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金絲猴毛首線蟲線粒體cox1 基因序列分析

2020-11-03 13:04:20李向勇李春輝粟玉剛隆雪明
中國動(dòng)物檢疫 2020年11期
關(guān)鍵詞:金絲猴蟲體形態(tài)學(xué)

李向勇,李春輝,粟玉剛,范 鐵,隆雪明

(1.長沙生態(tài)動(dòng)物園,湖南長沙 410118;2.長沙市農(nóng)業(yè)綜合行政執(zhí)法局,湖南長沙 410013;3.湖南省獸藥飼料監(jiān)察所,湖南長沙 410006)

毛首線蟲(或毛尾線蟲)也稱為鞭蟲(whipworm),屬于毛尾目(Trichurata)、毛尾科(Trichuridae)、毛尾屬(Trichuris),成蟲寄生于人與動(dòng)物的盲腸[1-2]。毛首線蟲?。╰richuriasis)是人與動(dòng)物常見的寄生蟲病,呈世界性分布,多分布于熱帶地區(qū)(包括中國),是一種容易被忽視的熱帶寄生蟲病[3]。據(jù)報(bào)道[4-5],全球毛首線蟲感染人數(shù)為(6.04~7.95)億。金絲猴(Rhinopithecus roxellana)是我國特有的動(dòng)物,被我國政府和《瀕危野生動(dòng)植物種國際貿(mào)易公約》(CITES)列為一級(jí)保護(hù)物種[6],被列入國際自然保護(hù)聯(lián)盟(IUCN)瀕危物種紅色名錄中的瀕危物種?,F(xiàn)如今,金絲猴種群繁衍除了面臨棲息地被侵犯外,還有來自病毒和毛首線蟲的感染困擾[7]。因此,正確鑒定毛首線蟲種類,不僅具有重要學(xué)術(shù)價(jià)值,而且對(duì)預(yù)防和控制毛首線蟲病也具有重要的社會(huì)和經(jīng)濟(jì)意義。

毛首線蟲的種內(nèi)鑒定一直是國際性難題。毛首線蟲具有特殊的外形,雖然很容易鑒定到屬,但是種內(nèi)鑒定只能靠蟲體大小、交合刺長度、交合刺鞘以及蟲卵等形態(tài)學(xué)特征進(jìn)行鑒定[8]。當(dāng)遇到形態(tài)相似性較高的蟲體和蟲卵時(shí),傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)鑒定具有很大的局限性。如今,選用合適的基因分子標(biāo)記,是寄生蟲分子分類學(xué)的首要任務(wù)。線粒體DNA(mtDNA)具有進(jìn)化速度快、基因突變率高、母性遺傳等特點(diǎn),是研究寄生蟲系統(tǒng)發(fā)生學(xué)、群體遺傳學(xué)和分子分類的理想分子標(biāo)記[9-11]。而線粒體細(xì)胞色素c 氧化酶Ⅰ亞基(cox1)基因作為編碼基因,進(jìn)化速度快,以母系遺傳為主,且不受基因重組、易位等激變影響,被國際DNA 條形碼聯(lián)盟推薦為首選基因[12]。本研究以采自長沙生態(tài)動(dòng)物園金絲猴體內(nèi)的毛首線蟲作為研究對(duì)象,通過PCR 擴(kuò)增其部分cox1基因(pcox1)序列并進(jìn)行分析,從而明確金絲猴毛首線蟲線粒體cox1基因部分序列能否成為理想的種間遺傳標(biāo)記,旨在為今后金絲猴毛首線蟲的分類、鑒別及本病的防治等奠定基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 蟲體樣品

本試驗(yàn)研究的6 條金絲猴毛首線蟲樣品于2017 年采自長沙生態(tài)動(dòng)物園(金絲猴2016 年從上海野生動(dòng)物園引進(jìn)),樣品代碼標(biāo)記為B-1、B-2、B-3、B-4、B-5、B-6。

1.2 主要試劑

蛋白酶K,購自Merck 公司;WizardTMDNA Clean-up System 試劑盒,購 自Promega 公 司;EmeraldAmp Max HS PCR Master Mix、DL 2 000 DNA Marker,均購自TaKaRa 公司。

1.3 樣品DNA 制備

先利用解剖顯微鏡觀察蟲體樣品的形態(tài)學(xué)結(jié)構(gòu),并用高清照相機(jī)拍下蟲體圖片進(jìn)行初步形態(tài)學(xué)鑒定。樣品保存于裝有70%酒精的玻璃瓶中,置于-20 ℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>

從70%的酒精保存液中取出單個(gè)蟲體,用雙蒸水反復(fù)吹打沖洗3 次后,置于新的1.5 mL Eppendorf 管中;用滅菌的微型剪刀將蟲體組織剪碎,并反復(fù)研磨,然后根據(jù)WizardTMDNA Cleanup System 試劑盒說明書添加消化體系與20 μL 蛋白酶K;混勻后,放于55 ℃恒溫水浴箱中消化15~18 h;將消化好的混懸液再根據(jù)說明書提取蟲體DNA,DNA 樣品分裝后置于-20 ℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>

