高通量測序
- 不同水曲柳褐斑病病級葉片的微生物多樣性
葉片，采用高通量測序技術，測定并分析水曲柳葉片微生物群落結構和物種組成。3組樣品感病前后共得到1 026個真菌分類操作單元（Operational Taxonomic Unit ，OUT）及322個細菌OUT。在細菌中，變形菌門和放線菌門為優(yōu)勢菌門；鞘氨醇單胞菌屬、醋酸桿菌屬、短根瘤菌屬等為主要優(yōu)勢屬。在真菌中，擔子菌門和子囊菌門為優(yōu)勢菌門；維希尼克氏酵母屬、殼針孢屬、漢納酵母屬為優(yōu)勢菌屬。3組樣品細菌多樣性及群落結構無明顯差異，真菌多樣性及群落結構差異性
森林工程 2024年1期2024-01-19
- 利用高通量測序檢測新疆野蘋果上的病毒
疆野蘋果；高通量測序；蘋果莖溝病毒新疆野蘋果Malus sieversii又名賽威氏蘋果，是珍貴的野生種質(zhì)資源，集中分布在我國新疆伊犁的鞏留縣、新源縣和霍城縣的野果林中。近年來，新疆野蘋果的保護逐漸引起了人們的重視。然而，目前新疆野蘋果上植物病毒的侵染情況仍不清楚。蘋果褪綠葉斑病毒（apple chlorotic leaf spot vi-rus，ACLSV）、蘋果莖溝病毒（apple stem groovingvlrus，ASGV）、蘋果莖痘病毒（app
植物保護 2023年6期2023-12-28
- 阿爾泰銀蓮花根際土壤微生物多樣性研究
MiSeq高通量測序技術對野生和栽培阿爾泰銀蓮花根際土壤微生物的群落組成和多樣性進行探究。結果表明：（1）野生阿爾泰銀蓮花根際土壤的真菌多樣性顯著高于栽培阿爾泰銀蓮花（P<0.05），而細菌多樣性差異不顯著（P>0.05）；NMDS分析結果顯示，野生和栽培阿爾泰銀蓮花根際土壤真菌群落結構差異更顯著。（2）細菌9 566個可操作分類單元（OTUs）涉及39門127綱315目500科886屬，真菌2 670個OTUs涉及15門57綱138目293科597屬。在
廣西植物 2023年8期2023-09-21
- 不同連作年限栝樓根際土壤微生物群落多樣性分析
真菌ITS高通量測序。土壤理化性質(zhì)測定結果表明，與連作2年的栝樓根際土壤樣本相比，連作4年的栝樓根際土壤樣本中有機碳含量下降；與對照土壤樣本和連作2年的栝樓根際土壤樣本相比，連作4年的栝樓根際土壤樣本陽離子交換量（CEC）下降，說明土壤保肥能力已下降。細菌群落α多樣性分析結果顯示，栝樓連作對細菌群落的影響相對較小。細菌群落結構分析結果表明，與對照土壤樣本相比，栝樓連作根際土壤中一些具有重要功能的細菌門相對豐度下降。與對照土壤樣本相比，連作2年和連作4年的栝
江蘇農(nóng)業(yè)學報 2023年5期2023-09-19
- 基于高通量測序的磷石膏上芒草內(nèi)部細菌多樣性分析
，等.基于高通量測序的磷石膏上芒草內(nèi)部細菌多樣性分析[J].南方農(nóng)業(yè)，2023，17（11）：25-29.摘 要 為了探究磷石膏堆渣上野生芒草（Miscanthus Sinensis）植株及種子內(nèi)部微生物組成情況，給今后磷石膏堆渣無害化處理、利用提供一定的依據(jù)，以貴州省開陽縣露天磷石膏堆場上生長芒草植株及種子為試驗材料，通過高通量測序技術分析芒草植株及種子內(nèi)部微生物多樣性。結果共獲得123 363條有效序列，通過聚類獲得274個OTUs，屬于17個門42個
南方農(nóng)業(yè)·上旬 2023年6期2023-09-03
- 農(nóng)藥使用對土壤微生物多樣性的影響研究
本研究采用高通量測序技術分析不同農(nóng)藥使用條件下土壤微生物群落結構變化。結果表明，農(nóng)藥使用導致土壤微生物多樣性降低，功能豐富度減少，群落結構發(fā)生改變。尤其是在長期、大量使用農(nóng)藥情況下，對土壤微生物造成不可逆的破壞。研究還發(fā)現(xiàn)，合理使用農(nóng)藥和采用生物農(nóng)藥可以降低對土壤微生物多樣性的影響，從而保護土壤生態(tài)系統(tǒng)。關鍵詞：農(nóng)藥使用；土壤微生物多樣性；高通量測序；群落結構；生態(tài)系統(tǒng)保護引言：農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中廣泛使用農(nóng)藥以確保高產(chǎn)，但對環(huán)境和生態(tài)系統(tǒng)產(chǎn)生的潛在影響越來越受到關
吉林蔬菜 2023年3期2023-08-28
- 紅豆杉健康與感葉枯病針葉內(nèi)生微生物多樣性
Miseq高通量測序技術來探究人工林與天然林東北紅豆杉（Taxus cuspidata）健康針葉與感葉枯病的病葉之間內(nèi)生真菌和細菌群落結構的差異。結果表明，紅豆杉針葉感病前后真菌的OTU （Operational Taxonomic Units）變化較小，細菌的OTU變化較大，天然林比人工林具有更多的真菌OTU數(shù)，細菌OTU數(shù)差距較小。4組樣品中共有相同的真菌OTU 9個，占真菌OTU 總數(shù)的9.37%，4組樣品中共有相同的細菌OTU 34個，占細菌OTU
森林工程 2023年4期2023-08-08
- 菌肥對設施芹菜產(chǎn)量及土壤細菌群落結構的影響
vaSeq高通量測序技術，分析“1 500 kg·hm-2化肥（CK）”“1 500 kg·hm-2微生物菌肥+750 kg·hm-2化肥（T1）”“3 000 kg·hm-2微生物菌肥+750 kg·hm-2化肥（T2）”三個處理對土壤細菌群落結構多樣性的影響，從而探尋適宜的菌肥量。結果表明，從Chao1指數(shù)和Shannon指數(shù)看出，T1和T2處理對土壤細菌豐度和多樣性具有一定程度的抑制作用，且T1處理更明顯；從PCA分析可知，T1、T2處理與CK處理間
