黃博聞,崔凱,余向陽,葛靜
摘要:為揭示噻蟲嗪對水稻內(nèi)生細菌群落的影響,采用Illumina HiSeq高通量測序技術(shù)對室內(nèi)盆栽的水稻根、莖、葉內(nèi)生細菌進行16S rRNA測序。獲得用于分析的686 889條優(yōu)質(zhì)序列和265個操作分類單元(OTU)。通過α多樣性分析發(fā)現(xiàn),土壤噻蟲嗪處理對根中內(nèi)生細菌群落多樣性影響顯著,對莖、葉影響不明顯。在屬水平上對代表性O(shè)TU進行注釋,發(fā)現(xiàn)水稻各器官中內(nèi)生細菌組成受噻蟲嗪的影響明顯,表明噻蟲嗪對水稻內(nèi)生細菌組成結(jié)構(gòu)影響顯著。水稻各器官中內(nèi)生細菌群落組成與噻蟲嗪殘留濃度有一定相關(guān)性,在水稻莖、葉中,相比于低施用量噻蟲嗪處理,內(nèi)生菌群落在高施用量噻蟲嗪處理下改變更明顯。
關(guān)鍵詞:新煙堿殺蟲劑;噻蟲嗪脅迫;水稻內(nèi)生細菌;高通量測序
中圖分類號:X592文獻標(biāo)識碼:A文章編號:1000-4440(2021)06-1370-08
Effects of thiamethoxam stress on the community composition and diversity of endophytic bacteria in rice
HUANG Bo-wen1,CUI Kai2,YU Xiang-yang1,2,GE Jing1,2
(1.School of Environmental and Safety Engineering, Jiangsu University, Zhenjiang 212013, China;2.Jiangsu Key Laboratory for Food Quality and Safety-State Key Laboratory Cultivation Base, Ministry of Science and Technology, Nanjing 210014, China)
Abstract: The effects of thiamethoxam stress on endophytic bacterial communities in roots, stems and leaves of rice were studied by Illumina Hiseq high-throughput sequencing technology with indoor pot culture and soil addition treatment. High quality sequences and operational taxons (OTUs) were 686 889 and 265, respectively. The results of α diversity index showed that thiamethoxam had a significant effect on the structure and diversity of endophytic bacterial community in rice roots, but had no significant effect on the diversity of endophytic bacterial community in rice stems and leaves. The representative OTUs were annotated at the genus level. It was found that the composition of endophytic bacteria in rice organs was significantly affected by thiamethoxam, and which was in correlation with the residual level of thiamethoxam. The changes of endophytic bacterial community under the treatment with high application rate of thiamethoxam were more obvious than those under the treatment with low application rate of thiamethoxam in the stems and leaves of rice.
