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齊墩果酸衍生物的合成及其與MEK靶點(diǎn)分子對接研究

2020-12-11 03:16張蓬勃宋艷玲
關(guān)鍵詞:甲酯果酸產(chǎn)率

張蓬勃, 宋艷玲

(沈陽化工大學(xué) 制藥與生物工程學(xué)院, 遼寧 沈陽 110142)

齊墩果酸(oleanolic acid,OA,圖1)是一種五環(huán)三萜類化合物,具有顯著的抗腫瘤、抗炎、抗氧化和抗血小板聚集等藥理活性[1-2].但齊墩果酸的水溶性非常差,生物利用度低,大劑量服用會造成膽囊水腫,限制了其臨床應(yīng)用[3].含氮化合物廣泛存在于自然界,許多有機(jī)含氮化合物具有顯著的生物活性.文獻(xiàn)報(bào)道三萜類化合物中引入氮原子能增加化合物的抗腫瘤活性,且含氮化合物與酸易生成鹽,溶解性明顯增加[4].席夫堿活性片段具有特殊的生理活性,多種含席夫堿的化合物具有抗腫瘤、抗菌和抑菌等藥用活性[5-6].本文通過將席夫堿活性片段引入至OA-3位,設(shè)計(jì)并合成化合物Ⅰ1~Ⅰ4,通過席夫堿還原進(jìn)一步設(shè)計(jì)并合成化合物Ⅱ1~Ⅱ4,以期提高目標(biāo)化合物的生物活性和生物利用度.

近年來計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)(computer aided drug design,CADD)在新藥研發(fā)過程中發(fā)揮著重要作用.分子對接研究是將配體分子放置于受體分子的活性位點(diǎn),利用化合物與受體蛋白的三維結(jié)構(gòu)進(jìn)行對接,預(yù)測化合物的生物活性.ERK(extracellular regulated kinase)是絲裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)家族的重要成員,其信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路(Ras-Raf-MEK-ERK)調(diào)控異常會導(dǎo)致多種癌細(xì)胞增生、擴(kuò)散并轉(zhuǎn)移[7].MEK作為ERK途徑中的重要靶點(diǎn),已成為抗腫瘤藥物的研究熱點(diǎn).本文通過計(jì)算機(jī)輔助設(shè)計(jì)的方法研究OA衍生物與MEK分子對接,預(yù)測目標(biāo)化合物抑制MEK的活性.

圖1 齊墩果酸的立體化學(xué)結(jié)構(gòu)

1 實(shí)驗(yàn)部分

1.1 儀器與試劑

Bruker ARX-600型核磁共振儀,美國Bruker公司;Büchi B-540熔點(diǎn)測定儀,瑞士Büchi公司;薄層色譜(GF-254),柱色譜硅膠(200~300目),青島海洋化工有限公司;齊墩果酸(質(zhì)量分?jǐn)?shù)為98 %),陜西慈緣生物技術(shù)有限公司;芳香醛類藥品,國藥集團(tuán)化學(xué)試劑有限公司.其他溶劑和藥品均為分析純.

1.2 合成實(shí)驗(yàn)

OA衍生物的合成路線見圖2.

試劑和反應(yīng)條件:(a) K2CO3,CH3I,DMF,室溫;(b) 瓊斯試劑,丙酮,異丙醇,0 ℃;(c) NH2OH·HCl,Py,50 ℃;(d) NaBH3CN,TiCl3,CH3COONH4,CH3OH,室溫;(e) 芳香醛,乙醇,80 ℃;(f) NaBH3CN,乙酸,室溫

1.2.1 齊墩果酸甲酯(1)的制備

將OA(5.00 g,10.94 mmol)和無水K2CO3(3.78 g,27.35 mmol)溶于50 mL干燥的N,N-二甲基甲酰胺中,攪拌下緩慢加入碘甲烷(1.37 mL,21.89 mmol),室溫下繼續(xù)攪拌反應(yīng)6 h,TLC監(jiān)測反應(yīng).反應(yīng)結(jié)束后加水稀釋,乙酸乙酯萃取,飽和NaCl溶液洗滌,水洗,合并有機(jī)相.無水硫酸鈉干燥,抽濾,減壓蒸干溶劑,得白色固體.干燥過夜,甲醇重結(jié)晶得白色針狀晶體化合物14.40 g,產(chǎn)率85 %,m.p.196~198.8 ℃(文獻(xiàn)m.p.197~198.2 ℃)[8].

