STRING數(shù)據(jù)庫和Cytoscape 3.6.0軟件構(gòu)建其蛋白-蛋白相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò),并進(jìn)行拓?fù)鋵W(xué)分析;利用DAVID生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行基因本體(GO)分析和KEGG通路富集分析。結(jié)果:共獲得山豆根活性成分13個、靶點蛋白204個,節(jié)點度值排名靠前的化合物及靶點蛋白包括槲皮素、山柰素以及前列腺素內(nèi)過氧化物合酶2(PTGS2)、蛋白質(zhì)絲氨酸蛋白酶1(PRSS1)、鈣調(diào)蛋白依賴的蛋白激酶(CAMKK2)等。山豆根活性成分靶點與白血病疾病靶點的交集基因共24個,包括IRF1、BCL2、CYP1A1、PIM1等。上述交集基因的PPI網(wǎng)絡(luò)共包含節(jié)點24個、邊142條,平均節(jié)點度值為6.5,平均介數(shù)為0.045。GO分析結(jié)果顯示,上述交集基因的生物過程涉及缺乏配體的體外凋亡信號通路、凋亡過程的負(fù)調(diào)控、B細(xì)胞增殖的正調(diào)控等,分子功能主要包括蛋白質(zhì)同源化活性、相同蛋白質(zhì)的結(jié)合等,細(xì)胞組分主要包括胞外區(qū)、線粒體等。KEGG通路富集分析結(jié)果顯示,上述交集基因主要與T細(xì)胞受體信號通路、Janus激酶/信號傳導(dǎo)及轉(zhuǎn)錄激活因子(JAK/STAT)信號通路、人類嗜T淋巴細(xì)胞Ⅰ型病毒(HTLV-Ⅰ)感染等通路有關(guān)。結(jié)論:山豆根中的活性成分可能通過JAK/STAT信號通路、HTLV-Ⅰ感染等通路作用于PTGS2、PRSS1、CAMKK2等靶點,進(jìn)而發(fā)揮對白血病的治療作用,呈現(xiàn)多成分、多靶點、多通路的特點。
關(guān)鍵詞 山豆根;白血病;網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué);靶點;基因;通路
ABSTRACT? ?OBJECTIVE: To investigate the potential mechanism of Sophora tonkinensis in the treatment of leukemia. METHODS: The active components and their target proteins of S. tonkinensis were searched by the analysis of traditional Chinese medicine system pharmacology platform, and UniProt database and PubMed database were used to query corresponding gene names of target proteins of active components. Cytoscape 3.6.0 software was used to construct compound-target network. The genes related to leukemia were searched by DisGeNET databases, and OmicShare platform was used to screen the intersection genes of the active component targets of S. tonkinensis and leukemia disease targets. STRING database and Cytoscape 3.6.0 software were used to construct PPI network, and topological analysis was performed. GO analysis and KEGG pathway enrichment analysis were performed by using DAVID bioinformatics database. RESULTS: There were 13 active components and 204 target proteins in S. tonkinensis. The components and targets with high node degree included quercetin, kaempferol, PTGS2, PRSS1, CAMKK2, etc. There were 24 intersection genes between the active component target and leukemia target, including IRF1, BCL2, CYP1A1, PIM1, etc. PPI network of the above intersection genes contained 24 nodes and 142 edges, with an average node degree of 6.5 and an average medium of 0.045. The results of GO analysis showed that the biological process of the above-mentioned genes involved in apoptosis signaling pathway in vitro without ligands, negative regulation of apoptosis process, positive regulation of B cell proliferation, etc. Molecule function mainly included that protein homology activity and binding of the same protein. Cell components mainly included extracellular region, mitochondria and so on. KEGG pathway enrichment showed that above-mentioned genes were mainly associated with T cell receptor signaling pathway, JAK/STAT signaling pathway, HTLV-Ⅰ infection. CONCLUSIONS: Through JAK/STAT signaling pathway and HTLV-Ⅰ infection pathway, the active components of S. tonkinensis may act on PTGS2, PRSS1, CAMKK2 and other targets, and then play a therapeutic role on leukemia, showing the characteristics of multi-component, multi-target and multi-channel.