Key words:neonicotinoids;thiamethoxam stress;rice endophytic bacteria;high-throughput sequencing
內(nèi)生細菌指可以在植物內(nèi)部組織中定殖的,不會造成任何直接的、明顯的負面影響的細菌[1]。內(nèi)生細菌具有修復(fù)污染、促生抗病[2]等功效,對內(nèi)生細菌合理使用能夠?qū)崿F(xiàn)農(nóng)業(yè)中減肥、減藥、修復(fù)土壤環(huán)境的目的。內(nèi)生細菌存在于植物的各個部分,目前已發(fā)現(xiàn)其存在于植物的根、莖、葉、胚、種子等器官組織的細胞或細胞間隙中,在植物的根瘤中也存在內(nèi)生細菌[3]。內(nèi)生細菌群落分布與組成易受環(huán)境、溫度、土壤類型等因素影響而產(chǎn)生差異[4]。Hameed等[5]發(fā)現(xiàn)外源污染物在水稻體內(nèi)累積后會影響其器官中內(nèi)生菌群落組成。Ge等[6]研究發(fā)現(xiàn),土壤中塑化劑在青菜體內(nèi)富集后顯著改變了其原有內(nèi)生菌群落組成。Eevers等[7]發(fā)現(xiàn)2,2-雙(4-氯苯基)-1,1-二氯乙烯(DDE)污染增加了西葫蘆內(nèi)生菌的數(shù)量和多樣性,其中寡養(yǎng)單胞菌(Stenotrophomonas sp.)和鞘氨醇單胞菌(Sphingomonas sp.)在DDE污染情況下豐度顯著高于對照,而假單胞菌(Pseudomonas sp.)則相反。
近年來,新煙堿類殺蟲劑已經(jīng)成為世界第一大殺蟲劑,其中噻蟲嗪和吡蟲啉作為第二代新煙堿類殺蟲劑的代表在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中被廣泛使用。新煙堿類殺蟲劑具有內(nèi)吸性,更容易被植物吸收富集[8]。譚穎等[9]從北京市場購買的49種蔬菜樣品中檢出7種新煙堿類農(nóng)藥,其中吡蟲啉、啶蟲脒和噻蟲嗪檢出率100%,新煙堿類農(nóng)藥在果蔬中的殘留存在一定食品安全隱患。新煙堿類農(nóng)藥在植物中的富集還對植物的內(nèi)生菌群落造成影響,崔凱等[10]發(fā)現(xiàn)水稻內(nèi)生真菌群落多樣性受噻蟲嗪刺激而明顯升高。關(guān)于噻蟲嗪對水稻內(nèi)生細菌群落的影響尚無報道,本試驗采用室內(nèi)盆栽試驗,研究噻蟲嗪對水稻內(nèi)生細菌群落組成和多樣性的影響,以期為新煙堿類農(nóng)藥微生態(tài)風(fēng)險評估提供相關(guān)數(shù)據(jù)支持。
1材料與方法
1.1試劑與藥品
試驗藥品:噻蟲嗪原藥,含量97.9%,濟南綠霸化工有限公司生產(chǎn);氯化鈉(AR),西隴化工有限公司生產(chǎn);色譜乙腈,德國默克公司生產(chǎn);石墨化碳黑(GCB),青島天澤生物有限公司生產(chǎn);次氯酸鈉(AR),天茂化工有限公司生產(chǎn);95%乙醇,南京壽德生物有限公司生產(chǎn)。
1.2供試材料
土壤采自江蘇省農(nóng)業(yè)科學(xué)院試驗田,晾干后錘碎,過20目篩并去除雜質(zhì)備用。組成(歸一化):有機質(zhì)0.03;淤泥0.50;黏土0.21;含沙0.26。
土壤處理:玻璃盆中加入1 kg過篩細土,玻璃燒杯中加入100 ml丙酮溶解噻蟲嗪原藥,倒入土中用玻璃棒攪拌均勻,置于通風(fēng)櫥待丙酮揮發(fā)12 h。施用量設(shè)為:田間推薦用量(FR,1 mg/kg);10倍推薦量(10×FR,10 mg/kg);空白(CK)加100 ml丙酮。平行處理3次。
水稻品種為南粳9108(由江蘇省農(nóng)業(yè)科學(xué)院糧食作物研究所提供)。30 ℃水稻浸種1 h,30 ℃培養(yǎng)箱暗光催芽3 d。待種子出芽后將其轉(zhuǎn)至噻蟲嗪污染土中。每盆種植20株,置于人工溫室,定期補充水分和肥料。
1.3樣品收集與表面消毒
自種植日起至收獲共60 d。每個處理隨機取樣3~5株水稻。用剪刀將水稻分為根、莖、葉3部分并立即進行表面消毒,方法參照文獻[5],即75%酒精浸沒樣品60 s,1%次氯酸鈉浸沒樣品120 s,每次棄去溶液后無菌水潤洗3次。最后一次滅菌水涂布平板,驗證滅菌效果。樣品經(jīng)液氮冷凍存于-80 ℃冰箱。
