(北京華大方瑞司法物證鑒定中心,北京 101318)
2017年7月,本鑒定中心受某地委托,要求幫助趙某(男)和朱某(男)從40余塊混合的陳舊斷骨檢材中找到親屬的遺骨。通過溝通了解到,在某湖的施工過程中,誤挖出40余塊陳舊骨骼,其中有趙某父親(死于1967年)和朱某爺爺(死于1949年)的尸骨。
1.2.1 DNA提取
樣本為45塊骨骼樣本(依次編為1~45號)、趙某血痕樣本(編為46號)以及朱某血痕樣本(編為47號)。用手術(shù)刀和超純水清理骨骼樣本表面,清洗干凈后自然晾干。45塊骨骼樣本大部分為斷骨,骨髓腔內(nèi)充滿泥土,長短不一(7~28 cm),大部分表現(xiàn)為中空、手感輕、硬度低、韌性差,部分骨骼可輕易折斷。
用電鉆鉆取骨骼樣本較厚的部位獲得骨屑。骨骼DNA的提取純化采用MagAttract M48 DNA Manual試劑盒(德國Qiagen公司,簡稱M48試劑盒)。各樣本取2g骨屑分別置于50mL離心管中,加入1000μL消化液 Buffer G2(德國 Qiagen公司)、300 μL脫鈣液[0.5 mol/L乙二胺四乙酸(ethylenediamine tetraacetic acid,EDTA),pH=8.0]、200 μL二硫蘇糖醇(dithiothreitol,DTT)溶液(1 mol/L)以及200 μL蛋白酶K溶液(20 mg/mL),液面淹沒檢材,振蕩混勻,將樣本置于56℃恒溫水浴搖床中消化,其間補(bǔ)加1次蛋白酶K溶液和DTT溶液。后續(xù)DNA提取純化參照M48試劑盒說明書進(jìn)行,用預(yù)熱的洗脫液重復(fù)洗脫1次,洗脫體系為30μL。
趙某和朱某的血痕樣本采用《法庭科學(xué)DNA實(shí)驗(yàn)室檢驗(yàn)規(guī)范》(GA/T 383—2014)中的Chelex法提取DNA。
1.2.2 PCR擴(kuò)增與STR分型
取上述DNA溶液為模板,依次采用GlobalFilerTMExpress PCR Amplification Kit(美國 Applied Biosystems公司)和Goldeneye?DNA身份鑒定系統(tǒng)26Y[基點(diǎn)認(rèn)知技術(shù)(北京)有限公司]在9700型PCR儀(美國Applied Biosystems公司)上進(jìn)行復(fù)合擴(kuò)增,PCR產(chǎn)物經(jīng)3500xL基因分析儀(美國Applied Biosystems公司)進(jìn)行毛細(xì)管電泳,采用GeneMapperTMID-X v1.5軟件進(jìn)行基因型分析。
反應(yīng)體系和操作程序均按照相應(yīng)試劑盒說明書進(jìn)行。
1.2.3 檢驗(yàn)結(jié)果
2、11、15號骨骼樣本中檢出部分STR分型,46、47號血痕樣本得到完整分型,2、11、15、46、47號樣本在常染色體STR基因座的分型結(jié)果見表1。
11號骨骼樣本和46號血痕樣本在檢出的20個(gè)常染色體STR基因座的分型結(jié)果均符合孟德爾遺傳定律,經(jīng)計(jì)算,累積親權(quán)指數(shù)大于10000;11號骨骼樣本和46號血痕樣本檢出的Y-STR分型結(jié)果一致,參照《親權(quán)鑒定技術(shù)規(guī)范》(GB/T 37223—2018),支持11號骨骼樣本所屬個(gè)體與趙某(46號樣本所屬個(gè)體)為生物學(xué)父子關(guān)系。
