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基于rbcL序列的大麻鑒定

2021-06-17 14:00夏若成張曉春王笑笑楊琪陳沖于歡屈軼齡王紫薇施妍向平張素華李成濤
法醫(yī)學(xué)雜志 2021年2期
關(guān)鍵詞:相似性大麻位點(diǎn)

夏若成,張曉春,王笑笑,楊琪,陳沖,于歡,屈軼齡,王紫薇,施妍,向平,張素華,李成濤

1.溫州醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院法醫(yī)學(xué)系,浙江 溫州 325235;2.司法鑒定科學(xué)研究院 上海市法醫(yī)學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 司法部司法鑒定重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 上海市司法鑒定專業(yè)技術(shù)服務(wù)平臺(tái),上海 200063;3.蘇州大學(xué)醫(yī)學(xué)部法醫(yī)學(xué)系,江蘇 蘇州 215123;4.山西醫(yī)科大學(xué)法醫(yī)學(xué)院,山西 太原 030001;5.西安交通大學(xué)醫(yī)學(xué)部法醫(yī)學(xué)院,陜西 西安710061

大麻(Cannabis sativaL.)是大麻科(Cannabaceae)大麻屬(Cannabis)一年生雌雄異株的草本植物,且大麻屬中只有大麻一個(gè)物種,主要分布于歐洲、非洲和亞洲的印度、尼泊爾、中國(guó)等地區(qū),是地球上最古老的栽培作物之一[1]。大麻纖維是良好的紡織和造紙?jiān)?,植株?nèi)含有的四氫大麻酚(tetrahydrocannabinol,THC)被廣泛應(yīng)用于醫(yī)藥衛(wèi)生領(lǐng)域,其種子富含人體易吸收的蛋白質(zhì)、不飽和脂肪酸以及微量元素等多種營(yíng)養(yǎng)成分,已成為許多國(guó)家重要的經(jīng)濟(jì)作物。然而,由于大麻的花和葉中含有THC 這個(gè)具有強(qiáng)烈成癮性和麻醉性的致幻成分,已被聯(lián)合國(guó)禁毒公約列為與海洛因、可卡因并列的三大毒品之一[2],大麻也是全球范圍內(nèi)種植、生產(chǎn)、販賣和吸食最廣泛的毒品。近年來(lái),受到國(guó)際上一些國(guó)家和地區(qū)大麻合法化的影響,我國(guó)吸食和濫用大麻的人數(shù)持續(xù)上升,跨國(guó)販賣大麻案件日益增多。因此,如何對(duì)大麻進(jìn)行快速、準(zhǔn)確的司法鑒定已然成為迫切的社會(huì)需求。

目前常規(guī)的大麻鑒定方法主要是進(jìn)行形態(tài)學(xué)和化學(xué)成分的分析。然而,在一些案件中,大麻經(jīng)過(guò)加工或與煙葉等混在一起,導(dǎo)致從形態(tài)上無(wú)法識(shí)別。對(duì)于大麻化學(xué)成分的分析,多采用氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用(gas chromatography-mass spectrometry,GC-MS)法檢測(cè)生物檢材中是否含有THC 并確定其含量,但GCMS 法分析大麻化學(xué)成分需要大量的樣本,且樣本必須是新鮮的,因?yàn)樵陉惻f樣本中THC 很容易被氧化[2]。此外,THC 的含量會(huì)受大麻植株的年齡、大小以及種植環(huán)境影響[3]。

