李 皎, 徐 艷, 許 旋, 徐志廣*

(1. 華南師范大學(xué)化學(xué)學(xué)院∥教育部環(huán)境理論化學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室, 廣州 510006; 2. 珠峰實(shí)驗(yàn)學(xué)校, 珠海 519000)

DNA是自然界中許多生命有機(jī)體內(nèi)的重要抗腫瘤藥物靶標(biāo)分子，小分子和DNA作用可能會(huì)損傷DNA，影響相關(guān)蛋白質(zhì)的合成和翻譯，若與腫瘤細(xì)胞的DNA作用，可抑制腫瘤細(xì)胞的增殖，從而起到抗癌作用[1-2]. 小分子化合物與DNA的相互作用及其核酸酶活性一直是生物化學(xué)的重要研究課題之一[3-5]. 小分子和DNA的結(jié)合模式主要有2種：共價(jià)結(jié)合、非共價(jià)結(jié)合. 一般認(rèn)為咔咯等卟啉類化合物與DNA的相互作用模式是非共價(jià)結(jié)合，主要分為4種類型[6]：插入結(jié)合、靜電作用、溝槽結(jié)合和外部結(jié)合，其中插入結(jié)合和外部結(jié)合是咔咯和DNA相互作用中最常見的結(jié)合模式[7-8].

有關(guān)卟啉化合物及其衍生物與DNA相互作用的研究已有大量報(bào)道[9-13]，但作為卟啉類似物的芳香大環(huán)化合物，咔咯和DNA相互作用的研究相對(duì)較少. 近些年，科研人員不斷合成出高氧化態(tài)的金屬咔咯，并在實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)金屬咔咯能夠與DNA相互作用、催化斷裂DNA，在光動(dòng)力治療和抗腫瘤等生物醫(yī)學(xué)應(yīng)用方面具有良好前景[14]. 咔咯金屬配合物和DNA的相互作用及其核酸酶活性逐漸成為生物化學(xué)領(lǐng)域的熱點(diǎn)研究之一[15-17]. 咔咯錳配合物的活性中心Mn原子具有良好的氧化還原特性，在結(jié)合DNA、催化氧化DNA斷裂等方面表現(xiàn)出較好的化學(xué)生物活性. 為了從分子水平深入探究咔咯錳配合物和DNA的相互作用機(jī)制及構(gòu)效關(guān)系，本文對(duì)(TPFC)Mn(Ⅲ)與DNA的堿基以及堿基對(duì)的軸向配位性質(zhì)進(jìn)行理論計(jì)算，為實(shí)驗(yàn)研究提供新的理論依據(jù).

1 計(jì)算方法

DNA的雙鏈結(jié)構(gòu)非常復(fù)雜，因此本文將DNA雙鏈結(jié)構(gòu)分解，選取DNA的4個(gè)堿基片段：腺嘌呤(Adenine，A)、鳥嘌呤(Guanine，G)、胞嘧啶(Cytosine，C)、胸腺嘧啶(Thymine，T)，對(duì)(TPFC)Mn(Ⅲ)與4種堿基以及A=T、C≡G堿基對(duì)的軸向配位性質(zhì)進(jìn)行理論研究，均以1∶1的數(shù)量比進(jìn)行配位. 實(shí)驗(yàn)研究發(fā)現(xiàn)，金屬咔咯與DNA的主要結(jié)合模式為插入結(jié)合和外部結(jié)合，因此設(shè)計(jì)了10種(TPFC)Mn(Ⅲ)與A、T、C、G堿基軸向配位的分子模型以及12種(TPFC)Mn(Ⅲ)與A=T、C≡G堿基對(duì)軸向配位的分子模型，主要涉及插入結(jié)合和外部結(jié)合2種結(jié)合模式.

本課題組的前期研究[18-19]對(duì)(TPFC)Mn(Ⅲ)的理論計(jì)算發(fā)現(xiàn)其基態(tài)是五重態(tài)，結(jié)構(gòu)最穩(wěn)定，故本文研究的所有分子模型均在五重態(tài)下進(jìn)行全優(yōu)化計(jì)算，所有配合物均采用DFT/B3LYP方法進(jìn)行計(jì)算，其中非金屬元素(C、N、F、H、O)采用6-31G**基組，金屬元素(Mn)采用LanL2DZ 基組[20]，分子的NPA電荷、韋伯鍵級(jí)(Wiberg bond Index,WI)、二級(jí)微擾穩(wěn)定化能等均采用Gaussian 03(Revision D.01版)的NBO[21]程序計(jì)算. 所有分子的計(jì)算過程均采用Gaussian 03程序[22].

