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基因魔剪:改寫生命密碼新工具

2021-09-10 03:35王俏琦章元兵張子恒周爽劉冀瓏
科學(xué) 2021年1期
關(guān)鍵詞:諾貝爾化學(xué)獎修復(fù)

王俏琦 章元兵 張子恒 周爽 劉冀瓏

2020年10月7日,2020年度諾貝爾化學(xué)獎授予德國馬克斯·普朗克病原學(xué)研究室的生物化學(xué)家沙彭蒂耶(E. Charpentier)和美國加州大學(xué)伯克利分校的生物化學(xué)家杜德納(J. A. Doudna),以表彰兩人“開發(fā)了一種基因組編輯方法”。她們是第6位和第7位獲得諾貝爾化學(xué)獎的女性。

沙彭蒂耶1968年出生于法國,1995年在巴黎巴斯德研究所獲得博士學(xué)位,過去20年在5個不同國家9所不同大學(xué)工作過,已獲得10項久負(fù)盛名的科學(xué)獎項,目前是德國馬克斯·普朗克病原學(xué)研究所所長。杜德納1964年出生于美國,1989年從哈佛醫(yī)學(xué)院畢業(yè)獲得博士學(xué)位,曾在2016年獲得世界杰出女科學(xué)家成就獎,目前是加州大學(xué)伯克利分校教授、霍華德·休斯醫(yī)學(xué)研究所研究員。

當(dāng)細(xì)菌和病毒入侵人體,人體的免疫系統(tǒng)就會反擊。同樣,細(xì)菌在漫長的進化過程中,也形成了一套防御病毒入侵的“免疫系統(tǒng)”——CRISPR/Cas系統(tǒng),CRISPR是成簇的規(guī)律間隔短回文重復(fù)序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)的縮寫,Cas是CRISPR相關(guān)(CRISPRassociated)基因的縮寫。病毒侵入細(xì)菌后把自身的基因整合到細(xì)菌基因組中,利用細(xì)菌細(xì)胞復(fù)制自己的基因,而細(xì)菌的CRISPR/Cas系統(tǒng)可以識別病毒的基因,并將其從自己的基因組上切除。

CRISPR/Cas基因編輯技術(shù)就是由一段相當(dāng)于GPS可精準(zhǔn)定位基因組目的序列的向?qū)NA,將“上帝的手術(shù)刀”核酸內(nèi)切酶Cas9指引到特定目的序列處,由核酸內(nèi)切酶Cas9將基因組DNA切出缺口,然后利用機體自身的DNA雙鏈斷裂修復(fù)機制,產(chǎn)生插入(或)刪除的突變來實現(xiàn)基因敲除,或者利用外源模板序列進行同源重組修復(fù)。

沙彭蒂耶發(fā)現(xiàn)了一種之前未知的分子——tracrRNA,而它則是細(xì)菌古老免疫系統(tǒng)CRISPR/Cas的一部分,它可通過裂解病毒DNA來對付病毒的入侵。沙彭蒂耶與杜德納合作,又成功地再造了細(xì)菌的基因剪刀,簡化了剪刀的分子組成,并對基因剪刀重新編程,使其可以被控制,可以在一個預(yù)定位置切斷DNA分子。

利用CRISPR/Cas9技術(shù)可極其精確地改造動物、植物和微生物的DNA,它對生命科學(xué)產(chǎn)生了革命性的影響。比如,構(gòu)建動物疾病模型,為癌癥治療提供新思路,使治愈遺傳性疾病的夢想成為現(xiàn)實,甚至提供了創(chuàng)造新物種的可能性。

CRISPR研究的歷程

一般認(rèn)為CRISPR系統(tǒng)是在1987年被首次發(fā)現(xiàn)的。日本納卡塔(A. Nakata)研究組在分析大腸桿菌基因組中與磷酸鹽代謝相關(guān)基因的過程中,偶然發(fā)現(xiàn)了位于堿性磷酸酶同工酶(iap)基因的3’端有一段長度為29個堿基對的短序列會重復(fù)出現(xiàn),當(dāng)時他們對這個特征序列本身并沒給予過多關(guān)注,甚至論文里也僅僅是提到這一序列,但并未將其命名[1]。