隨著分子生物學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展,在DNA 水平上對(duì)物種進(jìn)行鑒定成為一種新的技術(shù)手段。DNA 條形碼技術(shù)是針對(duì)特定物種篩選出短而標(biāo)準(zhǔn)的DNA 片段作為標(biāo)記來(lái)實(shí)現(xiàn)快速、準(zhǔn)確、自動(dòng)化的物種鑒定[4],該技術(shù)一經(jīng)提出就被廣泛應(yīng)用于動(dòng)物、植物及微生物的物種鑒定。rbcL 序列作為鑒定陸生植物的通用條形碼之一[5],由編碼區(qū)與非編碼區(qū)組成,非編碼區(qū)具有高度保守序列,有助于通用引物的設(shè)計(jì)。同時(shí),rbcL序列在GenBank 數(shù)據(jù)庫(kù)中擁有大量不同物種的數(shù)據(jù),這使得檢測(cè)后的序列比對(duì)有據(jù)可依。FAZEKAS 等[6]采用4 對(duì)引物對(duì)251 個(gè)樣本進(jìn)行rbcL 全序列測(cè)定分析,發(fā)現(xiàn)擴(kuò)增及測(cè)序成功率可達(dá)100%,但rbcL 序列全長(zhǎng)約1 400 bp,實(shí)驗(yàn)繁瑣,數(shù)據(jù)分析工作量大,因此KRESS 等[7]建議選取rbcL 部分序列作為DNA 條形碼進(jìn)行物種鑒定。許貞等[8]基于rbcL 部分序列對(duì)天南星藥材及其常見(jiàn)混偽品進(jìn)行鑒定,結(jié)果表明,rbcL 部分序列可以對(duì)天南星及其混偽品快速、準(zhǔn)確地鑒別。

YANG 等[9]研究表明,大麻與葎草屬親緣關(guān)系最近,為評(píng)估rbcL 序列的鑒別能力,本研究收集了大麻及葎草屬(Humulus)植物樣本,擴(kuò)增并測(cè)定葉綠體DNA rbcL 序列中628~1 361 bp 片段[10],對(duì)測(cè)定序列進(jìn)行BLAST 相似性檢索,并與GenBank 數(shù)據(jù)庫(kù)下載的大麻科植物的rbcL 序列進(jìn)行遺傳距離、中介網(wǎng)絡(luò)與系統(tǒng)聚類分析,旨在對(duì)rbcL 序列的檢測(cè)及鑒別性能進(jìn)行評(píng)估,判斷其是否適宜成為鑒定大麻的遺傳標(biāo)記。

1 材料與方法

1.1 樣本

檢測(cè)樣本:本研究共收集來(lái)自62 份大麻、10 份啤酒花(Humulus lupulus)、10份葎草(Humulus scandens)的葉片組織。其中大麻樣本(編號(hào)為DM001~DM062)由司法鑒定科學(xué)研究院法醫(yī)毒物化學(xué)研究室提供,經(jīng)GC-MS 法檢測(cè)為大麻;葎草屬的2 個(gè)物種啤酒花(編號(hào)為HL01~HL10)和葎草(編號(hào)為HS01~HS10)分別購(gòu)自新疆和安徽。

數(shù)據(jù)樣本:從GenBank 數(shù)據(jù)庫(kù)中下載大麻科10 個(gè)屬[9]48 個(gè)物種的rbcL 序列,每個(gè)物種選擇1~4 條序列,共篩選出96 條序列(附表1)。為了比較不同地區(qū)大麻rbcL 序列間的差異,從GenBank 數(shù)據(jù)庫(kù)中下載6 條產(chǎn)自不同地區(qū)的大麻rbcL 序列(JN040400、JN040401、AJ390068、AJ402933、AF500344、KF250351)。

1.2 DNA提取與定量

針對(duì)檢測(cè)樣本,取30 mg 風(fēng)干葉片組織,用75%乙醇溶液和超純水洗滌數(shù)次,加入液氮充分研磨后,采用DNeasy Plant Pro 試劑盒(德國(guó)Qiagen 公司)進(jìn)行DNA 提取,具體步驟參照試劑盒操作說(shuō)明書(shū),并用Epoch 超微量微孔板分光光度計(jì)(美國(guó)BioTek 公司)測(cè)定DNA 的純度及濃度。