1.2.2 3-羰基-齊墩果酸甲酯(2)的制備

將齊墩果酸甲酯(1)(4.40 g,9.35 mmol)溶于100 mL丙酮中,冰浴下緩慢滴加Jones試劑(11.5 mL),直至反應(yīng)液橘紅色不再消失,滴畢,室溫下反應(yīng)1~2 h,TLC監(jiān)測反應(yīng).反應(yīng)完畢,加入130 mL異丙醇淬滅.反應(yīng)結(jié)束后,減壓蒸除部分溶劑,乙酸乙酯萃取,飽和NaCl溶液洗滌,水洗,合并有機(jī)相.無水硫酸鈉干燥,抽濾,減壓蒸干,得淡黃綠色固體.干燥,甲醇重結(jié)晶得白色晶體化合物24.15 g,產(chǎn)率95 %,m.p.186~187 ℃(文獻(xiàn)m.p.185~186 ℃)[9].

1.2.3 3-羥肟基-齊墩果酸甲酯(3)的制備

將3-羰基-齊墩果酸甲酯(2)(4.15 g,8.87 mmol)溶于50 mL吡啶中,加入鹽酸羥胺(2.76 g,39.74 mmol),50 ℃下反應(yīng)2 h,TLC監(jiān)測反應(yīng).反應(yīng)結(jié)束后加入適量二氯甲烷稀釋,用質(zhì)量分?jǐn)?shù)為10 %的鹽酸洗滌3次,飽和NaCl溶液洗滌,水洗,合并有機(jī)相.無水硫酸鈉干燥,抽濾,減壓蒸干,得白色固體化合物33.24 g,產(chǎn)率75.5 %,m.p.244~246 ℃(文獻(xiàn)m.p.247~249 ℃)[9].

1.2.4 3-氨基-齊墩果酸甲酯(4)的制備

將3-羥肟基-齊墩果酸甲酯(3)(4.88 g,10.10 mmol)溶于100 mL甲醇中,加入乙酸銨(9.04 g,117.30 mmol),再加入NaBH3CN(7.08 g,112.70 mmol),充分?jǐn)嚢枞芙?,冰浴下緩慢滴加質(zhì)量分?jǐn)?shù)為15 %的三氯化鈦溶液(29.33 mL,34.22 mmol),室溫下反應(yīng)12 h,TLC監(jiān)測反應(yīng).反應(yīng)結(jié)束后,蒸除部分溶劑,用2 mol/L的NaOH溶液調(diào)pH至10,二氯甲烷萃取,蒸餾水洗滌,合并有機(jī)相.無水硫酸鈉干燥,抽濾,減壓蒸干,硅膠柱層析分離(200~300目),洗脫劑為甲醇/二氯甲烷,得白色固體化合物43.78 g,產(chǎn)率80 %,m.p.221.3~223.7 ℃.ESI-MS,m/z:470.8[M+H]+;1H-NMR(600MHz,CDCl3),δ:5.29(1H,s,H-12),3.64(3H,s,28-COOCH3),2.87(1H,d,J=13.6 Hz,H-18),2.51(1H,d,J=9.7 Hz,H-2),1.14(3H,s,CH3),1.02(3H,s,CH3),0.94(3H,s,CH3),0.91(6H,s,2CH3),0.81(3H,s,CH3),0.74(3H,s,CH3).

