徐佳瑩，李 演，謝芝玲，陳漢娜，潘 登，劉 峰，陳 燕，梁淑淑，丁學(xué)知，夏立秋，張友明,，涂 強(qiáng)*

(1．淡水魚(yú)類(lèi)發(fā)育生物學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室， 湖南師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院， 微生物分子生物學(xué)湖南省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室， 長(zhǎng)沙 410081； 2．亥姆霍茲抗感染國(guó)際實(shí)驗(yàn)室， 山東大學(xué)亥姆霍茲生物技術(shù)研究所， 微生物技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，青島 266237； 3．青島科技大學(xué)， 化學(xué)與分子工程學(xué)院， 青島 266042；4．禹城保立康生物飼料有限公司， 德州 251200)

動(dòng)物腸道中都包含著一個(gè)復(fù)雜的微生物生態(tài)系統(tǒng)，腸道中的微生物與宿主的各項(xiàng)生命活動(dòng)息息相關(guān)，它們可能影響著宿主的生長(zhǎng)代謝活動(dòng)，營(yíng)養(yǎng)消化功能，免疫功能以及抵御入侵病原體的能力等[1-3]。例如，微生物產(chǎn)生的活性產(chǎn)物短鏈脂肪酸可以抑制某些哺乳動(dòng)物腸道中有害細(xì)菌的增殖來(lái)維持微生物群動(dòng)力學(xué)，而且能夠增強(qiáng)腸道及遠(yuǎn)處組織的免疫能力[4]。腸道環(huán)境與宿主的生長(zhǎng)代謝密切相關(guān)，體內(nèi)益生菌對(duì)維持腸道環(huán)境的穩(wěn)定起著非常重要的作用，其產(chǎn)生的抗菌肽可直接抑制病原體生長(zhǎng)，或?yàn)樗拗魈峁┫窬S生素一類(lèi)的有益生長(zhǎng)底物[5]。當(dāng)宿主生長(zhǎng)狀態(tài)或外界環(huán)境發(fā)生變化時(shí)，往往會(huì)引起動(dòng)物的腸道微生物也發(fā)生改變，有研究表明，斑馬魚(yú)腸內(nèi)的細(xì)菌群落隨著宿主由幼體到成熟不斷生長(zhǎng)而變得越來(lái)越多樣化[6]。在進(jìn)行草魚(yú)的腸道微生物研究中，喂養(yǎng)黑麥草能夠顯著增強(qiáng)腸道微生物群的碳水化合物、氨基酸和脂質(zhì)的代謝作用[7]。

魚(yú)的生長(zhǎng)水環(huán)境中高豐度的銅綠假單胞菌會(huì)引起魚(yú)的腸道杯狀細(xì)胞增殖和腸脫落，促進(jìn)炎癥因子的轉(zhuǎn)錄，從而改變腸道菌群結(jié)構(gòu)[11]。硫化物對(duì)水體的污染會(huì)引起凡納濱對(duì)蝦腸道組織損壞，炎癥和免疫相關(guān)因子發(fā)生一系列的變化，使得腸道中潛在病原菌數(shù)量增加，有益菌數(shù)量減少[12]。目前，腸道微生物在生物研究領(lǐng)域起著越來(lái)越重要的作用，16s rDNA擴(kuò)增子測(cè)序技術(shù)作為研究微生物群落的重要手段，能夠鑒定出腸道中幾乎所有物種，并能基于測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行后續(xù)的生物分析，從而快速地推動(dòng)動(dòng)物腸道微生物的研究和發(fā)展。

湖南省屬于我國(guó)華中地區(qū)，界于北緯24°38′～30°08′，東經(jīng)108°47′～114°15′之間，多山地和湖泊，四季分明，淡水魚(yú)種類(lèi)繁多；山東省屬于我國(guó)華東沿海地區(qū)，北緯34°22.9′～38°24.01′，東經(jīng)114°47.5′～122°42.3′之間，氣候較湖南相比更加干燥，盛產(chǎn)海水魚(yú)類(lèi)，兩地相距1 100 km。對(duì)于兩地的草魚(yú)，鯽魚(yú)和鯉魚(yú)三個(gè)品種的腸道微生物的比較分析迄今尚無(wú)報(bào)道。