1.3 PCR擴(kuò)增與測(cè)序

采用rbcL 序列通用引物[9]進(jìn)行DNA 擴(kuò)增,其中正向引物序列為:5′-CCATTYATGCGTTGGAGAGA TCG-3′;反向引物序列為:5′-TCAGGACTCCACTTA CTAGCTTCACG-3′。構(gòu)建及優(yōu)化后的PCR 反應(yīng)體系為15 μL,包含:2×Multiplex PCR Master Mix 7.5 μL,5×Q-Solution 1.5 μL,去離子水4 μL,正、反向引物混合物(10 μmol/L)1 μL,模板DNA(1 ng/μL)1 μL。PCR 反應(yīng)在9700 型PCR 儀(美國(guó)Applied Biosystems公司)上進(jìn)行,優(yōu)化后的PCR 擴(kuò)增條件為:95 ℃預(yù)變性15 min;94 ℃變 性30 s,53 ℃退火90 s,72 ℃延伸90 s,共30 個(gè)循環(huán);60 ℃終延伸60 min。PCR 產(chǎn)物用2%瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳檢測(cè),選取在預(yù)期位置上出現(xiàn)的單一、清晰、明亮、無(wú)拖尾的條帶,純化回收后將測(cè)序產(chǎn)物在3730xlDNA 測(cè)序儀(美國(guó)Applied Biosystems 公司)上進(jìn)行雙向Sanger 測(cè)序。

1.4 數(shù)據(jù)處理

使用DNAMAN v6.0 軟件(美國(guó)Lynnon Biosoft 公司)及Chromas Lite v2.01 軟件(澳大利亞Technelysium 公司)對(duì)測(cè)序峰圖進(jìn)行校對(duì)拼接,去除低質(zhì)量序列及引物區(qū),獲得rbcL序列信息?;贜CBI中BLAST工具(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)進(jìn)行核酸序列相似性檢索,采用MEGA X 在線軟件(https://www.megasoftware.net/)進(jìn)行序列比對(duì)及變異位點(diǎn)分析,對(duì)大麻科96 條序列進(jìn)行多重比對(duì),同時(shí)基于Kimura-2-Parameter(K2P)模型計(jì)算種內(nèi)及種間遺傳距離,運(yùn)用中介鄰接網(wǎng)絡(luò)(median-joining network,MJ)法構(gòu)建中介網(wǎng)絡(luò)圖,并基于鄰接法(neighbourjoining,NJ)構(gòu)建系統(tǒng)聚類樹(shù),同時(shí)以bootstrap(自展支持率1 000 次)重復(fù)檢驗(yàn)各分支的支持率。

2 結(jié)果

2.1 擴(kuò)增結(jié)果

經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),以DNA Ladder 2000(中國(guó)Novoprotein 公司)為分子量標(biāo)準(zhǔn),82 份樣本的擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度均在500~750 bp,且條帶單一、清晰、明亮、無(wú)拖尾,表明82 份樣本的rbcL 序列擴(kuò)增成功率為100%。

2.2 大麻序列分析

2.2.1 BLAST比對(duì)

對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行Sanger 測(cè)序,62 份大麻樣本測(cè)序所得序列長(zhǎng)度均為617 bp,僅在90 bp 處發(fā)現(xiàn)一個(gè)單一多態(tài)性變異位點(diǎn)。20 份葎草屬樣本測(cè)序所得序列長(zhǎng)度均為649 bp,其中10 份啤酒花rbcL 序列完全一致,無(wú)變異位點(diǎn);10 份葎草rbcL 序列也完全一致,無(wú)變異位點(diǎn)。

將測(cè)序所得的大麻rbcL 序列進(jìn)行BLAST 相似性檢索,與GenBank 數(shù)據(jù)庫(kù)中大麻的rbcL 序列(MH118118、KY419963、JN040400、MW013540、KY084475、KT458035、KR779995、KR184827、NC_027223和NC_026562)相似性為100%。啤酒花和葎草樣本的BLAST 檢索結(jié)果顯示其屬于葎草屬,其中測(cè)序所得的啤酒花rbcL 序列與GenBank 數(shù)據(jù)庫(kù)中啤酒花的rbcL序列(MG573060、KT266264、KM360825)相似性為100%,測(cè)序所得的葎草rbcL 序列與Gen-Bank 數(shù)據(jù)庫(kù)中葎草的rbcL 序列(KC539684)相似性為100%。結(jié)果表明,通過(guò)對(duì)rbcL 序列進(jìn)行BLAST 相似性分析可以初步鑒定大麻及葎草屬樣本。