KEYWORDS? ?Sophora tonkinensis; Leukemia; Network pharmacology; Target; Gene; Pathway
白血?。↙eukemia)是造血系統(tǒng)最常見的惡性腫瘤,發(fā)病率和病死率均較高,其主要癥狀為貧血、發(fā)熱、出血、疲乏、胸骨壓痛以及肝、脾、淋巴結(jié)腫大、神經(jīng)系統(tǒng)炎癥、骨骼及關(guān)節(jié)病變等[1]。該病常見的病因包括病毒感染、化學(xué)因素、電離輻射、放射污染等,同時還與個體自身條件、遺傳因素以及所處環(huán)境有關(guān)[2]。研究表明,我國白血病發(fā)病率占各類型腫瘤的第6位[3],且位居兒童惡性腫瘤的首位,已成為兒童死亡的主要原因之一[4]。目前,臨床上治療白血病的方法主要包括造血干細(xì)胞移植、嵌合抗原受體T細(xì)胞(CAR-T)免疫療法、化學(xué)藥治療等[5]。但由于上述治療手段存在供體稀少或排斥反應(yīng)明顯、毒副作用大等潛在風(fēng)險,嚴(yán)重影響了患者的療效和預(yù)后[6-7]。因此,尋找高效、低毒的藥物是治愈白血病的關(guān)鍵。
中藥具有藥源廣、毒性低、靶點多等特點,在白血病治療領(lǐng)域具有一定的研究價值[8]。祖國醫(yī)學(xué)早在《皇帝內(nèi)經(jīng)》《金匿要略》等醫(yī)籍中就有關(guān)于白血病臨床表現(xiàn)及發(fā)病特點的記載,該癥屬中醫(yī)學(xué)“虛勞”“熱勞”“瘀積”“血證”范疇[9]。研究表明,多數(shù)醫(yī)家對白血病辨證分型較為統(tǒng)一的觀點為“本虛標(biāo)實”,其中“本虛”主要以氣陰、氣血兩虛為主,多由病程遷延、反復(fù)發(fā)作所致;而“標(biāo)實”則包含“痰”“瘀”“毒”等3種,三者往往相互夾雜,尤其是痰凝、瘀血通常同時出現(xiàn)[10]。
山豆根為豆科植物越南槐(Sophora tonkinensis Gagnep.)的干燥根及根莖,主產(chǎn)于我國廣西西南部至西北部,具清熱解毒、利咽消腫之功,常用于治療咽炎、心律失常等癥[11]。山豆根的主要成分包括生物堿、黃酮、三萜、多糖類等化合物,其中生物堿(氧化苦參堿、苦參堿等)是山豆根的主要活性成分和藥效物質(zhì)基礎(chǔ)[12]。據(jù)報道,氧化苦參堿具有抗病毒、調(diào)節(jié)免疫、改善炎癥、抗氧化等藥理作用[13-14];苦參堿可通過誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡和直接損傷細(xì)胞膜而殺傷鼠淋巴細(xì)胞白血病L1210細(xì)胞[15],還可提高人急性淋巴細(xì)胞性白血病MOLT-4細(xì)胞的早期凋亡率,使得Bcl-2編碼基因表達(dá)下降[16]。由此可見,山豆根及其活性成分具有一定的開發(fā)價值。
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)突破了傳統(tǒng)的“一種藥物,一個靶點”理念,借助網(wǎng)絡(luò)分析、生物信息技術(shù)等手段,對傳統(tǒng)中藥成分的潛在靶點、藥理作用進(jìn)行多基因、多靶點、多途徑的系統(tǒng)研究,可系統(tǒng)地、整體地探究中醫(yī)藥的藥理機制,為中醫(yī)藥現(xiàn)代化研究提供了新的思路[17]。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)與中藥研究的結(jié)合,有助于辨識活性成分、預(yù)測作用靶點、闡明作用機制和途徑,并為挖掘新的活性化合物奠定了基礎(chǔ)[18]。鑒于此,本研究采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的方法對山豆根用于治療白血病的可能作用機制進(jìn)行了系統(tǒng)探討,以期為白血病的藥物治療提供參考。
