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細(xì)菌性肝膿腫的實驗室檢查及病原體檢測研究進(jìn)展

2021-01-03 14:13陳國林
中國實驗診斷學(xué) 2021年6期
關(guān)鍵詞:克雷伯病原體測序

張 威,陳國林

(哈爾濱醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院 感染科,黑龍江 哈爾濱150001)

細(xì)菌性肝膿腫(Pyogenic liver abscess,PLA)在東亞地區(qū)是一種較常見的肝臟感染性疾病,死亡率達(dá)2-12%[1]。研究發(fā)現(xiàn)PLA在糖尿病、營養(yǎng)不良和免疫抑制等患者中發(fā)病率增加[2]。最近一項基于美國人口的研究顯示[3],在過去的35年中,PLA的發(fā)病率增加了2倍多,報道稱發(fā)病率的增加歸因于肝膽介入治療頻率增加和生物多藥耐藥性。雖然隨著引流技術(shù)的發(fā)展和抗生素的廣泛應(yīng)用,PLA有了更好的預(yù)后,但如不及時診斷并給予合適的治療,仍可發(fā)展為致命的結(jié)局,且該病并發(fā)癥復(fù)雜,如并發(fā)內(nèi)源性眼內(nèi)炎雖經(jīng)積極治療仍不能獲得滿意效果。

由于大部分PLA的癥狀是感染引起的,是非特異性的,因此很難及時診斷,研究發(fā)現(xiàn)[4],PLA患者主訴癥狀持續(xù)時間中位數(shù)為1周,另外1/4的患者在前1-2周就已經(jīng)出現(xiàn)癥狀,還有一部分患者為體檢發(fā)現(xiàn)。PLA的實驗室檢查結(jié)果也相對缺乏特異性[5],但具有預(yù)測和提示意義。雖然實驗室檢查本身并不能診斷PLA,但實驗室異常通常會促使進(jìn)一步結(jié)合影像學(xué)等做出診斷。

PLA可根據(jù)致病菌分類,確定病原體可以一定程度上預(yù)測潛在的并發(fā)癥,幫助早期識別并制定治療方案[2]。不僅如此,針對病原體的治療可避免不規(guī)范應(yīng)用抗生素的情況,從而減緩耐藥問題。研究發(fā)現(xiàn)[3]在過去的20年中,由多藥耐藥微生物引起的感染顯著增加,比例從14%上升至51%。但由于PLA患者多數(shù)存在發(fā)熱的癥狀,相當(dāng)一部分在院外已經(jīng)應(yīng)用抗生素,這導(dǎo)致傳統(tǒng)培養(yǎng)方法的陽性率減低,給病原體鑒定造成干擾,因此開展新技術(shù)鑒定PLA病原體是日后發(fā)展的趨勢。伴隨病原體的變遷及糖尿病和惡性腫瘤等免疫障礙患者的數(shù)量增加,PLA的病因、診斷和治療發(fā)生了很大的變化。因此,PLA的臨床診療面臨著新的挑戰(zhàn)。本文針對PLA的實驗室檢查及病原體檢測的研究現(xiàn)狀及進(jìn)展展開綜述。

1 實驗室檢查

PLA患者實驗室檢查較常見的異常是白細(xì)胞計數(shù)升高和感染誘發(fā)的血小板減少。肝功能異常常見低白蛋白血癥、膽紅素升高、轉(zhuǎn)氨酶、堿性磷酸酶升高和γ谷氨酰轉(zhuǎn)肽升高,炎癥指標(biāo)C反應(yīng)蛋白(C-Reactive Protein,CRP)升高等等[4-7]。一項研究指出[7]最常見的實驗室異常分別是98%和93.9%的病例中CRP和纖維蛋白原水平升高,其次是77%的患者白細(xì)胞結(jié)果異常,67%的患者堿性磷酸酶升高。并對他們之中34名患者給予降鈣素原(PCT)檢查,回報被檢測患者的PCT水平均升高。白細(xì)胞計數(shù)的增加通常與PLA感染有關(guān),但可能受到幾種共存的非感染因素的影響,因此白細(xì)胞診斷能力較低。但研究表明[8]白細(xì)胞增加、血漿白蛋白減少與PLA膿腫的大小相關(guān)。研究指出[9]合并膽道疾病的PLA組的谷丙轉(zhuǎn)氨酶、堿性磷酸酶和總膽紅素水平高于無膽道疾病的PLA組,實驗室檢查也能輔助判斷PLA的病因。