參照文獻(xiàn)[1-2]的方法,用ITO法計(jì)算2號骨骼樣本與47號血痕樣本的祖孫關(guān)系指數(shù)?;贗TO法,祖孫關(guān)系具有同源基因的概率(φ值)與半同胞關(guān)系一樣,故用ITO法計(jì)算兩個(gè)人的祖孫關(guān)系指數(shù)可參照半同胞指數(shù)(half sibling index,HSI)的計(jì)算。經(jīng)計(jì)算,2號骨骼樣本與47號血痕樣本的祖孫關(guān)系指數(shù)大于19,傾向于認(rèn)為2號骨骼樣本所屬個(gè)體與朱某(47號樣本所屬個(gè)體)為祖孫親緣關(guān)系。同時(shí),2號骨骼樣本與47號血痕樣本的Y-STR分型結(jié)果一致,不排除具有同一父系親緣關(guān)系,可輔助判斷上述結(jié)果。
表1 2、11、15、46、47號樣本常染色體STR基因座的分型結(jié)果Tab.1 Typing result of autosomal STR gene locus of No.2,11,15,46,47 samples
陳舊性骨骼樣本受保存時(shí)間和環(huán)境因素的影響,骨骼中的糖蛋白等蛋白質(zhì)可能和DNA產(chǎn)生亞甲基化學(xué)交聯(lián)。DNA的氧化導(dǎo)致堿基的缺失或更迭,酸、堿催化作用都可導(dǎo)致堿基本身水解脫氨基,保存時(shí)間和環(huán)境等因素的影響可導(dǎo)致骨骼DNA嚴(yán)重降解[3],因此如何提取高質(zhì)量的DNA是骨DNA分析的關(guān)鍵。
隨著DNA提取技術(shù)的發(fā)展以及提取經(jīng)驗(yàn)的積累,骨骼DNA的提取方法多樣并不斷優(yōu)化,骨骼DNA的提取不再是難題,尤其是保存時(shí)間在30年以內(nèi)、保存狀態(tài)完整的骨骼樣本,DNA檢出率高達(dá)90%以上[4]。本案例中,45塊骨骼樣本中僅檢出3個(gè)樣本的STR分型,推測原因?yàn)椋海?)骨骼保存年限較長,為50年以上;(2)骨骼完整程度不佳,大部分為斷骨,多表現(xiàn)為中空、手感較輕、韌性差等,這都為本案例骨骼的DNA提取工作增加了難度。檢索文獻(xiàn)[5-7]并結(jié)合現(xiàn)有的實(shí)驗(yàn)條件和檢驗(yàn)經(jīng)驗(yàn),現(xiàn)對此類樣本的提取方法總結(jié)如下:(1)增加骨屑用量,適當(dāng)延長消化時(shí)間。因檢材較陳舊,骨骼細(xì)胞中DNA降解嚴(yán)重,DNA提取純化過程中會(huì)損失部分DNA,所以增加骨屑用量,延長裂解消化時(shí)間,可促使骨骼細(xì)胞中的微量DNA充分釋放。(2)裂解消化與脫鈣同時(shí)進(jìn)行。人類骨組織細(xì)胞間質(zhì)主要由膠原蛋白和羥基磷灰石[Ca10(PO4)6(OH)2]構(gòu)成,EDTA作為一種螯合劑可螯合間質(zhì)中起穩(wěn)固作用的鈣,從而破壞骨組織結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性,使骨骼中的DNA更充分地釋放[6]。但是骨骼樣本在脫鈣過程中會(huì)導(dǎo)致部分DNA的流失,所以裂解和消化同時(shí)進(jìn)行既可減少DNA的損失,又可節(jié)省時(shí)間,還可以減少操作步驟避免DNA的污染。(3)減少洗脫體積。本案例中使用M48試劑盒提取,洗脫體積為30μL,且用預(yù)熱的洗脫液重復(fù)洗脫1次,可增加DNA獲得率,有效提高DNA模板的濃度。
在峰圖判型方面,單純一次的實(shí)驗(yàn)結(jié)果并不可靠,李成濤等[8]也提出實(shí)驗(yàn)室工作人員對微量或高度降解的檢材進(jìn)行檢測時(shí)須特別注意防止污染,對于某些重復(fù)性不好或雜峰較多的基因座,將不予采信??傊?,微量檢材的判型必須嚴(yán)謹(jǐn)、慎重。