1.2.5 化合物Ⅰ1~Ⅰ4的制備

1.2.5.1 化合物Ⅰ1的制備

將3-氨基-齊墩果酸甲酯(0.15 g,0.32 mmol)溶于10 mL無水乙醇中,苯甲醛(0.041 g,0.384 mmol)溶于5 mL無水乙醇中,隨后將芳香醛乙醇溶液逐滴加入反應(yīng)體系中,80 ℃條件下回流反應(yīng)4~6 h.溶液變渾濁,有固體析出,抽濾,甲醇重結(jié)晶得白色固體產(chǎn)物化合物Ⅰ10.12 g,m.p.192~194 ℃,產(chǎn)率63 %.1H-NMR(600 MHz,CDCl3),δ:8.26(s,1H),7.74~7.72(m,2H),7.41~7.37(m,3H),5.31(s,1H),3.63(s,3H),1.16(s,3H),1.01(s,3H),0.98(s,3H),0.93(s,3H),0.90(s,3H),0.78(s,3H),0.76(s,3H).

1.2.5.2 化合物Ⅰ2的制備

實(shí)驗(yàn)步驟同化合物Ⅰ1.3-氨基-齊墩果酸甲酯(0.15 g,0.32 mmol)與鄰硝基苯甲醛(0.058 g,0.384 mmol)反應(yīng),得到棕色固體產(chǎn)物化合物Ⅰ20.118 g,m.p.193~196 ℃,產(chǎn)率57 %.1H-NMR(600 MHz,CDCl3),δ:8.66(s,1H),8.01~7.98(m,2H),7.64(d,J=7.6 Hz,1H),7.53(t,J=8.0 Hz,1H),5.31(s,1H),3.63(s,3H),1.16(s,3H),1.01(s,3H),0.98(s,3H),0.93(s,3H),0.91(s,3H),0.82(s,3H),0.76(s,3H).

1.2.5.3 化合物Ⅰ3的制備

實(shí)驗(yàn)步驟同化合物Ⅰ1.3-氨基-齊墩果酸甲酯(0.15 g,0.32 mmol)與3,4-二氯苯甲醛(0.068 g,0.384 mmol)反應(yīng),得到白色固體產(chǎn)物化合物Ⅰ30.116 g,m.p.192~195 ℃,產(chǎn)率53 %.1H-NMR(600 MHz,CDCl3),δ:8.17(s,1H),7.83(d,J=1.9 Hz,1H),7.54~7.52(m,1H),7.46(d,J=8.3 Hz,1H),5.31(s,1H),3.63(s,3H),1.16(s,3H),1.00(s,3H),0.96(s,3H),0.93(s,3H),0.90(s,3H),0.76(s,6H).

1.2.5.4 化合物Ⅰ4的制備

實(shí)驗(yàn)步驟同化合物Ⅰ1.3-氨基-齊墩果酸甲酯(0.15 g,0.32 mmol)與3,5-二氯水楊醛(0.074 g,0.384 mmol)反應(yīng),得到黃色固體產(chǎn)物化合物Ⅰ40.161 g,m.p.195~196 ℃,產(chǎn)率72 %.1H-NMR(600 MHz,CDCl3),δ:15.04(s,1H),8.18(s,1H),7.41(d,J=2.5 Hz,1H),7.13(d,J=2.6 Hz,1H),5.30(s,1H),1.15(s,3H),0.98(s,3H),0.96(s,3H),0.93(s,3H),0.90(s,3H),0.85(s,3H),0.75(s,3H).