CRISPR系統(tǒng)被真正作為研究對象是在1993年。莫伊察(F. Mojica)在西班牙阿里坎特大學(xué)攻讀博士學(xué)位期間發(fā)現(xiàn):地中海富鹽菌(Haloferax mediterranei),一種在西班牙圣波拉港口被發(fā)現(xiàn)的極度耐鹽的古菌,其限制性內(nèi)切酶會受到培養(yǎng)基中鹽濃度的影響,而以不同方式切割自身的基因組。在研究這種現(xiàn)象時,莫伊察發(fā)現(xiàn)了一段與微生物中已知序列都不同的長約30個堿基的重復(fù)的近似回文的序列,這個固定序列之間由大約36個堿基間隔開。之后,莫伊察又陸續(xù)發(fā)現(xiàn),在與地中海富鹽菌親緣關(guān)系近的沃氏富鹽菌(Haloferax volcanii),以及與其親緣關(guān)系較遠(yuǎn)的嗜鹽古菌中,也有類似的保守序列。很快,莫伊察意識到這段序列與1987年納卡塔研究組發(fā)表的文獻中的細(xì)菌特征序列之間的聯(lián)系,他認(rèn)為在不同種微生物中,都存在這樣一段序列,并且它們發(fā)揮著重要的作用,最終將其命名為短規(guī)律性間隔重復(fù)序列(short regularly spaced repeats)。到2000年,莫伊察已在20種微生物中發(fā)現(xiàn)這段重復(fù)序列。之后兩年內(nèi),研究者們迅速將對這個基因座的研究拓寬到與這段序列有關(guān)的特定基因。2002年,詹森(R. Jansen)實驗室發(fā)表論文,首次將這段序列命名為CRISPR,將與其相關(guān)的特定基因命名為Cas基因。

但是,這段特別序列的功能在很長一段時間里一直沒有弄清楚。2003年莫伊察作為CRISPR領(lǐng)域的新領(lǐng)導(dǎo)者,開始將注意力放在將此重復(fù)序列隔開的間隔子(spacer)上。由于間隔子序列具有種內(nèi)保守的特點,莫伊察將不同的間隔子序列進行大量比對,最終發(fā)現(xiàn)有一種間隔子的序列與感染大腸桿菌的P1噬菌體基因組某段序列相吻合。此后,他又通過一系列比對發(fā)現(xiàn),CRISPR中的間隔子序列來自外源噬菌體或者質(zhì)粒。值得注意的是,博洛廷(A. Bolotin)首次提出CRISPR基因座會通過反義RNA來抑制噬菌體基因的表達,雖然之后這個假說被證實是錯誤的,但它率先賦予了CRISPR在免疫學(xué)方面的意義。

CRISPR在細(xì)菌免疫系統(tǒng)中的作用是由霍瓦特(P. Horvath)揭示的。在克服困擾工業(yè)生產(chǎn)的噬菌體感染時,霍瓦特致力于開發(fā)基于DNA的菌株鑒定技術(shù),并使用CRISPR對菌株進行基因分型。2004年,他同樣注意到間隔子與細(xì)菌對噬菌體抗性之間的聯(lián)系。2005年,霍瓦特及其同事試圖證實CRISPR是一種細(xì)菌的適應(yīng)性免疫系統(tǒng)。2007年,霍瓦特描述了一種嗜熱鏈球菌(Streptococcus thermophilus)在被噬菌體入侵后,鏈球菌基因組內(nèi)會整合進來自噬菌體基因組的間隔子序列,當(dāng)該鏈球菌再次被同樣的噬菌體入侵時,鏈球菌就可產(chǎn)生抗性,而如果改變這段間隔子序列,則會影響該鏈球菌的抗性。同時還發(fā)現(xiàn),鏈球菌獲得這種抗性需要Cas7蛋白的參與(但維持抗性不需要Cas7蛋白),而Cas9蛋白——其序列包含兩種類型核酸酶結(jié)構(gòu)域(HNH和RuvC)——及其產(chǎn)物,可能會切割核酸,它對抵抗噬菌體是必需的,所以,Cas9蛋白被認(rèn)為是細(xì)菌免疫系統(tǒng)的活性成分。