1 資料與方法
1.1 山豆根活性成分及靶點蛋白的篩選
運用中藥系統(tǒng)藥理學(xué)分析平臺數(shù)據(jù)庫(TCMSP,http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php),以“Shan Dou Gen”“Sophora tonkinensis Gagnep.”等為關(guān)鍵詞查詢山豆根所含化學(xué)成分。根據(jù)TCMSP推薦,以口服利用度(OB)≥30%、類藥性(DL)≥0.18(其中,OB是客觀評價藥物分子口服生物利用度的重要指標(biāo),DL是評價藥物分子成藥性高低的指標(biāo))[19]作為篩選條件,對山豆根活性成分及其對應(yīng)靶點蛋白進(jìn)行篩選。
1.2 化合物-靶點網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
首先通過UniProt數(shù)據(jù)庫(http://www.uniprot.org/)、PubMed數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nib.gov/pubmed)查詢活性成分靶點蛋白對應(yīng)的基因名稱,再利用Cytoscape 3.6.0軟件構(gòu)建山豆根化合物-靶點網(wǎng)絡(luò),并進(jìn)行可視化展示和拓?fù)鋵W(xué)分析。以節(jié)點表示活性成分和靶點蛋白,節(jié)點之間以邊相連;節(jié)點度值表示與某節(jié)點相連邊的數(shù)量,其值越大,表明該節(jié)點在網(wǎng)絡(luò)中越重要(下同)。
1.3 交集基因蛋白-蛋白相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
為進(jìn)一步了解山豆根靶點蛋白和白血病靶點在蛋白水平上的相互作用機制,先以“Leukemia”為關(guān)鍵詞,通過DisGeNET數(shù)據(jù)庫(http://www.disgenet.org/)查詢與白血病相關(guān)的基因(即疾病靶點);再將山豆根靶點蛋白對應(yīng)基因和白血病靶點基因上傳至OmicShare平臺(http://www.omocshare.com),選擇“韋恩圖”,獲得山豆根活性成分靶點與白血病靶點的交集基因。將上述交集基因?qū)隨TRING數(shù)據(jù)庫(http://string-db.org/)中,構(gòu)建山豆根與白血病的PPI網(wǎng)絡(luò),并以節(jié)點度值為指標(biāo),使用Cytoscape 3.6.0軟件進(jìn)行可視化展示和拓?fù)鋵W(xué)分析。
1.4 交集基因的通路分析
將“1.3”項下所得交集基因?qū)隓AVID生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(https://david.ncifcrf.gov/)中,進(jìn)行基因本體(GO)分析和KEGG通路富集分析。在此過程中,限定物種為“Homo sapiens(人)”,標(biāo)識符(Identifier)設(shè)置為“Official gene symbol(官方名稱)”,以P值反映生物功能的顯著性及通路的富集程度(P<0.05,表示該富集結(jié)果具有顯著性;P值越小,則其顯著性越高)。將P值由小到大排序前20位的富集結(jié)果導(dǎo)入Omishare在線作圖平臺(http://www.omicshare.com/tools/index.php/)中進(jìn)行可視化展示。