1.2.6 化合物Ⅱ1~Ⅱ4的制備

1.2.6.1 化合物Ⅱ1的制備

將3-氨基-齊墩果酸甲酯(0.15 g,0.32 mmol)溶于10 mL無水乙醇中,將苯甲醛(0.041 g,0.384 mmol)用5 mL無水乙醇溶解后逐滴加到反應(yīng)瓶中,80 ℃條件下回流反應(yīng)4~6 h,冷卻至室溫后,加入NaBH3CN(0.06 g,0.96 mmol),室溫條件下反應(yīng)2 h,TLC監(jiān)測反應(yīng).反應(yīng)結(jié)束后加入5 mL冰醋酸進(jìn)行淬滅,二氯甲烷萃取,飽和NaCl溶液洗滌3次,合并有機(jī)相.無水硫酸鈉干燥,抽濾,減壓懸蒸,硅膠柱層析分離(200~300目),洗脫劑為石油醚/乙酸乙酯,得到白色固體產(chǎn)物化合物Ⅱ10.08 g,m.p.187~190 ℃,產(chǎn)率42 %.1H-NMR(600 MHz,CDCl3),δ:7.35(d,J=7.1 Hz,2H),7.31(t,J=7.6 Hz,2H),7.25~7.21(m,2H),5.28(s,2H),3.95(d,J=13.2 Hz,1H),3.67(d,J=13.2 Hz,1H),3.62(s,3H),1.11(s,3H),0.97(s,3H),0.92(s,3H),0.90(s,6H),0.74(s,3H),0.72(s,3H).

1.2.6.2 化合物Ⅱ2的制備

實(shí)驗(yàn)步驟同化合物Ⅱ1.3-氨基-齊墩果酸甲酯(0.15 g,0.32 mmol)與鄰硝基苯甲醛(0.058 g,0.384 mmol)反應(yīng),得到棕色固體產(chǎn)物化合物Ⅱ20.083g,m.p.182~186 ℃,產(chǎn)率40 %.1H-NMR(600 MHz,CDCl3),δ:7.89(d,J=8.1 Hz,1H),7.66(d,J=7.7 Hz,1H),7.55(t,J=7.5 Hz,1H),7.38(t,J=7.7 Hz,1H),5.28(s,1H),4.20(d,J=14.3 Hz,1H),3.91(d,J=14.3 Hz,1H),3.62(s,3H),1.12(s,3H),0.94(s,3H),0.93(s,3H),0.90(d,J=2.2 Hz,6H),0.74(s,3H),0.72(s,3H).

1.2.6.3 化合物Ⅱ3的制備

實(shí)驗(yàn)步驟同化合物Ⅱ1.3-氨基-齊墩果酸甲酯(0.15 g,0.32 mmol)與3,4-二氯苯甲醛(0.068 g,0.384 mmol)反應(yīng),得到白色固體產(chǎn)物化合物Ⅱ30.076 g,m.p.185~186 ℃,產(chǎn)率35 %.1H-NMR(600 MHz,DMSO-d6),δ:7.61(s,1H),7.54(d,J=8.2 Hz,1H),7.34(d,J=8.2 Hz,1H),5.18(s,1H),3.84(d,J=14.3 Hz,1H),3.61(d,J=14.5 Hz,1H),3.54(s,3H),1.07(s,3H),0.91(s,3H),0.87(d,J=2.7 Hz,6H),0.85(s,3H),0.69(s,3H),0.65(s,3H).

1.2.6.4 化合物Ⅱ4的制備

實(shí)驗(yàn)步驟同化合物Ⅱ1.3-氨基-齊墩果酸甲酯(0.15 g,0.32 mmol)與3,5-二氯水楊醛(0.074g,0.384 mmol)反應(yīng),得到黃色固體產(chǎn)物化合物Ⅱ40.10g,m.p.182~184 ℃,產(chǎn)率45 %.1H-NMR(600 MHz,DMSO-d6),δ:13.11(s,1H),7.29(d,J=2.6 Hz,1H),7.08(d,J=2.6 Hz,1H),5.19(s,1H),4.07(d,J=14.7 Hz,1H),3.85(d,J=14.6 Hz,1H),1.09(s,3H),0.99(s,3H),0.88(d,J=2.5 Hz,6H),0.86(s,3H),0.73(s,3H),0.66(s,3H).