南方農(nóng)業(yè)·上旬 2023年5期2023-07-30
- 抗病和感病香蕉品種根系內(nèi)生細菌群落結構與多樣性
NA，利用高通量測序技術對香蕉根系內(nèi)生細菌16S rRNA基因V3～V4區(qū)進行測序分析，通過Fastp和Flash軟件對原始測序序列進行質(zhì)控、拼接，利用RDP classifier和Silva數(shù)據(jù)庫對序列進行比對、注釋，采用Excel 2010對數(shù)據(jù)進行整理統(tǒng)計，運用DPS 7.0進行差異顯著性分析?！窘Y果】隨著香蕉的生長發(fā)育和枯萎病的越發(fā)嚴重，抗病品種中蕉9號在生長過程中相對感病品種威廉斯B6表現(xiàn)出極顯著（P0.05）。2個品種根系細菌群落在發(fā)病初期和嚴
南方農(nóng)業(yè)學報 2023年2期2023-07-22
- 哈茨木霉對商洛煙區(qū)植煙土壤細菌多樣性的影響
處理，通過高通量測序技術探究施用哈茨木霉對各處理土壤細菌多樣性、菌落結構及理化指標的影響。結果表明，哈茨木霉菌劑的施用降低了土壤細菌群落結構的α多樣性指數(shù)，與常規(guī)施肥相比，增加了放線菌門（11.06％）的豐度，減少了變形菌門（4.03％）、綠彎菌門（2.28％）及酸桿菌門（1.71％）的豐度，土壤全氮和速效鉀含量顯著提高，分別提高14.2％和37.1％。表明在植煙土壤中施加哈茨木霉菌肥可進一步優(yōu)化植煙土壤細菌群落結構，提高土壤肥力。關鍵詞：木霉；根際土壤；
安徽農(nóng)業(yè)科學 2023年6期2023-07-04
- 黑老虎內(nèi)生真菌及根際土壤真菌的群落結構與生態(tài)功能分析
采用ITS高通量測序技術對成熟黑老虎（根、莖、葉）內(nèi)生真菌及根際土壤真菌群落結構、多樣性和生態(tài)功能進行了分析。結果表明：（1）從12個樣品中共獲得2 241個可操作分類單元（OTU），涉及10門、41綱、95目、212科、367屬，內(nèi)生真菌（根、莖、葉）和根際土壤真菌OTU數(shù)分別為386、536、258、1 435個，其中共有的OTU為18個。在門水平上，黑老虎內(nèi)生真菌及根際土壤真菌優(yōu)勢群落均為子囊菌門和擔子菌門，其中子囊菌門在葉和莖中占比分別高達96.9
廣西植物 2023年5期2023-06-18
- 基于高通量測序分析高粱紫斑病葉片的微生物組成及多樣性
采用ITS高通量測序（擴增子測序）技術對已感染紫斑?。ˋ和B）和未感染紫斑?。–K）的高粱葉片進行檢測，以明確其真菌的群落組成及多樣性。結果表明：高粱紫斑病病葉中真菌菌群組成豐富，總共檢出820種真菌，3個樣品共同擁有的為155種，所有菌群分屬于9門29綱60目122科和206屬。3份樣品Shannon指數(shù)分別為3.98、4.67、4.11，按大小排序為B>CK>A。同時，含量排名靠前的屬之間親緣關系比較復雜，且沒有出現(xiàn)前人報道的高粱尾孢 Cercospo
山地農(nóng)業(yè)生物學報 2023年2期2023-06-14
- 鎮(zhèn)巴臘肉生產(chǎn)過程中微生物組成及多樣性變化
要：基于高通量測序技術，對鎮(zhèn)巴臘肉加工過程不同階段的微生物種群組成進行鑒定和分析，同時對細菌表型及相關功能進行預測。結果表明：鎮(zhèn)巴臘肉生產(chǎn)加工過程中，真菌豐度大于細菌豐度，并隨著發(fā)酵時間及加工工藝變化，微生物群落存在明顯的演替；鎮(zhèn)巴臘肉中豐度最高的細菌為厚壁菌門（Firmcutes）和變形菌門（Proteobacteria），優(yōu)勢細菌屬隨著加工步驟推進由原料肉樣品中的大腸-志賀氏菌屬演替為腌制時期和熏制時期的葡萄球菌屬（Staphylococcus）、嗜
肉類研究 2023年5期2023-06-11
- 廣西喀斯特地區(qū)毛唇芋蘭根內(nèi)與根際土壤真菌群落組成分析
MiSeq高通量測序技術，分析了大新（DX）和龍州（LZ）兩個樣地（簡稱兩地）毛唇芋蘭根內(nèi)和根際土壤的真菌組成。結果表明：（1）兩地的毛唇芋蘭根內(nèi)和根際土壤真菌多樣性很豐富，根際土壤真菌多樣性均高于根內(nèi)，主根的真菌多樣性高于走莖。（2）通過測序共獲得有效序列118 040條，207個可操作分類單元（OTUs）涉及8門19綱42目86科123屬。（3）擔子菌門（Basidiomycota）真菌是兩地毛唇芋蘭根內(nèi)真菌的共同優(yōu)勢菌群，涉及膠膜菌科（Tulasne
廣西植物 2023年3期2023-05-30
- 甘蔗植株莖部內(nèi)生細菌群落組成對不同配方緩釋肥的響應
內(nèi)生細菌；高通量測序中圖分類號：S566.1 文獻標識碼：A甘蔗（Saccharum officinarum L.）作為一種重要的糖料作物，在世界各地被用作生物燃料和可再生生物能源[1]。中國是世界第三大甘蔗生產(chǎn)國，自1993 年以來，廣西一直是中國最大的甘蔗生產(chǎn)和制糖省份[2]。由于甘蔗的生育期長達一年以上，使用常規(guī)化肥（尿素等）和復合肥等化學肥料，需要在7 月前再追肥2～3 次才能滿足甘蔗的生長需求[3]。同時，甘蔗僅追施常規(guī)化學肥料，會導致甘蔗生長后