2 結(jié)果與討論

2.1 (TPFC)Mn(Ⅲ)和堿基的軸向配位性質(zhì)

DNA的4種堿基結(jié)構(gòu)以及與(TPFC)Mn(Ⅲ)的軸向配位模型見圖1，其中，以G的2個(gè)N原子(1、2號(hào))及O原子(3號(hào))、A的3個(gè)N原子(1、2、3號(hào))、C的N原子(1號(hào))和O原子(2號(hào))、T的2個(gè)O原子(1、2號(hào))作為配位原子和(TPFC)Mn(Ⅲ)配位. 根據(jù)每個(gè)堿基的配位原子編號(hào)，將本文所設(shè)計(jì)的A、C、G、T和(TPFC)Mn(Ⅲ)軸向配位的10個(gè)模型分子，依次命名為GN1、GN2、GO3、AN1、AN2、AN3、CN1、CO2、TO1和TO2(優(yōu)化幾何結(jié)構(gòu)見圖2),各個(gè)配合物的頻率計(jì)算均無虛頻，結(jié)構(gòu)穩(wěn)定，對(duì)應(yīng)的幾何參數(shù)見表1.

圖1 A、C、G、T和(TPFC)Mn(Ⅲ)(L)的分子結(jié)構(gòu)

圖2 (TPFC)Mn(Ⅲ)(L)的優(yōu)化幾何結(jié)構(gòu)

表1 (TPFC)Mn(Ⅲ)(L)的部分幾何結(jié)構(gòu)參數(shù)和結(jié)合能Table 1 The selected geometrical parameters and binding energy of (TPFC)Mn(Ⅲ)(L)

Mn偏離咔咯平面環(huán)的程度越大，越向堿基靠近，(TPFC)Mn(Ⅲ)和堿基的配位結(jié)合越強(qiáng)，dMn-4N由0.032 7 nm(CO2)降至0.024 4 nm(GN2)；配位鍵鍵長(zhǎng)dMn-L越短，結(jié)合能ΔE的絕對(duì)值越大，配合物的結(jié)構(gòu)越穩(wěn)定，堿基和(TPFC)Mn(Ⅲ)的配位能力越強(qiáng)，配位鍵鍵長(zhǎng)dMn-L從0.217 3 nm(CO2)增至的0.247 2 nm(GN2)，ΔE從-68.39 kJ/mol(CO2)降至的-36.17 kJ/mol(GN2)；因此在(TPFC)Mn(Ⅲ)(L)中，配位能力由大到小為：CO2、GO3、TO2、TO1、AN3、AN2、AN1、GN1、CN1、GN2，且堿基上的O原子和Mn原子的結(jié)合能力更強(qiáng).

電荷轉(zhuǎn)移是化學(xué)反應(yīng)的基本過程，根據(jù)自然電荷布局分析(表2)，ΔQL為堿基與(TPFC)Mn(Ⅲ)配位前后電荷的變化量(堿基與(TPFC)Mn(Ⅲ)配位前電荷為0)，ΔQL越大，堿基向(TPFC)Mn(Ⅲ)轉(zhuǎn)移的電子就越多，堿基與(TPFC)Mn(Ⅲ)的配位作用越強(qiáng)，因此配位能力由大到小為：CO2、TO2(或CN1)、GO3、GN1、AN3、AN2、AN1、TO1、GN2，與前面所得結(jié)論不一致. 為了深入探討以上結(jié)論不一致的原因，引入韋伯鍵級(jí)WIMn-L作為輔助依據(jù)(表2)判斷堿基和(TPFC)Mn(Ⅲ)之間的配位性質(zhì)，WIMn-L越大，堿基和(TPFC)Mn(Ⅲ)的配位作用越強(qiáng). 由此可判斷(TPFC)Mn(Ⅲ)和堿基之間的結(jié)合能力由大到小依次為：CO2、GO3、TO2、TO1、AN3、AN2、AN1、GN1、CN1、GN2，與前面結(jié)構(gòu)參數(shù)和結(jié)合能所得結(jié)論一致.

表2 (TPFC)Mn(Ⅲ)(L)的NPA電荷和韋伯鍵級(jí)Table 2 The NPA charge and Wiberg bond Index (WI) of (TPFC)Mn(Ⅲ)(L)