本試驗(yàn)選取湖南本土草魚(yú)、鯉魚(yú)和鯽魚(yú)各6尾，山東本土草魚(yú)、鯉魚(yú)和鯽魚(yú)各6尾，基于Ion S5TMXL測(cè)序平臺(tái)，對(duì)以上36個(gè)樣本的腸道微生物16s rRNA V4高變區(qū)進(jìn)行擴(kuò)增，分析腸道菌群結(jié)構(gòu)，比較有益菌和有害菌的豐度差異，為淡水魚(yú)的健康養(yǎng)殖提供理論基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 樣本采集及處理

本試驗(yàn)共采集36個(gè)生長(zhǎng)狀況良好、魚(yú)齡為1齡的魚(yú)樣，其中禹城魚(yú)塘和望城魚(yú)塘的草魚(yú)[平均體重(600±50)g]各6尾，組別為山東草魚(yú)組(SC組)和湖南草魚(yú)組(HC組)；禹城魚(yú)塘和望城魚(yú)塘的鯽魚(yú)[平均體重(170±30)g]各6尾，組別為山東鯽魚(yú)組(SJ組)和湖南鯽魚(yú)組(HJ組)；禹城魚(yú)塘和望城魚(yú)塘的鯉魚(yú)[平均體重(550±50)g]各6尾，組別為山東鯉魚(yú)組(SL組)和湖南鯉魚(yú)組(HL組)。超凈工作臺(tái)內(nèi)進(jìn)行解剖，取其腸道內(nèi)容物置于無(wú)菌的EP管內(nèi)，迅速冷凍，放-80 ℃冷凍保存，以備后續(xù)試驗(yàn)使用。

1.2 DNA提取和PCR擴(kuò)增

使用Mobio公司PowerFecalTMDNA Isolation kit試劑盒提取36個(gè)樣本中的微生物基因組，擴(kuò)增16s rRNA 的V4高變區(qū)，引物名稱(chēng)為515F(GTGCCAGCMGCCGCGGTAA)和806R(GGACTACHVGGGTWTCT AAT)?；贗on S5TMXL技術(shù)測(cè)序平臺(tái)，利用單端測(cè)序(Single-End)的方法，完成測(cè)序，測(cè)序數(shù)據(jù)用于后續(xù)統(tǒng)計(jì)分析。

1.3 數(shù)據(jù)分析

為了使測(cè)序數(shù)據(jù)更加準(zhǔn)確和可靠，需將原始數(shù)據(jù)(raw data)經(jīng)過(guò)質(zhì)控和過(guò)濾處理，得到的即是有效數(shù)據(jù)(clean data)?；谟行?shù)據(jù)以97%的一致性進(jìn)行操作分類(lèi)單位(operational taxonomic units,OTUs)聚類(lèi)，并將OTUs的代表序列進(jìn)行物種注釋?zhuān)色@得物種分布及豐度情況。基于OTUs進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，繪制物種稀疏曲線(xiàn)，體現(xiàn)各樣本的測(cè)序深度是否已達(dá)飽和。α多樣性分析是對(duì)單個(gè)樣本內(nèi)部或組內(nèi)進(jìn)行分析，所得的數(shù)值可以體現(xiàn)樣本的物種豐富度和均勻度。LEfSe分析(LED effect size)可進(jìn)行兩個(gè)或多個(gè)樣本的比較，找到樣本與樣本之間的差異物種，識(shí)別不同的豐度特征線(xiàn)性判別分析(linear discriminant analysis,LDA)值可代表差異物種對(duì)菌群結(jié)構(gòu)的影響大小。對(duì)樣本中四種有益菌[鏈霉菌屬(Streptomyces)，芽孢桿菌屬(Bacillus)，乳桿菌屬(Lactobacillus)和雙歧桿菌屬(Bifidobacterium)]和五種有害菌[氣單胞菌屬(Aeromonas)，弧菌屬(Vibrio)，希瓦氏菌屬(Shewanella)，愛(ài)德華氏菌屬(Edwardsiella)和黃桿菌屬(Flavobacterium)]進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，探索腸道微生物群的穩(wěn)定性和抗變化性，利于對(duì)魚(yú)類(lèi)病害的研究與防治。對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行以上多種分析，將兩地區(qū)的樣本做對(duì)應(yīng)的比較，可用于研究環(huán)境對(duì)淡水魚(yú)腸道微生物的影響。