1.4DNA提取與擴增
Plant Genom-ic DNA Kit試劑盒提取樣品總DNA,1%瓊脂糖電泳檢測純度,Qubit2.0 Flurometer熒光定量儀檢測DNA樣品濃度。取10 ng DNA模板,采用V3-4區(qū)通用引物對目的區(qū)域進行擴增,對擴增出的目的片段進行富集,并加入特異index序列。
1.5文庫構(gòu)建、測序及生物信息學(xué)分析
用Illumina TruSeqTM DNA Sample Preparation Kit試劑盒構(gòu)建文庫,采用Qubit2.0初步定量文庫濃度,文庫符合預(yù)期后進行實時熒光定量核酸擴增檢測(qPCR),對文庫的有效濃度準確定量,檢測合格的文庫采用HiSeq在北京安諾優(yōu)達科技有限公司測序。過濾后高質(zhì)量序列進行PEAR[11]算法拼接、QIIME分析[12-13],包括分類操作單元(OTUs)提取、聚類分析、Alpha多樣性分析[14-15]。使用SPSS 25統(tǒng)計分析,origin2019b、CAD2008制作圖表。
1.6樣品前處理
按照文獻[16]的方法,取1.0 g凍干樣品,加4 ml乙腈,機械勻漿20 min 后加1.0 g 氯化鈉,渦旋30 s,5 000 r/min離心5 min。取2 ml上清液,加50 mg GCB渦旋2 min,取1 ml上清液過0.22 μm 濾膜待測。
1.7儀器
Agilent 1200液相色譜,色譜柱Agilent ZORBAX SB-C18(4.6 mm×250.0 mm,5 μm),流動相乙腈∶水=30∶70(體積比),流速0.6 ml/min,柱溫25 ℃,進樣量10 μl,檢測波長255 nm。
2結(jié)果與分析
2.1水稻根、莖、葉器官中內(nèi)生細菌測序結(jié)果
樣品測序共獲得有效序列762 638條,純化后共686 889條,成功拼接序列342 117條。對相似度>97%序列分類后得到根、莖、葉OTU數(shù)量分別為253、22、33(表1)。從分類水平可知,相同處理水稻根部OTU數(shù)量明顯高于葉和莖;相同部位,隨著噻蟲嗪施用量增加,OTU數(shù)量開始遞減。
2.2噻蟲嗪對水稻不同器官內(nèi)生細菌多樣性的影響
Chao1、Observed species指數(shù)越大,菌群豐度越高。Shannon指數(shù)越大,Simpson指數(shù)越低,群落多樣性越高。表2顯示,水稻根部噻蟲嗪處理組菌群豐度指數(shù)均明顯小于CK,莖部菌群多樣性較CK無明顯差異,葉中僅FR處理Simpson指數(shù)顯著低于CK??梢姡寥类缦x嗪處理對水稻根部內(nèi)生細菌群落多樣性影響明顯,難以對水稻地上部產(chǎn)生影響。
2.3噻蟲嗪對水稻不同器官內(nèi)生細菌組成的影響
由圖1可知,在水稻根部,對照的優(yōu)勢菌屬為Rhizobium(38.07%)、Acidovorax(29.63%),其次為Devosia(7.68%)、Pseudomonas(5.57%)。FR處理的水稻根部優(yōu)勢菌屬為Acidovorax(48.51%)、Rhizobium(23.59%),其次為Pseudomonas(4.86%)、Devosia(3.85%)。10×FR處理的水稻根部優(yōu)勢菌屬為Acidovorax(37.28%)、Rhizobium(17.28%)、Pseudomonas(10.35%),其次為Ideonella(6.92%)、Devosia(5.52%)、Massilia(3.43%)。隨著土壤中噻蟲嗪施用量的升高, Rhizobium、Haliangium 的相對豐度逐漸下降,其中Rhizobium降幅最明顯,由CK的38.07%降至10×FR處理的17.28%;而Pseudomonas、Ideonella、Massilia的相對豐度在10×FR處理中顯著提升。Acidovorax作為3種處理共有優(yōu)勢菌屬,其相對豐度在施加噻蟲嗪后呈現(xiàn)先升高后降低的趨勢,可見該菌屬受噻蟲嗪影響較大。
