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二代測(cè)序技術(shù)在急性髓系白血病患者預(yù)后中的應(yīng)用價(jià)值

2021-01-13 03:52牛曉娜葛菲郭宏崗陳香麗郭建民
分子診斷與治療雜志 2020年12期
關(guān)鍵詞:中位生存期基因突變

牛曉娜 葛菲 郭宏崗 陳香麗 郭建民

急性髓系白血?。ˋcute myeloid leukemia,AML)是成人中最常見(jiàn)急性白血病類型,以中老年人居多。AML 發(fā)病過(guò)程中,每個(gè)群體不同時(shí)間段里經(jīng)歷不同的遺傳學(xué)改變,致使染色體核型、基因突變類型及臨床特征有很大異質(zhì)性,而這些異質(zhì)性是預(yù)后差異的基礎(chǔ)[1-2]?,F(xiàn)階段,臨床已將AML患者分子生物學(xué)層面納入危險(xiǎn)度分層系統(tǒng),分為預(yù)后良好、預(yù)后中等、預(yù)后不良。隨著高通量基因測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,國(guó)內(nèi)外學(xué)者研究了AML 相關(guān)基因突變及其在疾病發(fā)生中的機(jī)制,并已明確了一些特殊類型的突變或融合基因用于指導(dǎo)治療方案的制定[3-4]。本研究嘗試分析二代測(cè)序(Next-generation sequencing,NGS)技術(shù)下AML 患者基因突變情況,并探討具體基因突變類型對(duì)預(yù)后及生存狀況的影響。報(bào)道如下。

1 資料與方法

1.1 一般資料

選取本院2016年1月至2018年6月確診的298例AML 患者作為研究對(duì)象,男186 例,女112 例,年齡≥45 歲120 例,年齡<45 歲178 例。納入標(biāo)準(zhǔn):①均符合AML 診斷標(biāo)準(zhǔn)[5];②經(jīng)骨髓和外周血細(xì)胞形態(tài)學(xué)檢查、流式免疫分型、骨髓活檢、染色體核型分析等檢查確診;③患者知情同意。排除標(biāo)準(zhǔn):治療相關(guān)性白血病、MDS 或MPN 轉(zhuǎn)化白血病等繼發(fā)白血病患者。研究經(jīng)本院醫(yī)學(xué)倫理委員會(huì)審批同意。

1.2 方法

1.2.1 檢測(cè)方法

抽取患者骨髓液4~6 mL,EDTA 抗凝,分離并收集骨髓單個(gè)核細(xì)胞,柱式抽提試劑盒提取DNA,采用AML/MDS-NGS 芯片(上海源奇生物醫(yī)藥科技有限公司)進(jìn)行基因突變檢測(cè),涵蓋ASXL1、NPM1、

FLT3、KIT、DNMT3A、CEBPA、IDH、EZH2、TET2、RUNX1、TP53、SF3B1、PHF6、SRSF2、RAS、U2AF1、JAK等基因的熱點(diǎn)突變區(qū)域,測(cè)序深度3 000×。

1.2.2 治療方法

年齡≤60 歲者,予IA3+7 方案(去甲氧柔紅霉素8~12 mg/m2×3 d+阿糖胞苷100 mg/m2×7 d)誘導(dǎo)化療;年齡>60 歲者,予DA3+7 方案或CAG(阿克拉霉素10~14 mg/m2×4 d+阿糖胞苷10 mg/m2,2 次/d×14 d+集落刺激因子300 μg/d)等預(yù)激方案誘導(dǎo)化療。完全緩解(CR)后進(jìn)入鞏固階段,予中、大劑量阿糖胞苷單藥至少4 個(gè)療程。

1.3 觀察指標(biāo)

①AML 基因突變頻率及分布情況。②根據(jù)《成人急性髓系白血?。ǚ羌毙栽缬琢<?xì)胞白血?。┲袊?guó)診療指南(2017年版)》[6]中預(yù)后危險(xiǎn)度分級(jí)分為預(yù)后良好組、預(yù)后中等組、預(yù)后不良組,對(duì)比3 組臨床資料、基因突變頻率、主要基因突變類型。③基因突變與預(yù)后的關(guān)系。④伴或不伴基因突變對(duì)無(wú)病生存期、總生存期的影響。⑤不同基因突變類型對(duì)中位無(wú)病生存期的影響。