2 結(jié)果與分析

2.1 樣本質(zhì)量評(píng)估及物種多樣性分析

經(jīng)過(guò)質(zhì)控后，36個(gè)樣本共得到2 455 165個(gè)高質(zhì)量的16s rRNA V4擴(kuò)增子序列，以97%的一致性進(jìn)行OTUs聚類(lèi)，共得到4 934個(gè)OTUs，6個(gè)組所共有的OTUs有543個(gè)。根據(jù)稀疏曲線(xiàn)可見(jiàn)曲線(xiàn)逐漸趨于平緩，表明所得數(shù)據(jù)已經(jīng)覆蓋樣本中絕大部分物種，測(cè)序數(shù)據(jù)趨于合理且可信度高(圖1a)。所有樣本的Good’s coverage指數(shù)均在99.0%以上，每個(gè)樣本都具有良好的抽樣完整性。shannon指數(shù)可以很好地反映樣本中物種豐富度和均勻度的大小，HJ和SJ，HC和SC，HL和SL進(jìn)行Tukey檢驗(yàn)結(jié)果顯示，相比較的組間豐富度和均勻度無(wú)顯著差異性(P>0.05)。在相似性分析(analysis ofsimilarities，ANOSIM)中，基于Bray-Curtis距離值的秩次進(jìn)行組間差異顯著性檢驗(yàn)，山東草魚(yú)組和湖南草魚(yú)組比較中組間差異明顯大于組內(nèi)差異(R=0.307,P<0.05)，闡明不同的環(huán)境造成同一淡水魚(yú)品種的腸道微生物差異(圖1b)。鯽魚(yú)組和鯉魚(yú)組的ANOSIM分析結(jié)果中差異顯著性比較P>0.05，統(tǒng)計(jì)不具有顯著性。

圖1 樣本稀疏曲線(xiàn)和ANOSIM組間差異分析Fig.1 The rarefaction curves and analysis of ANOSIM differences (a)36個(gè)魚(yú)樣的樣本稀疏曲線(xiàn)；(b)HC組和SC組的ANOSIM組間差異分析(a)The rarefaction curves of 36 fish samples;(b)Analysis of ANOSIM differences between HC group and SC group

2.2 腸道微生物組成結(jié)構(gòu)

在門(mén)水平上，物種相對(duì)豐度柱形圖中可發(fā)現(xiàn)，HJ組和SJ組的最優(yōu)勢(shì)菌門(mén)為梭桿菌門(mén)(Fusobacteria)，且在兩個(gè)組中所占比例分別為(55.40±27.31)%和(38.44±19.72)%。在HJ組中，較優(yōu)勢(shì)菌門(mén)為變形菌門(mén)(Proteobacteria)〔(19.24±17.05)%〕>硬壁菌門(mén)(Firmicutes)〔(15.80±5.07)%〕>擬桿菌門(mén)(Bacteroidetes)(7.58±5.01)%；而在SJ組中，較優(yōu)勢(shì)菌門(mén)為硬壁菌門(mén)〔(31.50±26.24)%〕>變形菌門(mén)〔(13.78±10.29)%〕>擬桿菌門(mén)〔(8.14±0.94)%〕。HC組和SC組的最優(yōu)勢(shì)菌門(mén)為擬桿菌門(mén)，在各組中占比分別為(35.88±15.55)%和(35.76±16.47)%。在HC組中，較優(yōu)勢(shì)菌門(mén)為硬壁菌門(mén)〔(28.89±19.80)%〕>變形菌門(mén)〔(26.75±17.65)%〕>梭桿菌門(mén)〔(5.37±3.45)%〕；而在SC中梭桿菌門(mén)〔(22.28±18.05)%〕>硬壁菌門(mén)〔(13.28±5.10)%〕>螺旋體(Spirochaetes)(12.02±0.41)%。HL組和SL組的最優(yōu)勢(shì)菌門(mén)為變形菌門(mén)，在各組中所占比分別為(34.31±18.24)%和(33.70±28.58)%，HL組中，較優(yōu)勢(shì)菌門(mén)為硬壁菌門(mén)〔(22.96±22.83)%〕>梭桿菌門(mén)〔(16.40±14.37)%〕>擬桿菌門(mén)(11.60±2.91)%，而在SL組中梭桿菌門(mén)〔(30.77±7.53)%〕>擬桿菌門(mén)〔(14.89±8.65)%〕>硬壁菌門(mén)(9.55±4.30)%(圖2a)。如圖2a中所見(jiàn)，同一品種的魚(yú)樣中，環(huán)境不同，但腸道微生物中最優(yōu)勢(shì)菌門(mén)為同一菌門(mén)，隨后較優(yōu)勢(shì)菌門(mén)相對(duì)豐度大小順序有所變化。6個(gè)組中，變形菌門(mén)、梭桿菌門(mén)、硬壁菌門(mén)和擬桿菌門(mén)在各組中的所占比之和均在80%以上(圖2a)。在屬水平上，來(lái)自?xún)刹煌貐^(qū)的鯽魚(yú)和鯉魚(yú)的腸道最優(yōu)勢(shì)菌屬都是鯨桿菌屬(Cetobacterium)，草魚(yú)的最優(yōu)勢(shì)菌都是擬桿菌屬(Bacteroides)(圖2b)。因此，相對(duì)于同一品種來(lái)講，地區(qū)差異并未造成最優(yōu)勢(shì)菌屬的改變。