1.3 化合物與MEK的分子模擬對接

從蛋白數(shù)據(jù)庫(protein data bank,PDB)(http://www.rcsb.org/)中下載MEK靶蛋白結(jié)構(gòu)(PDB編號:4MX5).在ChemDraw中以structure選項(xiàng)下的convert name to structure功能分別畫出其結(jié)構(gòu)圖,并以MDL Molfile(*.mol)格式存儲,使用Discovery studio 4.0軟件導(dǎo)入上步建立的MDL Molfile(*.mol)格式文件,使用其convert功能,將MDL Molfile格式轉(zhuǎn)換成為sdf-MDL MOL format(*.mol2)格式文件.利用計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)軟件Molegro Virtual Docker(MVD 6.0)對各分子對接的結(jié)合能進(jìn)行測試,用Discovery studio 4.0分析對接模式.

2 結(jié)果與討論

MVD軟件能夠通過函數(shù)打分的形式,預(yù)測并計(jì)算蛋白質(zhì)與小分子配體的相互作用,結(jié)果以結(jié)合自由能(Escore=Einter+Eintra,kJ/mol)形式表達(dá),Einter表示配體-蛋白質(zhì)相互作用能量,Eintra表示配體內(nèi)部能量.結(jié)合能絕對值越大,表示結(jié)合親和力越強(qiáng).分子對接的結(jié)合能結(jié)果見表1.

研究結(jié)果表明:化合物Ⅰ1~Ⅰ4和Ⅱ1~Ⅱ4與MEK靶蛋白(PDB編號:4MX5)的結(jié)合能均高于OA,且Ⅱ系列高于Ⅰ系列,表明席夫堿還原后的化合物與靶蛋白具有更高的結(jié)合能,其中化合物Ⅱ4的結(jié)合能高達(dá)-552.36 kJ/mol,超過MEK靶蛋白抑制劑曲美替尼的結(jié)合能-538.63 kJ/mol.曲美替尼是一種代表性的小分子MEK抑制劑[10],現(xiàn)通過分子模擬對接方法研究其與MEK靶蛋白(PDB編號:4MX5)的相互作用(圖3).分子對接結(jié)果表明:曲美替尼可以和MEK蛋白氨基酸殘基形成多個牢固的氫鍵,與靶蛋白產(chǎn)生較大結(jié)合力.化合物Ⅱ4與靶蛋白的分子模擬對接結(jié)果表明:Ⅱ4能較好地插入到靶點(diǎn)的活性口袋中,其結(jié)構(gòu)中的酯基、芳香羥基通過氫鍵與靶蛋白氨基酸殘基(SER:176,GLU:177,ARG:258,VAL:81)緊密結(jié)合;還原席夫堿亞甲基片段、芳香取代基團(tuán)通過碳?xì)滏I、疏水鍵、π—σ 鍵和π—alkyl鍵等與靶蛋白多個氨基酸殘基(CLU:177,SER:176,ARG:213,TYR:123,ILE:172)結(jié)合,如圖4所示.

圖4 化合物Ⅱ4與MEK靶蛋白(PDB編號:4MX5)分子對接模式

3 結(jié) 論

設(shè)計(jì)并合成了8個未見文獻(xiàn)報(bào)道的OA衍生物,通過分子對接的方法模擬目標(biāo)化合物和MEK靶蛋白大分子相互作用.研究結(jié)果表明:化合物Ⅱ4可通過氫鍵與MEK靶蛋白多個氨基酸殘基(SER:176,GLU:177,ARG:258,VAL:81)結(jié)合,產(chǎn)生較高的結(jié)合能.可通過藥理活性實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步研究其抑制MEK的活性.計(jì)算機(jī)輔助篩選方法可大大提高新藥研發(fā)的速度,降低新藥研發(fā)的成本,同時分子模擬對接模式的研究對藥物作用機(jī)制研究具有重要意義.

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