2 結(jié)果
2.1 山豆根活性成分的篩選結(jié)果
通過TCMSP共檢索到山豆根化學(xué)成分79個;以O(shè)B≥30%和DL≥0.18為標(biāo)準(zhǔn),共篩選出活性成分21個,其基本信息見表1(表中,兩個“槐醇”的分子構(gòu)象不同,故其TCMSP編號以及OB、DL均不同)。
2.2 化合物-靶點網(wǎng)絡(luò)的分析結(jié)果
山豆根化合物-靶點網(wǎng)絡(luò)見圖1(圖中,三角形表示山豆根活性成分,矩形表示靶點蛋白對應(yīng)的基因)。由圖1可見,該網(wǎng)絡(luò)共包括217個節(jié)點和788條邊,其中活性成分節(jié)點13個[表1中的醉茄素、槐樹素、大豆皂苷be、槐醇(MOL003663、MOL003677)、大豆皂苷C、臭豆堿、槐胺堿等8個活性成分沒有對應(yīng)靶點]、靶點蛋白節(jié)點204個。該網(wǎng)絡(luò)中,每個化合物平均與5.67個靶點互相作用,每個靶點平均與2.99個化合物相互作用。拓?fù)鋵W(xué)分析結(jié)果顯示,節(jié)點度值排序前5位的化合物分別為槲皮素、山柰素、芒柄花黃素、異鼠李素、黃羽扇豆魏特酮,分別能與154、63、39、37、21個靶點蛋白發(fā)生作用;節(jié)點度值排序前5位的靶點蛋白分別為前列腺素內(nèi)過氧化物合酶2(PTGS2)、蛋白質(zhì)絲氨酸蛋白酶1(PRSS1)、鈣調(diào)蛋白依賴的蛋白激酶2(CAMKK2)、熱休克蛋白90α家族B類成員1(HSP90AB1)、PTGS1,分別與9、8、8、8、6個化合物發(fā)生作用。
2.3 山豆根與白血病的交集基因
通過UniProt和PubMed數(shù)據(jù)庫查詢到山豆根活性成分靶點蛋白對應(yīng)基因168個(排除非人類的靶點基因),在DisGeNET數(shù)據(jù)庫中獲得白血病相關(guān)基因1 916個。通過韋恩圖(見圖2)可知,山豆根活性成分靶點和白血病疾病靶點的交集基因共有24個,分別為IRF1、BCL2、CYP1A1、PIM1、MPO、ACHE、GSK3B、STAT1、IL10、PIK3CG、PLAT、SOD1、IL2、IFNG、IL4、TOP2A、ICAM1、RB1、ODC1、F3、CDKN2A、JUN、CYP1B1、TOP1。
2.4 山豆根與白血病PPI網(wǎng)絡(luò)的分析結(jié)果
將上述篩選出的24個交集基因?qū)隨TRING進(jìn)行PPI分析,其可視化圖譜見圖3。由圖3可見,該網(wǎng)絡(luò)共包含節(jié)點24個、邊142條,平均節(jié)點度值為6.5,平均介數(shù)為0.045。
2.5 交集基因通路的分析結(jié)果
將上述交集基因?qū)隓AVID生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行GO分析,共得到GO條目29個(P<0.05),其中生物過程18個、分子功能7個、細(xì)胞組分4個,主要涉及缺乏配體的體外凋亡信號通路、蛋白質(zhì)同源化活性等,且主要集中在胞外區(qū),詳見表2~表4。
KEGG通路富集分析共篩選出46條信號通路(P<0.05),主要涉及T細(xì)胞受體信號通路、Janus激酶/信號傳導(dǎo)及轉(zhuǎn)錄激活因子(JAK/STAT)信號通路、人類嗜T淋巴細(xì)胞Ⅰ型病毒(HTLV-Ⅰ)感染等,詳見圖4(圖中數(shù)字為P值)。