圖2 各組中腸道微生物門(mén)水平上和屬水平上的物種相對(duì)豐度Fig.2 Relative abundance of gut microbiome taxa on phylum category and genus category in each groups(a)HJ、SJ、HC、SC、HL和SL組的腸道微生物門(mén)水平上的物種相對(duì)豐度；(b)HJ、SJ、HC、SC、HL和SL組腸道微生物屬水平上的物種相對(duì)豐度(a)Relative abundance of gut microbiome taxa on phylum category in HJ, SJ, HC, SC, HL and SL groups;(b)Relative abundance of gut microbiome taxa on genus category in HJ, SJ, HC, SC, HL and SL groups

2.3 LEfSe分析

HJ組和SJ組的LEfSe分析結(jié)果顯示，氣單胞菌屬(Aeromonas)，氣單胞菌科(Aeromonadaceae)，氣單胞菌目(Aeromonadales)在HJ組中顯著富集(LDA>2.0,P<0.05)(圖3a)。且維氏氣單胞菌(Aeromonasveronii)和某些未鑒定的梭菌目(Clostridiales)在HJ組中的相對(duì)豐度遠(yuǎn)高于SJ組，而在SJ組中未見(jiàn)顯著差異的差異物種(LDA>2.0,P<0.05)(圖3a)。在HC組和SC組的LefSe分析圖中，弧菌科(Vibrionaceae)，弧菌目(Vibrionales)和弧菌屬(Vibrio)在SC組中顯著密集，在SC組中硬桿菌(Firmicutesbacterium)和霍亂弧菌(Vibriocholerae)的相對(duì)豐度也高于HC組，梭菌綱(Clostridia)和梭菌目(Clostridiales)在HC組中顯著密集(LDA>2.0,P<0.05)(圖3b)。在HL組和SL組的LEfSe分析圖中，弧菌科，弧菌目和弧菌屬在SL組中顯著密集，而HL組中未見(jiàn)顯著差異的差異物種(LDA>2.0,P<0.05)(圖3c)。

圖3 LDA值分布柱狀圖Fig.3 Histogram of LDA value distribution(a)HJ和SJ組的LDA值分布柱狀圖；(b)HC和SC組的LDA值分布柱狀圖；(c)HL和SL組的LDA值分布柱狀圖(a)LDA value distribution histogram of HJ and SJ groups;(b)LDA value distribution histogram of HC and SC groups;(c)LDA value distribution histogram of HL and SL groups

2.4 4種有益菌和5種有害菌的分析比較

將4種有益菌和5種有害菌的相對(duì)豐度繪制成柱狀統(tǒng)計(jì)圖，4種有益菌的相對(duì)豐度柱狀圖中可見(jiàn)，3個(gè)品種的魚(yú)腸道中，4種有益菌的相對(duì)豐度所占比之和在兩地比較下差異不大(圖4a)；在5種有害菌的相對(duì)豐度柱狀圖中，相對(duì)豐度所占比之和在兩地比較下差異很大，其中HC組的氣單胞菌屬豐度遠(yuǎn)高于SJ組，HL組的氣單胞菌屬相對(duì)豐度遠(yuǎn)高于SJ組，而SC和SL的弧菌屬豐度遠(yuǎn)高于對(duì)應(yīng)的HC組和HL組(圖4b)。值得注意的是，愛(ài)德華氏菌屬不存在SJ組，SL組和SC組中，而在HJ組，HL組和HC組中都有較低豐度(圖4b)。這可能是因?yàn)樵谏綎|地區(qū)少有愛(ài)德華氏菌屬的存在，不易在淡水魚(yú)類(lèi)中定植，或者山東地區(qū)的淡水魚(yú)中存在某些抑制該菌屬生長(zhǎng)的條件。

