麥榮嘉 黃研 馬丹娟 鄧文喻
廣東省婦幼保健院,廣州 510010
肺炎支原體(mycoplasma pneumoniae,MP)是一種無(wú)細(xì)胞壁、形態(tài)呈高度多樣性、能通過(guò)除菌濾器、能在無(wú)生命培養(yǎng)基中生長(zhǎng)繁殖的最小原核細(xì)胞型微生物。MP是呼吸道感染常見(jiàn)的病原體,全年均可致病,以秋冬季節(jié)發(fā)病為主,有一定流行趨勢(shì),不同地域、季節(jié)發(fā)病率不一,好發(fā)于兒童、青少年[1]。MP感染具有較高的發(fā)病率和臨床意義,但仍是一種被低估的疾?。?]。為了更好地了解MP的流行狀況,分子生物學(xué)分型是監(jiān)測(cè)和調(diào)查的有效方法。目前,快速循環(huán)聚合酶鏈反應(yīng)(rapid-cycle polymerase chain reaction polymerase chain reaction,Rapid-Cycle PCR)能快速、高效地對(duì)MP進(jìn)行臨床分型[3]。近年來(lái),獲得性呼吸窘迫綜合征毒素(community acquired respiratory distress syndrome toxin,CARDSTX)的發(fā)現(xiàn),為MP感染引發(fā)免疫損傷提供有力證據(jù)[4-5]。目前國(guó)內(nèi)對(duì)MPCARDSTX罕有報(bào)道[6],而CARDSTX基因序列的研究未見(jiàn)報(bào)道。因此,本研究擬檢測(cè)本院2019年兒童急性呼吸道感染患者M(jìn)P的感染率,并用Rapid-Cycle PCR對(duì)MP臨床菌株進(jìn)行P1基因分型,了解本地區(qū)MP的流行情況;同時(shí)運(yùn)用PCR擴(kuò)增CARDSTX基因,比對(duì)分析標(biāo)準(zhǔn)株M129型與臨床株的CARDS基因序列,了解臨床MP的CARDSTX基因序列保守性。
1.1 材料 實(shí)驗(yàn)保存的標(biāo)準(zhǔn)菌株M129型(ATCC29342)。支原體液體培養(yǎng)基CM403購(gòu)自美國(guó)Invitrogen公司。
1.2 MP臨床菌株的分離培養(yǎng)和DNA提取
1.2.1 臨床MP的鑒定 本實(shí)驗(yàn)通過(guò)收集2019年本院臨床診斷為急性呼吸道感染的住院患兒咽拭子標(biāo)本165例,使用Real-time PCR鑒定MP臨床菌株。使用達(dá)安基因公司的肺炎支原體核酸檢測(cè)試劑盒DNA,嚴(yán)格按試劑說(shuō)明書(shū)進(jìn)行操作。
1.2.2 MP臨床標(biāo)本的處理以及培養(yǎng)[7]對(duì)于鑒定為MP陽(yáng)性標(biāo)本的前提下,收集相關(guān)患兒的痰液標(biāo)本或者支氣管灌洗液標(biāo)本進(jìn)行MP菌株培養(yǎng)分離。首先,在痰液標(biāo)本加入終濃度為2.5 g/L的胰蛋白酶,置37℃水浴作用30 min,中間不時(shí)搖動(dòng)3~4次,見(jiàn)痰液標(biāo)本明顯液化即可,再加等量CM403肉湯培養(yǎng)液稀釋培養(yǎng)。而對(duì)于支氣管灌洗液標(biāo)本,12 000轉(zhuǎn)/min(離心半徑為9.8 cm),離心10 min,倒去上清,取沉淀于3 ml CM403培養(yǎng)液中。再者,將上述樣品置于37℃溫箱培養(yǎng)6 h后,再用0.22μm濾膜針頭式濾菌器濾除雜菌,然后將濾液用CM403肉湯培養(yǎng)液再補(bǔ)足至5 ml,于37℃、5%CO2溫箱繼續(xù)培養(yǎng)5~7 d,同時(shí)設(shè)置陰性對(duì)照,每日觀察液體培養(yǎng)基顏色變化。若≥4 d時(shí)培養(yǎng)液顏色由紅變黃且清亮不混濁,表明MP生長(zhǎng),陰性對(duì)照無(wú)顏色變化;另外取100μl菌液加入1 ml CM403肉湯培養(yǎng)液中繼續(xù)培養(yǎng)得到MP純種。使用天根生化科技(北京)有限公司的DNA提取試劑盒提取菌液的基因組DNA,嚴(yán)格按試劑說(shuō)明書(shū)進(jìn)行操作。