3 討論
山豆根收載于2015年版《中國藥典》(一部)中,為豆科植物越南槐(S. tonkinensis Gagnep.)的干燥根及根莖[20]。該藥為常用中藥材,味苦,性寒,具有清火、解毒、消腫、止痛等功效,可用于治療心律失常、黃疸、咽喉炎等疾病[1,21-22]。近年國內(nèi)外研究表明,山豆根具有抗菌、抗病毒、抗腫瘤、抗氧化、保護心血管系統(tǒng)、增強免疫力、抗炎、抗?jié)兊榷喾N活性[23]。藥理研究證明,山豆根生物堿具有抗菌、消炎、平喘、抗癌和保肝等活性[24];部分黃酮類化合物具有抗腫瘤、抗心腦血管疾病、抗炎鎮(zhèn)痛、免疫調(diào)節(jié)、降血糖、抗氧化、抗衰老、抗輻射等作用[25];同時,山豆根的總糖含量為54.37%,且具有抗氧化、增強免疫力的活性[26]。
本研究通過TCMSP共檢索到山豆根活性成分21個,其中有對應(yīng)靶點的成分13個。由山豆根化合物-靶點網(wǎng)絡(luò)可見,上述13個活性成分作用于204個靶點,充分體現(xiàn)了中藥治療疾病多成分、多靶點的特點。張良等[27]研究證明,復(fù)方山豆根注射液對B16黑色素瘤和Lewis肝癌荷瘤小鼠腫瘤細(xì)胞的生長均具有抑制作用,并可延長小鼠的生存期。姚仲青等[28]研究發(fā)現(xiàn),山豆根總生物堿對S180、H22、ESC腫瘤細(xì)胞具有一定的抑制作用,但抑瘤率偏低。該網(wǎng)絡(luò)中,節(jié)點度值排序前5位的化合物依次為槲皮素、山柰素、芒柄花黃素、異鼠李素、黃羽扇豆魏特酮,其中槲皮素的相關(guān)研究較多。槲皮素能全面地作用于腫瘤的啟動、促進(jìn)和發(fā)展等3個階段,兼有抗促癌、抗致癌和誘導(dǎo)分化的作用,對人白血病細(xì)胞、乳腺癌細(xì)胞等均有一定的抑制作用[29];同時,該化合物還可促進(jìn)宮頸癌HeLa細(xì)胞的凋亡、抑制人乳腺癌T47D細(xì)胞的增殖[30-31]。Wu XY等[32]實驗發(fā)現(xiàn),芒柄花黃素作為成纖維細(xì)胞生長因子受體2(FGFR2)抑制劑,可阻斷乳腺癌裸鼠體內(nèi)FGFR2介導(dǎo)的磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信號通路,降低腫瘤細(xì)胞活性。杜倩倩等[33]研究發(fā)現(xiàn),異鼠李素可協(xié)同索拉非尼抑制c-Raf/絲裂原激活蛋白激酶(MEK)/細(xì)胞外信號調(diào)節(jié)激酶(ERK)信號通路,促進(jìn)腫瘤細(xì)胞凋亡并抑制其增殖。而其余幾種化合物與腫瘤相關(guān)性的報道不多,可作為學(xué)者后續(xù)研究的重點之一。該網(wǎng)絡(luò)中排序前5位的靶蛋白分別為PTGS2、PRSS1、CAMKK2、HSP90AB1、PTGS1。Tan C等[34]研究發(fā)現(xiàn),PTGS2可激活核因子κB(NF-κB)信號通路并減輕放療后的DNA損傷。有研究表明,PRSS1低表達(dá)可阻礙ERK信號通路激活,抑制胃癌MGC803細(xì)胞的增殖[35]。CAMKK2存在于大鼠、小鼠及人類的受鈣離子調(diào)控的蛋白激酶(66~68 kDa)中,研究證實其具有非常重要的生物學(xué)功能(如細(xì)胞增殖調(diào)控等),是潛在的藥物干預(yù)靶點[36]。王明慧等[37]研究表明,HSP90AB1在非小細(xì)胞肺癌細(xì)胞中呈高表達(dá),并且與肺腺癌患者預(yù)后不良有關(guān)。Chen WY等[38]發(fā)現(xiàn),PTGS1編碼基因的啟動子可與轉(zhuǎn)錄輔助激活因子ZBTB46結(jié)合,使得后者表達(dá)下調(diào),從而增加PTGS1抑制劑的敏感性,最終降低機體腫瘤惡性程度。鑒于上述靶蛋白在腫瘤方面的活性,筆者認(rèn)為其可能成為山豆根治療白血病等腫瘤的相關(guān)靶點。