1.4 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法

采用SPSS 22.0 統(tǒng)計(jì)軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析;計(jì)數(shù)資料以n(%)表示,采用χ2檢驗(yàn);符合正態(tài)分布的計(jì)量資料采用(±s)表示,組間比較用獨(dú)立樣本t檢驗(yàn)。預(yù)后影響因素分析應(yīng)用Logistic 回歸分析;Kaplan-Meier 生存曲線分析伴基因突變、NPM1、FLT3-ITD、DNMT3A、TET2 突變陽(yáng)性與患者生存期的關(guān)系,采用Log-Rank 檢驗(yàn);P<0.05 為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 AML 基因突變頻率及分布情況

298 例AML 患者中位突變數(shù)目為兩個(gè)(0~6),其中256 例可檢測(cè)到基因突變,占85.91%;≥3 種基因突變71 例,占23.83%。突變頻率最高的前5 個(gè)基因分別為NPM1、FLT3-ITD、CEBPA、DNMT3A、TET2。見(jiàn)圖1。

圖1 AML 基因突變頻率及分布情況Figure 1 Frequency and distribution of AML gene mutations

2.2 3 組臨床資料、基因突變頻率

3 組初診骨髓原始細(xì)胞、附加染色體異常、伴基因突變、NPM1、FLT3-ITD、CEBPA、DNMT3A、TET2突變陽(yáng)性比例比較,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)。見(jiàn)表1。

2.3 基因突變與預(yù)后不良的關(guān)系

將初診骨髓原始細(xì)胞、附加染色體異常等其他因素控制后,伴基因突變、FLT3-ITD、DNMT3A、TET2突變陽(yáng)性仍與預(yù)后不良顯著相關(guān)(P<0.05);CEBPA突變陽(yáng)性與預(yù)后不良無(wú)關(guān)。見(jiàn)表2。

表2 基因突變與預(yù)后不良的關(guān)系Table 2 Relationship between gene mutation and poor prognosis

2.4 基因突變對(duì)無(wú)病生存期、總生存期的影響

隨訪兩年,脫落8 例。伴基因突變的AML 患者中位無(wú)病生存期11.87 個(gè)月短于不伴基因突變的AML 患者15.07 個(gè)月(χ2=5.168,P=0.023)。見(jiàn)圖2。

圖2 基因突變對(duì)中位無(wú)病生存期的影響Figure 2 The effect of gene mutations on median diseasefree survival

2.5 不同基因突變類型對(duì)中位無(wú)病生存期的影響

Kaplan-Meier 曲線分析,NPM1突變陽(yáng)性的AML 患者中位生存期14.71 個(gè)月長(zhǎng)于陰性患者11.63 個(gè)月,F(xiàn)LT3-ITD、DNMT3A、TET2突變陽(yáng)性的AML 患者中位無(wú)病生存期11.06 個(gè)月、11.24 個(gè)月、11.32 個(gè)月短于FLT3-ITD、DNMT3A、TET2突變陰性的AML 患者15.73 個(gè)月、14.86 個(gè)月、14.19 個(gè)月,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=5.223、6.277、5.341、7.552,P=0.022、0.012、0.021、0.006)。見(jiàn)圖3。

圖3 不同基因突變類型對(duì)中位無(wú)病生存期的影響Figure 3 The effect of different gene mutation types on median disease-free survival

3 討論

NGS 技術(shù)在大型綜合基因組分析的應(yīng)用極大提高了臨床對(duì)AML 發(fā)生、發(fā)展機(jī)制的認(rèn)識(shí),重現(xiàn)性基因突變的不斷發(fā)現(xiàn)打開(kāi)了相關(guān)機(jī)制研究的思路。2016年WHO 對(duì)AML 分類再次做了更新[7],NPM1、CEBPA、RUNX1等突變均已被納入AML 診斷參考,為AML 做進(jìn)一步的精細(xì)分層。