熱帶作物學報 2023年3期2023-05-30
- 珍稀野生大王杜鵑根際土壤細菌群落結構分析
群落結構：高通量測序中圖分類號：S685.21：Q938.1 文獻標識號：A 文章編號：1001-4942（2023）03-0095-06杜鵑屬（Rhododendron L.）是杜鵑花科（Eri-caceae）最大的一個屬，杜鵑屬植物通常被稱為杜鵑花，目前全世界約有千余種，廣泛分布于亞洲、歐洲和北美洲，主產(chǎn)東亞和東南亞地區(qū)。我國擁有最為豐富的野生杜鵑花資源，西南地區(qū)更是杜鵑花多樣化和多度中心，約有410種，但由于分布狹窄、生境遭受破壞、種群繁衍困難等原因
山東農(nóng)業(yè)科學 2023年3期2023-05-30
- 新生兒基因篩查在遺傳性疾病中的應用進展
快速發(fā)展，高通量測序（next?generation?sequencing，NGS）等基因檢測技術在遺傳性疾病篩查診斷領域有極高的應用價值，特別是在新生兒疾病防治方面。新生兒基因篩查旨在早期發(fā)現(xiàn)新生兒患遺傳性疾病風險，為臨床診斷和治療提供依據(jù)。本文綜述新生兒基因篩查作為一級篩查在基因表型明確的單基因遺傳性疾?。ㄟz傳性耳聾、脊髓性肌萎縮癥、地中海貧血、原發(fā)性免疫缺陷及進行性假肥大性肌營養(yǎng)不良等）中的應用、作為二級篩查聯(lián)合生化篩查在遺傳代謝性疾病中的應用及其在
中國現(xiàn)代醫(yī)生 2023年9期2023-05-26
- 澳洲堅果種植地土壤固氮微生物群落結構和多樣性
qPCR和高通量測序技術對固氮相關基因（nifH）進行檢測，探究農(nóng)業(yè)果園經(jīng)營形式下土壤固氮微生物的群落結構、多樣性及其影響因素。結果表明，種植地pH值在5.0左右，屬于典型的酸性土。綜合分析發(fā)現(xiàn)，澳洲堅果園種植地帶養(yǎng)分含量明顯升高，并且種植區(qū)域養(yǎng)分含量也存在較大差異，說明土壤肥力分布不均。與未種植區(qū)域相比，種植區(qū)域固氮細菌（相關基因nifH）群落豐富度和多樣性指數(shù)均呈下降趨勢。變形菌門（Proteobacteria）為含nifH基因的固氮細菌群落優(yōu)勢菌門，
江蘇農(nóng)業(yè)科學 2023年8期2023-05-23
- 基于高通量測序的黑柄乳菇菌塘細菌多樣性分析
對象，采用高通量測序技術，結合生物信息學對來自于黔西南州不同地區(qū)的5個菌塘土壤的細菌組成及豐度進行研究。結果表明：黑柄乳菇菌塘菌群分屬于9個門27個屬，菌塘中主要門有變形菌門、酸桿菌門、放線菌門和浮霉菌門;主要屬有伯克氏菌屬、緩生根瘤菌屬、Gp1、Gp2、Gp3、假單胞菌屬和WPS-1 genera incertae sedis。五個采集點菌塘中的菌群豐富，多樣性指數(shù)水準高，但因各個菌塘生境不同使得每個菌塘的優(yōu)勢菌屬豐度有差異。關鍵詞 黑柄乳菇;菌塘;高通
南方農(nóng)業(yè)·上旬 2022年6期2022-07-07
- 冷藏小龍蝦優(yōu)勢腐敗菌的篩選鑒定及細菌群落結構和多樣性分析
屬水平上，高通量測序法最終確定氣單胞菌屬（Aeromonas sp.）及希瓦氏菌屬（Shewanella sp.）是小龍蝦腐敗末期相對豐度最大的2 種優(yōu)勢腐敗菌;同時，高通量測序結果表明，隨著貯藏時間的延長，小龍蝦微生物群落豐富度、多樣性及均勻度不斷下降，這與腐敗末期優(yōu)勢腐敗菌的大量增長及生長繁殖過程中抑制其他種類微生物有關。關鍵詞：冷藏小龍蝦;優(yōu)勢腐敗菌;傳統(tǒng)培養(yǎng)基法;高通量測序;微生物多樣性Screening and Identification of
肉類研究 2022年6期2022-07-06
- 高通量測序技術分析鴨皮中耐熱菌群
周，通過高通量測序分析鴨皮的微生物多樣性情況。結果表明：60 ℃熱處理的鴨皮中主要菌屬為假單胞菌屬（33.52%）和不動桿菌屬（18.55%），70 ℃熱處理的鴨皮中主要菌屬為不動桿菌屬（18.46%）、狹義厭氧梭菌屬18（12.41%）、變形桿菌屬（11.04%）、假單胞菌屬（10.17%）、狹義厭氧梭菌屬7（8.62%），80、90 ℃熱處理的鴨皮中優(yōu)勢菌屬為狹義厭氧梭菌屬18，相對豐度分別為63.04%和84.11%，100 ℃熱處理組優(yōu)勢菌屬為芽
肉類研究 2022年5期2022-06-28
- 天然東北紅豆杉林土壤細菌多樣性研究
要：利用高通量測序方法研究不同林齡的東北紅豆杉林根際及非根際土壤細菌多樣性，同時測定土壤養(yǎng)分（總有機質(zhì)、全氮、全磷及全鉀）含量。通過對土壤細菌多樣性及其與土壤養(yǎng)分之間關系的研究，得到紅豆杉林根際與非根際土壤微生物的結構和土壤養(yǎng)分因子對土壤微生物多樣性的影響等信息，從而對天然東北紅豆杉的保護提供理論支持。結果表明，東北紅豆杉不同林齡之間、根際與非根際之間土壤肥力均差異顯著（P關鍵詞：東北紅豆杉;高通量測序;土壤養(yǎng)分;土壤微生物;細菌多樣性中圖分類號：S71
森林工程 2022年3期2022-06-15
- 基于高通量測序的帶魚肌肉組織轉錄組微衛(wèi)星信息分析
目的】通過高通量測序平臺對帶魚肌肉組織進行轉錄組測序，從海量數(shù)據(jù)中查找微衛(wèi)星（SSR）位點并進行生物信息學分析，為科學制定帶魚種質(zhì)資源保護對策和管理措施提供參考依據(jù)?！痉椒ā炕贗llumina HiSeqTM 2500高通量測序平臺對采自浙江舟山近海的帶魚肌肉組織進行轉錄組測序，經(jīng)FastQC和Trimmomatic進行數(shù)據(jù)質(zhì)量評估和過濾后，使用Trinity組裝、去冗余得到Unigenes，再運用Micro-Satellite（MISA）挖掘SSR信息