由圖2可知,在水稻莖中,對照的優(yōu)勢菌屬為Dendroceros granulatus(24.92%)、Sphingomonas(11.91%)。FR處理的水稻莖中優(yōu)勢菌屬為Pseudomonas(88.89%),其次為Rhizobium(11.11%)。10×FR處理的水稻莖中優(yōu)勢內(nèi)生菌屬已與CK無相關(guān)性,可能是受高施用量噻蟲嗪影響。不同處理水稻莖中菌屬展現(xiàn)了明顯偏好性。Dendroceros granulatus和Sphingomonas僅在CK中檢出,可見這2種菌屬對土壤中噻蟲嗪敏感。Pseudomonas和Rhizobium僅在FR處理中檢出,特別是Pseudomonas相對豐度高達88.89%,為各部位中最高,可能是低施用量噻蟲嗪能夠促進其生長,且莖為其最適生長區(qū)域。
由圖3可知,在水稻葉部,對照的優(yōu)勢菌屬是Dendroceros granulatus(13.29%),其次是Pseudomonas(6.69%)、Candidatus Solibacter(6.69%)、Bryobacter(6.60%)。FR處理的水稻葉中優(yōu)勢菌屬為Pseudomonas(87.94%)、Rhizobium(10.34%)。10×FR處理的水稻葉中內(nèi)生細菌屬已與CK無相關(guān)性。葉中菌屬分布呈現(xiàn)多樣性。Dendroceros granulatus僅在CK的水稻根、莖、葉中檢出。Pseudomonas相對豐度由CK中6.69%升至FR處理中87.94%,在10×FR處理中未檢出,這與在莖中結(jié)果一致,表明低施用量噻蟲嗪能夠促進該菌屬生長,而高施用量噻蟲嗪對其生長有抑制。Candidatus solibacter、Bryobacter僅在CK的葉中分布,這表明該2個菌屬可能來源于水稻種子,并且對噻蟲嗪脅迫較為敏感。Rhizobium在CK的水稻植株中未檢出,在FR處理的水稻莖、葉中均有檢出,而在10×FR處理的水稻植株中未檢出,推測Rhizobium可能攜帶降解噻蟲嗪基因或者可以促進植物降解噻蟲嗪,因此在施用一定量噻蟲嗪時可以在植物體內(nèi)增殖。
表3直觀反映了不同處理中主要內(nèi)生細菌屬在水稻不同部位分布情況。通過對比水稻根、莖、葉中內(nèi)生菌屬分布,能找到一些僅在特定部位存在且對噻蟲嗪施用量具有特異敏感性的菌屬。如Flavisolibacter、Nitrospira僅在噻蟲嗪處理的水稻根部檢出,特別是Nitrospira僅在10×FR處理中檢出。Steroidobacter、Pirellula 僅在CK的根部檢出,Bryobacter僅在CK的葉中檢出,它們均對噻蟲嗪極為敏感,一旦受到噻蟲嗪脅迫,便無法生存。除此以外,從圖4中我們也能發(fā)現(xiàn)各部位存在一些共有菌屬,其中部分細菌能夠在水稻各個部位存在且可在噻蟲嗪影響下生存。Rhizobium、Pseudomonas在水稻根、莖、葉中均有分布,然而其在不同部位對噻蟲嗪的響應(yīng)存在顯著差異,特別是Pseudomonas,其在莖、葉FR處理中相對豐度均高于80%,遠高于CK,特別是莖中達88.89%,而在根部截然相反,說明該菌屬在莖與葉中生長最適宜,這可能與噻蟲嗪在水稻不同部位殘留濃度有關(guān),或是莖部有利于該菌屬通過分泌次級代謝物或相關(guān)酶[17]以適應(yīng)在噻蟲嗪低施用量下處理植株中生長,甚至能夠以噻蟲嗪為碳源。
3討論
水稻中內(nèi)生細菌多樣性與物種數(shù)量受噻蟲嗪脅迫發(fā)生改變,在水稻不同器官中存在差異。土壤中噻蟲嗪的施加主要改變了水稻根部內(nèi)生細菌群落多樣性,使根部菌群豐度明顯下降,而對莖、葉中內(nèi)生細菌群落多樣性影響有限。從OTU分布情況看,水稻各器官內(nèi)生細菌物種數(shù)量均隨土壤中噻蟲嗪施用量升高而下降。
從屬水平看,水稻中內(nèi)生細菌在不同器官中的分布存在明顯差異。產(chǎn)生差異的原因在于水稻對內(nèi)生菌屬具有選擇性,一些內(nèi)生細菌屬僅能存活于特定器官,即便存在于不同部位,其相對豐度也存在顯著區(qū)別[18-19]。而根、莖、葉對內(nèi)生菌的選擇又與其所具有功能密不可分,一些具有促生、耐脅迫功能的內(nèi)生菌屬則可廣泛存在于這些部位。比如Rhizobium具有與植物共生固氮的功能,其在增加土壤營養(yǎng)元素循環(huán)的同時,還能改善植物對營養(yǎng)元素的吸收,從而促進植物生長[20]。接種了Rhizobium beguminosarum bv phaseoli的水稻栽于溫室中,其生物量和單產(chǎn)都顯著增加[21]。