為理解(TPFC)Mn(Ⅲ)的Mn原子和堿基配位原子的軌道作用情況，對(duì)其進(jìn)行二級(jí)微擾穩(wěn)定化能(E(2))分析(表3)，主要包括配位原子的孤對(duì)電子軌道(LP(N)或LP(O))與Mn原子的空電子軌道(LP*Mn)的作用. 由表3可知，ΣE(2)是α和β軌道的E(2)之和，但主要由β軌道的E(2)貢獻(xiàn). 配合物GO3中β軌道的E(2)由LP(L)對(duì)LP*(Mn,4s)和π*(O—Mn)的作用組成(π*(O—Mn)是堿基G的配位氧原子和(TPFC)Mn(Ⅲ)之間形成的O—Mn鍵π反鍵軌道)，其它分子的α和β軌道的E(2)都由LP(L)對(duì)LP*(Mn,4s)的作用組成. ΣE(2)越大，配位原子和Mn原子之間的相互作用越強(qiáng)，即(TPFC)Mn(Ⅲ)和堿基之間的結(jié)合越強(qiáng). ΣE(2)由186.98 kJ/mol(CO2)降至82.34 kJ/mol(GN2)，ΣE(2)由大到小的順序?yàn)椋篊O2、GO3、TO2、TO1、AN3、AN2、AN1、GN1、CN1、GN2，與結(jié)構(gòu)參數(shù)、結(jié)合能以及WIMn—L數(shù)據(jù)分析的結(jié)論一致.

綜上所述，DNA的4個(gè)堿基都可以單獨(dú)與(TPFC)Mn(Ⅲ)進(jìn)行軸向配位，(TPFC)Mn(Ⅲ) 和堿基之間的結(jié)合由強(qiáng)到弱為：CO2、GO3、TO2、TO1、AN3、AN2、AN1、GN1、CN1、GN2，每個(gè)堿基的配位能力都會(huì)因自身獨(dú)特的結(jié)構(gòu)而不同. 當(dāng)以同一堿基的不同原子作為配位原子時(shí)，堿基上的O原子和Mn原子的結(jié)合能力最強(qiáng)；對(duì)不同的堿基而言，當(dāng)以O(shè)原子配位時(shí)，(TPFC)Mn(Ⅲ)與C的結(jié)合最強(qiáng)，與T的結(jié)合最弱；當(dāng)以N原子配位時(shí)，(TPFC)Mn(Ⅲ)與A的結(jié)合最強(qiáng).

表3 (TPFC)Mn(Ⅲ)(L)的二級(jí)微擾穩(wěn)定化能

2.2 (TPFC)Mn(Ⅲ)和堿基對(duì)的軸向配位性質(zhì)

在(TPFC)Mn(Ⅲ)與DNA堿基的軸向配位性質(zhì)理論研究的基礎(chǔ)上，對(duì)(TPFC)Mn(Ⅲ)與A=T、C≡G堿基對(duì)的軸向配位性質(zhì)進(jìn)行理論研究，分子模型見圖3，幾何優(yōu)化結(jié)構(gòu)見圖4，依次命名為AT1、AT2、AT3、AT4、AT5、AT6、GC1、GC2、GC3、GC4、GC5和GC6，AT1～AT6是A=T與(TPFC)Mn(Ⅲ)的配合物，GC1～GC6是C≡G與(TPFC)Mn(Ⅲ)的配合物. 在AT1～AT4及GC6中，堿基對(duì)在(TPFC)Mn(Ⅲ)平面的上方，近似于平行，表現(xiàn)為外部結(jié)合模式，AT1和AT2的2個(gè)堿基發(fā)生了扭曲，不再處于同一個(gè)平面上. 在AT5、AT6、GC1～GC5中，(TPFC)Mn(Ⅲ)插入堿基對(duì)之間，A、T(或G、C)分布在(TPFC)Mn(Ⅲ)平面的兩側(cè)，堿基對(duì)之間的氫鍵被破壞.

圖3 (TPFC)Mn(Ⅲ)(A=T)和(TPFC)Mn(Ⅲ)(C≡G)的分子結(jié)構(gòu)

圖4 (TPFC)Mn(Ⅲ)與DNA堿基對(duì)的優(yōu)化幾何結(jié)構(gòu)

(TPFC)Mn(Ⅲ)(A=T)配合物的部分結(jié)構(gòu)參數(shù)和結(jié)合能ΔE見表4. 當(dāng)(TPFC)Mn(Ⅲ)與A=T以外部結(jié)合模式形成配合物(AT1～AT4)時(shí)，由配位鍵鍵長(zhǎng)dMn—O或dMn—N可知，AT1～AT3均形成有效配位，其配位鍵長(zhǎng)分別為0.238 7、0.248 5、0.232 1 nm，AT4未形成有效配位. AT1～AT3的結(jié)合能ΔE分別為-3.65、-12.72、-16.64 kJ/mol，且在AT2和AT3中(TPFC)Mn(Ⅲ)均與A配位，說明在(TPFC)Mn(Ⅲ)以外部結(jié)合模式與A=T結(jié)合時(shí)，A的配位能力強(qiáng)于T.