科學(xué)家們很快開始進一步研究CRISPR/Cas的作用機理,第一個關(guān)鍵研究來自范德歐斯特(J. van der Oost)團隊。他們通過將一種大腸桿菌的CRISPR系統(tǒng)插入另一種缺乏內(nèi)源性CRISPR系統(tǒng)的大腸桿菌菌株中,從生化角度驗證了該系統(tǒng)是由5種Cas蛋白組成的復(fù)合物,并將其命名為級聯(lián)復(fù)合物(cascade)。然后通過依次敲除級聯(lián)復(fù)合物每個組分,證明級聯(lián)復(fù)合物對于切割從CRISPR基因座轉(zhuǎn)錄而來的前體CRISPR RNA(crRNA)是必要的,最終切割產(chǎn)物是具有61個堿基的crRNA,它由上一個重復(fù)序列最后8個堿基、完整間隔子序列和下一個重復(fù)序列的起始部分組成,可將Cas蛋白引導(dǎo)至目的DNA上。隨后,范德歐斯特通過分別構(gòu)建反義方向(與mRNA和編碼鏈DNA的序列互補)和順義方向(僅與另一條DNA互補)兩種CRISPR序列,使得其可以靶向到λ噬菌體的必需基因上。他們的研究結(jié)果暗示了CRISPR不是作用于RNA,而是作用于DNA。

同年,瑪拉菲尼(L. Marraffini)和松特海默爾(E. Sontheimer)證實了CRISPR的作用靶標(biāo)是DNA。兩年后,即2010年,穆瓦諾(S. Moineau)等人發(fā)現(xiàn),CRISPR/Cas9在目的DNA的原間隔子鄰近基序(protospacer adjacent motif, PAM)上游3個堿基對處進行切割,產(chǎn)生雙鏈斷裂缺口(double-strand break, DSB)。

而與此同時,沙彭蒂耶正著力于研究病原體化膿性鏈球菌是如何實現(xiàn)基因調(diào)控的。2011年,沙彭蒂耶等對鏈球菌內(nèi)大量小RNA進行定位研究,發(fā)現(xiàn)其堿基序列非常接近已揭示的CRISPR基因座,一系列研究證實,一種未知的RNA分子對于CRISPR系統(tǒng)的功能實現(xiàn)具有重要作用,遂將其命名為反式激活的CRISPR RNA,簡稱tracrRNA(trans-activating crRNA),tracrRNA通過與crRNA形成雙鏈體,將Cas9引導(dǎo)至靶標(biāo)。

由于之前從未接觸過CRISPR系統(tǒng),沙彭蒂耶在一次參加在波多黎各召開的會議上,遇到來自美國加州大學(xué)伯克利分校的杜德納博士,沙彭蒂耶邀請杜德納進行合作研究,杜德納欣然接受。杜德納的同事們通過數(shù)字會議為合作制定了計劃,此前他們猜測細(xì)菌中的Cas9最終執(zhí)行切割DNA的作用,但在體外并沒有得到驗證。

2012年,她們將重組表達的Cas9與體外轉(zhuǎn)錄的crRNA和tracrRNA聯(lián)合使用,成功構(gòu)建出可體外切割純化DNA的CRISPR/Cas系統(tǒng):通過成熟的crRNA與tracrRNA形成雙鏈RNA結(jié)構(gòu),引導(dǎo)Cas9蛋白靶向結(jié)合目的DNA片段,通過切割引起DNA雙鏈斷裂,從而使得CRISPR/Cas系統(tǒng)具有編輯基因的可能[2]。

在沙彭蒂耶和杜德納的工作啟發(fā)下,美國哈佛大學(xué)丘奇(G. Church)研究組與張鋒研究組率先在哺乳動物中實現(xiàn)了基因編輯[3,4]。其后,在短短幾年內(nèi)這項技術(shù)風(fēng)靡世界各地的實驗室,成為生物學(xué)界最流行的基因編輯工具。

2013年,世界各地先后已經(jīng)有多家實驗室使用 CRISPR/Cas9,在包括人細(xì)胞系和多種模式生物中,比如斑馬魚、酵母、線蟲、果蠅、小鼠、大鼠等,實現(xiàn)了對目的基因的編輯[5]。2015年CRISPR技術(shù)被美國《科學(xué)》周刊評為年度最佳科學(xué)突破。