南方農(nóng)業(yè)學報 2022年3期2022-06-15
- 鼠茅草套種對不同林齡油茶根際土真菌群落的影響
根際土進行高通量測序。結果發(fā)現(xiàn)：覆草條件下的根際土微生物多樣性更豐富，且50年生及以上林齡的根際土真菌群落多樣性指數(shù)更高。在科水平上優(yōu)勢菌三形菌Trimorphomycetaceae在10～15年林齡的相對豐度最高;在屬水平上優(yōu)勢菌三形菌屬Saitozyma在10～15年林齡的相對豐度最高。在油茶根際土真菌群落及林齡相關性分析中陸生壺菌科Terramycetaceae相對豐度與3～5年林齡階段正相關性最強;錐梗菌科Dissoconiaceae相對豐度與10
福建農(nóng)業(yè)科技 2022年3期2022-05-18
- 不同種植模式下鳳丹根際微生物群落結構和多樣性分析
樣性，采用高通量測序技術對采自櫸樹（Zelkova serrata）下種植（ZS）、娜塔櫟（Quercus nattallii）下種植（QS）、露天種植（OS）的鳳丹根際以及空白土壤（CK）樣品土壤細菌和真菌進行測序。結果顯示，與空白土壤相比，種植鳳丹提高了根際微生物群落的豐富度和多樣性，不同種植模式下鳳丹根際微生物群落結構有所差異。3種種植模式下細菌的優(yōu)勢菌門均為變形菌門（Proteobacteria）、酸桿菌門（Acidobacteria）、放線菌門（
江蘇農(nóng)業(yè)學報 2022年2期2022-05-16
- 基于16S rDNA高通量測序研究針灸對克羅恩病大鼠腸道菌群的調(diào)節(jié)作用
rDNA高通量測序并對進行物種相對豐度、alpha多樣性和基因功能代謝預測分析等。結果：隔藥餅灸組和電針組大鼠結腸組織病理學評分顯著低于模型組（P<0.01）。與正常組比較，模型組擬桿菌門、放線菌門、擬桿菌綱、擬桿菌目、紫單胞菌科、普雷沃菌科、擬桿菌科、普雷沃菌屬等的相對豐度升高，厚壁菌門、變形菌門、梭菌綱、梭菌目、毛螺菌科、瘤胃菌科、乳酸桿菌屬等的相對豐度降低;在經(jīng)過隔藥餅灸和電針治療后，上述大多數(shù)微生物相對豐度均有不同程度改善。與正常組比較，模型組腸
世界中醫(yī)藥 2022年3期2022-03-25
- 接種乳酸菌發(fā)酵劑對風干腸成熟過程中微生物群落動態(tài)變化及感官品質(zhì)的影響
rDNA高通量測序分析，并對風干腸成品（成熟12 d）進行感官評定。結果表明：隨著成熟過程的進行，樣品乳酸菌數(shù)、菌落總數(shù)、腸桿菌科數(shù)、假單胞菌數(shù)和葡萄球菌數(shù)整體呈先升高后降低的變化趨勢，SHI、WBL組的乳酸菌在肉餡中能夠快速生長繁殖，WBL組能顯著降低風干腸的菌落總數(shù)、腸桿菌科數(shù)和假單胞菌數(shù)（P關鍵詞：乳酸菌發(fā)酵劑;風干腸;菌群結構;高通量測序;感官品質(zhì)Effects of Inoculating Lactic Acid Bacterial Start
肉類研究 2022年2期2022-03-19
- 溫度對克氏原螯蝦腸道菌群結構的影響
要： 采用高通量測序技術，利用16S rRNA序列信息，研究了不同養(yǎng)殖溫度條件下克氏原螯蝦腸道菌群的多樣性。測序結果顯示：15 ℃、19 ℃、23 ℃、27 ℃、31 ℃養(yǎng)殖水溫下，變形菌門、擬桿菌門和厚壁菌門為腸道主要菌門，叢毛單菌屬和鞘脂單胞菌屬為主要菌屬。養(yǎng)殖水溫不同，腸道優(yōu)勢菌群所占比例不同，叢毛單菌屬在水溫 15 ℃處理組占比最高，鞘脂單胞菌屬19 ℃處理組占比最高。Alpha多樣性分析結果顯示， 23 ℃處理組克氏原螯蝦腸道菌群Simpson指
江蘇農(nóng)業(yè)學報 2022年1期2022-03-16
- 連作煙田健株與感染根腐病煙株根際土壤細菌群落多樣性研究
。關鍵詞：高通量測序;連作煙田;細菌群落;冗余分析;根際土壤;多樣性分析中圖分類號： S154.36;S154.37文獻標志碼： A文章編號：1002-1302（2022）04-0198-07收稿日期：2021-05-26基金項目：國家自然科學基金（編號：32060445、41807524）;云南省自然科學基金（編號：202001AU070114）;廣西中煙工業(yè)有限責任公司科技項目（編號：GXZYCX2019b004）。作者簡介：敖金成（1984—），男，
江蘇農(nóng)業(yè)科學 2022年4期2022-03-11
- 灰肉紅菇與其相似類群子實體下土壤真菌多樣性探究
對象，采用高通量測序技術，明確土壤真菌的多樣性及群落組成、優(yōu)勢類群及其功能。結果表明，H、JH、FH、DZ子實體下土壤真菌均勻度相似，但H豐富度最高，紅菇屬（H、JH、FH）土壤真菌的豐富度高于乳菇屬（DZ）;H、JH、FH、DZ共有OTUs 463個，H特有121個;門水平上，H子實體下土壤真菌中子囊菌門與擔子菌門豐度較JH、FH、DZ高，DZ與H、JH、FH在球囊菌門、芽枝霉門豐富度上呈極顯著差異;屬水平上，H子實體下土壤真菌紅菇屬、絲蓋傘屬豐度較JH
熱帶作物學報 2022年2期2022-03-07
- 健康與患根腐病草莓根際?非根際與根內(nèi)古菌群落多樣性