圖4 各組中4種有益菌的相對(duì)豐度和5種有害菌的相對(duì)豐度Fig.4 Relative abundance of four beneficial bacteria and five harmful bacteria in each groups(a)HJ、SJ、HC、SC、HL和SL組中4種有益菌的相對(duì)豐度；(b)HJ、SJ、HC、SC、HL和SL組中5種有害菌的相對(duì)豐度(a)Relative abundance of four beneficial bacteria in HJ, SJ, HC, SC, HL and SL groups;(b)Relative abundance of five harmful bacteria in HJ, SJ, HC, SC, HL and SL groups

3 討論

本研究36個(gè)樣本包含3個(gè)淡水魚(yú)類(lèi)品種，分別是草魚(yú)，鯽魚(yú)和鯉魚(yú)。在腸道微生物豐度分析中，除了SC組的變形菌門(mén)相對(duì)豐度不在前四，其他各組的魚(yú)腸道微生物均以變形菌門(mén)，梭桿菌門(mén)，硬壁菌門(mén)和擬桿菌門(mén)為主，同一菌門(mén)包含許多菌種，菌門(mén)的豐度大小受菌種豐度大小的直接影響，不同的環(huán)境可影響菌種豐度，菌門(mén)豐度也隨之發(fā)生改變。SC組中物種相對(duì)豐度排第四的是螺旋體，在HC組中也存在一定豐度的螺旋體，且少數(shù)螺旋體具有降解纖維素的能力[15,16]，如嗜熱螺旋體。草魚(yú)是一種典型的草食性魚(yú)類(lèi)，腸道較長(zhǎng)，需要更多的纖維素降解細(xì)菌來(lái)有效的攝取營(yíng)養(yǎng)，因此推測(cè)本研究中的兩個(gè)草魚(yú)組均富含有較多螺旋體的原因與其腸道消化有關(guān)。許多優(yōu)勢(shì)菌群對(duì)宿主的生長(zhǎng)代謝至關(guān)重要，如硬壁菌門(mén)的芽孢桿菌屬可提高消化酶活性，變形菌門(mén)中的假單胞菌可抑制弧菌生長(zhǎng)，它們共同作用維持腸道環(huán)境穩(wěn)定。在LEfSe分析中，HJ組中氣單胞菌屬的相對(duì)豐度遠(yuǎn)高于SJ組，SC組和SL組的差異物種都是弧菌科，可見(jiàn)，相比于山東水環(huán)境，氣單胞菌屬更易定植在湖南水環(huán)境的鯽魚(yú)腸道中，而弧菌更易在山東水環(huán)境的草魚(yú)和鯉魚(yú)腸道中定植。

有報(bào)告指出，食草性魚(yú)類(lèi)腸道微生物群的數(shù)量隨季節(jié)變化而變化，在更密集的喂養(yǎng)季節(jié)(如夏季)微生物數(shù)量更高，這是因?yàn)橄募緺I(yíng)養(yǎng)物質(zhì)更多，環(huán)境溫度更高，有利于微生物的增殖[17]。然而本研究與以上研究的結(jié)論不同，兩地氣溫差異并未造成腸道菌群豐富度的明顯改變，可能是因?yàn)椴蓸拥臅r(shí)間為八月份，雖然北方整體氣溫要比南方低，但是兩地氣溫都在適宜微生物生長(zhǎng)的區(qū)間內(nèi)，所以腸道中物種豐富度和均勻度無(wú)顯著差異。進(jìn)行β多樣性比較時(shí)，SC組和HC組的組間差異大于組內(nèi)差異，這可能是受到外界環(huán)境因素綜合的影響。很多環(huán)境因子都能夠?qū)δc道微生物產(chǎn)生不同的影響[13,18]，湖泊中常常不可避免的存在農(nóng)藥和重金屬污染問(wèn)題，比如殺蟲(chóng)劑五氯酚和抑霉唑均會(huì)顯著地引起魚(yú)體腸道菌群成分變化[19]，鉛和鎘會(huì)造成腸道菌群結(jié)構(gòu)的變化[20,21]，水體中氨氣濃度影響?hù)~(yú)類(lèi)腸道微生物群落結(jié)構(gòu)，過(guò)量硝酸鹽或氨氮還會(huì)損害宿主免疫功能[8]。本試驗(yàn)兩湖泊所處地區(qū)不同，也必定存在不同的水質(zhì)和環(huán)境問(wèn)題，組間差異大于組內(nèi)差異的試驗(yàn)結(jié)果能夠反映環(huán)境差異對(duì)魚(yú)類(lèi)腸道菌群的影響，但還無(wú)法將具體的環(huán)境因子與造成的差異結(jié)果一一對(duì)應(yīng)。