從韋恩圖可知,山豆根與白血病的交集基因共24個,提示山豆根對白血病的治療具有多靶點協(xié)同作用的特點。由PPI圖可見,該網(wǎng)絡(luò)共包含節(jié)點24個、邊142條,提示這些交集基因編碼蛋白之間相互作用緊密。GO分析結(jié)果顯示,疾病靶點主要針對生物過程,如缺乏配體的體外凋亡信號通路、凋亡過程的負(fù)調(diào)控、B細(xì)胞增殖的正調(diào)控、過氧化氫反應(yīng)、細(xì)胞因子反應(yīng)、MHC Ⅱ類生物合成過程的正調(diào)控等。KEGG通路富集分析發(fā)現(xiàn),山豆根與白血病最相關(guān)的通路包括T細(xì)胞受體信號通路、JAK/STAT信號通路、HTLV-Ⅰ感染等。其中,HTLV-Ⅰ感染通路涉及的靶點基因有PIK3CG、ICAM1、CDKN2A、JUN、GSK3B、RB1、IL2;癌癥通路涉及的靶點基因有PIK3CG、CDKN2A、JUN、GSK3B、BCL2、RB1、STAT1;EB病毒感染通路涉及的靶點基因有PIK3CG、ICAM1、JUN、BCL2、RB1。研究表明,c-JUN是原癌基因,是激活蛋白1(AP-1)復(fù)合物中活性最強的轉(zhuǎn)錄因子,活化后的c-JUN可參與調(diào)節(jié)細(xì)胞增殖、存活、凋亡等多個過程[39]。Chen KC等[40]研究發(fā)現(xiàn),磷脂酶A2可通過c-Jun氨基末端激酶(JNK)磷酸化c-Jun蛋白來調(diào)節(jié)Fas/FasL的表達(dá),從而誘導(dǎo)人慢性髓原白血病細(xì)胞株K562細(xì)胞凋亡。王應(yīng)天等[41]研究顯示,內(nèi)皮細(xì)胞黏附因子1(ICAM-1)在乳腺癌、肝癌、結(jié)直腸癌組織中的表達(dá)明顯高于癌旁組織和正常組織,且高表達(dá)的ICAM-1與淋巴轉(zhuǎn)移相關(guān)。Bcl-2是在調(diào)節(jié)細(xì)胞凋亡和阻滯細(xì)胞周期中發(fā)揮重要作用的抗凋亡蛋白。有研究表明,BCL2基因-938C>A啟動子多態(tài)性可顯著影響多種癌癥細(xì)胞中該基因的啟動子活性及Bcl-2蛋白的表達(dá)[2]。Nava-Rodríguez MP等[42]研究發(fā)現(xiàn),慢性淋巴細(xì)胞白血病患者存在單等位基因RB1、DLEU等基因缺失。由上述研究可知,與白血病通路相關(guān)的基因包括c-JUN、ICAM1、BCL2、RB1,其可能是山豆根活性成分發(fā)揮白細(xì)胞治療作用的靶點。此外,本研究挖掘出的PIK3CG、CDKN2A等其他基因,也可作為后續(xù)研究的對象之一。
綜上所述,本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的方法探討了山豆根的活性成分、作用靶點和其對白血病的潛在作用機制,發(fā)現(xiàn)除已有報道的成分外,還有一些有潛在治療作用的化合物以及靶點,可作為后續(xù)研究的重點之一,可為山豆根治療白血病及后期的新藥研發(fā)提供參考。
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(收稿日期:2019-04-28 修回日期:2019-08-27)
(編輯:張元媛)