2016年,張鋒課題組率先將一種稱為C2c2(也稱Cas13a)的酶,用于CRISPR系統(tǒng)中,成功地對RNA進行了編輯。同年10月份,又有科學(xué)家首次利用CRISPR/Cas9編輯過的細(xì)胞開展人體臨床試驗,他們從患有轉(zhuǎn)移性非小細(xì)胞肺癌患者血液中分離出的免疫細(xì)胞,通過CRISPR/Cas9技術(shù)特異性地敲除其中的PD-1基因,然后經(jīng)體外擴增培養(yǎng),再回輸入患者體內(nèi),以期達到治愈癌癥的目標(biāo)。

2017年,美國邁阿密大學(xué)的課題組設(shè)計了CRISPR-RNA-靶向(CRISPR-RNA-targeting, CRISPR-RT)系統(tǒng),對RNA編輯做出了很大貢獻。此外,除了Cas13a,Cas13b和Cas13d的發(fā)現(xiàn)也推動了CRISPR系統(tǒng)的應(yīng)用與發(fā)展。同年,劉如謙團隊將tRNA腺嘌呤脫氨酶的蛋白定向進化后,與CRISPR/ Cas9系統(tǒng)融合,在不引起DNA鏈斷裂的情況下實現(xiàn)了A-T到G-C的轉(zhuǎn)換,且其在人體細(xì)胞中的編輯效率超過50%。為治療多種單堿基突變遺傳疾病提供了有效工具[6]。

基于CRISPR/Cas9系統(tǒng)的基因編輯新工具層出不窮,2018年,劉如謙團隊又進化出一種能夠識別多種PAM序列的Cas9變體,提高了CRISPR/Cas9的剪輯效率。同年,杜德納發(fā)布了CRISPR/Cas14系統(tǒng)。2019年,杜德納成功地對Cas9蛋白的活性進行了改造,使之僅在特定組織中具有活性。張鋒也開發(fā)出CRISPR/Cas12b系統(tǒng),極大豐富了用于基因組編輯的CRISPR/Cas系統(tǒng)。

2020年初,新型冠狀病毒肺炎爆發(fā),科學(xué)家基于CRISPR/Cas13a技術(shù)開發(fā)了用于檢測和定量SARSCoV-2病毒RNA的試劑盒,它無需對RNA進行反轉(zhuǎn)錄,而是直接對病毒RNA進行檢測。正如沙彭蒂耶所說:“CRISPR/Cas9系統(tǒng)已經(jīng)突破了界限,使基因工程技術(shù)更加地通用、有效和易操作。它的應(yīng)用似乎真的沒有什么限制[7]?!?/p>

CRISPR的工作原理

在噬菌體或質(zhì)粒等外源DNA入侵宿主后,外來核酸被加工成短片段,并被作為新的間隔子整合到宿主染色體內(nèi)的CRISPR重復(fù)間隔子序列中,這個過程相當(dāng)于宿主的一次“免疫記憶”。在外源核酸上鄰近間隔子序列下游有一段極其保守的基序(PAM),它對于間隔子序列的選擇加工非常重要。當(dāng)入侵者再次入侵時,CRISPR序列的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物被核酸內(nèi)切酶加工為成熟crRNA。crRNA的5’端包含被整合進宿主基因組的間隔子序列,它可與外源序列互補配對,而3’端包含一段CRISPR的重復(fù)序列,與tracrRNA結(jié)合形成雙鏈結(jié)構(gòu)。帶有Cas內(nèi)切酶的crRNA-tracrRNA組裝成核糖核蛋白復(fù)合體,通過間隔子序列與入侵核酸互補,進行特異性的破壞,從而實現(xiàn)宿主(細(xì)菌)的“二次免疫應(yīng)答”[8]。