MiSeq高通量測序技術，分別對根際土壤、非根際土壤及根內(nèi)古菌16S rRNA基因的V3～V4區(qū)進行擴增并測序，分析健康與患根腐病草莓不同部位古細菌群落結構與多樣性。[結果]健康組共鑒定出11個門、19個綱、25個目、29個科、43個屬，患根腐病組共鑒定出11個門、20個綱、27個目、32個科、47個屬。門水平上，所有土壤樣品的優(yōu)勢古菌門均為奇古菌門（Thaumarchaeota）、廣古菌門（Euryarchaeota）和烏斯古菌門（Woesearchae
安徽農(nóng)業(yè)科學 2022年2期2022-02-19
- 基于高通量測序的白木香結香部位真菌多樣性研究
對象，基于高通量測序方法，分析2個不同區(qū)域生境中4個品種白木香結香部位真菌群落結構多樣性及分布規(guī)律，結合不同品種的結香特性，進一步挖掘與白木香結香顯著相關的真菌類群，促進結香技術的提升。結果表明：相同生境條件下，同種白木香不同高度結香位點真菌組成結構非常相似，但不同真菌的豐度存在差異;不同區(qū)域生境下，相同品種結香部位真菌群落組成結構存在顯著差異，生境差異可能是導致結香部位真菌群落結構差異的主要因素之一;同一區(qū)域生境下，不同品種白木香結香部位的真菌群落結構存
熱帶作物學報 2021年11期2021-12-23
- 基于轉錄組學的川芎嗪改善增生性瘢痕機制研究
;轉錄組;高通量測序;增生性瘢痕中圖分類號 R 285? 文獻標識碼 A文章編號 0517-6611（2021）23-0133-04doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2021.23.036The Mechanism of Tetramethylpyrazine in Improving Hypertrophic Scar Based on TranscriptomicsWANG Ting1，WU Dong-zhi2，WU Xue2（
安徽農(nóng)業(yè)科學 2021年23期2021-12-18
- 蚯蚓糞有機肥對土壤微生物群落的影響
土壤，利用高通量測序技術研究添加了不同量蚯蚓糞有機肥的土壤中細菌和真菌多樣性以及群落結構。結果表明，土壤細菌的OTU（運算的分類單位）數(shù)目隨著蚯蚓糞有機肥的添加而增加，添加蚯蚓糞有機肥提高了真菌OTU數(shù)，但添加量和提高幅度沒有明顯趨勢。同時，蚯蚓糞有機肥提高了土壤中細菌和真菌的多樣性，提高幅度較高的處理分別為E20、E10。此外，從主成分分析可以看出，蚯蚓糞有機肥的施加改變了土壤真菌和細菌的群落結構。從門水平看，細菌主要菌群的豐度沒有發(fā)生顯著的變化，而真菌
江蘇農(nóng)業(yè)科學 2021年20期2021-11-19
- 玉米抗感粗縮病重要miRNA及其靶基因的詮釋
摘要：借助高通量測序和生物學分析手段，篩選不同抗性品種間的差異表達miRNA，預測相關靶基因。對玉米抗、感粗縮病不同種質(zhì)材料高通量測序鑒定出的差異miRNA的靶基因，在Genome、Gene Ontology等生物信息數(shù)據(jù)庫中進行比對，同時做GO（Gene Ontology，簡稱GO）、京都基因和基因組百科全書（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，簡稱KEGG）富集性分析。從某些相關差異miRNA的靶基因及其作用
江蘇農(nóng)業(yè)科學 2021年20期2021-11-19
- 基于高通量測序的中國水仙根際土壤微生物群落組成
Miseq高通量測序技術對水仙根際土壤微生物樣品的保守基因區(qū)進行測序及生物信息學分析，闡明中同水仙根際土壤的細菌、真菌和^菌群落結構組成，并對水仙根際土壤微生物的優(yōu)勢菌屬進行深入分析?！窘Y果】共獲得優(yōu)化序列175840條，基于97%序列相似度，聚類為2 680個OTUs。優(yōu)勢細菌類群是綠彎菌門Chloroflexi（ 30.86%）和變形菌門Proteobacteria（20.67%），真菌以子囊菌門Ascomycota（84.94%）為主，屬水平上球毛殼
福建農(nóng)業(yè)學報 2021年8期2021-11-15
- 高通量測序分析根結線蟲對馬鈴薯根際土壤真菌群落多樣性的影響
方法】通過高通量測序技術、土壤性質(zhì)測定及生物信息學技術分析感染根結線蟲馬鈴薯和健康馬鈴薯根際土壤真菌群落多樣性差異?！窘Y果】從6個土壤樣品中共獲得3界12門34綱77目171科332屬526種的土壤真菌。對物種多樣性指數(shù)分析后，發(fā)現(xiàn)感染根結線蟲馬鈴薯病株與健康馬鈴薯植株的根際土壤真菌群落多樣性和土壤性質(zhì)均存在顯著性差異。對6個樣品進行物種組成分析后，在門水平中，感病植株根際土壤真菌Basidiomycota豐度較健康植株根際土壤真菌豐度高，Ascomyco
福建農(nóng)業(yè)學報 2021年8期2021-11-15
- 高通量測序分析根結線蟲對馬鈴薯根際土壤真菌群落多樣性的影響
方法】通過高通量測序技術、土壤性質(zhì)測定及生物信息學技術分析感染根結線蟲馬鈴薯和健康馬鈴薯根際土壤真菌群落多樣性差異?！窘Y果】從6個土壤樣品中共獲得3界12門34綱77目171科332屬526種的土壤真菌。對物種多樣性指數(shù)分析后，發(fā)現(xiàn)感染根結線蟲馬鈴薯病株與健康馬鈴薯植株的根際土壤真菌群落多樣性和土壤性質(zhì)均存在顯著性差異。對6個樣品進行物種組成分析后，在門水平中，感病植株根際土壤真菌Basidiomycota豐度較健康植株根際土壤真菌豐度高，Ascomyco