1.3 MP的臨床分型 根據(jù)MPP1基因多態(tài)性和參考文獻(xiàn)[8-9]合成Rapid-Cycle PCR法的擴(kuò)增引物:P1-40、MPAW2;PnG1S、MPI-A2;PnG2S、PnG2A。引物序列和擴(kuò)增片段大小見(jiàn)表1,合成Rapid-Cycle PCR法的擴(kuò)增引物,行兩輪PCR擴(kuò)增。先用P1-40/MPAW2為外側(cè)引物進(jìn)行第一輪擴(kuò)增。然后以擴(kuò)增產(chǎn)物為模板,用內(nèi)側(cè)引物PnG1S/MPI-A2擴(kuò)增P1-1型(607 bp);PnG2S/PnG2A擴(kuò)增P1-2型(265 bp)。PCR條件均參照文獻(xiàn)[9]。
表1 Rapid-Cycle PCR法的引物序列
1.4 CARDSTX基因的驗(yàn)證、測(cè)序以及比對(duì) 根據(jù)MP全基因序列(MPN372)設(shè)計(jì)包含CARDSTX基因序列擴(kuò)增片段,用軟件Premier 5.0自行設(shè)計(jì)引物:CARDS-F和CARDS-R,序列長(zhǎng)度2380bp(包含CARDS基因序列1760bp)。反應(yīng)條件:94℃預(yù)變性10 min,98℃變性10 s,55℃退火5 s,72℃延伸20 s,共34個(gè)循環(huán);最后72℃10 min延伸,終止反應(yīng)。隨機(jī)選取5株MP臨床株的CARDSTX基因擴(kuò)增產(chǎn)物送至廣州艾基生物公司進(jìn)行測(cè)序,并將標(biāo)準(zhǔn)株M129型的CARDSTX基因序列(基因編碼:DQ447750)與臨床株測(cè)序結(jié)果分別進(jìn)行比對(duì)。
2.1 鑒定臨床MP標(biāo)本 165例臨床住院兒童急性呼吸道感染咽拭子標(biāo)本中,其中31例(18.79%)熒光PCR信號(hào)陽(yáng)性(>5×102copies/ml),見(jiàn)圖1。
圖1 MP臨床株的Rapid-Cycle PCR鑒定
2.2 MP菌株的分離培養(yǎng) 將處理后的MP臨床標(biāo)本接種于CM403液體培養(yǎng)基,培養(yǎng)結(jié)果見(jiàn)圖2。MP生長(zhǎng)過(guò)程中,利用葡萄糖并分解產(chǎn)生酸性代謝物質(zhì),使培養(yǎng)基pH發(fā)生改變,使酚紅指示劑由紅色變成橘黃色。最終分離培養(yǎng)獲得臨床MP分離株為25株,其中有6株沒(méi)能分離成功。
圖2 MP臨床株在CM403液體培養(yǎng)基中的培養(yǎng)結(jié)果
2.3 MP菌株的Rapid-CyclePCR分型 以P1-40/MPAW2引物擴(kuò)增的第1輪產(chǎn)物為模板,用PnG1S/MPI-A2擴(kuò)增出607 bp的DNA片段為MPP1-1型。結(jié)果顯示,25株MP臨床株均擴(kuò)增出607 bp條帶,說(shuō)明25株均為P1-1型菌株(圖3)。25株臨床株均未擴(kuò)增出P1-2型265 bp條帶。
圖3 5株MP臨床株Rapid-Cycle PCR分型的鑒定