根據(jù)CRISPR基因座的不同,CRISPR系統(tǒng)可分為6種類型(Ⅰ-Ⅵ),它們有著不同的crRNA模式和特定的Cas蛋白[9]。與利用復(fù)雜的多Cas蛋白復(fù)合物進行crRNA結(jié)合和靶序列降解的Ⅰ型和Ⅲ型系統(tǒng)不同,Ⅱ型CRISPR系統(tǒng)采用單一核酸內(nèi)切酶Cas9來識別雙鏈DNA的靶位點,核酸內(nèi)切酶Cas9的兩個結(jié)構(gòu)域(HNH和RuvC)分別切割兩條DNA鏈。這兩個不同結(jié)構(gòu)域在PAM上游3個堿基對處剪接雙鏈DNA,HNH結(jié)構(gòu)域負(fù)責(zé)切割與crRNA互補的DNA鏈,RuvC結(jié)構(gòu)域負(fù)責(zé)切割另一條DNA鏈。其間,tracrRNA與crRNA中的重復(fù)序列堿基互補配對,形成獨特的雙鏈RNA結(jié)構(gòu)。這個雙鏈RNA分子中約20個堿基靶向與其序列互補的DNA序列,并由Cas9進行DNA位點特異性切割,產(chǎn)生平末端的雙鏈斷裂缺口。然后,通過機體自身的DNA修復(fù)機制進行修復(fù)。一種是極易出錯的非同源末端連接修復(fù)(nonhomologous end joining, NHEJ),在切割位點產(chǎn)生短的隨機插入和(或)缺失;一種是通過高保真的同源重組修復(fù)(homology directed repair, HDR),在同源修復(fù)模板指導(dǎo)下,對DSB位點進行精確的修復(fù)。后來,通過人為地將crRNA和tracrRNA進行組合,形成單條RNA進行轉(zhuǎn)錄表達,得到嵌合的單鏈向?qū)NA(singleguide RNA, sgRNA),就極大地簡化了CRISPR基因編輯方法。

CRISPR的優(yōu)勢

基因編輯技術(shù)從本質(zhì)上來講,是對DNA雙鏈斷裂損傷和修復(fù)機制的應(yīng)用。外在因素如輻射和內(nèi)在因素如細(xì)胞代謝產(chǎn)物,都會使DNA產(chǎn)生不同程度的損傷,DNA雙鏈斷裂是真核細(xì)胞中常見的一種DNA損傷類型,DNA雙鏈斷裂后,機體會通過兩種修復(fù)機制進行及時修復(fù):非同源末端修復(fù)和同源重組修復(fù)[10]。截至目前,基因編輯技術(shù)已經(jīng)過三代更迭,從鋅指核酸酶(zinc finger nucleases, ZFNs)技術(shù),轉(zhuǎn)錄激活子樣效應(yīng)子核酸酶(transcription activator like effector nucleases, TALENs)技術(shù),再到CRISPR/Cas技術(shù)[11]。

ZFNs是融合蛋白,由鋅指蛋白和細(xì)菌的FokⅠ限制酶組成。鋅指蛋白包括串聯(lián)的鋅指結(jié)構(gòu)域,它們屬于DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域。每個鋅指結(jié)構(gòu)域識別3個堿基,串聯(lián)的鋅指結(jié)構(gòu)域使得ZFNs可潛在地結(jié)合到長的核苷酸序列上。使用時需成對設(shè)計,一個切割位點在側(cè)翼的正義鏈,另一個切割位點在側(cè)翼的反義鏈。當(dāng)切割位點兩側(cè)的ZFNs結(jié)合后,F(xiàn)okⅠ限制酶在該位點發(fā)生二聚化并進行切割,造成具5’突出端的雙鏈斷裂。ZFNs技術(shù)使得DSB不必依賴自然發(fā)生,從而為基因工程發(fā)展奠定了基礎(chǔ)。

TALENs的構(gòu)造與ZFNs類似,由串聯(lián)的轉(zhuǎn)錄激活因子樣效應(yīng)子(TALE)的DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域和FokI限制酶組成。與ZFNs不同的是,每個TALE蛋白識別單個特異性核苷酸,因此其結(jié)構(gòu)更復(fù)雜,但設(shè)計更簡單。然而,ZFNs和TALENs技術(shù)操作難度大、構(gòu)建組裝時間長,容易在細(xì)胞中積累,產(chǎn)生細(xì)胞毒性,動物實驗已證明它們會引發(fā)機體的免疫反應(yīng)。