2.2.2 變異位點(diǎn)分析

62 例大麻樣本測(cè)序所得rbcL 序列與從GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中下載的6 條產(chǎn)自不同地區(qū)的大麻rbcL 序列(JN040400、JN040401、AJ390068、AJ402933、AF500344、KF250351)進(jìn)行比對(duì),共發(fā)現(xiàn)2 個(gè)單一多態(tài)性變異位點(diǎn)(分別在90 bp 和350 bp 處)。由于葉綠體DNA 常被看作是獨(dú)立的遺傳單位,在細(xì)胞分裂時(shí)很少發(fā)生重組[11],因此根據(jù)這2 個(gè)變異位點(diǎn)劃分了3 種單倍型,分別命名為Haplotype A(HA)型、Haplotype B(HB)型和Haplotype C(HC)型(表1)。本研究大麻樣本中共檢測(cè)到2 種單倍型,其中HA 型57 例(91.94%),HB 型5 例(8.06%),未檢測(cè)到HC 型。下載的6 條序列中,源自中國(guó)的大麻樣本為HB 型,英國(guó)和美國(guó)的大麻樣本均為HC 型,巴西的大麻樣本為HA 型。

表1 大麻變異位點(diǎn)與單倍型Tab.1 Variation sites and haplotypes of Cannabis sativa L.

2.3 大麻與大麻科其他物種間的序列分析

2.3.1 遺傳距離分析

通過(guò)對(duì)62 份大麻樣本測(cè)序所得序列和從Gen-Bank 數(shù)據(jù)庫(kù)中下載的大麻科96 條序列進(jìn)行分析,并使用MEGA X 軟件選擇K2P 模型計(jì)算種內(nèi)及種間遺傳距離。結(jié)果(附表2)顯示,大麻種內(nèi)不同樣本的遺傳距離為0~0.004 9,而大麻與其他92 個(gè)非大麻物種之間的最小遺傳距離為0.012 9(大麻與啤酒花),即大麻的最小種間遺傳距離大于種內(nèi)遺傳距離。此外,屬間遺傳距離(表2)顯示,大麻屬與葎草屬的遺傳距離最小,為0.016 7,表明與其親緣關(guān)系最近。

表2 大麻科屬間的K2P遺傳距離Tab.2 K2P genetic distance between genera of Cannabaceae

2.3.2 中介網(wǎng)絡(luò)分析

基于大麻科不同物種間的堿基變異位點(diǎn),本研究運(yùn)用中介鄰接網(wǎng)絡(luò)法構(gòu)建中介網(wǎng)絡(luò)圖,用于顯示序列信息并評(píng)估rbcL 序列鑒別大麻的能力。由圖1 可以看出,大麻可以很好地與其他大麻科物種進(jìn)行分離,包括與大麻親緣關(guān)系最近的葎草屬,且大麻樣本也明顯地分為3 個(gè)小群,這與變異位點(diǎn)分析中將不同大麻樣本劃分為3 種單倍型(HA 型、HB 型和HC 型)的結(jié)果相吻合。

2.3.3 系統(tǒng)聚類樹(shù)分析

基于大麻科96 條rbcL 序列,通過(guò)鄰接法構(gòu)建系統(tǒng)聚類樹(shù)。如圖2 所示,構(gòu)建的系統(tǒng)聚類樹(shù)主要分為7 支,大麻與葎草屬聚為一支,在該分支中大麻與葎草屬各自聚成一個(gè)單系群(bootstrap 99%),表明盡管大麻與葎草屬親緣關(guān)系最近,但rbcL 序列能夠?qū)⒋舐榕c葎草屬進(jìn)行有效區(qū)分。上述結(jié)果表明,rbcL 序列可用于大麻及其他大麻科物種間的鑒別。

圖2 基于rbcL序列構(gòu)建的大麻科系統(tǒng)聚類樹(shù)Fig.2 System clustering tree of Cannabaceae based on rbcL sequence

3 討論

目前,大麻常規(guī)的鑒定方法為利用GC-MS 法檢測(cè)植株內(nèi)THC 含量是否高于0.5%[12]。然而,大麻植株在不同的發(fā)育階段及受到光照時(shí)間、環(huán)境溫度、土壤濕度等環(huán)境因子的影響,其植株內(nèi)的THC 含量會(huì)發(fā)生改變[13],并且THC 在陳舊樣本中很容易被氧化導(dǎo)致THC 含量降低,這些因素增加了利用GC-MS 法對(duì)大麻進(jìn)行成功鑒定的困難。DNA 條形碼技術(shù)作為一種新的分子鑒定技術(shù),與傳統(tǒng)的物種鑒定方法相比,具有準(zhǔn)確性高、效率高以及不受環(huán)境、個(gè)體發(fā)育和人為因素影響等優(yōu)勢(shì),已被廣泛應(yīng)用于動(dòng)植物以及微生物的物種鑒定。宋炳軻等[14-15]利用psbA-trnH 和ITS2序列對(duì)大麻及其混偽品進(jìn)行鑒別,結(jié)果顯示,psbAtrnH 和ITS2 序列可以準(zhǔn)確地鑒別大麻及其混偽品。