1.1 C反應(yīng)蛋白

PLA患者的CRP幾乎都存在不同程度的升高,研究認(rèn)為[9]CRP在 PLA 中是反應(yīng)炎癥程度和評估抗感染治療效果的一項簡單有效和敏感的指標(biāo)。研究顯示[10]CRP正常后停用抗生素組和體溫正常至少2周停用抗生素組經(jīng)皮穿刺引流后抗生素治療時間分別為15.83±6.45天和24.25±8.18天,CRP指導(dǎo)停藥組用藥天數(shù)明顯少于體溫指導(dǎo)停藥組(P=0.001)。兩組復(fù)發(fā)率均為0%,因此CRP值可作為決定經(jīng)皮引流后的PLA抗生素治療持續(xù)時間的獨(dú)立因素。Law等研究表明[11]每周檢測CRP有助于識別哪些PLA患者具有良好預(yù)后,并且能識別抗生素充分治療療程為5周或更短時間的患者。一項薈萃分析指出[12],使用CRP指導(dǎo)的抗生素治療與新生兒抗生素使用時長縮短相關(guān)。同樣,基于CRP的算法也減少了成人門診患者的抗生素使用。另外,研究認(rèn)為血清CRP可能是鑒別腫塊型肝內(nèi)膽管細(xì)胞癌(IMCC)和PLA的潛在標(biāo)志物。其他炎癥指標(biāo)包括白細(xì)胞總數(shù)、中性粒細(xì)胞絕對值/淋巴細(xì)胞絕對值(NLR)、Delta中性粒細(xì)胞指數(shù)(DNI)、血小板減少率和CRP在PLA組明顯高于IMCC組。對兩組而言,初始CRP值的曲線下面積顯著高于初始血清白細(xì)胞計數(shù)、血小板減少率和DNI水平的曲線下面積(曲線下面積:0.909)。血清CRP(OR 1.290,95%CI 1.148-1.449,P<0.001)是區(qū)分PLA組和IMCC組的唯一顯著預(yù)測因子[13]。不僅如此,基于人群的研究中發(fā)現(xiàn)PLA的幾個不良預(yù)后因素,如年齡、惡性腫瘤、腎功能損害和敗血癥,與CRP水平較高相關(guān)[14-15]。

1.2 降鈣素原

血清PCT是臨床工作中細(xì)菌感染常見的生物標(biāo)志物,對抗感染治療也具有指導(dǎo)意義。研究中[9],155名PLA患者中位PCT水平為3.14 ng/mL,95.5%(148/155)的PLA患者的PCT大于0.05 ng/mL。此外,4.5%(7/155)的患者的PCT檢測結(jié)果正常。這是因為PCT的半衰期不長(20至24 h),在局部細(xì)菌感染中通常是正常的或略有增加。此外研究還表明[16],PLA并發(fā)膿毒血癥組的平均PCT水平高于PLA不合并膿毒血癥的亞組(P<0.001);其他數(shù)據(jù)包括中性粒細(xì)胞計數(shù)和百分比顯示兩組間沒有顯著差異。血清PCT水平是原發(fā)性肝癌患者經(jīng)肝動脈化療栓塞治療后診斷PLA合并膿毒癥的指標(biāo),PCT的臨界值為5.1 ng/mL,在預(yù)測PLA合并膿毒癥中具有較高的特異性和敏感性。