CRISPR/Cas系統(tǒng)由向?qū)NA和Cas核酸酶組成,向?qū)NA結(jié)合到目的基因上,引導(dǎo)Cas蛋白切割目的序列產(chǎn)生雙鏈斷裂,根據(jù)不同實驗?zāi)康倪x擇不同Cas蛋白。通過修飾向?qū)NA的序列,就可以切割所選的任何靶序列。類似于ZFNs和TALENs系統(tǒng),CRISPR/ Cas系統(tǒng)可用于通過非同源末端連接修復(fù)方式,在DNA切割位點處引入隨機突變,也可通過共同注射與DNA同源的工程化DNA載體,通過同源重組修復(fù)方式引入特定突變或插入。CRISPR/Cas系統(tǒng)使基因定點修飾變得更加高效。

與ZFNs和TALENs相比,CRISPR/Cas系統(tǒng)有很多優(yōu)勢:①設(shè)計簡單。CRISPR-Cas系統(tǒng)不像ZFNs和TALENs是依賴于蛋白與靶DNA之間的識別,而是由向?qū)NA和靶DNA之間形成核糖核苷酸復(fù)合物,利用核糖核苷酸識別靶向基因。②效率高,成本低。如創(chuàng)建突變小鼠時,僅需要將編碼Cas蛋白和向?qū)NA的RNA直接注射到小鼠胚胎中,相較轉(zhuǎn)染和選擇小鼠胚胎干細(xì)胞注射小鼠、再進行同源重組的方法,可節(jié)省幾個月甚至幾年時間。③可同時進行多基因突變操作。Cas9蛋白單體可與任意數(shù)量不同序列的特異性向?qū)NA組合,輕松實現(xiàn)用CRISPR/Cas9文庫進行多重基因組編輯。

CRISPR的應(yīng)用與展望

在短短不到10年時間里,CRISPR得到了前所未有的高速發(fā)展,基于CRISPR的各類技術(shù)已在科研、醫(yī)療、農(nóng)業(yè)等諸多方面得到廣泛應(yīng)用。研究人員可以精確編輯引發(fā)疾病的突變基因,以使從根源上治愈此前束手無策的疾病。比如,通過特殊的病毒將CRISPR系統(tǒng)遞送到特定細(xì)胞中,針對性地修復(fù)致病的突變基因,目前這已在鐮刀型貧血癥、杜氏肌萎縮癥等疾病中成功驗證,并尋求臨床實驗[12]。在農(nóng)業(yè)基因育種上,CRISPR技術(shù)可以對農(nóng)作物基因組進行更便捷而又精確的修飾,以獲得更好的遺傳性狀,比如增強農(nóng)作物抗性、改善農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)、提高產(chǎn)量。

CRISPR盡管其在基因編輯上展示出了巨大的潛力,但也存在不可忽視的風(fēng)險。自CRISPR技術(shù)問世以來,關(guān)于其造成脫靶(即可能切割非目的序列的風(fēng)險)的討論就從未停止過,盡管也在不斷地進行優(yōu)化,降低脫靶率,但至今尚未從根本上解決問題,錯誤地修飾其他基因可能會造成一系列無法想象的嚴(yán)重后果,這是CRISPR應(yīng)用所面臨的一大障礙。

基因編輯導(dǎo)致的倫理問題,除了在醫(yī)療方面有待進一步討論和解決外,還有對于基因改造的倫理問題,比如用于強化人的某些生理機能,甚至造出一個“定制人”,都是需要我們認(rèn)真思考和對待的。現(xiàn)今在人類胚胎上的應(yīng)用應(yīng)當(dāng)受到嚴(yán)格管控,在關(guān)注其帶來的增益效果時,其帶來的風(fēng)險一樣應(yīng)是每個人必須深思熟慮。

管控風(fēng)險、避免違反倫理道德,并將其合理應(yīng)用到生活中,是人類共同的責(zé)任。我們要在風(fēng)險和倫理問題上時刻保持警惕和謹(jǐn)慎,也期待CRISPR在將來為人類帶來更多的意想不到的驚喜。

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關(guān)鍵詞:諾貝爾化學(xué)獎 基因編輯 CRISPR 修復(fù) ■

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