目前業(yè)內(nèi)廣泛認(rèn)為rbcL 序列相比于其他條形碼具有易于擴(kuò)增及測(cè)序的優(yōu)點(diǎn)[16],適用于物種鑒定,而國(guó)內(nèi)對(duì)于大麻rbcL序列的研究較少。本研究設(shè)計(jì)的檢測(cè)體系可對(duì)大麻及葎草屬樣本中rbcL序列進(jìn)行成功擴(kuò)增。將測(cè)序獲得的大麻rbcL 序列進(jìn)行BLAST 相似性檢索,結(jié)果顯示,本研究中的大麻測(cè)序數(shù)據(jù)與GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中收錄的部分大麻的rbcL 序列相似性高達(dá)100%,可初步確定62 份實(shí)驗(yàn)檢材均為大麻樣本。

本研究從GenBank 數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選了96 條大麻科rbcL 序列(來(lái)自10 個(gè)屬48 個(gè)物種),其中的4 條大麻rbcL 序列包含了2.2.2 節(jié)所述3 種單倍型。對(duì)96 條大麻科rbcL 序列進(jìn)行遺傳距離分析,結(jié)果顯示,大麻種內(nèi)不同樣本間最大遺傳距離為0.004 9,小于大麻與非大麻物種之間的最小遺傳距離(0.012 9,出現(xiàn)在大麻與啤酒花之間),表明rbcL 序列有足夠的序列差異性來(lái)區(qū)分大麻與大麻科其他物種,證明了rbcL 序列鑒別大麻及其近緣物種的可行性。中介網(wǎng)絡(luò)分析也顯示了相同的結(jié)果?;谙到y(tǒng)聚類樹(shù)的分析顯示大麻與葎草屬聚為一支,表明大麻與葎草屬親緣關(guān)系最近,這與2.3.1 節(jié)中大麻與葎草屬的遺傳距離最小相吻合。盡管大麻與葎草屬親緣關(guān)系最近,系統(tǒng)聚類樹(shù)結(jié)果顯示rbcL 序列仍然可以準(zhǔn)確地將大麻與葎草屬區(qū)分開(kāi),這為在實(shí)踐中依據(jù)rbcL 序列區(qū)分大麻與葎草屬提供了可能。

此外,本研究對(duì)產(chǎn)自中國(guó)、英國(guó)、美國(guó)和巴西4 個(gè)地區(qū)的大麻樣本進(jìn)行了序列分析,發(fā)現(xiàn)在2 個(gè)位置上出現(xiàn)了單一多態(tài)性變異位點(diǎn),總計(jì)3 種單倍型,其中源自中國(guó)的大麻單倍型為HA 型和HB 型,英國(guó)與美國(guó)大麻具有相同的單倍型HC 型,巴西大麻單倍型為HA 型,進(jìn)一步研究大麻產(chǎn)地與單倍型之間的關(guān)系將有助于跨國(guó)販毒案件的追蹤與調(diào)查。

綜上所述,本研究基于rbcL序列對(duì)大麻進(jìn)行鑒定,結(jié)果表明,基于rbcL 序列所構(gòu)建的BLAST 相似性檢索聯(lián)合系統(tǒng)聚類樹(shù)法,可為法醫(yī)學(xué)大麻種屬鑒定提供一種可靠、便捷的檢測(cè)手段,有助于警方打擊販毒集團(tuán)及個(gè)人。rbcL 序列可以作為鑒定大麻的DNA 條形碼,今后仍需要收集更多地區(qū)的大麻進(jìn)行研究,擴(kuò)充數(shù)據(jù)庫(kù),使不同地區(qū)販毒案件的毒源追蹤成為可能。

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