1.3 Delta中性粒細(xì)胞指數(shù)

急診入院時的高DNI指數(shù)水平是初始血流動力學(xué)穩(wěn)定的PLA患者發(fā)生院內(nèi)低血壓的獨(dú)立預(yù)測因子(OR:1.44,95%CI:1.06-1.95,P=0.02)。DNI大于3.3%與急診入院發(fā)生院內(nèi)低血壓有關(guān)(OR:5.37,95%CI:2.91-9.92,P<0.001)[17]。最近的一項研究顯示[18],NLR與PLA患者的預(yù)后明顯較差有關(guān)。但在預(yù)測住院低血壓方面,急診入院時的DNI的效能優(yōu)于白細(xì)胞、中性粒細(xì)胞、CRP水平和NLR,DNI具有類似快速序貫器官功能衰竭評分(qSOFA評分)的作用[17]。未來需要對更多患者進(jìn)行前瞻性多中心研究,以驗證DNI在確定治療充分性方面的有效性,及是否可作為對初始穩(wěn)定的PLA患者進(jìn)行緊急干預(yù)的時間點(diǎn)的標(biāo)志。

2 病原體的變遷與檢測

2.1 病原體的變遷

PLA在全球均有分布,各地的致病微生物譜各不相同。在西方一些國家,鏈球菌和大腸桿菌占主導(dǎo)位置。中國1項Meta分析顯示[19],在PLA中最常檢出菌為大腸桿菌和肺炎克雷伯菌,二者共計(83%)。大腸桿菌導(dǎo)致的PLA多為膽道源性且更易發(fā)生黃疸和膿毒癥休克,多變量分析顯示,大腸桿菌是一個獨(dú)立死亡因素[20]。

近些年肺炎克雷伯菌肝膿腫(KPLA)的病例報告出現(xiàn)頻次顯著增加,現(xiàn)超越大腸桿菌,不僅僅是亞洲地區(qū)最主要的病原體,在歐洲發(fā)病率也有升高趨勢。肺炎克雷伯氏菌有特定的毒力因子,因此被稱為傳播全球的高毒性菌株[1]。KPLA在糖尿病的患者中常出現(xiàn),在一項亞洲研究中,KPLA的糖尿病患病率為61%,而除此之外其他PLA的糖尿病患病率為51.4%??赡芤驗檠强刂魄芳褧绊懯戎行粤<?xì)胞對克雷伯氏菌K1/K2莢膜的吞噬作用,從而阻止對細(xì)菌的免疫反應(yīng)[21]。最近美國安全網(wǎng)醫(yī)院研究也表明[22],最常見的PLA危險因素是糖尿病、既往肝臟手術(shù)和肝臟惡性腫瘤。其中有6名患者,糖尿病是他們唯一的危險因素。研究還發(fā)現(xiàn)產(chǎn)氣性膿腫也和肺炎克雷伯菌感染相關(guān),且死亡率高[23]。同時KPLA患者需要密切關(guān)注肝臟以外的侵入性表現(xiàn),稱為侵襲綜合征,通常由高毒力肺炎克雷伯菌引起。最新研究發(fā)現(xiàn)[24],毒力基因iutA在高毒力和普通肺炎克雷伯菌兩組之間有顯著差異(P=0.002),可以作為高毒力肺炎克雷伯菌的一個分子標(biāo)志物。內(nèi)源性眼內(nèi)炎是KPLA侵襲綜合征中一種毀滅性的并發(fā)癥,部分患者經(jīng)過外科及抗感染治療仍不能恢復(fù)[25]。另外,在回顧性研究中發(fā)現(xiàn)大多數(shù)PLA的病例均是隱源性的[9,26],這可能與肺炎克雷伯桿菌的流行相關(guān)。有人認(rèn)為隱源性肝膿腫是隱匿性胃腸道惡性腫瘤的標(biāo)志,1項薈萃分析給出的結(jié)論是隱源性PLA人群可考慮進(jìn)行結(jié)腸鏡篩查,尤其是KPLA的人群[27]。

還有一些特殊細(xì)菌可導(dǎo)致PLA,例如極少的布魯菌氏病也可并發(fā)PLA,它與外科急腹癥臨床癥狀類似[28]。梭桿菌引起的PLA通常只發(fā)生在最近患有牙周病或咽炎的免疫活性宿主中[29]。PLA的病原體在地理上是多樣的,不同國家之間存在差異,但由于全球人口的流動增加,病原體也隨之變化。因此在鑒別診斷中,結(jié)合當(dāng)?shù)亓餍星闆r的同時,也必須越來越多地考慮以前不太頻繁的病原體。