福建農(nóng)業(yè)學報 2021年8期2021-11-15
- 木薯根域AMF群落結構特征及多樣性研究
培養(yǎng)，利用高通量測序平臺進行真菌擴增子測序，分析不同處理木薯根域AMF類群組成和多樣性差異。結果表明，木薯根域土壤AMF主要為球囊霉屬（Glomus）、無梗囊霉屬（Acaulospora）、盾巨孢囊霉屬（Scutellospora）、類球囊霉屬（Paraglomus）和雙型囊霉屬（Ambispora）。優(yōu)勢屬為球囊霉屬和無梗囊霉屬。兩種土質(zhì)各處理AMF屬水平上無顯著差異，種水平分布受土壤質(zhì)地及根袋的影響，粘土AMF多樣性（Simpson指數(shù)）高于砂質(zhì)壤土。
農(nóng)業(yè)研究與應用 2021年4期2021-11-12
- 有機肥對香蕉枯萎病及土壤主要理化性質(zhì)和微生物群落的影響
NA，采用高通量測序技術，結合生物信息學分析，解析施用有機肥后香蕉根際土壤細菌和真菌群落結構組成及多樣性的變化?！窘Y果】施用有機肥提高了土壤pH值（14.85%）、全氮（25%）和全磷（19.04%）的含量，降低土壤全鐵含量（2.62%），香蕉枯萎病發(fā)病率下降了75%。和對照相比，子囊菌門（Ascomycota）與壺菌門（Chytridiomycota）的相對豐度分別提高了43.84%和90.64%，變形菌門（Proteobacteria）的相對豐度則降低
福建農(nóng)業(yè)學報 2021年7期2021-11-12
- 基于高通量測序技術分析不同耕作方式下水稻根際土壤真菌多樣性
對象，采用高通量測序技術分析了真菌群落結構和多樣性，并結合土壤環(huán)境因子進行相關性分析。結果表明：3種耕作處理水稻根際土壤中優(yōu)勢菌門為子囊菌門、接合菌門、擔子菌門和球囊菌門，優(yōu)勢菌屬為鐮刀菌屬、被孢霉屬、Pyrenochaetopsis、柄孢殼屬、毛殼菌屬、支頂孢屬、隱球菌屬、Westerdykella、頂囊殼屬、綠僵菌屬。接合菌門和被孢霉屬、支頂孢屬、隱球菌屬、頂囊殼屬真菌相對豐度在不同處理間差異顯著。Alpha多樣性指數(shù)分析顯示，3種耕作處理間無顯著差異
熱帶作物學報 2021年9期2021-11-08
- 南方果園蟻巢土壤微生物群落結構特征分析
對象，采用高通量測序技術，分析蟻巢和非蟻巢土壤微生物群落的結構特征。【結果】螞蟻筑巢雖然對果園土壤微生物多樣性及豐富度無顯著影響（P>0.05），但明顯改變了果園土壤中細菌和真菌群落的組成與占比。藍細菌門（Cyanobacteria）和WPS-2細菌是蟻巢土壤特有的優(yōu)勢細菌門，但缺失了芽單胞菌門（Gemmatimonadetes）、擬桿菌門（Bacteroidetes）和疣微菌門（Verrucomicrobia）等非蟻巢土壤中擁有的優(yōu)勢細菌門類;同時，與非
南方農(nóng)業(yè)學報 2021年6期2021-10-09
- 外源添加木質(zhì)素對農(nóng)田土壤微生物的影響
量PCR和高通量測序等技術，研究木質(zhì)素對土壤微生物的影響，對微生物的群落組成及多樣性進行分析。[結果]定量PCR結果表明，木質(zhì)素的加入減少了細菌16S rRNA基因豐度，且顯著降低了真菌18S rRNA基因豐度。高通量測序結果顯示，Alpha多樣性分析上，細菌的空白對照多樣性指數(shù)均高于木質(zhì)素處理，真菌則相反，但均未達顯著水平;PCoA分析表明，木質(zhì)素的加入對細菌和真菌群落均產(chǎn)生了顯著影響，不同處理間的群落結構差異較大。在門水平上對微生物群落組成分析表明，木
安徽農(nóng)業(yè)科學 2021年18期2021-09-27
- 接種2種不同促生菌對番茄根菌群結構及多樣性的影響
V7可變區(qū)高通量測序的方法，分析2種不同促生菌在植物根內(nèi)定植情況及其對生長得到促進的植物根內(nèi)生菌菌群結構和多樣性的影響。結果顯示：接種2株促生細菌之后，這2株促生菌在生長得到促進的植物根內(nèi)的定植量無顯著變化，說明促生菌接種的促生長作用并非是通過接種促生菌的定植量增加而實現(xiàn)。且經(jīng)2種不同促生菌分別接種處理后生長得到促進的番茄根內(nèi)生菌物種豐富度（Chao1指數(shù)）以及細菌多樣性（Shannon指數(shù)）相對于對照以及相互之間均沒有顯著差異性（P>0.05），表明這2
福建農(nóng)業(yè)科技 2021年6期2021-09-12
- 莠去津對谷子農(nóng)田土壤微生物群落結構的影響
HiSeq高通量測序技術，分析莠去津脅迫下土壤微生物群落結構變化。由α多樣性指數(shù)分析可知，莠去津降低了土壤微生物的豐富度和群落多樣性，噴灑濃度越高，豐度和多樣性越低;在黃土高原谷子種植區(qū)，土壤真菌主要門類為子囊菌門（Ascomycota）、接合菌門（Zygomycota）、擔子菌門（Basidiomycota）、壺菌門（Chytridiomycota）、球囊菌門（Glomeromycota）;土壤細菌主要門類為變形菌門（Proteobacteria）、酸桿
江蘇農(nóng)業(yè)科學 2021年16期2021-09-11
- 臨淄地區(qū)孕期女性耳聾基因篩查及耳聾基因出生缺陷干預