再如Pseudomonas,已有大量文獻報導(dǎo)該菌屬中一些內(nèi)生菌具有促生作用[22],還能夠產(chǎn)生表面活性劑或者分泌胞外酶應(yīng)對苯酚、毒死蜱等污染物[23],同時該菌屬也是常見的烴類污染物降解菌[24],可以有效應(yīng)對外來脅迫。同樣,我們發(fā)現(xiàn)Candidatus solibacter僅在根與葉中分布,該菌屬主要參與氮循環(huán)[25],具有固氮與有機質(zhì)分解功能[26],而根與葉又是水稻參與氮循環(huán)主要場所,分別適宜該菌屬參與硝化、反硝化和光合作用利用有機質(zhì)[27]。Sphingomonas僅在根、莖中檢出,該菌屬具有促進植株從根際吸收營養(yǎng)[28]、降解莠去津[29]等功能,其在水稻中的分布從地下根部到地上莖部呈逐漸升高的趨勢,可有效促進營養(yǎng)物質(zhì)向上傳導(dǎo)。Massilia能產(chǎn)生多種次級代謝產(chǎn)物和酶,且具有溶磷、降解菲和耐受重金屬等多種功能[30]。Haliangium屬于黏細菌,已有研究結(jié)果表明,黏細菌能抑制稻瘟病病菌和枯萎病病菌等多種植物病原菌[31-32]。根據(jù)試驗結(jié)果推斷,噻蟲嗪的使用可能會導(dǎo)致水稻中對其敏感的有益菌減少,例如使一些具有疾病抗性與降解特性的細菌豐度下降。
噻蟲嗪處理改變了水稻器官中內(nèi)生細菌屬的分布。隨著噻蟲嗪施用量增加,一些菌屬相對豐度開始顯著提升,如根部的Ideonella,該菌屬能降解大分子有機物聚己內(nèi)酯[33]及固氮[34],其在對照中豐度僅有0.91%,而在10×FR處理中達6.92%,具有作為潛在降解噻蟲嗪內(nèi)生菌的可能;而Rhizobium相對豐度則呈現(xiàn)逐漸遞減趨勢,相關(guān)文獻也顯示其主要參與固氮作用而少有分解有機污染物的功能。值得注意的是,一些菌屬在對照中未檢出,但出現(xiàn)在FR、10×FR處理中,其相對豐度逐漸升高,如Flavisolibacter,該菌屬主要存在于土壤,參與土壤氮循環(huán)[35],其相對豐度的提高說明水稻為應(yīng)對噻蟲嗪脅迫從土壤環(huán)境中招募內(nèi)生菌,因此在水稻根部大量富集,進一步說明該菌屬對高濃度噻蟲嗪存在抗性且可能作為潛在的噻蟲嗪降解菌。也有菌屬在低濃度噻蟲嗪影響下相對豐度升高,高濃度下降低,如Acidovorax作為優(yōu)勢菌屬在不同處理的根部存在,莖、葉中未檢出,其在 FR處理中相對豐度升高而在10×FR中下降,說明低濃度噻蟲嗪可能刺激該菌屬生長,有報道提到該菌屬具有降解殺草丹[36]、多環(huán)芳烴[37]、萘[38]等功能。
水稻器官中噻蟲嗪殘留能夠改變其內(nèi)生細菌群組成。噻蟲嗪在水稻各器官的含量由高到低依次為莖>根>葉,各部位殘留與土壤中殘留濃度呈正相關(guān)關(guān)系。在根部,10×FR處理與FR處理對內(nèi)生細菌屬分布的影響不顯著,說明在屬水平上,水稻根部內(nèi)生菌群受噻蟲嗪施用量變化影響不明顯;而在莖、葉中則相反,高施用量噻蟲嗪處理的內(nèi)生細菌屬與低施用量處理的內(nèi)生細菌屬完全不同,內(nèi)生菌群落發(fā)生了明顯改變。
本研究采用Illumina HiSeq高通量測序技術(shù)[39-40]首次分析了水稻不同器官中內(nèi)生細菌群落在噻蟲嗪脅迫下的組成和多樣性變化。結(jié)果表明,噻蟲嗪對水稻不同器官中內(nèi)生細菌群落都有影響,且噻蟲嗪施用量與水稻器官中內(nèi)生細菌群落受到的影響程度呈正相關(guān)關(guān)系。該研究結(jié)果可以為具有噻蟲嗪耐受性與降解特性內(nèi)生細菌的分離鑒定提供指導(dǎo),同時也可為噻蟲嗪生態(tài)風(fēng)險評估提供參考。
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(責(zé)任編輯:張震林)
收稿日期:2021-03-20
基金項目:國家自然科學(xué)基金項目(31872002、31772197)
作者簡介:黃博聞(1996-),男,江蘇無錫人,碩士研究生,研究方向為農(nóng)業(yè)環(huán)境。(E-mail)609939306@qq.com
通訊作者:葛靜,(E-mail)gejing@jaas.ac.cn;余向陽,(E-mail)yuxy@jaas.ac.cn