2.2 病原體的檢測

病原體的及時檢測不僅對明確的診斷治療至關(guān)重要,而且對監(jiān)測病情和感染控制也至關(guān)重要。在嚴(yán)重感染的患者中,病原體識別的延遲導(dǎo)致不及時和不適當(dāng)?shù)目咕委?,并最終導(dǎo)致更高的死亡率[30]。大約一半的肺炎克雷伯菌血癥相關(guān)死亡發(fā)生在入院后的前72 h內(nèi)[30]。然而,常規(guī)方法通常需要3-5天才能達(dá)到最終微生物學(xué)診斷[31]。雖然越來越多的病原體被報道出來,其中包括罕見的病原體,但對臨床醫(yī)生來說界定微生物病原體仍存在困難,實際工作中,許多患者在采集血或穿刺液標(biāo)本前已經(jīng)接受抗生素治療,這種情況會導(dǎo)致病原檢出率降低,陽性培養(yǎng)結(jié)果可能具有更高的耐藥性,也可能低估了原有病原體的數(shù)量。但多數(shù)醫(yī)院現(xiàn)仍以傳統(tǒng)培養(yǎng)為主要手段,周期長且存在結(jié)果偏倚。目前二代測序(next-generation sequencing,NGS)等技術(shù)用于PLA的病原體的鑒定,有一定的臨床價值,且具有精準(zhǔn)、快速、廣泛適用性、靈敏度高、可定量分析的優(yōu)勢[32-33]。

2.2.1血培養(yǎng)和濃汁培養(yǎng) 引起PLA的病原體種類繁多,目前的診斷主要依賴于病原體培養(yǎng),但耗時、繁瑣且容易出錯。此外,常規(guī)培養(yǎng)方法的最大局限性之一是并非所有的病原體都適合培養(yǎng),這可能是導(dǎo)致較低檢出率的原因[32]。血液培養(yǎng)是診斷PLA的重要輔助手段,建議對任何疑似PLA的患者進(jìn)行血液培養(yǎng),即使獲得陽性率更高的穿刺液標(biāo)本,也不能忽略血培養(yǎng)的作用。膿汁和血液標(biāo)本培養(yǎng)陽性率分別為81.3%(208/256)和25.2%(30/119),導(dǎo)致這種結(jié)果的原因可能是多數(shù)感染局限在肝臟。值得注意的是,膿腫引流在最初放置導(dǎo)管時就應(yīng)送檢,隨后可能被皮膚菌群感染,必要時血培養(yǎng)和濃汁培養(yǎng)均可重復(fù),確保始終有針對的治療[8]。

2.2.2二代測序技術(shù) 研究顯示[32]NGS方法對細(xì)菌或真菌的檢出率為95.0%(19/20),按培養(yǎng)方法檢測為60.0%(12/20),相對于傳統(tǒng)的培養(yǎng),NGS具有明顯優(yōu)勢(P=0.008),尤其是在那些使用過抗生素的樣本中更為明顯。最近的1例病例報告[33]顯示了NGS在PLA患者中的應(yīng)用,NGS鑒定病原體為肺炎克雷伯菌以及變棲克雷伯菌,過程中臨床醫(yī)生有效利用NGS可定量分析的特點(diǎn),動態(tài)定量監(jiān)測血流中病原體負(fù)荷,根據(jù)NGS報告結(jié)果制定下一步增減抗生素的治療方案,最終患者NGS僅能檢測到少量的肺炎克雷伯菌,血培養(yǎng)回報陰性,好轉(zhuǎn)出院。另一項研究表明[34],16S核糖體RNA分析用于PLA培養(yǎng)陰性病例的子集,可將診斷率提高了13%,只有3/17(17.6%)樣本呈陰性?,F(xiàn)階段,通過高通量測序可以靶向檢測耐藥基因的突變,對臨床用藥提供及時的指導(dǎo)意見,也對患者的預(yù)后情況提供了預(yù)估標(biāo)準(zhǔn)[35]。NGS不依賴病原體的分離培養(yǎng),即便是微量病原體,傳統(tǒng)培養(yǎng)回報陰性的情況下,運(yùn)用NGS方法也可獲得其基因信息,原理是檢測過程中直接提取標(biāo)本中全部核酸片段,獲得數(shù)據(jù)包括病原體序列數(shù)、覆蓋度等[32-33]。當(dāng)然,該技術(shù)也存在弊端,未能區(qū)分活的或死的病原體是NGS技術(shù)的巨大局限性,需要加以考慮并迫切解決。由于這個原因,NGS作為一種半定量技術(shù),某些情況下無法清楚地證明病原體與疾病進(jìn)展之間的關(guān)系,從而影響臨床治療效果的判斷[32]。