NA，使用高通量測序技術檢測18個耳聾基因的100個位點。結果本次篩查共發(fā)現(xiàn)24例耳聾基因突變，突變攜帶率為7.95%。其中單基因雜合突變?yōu)?3例，GJB2基因突變攜帶者12例，攜帶率3.97%;SLC26A4基因突變攜帶者11例，攜帶率3.64%;另有SLC26A4：IVS7-2A>G純合突變1例。結論臨淄地區(qū)孕期女性耳聾基因突變率較高，應積極開展檢測以降低聽障兒童的出生率。關鍵詞：孕期女性;耳聾基因;產(chǎn)前;高通量測序遺傳性耳聾是指由于基因和染色體異常所
醫(yī)學前沿 2021年8期2021-09-10
- 應用高通量測序分析常溫貯藏吳山貢鵝的細菌多樣性
養(yǎng)技術結合高通量測序技術對常溫貯藏吳山貢鵝的菌群結構進行分析，研究吳山貢鵝微生物群落的變化以及導致吳山貢鵝腐敗的微生物分布。結果表明：吳山貢鵝貯藏期間pH值呈現(xiàn)先上升后下降的趨勢，菌落總數(shù)則呈現(xiàn)上升的趨勢，貯藏末期吳山貢鵝中菌落總數(shù)、乳酸菌、大腸桿菌和假單胞菌的數(shù)量分別達到5.76、5.21、2.13、2.96 （lg（CFU/g））;高通量測序分析表明，在門水平上，貯藏初期和中期，吳山貢鵝中的優(yōu)勢菌門均為變形菌門，其相對豐度分別達到88%（初期）和87%
肉類研究 2021年4期2021-08-13
- 基于高通量測序的龍膽草根際土壤真菌群落結構分析
真菌群落;高通量測序;多樣性中圖分類號： S154.37文獻標志碼： A文章編號：1002-1302（2021）12-0190-06收稿日期：2020-07-07基金項目：國家中藥材產(chǎn)業(yè)技術體系項目（編號：CARS-21）;遼寧省科學事業(yè)公益性研究基金（編號：20180041）;遼寧省農(nóng)業(yè)科技自主創(chuàng)新資金（編號：2019DD144221）。作者簡介：高 嵩（1982—），女，遼寧大連人，博士，助理研究員，主要從事中藥材道地性栽培生理研究。E-mail：gs
江蘇農(nóng)業(yè)科學 2021年12期2021-08-02
- 錳氧化菌激活及生物氧化錳去除乙炔基雌二醇試驗研究
影響，采用高通量測序技術分析激活前后微生物群落變化，利用X射線衍射（X-ray diffraction，XRD）技術對產(chǎn)生的生物氧化錳進行表征，研究pH值和投加量對生物氧化錳去除乙炔基雌二醇（17α-ethinylestradiol，EE2）的影響。結果表明：pH值為7、初始Mn2+濃度為1 mmol/L時，Mn2+氧化率7 d內(nèi)能達到83.3%，錳氧化菌激活效果最好。XRD結果表明：生物氧化錳主要含有MnO2、Mn3O4、Na3Mn（PO3）CO3等3種
土木建筑與環(huán)境工程 2021年4期2021-07-22
- 探討高通量測序技術在食品微生物檢測中的應用
首先分析了高通量測序技術的流程，然后主要論述了在食品微生物檢測中對高通量測序技術的應用和應用前景，如宏轉錄組測序、全基因組測序以及16SrDNA/rRNA測序等，希望可以為相關人員提供一定的參考，將該技術在食品微生物檢測上的優(yōu)勢進行充分發(fā)揮，保證食品安全，維護國民健康。關鍵詞：高通量測序;檢測技術;食品微生物引言：食品微生物是影響食品安全性的關鍵因素，從近幾年市場監(jiān)督部門對食品抽查結果來看，食品存在的主要問題就是超量添加添加劑以及微生物超標，兩個主要問題相
錦繡·中旬刊 2021年3期2021-07-14
- 染料木素對人鼻咽癌CNE1細胞生長的抑制作用及靶點預測
影響。采用高通量測序法挖掘0（空白對照）、30 ?mol/L染料木素作用24 h后CNE1細胞中的差異基因，并通過實時熒光定量-聚合酶鏈式反應法（RT-qPCR）對上述細胞實驗相關差異基因mRNA的表達情況進行驗證。結果：與空白對照比較，12.5、25、50、100、150 ?mol/L染料木素對細胞的增殖均有顯著的抑制作用（P關鍵詞 染料木素;人鼻咽癌CNE1細胞;高通量測序;突變型p53基因;磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B通路Inhibitory Eff
中國藥房 2021年10期2021-07-11
- 不同樹齡沙田柚果園土壤肥力、葉片養(yǎng)分和土壤細菌群落的特征
測定，利用高通量測序技術對土壤細菌群落進行測序。結果表明，12個沙田柚果園土壤呈酸性，pH值、有機質(zhì)含量、土壤全氮含量隨著沙田柚樹齡的增加而增加，不同樹齡沙田柚果園土壤之間的土壤有效鎂含量、有效硫含量和有效硼含量沒有顯著差異，樹齡≥21年的沙田柚果園土壤全鉀含量和交換性鈣含量最高;不同樹齡沙田柚果樹葉片氮含量無顯著差異，5～10年樹齡沙田柚果樹葉片磷含量、鉀含量、硫含量最高，≥21年樹齡沙田柚果樹葉片鈣含量最高，11～15年樹齡沙田柚果樹葉片鎂含量和硼含量
江蘇農(nóng)業(yè)學報 2021年2期2021-06-30
- 基于高通量測序分析間作貓豆對甘蔗根際土壤微生物的影響
HiSeq高通量測序技術，在門和屬水平上分析甘蔗根際土壤微生物群落結構，在種水平進行主成分（PCA）分析?！窘Y果】T處理的根際土壤中全氮、全鉀、水解性氮、有效磷和有機質(zhì)含量均大于CK。T處理的根際土壤中細菌的豐富度和多樣性高于真菌的豐富度和多樣性;T處理的根際土壤中細菌豐富度高于CK，但差異不顯著（P>0.05，下同），其多樣性顯著高于CK（P關鍵詞： 甘蔗;貓豆;間作;根際;土壤微生物;高通量測序;群落結構中圖分類號： S556.106.1? ? ? ?