當(dāng)以插入結(jié)合模式形成配合物AT5、AT6時(shí)，均形成有效配位，A和T分別以N原子和O原子作為配位原子. 在AT5中，配位鍵長(zhǎng)dMn—O和dMn—N分別為0.261 3、0.253 2 nm，在AT6中，dMn—O和dMn—N分別為0.264 1、0.2564 nm. 通過比較，dMn—O

表4 (TPFC)Mn(Ⅲ)(A=T)的部分幾何結(jié)構(gòu)參數(shù)和結(jié)合能Table 4 The selected geometrical parameters and binding energy of (TPFC)Mn(Ⅲ)(A=T)

(TPFC)Mn(Ⅲ)(C≡G)配合物的部分結(jié)構(gòu)參數(shù)和結(jié)合能ΔE見表5，當(dāng)(TPFC)Mn(Ⅲ)與C≡G以插入結(jié)合模式形成配合物(GC1至GC5)時(shí)，C和G均分布在(TPFC)Mn(Ⅲ)的兩側(cè)，但不能同時(shí)與(TPFC)Mn(Ⅲ)配位；在GC1和GC2中均為(TPFC)Mn(Ⅲ)直接和G的配位，配位鍵長(zhǎng)分別為0.220 4、0.220 2 nm；在GC3、GC4和GC5中均為(TPFC)Mn(Ⅲ)直接與C的配位，配位鍵長(zhǎng)分別為0.243 9、0.243 4、0.221 1 nm，且(TPFC)Mn(Ⅲ)與G的|ΔE|均大于與C的|ΔE|，由此可知在插入結(jié)合方式中G的配位能力強(qiáng)于C. 而以外部結(jié)合時(shí)，在AT6中C≡G和(TPFC)Mn(Ⅲ)不能有效配位，且結(jié)構(gòu)不穩(wěn)定，因此(TPFC)Mn(Ⅲ)和C≡G的作用以插入結(jié)合方式為主.

表5 (TPFC)Mn(Ⅲ)(C≡G)的部分幾何結(jié)構(gòu)參數(shù)和結(jié)合能Table 5 The selected geometrical parameters and binding energy of (TPFC)Mn(Ⅲ)(C≡G)

在(TPFC)Mn(Ⅲ)與堿基對(duì)配位形成的配合物中，選取穩(wěn)定性較好的配合物作為代表進(jìn)行NPA分析(表6)，即對(duì)AT1、AT3、AT5、GC1、GC4和GC5進(jìn)行分析討論. 在A=T堿基對(duì)中，外部結(jié)合的AT1和AT3分別是堿基T和A與(TPFC)Mn(Ⅲ)配位，AT3的ΔQL大于AT1，且AT3的ΔQA(0.156 e)大于AT1的ΔQT(0.120 e)，說明A的配位能力強(qiáng)于T；在插入結(jié)合中，AT5是A和T同時(shí)與(TPFC)Mn(Ⅲ)配位，ΔQA(0.130 e)大于ΔQT(0.111 e)，可知在A=T堿基對(duì)中，A的配位能力強(qiáng)于T. 在C≡G堿基對(duì)中，對(duì)于GC1、GC4、GC5分別是G、C、C與(TPFC)Mn(Ⅲ)配位，各配位堿基電荷轉(zhuǎn)移量分別為0.192 e、0.140 e、0.156 e，可知在C≡G堿基對(duì)中，G的配位能力強(qiáng)于C.

表6 (TPFC)Mn(Ⅲ)(A=T)和(TPFC)Mn(Ⅲ)(C≡G)的NPA電荷Table 6 The NPA charge of (TPFC)Mn(Ⅲ)(A=T) and (TPFC)Mn(Ⅲ)(C≡G)

QA、QT是形成A=T堿基對(duì)后A與T的電荷，QG、QC是形成C≡G堿基對(duì)后G與C的電荷，在配位之前，QA、QT、QG和QC分別為0.019 e、-0.019 e、-0.055 e和0.055 e.

3 結(jié)論

采用DFT/B3LYP 的方法對(duì)(TPFC)Mn(Ⅲ)與DNA的4種堿基以及堿基對(duì)的軸向配位性質(zhì)進(jìn)行理論研究. 計(jì)算結(jié)果表明：以相同堿基的不同原子作為配位原子時(shí)，堿基上的O原子與(TPFC)Mn(Ⅲ)配位能力最強(qiáng)；對(duì)不同的堿基而言，當(dāng)配位原子為O原子時(shí)，(TPFC)Mn(Ⅲ)與C的結(jié)合最強(qiáng)，與T的結(jié)合最弱；當(dāng)配位原子為N原子時(shí)，(TPFC)Mn(Ⅲ)與A的結(jié)合最強(qiáng). 對(duì)比研究與A=T和C≡G堿基對(duì)軸向配位的結(jié)果表明：(TPFC)Mn(Ⅲ)主要以插入方式與A=T和C≡G結(jié)合；對(duì)于A=T堿基對(duì)，A的配位能力強(qiáng)于T；對(duì)于C≡G堿基對(duì)，G的配位能力強(qiáng)于C.