本研究中選取的是生長(zhǎng)狀況良好的淡水魚(yú)，在各組腸道環(huán)境中都存在一定豐度的病原菌，但并未表現(xiàn)出病理特征。魚(yú)類(lèi)體內(nèi)存在免疫系統(tǒng)，當(dāng)遭受少量病原菌侵害時(shí)，魚(yú)體免疫機(jī)制會(huì)起到保護(hù)作用，調(diào)節(jié)腸道環(huán)境，抵制病原體入侵。當(dāng)致病菌達(dá)到一定條件會(huì)爆發(fā)魚(yú)類(lèi)疾病，給養(yǎng)殖業(yè)帶來(lái)?yè)p失。使用抗生素是魚(yú)類(lèi)養(yǎng)殖部門(mén)控制疾病暴發(fā)的常見(jiàn)做法，然而抗生素的使用并非長(zhǎng)久之計(jì)，耐藥菌的出現(xiàn)迫使研究者尋找新的抗生素替代品。有研究表明中草藥提取物可以對(duì)魚(yú)類(lèi)的生長(zhǎng)繁殖有益，如紫蘇籽提取物可以顯著提高水產(chǎn)動(dòng)物的生長(zhǎng)和飼料利用率[22]。但是中草藥的使用也存在一些效果不明顯且成本較高的難題，因此魚(yú)類(lèi)益生菌的篩選是也逐漸成為了學(xué)者研究的熱點(diǎn)。潛在益生菌一般都具有非致病性，可調(diào)節(jié)腸道酸堿平衡，抑制病原菌生長(zhǎng)，并通過(guò)不同途徑調(diào)節(jié)免疫[23]，飼喂乳桿菌能夠顯著提高牙鲆的免疫細(xì)胞吞噬活性和溶菌酶活性[23,24]，日糧中補(bǔ)充鏈霉菌增強(qiáng)了草魚(yú)免疫基因的表達(dá)，雙歧桿菌可提高腸上皮組織完整性[25]，枯草芽孢桿菌作為飼料補(bǔ)充劑可以增強(qiáng)石斑魚(yú)的固有免疫，降低虹膜病毒感染的死亡率[23,26]。有學(xué)者的研究報(bào)告中顯示鯽魚(yú)的芽孢桿菌屬相對(duì)豐度在(0.308 2±0.526 4)%，氣單胞菌屬和希瓦氏菌屬的相對(duì)豐度分別為(0.039 1±0.038 8)%和(0.121 1±0.104 9)%[27]，本試驗(yàn)中芽孢桿菌屬的豐度在該區(qū)間內(nèi)，各組的希瓦氏菌屬均高于該區(qū)間。雖然受到不同豐度的有害菌影響，定植在腸道中的鏈霉菌、乳桿菌、芽孢桿菌和雙歧桿菌可能通過(guò)增強(qiáng)魚(yú)的固有免疫抵抗有害菌的入侵，保證魚(yú)體的正常生命活動(dòng)。

本研究可以為淡水養(yǎng)殖業(yè)提供重要的理論參考，通過(guò)進(jìn)行不同地方同一品種淡水魚(yú)的腸道微生物分析可以看出，α多樣性比較無(wú)顯著差異，宿主自身因素對(duì)腸道菌群起主要調(diào)節(jié)作用。HC和SC組的組間差異大于組內(nèi)差異，可能是受環(huán)境差異影響。潛在有益菌和潛在致病菌在腸道內(nèi)存在某種平衡，雖然相對(duì)豐度不一樣，但并未致病。因此，為了保持腸道微生物間的平衡，后續(xù)還需要進(jìn)行更多的研究，從中尋找和制造更多的有益因素，減少有害因素的出現(xiàn)頻率，創(chuàng)造更大的收益。