南方農(nóng)業(yè)學報 2021年2期2021-06-30
- 枯草芽孢桿菌對土壤群落結構的影響
能力，采用高通量測序的方法探究枯草芽孢桿菌對土壤浸出液中真菌菌群群落結構的影響。結果表明，枯草芽孢桿菌對茄鏈格孢菌和灰葡萄孢菌菌絲生長的抑制率達到100%;在門分類水平上，枯草芽孢桿菌會明顯改變土壤浸出液中真菌菌群的群落結構。因此，枯草芽孢桿菌可作為生防菌廣泛應用。關鍵詞 枯草芽孢桿菌;含毒介質(zhì)法;高通量測序中圖分類號：S476;S154.36 文獻標志碼：B DOI：10.19415/j.cnki.1673-890x.2021.03.084芽孢桿菌是土壤
南方農(nóng)業(yè)·下旬 2021年1期2021-06-15
- 基于16s rRNA的徽派臘肉加工過程中微生物群落結構分析
規(guī)律，采用高通量測序技術對不同加工階段的徽派臘肉中微生物16S rRNA進行V3～V4區(qū)測序，比較不同加工階段（鮮肉、腌制中期、腌制結束、成熟中期、成熟結束）臘肉中細菌群落結構組成及多樣性差異。結果表明：5 個加工階段分別獲得80 155、80 116、80 174、80 114、80 174 條有效序列;在門分類水平上，厚壁菌門（Firmicutes）、變形菌門（Proteobacteria）、放線菌門（Actinomycetes）、擬桿菌門（Bacte
肉類研究 2021年3期2021-06-15
- 脾腎陽虛型狼瘡性腎炎血漿外泌體miRNA表達譜的分析及意義
照組，應用高通量測序技術分析兩組患者血漿外泌體miRNA表達譜的差異，應用RT-PCR技術對結果進行驗證。 結果 兩組的表達譜中，高顯著差異的分子包括hsa-miR-127-3p及hsa-miR-4497（P[關鍵詞] 狼瘡性腎炎;脾腎陽虛;miRNA表達譜;高通量測序[中圖分類號] R593.4? ? ? ? ? [文獻標識碼] A? ? ? ? ? [文章編號] 1673-9701（2021）10-0027-04Analysis and signifi
中國現(xiàn)代醫(yī)生 2021年10期2021-05-24
- 雙歧桿菌聯(lián)合左卡尼汀對菌群失調(diào)腹瀉模型大鼠腸道菌群的影響
文庫構建和高通量測序，并對處理后的有效數(shù)據(jù)進行操作分類單元聚類、物種注釋以及腸道菌群的Alpha和Beta多樣性分析。結果：造模期結束時，與空白對照組比較，模型組大鼠開始出現(xiàn)1級和2級糞便，腸道菌群的多樣性、豐富度以及腸道中厚壁菌門/擬桿菌門比值和乳桿菌屬、雙歧桿菌屬和阿克曼氏菌屬等益生菌的豐度均顯著降低（P0.05），但其腸道中乳桿菌屬的豐度有一定提高，且左卡尼汀+益生菌組大鼠腸道中阿克曼氏菌屬的豐度顯著升高（P關鍵詞 腸道菌群;益生菌;左卡尼汀;雙歧桿
中國藥房 2021年6期2021-04-27
- 基于高通量測序研究龜鱉養(yǎng)殖水體細菌多樣性
MiSeq高通量測序技術對外塘和溫室養(yǎng)殖水體及生化流程處理后的尾水進行細菌多樣性分析。結果顯示，3組樣品在門水平上優(yōu)勢菌為變形菌門和擬桿菌門，平均占比分別為55.89% 和14.37%。在屬水平上，細菌主要為不動桿菌屬，尚未分類的小梨形菌科和紅桿菌科。3組水樣中均有大量序列不能被歸入已知的屬，推測其中可能有尚未發(fā)現(xiàn)的潛在新種。溫室和外塘2種不同養(yǎng)殖模式下，水體理化因子及細菌群落結構組成均存在很大差異。傳統(tǒng)微生物分離方法篩選了52株細菌，歸屬于14種不同的細
安徽農(nóng)業(yè)科學 2021年6期2021-04-20
- 微生物菌劑拌土對玉米農(nóng)田土壤細菌群落多樣性的影響
生物菌劑;高通量測序;微生物生態(tài)學中圖分類號 S 154.3文獻標識碼 A文章編號 0517-6611（2021）05-0138-05doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2021.05.039開放科學（資源服務）標識碼（OSID）：Effect of Clay Treated by Microbial Agents on Soil Bacterial Community Diversity of Maize FieldSHA Yue-
安徽農(nóng)業(yè)科學 2021年5期2021-04-16
- 間作麥冬對茶園土壤理化性質(zhì)及微生物群落結構的影響
rDNA高通量測序技術等，分析茶樹單作、茶樹—麥冬間作及茶園空地土壤（CK）的土壤養(yǎng)分含量、土壤酶活性及細菌群落結構多樣性與豐富度差異?！窘Y果】相對于單作，間作麥冬能顯著提高茶園土壤含水量與有機質(zhì)、速效氮、速效磷和速效鉀含量（P關鍵詞： 間作;細菌多樣性;微生物群落結構;茶園;高通量測序中圖分類號：S154? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?文獻標志碼： A 文章編號：2095-1191（2021）12-3366-09Effects
南方農(nóng)業(yè)學報 2021年12期2021-04-15