現(xiàn)階段,采用NGS 技術(shù)探索AML 患者基因突變譜的大樣本數(shù)據(jù)有限,美國(guó)癌癥基因譜研究網(wǎng)絡(luò)報(bào)道病例數(shù)為200 例,歐洲多中心數(shù)據(jù)共納入1 540例患者,國(guó)內(nèi)多個(gè)研究中心,包括蘇州大學(xué)附屬第一醫(yī)院、上海7 家綜合性醫(yī)院等[8-11]也發(fā)表了各自數(shù)據(jù)。雖然各中心檢測(cè)的目標(biāo)基因略有不同,但都基本覆蓋了NPM1、FLT3、IDH、DNMT3A、TET2、TP53、RUNX1、RAS、WT1、CEBPA等AML 常見(jiàn)基因。本研究與美國(guó)多中心數(shù)據(jù)22%相近,高于上海7 家綜合性醫(yī)院報(bào)道的數(shù)據(jù)13%。從基因突變結(jié)果看,AML 伴NPM1突變患者占11.62%,與國(guó)內(nèi)其他中心數(shù)據(jù)相似,但明顯低于美國(guó)人群(27%)與歐洲人群(28%)。產(chǎn)生差異的原因尚不明確,是否與患者種族、生活方式、生活環(huán)境等有關(guān)還期待更多數(shù)據(jù)支持。伴DNMT3A突變的患者占10.15%,蘇醫(yī)一附院6%,上海7 家綜合性醫(yī)院9%,均低于美國(guó)數(shù)據(jù)(26%)。研究證實(shí),DNMT3A突變與診斷時(shí)的高白細(xì)胞、老年和不良預(yù)后有關(guān)[12]。上海7 家綜合性醫(yī)院對(duì)入組患者進(jìn)行年齡分層后發(fā)現(xiàn),50 歲以上患者DNMT3A突變頻率是50 歲以下患者的3倍以上。蘇醫(yī)一附院患者中位年齡42 歲,而美國(guó)患者中位年齡55 歲。故推測(cè)各中心患者中位年齡可能是數(shù)據(jù)差異的原因之一。

NPMl突變?cè)诔扇薃ML 中的中位年齡偏高,血小板、白細(xì)胞數(shù)目較高,且與CD34 和CDll7 低表達(dá)相關(guān)[13]。研究顯示,NPMl突變預(yù)示化療后易達(dá)到CR[14]。本研究發(fā)現(xiàn),NPM1突變陽(yáng)性者預(yù)后好。FLT3-ITD突變的AML 患者外周血骨髓原始細(xì)胞比例、白細(xì)胞數(shù)較高,CR 率和總生存率偏都偏低,復(fù)發(fā)率偏高[15]。本研究發(fā)現(xiàn),F(xiàn)LT3-ITD基因突變是預(yù)后不良因素。DNMT3A基因貫穿造血干細(xì)胞自我更新、分化和抑癌基因失活、原癌基因激活的過(guò)程,該基因突變?cè)贏ML 發(fā)病機(jī)制中起著舉足輕重的作用。Meta 分析顯示,DNMT3A基因突變是AML 患者第一療程緩解率和總體生存率的危險(xiǎn)因素[16]。本研究結(jié)果提示,DNMT3A突變陽(yáng)性提示預(yù)后不良。目前,TET2基因突變?cè)谠u(píng)估疾病預(yù)后方面尚無(wú)統(tǒng)一結(jié)論。本研究數(shù)據(jù)顯示,TET2突變陽(yáng)性者生存期短,與李佳佳等[17]研究一致,但TET2基因突變易發(fā)生在年齡偏大的患者中,而年齡不同治療方案不一,故預(yù)后可能受到年齡及治療方案影響,可能導(dǎo)致數(shù)據(jù)偏移,仍需擴(kuò)大樣本數(shù)排除影響因素進(jìn)行進(jìn)一步分析。

綜上可知,不同預(yù)后AML 患者基因突變頻率存在差異,伴基因突變及FLT3-ITD、DNMT3A、TET2突變陽(yáng)性者生存期短,預(yù)后差,而NPM1突變陽(yáng)性者與之相反。

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