2.4 MP菌株的CARDSTX基因擴(kuò)增以及測(cè)序 用引物CARDS TX-F/R對(duì)25株臨床株進(jìn)行PCR,均擴(kuò)增出2 380 bp目的片段(圖4)。隨機(jī)選取5株臨床株的CARDS TX基因測(cè)序,并與genbank數(shù)據(jù)庫(kù)的M129序列同源性達(dá)99.88%。
圖4 5株MP臨床株CARDSTX基因的鑒定
MP作為嬰幼兒、青少年呼吸道感染的主要病原體之一,感染后臨床表現(xiàn)常無(wú)特異性,易于與其他病毒、細(xì)菌所致的呼吸道感染相混淆,且對(duì)抗生素敏感性具有特殊性,所以臨床對(duì)于檢測(cè)MP具有十分重要的意義[1-2,10]。目前,最常用MP分型主要根據(jù)P1基因重復(fù)序列的核酸差異為主要依據(jù),分為P1-1型和P1-2型[11-12]。由于P1基因含有RepMP 4和RepMP 2/3兩個(gè)重復(fù)序列易發(fā)生基因突變或重組,可導(dǎo)致表面膜蛋白P1氨基酸序列的改變而形成新亞型。根據(jù)報(bào)道,每隔3~7年MP可發(fā)生1次地域流行或爆發(fā),這與MP的分型轉(zhuǎn)換流行相關(guān)[8]。本試驗(yàn)從本院收集的165例急性呼吸道患者的咽拭子標(biāo)本中共檢出31例MP臨床菌株,陽(yáng)性率為18.79%。
目前,P1限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性分析(RFLP)、多位點(diǎn)變量數(shù)串聯(lián)重復(fù)分析(MLVA)、多位點(diǎn)序列分型方法、單核苷酸多態(tài)性、Rapid-Cycle PCR、基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時(shí)間質(zhì)譜和全基因組測(cè)序分析都被用于MP的分型[13-14]。Rapid-Cycle PCR是MP分型最為實(shí)用的方法之一,并且操作簡(jiǎn)單,得到廣泛應(yīng)用。本試驗(yàn)通過(guò)Rapid-Cycle PCR獲得25株P(guān)1-1型菌株,未檢出P1-2型菌株。分離臨床株在MP感染的致病性中,除了通過(guò)表面膜蛋白P1的變異、莢膜樣物質(zhì)的抗吞噬作用等逃避宿主免疫系統(tǒng)的防御外,CARDSTX的發(fā)現(xiàn)對(duì)于了解MP的致病有重要意義。目前發(fā)現(xiàn)CARDSTX是MP感染宿主細(xì)胞的主要毒性蛋白,在促發(fā)氣道炎癥及維持氣道高壓狀態(tài)中扮演重要角色[4-5,12]。Kannan等[4]、Becker等[5]通過(guò)研究CARDSTX的編碼基因及其功能,證實(shí)其毒素功能區(qū)和結(jié)構(gòu)區(qū)與百日咳毒素蛋白S1相似;其毒素的二磷酸腺苷-轉(zhuǎn)移酶N端殘基就像百日咳毒素蛋白一樣,保留煙酰胺腺嘌呤二核苷酸結(jié)合催化基團(tuán)和催化谷氨酸殘基。有研究發(fā)現(xiàn),P1-2型菌株可以高表達(dá)CARDSTX,相比P1-1型菌株更具有侵襲性。然而本研究通過(guò)檢測(cè)25株MP的臨床分離P1-1型菌株,均攜帶CARDSTX基因序列;并根據(jù)測(cè)序結(jié)果,與數(shù)據(jù)庫(kù)的M129同源性達(dá)99.88%,說(shuō)明CARDSTX基因高度保守。而對(duì)于P1-1型菌株與P1-2型菌株CARDSTX表達(dá)差異,還需要進(jìn)一步的研究。
綜上所述,本研究收集地區(qū)臨床MP感染菌株,通過(guò)Rapid-Cycle PCR分型,了解本地區(qū)MP流行主要以P1-1型為主。并且通過(guò)驗(yàn)證MP臨床株的CARDSTX基因,發(fā)現(xiàn)其具有高度保守性,或許能成為MP感染的新靶標(biāo)。
利益沖突:作者已申明文章無(wú)相關(guān)利益沖突。