2.2.3納米孔測序技術(shù) Gong 等[36]使用納米孔測序?qū)LA中的肺炎克雷伯菌菌株進(jìn)行非培養(yǎng)依賴性分析。應(yīng)用納米孔測序技術(shù)鑒定引起PLA的病原體,由于細(xì)胞群受到高度污染,通過使用脫氧核糖核酸酶差速離心成功降低了人類脫氧核糖核酸的混雜效應(yīng)。借助DNA 酶消化去除人源線性DNA,對處理后的樣本進(jìn)行 MinION 測序,生物信息分析,進(jìn)行實時病原體鑒定,4 h內(nèi)便識別出肺炎克雷伯菌2種亞型,并同時找出了emrB等多個耐藥基因,極大地縮短了病原體鑒定的時間,為臨床感染實時診斷與抗生素用藥提供了重要參考。通過整合實時納米孔測序和生物信息學(xué)軟件,可以實現(xiàn)PLA病原體的快速檢測,MinION單分子納米孔測序儀將有望成為臨床微生物診斷中一個頗有價值的補(bǔ)充工具。這項技術(shù)在超長讀長、實時測序和便攜性等方面的優(yōu)勢,使其在病原體檢測方面的應(yīng)用越來越廣泛[37]。

盡管傳統(tǒng)的血培養(yǎng)和濃汁培養(yǎng)靈敏度和可獲得性有所限制,但仍應(yīng)收集所有PLA患者的血培養(yǎng),新的技術(shù)和方法作為傳統(tǒng)方法的補(bǔ)充而非替代。由于耐多藥微生物的不斷出現(xiàn)和對抗它們的新藥物的有限開發(fā),已引起一場迫在眉睫的危機(jī),尤其是對于革蘭氏陰性菌??刂聘腥臼俏覀兡壳暗闹饕烙胧?,未來應(yīng)普及新技術(shù)的應(yīng)用,提高病原體的檢出率,如NGS等技術(shù)能夠準(zhǔn)確、快速地篩選出與病原體及其耐藥性發(fā)展密切相關(guān)的多種基因靶點(diǎn)[32],減少抗生素濫用及過度治療,從而幫助減緩耐藥引發(fā)的危機(jī)。

3 小結(jié)

PLA由于其全球各地病原學(xué)不同,疾病特點(diǎn)各異,給及時診斷帶來挑戰(zhàn)。實驗室檢查雖相對缺乏特異性,但有提示和預(yù)測意義,且貫穿診療始終,應(yīng)加強(qiáng)重視。受抗生素使用不規(guī)范以及介入治療頻率的增加等因素影響,多藥耐藥微生物不斷出現(xiàn),造成一部分患者無藥可治的局面。而且目前多數(shù)PLA患者仍僅應(yīng)用傳統(tǒng)培養(yǎng)方法進(jìn)行病原體的鑒定,陽性率低且耗時較長,日后應(yīng)著力于病原檢測新技術(shù)的應(yīng)用以及新藥研發(fā)。目前PLA的研究中使用的抗生素種類繁多,為了消除這一混雜變量,需要更多來自控制抗生素使用的隨機(jī)對照試驗的數(shù)據(jù)。且許多數(shù)據(jù)來自單中心,這些規(guī)律是否能推廣到其他地區(qū)和人種,相關(guān)問題值得深入探索。

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