1.4 PCR 擴(kuò)增pcox1 基因

根據(jù)Bowles等[13]報(bào)道的引物JB3 和JB4.5(JB3:5'-TTTTTTGGGCATCCTGAGGTTTAT-3',24 bp;JB4.5:5'-TAAAGAAAGAACATAATGAAAATG-3',24 bp)來擴(kuò)增線粒體pcox1,隨后將引物交予生工生物工程(上海)股份有限公司合成。擴(kuò)增體系為25μL:上下游引物各0.5 μL,模板DNA 1 μL,雙蒸水10.5 μL,EmeraldAmp Max HS PCR Master Mix 12.5 μL。PCR 過程:94 ℃預(yù)變性5 min;94 ℃變性30 s,55 ℃退火30 s,72 ℃延伸1 min,共36 個(gè)循環(huán);最后72 ℃延伸5 min。取5 μL PCR 產(chǎn)物進(jìn)行1%TAE 瓊脂糖凝膠電泳,用Good View Nucleic Acid Stain 染色,紫外投射儀下觀察結(jié)果,凝膠成像系統(tǒng)攝像。

1.5 pcox1 基因序列測定及系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建

將PCR 產(chǎn)物送至生工生物工程(上海)股份有限公司測序,測序結(jié)果用DNAstar 5.0 軟件分析,從GenBank 檢索現(xiàn)有毛尾科毛首線蟲屬毛首線蟲的cox1基因序列(表1),然后與之進(jìn)行相似性比對(duì)并構(gòu)建毛首線蟲系統(tǒng)發(fā)育樹,以旋毛蟲(Trichinella spiralis,KU321696.1)作為外群,利用ClustalX 1.81 及Mega 5.0 軟件對(duì)獲得的序列和GenBank 的毛首線蟲pcox1部分序列進(jìn)行比對(duì)及遺傳距離計(jì)算,同時(shí)利用Mega5.0 程序中的鄰位相連法(Neighbor-Joining,NJ)反復(fù)運(yùn)算1 000 次,選取最佳模型,繪制種系發(fā)育樹。

表1 代表性的毛首線蟲cox1 序列信息

2 結(jié)果與分析

2.1 形態(tài)學(xué)檢查

顯微鏡下觀察到雄蟲交合刺(圖1)和蟲卵(圖2),經(jīng)反復(fù)對(duì)照文獻(xiàn)和寄生蟲圖譜結(jié)合蟲體照片(圖3~4),初步確定為金絲猴毛首線蟲(Trichuris rhinopiptheroxella)。

圖1 雄蟲交合刺

圖2 蟲卵

2.2 PCR 擴(kuò)增

經(jīng)PCR 擴(kuò)增,6 個(gè)樣品均成功擴(kuò)增出長度為411 bp 的基因片段,與預(yù)期pcox1基因目的片段長度相符,且無非特異性條帶,空白對(duì)照為陰性(圖5)。

圖3 雌蟲局部

圖4 蟲體

圖5 毛首線蟲線粒體pcox1 基因PCR 擴(kuò)增結(jié)果

2.3 測序及分析

擴(kuò)增所獲得的pcox1序列減除引物后長度一致,均為411 bp。將所測得的6 個(gè)樣本個(gè)體的pcox1序列進(jìn)行種內(nèi)比較,結(jié)果發(fā)現(xiàn)這些樣本的pcox1序列完全一致,無種內(nèi)變異。序列中A、G、T、C 含量分別為26.52%、18.73%、36.74%、18.00%。其中A+T 含量(63.26%)明顯高于C+G含量(36.74%)。pcox1基因序列種間分析結(jié)果顯示,種間差異較大,差異率為24.0%~34.1%。

2.4 cox1 基因序列系統(tǒng)發(fā)生樹

采用NJ 法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹(圖6)。由圖6 可知,6 個(gè)樣本與GenBank 檢索到的Trichuris rhinopiptheroxella處于同一分支,同源性為100%,所在分支與其他毛首線蟲所在分支距離較遠(yuǎn)。

3 討論

圖6 基于cox1 基因序列以NJ 法所構(gòu)建的金絲猴毛首線蟲系統(tǒng)進(jìn)化樹

寄生蟲的準(zhǔn)確分類鑒定對(duì)寄生蟲病防治具有重要意義。但單靠傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)方法已經(jīng)不能準(zhǔn)確高效地進(jìn)行寄生蟲分類鑒定。形態(tài)學(xué)分類方法存在一定局限性,尤其對(duì)于相似種或者近緣種,很難從形態(tài)上進(jìn)行區(qū)分,而分子生物學(xué)的發(fā)展很好地解決了這一問題。線粒體cox1作為線粒體編碼基因,具有母系遺傳、進(jìn)化速度快、受基因突變影響小等特點(diǎn),被很多專家學(xué)者認(rèn)為是種內(nèi)遺傳學(xué)、分子分類學(xué)、分子進(jìn)化學(xué)等學(xué)科理想的遺傳標(biāo)記[14-17]。

本研究以長沙生態(tài)動(dòng)物園金絲猴體內(nèi)采集的毛首線蟲為樣本進(jìn)行序列比對(duì)。發(fā)現(xiàn)分離的6 條金絲猴毛首線蟲種內(nèi)相似性很高(100%),同時(shí)與GenBank 上檢索的Trichuris rhinopiptheroxella相似性也為100%,而與其他毛首線蟲種間差異較大,為24.0%~34.1%。系統(tǒng)發(fā)育分析結(jié)果顯示,毛首線蟲分離株與GenBank 上檢索的Trichuris rhinopiptheroxella處于同一分支,而與其他毛首線蟲分枝相隔較遠(yuǎn)。依此判定,此次在長沙生態(tài)動(dòng)物園金絲猴體內(nèi)采集的毛首線蟲均為Trichuris rhinopiptheroxella。此次研究結(jié)果充分說明毛首線蟲的cox1基因序列種內(nèi)保守而種間差異大,可以作為毛首線蟲分類學(xué)理想的遺傳標(biāo)記,還為進(jìn)一步研究毛首線蟲的群體遺傳結(jié)構(gòu)奠定了基礎(chǔ)。

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